Orientador: Brenda Paula Figueiredo de Almeida Gomes / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-07-28T13:15:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pedroso_JoseAssis_D.pdf: 9362945 bytes, checksum: 9e466a8351fed8fb3d34f35c3ff7b843 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A atividade antimicrobiana é uma importante propriedade de um cimento endodôntico quando da obturação de canais radiculares. Desta forma, o objetivo do presente estudo foi avaliar as propriedades antimicrobianas desses cimentos. Para tanto foram utilizados quatro cimentos endodônticos: Endo-Fill, Endométhasone, Sealer 26 e AR Plus, nos seguintes tempos após manipulação: imediatamente, 24 horas, 48 horas e 7 dias, e cinco microrganismos: Candida albicans, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Streptococcus sanguis e Actinomyces naeslundii. Foram empregados dois métodos: a) difusão em ágar e b) contato direto através de observação da curva de crescimento dos microrganismos em meio líquido. Quanto ao método de difusão em ágar, obteve-se os seguintes resultados: 1) Os cimentos endodônticos testados apresentaram variações de atividade antimicrobiana, sendo esta, de um modo geral, mais pronunciada nos estágios iniciais de manipulação; 2) Todos os cimentos tiveram ação antimicrobiana pelo menos por contato direto; 3) O cimento Endo-Fill apresentou maiores halos de inibição durante os períodos experimentais, principalmente em relação à C. albicans e A. naeslundii, sendo que para S. sanguis somente até 48 horas após manipulação do cimento. Houve ação antimicrobiana somente por contato direto frente a E. faecalis e S. aureus; 4) O cimento AR Plus para a C. albicans apresentou atividade antimicrobiana até 48 horas após manipulação do cimento; 5) Endométhasone mostrou atividade antimicrobiana apenas imediatamente após o seu preparo para todos os microrganismos e marcada diminuição de sua atividade à medida em que aumentou-se o tempo após manipulação; 6) Sealer 26 foi efetivo somente por contato direto em todos os tempos testados, com exceção do S. aureus que apresentou pequeno halo de inibição no período imediato; 7) E. faecalis foi o microrganismo mais resistente e C. albicans o mais sensível. Quanto ao contato direto: 1) No tempo de manipulação imediato, Endo-Fill e Endométhasone tiveram maior ação antimicrobiana e esses cimentos não diferiram entre si. O Sealer 26 foi o que teve menor ação antimicrobiana; 2) Nos demais tempos de manipulação não houve diferenças estatisticamente significantes entre os cimentos estudados; 3) Para A. naeslundii e S. aureus o cimento que apresentou maior inibição foi o Endo-Fill; 4) Para E. faecalis não houve diferença estatisticamente significante entre os cimentos; 5) Para S. sanguis os cimentos Endo-Fill e Endométhasone apresentaram as maiores inibições de crescimento; 6) Para C. albicans o Endométhasone apresentou maior inibição; 7) E. faecalis foi o microrganismo mais resistente e S. sanguis e S. aureus os mais sensíveis; 8) Não houve diferença estatisticamente significante quanto a dissolução dos cimentos. Concluímos que a atividade antimicrobiana de cada cimento diminui com o decorrer do tempo e depende da vulnerabilidade do microrganismo envolvido / Abstract: The antimicrobial activity is an important property of an endodontic sealer during the root canal filling. Thus, the objective of the present study was to analyze the antimicrobial properties of endodontic sea1ers. For these reasons four sealers were used: Endo-Fill Endométhasone, Sea1er 26 and AR-Plus, in different moments after manipulation: immediately, 24 hours, 48 hours and 7 days, against five microorganisms: Candida albicans, Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Streptococcus sanguis and Actinomyces naeslundii. Two methods were used: a) agar diffusion method and b) direct contact trough the observation of the microbial growth in liquid media. In relation to the agar diffusion method the results showed that: 1) All tested sea1ers showed variation in antimicrobial activity, generally, more pronounced immediately after manipulation; 2) All sealers had antimicrobial activity at least by direct contact; 3) Endo-Fill presented larger inhibition haloes during the experimental periods, mainly in relation to Candida albicans and Actinomyces naeslundii, for Streptococcus sanguis it happened only until 48 hours after the sealer manipulation. There was antimicrobial action only under direct contact with Enterococcus faecalis and Staphylococcus aureus; 4) AR Plus for the Candida albicans presented antimicrobial activity up to 48 hours after manipulation; 5) Endométhasone just showed antimicrobial activity against all bacteria after immediately prepared and showed marked decrease in its activity with the increase of storage time; 6) Sealer 26 was effective only", under direct contact in every time tested except for the Staphylococcus aureus that presented small inhibition haloe in the immediate period; 7) Enterococcus faeca1is was the most resistant microorganism and Candida albicans the most susceptible. In relation to the direct contact method the results were the following: 1) In the immediate manipulation time Endo-Fill and Endométhasone presented the largest antimicrobial activity and there was no statistically significant difference between them. However, Sea1er 26 had the smallest antimicrobial activity; 2) In the other manipulation times there were no statistically significant differences among the sealeres tested; 3) For Actinomyces naeslundii and Staphylococcus aureus the sea1er that presented the greatest antimicrobial activity was Endo-Fill; 4) For Enterococcus faecalis there was no statistically significant difference among the sealers in relation to the antimicrobial activity; 5) For Streptococcus sanguis, Endo-Fill and Endométhasone presented the greatest antimicrobial activity; 6) For Candich albicans Endométhasone presented the greatest antimicrobial activity; 7) Enterococcus faecalis was the most resistant microorganism and Streptococcus sanguis and Staphylococcus aureus the most susceptibles; 8) There was no statistically significant differences in relation to the sealers dissolution. It was concluded that the antimicrobial activity of each sealer decreases by the time and depends on the microbial susceptibility to them / Doutorado / Endodontia / Doutor em Clínica Odontológica

Orientador: Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química / Made available in DSpace on 2018-08-25T12:48:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Angolini_CelioFernandoFigueiredo_D.pdf: 5315143 bytes, checksum: 8dd92777c4d60094caaa95a789eb6ae2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Neste trabalho avaliou-se a ação de micro-organismos em amostras de petróleo naturalmente biodegradadas e em ensaios de biodegradação realizados em laboratório, através da otimização de um protocolo que utiliza metodologias rápidas de análise da fração polar por ESI-MS. Assim sendo foi possível aferir a composição molecular dos constituintes das classes de compostos oxigenados (O, O2, O3 e O4) e nitrogenados (N, NO, NO2, NO3) presentes no petróleo e correlacioná-las ao fenômeno de biodegradação, e ambiente deposicional em óleos da Bacia de Campo e da Bacia Potiguar, respectivamente. As informações geradas nesse estudo contribuíram para o entendimento da origem dos biomarcadores ácidos através da degradação dos respectivos hidrocarbonetos. Complementando o escopo principal do trabalho foram caracterizados dos micro-organismos do petróleo por técnicas de espectrometria de massas, mostrando a importância do desenvolvimento desta técnica com construções de bibliotecas de referência e elaboração de softwares mais elaborados. Finalizando foi realizada a síntese de um biomarcador trideuterado com ampla utilização em estudos de petróleo / Abstract: In this work we were able to evaluate the action of microorganisms in naturally biodegraded samples and in biodegraded laboratory assays, by optimizing a protocol that uses fast methods of analysis of the polar fraction by ESI-MS. Which was possible to determine the molecular composition of the compounds for oxygen (O, O2, O3 and O4) and nitrogen classes (N, NO, NO2, NO3) present in petroleum. Allowing to correlate those classes with the biodegradation phenomenon, and the depositional environment for the different studied petroleum samples. Even more information is generated about the origin of biomarkers acids through degradation of the respective hydrocarbons. In addition to the main scope of work, we characterize the petroleum microorganisms by mass spectrometry techniques, showing the importance of developing this MO identification technique by the construction of reference libraries and development of more sophisticated software. Also we synthesized a trideuterated biomarker widely used in studies with petroleum / Doutorado / Quimica Organica / Doutor em Ciências

Orientador : Lucia Regina Durrant / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-01T23:55:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bavutti_HamiltonRobertoFortes_D.pdf: 34939085 bytes, checksum: 2fbad9e1098a28b05a4e68c56a2847ef (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: O objetivo deste trabalho foi estabelecer parâmetros para a degradação biológica de várias amostras de chorume obtidas de um aterro sanitário da região metropolitana de Campinas, determinar os tipos de microrganismos mais comumente encontrados nestas amostras e estudar o metabolismo dos mesmos. Inicialmente 323 linhagens foram isoladas utilizando-se o meio de cultura R2A. Estas linhagens foram testadas quanto a sua resistência frente a compostos tóxicos e crescimento sobre lignina. Foram realizados 8 experimentos mudando-se as características de cultivo e alguns parâmetros foram observados, tais como degradação de fenol, degradação de compostos tóxicos presentes no chorume, redução da demanda química de oxigênio (OQO) e diminuição da cor. 00 total delinhagens analisadas, 4 linhagens fúngicas mostraram-se mais adequadas para conseguir degradar os compostos altamente poluentes presentes no chorume. As linhagens 74, 100, 108 e 184 foram testadas e a linhagem 184 destacou-se como sendo a melhor em quase todos os testes. Uma linhagem bacteriana (254) também atingiu bons resultados em alguns testes e merece outros estudos. O máximo de redução da OQO foi conseguido pela linhagem 184 nos experimentos IV (51,8%) e V (50,4%). As melhores taxas de degradação do fenol também foram atingidos pela linhagem 184 nos mesmos experimentos (72,9% e 63,7% respectivamente). A linhagem 100 também apresentou bons resultados e reduziu a OQO em 36,8% no experimento 111e 38,6% no experimento IV. Quanto à degradação do fenol, a mesma linhagem conseguiu taxas de degradação de 50,1 % no experimento IV. O chorume não autoclavado serviu melhor aos experimentos, bem como a adição de glicose e extrato de leveduras como nutrientes de crescimento / Abstract: The purpose of this work was to stablish parameters for the biological degradation of several leachate samples from a Campinas region's municipal sanitary landfill, to determine the kínd of microorganisms commonly found on these samples and to study their metabolism. Initally 323 strains were isolated using R2A medium. These strains were tested to toxical compounds resistance and ability to growth on lignin. Degradation of total leachate compounds, phenol degradation, DOO reduction and colour reduction were analysed in eíght different culture conditions. Four (4) fungal strains were more prepared to degrade the highly toxical leachate compounds. Strains 74, 100, 108 and 184 were tested and the strain 184 appeared to be the best in almost ali the conditions. One bacterial strain (254) also showed good results in some tests and deserves a detailed study. The maximum of DOO reduction was reached by the 184 strain in the experiments IV (51,8%) and V (50,4%). The best rates of phenol degradation were also reached by the strain 184 in the same experiments (72,9% and 63,7% respectiveUy). Strain 100 also presented good results and reduced the DOO around 36,8% in experiment 111and 38,6% in experiment IV. The same strain degradaded about 50,1% of phenol in the experiment IV. Non sterilized leachate added with glucose and yeast extract was better metabolized compared to non-added and sterilized leachate / Doutorado / Doutor em Ciência de Alimentos

Orientador : Laura Maria Mariscal Ottoboni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-01T23:53:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ogusucu_Renata_M.pdf: 6995501 bytes, checksum: 4ecee04d3f3852a5d1909fb42babec91 (MD5) Previous issue date: 2002 / Mestrado

Orientador : Anita Jocelyne Marsaioli / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-03T11:43:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Porto_AndreLuizMeleiro_D.pdf: 7658394 bytes, checksum: e0a02bdd1551d55a35e0923180c7edc6 (MD5) Previous issue date: 2002 / Doutorado

Orientadores: Altair A. Del Bel Cury, Pedro Luiz Rosalen / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:53:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_VivianeMaiaBarretode_D.pdf: 3110818 bytes, checksum: 40e9aa33bfe2bfa6fd45609e4b286025 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: O objetivo deste estudo foi verificar a eficácia do limpador de prótese Polident 5 minutes@ (Block and Drug Corp.) quanto à redução da concentração de Compostos Sulfurados Voláteis (CSV), por meio do Halimeter@ (Interscan Corp.) e a ação bactericida pela cultura microbiana em ágar sangue e MacConkey, além de avaliar a correlação entre a habilidade em higienizar as próteses (HA) e o índice de biofilme (IB) sobre as mesmas. Foram selecionados 19 voluntários, com idades entre de 62 a 86 anos, portadores de pelo menos prótese total superior. As análises foram realizadas em duas fases (F). FI: avaliação m e verificação HA, determinação da concentração de CSV e coleta do biofilme das próteses antigas, nos tempos To (sem uso do limpador), TI, T2eT3 (uso contínuo do limpador por 7, 14 e 28 dias); FII: novas próteses foram instaladas, a concentração de CSV foi determinada e o biofilme foi coletado após 30, 60 e 90 dias de uso contínuo do limpador (Tu, T2.2, T3.3). Os resultados para a concentração de CSV apresentaram diferença estatística entre os períodos Toe TI, e Tu e T 2.2, verificada pelo 64, 67A; T3.3: 53,67B. Na avaliação de microrganismos crescidos em aerobiose os resultados não mostraram diferença estatística significativa na FI e na F 11 houve diferença estatística entre todos os tempos, verificada pelo Teste T pareado (p<0,05): To: 3,34a; TI: 2,22a; T2: 2,92a; T3: 4,24a; Tu: O, 14c; T2.2: 1,12B; T33: 2,74B. Concluiu-se que houve uma correlação positiva entre a HA e m, que o limpador não foi eficaz na remoção do biofilme aderido à prótese antiga e não impediu a formação de biofilme nas novas próteses, assim como não reduziu os níveis de CSV dos pacientes / Abstract: The purpose of this study was to determine the effectiveness of the Polident 5 minutes@ (Block and Drug Corp.) denture cleanser in reducing V olatile Sulphur Compounds (VSC) concentration, estimated by Halimeter@ (Interscan Corp.) and the bactericide action by Blood Ágar and MacConkey culture, besides evaluating the correlation among the denture cleaning dexterity (DC) and the biofilm index (BI). 19 volunteers were selected with age range 62 to 86 years, wearing at least the upper denture. The analysis was conducted in two phases (P): PI: BI evaluation, volunteers DC, determination of VSC concentration and the biofilm was collected ITom the old denture before the use of the treatment protocol (To), and after 7, 14 and 28 days of continuous cleanser use (TI, T2 and T3); Pu: new denture was installed, VSC concentration was determinated and biofilm was collected at 30, 60 and 90 days with daily use ofthe denture cleanser (Tu, T2.2, T3.3). The VSC concentration results showed statistical difference between To and results did not show statistical difference at Phase I and, at Phase 11, there was statistical difference between alI the times, by paired-T test (p<0.05): To: 3,343; TI: 2,223; T2: 2,923; denture cleanser was not efficient to remove the old denture biofilm, did not prevent the new denture biofilm and did not reduce patients VCS levels / Doutorado / Protese Dental / Doutor em Clínica Odontológica

Orientador : Yoko B. Rosato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T03:58:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pimenta_AndreadeLima_M.pdf: 6770754 bytes, checksum: 136b47f574714032f48a26747148f5bc (MD5) Previous issue date: 1990 / Resumo: Xanthomonas campestris é uma bactéria fitopatogênica responsável pela podridão negra de várias espécies vegetais e produtora de um mucopolissacarídeo extracelular de ampla utilização industrial conhecido como goma xantana. Com o intuito de se obter linhagens desta bactéria com alta capacidade de expressão do gene da alfa-amilase e potencialmente capazes de produzir a goma, xantana a partir de substratos amiláceos, foram clonadas e caracterizadas seqüências promotoras específicas de x.campestris e, de posse destas foram construídos e introduzidos em duas de suas linhagens (REF Cmr e 280 Nalr) quatro vetores distintos portadores do gene da alfa-amilase de Bacillus subtilis; (1) pAP2X, contendo o gene amy sob o controle do promotor de B. subtilis; (2) pAP2X, contendo o gene amy sob controle do promotor de X. campestris em adição ao promotor original; (3) pAP23, construção semelhante à do pAP2 contendo a inserção do locus de estabilização parB; e (4) pAP23X, obtido a partir da introdução do promotor de Xanthomonas no pAP23. Análises do nível de estabilização obtido após a introdução do locus parB no plasmidio pAP2 mostraram que linhagens portadoras do plasmidio contendo este locus estabilizador apresentaram índice de perda plasmidial até 27 vezes menor do que aquelas cujo plasmidio não fora dotado desse locus. A quantificação da produção de alfa-amilase pelas oito linhagens obtidas após a introdução dos plasmidios em X.campestris mostrou que linhagens originalmente amilolíticas (Cm r), portadoras de vetores nos quais o gene sob o controle do promotor específico dessa bactéria, apresentaram atividade específica de alfa-amilase 100% superior a da linhagem controle, chegando esta diferença à 300% no caso das linhagens originalmente não amilolíticas (Na I r). Apesar de nenhuma das linhagens obtidas ter se mostrado capaz de produzir goma xantana tendo o amido como único substrato, o caráter amilolítico introduzido conferiu a estas bactérias, de um modo geral, melhor capacidade de aproveitamento de todos os substratos estudados (sacarose, amido e amido+sacarose) para produção de xantana, tendo o mais alto nível de produção correspondido ao da linhagem N2X (portadora do plasmidio amilolítico onde foi introduzido o promotor de X. campestris) crescida em amido+sacarose. Estes resultados permitem considerar promissoras as possibilidades de produção de goma xantana a partir de amido, sendo para tanto necessários alguns estudos adicionais envolvendo a caracterização dos produtos de hidrólise do amido por esta alfa amilase de B. subtilis e seu aproveitamento por linhagens de X. campestris / Abstract: Xanthomonas campestris is a phytopathogenic bacteria responsible for the black rot of crucifers and a variety of other economically important plant diseases, and which produces an exopolisacharide with large industrial applications known as xanthan gum. Promoter sequences isolated from X. campestris were cloned and four plasmids harboring the amy gene of B. subtilis were constructed in order to obtain strains showing high expression of the alpha-amylase gene and thus potentially capable to use starch in fermentation processes, The new plasmids constructed were: (i) pAP2, which contains the amy gene under the control of its original promoter of Bacillus; (ii) pAP2X, which contains an aditional promoter of X. campestris placed upstream of the amy gene; (iii) pAP23, obtained upon introduction of the stabilizer locus parB in pAP2; and (iv) pAP23X, obtained upon introduction of the Xanthomonas promoter sequence in pAP23. Analysis of the stabilization levels obtained after the introduction of parB in pAP2 showed a reduction of up to 27 times in the loss rate of plasmid containing this locus. Quantification of the alpha-amylase production by the 8 strains obtained after the introduction of the new plasmids in X campestris showed that, strains containing both Bacillus and Xanthomonas promoters were able to produce up to 300% more alpha-amylase than strains lacking those plasmids. Although none of the strains tested has been able to produce xanthan gum from starch, the amylolitic character introduced improved their capacity to utilize starch containing media (starch and starch plus sucrose) for the production of this biopolymer. The highest level of xantan production was achieved by strain N2X, wich harbours the amylolitic plasmid with the insertion of the X. campestris promoter (pAP2X). These show that there are promising possibilities for the production of xanthan gum utilizing starch as the unique carbon source, although aditional studies involving characterization of the hydrolysis products of the alpha-amylase gene cloned from B. subtilis and their utilization by strains of X. campestris should still be carried aut / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Brenda Paula Figueiredo de Almeida Gomes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-04T08:34:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sena_NeyllaTeixeira_M.pdf: 2765120 bytes, checksum: 8a7f044f8c8b34593e4ca88e997a79d7 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O objetivo deste estudo foi investigar a atividade antimicrobiana do hipoclorito de sódio (NaOCl) 2,5% e 5,25% e da clorexidina (CLX) 2.0% tanto na forma gel como líquida utilizados como substância química auxiliar durante o preparo químico-mecânico frente a biofilmes de espécies única. Biofilmes simples dos microrganismos Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus, Prevotella intermedia, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium nucleatum e Candida albicans foram formados em filtros de membrana de nitrato de celulose sobre placas de agar sangue. Os biofilmes foram imersos nas substâncias químicas por 30s, 5, 10, 15, 30 e 60 min com ou sem agitação mecânica e em seguida transferidos para meios de cultura contendo neutralizadores das substâncias químicas. A seguir, foram realizadas diluições em série, alíquotas foram inoculadas em placas de agar sangue, incubadas e após crescimento, as unidades formadoras de colônias foram quantificadas através de suas diluições. O hipoclorito de sódio (NaOCl) 5,25% eliminou todos microrganismos testados em 30 segundos de contato. Frente aos microrganismos anaeróbios estritos, todas as substâncias químicas obtiveram o mesmo desempenho, sendo efetivas em 30 segundos. A solução salina permitiu o crescimento microbiano de todas as cepas. Concluiu-se que NaOCl a 5,25% foi a substância química testada mais efetiva, seguido pela CLX líquida 2%. Os resultados demonstraram que a efetividade do agente antimicrobiano depende dos microrganismos que constituem o biofilme, do tempo de contato destes com o a substância química, da ação ou não da agitação mecânica e forma de apresentação da substância / Abstract: The aim of this study was to investigate the antimicrobial activity of 2.5% and 5.25% sodium hypoclorite and 2.0% chlorhexidine gel and liquid as auxiliary chemical substances against selected single-species biofilms. Enterococcus faecalis, Staphylococus aureus, Prevotella intermedia, Porphyromonas gingivalis, Porphyromonas endodontalis, Fusobacterium nucleatum and Candida albicans were grown on cellulose nitrate membrane placed on agar medium, generating single biofilms, which were immersed in the endodontic auxiliary chemical substance for 30 second and 5, 10, 15, 30, and 60 minutes with mechanical agitation or not. Sterile saline was used as a control group. After each time tested, the antimicrobial activity was neutralized. The microorganisms were suspended using a vortex, which was tem-fold serially diluted. Aliquots of the dilutions were plated on 5% sheep blood agar media, and incubated. Colony-forming units were then calculated. NaOCl 5.25% was observed to eliminate all strains in 30 seconds. However, other irrigating solutions showed effective antimicrobial activity against the anaerobic microorganisms in 30 seconds. Sterile saline showed microbial growth in all tested times. NaOCl 5.25% followed by 2% liquid chlorhexidine, was the most effective agents tested. These results indicate that the effectiveness of an antimicrobial agent is closely related to the organization of microorganisms in the biofilm as well as to the contact time between microorganisms and substances, presence or lack of the mechanical agitation, and presentation form of the substances / Mestrado / Endodontia / Mestre em Clínica Odontológica

Memoria para optar el título de Bioquímico / La shigelosis es una infección intestinal aguda causada por bacterias del género Shigella, cuyos síntomas varían desde diarrea acuosa hasta disentería bacilar inflamatoria grave. Shigella es un patógeno cuyo único hospedero es el humano, presenta una muy baja dosis infectiva (solo 10 organismos viables pueden producir enfermedad) y se contagia principalmente por vía fecal-oral. Esta bacteria permanece dentro de las cuatro principales causas de diarrea moderada-grave en niños menores de 5 años en países en vías de desarrollo, predominando el serogrupo S. flexneri, a diferencia de nuestro país donde predomina el serogrupo S. sonnei. Con el transcurso del tiempo, Shigella ha sido capaz de adquirir rápidamente diversos mecanismos de resistencia a los antibióticos utilizados en su tratamiento, lo que genera la necesidad de conocer el patrón de susceptibilidad que presenta este patógeno antes de comenzar la terapia. Uno de los antibióticos utilizados en su tratamiento es el trimetoprim (Tmp), el cual inhibe la actividad de la enzima dihidrofolato reductasa (DHFR). La resistencia a este antibiótico se genera principalmente por la adquisición de genes dfr que codifican para una enzima DHFR resistente a Tmp. En nuestro país, la resistencia a Tmp en cepas de S. sonnei aisladas entre los años 1995 y 1997 se atribuye principalmente a la presencia de los genes dfrA1 y dfrA8, pero en un brote de S. sonnei surgido en los años 2008 y 2009, esta resistencia se debe a otro mecanismo no identificado. Además, la mayoría de las cepas de S. sonnei aisladas después del brote, presentan resistencia a Tmp pero su mecanismo de resistencia no ha sido estudiado. Debido a esto, en el presente trabajo se propuso determinar el mecanismo de resistencia a trimetoprim y evaluar su distribución en cepas de S. sonnei aisladas en nuestro país entre los años 1995 y 2013. Este mecanismo de resistencia se identificó mediante el uso de una genoteca construida con el ADN de una cepa de S. sonnei resistente a Tmp, revelando mediante secuenciación, un cassette genético que incluye al gen dfrA14 como responsable de la resistencia a este antibiótico. Posteriormente, se determinó la distribución del gen dfrA14 y de los genes previamente descritos dfrA1 y dfrA8 mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en las cepas aisladas entre los años 1995 y 2013. De esta forma, se obtuvo que entre los años 1995-1997 y 2004- 2006 predominó dfrA8, en tanto que el 100% de las cepas aisladas durante el brote 2008-2009 presentaron dfrA14. Posteriormente, en los años 2010-2011 se detectó la presencia de dfrA1 y dfrA14 en proporciones similares y luego en el 2012-2013 reapareció además dfrA8. Adicionalmente, se determinó que la totalidad de las cepas que presentan dfrA14, lo hacen en el contexto genético de un plásmido de 6779 pb, capaz de otorgar resistencia a cotrimoxazol (mezcla de Tmp y sulfonamidas), denominado pABC-3. Este plásmido es prácticamente idéntico a un plásmido de E. coli denominado pCERC1, salvo por la ausencia de una repetición de 11 pb en su secuencia. También es similar a otros plásmidos presentes en Shigella, cuya principal diferencia es la ausencia de dfrA14. Esto sugiere dos posibles orígenes del pABC-3: uno es la adquisición del plásmido desde una E. coli y el otro es la inserción del cassette que contiene dfrA14 en los plásmidos presentes en Shigella. En conclusión, en el presente trabajo se describe que la resistencia a Tmp en cepas de S. sonnei aisladas en nuestro país se debe mayoritariamente a la presencia de los genes dfrA1, dfrA8 y dfrA14 y que este último se encuentra en el contexto genético del plásmido pABC-3, confiriendo resistencia a Tmp a la mayoría de las cepas de S. sonnei aisladas en nuestro país desde el año 2004 hasta 2013 / Shigellosis is an acute intestinal infection caused by bacterial genus Shigella. Its symptoms vary from watery diarrhea to severe inflammatory bacillary dysentery. Shigella, a strictly human-pathogen, has a very low infectious dose (10 bacterial cells can produce illness) and is transmitted via faecal-oral. This pathogen affects mainly children under 5 years in developing countries, where S. flexneri is the most important serogroup, while in Chile S. sonnei is the prevalent serogroup. The use of antibiotics against Shigella is the first line therapy, however lately the acquisition of resistance mechanisms has increased. Therefore, antimicrobial susceptibility profiles are required before starting any treatment. Trimethoprim (Tmp), one of selected antibiotics against this pathogen, inhibits the activity of the dihydrofolate reductase enzyme (DHFR). Tmpresistant (TmpR) bacteria are mainly due to acquisition of dfr genes, coding for DHFR enzymes. S. sonnei strains isolated in Chile between 1995 and 1997 showed the presence of dfrA1 and dfrA8 genes, but the mechanism of Tmp-resistance in a later outbreak (2008-2009) is unknown. The majority of S. sonnei strains isolated after the outbreak are TmpR, but their resistance mechanism has not been studied yet. The general aim of this study was to identify the genetic marker responsible of the Tmp resistance mechanism in S. sonnei strains isolated between 1995 and 2013. A DNA library was obtained from a representative TmpR S. sonnei strain from the outbreak and a recombinant E. coli TmpR was isolated. Further, the sequenced clone was identified as harbouring the dfrA14 gene. We evaluated the distribution of the dfrA14 gene and the previously described genes, dfrA1 and dfrA8 in a laboratory collection of S. sonnei from 1995 – 2013. The results show that within periods 1995- 1997 and 2004-2006 the dfrA8 gene was the most prevalent, while 100% of the isolated strains during the 2008-2009 outbreak present the dfrA14 gene. Later, between 2010 and 2011 dfrA1 and dfrA14 were detected in similar proportions, and then, between 2012 and 2013 dfrA8 reappeared. In addition, it was determined that the dfrA14 gene is harboured in a 6779 bp plasmid, named pABC-3, which confers cotrimoxazole resistance. This plasmid is nearly identical to the pCERC1 plasmid isolated from E. coli, except for an 11 bp sequence missing in pABC-3, and similar to other Shigella plasmids, without the insertion of the dfrA14 gene cassette. This suggests two possible origins for the pABC-3 plasmid. One of them is the acquisition of the whole plasmid from E. coli and the other is the insertion of the dfrA14 gene cassette into a Shigella dfrA14 -less plasmid. In conclusion, the present study showed that Tmp resistance in S. sonnei strains isolated in Chile is mainly due to the presence of the dfrA1, dfrA8 and dfrA14 genes. This last gene is found inside the pABC-3 plasmid conferring Tmp resistance to the majority of S. sonnei strains isolated between years 2004 and 2013 in our country / Fondecyt

Orientador : Antonio de Melo Serrano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-07-15T08:35:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_JairVicentede_M.pdf: 2961335 bytes, checksum: 348d5ca9be202cc96a893ae1d41db62e (MD5) Previous issue date: 1985 / Resumo: Foram utilizadas culturas de Clostridium perfringens e Salmonella typhi ambas submetidas a aplicações repetidas de hipoclorito de sódio, solução com 9,5% de cloro ativo na diluição 1/500 e ao composto de amônio quaternário (CAQ), cloreto de laurildimetilbenzil - amônio a 50%, na diluição 1/2000. Uma parte do experimento foi realizada de forma típica de laboratório, utilizando tubos de ensaio, onde se usava 3 ml da cultura e juntava-se 3 ml de CAQ, deixava-se atuar o sanificante por 1 minuto e 30 segundos, transferindo-se depois 1 ml da mistura sanificante e cultura para o meio de tio glicolato, as cepas de Clostridium perfringens, e para o caldo nutriente, a Salmonella typhi. Repetia-se esta operação até ao 59 dia, ao 69 dia neutralizava-se o CAQ com solução de tween 80 a 6% mais solução de lecitina a 4%. Após a neutralização, este conjunto diluía se em série e plaqueava-se, o Clostridium perfringens em ágar de Shahidi Ferguson Perfringens (SFP) e a Salmonella typhi em ágar, para contagem em placa (ACP). Ao 79 dia, após a contagem, retirava-se uma colônia e transferia-se para os tubos contendo meio de enriquecimento apropriado para cada microrganismo (caldo nutriente e tioglicolato). O mesmo procedimento foi feito com o hipoclorito de sódio, variando a atuação, que foi de 2 minutos e o neutralizante que foi a solução de tiossulfato de sódio a 5%. Na outra parte do experimento foi usada superfície de aço inoxidável estéril, na qual se espalhava 5 ml de caldo de carne e mais 1 ml da cultura e em seguida adiciona va-se 5 ml do sanificante e agitava-se o conjunto. 0 tempo de atuação foi o mesmo utilizado para a metologia dos tubos. Após a atuação, com uma zaragatoa, coletava-se amostra de 15 cm2 em três diferentes locais da superfície e em seguida transferia-se a zaragatoa para os tubos contendo meio de enriquecimento já descrito. As células de Clostridium perfringens e Salmonella typhi apresentaram resistência ao hipoclorito de só dio quando usados tubos, enquanto que nos outros casos, as cepas, tanto de Clostridium perfringens como de Salmonella typhi, foram destruidas / Abstract: Cultures of C. perfringens and S. thphi were both submitted to repeated applications of sodium hypochlorite 9,5 % solution of active chlorine diluted (1:500) and 5% quaternary am monium compound (Q.A.C.), laurydimethylbenzilammonium chloride diluted 1/2000. One part of the experiment was performed in a typical laboratory test tube procedure by mixing 3 mL of Q.A.C. with 3 mL of culture and letting it act for a period of l' 3O''. Then 1 mL of this mixture, sanitizing compound plus C. perfringens Culture was transferred to a thioglycolate medium, and 1 mL of the other mixture (sanitizing compound plus S. typhi) was transferred to nutrient broth. This procedure was repeated until the 5th day; on the 6th day, the Q.A.C. was neutralized with a solution consisting of 6% Tween 80 and 4% lecithin. After the neutralization, the solutions were diluted in a serial range. The C. perfringens was transfered to an agar plate (Shaihd Ferfunson Perfringens-SFP) and the S. typhi to a Plate Count Agar (PCA). On the 7th day, after counting, the colony was withdrawn and transferred to tubes with the appropriate medium (thioglycolate or nutrient broth). The same procedure was followed with the sodium hypochlorite, changing the time to two minutes and the neutralizing agent to 5% sodium thiosulphate. In the other part of the experiment, 5 mL of meat broth, 1 mL of culture and 5 mL of sanitizing compound were placed on sterilized stainless steel surface and shaken. The time period used were the same as thouse in the test tube method. After reaction, samples from the different places on the surface were collected with swabs and transferred to tubes with the medium described above. The cells of C. perfringens and S. typhi were resistant to treatment with sodium hypochlorite int test tubes, while in the other cases the strains C. perfringens and S. typhi were killed / Mestrado / Mestre em Ciência de Alimentos