A obesidade é uma doença multifatorial fortemente associada com a síndrome metabólica e com as doenças hepáticas. A distribuição da gordura corporal é um fator relevante, e especificamente o tecido adiposo visceral parece ser o elo entre o aumento de peso, a síndrome metabólica e o acúmulo de gordura hepática. Os adipócitos estão envolvidos na regulação do balanço energético e podem ser modulados por hormônios, citocinas e nutrientes, entre eles o resveratrol. São dois os objetivos principais deste trabalho: (1) identificar os níveis basais de expressão do mRNA de SIRT1, adiponectina, FOXO1, PPARg e PPARb/d em diferentes tecidos adiposos (retroperitoneal, subcutâneo e visceral) de indivíduos obesos grau III com diferentes níveis de esteatose hepática; e (2) identificar a ação do resveratrol sobre a expressão do mRNA dos genes citados em adipócitos isolados do tecido adiposo visceral de indivíduos obesos grau III. Os tecidos adiposos foram obtidos durante cirurgia bariátrica. O RNA total foi extraído usando o reagente TRIzol e o mRNA foi quantificado por PCR em tempo real. Para a análise da expressão basal dos genes, dividimos os pacientes em dois grupos: aqueles com esteatose simples ou moderada e aqueles com esteatose severa associada ou não à fibrose e inflamação. Comparando os dois grupos estudados, os pacientes com esteatose severa apresentaram uma menor expressão do mRNA de SIRT1 (p=0,006), apenas no tecido adiposo visceral. Os níveis de adiponectina, FOXO1, PPARg1-3 e PPARb/d não diferiram estatisticamente entre os dois grupos de pacientes nos três depósitos de gordura corporal. O valor de HOMA-IR foi diferente estatisticamente entre os grupos estudados, sendo maior no grupo de pacientes com diagnóstico de esteatose severa associada ou não a fibrose e necroinflamação (p=0,006). Neste mesmo grupo de pacientes, a expressão de SIRT1 e o valor de HOMA-IR correlacionaram-se positivamente no tecido adiposo visceral (r=0,607; p=0,048). Quanto à modulação por resveratrol, houve aumento significativo nos níveis do mRNA de SIRT1 (p=0,021), adiponectina (p=0,025) e FOXO1 (p=0,001) nos adipócitos isolados do tecido adiposo visceral de obesos grau III. A expressão do mRNA de PPARg1-3 foi modulada negativamente (p=0,003) nas células estudadas. Considerando a expressão do PPARb/d, não houve modulação por resveratrol na concentração, tempo e modelo celular estudados. Analisando a literatura, verificamos que valores diminuídos de SIRT1 já foram associados à progressão da esteatose, em modelos experimentais. Neste trabalho, observamos menor transcrição de SIRT1 no tecido adiposo visceral de obesos com esteatose severa, o que poderia prejudicar a biogênese mitocondrial e a oxidação de ácidos graxos, contribuindo com o aumento de ácidos graxos livres na circulação portal, favorecendo o acúmulo hepático de lipídeos nestes pacientes. Desta forma, sugerimos que o aumento da expressão de SIRT1 no tecido adiposo visceral pode ter efeito protetor contra a evolução da esteatose em obesos grau III. Também constatamos que resveratrol ativa a expressão do mRNA de SIRT1, adiponectina e FOXO1 e diminui a expressão de PPARg1-3. Os resultados indicam que resveratrol pode modular o metabolismo dos adipócitos de obesos grau III, possivelmente favorecendo o metabolismo das células estudadas. / Obesity is a complex disease, strongly associated with metabolic syndrome and hepatic disease. The distribution of body fat is important, and specifically visceral adipose tissue seems to be the link between weight gain, metabolic syndrome and hepatic fat accumulation. Adipocytes are involved in the regulation of energy balance and can be modulated by hormones, cytokines and nutrients as resveratrol. The objectives of this study were: (1) to determine the expression pattern of SIRT1, adiponectin, FOXO1, PPARg1-3 and PPARb/d mRNA in different adipose tissues (retroperitoneal, subcutaneous and visceral) of morbidly obese with different levels of hepatic steatosis; and (2) analyze whether resveratrol could modulate the mRNA expression of the cited genes in isolated visceral adipocytes of morbidly obese. The adipose tissue was obtained by bariatric surgery. Total RNAs were extracted using TRIzol reagent and genes reverse transcripts were determined by quantitative polymerase chain reaction. For analysis of basal genes expression, we divided patients in two groups: those with slight or moderate steatosis and other comprising individuals with severe steatosis associated or not with necroinflammation and fibrosis. When comparing the two groups of patients, we found that the amount of SIRT1 mRNA in the visceral adipose tissue of morbidly obese with severe steatosis was decreased (p=0.006). The levels of adiponectin, FOXO1, PPARg1-3 and PPARb/d did not differ statistically between the two groups of patients in the fat depots studied. We found that HOMA-IR value was significantly higher in severe steatosis patients group (p=0.006). Our results also show that the mRNA expression of SIRT1 and HOMA-IR was positively correlated in the visceral adipose tissue of patients with severe steatosis (r=0.654; p=0.048). Regarding the modulation by resveratrol, there was significant increase in SIRT1 (p=0.021), adiponectina (p=0.025) and FOXO1 (p=0.001) mRNA in isolated visceral adipocytes. The mRNA expression of PPARg1-3 was negatively modulated by resveratrol (p=0.003). Considering PPARb/d, there was not a significantly modulation by resveratrol, in the studied model. Reduced quantities of SIRT1 mRNA have been described in severe steatosis using experimental models. We found lower transcription of SIRT1 expression in the visceral adipose tissue of obese patients with severe steatosis, which may impair mitochondrial biogenesis and fatty acids oxidation, contributing to the increase of free fatty acids in portal circulation, impairing liver function. Thus, we suggest that the increased SIRT1 mRNA expression may have a protective role on steatosis in visceral adipose tissue of morbidly obese individuals. Also, we observed that resveratrol activated the expression of SIRT1, FOXO1 and adiponectin and decreases PPARg1-3, which indicate that resveratrol can control adipocytes metabolism, possibly favoring the metabolism of studied cells.

Introdução: A sobrevivência em curto prazo dos transplantes renais tem melhorado notavelmente nas últimas duas décadas. No entanto, a sobrevivência em longo prazo de enxertos e pacientes ainda são muito inferiores ao desejado e a maioria dos enxertos são perdidos por falecimento dos receptores e deterioração crônica da função do enxerto. Acredita-se que a maior parte das lesões que resultam em encurtamento da sobrevida do enxerto se iniciam logo após o transplante e muitas vezes são subclínicas. O desenvolvimento de biomarcadores não invasivos para identificar com precisão as lesões sub-clínicas, sem a necessidade de biópsias de protocolo, seria um grande passo para a prática clínica de transplantes de órgãos, uma vez que permitiria o reconhecimento precoce de eventos de agressões ao enxerto e poderia levar a adequadas ações terapêuticas potencialmente propiciando sobrevida mais prolongada dos aloenxertos. Objetivos: O objetivo do presente estudo foi avaliar o potencial diagnóstico de agressões sub-clínicas da análise molecular não-invasiva da expressão gênica de leucócitos do sangue periférico em receptores de transplante renal com função estável em curto prazo. Métodos: Cento e trinta e seis pacientes renais com função estável do enxerto foram arrolados no estudo e realizaram biópsia protocolar no 3º mês póstransplante. Foram coletadas amostras de sangue periférico concomitantemente para realizarmos a quantificação da expressão gênica de perforina, TIM3, FOXP3, TGF-B, CTGF e CD138 através da metodologia de PCR em tempo real. Resultados: Trinta e nove pacientes foram diagnosticados com rejeição aguda (28,7%), sendo 33 destes com alterações borderline, 5 com rejeição aguda Banff IA e um paciente com rejeição Banff IB, vinte pacientes apresentaram fibrose intersticial e atrofia tubular (14,7%), sete apresentaram necrose tubular aguda (5,1%), três infecções pelo vírus do polioma (2,2%) e um caso de nefrotoxicidade aguda por inibidores da calcineurina (0,8%). A mensuração da expressão gênica foi realizada através de qPCR e os pacientes com disfunção do enxerto apresentaram expressões diminuídas de perforina, TIM3, FOXP3 e TGF-β em relação aos pacientes com rejeição aguda e histologia normal do enxerto. Outras análises demonstraram que a perforina, TIM3 e FOXP3 também são capazes de excluir o diagnóstico de rejeição aguda, com valores preditivos negativos (VPN) de 83%, 83% e 79,6%, respectivamente. Em uma análise combinada dos 3 genes associados o VPN para rejeição aguda foi de 86.4%. A avaliação do RNA mensageiro dos genes TGF-B e CTGF mostrou que eles estão hiperexpressos nos enxertos com fibrose intersticial e atrofia tubular. Conclusões: Existe uma elevada incidência de agressões sub-clínicas dos enxertos renais que podem ser detectadas por biópsias protocolares. A mensuração do RNA mensageiro, em amostras do sangue periférico, mostrou ser uma ferramenta de potencial utilidade em identificar essas agressões de forma não-invasiva. / Background: Short term survival of kidney transplants has improved remarkably over the last two decades. However, long term survival of grafts and patients are still much lower than desired and most of the grafts are lost by recipients’ death and chronic graft function deterioration. It is believed that most of the injuries that result in graft shortening survival are initiated early after transplantation and many times are subclinical. The development of noninvasive biomarkers to accurately identify sub-clinical injuries, without the need of protocol biopsies, would be a major step forward in the practice of clinical organ transplantation since it would allow the early recognition of graft insulting events and lead to proper therapeutic actions potentially leading to more prolonged allograft survivals Objective: The aim of the present study was to evaluate the diagnosis potential of the non-invasive molecular analyzes of peripheral blood leukocytes gene expression in stable kidney recipients in the short-term. Methods: One hundred and thirty-six patients were enrolled in this study and underwent protocol biopsies at 3 months after grafting. Peripheral blood samples were collected concomitantly for the gene expression quantitation of perforin, TIM3, FOXP3, TGF-B, CTGF and CD138 through qPCR methodology. Results: Thirty-nine patients were diagnosed as acute rejection (28.7%), being 33 with borderline histological changes, 5 Banff IA acute rejection and 1 patient with Banff IB acute rejection, twenty patients had interstitial fibrosis and tubular atrophy (14.7%), seven had acute tubular necrosis (5.1%), three had poliomavirus infection (2.2%) and one patient had calcineurin inhibitor toxicity (0.8%). Gene expression was measured through qPCR and patients with graft dysfunction presented lower expressions of perforin, TIM3, FOXP3 and TGF-β than patients with acute rejection and normal graft histology. Other analyzes showed that perforin, TIM3 and FOXP3 are also able to rule out acute rejection, with negative predictive values (NPV) of 83%, 83% and 79.6% respectively. In a combined analysis of the 3 genes associated the NPV was 86.4%. CTGF and TGF-B mRNA were overexpressed in grafts with interstitial fibrosis and tubular atrophy. Conclusions: An elevated incidence of sub-clinical injuries can be detected by protocol biopsies of stable grafts. The evaluation of mRNA in the peripheral blood has shown to be a potentially useful tool to uncover these injuries noninvasively.

Orientadores: Luiz Carlos Zeferino, Sílvia Helena Rabelo dos Santos / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T11:45:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_MichelleGarciaDiscacciatide_D.pdf: 2416943 bytes, checksum: 7ae180b100a5541dc5c50b8bdb0b5202 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A avaliação das taxas de evolução da NIC 2 e a identificação de aspectos clínicos e marcadores preditivos de regressão desta lesão podem identificar as mulheres que se beneficiariam de uma conduta expectante e seguimento periódico. Objetivo: Avaliar alguns fatores clínicos e moleculares associados à progressão e regressão da NIC 2, em mulheres submetidas à conduta expectante. Sujeitos e Métodos: O estudo foi do tipo coorte e incluiu 50 mulheres com diagnóstico de NIC 2 confirmado por biópsia, após serem referenciadas ao Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (CAISM), Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP), por apresentaram exame citopatológico mostrando lesão intraepitelial escamosa de baixo grau (LIEBG). Estas mulheres foram acompanhadas por 12 meses, com consultas trimestrais para avaliação citológica e colposcópica. Na admissão, foram coletadas amostras para a realização de testes de genotipagem de HPV, os quais foram realizados no Instituto Ludwig de Pesquisa Sobre o Câncer; e também para testes de detecção de RNA mensageiro dos genes E6/E7 dos HPV tipos 16,18,31,33 e 45, realizados no Laboratório Salomão & Zoppi. Os resultados deste estudo estão sendo apresentados em dois artigos. O primeiro avaliou a frequência de progressão, persistência e regressão da NIC2, como também testou se a idade da mulher no diagnóstico e idade ao início da atividade sexual variaram com a evolução da lesão. O segundo artigo avaliou a associação dos tipos e espécies de HPV e da expressão dos genes virais E6 e E7 com a evolução de NIC 2. Resultados: Ao final de 12 meses houve 74% de regressão, 24% de progressão de NIC 2 para NIC 3, e um caso de persistência da NIC 2. A maioria dos casos regrediu nos primeiros seis meses de seguimento. Não foi observada associação entre a evolução de NIC 2 e a idade ou início da atividade sexual em mulheres submetidas à conduta expectante. As taxas de regressão da NIC 2 aos 12 meses de seguimento, para mulheres com HPV da espécie alfa-9, comparada com outras espécies ou HPV negativo foram 69,4 e 91,7% respectivamente, sendo que esta diferença foi estatisticamente significativa ao longo do seguimento. A taxa de regressão de NIC 2 aos 12 meses foi de 68,3% para mulheres com teste positivo para RNA mensageiro de E6/E7 e 82,6% para mulheres com teste negativo para este marcador, mas esta diferença não foi estatisticamente significativa. Conclusão: A maioria da NIC 2 diagnosticada por biópsia em mulheres selecionadas por exame citológico com diagnóstico de lesão LIBG regride em até 12 meses. Mulheres infectadas por tipos de HPV da espécie alfa-9, especialmente o HPV 16, são menos propensas a ter regressão da NIC 2 ao final de 12 meses de seguimento. Os resultados não demonstraram associação entre a expressão de genes virais E6/E7 com a regressão ou progressão da NIC 2 / Abstract: The evaluation of CIN 2 outcome rates and identification of clinical features and predictive markers of the lesion regression can identify women who would benefit from an expectant management and regular monitoring. Objective: To evaluate the clinical and molecular factors associated with progression and regression of CIN 2 in women undergoing expectant management. Subjects and Methods: This cohort study included 50 women with diagnosis of CIN 2 confirmed by biopsy after being referenced to the Center of Integral Attention to Women's Health, State University of Campinas, with Pap smear showing low-grade lesion (LSIL). These women were followed for 12 months with three-monthly controls visits for cytological and colposcopic evaluation. On admission, samples were collected to perform HPV genotyping, which was held at the Ludwig Institute and also for the detection of E6/E7 mRNA, which was performed in the laboratory Salomão & Zoppi. The results of this study are presented in two articles. The first assessed the frequency of progression, persistence and regression of CIN2, comparing these rates with clinical factors such as woman's age and age at first sexual intercourse. The second evaluated the association between CIN 2 evolution with the HPV species and expression of viral genes E6 and E7. Results: At the end of the 12 months of monitoring, there was 74% of regression, 24% of progression to CIN 3 and only one case of persistence of CIN 2. The most of the CIN 2 regresses during the first six months of follow-up. However, there was no statistically significant association between the women' age and the age at first sexual intercourse. The rate of CIN 2 regression at 12 months follow-up for women with HPV alpha- 9 compared with another HPV species groups or HPV negative were respectively 69,4% and 91,7%, and the difference up to 12-month follow-up was statistically significant. The CIN 2 regression rate at 12-month follow-up for women with positive E6/E7 mRNA was 68.3%, and for negative was 82.6%, but the difference up to 12-month follow-up was not statistically significant. Conclusion: The majority of CIN 2 diagnosed by biopsy in women with previous cervcial smear showing LSIL regresses after 12 months. Women infected with HPV alpha-9, which includes HPV 16, are less likely to have CIN 2 regression over 12 months of follow-up. The results showed no association between the expression of viral genes E6 and E7 with the regression or progression of CIN 2 / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Tocoginecologia

Orientador: Jorg Kobarg / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-11T07:55:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Quaresma_AlexandreJoseChristino_D.pdf: 9068041 bytes, checksum: 9661a43a5c28440721d55ca90f6c94ac (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Os membros da família de proteínas chamada hnRNPs (heterogenous nuclear ribonuclein proteins) apresentam importantes papeis no controle da expressão gênica e no metabolismo dos mRNAs. Os membros hnRNPD (AUF1) e hnRNPQ (NSAP1) foram alvos deste estudo. AUF1 apresenta dois domínios de ligação à RNA do tipo RRM (RNA recognition motif) e participa ativamente no processo de desestabilização de uma classe de mRNAs que apresentam um motivo rico em AU na região 3' não traduzida. Demonstramos, através do sistema de duplo híbrido em levedura, que a isoforma p37 de AUF1 interagiu com as proteínas hnRNPQ, IMP-2, NSEP1 (YB-1) e UBC9. Além disso, a proteína hnRNPQ também foi pescada num outro ensaio de duplo híbrido em levedura, que utilizou como isca a proteína humana arginina metiltransferase (PRMT1). hnRNPQ apresenta, na sua região Cterminal, um ¿motivo rico em argininas e glicinas¿ (RGG box). Demonstramos que ela é alvo de metilação pela PRMT1 in vitro e in vivo. Funcionalmente, sua metilação é importante para sua localização nuclear. NSAP1 têm uma constituição modular com um domínio ácido (AcD) no seu Nterminal, seguido por três domínios de ligação à RNA do tipo RRM e o já mencionado RGG box no seu C-terminal. Funcionalmente hnRNPQ está envolvido em vários aspectos do etabolismo de RNA, incluindo a edição do mRNA da proteína humana ApoB. Para isso, ela interage não somente com o mRNA de ApoB, mas com a enzima efetora da edição Apobec1 e com a proteína que ativadora do Apobec1 (ACF1). Mostramos que o domínio ácido, de NSAP1 é capaz de interagir com Apobec1 e que sua fosforilação in vitro pela PKC inibe esta interação. Ainda identificamos que hnRNPQ interage com proteínas da família heat shock (incluindo HSP70 e BiP), e vimos que hnRNPQ é um alvo de fosforilação principalmente pela PKCd, in vitro. A localização sub-celular de hnRNPQ é modificada pela ativação in vivo das PKCs. Em conseqüência desta ativação ou da aplicação de estresse oxidativo, térmico ou indução de estresse do reticulo endoplasmático (tratamento com tapsigargina) hnRNPQ se desloca do núcleo para o citoplasma aonde se encontra em vesículas/corpúsculos definidas. Em resumo, nossos dados sugerem que as diversas funções da hnRNPQ relacionadas ao metabolismo de mRNAs, sofrem diferentes regulações, mediadas por modificações pós-traducionais (fosforilação e metilação), que interferem tanto na sua localização celular quanto na sua afinidade por determinados proteínas parceiras / Abstract: The members of the hnRNPs family (heterogenous nuclear ribonuclein proteins) play important roles in gene expression control and mRNAs metabolism. The proteins hnRNPD (AUF1) and hnRNPQ (NSAP1) were the main targets of this study. AUF1 has two RNA recognition motifs (RRM) and participates in the process of destabilization of a class of mRNAs that contain AU-rich sequences in their 3' untranslated regions (3'-UTR). We found, using the ¿yeast two-hybrid system¿ (Y2HS), that the isoform p37 of AUF1 (AUF1p37) interacts with the proteins: hnRNPQ, IMP-2, NSEP1 (YB-1) and UBC9. Moreover, the protein hnRNPQ was also identified as a prey protein in another Y2HS screen, which used as bait the human protein Arginine methyltransferase (PRMT1). HnRNPQ presents, in its C-terminal region, an "Arginine/Glicine-rich sequence" (RGG box). We are able to show that this RGG box is a target for methylation by PRMT1 in vitro and is methylated in vivo. Functionally, this methylation is important for its nuclear localization. hnRNPQ has a modular organization with an acid domain (AcD) in its N-terminal, followed by three RNA-binding domains (RRM) and the previously mentioned RGG box in its C-terminal. Functionally, hnRNPQ is involved in diverse aspects of RNA metabolism, including editing of the mRNA encoding the human protein ApoB. It has been shown previously to interact with the mRNA of ApoB, and also with the editing enzyme Apobec1 and the Apobec1 activation protein (ACF1). Here we show that the acid domain of hnRNPQ mediates the interaction with Apobec1 and that its in vitro phosphorylation (by PKC) inhibits this interaction. Furthermore, we found that hnRNPQ interacts with members the heat shock family of proteins (including HSP70 and BiP), and demonstrated that hnRNPQ can be in vitro phosphorylated by PKCd. Finally, we discovered that the sub-cellular localization of hnRNPQ undergoes modification after activation of PKC pathways. This also occurs after application of endoplasmic reticulum stress (using tarpsigargin), oxidative or heat stress. Under all of these conditions hnRNPQ translocated from the nucleus to the cytoplasm, where it is found at defined vesicles or granules. In summary, our data suggest that the diverse functions of hnRNPQ in the context of mRNA metabolism, may suffer specific regulations, by post-translational modifications, including phosphorylation and methylation, which modify both the proteins sub-cellular localizations as well as its affinity to interacting protein partners / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

A presente dissertação tem por objetivo a realização de uma análise geral dos mensageiros divinos designados pelo termo malakh relatados na Bíblia hebraica. No texto bíblico o termo malakh é empregado por fazer referência a mensageiros humanos e ainda aos enviados sobrenaturais subordinadas a Deus. Todo o primeiro capítulo é reservado à investigação da etimologia do vocábulo em questão. Com o intuito de discernir nitidamente a relação ou até mesmo a oposição entre mensageiros humanos e divinos, o segundo capítulo trata de diversos episódios bíblicos onde homens exercem a função de mensageiros, não somente como portadores de uma mensagens divina, mas também com funções políticas e diplomáticas. Ainda tratando dessa modalidade de mensageiro, é destacada a presença dos profetas e sacerdotes que a despeito de pertencerem à esfera humana, desempenham a função de mensageiros da divindade. A seguir, o terceiro e último capítulo ocupa-se dos mensageiros divinos propriamente ditos, geralmente traduzidos ou compreendidos como anjos. Neste ponto, interpretações relacionadas à identidade, nomenclaturas e funções são destrinchadas pontualmente. Por fim, a atividade do mensageiro bíblico será analisada ainda à luz dos mensageiros correspondentes da literatura do antigo Oriente Médio. / This thesis aims at conducting a general analysis of the divine messengers described by the term malakh reported in the Hebrew Bible. In the biblical text is the term used by malakh refer to human messengers sent to the supernatural and still subordinate to God. The entire first chapter is devoted to the investigation of the etymology of the word in question. In order to clearly discern the relationship or even the opposition between human and divine messengers, the second chapter deals with various biblical episodes where men play the role of messengers, not only as bearers of a divine message, but also with political functions and diplomatic. Still dealing with this type of messenger, it is emphasized the presence of the prophets and priests who despite belonging to the human sphere, play the role of messengers of divinity. Then the third and final chapter deals with the divine messengers themselves, usually translated or understood as \"angels\". At this point, interpretations related to identity, classifications and functions are fleshed out on time. Finally, the activity of biblical Bible will be examined further in light of relevant messengers literature of the ancient Middle East.

Orientador: Célia Marisa Rizzatti Barbosa / Tese (Doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-21T22:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meloto_CarolinaBeraldo_D.pdf: 1035478 bytes, checksum: c619d52bbc7d2858940483c9c5fc660e (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Catecolamina-O-metiltransferase (COMT) é uma enzima com amplas funções biológicas, inclusive a modulação da dor, exercidas através da metabolização de substratos como a dopamina, adrenalina, e noradrenalina. Já é sabido que a atividade da COMT é geneticamente polimórfica em humanos, e se correlaciona com a percepção individual da dor e eficiência na sua remissão entre pacientes com disfunção temporomandibular (DTM) tratados com propranolol. Por isso, nosso primeiro objetivo foi investigar novos polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) que pudessem marcar para este benefício. De fato, encontramos um novo SNP, rs165774 (G>A), que se mostrou associado à DTM ou fenótipos intermediários em duas coortes diferentes. Este polimorfismo, por sua vez, se localiza em proximidade a um segundo SNP, rs165895 (T>C), ambos na região 3' não traduzida (3'UTR) de um mRNA alternativo da COMT ainda não caracterizado. Assim, também foi nossos objetivos (i) verificar a expressão deste transcrito em diferentes tecidos humanos e linhas de células, rastreando-o por RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predizer a estrutura cristalina da enzima codificada por ele, através de modelagem pelo método dinâmico molecular discreto; (iii) expressá-lo em um sistema celular e comparar sua expressão relativa e atividade enzimática às da isoforma convencional, determinando-as por RT-PCR e HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectivamente; e (iv) verificar os efeitos dos SNPs rs165774 e rs165895 sobre este transcrito, criando-se diferentes mutantes por mutação sítio-dirigida e observando seus efeitos sobre a expressão relativa e atividade enzimática. Nossos resultados mostraram que (i) o transcrito alternativo da COMT é expresso em diferentes tecidos humanos e sistemas celulares; (ii) a estrutura cristalina de sua enzima exibe uma região C-terminal único que é distinta da isoforma convencional; e que este transcrito é (iii) menos relativamente expresso e sua enzima menos ativa que o transcrito e a enzima convencionais, respectivamente, e (iv) sofre regulação em nível transcricional pelos SNPs rs165774 e rs165895. Com este estudo, pudemos concluir que o SNP rs165774 é um forte marcador genético para DTM; que juntamente com o SNP rs165895, localizam-se na região 3'UTR de uma forma alternativa de mRNA da COMT que, pela primeira vez, provou ser capaz de codificar para uma isoforma alternativa da enzima que exibe atividade enzimática; e que esta isoforma alternativa de mRNA da COMT sofre efeitos regulatórios, em nível transcricional, causados por ambos os SNPs / Abstract: Catecolamine-O-methyltransferase (COMT) is an enzyme with broad biological functions, including pain modulation, exerted through metabolization of substrates such as dopamine, epinephrine, and norepinephrine. It is well known that COMT activity is genetically polymorphic in humans, and correlates to individual pain perception and efficiency in its remission among temporomandibular disorder (TMD) patients treated with propranolol. Thus, our first aim was to investigate new single nucleotide polymorphism (SNP) that might mark for this benefit. Indeed, we have found a new SNP, rs165774 (G>A), that was associated with TMD or intermediate phenotypes in two different cohorts. This polymorphism, in turn, is in close proximity to a second SNP, rs165895 (T>C), both in the 3' untranslated region (3'UTR) of an alternative COMT mRNA that has not yet been characterized. Therefore, we also aimed to (i) verify the expression of this transcript in different human tissues and cell systems, tracking it through RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predict the crystalline structure of the enzyme encoded by it, modeling it with discrete molecular dynamics; (iii) express it in a cell system and compare its relative expression and enzymatic activity to the conventional isoform, using RT-PCR and HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectively; and (iv) verify the effects of SNPs rs165774 and rs165895 on the transcript, creating different mutants by site-directed mutagenesis and observing their effects on the relative expression and enzymatic activity. Our findings show that (i) the alternative COMT transcript is expressed in different human tissues and cell systems; (ii) the crystalline structure of its enzyme exhibits a unique C-terminus that is distinct from the conventional isoform; and that this transcript is (iii) less relatively expressed and its enzyme is less active than the conventional transcript and enzyme, respectively, and (iv) is regulated, at transcriptional level, by the SNPs rs165774 e rs165895. With this study, we conclude that SNP SNPs rs165774 is a strong genetic marker for TMD; that along with SNPs rs165895, they are located in the 3'UTR of an alternative COMT mRNA which proved, for the first time, to be able of encoding an alternative isoform of the enzyme that exhibits enzymatic activity; and that this alternative COMT mRNA is regulated, at transcriptional level, by both SNPs / Doutorado / Protese Dental / Doutora em Clínica Odontológica

Proteínas PUF regulam a estabilidade e a tradução através da ligação a seqüências específicas nas regiões 3\' não traduzidas (3\' UTR) dos mensageiros. A ligação é mediada por um domínio de ligação conservado constituído por 8 repetições de aproximadamente 36 aminoácidos cada. Experimentos realizados no sistema triplo-híbrido de levedura mostraram que os homólogos PUF de Arabidopsis APUM-1, APUM-2 e APUM-3 são capazes de ligar especificamente à seqüência chamada de Elemento de Resposta a NANOS (NRE) reconhecida pelo homólogo PUF de Drosophila. A utilização de bibliotecas de expressão de RNA em ensaios no sistema triplo-híbrido permitiu a identificação de seqüências de ligação consenso para as três proteínas APUM. Análises computacionais identificaram elementos de ligação a APUM em regiões 3\' UTR de importantes transcritos relacionados ao controle do meristema do caule e à manutenção das células totipotentes. Nós mostramos que os homólogos APUM-l, APUM-2 e APUM-3 reconhecem elementos de ligação a APUM nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-2. Ensaios de RT-PCR e Western blot semiquantitativos mostraram que a quantidade dos transcritos WUSHEL e CLAVATA-1 é alterada em plantas antisenso induzíveis para APUM-l, APUM-2 e APUM-3. A relevância biológica dessas interações foi observada através de ensaios de coimunoprecipitação, confirmando, portanto, o primeiro caso de regulação traducional descrito para os mensageiros WUSCHEL e CLAVATA-1. Análises computacionais adicionais para a identificação de outros homólogos PUF em Arabidopsis encontraram vinte e cinco proteínas possuindo repetições PUF. Entre elas, os homólogos APUM-4, APUM-S e APUM-6 apresentam alta similaridade com as proteínas APUM-l, APUM-2 e APUM-3, sendo capazes de ligar especificamente à seqüência NRE e aos elementos de ligação a APUM presentes nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-ts resultados indicam que vários homólogos PUF podem agir como reguladores traducionais em Arabidopsis através de um mecanismo molecular conservado entre as espécies, podendo abrir uma nova área de investigação da regulação de mRNA em plantas. / PUF proteins regulate stability and translation through sequence-specific binding to 3\' untranslated regions (UTR) oftarget mRNA transcripts. Binding is mediated by a conserved PUF domain which contains 8 repeats of approximately 36 amino acids each. Through three-hybrid assays, we have found that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 Arabidopsis PUF homologs can bind specifically to the NANOS Response Element sequence (NRE) recognized by Drosophila PUF homologo Using Arabidopsis RNA libraries in three-hybrid screenings, we were able to identify APUM binding consensus sequences. A computational analysis allowed us to identify the APUM binding element within the 3\' UTR in many Arabidopsis transcripts, even in important mRNAs related to shoot and stem cell maintenance. We show that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 are able to bind specifically to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. RT-PCR and Western blot semiquantitatives assays showed altered WUSHEL and CLAVATA-1 amounts in APUM-1, APUM-2 and APUM-3 antisense plants. The biologic relevance of these interactions was observed with co-immunoprecipitation assay, which confirmed the first example of translational regulation to WUSCHEL and CLA VATA-1 transcripts. Computational analysis to identify others PUF homologs in Arabidopsis found twenty five proteins presenting PUF repeats. Among them, we found that APUM-4, APUM-S and APUM-6 homologs are very similar to APUM-1, APUM2 and APUM-3 and also are able to bind specifically to the NRE sequence and to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. Our results indicate that the APUM proteins may act as regulators in Arabidopsis through an evolutionarily conserved mechanism, which may open up a new approach to investigate mRNA regulation in plants.

Proteínas PUF regulam a estabilidade e a tradução através da ligação a seqüências específicas nas regiões 3\' não traduzidas (3\' UTR) dos mensageiros. A ligação é mediada por um domínio de ligação conservado constituído por 8 repetições de aproximadamente 36 aminoácidos cada. Experimentos realizados no sistema triplo-híbrido de levedura mostraram que os homólogos PUF de Arabidopsis APUM-1, APUM-2 e APUM-3 são capazes de ligar especificamente à seqüência chamada de Elemento de Resposta a NANOS (NRE) reconhecida pelo homólogo PUF de Drosophila. A utilização de bibliotecas de expressão de RNA em ensaios no sistema triplo-híbrido permitiu a identificação de seqüências de ligação consenso para as três proteínas APUM. Análises computacionais identificaram elementos de ligação a APUM em regiões 3\' UTR de importantes transcritos relacionados ao controle do meristema do caule e à manutenção das células totipotentes. Nós mostramos que os homólogos APUM-l, APUM-2 e APUM-3 reconhecem elementos de ligação a APUM nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-2. Ensaios de RT-PCR e Western blot semiquantitativos mostraram que a quantidade dos transcritos WUSHEL e CLAVATA-1 é alterada em plantas antisenso induzíveis para APUM-l, APUM-2 e APUM-3. A relevância biológica dessas interações foi observada através de ensaios de coimunoprecipitação, confirmando, portanto, o primeiro caso de regulação traducional descrito para os mensageiros WUSCHEL e CLAVATA-1. Análises computacionais adicionais para a identificação de outros homólogos PUF em Arabidopsis encontraram vinte e cinco proteínas possuindo repetições PUF. Entre elas, os homólogos APUM-4, APUM-S e APUM-6 apresentam alta similaridade com as proteínas APUM-l, APUM-2 e APUM-3, sendo capazes de ligar especificamente à seqüência NRE e aos elementos de ligação a APUM presentes nas regiões 3\' UTR dos transcritos WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE e FASCIATA-ts resultados indicam que vários homólogos PUF podem agir como reguladores traducionais em Arabidopsis através de um mecanismo molecular conservado entre as espécies, podendo abrir uma nova área de investigação da regulação de mRNA em plantas. / PUF proteins regulate stability and translation through sequence-specific binding to 3\' untranslated regions (UTR) oftarget mRNA transcripts. Binding is mediated by a conserved PUF domain which contains 8 repeats of approximately 36 amino acids each. Through three-hybrid assays, we have found that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 Arabidopsis PUF homologs can bind specifically to the NANOS Response Element sequence (NRE) recognized by Drosophila PUF homologo Using Arabidopsis RNA libraries in three-hybrid screenings, we were able to identify APUM binding consensus sequences. A computational analysis allowed us to identify the APUM binding element within the 3\' UTR in many Arabidopsis transcripts, even in important mRNAs related to shoot and stem cell maintenance. We show that APUM-1, APUM-2 and APUM-3 are able to bind specifically to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. RT-PCR and Western blot semiquantitatives assays showed altered WUSHEL and CLAVATA-1 amounts in APUM-1, APUM-2 and APUM-3 antisense plants. The biologic relevance of these interactions was observed with co-immunoprecipitation assay, which confirmed the first example of translational regulation to WUSCHEL and CLA VATA-1 transcripts. Computational analysis to identify others PUF homologs in Arabidopsis found twenty five proteins presenting PUF repeats. Among them, we found that APUM-4, APUM-S and APUM-6 homologs are very similar to APUM-1, APUM2 and APUM-3 and also are able to bind specifically to the NRE sequence and to APUM binding elements in the 3\' UTR of WUSCHEL, CLAVATA-1, ZWILLE and FASCIATA-2 transcripts. Our results indicate that the APUM proteins may act as regulators in Arabidopsis through an evolutionarily conserved mechanism, which may open up a new approach to investigate mRNA regulation in plants.

Orientador: Cesar Martins / Resumo: Os cromossomos B ocorrem em cerca de 2.828 espécies de diferentes táxons, sendo basicamente heterocromáticos e compostos de DNAs repetitivos. Recentemente, análises genômicas em larga escala estão sendo utilizadas para elucidar questões acerca dos cromossomos supranumerários. Os peixes ciclídeos recebem grande interesse científico, uma vez que muitas espécies passaram por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa. Em algumas espécies do grupo, como Astatotilapia latifasciata, foi descrita a presença de cromossomos B. Neste trabalho foi caracterizado o perfil de expressão proteico em tecidos específicos na A. latifasciata e realizada análise funcional da presença do cromossomo B nesta espécie de teleósteo, elucidando a influência que este pode acarretar em vias metabólicas específicas. Além disso, esses dados foram integrados com os resultados de RNA-Seq dessa espécie, e construídas sub redes de co-expressão e interação proteína-proteína. Também foi calculada a entropia de Shannon, a qual não apresentou diversidade na expressão dos transcritos em cada biblioteca comparada. Além disso, foi analisada a expressão diferencial de RNAm em cada tecido em relação a presença do cromossomo B e ao sexo. Dentre os transcritos diferencialmente expressos, a análise de enriquecimento funcional apresentou processos relacionados ao ciclo celular, resposta imune e resposta ao estresse. Na maioria dos casos analisados entre a expressão de proteínas, os transcritos up regulated e as sub... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The B chromosomes occur in about 2,828 species of different taxa, being heterochromatic and composed of repetitive DNA.Recently, large-scale genomic analyzes are being used to elucidate questions about supernumerary chromosomes.Cichlid fish are of great scientific interest, since many species have gone through a rapid and extensive process of adaptive radiation.In some species of the group, such as Astatotilapia latifasciata, the presence of B chromosomes was described.In this work, we characterize the profile of protein expression in specific tissues in A. latifasciata and performed a functional analysis of the presence of the B chromosome in this species of teleost, elucidating the influence that it can cause in specific metabolic pathways.In addition, we integrate these data with the RNA-Seq results of this species, and construct sub-networks of co-expression and protein-protein interaction.The Shannon entropy was also calculated, which did not show diversity in the expression of the transcripts in each library. In addition, differential expression analysis was performed on each tissue separately and the relationship between the presence of B chromosome and sex chromosome was analyzed. Among the differentially expressed transcripts, functional enrichment analysis presented processes related to the cell cycle, immune response and stress response. In relation to abundance of proteins, the up regulated transcripts and the sub-networks we identified genes like the Aurora kinas... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

A resposta imune desencadeada em pacientes com leishmaniose tegumentar Americana (LTA) é predominantemente celular. Assim, o estudo dos mecanismos imunológicos responsáveis pela formação, progressão e cura desta infecção é de grande importância, considerando a deformação que ela pode causar em indivíduos infectados. Este estudo investigou a expressão de mRNA de IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? e IL-6 em 40 biopsias de parafina (FFPE) fixadas em formalina de pacientes com diagnóstico clínico e laboratorial para LTA. Um grupo de 10 biópsias FFPE coletadas de pacientes com diagnóstico clínico de leishmaniose mucosa (LM) foi utilizado para o controle da evolução da infecção. Inicialmente, foi padronizado a extração de RNA, a síntese de cDNA e a escolha do gene endógeno em 9 biopsias frescas e 8 FFPE. Após essas padronizações, as moléculas de RNA de fragmentos de biopsias parafinadas, foram extraídas com kit específico, tratadas com DNase, quantificadas por fluorimetria e sintetizadas para cDNA. A expressão relativa de cada citocina foi determinada (em duplicata) por PCR em tempo real. As reações foram normalizadas frente ao padrão de expressão do gene endógeno GAPDH, que foi previamente padronizado. O padrão de expressão de cada gene alvo foram determinados segundo a fórmula do \"CT comparativo\" (2-??CT), na qual calcula-se quantas vezes mais ocorre a expressão do gene alvo em relação a indivíduos normais. Também incluído nesse estudo 5 amostras de biopsia de pele de indivíduos normais (grupo IV). Os resultados foram expressos em média de quantificação relativa, a análise estatística foi realizada utilizando foi determinada por Teste t não pareado e teste F para comparação de variâncias, onde três grupos de pacientes foram formados. Grupo I, 35 pacientes com LTA, cuja expressão relativa de IFN-? foi inferior a 100. Grupo II, 5 pacientes com LTA cuja expressão relativa de IFN-? foi superior a 100. Grupo III, 10 pacientes com leishmaniose mucosa. Os níveis de expressão para IFN-? foram 33,34; 214,1 e 129,6 vezes maiores para os Grupos I, II e III, respectivamente do que as amostras do controle normal. Para o TNF-? foram 11,22; 2,37 e 4,59 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-10 foram 5,14; 11,54 e 2,51 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para IL-27 foram 15,81; 85,29 e 17,29 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para o TGF-? foram 5,38; 4,33 e 4,72 vezes superiores ao normal nos Grupos I, II e III, respectivamente. Para a IL-6 foram 5,92; 5,69 e 2,09 vezes superiores aos valores normais nos Grupos I, II e III, respectivamente. Estes resultados foram semelhantes a resultados de estudos que analisam a expressão de citocinas já sintetizadas. No geral, os resultados de expressão gênica das citocinas estudadas sugerem que a exacerbação da resposta imune do perfil Th1 (IFN-?) poderia levar ao surgimento de lesões mais graves nos pacientes dos Grupos II e III. Os níveis elevados de mRNA de IL-10, observado nos pacientes do Grupo II podem promover baixa ativação macrofágica, colaborando com a replicação do parasita e assim culminar com a progressão da doença. A expressão de mRNA de IL-27 não interferiu na expressão de mRNA de IFN-? nas células dos pacientes com leishmaiose tegumentar ou leishmaniose mucocutânea. Em conclusão, estes resultados podem sugerir que os pacientes do Grupo II podem desenvolver formas mais graves de LTA quando comparados aos do Grupo I. / The immune response triggered in patients with American cutaneous leishmaniasis (ACL) is predominantly cellular. Thus, the study of the immunological mechanisms responsible for the formation, progression and cure of this infection is of great importance, considering the deformation that it can cause in infected individuals. This study investigated the expression of IFN-?, IL-10, IL-27, TNF-?, TGF-? and IL-6 mRNA in 40 formalin-fixed paraffin-embedded paraffin biopsies (FFPE) from patients with clinical and laboratory diagnosis for LTA. A group of 10 FFPE biopsies collected from patients with clinical diagnosis of mucosal leishmaniasis (MCL) was used to control the evolution of the infection. Initially, RNA extraction, cDNA synthesis and the choice of the endogenous gene were standardized in 9 fresh biopsies and 8 FFPE. After these standardizations, the RNA molecules of fragments of paraffin-shaped biopsies were extracted with a specific kit, treated with DNase, quantified by fluorimetry and synthesized for cDNA. The relative expression of each cytokine was determined (in duplicate) by real-time PCR. Reactions were normalized against the expression pattern of the endogenous GAPDH gene, which was previously standardized. The expression pattern results for each target gene were determined by the \"comparative CT\" (2-??CT) formula, in which it is calculated how many times more the expression of the target gene occurs in relation to normal individuals. Also included in this study 5 skin biopsy samples from normal subjects (group IV). The results were expressed as mean relative quantification, statistical analysis was performed using was determined by unpaired t test and F test for comparison of variances, where three groups of patients were formed. Group I, 35 patients with ACL, whose relative expression of IFN-? was less than 100. Group II, 5 patients with ACL whose relative expression of IFN-? was greater than 100. Group III, 10 patients with mucosal leishmaniasis. The expression levels for IFN-? were 33,34; 214,1 and 129,6 times higher for Groups I, II and III, respectively than the samples from the normal control. For TNF-? were 11,22; 2,37 and 4,59 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-10 were 5,14; 11,54 and 2,51 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. For IL-27, 15,81; 85,29 and 17,29 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For TGF-? were 5,38; 4,33 and 4,72 times higher than normal in Groups I, II and III, respectively. For IL-6 were 5,92; 5,69 and 2,09 times higher than the normal values in Groups I, II and III, respectively. These results were similar to the results of studies that analyze the expression of cytokines already synthesized. In general, the gene expression results of the cytokines studied suggest that the exacerbation of the Th1 profile (IFN-?) immune response could lead to more serious lesions in patients in Groups II and III. Elevated levels of IL-10 mRNA observed in Group II patients may promote low macrophage activation, assisting in the replication of the parasite and thus culminating in the progression of the disease. Expression of IL-27 mRNA did not interfere in the expression of IFN-? mRNA in the cells of patients with tegumentary leishmaiosis or mucocutaneous leishmaniasis. In conclusion, these results may suggest that patients in Group II may develop more severe forms of ACL when compared to those in Group I.