Ο καρκίνος του προστάτη αποτελεί σημαντικό πρόβλημα της δημόσιας υγείας ιδιαίτερα στο δυτικό κόσμο. Είναι ο πιο συχνός σπλαχνικός καρκίνος και ο δεύτερος πιο θανατηφόρος μετά τον καρκίνο του πνεύμονα. Η εισαγωγή και χρήση του PSA από τα τέλη της δεκαετίας του ’80 προσέθεσε ένα ισχυρό διαγνωστικό εργαλείο στα χέρια των κλινικών, το οποίο αναχαίτισε τη μέχρι τότε αυξητική τάση του αριθμού των θανάτων οφειλομένων στον καρκίνο του προστάτη. Το PSA ωστόσο χαρακτηρίζεται από χαμηλή ειδικότητα αλλά και ευαισθησία, χαρακτηριστικά που επιβάλλουν περιορισμούς στη χρήση του. Εξάλλου δεν προβλέπει το βαθμό της επιθετικότητας ενός αδενοκαρκινώματος του προστάτη, συμβάλοντας στο φαινόμενο της υπερδιάγνωσης αλλά κυρίως της υπερθεραπείας του καρκίνου του προστάτη. Κατά συνέπεια είναι απαραίτητη η ανάπτυξη μοριακών εργαλείων (δεικτών) οι οποίοι θα διαγιγνώσκουν τη νόσο με μεγαλύτερη ασφάλεια αλλά κυρίως θα μας δίνουν προγνωστικές πληροφορίες για τη βιολογική συμπεριφορά του όγκου, προλαμβάνοντας μια άσκοπη θεραπευτική παρέμβαση. Ενδιαφέρον πεδίο αναζήτησης τέτοιων δεικτών αποτελεί η χρωμοσωμική περιοχή 8q24. Ο μικροδορυφόρος DG8S737 εδράζεται στην περιοχή 8q24 και έχει δειχθεί, σε διαφορετικούς πληθυσμούς, ότι συγκεκριμένο αλληλόμορφό του σχετίζεται με επιθετικό, κλινικά σημαντικό καρκίνο του προστάτη. Στη συγκεκριμένη μελέτη ανιχνεύονται οι συχνότητας των αλληλομόρφων του μικροδορυφόρου DG8S737 σε μια ομάδα γενικού πληθυσμού (control) και σε μια ομάδα ασθενών οι οποίοι πάσχουν από επιθετικό καρκίνο του προστάτη. Τα αποτελέσματα επιβεβαιώνουν την τάση του αλληλομόρφου -8 να ανιχνεύεται συχνότερα σε ασθενείς παρά σε υγιείς. Εξάλλου παρατηρήθηκε για πρώτη φορά η ίδια τάση και για το αλληλόμορφο -10. Αυτά τα αποτελέσματα ενισχύουν το δυναμικό χρήσης του DG8S737 ως δείκτη για το μέτρο της επιθετικότητας του καρκίνου του προστάτη. / Prostate cancer represents a major public health issue in western world. It is the most frequently diagnosed visceral cancer whereas it is second in mortality. The use of PSA since the late 80s restrained the rising tendency of mortality of prostate cancer. PSA though, lacks in specificity. Besides it contributes to the phenomenon of overdiagnosis which leads to overtreatment of prostate cancer. Consequently it is necessary for novel biomarkers to emerge in order to diagnose more accurately and predict the aggressiveness of prostate cancer. The 8q24 region of chromosome 8 is a region which could harbor potential biomarkers for prostate cancer. The microsatellite DG8S737 in that region has a number of alleles, one of which has the tendency to be more often detected in patients with aggressive prostate cancer. We have studied the frequencies of alleles of DG8S737 in a group of patients with aggressive prostate cancer as well as in a group of control volunteers. The results confirm the findings of previous studies. The allele -8 of DG8S737 has been detected more often in patients than in healthy volunteers. A new finding is that allele -10 also is more frequently detected in the patients group rather than the control group. The results confirm previous findings and enforce the potential use of DG8S737 as novel biomarker for the aggressive prostate cancer.

Thesis (MSc)--Stellenbosch University, 2012. / ENGLISH ABSTRACT: The decline of Haliotis midae (perlemoen) populations together with the ensuing collapse of commercial abalone fisheries in South Africa have shifted the responsibility to abalone farms to meet the demand for perlemoen. Attention has recently turned to the genetic enhancement of cultured abalone in order for the farms to remain competitive in the international aquaculture market. To develop a successful breeding programme it is imperative to draw on a good foundation of high levels of genetic diversity and to successfully maintain these levels in order to create an enhanced strain of cultured abalone. A Performance Recording Scheme (PRS) was established as the first breeding programme for Haliotis midae to utilise molecular tools. This programme was aimed at enhancing the growth rate of abalone in order to shorten the production times on farms. The current study made use of 12 species-specific microsatellite markers to assign parentage to a group of faster-growing PRS animals, as selected by the abalone farms, in order to select a diverse on-farm generation of broodstock. Additionally, the influence of standard selection practises on the genetic diversity of a population compared to genotypic selection was investigated. This data was also used to study the differentiation and levels of genetic diversities within and between cultured and wild populations. Selection based on genotypic traits successfully retained genetic diversity while some diversity was lost in phenotypically selected populations. These phenotypic populations differed significantly from each other and wild populations, while the genotypic populations were similar in genetic composition to each other and wild populations of the West coast. The broodstock populations used in the PRS spawning event were representative of the wild populations from where they were sourced, with no significant differentiation between the broodstock and West coast population. When these broodstock populations were compared to their corresponding offspring populations, only two populations displayed a significant loss in diversity; although all of the offspring populations showed significant differentiation with their corresponding broodstock populations. This was attributed to the differential contribution of broodstock and the effect of artificial selection. It was established that the cultured populations of the participating abalone farms should be used with caution in ranching and reseeding programmes. These populations differed significantly from both the East and West coast wild populations. This study concluded that it is possible to retain genetic diversity by selecting breeding animals based on genotypic traits. The loss of diversity in some cultured populations and significant differentiation from the wild populations indicate that animals are exposed to different selection pressures in the cultured environment. The results found in this study highlight the need for the effective management of hatchery practices and the genetic monitoring of the breeding animals. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Die afname in Haliotis midae (perlemoen) populasies en die daaropvolgende ineenstorting van die kommersiële perlemoen bedryf in Suid-Afrika het die verantwoordelikheid om in die aanvraag na perlemoen te voorsien, na perlemoen plase verskuif. Die genetiese verbetering van verboude perlemoen geniet tans aandag in ‘n poging om kompeterend te bly in die internasionale mark. Dit is noodsaaklik vir die sukses van ‘n broeiprogram om gebruik te maak van ‘n goeie genetiese basis met hoë vlakke van genetiese diversiteit en die suksesvolle behoud van die vlakke om so ‘n verbeterde lyn te skep. ‘n Groeiprestasie aanteken stelsel [Performance Recording Scheme (PRS)] is gestig as die eerste broeiprogram vir Haliotis midae wat gebruik maak van molekulêre tegnieke. Die doel van hierdie program was om die groeitempo van verboude perlemoen te verbeter om produksie tye te verkort. Die huidige studie het gebruik gemaak van 12 spesie-spesifieke mikrosatelliet merkers om ouerskap toe te ken aan ‘n groep vinnig-groeiende PRS-diere, soos geselekteer deur die perlemoen plase, om ‘n diverse generasie gekultiveerde diere te selekteer wat as broeidiere kan dien. Die invloed van standaard seleksie metodes op die genetiese diversitiet van ‘n populasie in vergelyking met genotipiese seleksie is ook ondersoek. Die ouerskap data is ook gebruik om differensiasie en vlakke van genetiese diversiteit tussen verboude perlemoene en wilde populasies vas te stel. Seleksie gebasseer op genetiese eienskappe het daarin geslaag om genetiese diversiteit te behou, terwyl diversiteit verlore gegaan het in die fenotipies geselekteerde populasies. Hierdie fenotipiese populasies het ook beduidend met mekaar sowel as met die wilde populasies verskil, terwyl genotipiese populasies soortgelyk was in hul genetiese samestelling en nie van die wilde populasies van die Weskus verskil het nie. Die broeidiere wat in die PRS broeiprogram gebruik is, was verteenwoordigend van die wilde populasies vanwaar hulle oorspronlik gekom het, met geen beduidende differensiasie tussen die broeidiere en die Wes kus populasies nie. Met die vergelyking van die broeidiere en hul ooreenstemmende nageslag, het dit geblyk dat slegs twee populasies ‘n beduidende verlies aan genetiese diversiteit getoon het, alhoewel al die nageslag beduidende populasie differensiasie met hul ouers getoon het. Hierdie bevindinge is toegeskryf aan oneweredige bydraes van die broeidiere tydens gameetvrystelling en die invloed van kunsmatige seleksie. Hierdie studie het ook vasgestel dat die verboude perlemoen populasies met sorg gebruik moet word om wilde populasies te herstel, aangesien hierdie populasies beduidend verskil het van wilde populasies van beide die Oos en Wes-kus. Hierdie studie het gevind dat dit moontlik is om genetiese diversiteit te behou deur diere te selekteer op grond van genotipiese eienskappe. Die verlies van diversiteit in sommige van die verboude perlemoen populasies en die beduidende verskil met die wilde populasies dui daarop dat diere in die gekultiveerde omgewing blootgestel word aan verskillende tipes seleksiedruk. Hierdie bevindinge beklemtoon die belang vir effektiewe bestuur van broeiery praktyke en genetiese monitering van broeidiere.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) D?bora_Ara?jo_de _Carvalho.pdf: 1646528 bytes, checksum: 9dc491b7402a28d39731f09e2ae99069 (MD5) Previous issue date: 2016 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / Canelas-preta s?o galinhas nativas brasileiras, encontradas no estado do Piau? e provavelmente em outros estados do Nordeste. Caracteriza-se por possuir carne de colora??o escura. Sua plumagem ? predominantemente preta, com varia??es de cores na regi?o do pesco?o (branco, dourado e preto) e a cor do dorso ? preta. S?o criadas em sistema tradicionais, a campo. S?o aves que apresentam pouca exig?ncia em manejo, aparentemente s?o r?sticas e resistentes ?s doen?as e parasitas. Objetivou-se caracterizar geneticamente com uso de doze loci de microssat?lites as galinhas nativas Canelas-Preta do estado do Piau? e, tamb?m, caracterizar e analisar a diversidade fenot?pica dessas aves com base em descritores fenot?picos. Para caracteriza??o gen?tica e fenot?pica foram utilizadas, respectivamente, 118 e 116 aves de tr?s munic?pios do estado. Para as an?lises gen?ticas foram utilizados 12 loci de microssat?lites e para as an?lises fenot?picas foram usados 32 descritores morfol?gicos, sendo 21 quantitativos e 11 qualitativos. Para o estudo gen?tico foram estimadas frequ?ncias al?licas em cada loco, heterozigosidades esperada (He) e observada (Ho), ocorr?ncia do equil?brio de Hardy-Weinberg, n?mero efetivo de popula??es e valores de PIC. Tamb?m foram realizadas as an?lises da estat?stica F pela an?lise do FIS (coeficiente de endogamia), AMOVA e componentes principais. Foi gerada uma matriz de dissimilaridade, gr?fico de dispers?o. A an?lise de estrutura populacional foi realizada usando o software STRUCTURE. Na caracteriza??o fenot?pica, os caracteres quantitativos foram submetidos a uma an?lise de vari?ncia. A an?lise estat?stica foi feita utilizando o m?todo dos quadrados m?nimos tendo sido realizadas an?lise da m?dia, m?nimo, m?ximo e coeficiente de varia??o de cada vari?vel e para cada n?cleo. A diversidade gen?tica foi obtida por meio da an?lise de agrupamento. As galinhas nativas Canelas-Preta, apresentaram elevada variabilidade gen?tica para os loci analisados, o que mostra a conserva??o desse material gen?tico. Foi poss?vel verificar a exist?ncia de alta variabilidade gen?tica intrapopulacional, o que indica que os n?cleos foram formados com suficiente variabilidade gen?tica (efeito fundador). Essa elevada diferencia??o gen?tica dentro das popula??es somada a baixa diferencia??o entre as popula??es, permite afirmar que os indiv?duos analisados pertencem a ?nico grupo gen?tico. As galinhas Canelas-Preta apresentam caracter?sticas de aves nativas, uma vez que mostraram semelhan?a nas distribui??es dos descritores qualitativos entre os n?cleos amostrados e varia??o na frequ?ncia desses descritores dentro de cada n?cleo, isso a caracteriza como ra?a e fenotipicamente estruturada, com padr?es uniformes. Possuem caracter?sticas fenot?picas quantitativas de elevado, m?dio e pequeno coeficiente de varia??o, que revela a riqueza genica da ra?a e as qualifica para programas de conserva??o, utiliza??o e melhoramento dos recursos gen?ticos. / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2016. / ABSTRACT Canelas-preta are Brazilian native chickens, found in the state of Piau? and probably in other states of the Northeast, characterized by having dark colored meat. The plumage is predominantly black with color variations in the hackle (white, gold and black) and the back color is black. These birds are raised in extensive system, allowing little demand in management, being apparently rustics and resistant to diseases and parasites. This study aimed to characterize genetically Canelas-Preta native chickens of the Piau? state by using twelve microsatellite loci and also to characterize and analyze the phenotypic diversity of these birds based on phenotypic descriptors. For genetic and phenotypic characterization were used, respectively, 118 and 116 birds from three towns of the state. For the genetic analyzes were used 12 microsatellite loci and for phenotypic analyzes were used 32 morphological descriptors: 21 quantitative and 11 qualitative. For the genetic study, allele frequencies at each locus, expected heterozygosity (He) and observed (Ho), the occurrence of Hardy-Weinberg equilibrium, effective number of populations and PIC values were estimated. Furthermore, also it have been carried out F statistical analyzes by the analysis of FIS (inbreeding coefficient), AMOVA and main components. One dissimilarity matrix and a scatter plot were generated. The population structure analysis was performed using the STRUCTURE software. In the phenotypic characterization, quantitative characters were subjected to an analysis of variance. The statistical analysis was done by using the method of least squares, the analysis of average, minimum, maximum and coefficient of variation of each variable and for each core was performed. Genetic diversity was obtained by cluster analysis. The Canelas-Preta native chickens presented a high genetic variability for the loci analyzed, which shows the conservation of this genetic material. It was possible to verify the existence of high intrapopulation genetic variability, indicating that the nuclei were formed with sufficient genetic variability (founder effect). This high genetic differentiation within populations coupled with lower differentiation among populations, allows affirming that individuals analyzed belong to single genetic group. The Canelas-Preta native chicken have characteristics of native birds, once there was demonstration of similarity in the distributions of qualitative descriptors between sampled cores and variation in the frequency of those descriptors within each core, so this characterize the Canelas-Preta as a phenotypically structured breed with uniform patterns. This breed has quantitative phenotypic characteristics of high, medium and low coefficient of variation, which reveals its genetic wealth and qualify them for conservation programs, use and improvement of genetic resources.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-26Bitstream added on 2014-06-13T19:02:41Z : No. of bitstreams: 1 arruda_mp_dr_sjrp.pdf: 3154075 bytes, checksum: 425658b7ce3ff42cf3fde44c2f7d4d75 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A destruição e a modificação do hábitat são aceitas, entre os biólogos conservacionistas, como as causas primárias da perda da biodiversidade, e a situação para os anfíbios não é exceção. Diversos processos antropogênicos contribuem para a deterioração das paisagens, podendo afetar negativamente as populações de anfíbios, por alterar fisicamente os ambientes aquáticos e terrestres, reduzindo a conectividade dos hábitats e estruturando as populações. Contudo, poucos dados existem sobre os efeitos do cultivo agrícola para as populações de anfíbios. Os programas de preservação atuam na recuperação de populações ameaçadas e, em geral, estão baseados na manutenção da máxima quantidade de diversidade genética, de tal forma que, a primeira etapa de um programa conservacionista, consiste na avaliação da variabilidade genética e distribuição desta entre as populações. A estruturação gênica populacional dos organismos, estimada a partir de técnicas de biologia molecular é um aspecto fundamental na caracterização da aptidão das espécies aos ambientes. Particularmente os marcadores moleculares do tipo microssatélite tem acessado com êxito a variabilidade gênica das populações. Assim, foram desenvolvidos loci microssatélites polimórficos para as espécies Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis e Rhinella schneideri e avaliada a variabilidade genética de populações provenientes de hábitats com diferentes tipos de perturbação antrópica (práticas agrícolas, pastagem), com o intuito de relacionar o impacto de diferentes matrizes sobre a diversidade genética. A espécie generalista R. schneideri exibiu um estoque uniforme de variabilidade genética, baixa estruturação e reduzido nível de endogamia em todas as populações, sugerindo um elevado potencial de dispersão, responsável pela homogeneização das populações... / The destruction and modification of habitat are accepted between conservation biologists as the primary causes of biodiversity loss, and the situation for amphibians is no exception. Several anthropogenic processes contribute to the deterioration in the landscape, which can adversely affect amphibian populations by physically altering the aquatic and terrestrial environments, reducing the connectivity of habitats and structuring populations. However, few data exist on the effects of the crop for the populations of amphibians. The conservation programs act in the recovery of threatened populations, and generally are based on maintaining the maximum amount of genetic diversity, therefore, the first step in a conservationist program, is to assess the genetic variability and distribution of this among the populations. Population structure of organisms, estimated from molecular biology techniques is fundamental to characterize the fitness of species to environments. Particularly the molecular markers microsatellite has successfully accessed the genetic variability of populations. Therefore, we developed polymorphic microsatellite loci in the Hypsiboas raniceps, Leptodactylus chaquensis and Rhinella schneideri species and evaluated the genetic variability of populations from habitats with different types of anthropogenic disturbance (agricultural practices, pasture), in order to relate the impact of different matrix on genetic diversity. R. schneideri generalist species showed an even amount of genetic variability, low structure and low level of inbreeding in all populations, suggesting a high potential for dispersal, responsible for the homogenization of populations. However, in L. chaquensis and H. raniceps, the populations located in regions with strong agricultural impact (Tietê Batalha) showed genetically depauperate and strong population structure. It can be concluded... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-01-22Bitstream added on 2014-06-13T20:03:59Z : No. of bitstreams: 1 haber_ll_dr_botfca.pdf: 866192 bytes, checksum: f6d9dede11b30cda861174dc04f042d3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Atualmente, Lychnophora pinaster, encontra-se classificada na categoria de plantas vulneráveis, ou seja, os “taxa” cujas populações encontram-se em risco de extinção. Suas folhas e flores são aromáticas e utilizadas na medicina popular sob a forma de extrato alcoólico, como antinflamatório, anestésico e cicatrizante. O presente estudo objetivou realizar a caracterização genética, via marcador molecular microssatélite, e a química dos óleos essenciais de populações de Lychnophora pinaster Mart, visando sua preservação, uso sustentável e estudos futuros de melhoramento genético vegetal. Para tal, foram amostradas quatro populações da espécie coletadas no Estado de Minas Gerais. O estudo da variabilidade populacional realizou-se pela análise de polimorfismo do DNA com marcadores microssatélite e a química, por meio da análise da composição química dos óleos essenciais das folhas das populações nativas e cultivadas. Os óleos essenciais foram extraídos por hidrodestilação e analisados em cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas (Shimadzu, QP-5000). Pelo agrupamento UPGMA, as populações nativas foram divididas em dois grupos, sendo um composto por Estrada Real, Estrada Real 1 e Antena, e o outro representado por Poço Bonito. Pela análise de componentes principais, quimicamente as populações foram, também, divididas em dois grupos, um composto por Estrada Real, Estrada Real 1 e Poço Bonito, tendo como principal constituinte do óleo essencial o trans-cinamato de metila, e, o outro, representado pela população Antena, tendo como o outro principal constituinte o cedr-8-(15)-en-9-alfa-ol. As populações quando cultivadas não tiveram diferenças no perfil químico, tendo como constituinte majoritário o trans-cinamato de metila... / Currently, Lychnophora pinaster is considered an endangered species, that is, it belongs to the taxa whose native populations are risking extinction. Its leaves and flowers are aromatic and used in popular medicine in the form of alcohol extracts as anti-inflammatory, anesthetic and curative agent in wounds. Therefore, the present study aimed to characterize the genetic diversity, using microsatellite molecular markers, and the chemical composition of the essential oil from Lychnophora pinaster Mart populations, so that it can be preserved, sustainably used and be incorporated into further studies of genetic breeding. In order to do so, four native populations of the species were sampled from the state of Minas Gerais. Population variability studies were performed by DNA polymorphism analyses using microsatellite molecular markers and the chemical characterization was performed by analyzing the composition of the essential oil from leaves obtained from native and cultivated populations. Essential oils were extracted by hydro-distillation and analyzed by gas-chromatography mass spectrometry (Shimadzu, QP- 5000). The native populations formed two clusters by UPGMA grouping; one of them consisting of the populations from Estrada Real, Estrada Real 1 and Antena, and the other one consisting of the population from Poço Bonito. Chemically, the populations were also clustered in two groups according to the major compounds analyses; the first one comprising Estrada Real, Estrada Real 1 and Poço Bonito, that had methyl trans-cinnamate as major compound and the second one, represented by Antena population that had cedr-8- (15)-en-9-alpha-ol as major component...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseROS.pdf: 3247175 bytes, checksum: 6643dcff7715f3477c5e183a77356a7e (MD5) Previous issue date: 2007-07-04 / Financiadora de Estudos e Projetos / Euglossine bees are important pollinators of many Neotropical plant species, particularly orchids which could present a species-specific bee-flower relationship, essential to the reproductive success of these plants. Orchids produce chemical compounds to attract males of Euglossine bees (the effective pollinators of the orchids), and these compounds were isolated and are being used to study the biology of the euglossine males. Allozymes markers, although their low polymorphism content, were widely applied in population analyses. In order to provide a powerful tool to be applied to nest and population genetics research, primers flanking microsatellite loci were developed for Eulaema nigrita and Euglossa cordata (13 loci each). The use of these markers in 483 euglossine males of Euglossa, Eufriesea, Eulaema and Exaerete species, sampled in several Brazilian biomes and areas, evidenced the presence of only two diploid males, one in Euglossa annectans and other in Euglossa mandibularis. These findings support the hypothesis that diploid males (usually unviable or sterile individuals) occur in low frequencies in Brazilian Euglossine bee populations, a fact that is according to previous studies using allozymes. The application of these markers to nest structure analyses revealed nest sharing among unrelated females of Eulaema nigrita (eight nests). For Euglossa cordata and Euglossa townsendi nests (11 and seven nests, respectively), analysis demonstrated that monogamy (one female mated with a single male) is the rule, although nest sharing among unrelated females could also occur in E. townsendi. These results give a new focus on the research about population genetics and nest sociogenetic structure of Euglossine bees, opening new insights on the Euglossini biology and genetics. / As abelhas Euglossini são polinizadores importantes de várias espécies Neotropicais e, particularmente, para as orquídeas, onde a relação espécie-específica abelha-flor pode ser decisiva no sucesso reprodutivo destas plantas. Os machos são os polinizadores efetivos das orquídeas, cujos compostos atrativos produzidos por estas foram isolados e têm sido utilizados em diversos estudos envolvendo os machos de Euglossini. Os marcadores alozímicos, mais comumente utilizados nos estudos do grupo, apresentam em geral, um baixo polimorfismo, o que limita de certa forma as análises populacionais. Visando analisar de uma maneira mais acurada a genética das populações e de ninhos destas espécies de abelhas foram desenhados primers flanqueando locos de microssatélites em Eulaema nigrita e Euglossa cordata (13 locos cada). O emprego destes marcadores em 483 machos de 23 espécies de Euglossini dos gêneros Euglossa, Eufriesea, Eulaema e Exaerete provenientes de diversas regiões do Brasil revelou a presença somente de dois machos diplóides, um em Euglossa annectans e outro em Euglossa mandibularis. Estes achados reforçam a proposição de que os machos diplóides (geralmente inviáveis ou estéreis) não são freqüentes em populações destas abelhas do Brasil, corroborando dados prévios obtidos por meio de análise alozímica. O emprego dessa metodologia na avaliação da estrutura nidal revelou ainda que em Eulaema nigrita (oito ninhos) ocorre o compartilhamento do ninho entre fêmeas não aparentadas. Para as espécies Euglossa cordata e Euglossa townsendi (11 e sete ninhos, respectivamente) os ninhos, via de regra, são formados por uma fêmea acasalada com um único macho, embora para E. townsendi também tenha sido observado o compartilhamento de ninho por fêmeas não aparentadas. Os dados aqui apresentados lançam um novo olhar sobre a genética das populações e a estrutura sociogenética nidal de Euglossini, sendo, certamente, uma contribuição importante para o avanço do conhecimento a respeito da biologia e genética deste grupo de abelhas.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4055.pdf: 2221514 bytes, checksum: 7deb1678d13ce68f90502cabfae9d5ca (MD5) Previous issue date: 2011-02-28 / Universidade Federal de Minas Gerais / Bees are obligatory floral visitors and are considered the main pollinators of angiosperms. The increasing interest in the services of bees has led to efforts to develop management strategies for conservation purposes. The sustainable use of pollinators requires knowledge on the regional diversity of floral visitors obtained from the identification of the agents responsible for the effective pollination of crops. Furthermore, understanding the reproductive biology and population structure of these species as well as the factors that enable the colonization of certain areas by a species of bee are necessary requirements to designing management and conservation strategies. To test the hypothesis that a certain area may be colonized by a small number of maternal lineages of female founders of a species of stingless bee, samples from 73 nests of Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) located on the Brazilian campuses of the Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), Universidade de São Paulo in São Paulo (USP-SP, n = 14) and Universidade de São Paulo in Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) were analyzed for two mitochondrial genes cytochrome b (cyt b) and cytochrome oxidase I (COI) in order to determine the number of different haplotypes. A fragment of the cytochrome b (485 bp) and cytochrome oxidase (611 bp) genes was sequenced for all nests sampled. The analysis of nucleotide sequences identified only one cyt b haplotype in samples from UFSCar and a second haplotype, distinct from the former by a base substitution, in samples from USP-SP, while samples from USP-RP exhibited three distinct haplotypes, one of which was shared by the samples from UFSCar. Among the nucleotide substitutions, some resulted in amino acid changes in the product of the cyt b gene. A similar result was observed with the COI gene. Fst values estimated for the mitochondrial DNA from the cyt b and COI genes were 31.8% and 36.1%, respectively. The estimated rate of nucleotide substitution for cyt b was higher than that found for COI. Thus, the former gene was found to be less conserved than the latter in stingless bees. The larger number of haplotypes observed in the samples from USP-RP may be due to the introduction of colonies from other regions of the country. To determine the occurrence of population structure for nuclear genes, the samples were also examined for several microsatellite loci. Among the 18 heterologous microsatellites loci tested, only four Mbi215, Mbi278, Mbi232 and Mbi254 exhibited genetic variation. The prospection of species-specific microsatellite loci for Partamona helleri using the enrichment method for the construction of DNA libraries allowed characterizing seven new loci. Samples from 73 nests (two workers per colony) were analyzed for eleven microsatellite loci. The populations exhibited significant differentiation (Fst = 0.129, P = 0.000). Fst values estimated for mitochondrial genes and nuclear genes (microsatellites) were compared to establish whether there is evidence for differential male and female dispersal ability in this species. No evidence was found of sex-asymmetrical dispersal (colonizing females are colonizers; males are dispersers). Analysis of phenotypic segregation in the progenies of several nests revealed the occurrence of monandry in the species studied and, consequently, a simple sociogenetic structure monogyny/monandry. The presence of 'foreign' workers was rarely observed in the nests analyzed. / As abelhas, por serem visitantes florais obrigatórios, são consideradas os principais agentes polinizadores das angiospermas. O crescente interesse pelos serviços das abelhas tem gerado esforços para o desenvolvimento de estratégias de manejo para fins conservacionistas. A utilização sustentável dos polinizadores requer o conhecimento da diversidade regional dos visitantes florais obtido mediante a identificação dos agentes efetivos responsáveis pela polinização das culturas. Além disso, conhecer a biologia reprodutiva e a estrutura populacional dessas espécies, bem como elucidar quais os fatores que tornam possível a colonização de certa área por uma espécie de abelha, são requisitos necessários para o delineamento de estratégias de manejo e conservação. Visando verificar a hipótese de que certa área pode ser colonizada por um número reduzido de linhagens maternas das fêmeas fundadoras de uma espécie de abelha sem ferrão , amostras de 73 ninhos de Partamona helleri (Hymenoptera: Apidae: Meliponini) localizados nos Campi da Universidade Federal de São Carlos (UFSCar, n = 34), da Universidade de São Paulo em São Paulo (USP-SP, n = 14) e da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto (USP-RP, n = 25) foram analisadas para dois genes mitocondriais, citocromo B (cyt b) e citocromo oxidase I (COI), com o fim de determinar o número de diferentes haplótipos. Um fragmento dos genes citocromo b e citocromo oxidase I, de 485 pb e 611 pb, respectivamente, foram seqüenciados para todos os ninhos amostrados. A análise das seqüências nucleotídicas permitiu identificar somente um haplótipo de cyt b para as amostras da UFSCar e um haplótipo, distinto do anterior por uma substituição de base, privativo das colônias do Campus da USP-SP; ao contrário, as amostras da USP-RP apresentaram três haplótipos distintos, um dos quais compartilhado com as amostras da UFSCar. Dentre as substituições nucleotídicas identificadas, algumas resultaram em alterações de aminoácidos no produto do gene cyt b. Resultado similar foi observado para o gene COI. Os valores do Fst estimado para o DNA mitocondrial a partir dos genes cyt b e COI foram iguais a 31,8% e 36,1%, respectivamente. A taxa de substituição nucleotídica estimada foi maior para cyt b em comparação com COI; dessa forma, o primeiro gene parece ser menos conservado em relação ao outro nas abelhas sem ferrão. O maior número de haplótipos observados na USP-RP pode ser resultante da introdução no local de colônias trazidas de outras regiões do país. A fim de verificar a ocorrência de estruturação populacional para genes nucleares, estas amostras foram igualmente analisadas para vários locos microssatélites. Dentre 18 microssatélites heterólogos testados, somente quatro - Mbi215, Mbi278, Mbi232 e Mbi254 - apresentaram variação genética. A prospecção de locos microssatélites específicos para Partamona helleri, utilizando o método do enriquecimento para a construção de bibliotecas de DNA, permitiu caracterizar sete locos espécie-específicos. Amostras dos 73 ninhos (duas operárias por colônia) foram analisadas para estes onze locos microssatélites. As populações apresentaram significativa diferenciação interpopulacional (Fst = 0,129; P = 0,000). Os valores do Fst estimados para genes mitocondriais e para genes nucleares (microssatélites) foram comparados para estabelecer se há evidências de dispersão diferencial de machos e fêmeas na espécie. Não foram detectadas evidências de dispersão sexo-assimétrica (fêmeas colonizadoras, marchos dispersores). Análises da segregação fenotípica nas progênies de vários ninhos revelaram a ocorrência de monandria na espécie estudada e, portanto, uma estrutura sociogenética simples - monoginia/monandria. A presença de operárias estranhas aos ninhos analisados foi raramente observada.

Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Banca: Mário Luiz Teixeira de Moraes / Banca: karina Martins / Resumo: A fragmentação florestal reduz o tamanho da população reprodutiva, a densidade populacional e aumenta a distância entre coespecíficos. Também pode isolar populações e indivíduos em campos e pastagens. Em curto prazo, isso pode afetar processos como sistema de reprodução e dispersão de pólen e sementes e resultar no aumento da taxa de autofecundação e cruzamentos correlacionados, redução na taxa de imigração de pólen e sementes (isolamento reprodutivo do fragmento), redução na distância de dispersão de pólen e sementes e no aparecimento de estrutura genética espacial dentro das populações. Dentro desse contexto, os objetivos desta dissertação foram estudar por marcadores microssatélites a estrutura genética espacial, a taxa de imigração e a distância de fluxo de pólen e sementes em uma pequena população em fragmento de 4,8 ha de Copaifera langsdorffii Desf., localizada no município de São José do Rio Preto, no estado de São Paulo. Para tanto, foram mapeadas e genotipadas para oito locos microssatélites todas as 112 árvores adultas reprodutivas e 128 plântulas da regeneração existentes no referido fragmento. O teste de desequilíbrio de ligação não detectou indício de ligação física entre os locos avaliados, o que indica que estes podem ser usados em estudos genéticos de diversidade e fluxo gênico. Na amostra total das 240 plantas foram encontrados 186 alelos. Altos níveis de diversidade genética foram encontrados para a média dos locos na população (Aˆ =23,25; e Aˆ =8,67; o Hˆ =0,774; e Hˆ =0,878). Comparando árvores adultas com regenerantes, 54 alelos foram exclusivos aos adultos e nenhum nos regenerantes. Adultos apresentaram maior número médio de alelos por loco e número médio efetivo de alelos (Aˆ =23,25; e Aˆ =10,07, respectivamente) do que os regenerantes (Aˆ =16,5; e Aˆ =6,70). As heterozigosidades observada... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Forest fragmentation to decrease the size of the reproductive population, the population density, increase the distance among coespecifics and can isolate populations and individuals in pastures. This in short term, can affect process as mating system and pollen and seed dispersal and result in increase in selfing rate and correlated matings, decrease in the pollen and seed immigration rate (reproductive isolation of the fragment) and distance of pollen and seed dispersal and, result in intra-population spatial genetic structure. Thus, the aims of this master these were to study by microsatellite markers the spatial genetic structure, the seed and pollen immigration rate and dispersal in a small fragmented population of 4.8 ha of Copaifera langsdorffii Desf., located inside of the São José do Rio Preto municipality, in State of São Paulo. Thus, it were mapped and genotyped for eight microsatellite loci all 112 adult reproductive trees in the fragment and in a sampled of 128 individuals of the regeneration. The test of linkage disequilibrium not detected anyone indicative of physic linkage between the evaluated loci, indicating that these can be used for studies of genetic diversity and gene flow. In the total sample of 240 plants it was found 186 alleles. Consequently, high levels of genetic diversity were found for the average of loci in the population (Aˆ =23.25; e Aˆ =8.67; o Hˆ =0.774; e Hˆ =0.878). Comparing adult trees with regeneration, 54 alleles were exclusives in the adults and no one in the regeneration. Adult trees have higher average number of alleles per loci and effective number of alleles per loci (Aˆ =23.25; e Aˆ =10.07, respectively) than regeneration (Aˆ =16.5; e Aˆ =6.70). The observed and expected heterozygosities were similar among the adults ( o Hˆ =0.757; e Hˆ =0.893) and regeneration ( o Hˆ =0.788; e Hˆ =0.838)... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

A doença vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao), causada pelo basidiomiceto Crinipellis perniciosa, levou a total destruição da lavoura sul-baiana, previamente cultivada principalmente com variedades altamente suscetíveis, tornando o Brasil, um país tipicamente exportador de cacau em importador em poucos anos. A perda da resistência do genótipo ?Scavina 6?, única fonte de resistência reconhecida contra C. perniciosa, está associada à variabilidade genética do patógeno. Diante disto, o objetivo deste estudo foi caracterizar a diversidade genética de isolados de C. perniciosa derivados de tecido infectado de Theobroma cacao (vassoura vede), originalmente coletados na Amazônia (Amazonas, Pará e Rondônia), uma região de ocorrência endêmica do fungo, usando marcadores moleculares. A identificação de relações genéticas entre isolados amazônicos e da Bahia e a possível existência de isolados geográficos também foram objetos deste trabalho. Primeiramente, a confirmação de identidade dos isolados Amazônicos foi conduzida usando amplificação e digestão da região ITS do rDNA e marcadores teloméricos. Todos os isolados avaliados foram confirmados como C. perniciosa. O primer telomérico TeloC1, previamente apresentado para discriminar o biótipo C, permitiu a separação do biótipo C dos biótipos S e L, porém, revelou variabilidade genética nos isolados de Cametá, PA e Cacaulândia, RO. Usando marcadores telomérico amplificado com o primer TeloA1R e ERIC, uma grande diversidade foi encontrada para os isolados da Região Amazônica em comparação àqueles da Bahia. Dentro dos isolados Amazônicos, a maior diversidade foi detectada para os isolados de Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia e Ariquemes) e Pará (Cametá), áreas com 11 ocorrência endêmica ou de instalação histórica (mais de 300 anos) do cacaueiro, respectivamente. Isolados coletados em municípios localizados na regiãoTransamazônica, tais como Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia e Uruará apresentaram maior similaridade com aqueles de Santarém e municípios relacionados à Belém, como Cametá, Baião e Mocajuba. Estes resultados sugerem que isolados da região Transamazônica pode ter sido originados de Belém ou Santarém, Pará. Na Bahia, houve a formação de dois grupos de isolados como previamente demonstrado. Os marcadores moleculares Microssatélites, ERIC e teloméricos foram eficientes na detecção da variabilidade genética em C. perniciosa. A diversidade genética observada auxiliará na identificação e escolha de regiões com maior diversidade de isolados para serem usados na seleção para resistência à vassoura-de-bruxa em programas de melhoramento do cacau / Witches broom disease of cacao (Theobroma cacao L.), caused by the basidiomycete Crinipellis perniciosa, devastated the producing region of Southern Bahia, previously cultivated mainly with highly susceptible cultivars, forcing Brazil, a typical exporter country to become a cocoa importer. The loss of resistance of the genotype ?Scavina 6?, the unique source of resistance against C. perniciosa has been associated with pathogen genetic variability. Thus, the objective of this study was to characterize the genetic diversity of C. perniciosa isolated derived from infected tissues of T. cacao (green-brooms), originally collected in the Amazon (Amazonas, Pará and Rondônia states), a region with endemic occurrence of the fungus, using molecular markers. The identification of the genetic relationships among the Amazonian and Bahian isolates, and the possible existence of geographical isolates were also objectives of this work. First, the identification confirmation of the Amazonian isolates was conducted using amplification and digestion of the ITS region of the rDNA and telomeric markers. All isolates evaluated were confirmed as C. perniciosa. The telomeric primer TeloC1, previously shown to discriminate the C biotype, allowed the separation of biotype C from biotypes S and L, but it revealed genetic diversity for isolates from Cametá, PA and Cacaulândia, RO. Using another telomeric marker amplified with TeloA1 primer and ERIC, a large genetic diversity was detected for isolates from the Amazon in comparison to Bahian. Within the Amazonian isolates, more diversity was detected for isolates from Rondônia (Ji-Paraná, Cacaulândia and Ariquemes) and Pará (Cametá), areas with endemic occurrence of wild cacao or historical introduction and cultivation (over 300 years), respectively. Isolates colletected at the Transamazônica roadway, such as from Anapú, Altamira, Brasil Novo, Medicilândia and Uruará presented more similarity with those from Santarém and locales nearer to Belém, such as Cametá, Baião and Mocajuba. These results suggested that isolates from the Transamazônica region might have originated from Belém or Santarém, Pará. In Bahia, there were two groups of isolates as previously demonstrated. Microsatellite, ERIC and telomeric markers were efficient in detecting the genetic variability of C. perniciosa. The genetic diversity observed will help in identifying and choosing regions with more diverse isolates to be used to screen for witches? broom resistance in cacao breeding programs