OBJECTIF : L’hypertension est une maladie chronique pour laquelle seulement 68 % des patients étaient contrôlés en 2013. Les pharmaciens de la province de Québec ont récemment obtenu l’autorité législative pour ajuster la dose des antihypertenseurs lorsqu’une cible thérapeutique est entendue avec le médecin. Cette étude économique vise à estimer le ratio coût- utilité incrémental (RCUI) de ce nouveau modèle de soin au Québec. MÉTHODE : Un modèle de Markov a été développé pour extrapoler l’impact de cette pratique pharmaceutique sur les accidents vasculaires cérébraux (AVC), sur les infarctus du myocarde aigus et sur la mortalité. Les équations du modèle de risque de Framingham ont été utilisées pour estimer l’impact du contrôle de la pression artérielle sur la survenue d’AVC et d’infarctus. L’efficacité de l’intervention a été estimée à partir des résultats de l’essai clinique RxAction, conduit en Alberta. L’efficacité de l’intervention pharmaceutique est exprimée via la proportion de patients contrôlés. La perspective du payeur public a été utilisée et seulement les coûts directs des soins de santé ont été intégrés. L’issue principale observée par le modèle est le gain en années de vie ajustées par la qualité (AVAQ). Les AVAQ et les coûts ont été actualisés à un taux annuel de 1,5 %. Le modèle a simulé une cohorte de 1000 patients âgés de 65 ans, sur un horizon temporel de 20 ans en utilisant des cycles d’un an. RÉSULTATS: Le modèle a généré 0,051 AVAQs de plus par patient dans le groupe d’intervention pour une dépense supplémentaire de 268 $ par patient. Le RCUI est de 5 223 $/AVAQ gagnée. Si le seuil de volonté à payer du tiers public se tient à 50 000 $/AVAQ, cette intervention serait dite coût-efficace. Les résultats de cette simulation étaient surtout sensibles à l’efficacité de l’intervention pharmaceutique ainsi qu’à l’utilité attribuée à l’hypertension. CONCLUSION: Permettre aux pharmaciens d’ajuster la dose des traitements antihypertenseurs à l’intérieur du modèle de rémunération actuel apparaît coût-efficace. L’obtention de données d’efficacité issue d’une étude clinique conduite au Québec nous permettrait d’augmenter la validité externe de cette modélisation économique. / OBJECTIVE: Hypertension is a chronic disease for which only 68% of treated patients were controlled in Canada in 2013. Pharmacists in the province of Québec recently received legislative authority to adjust the dosage of antihypertensive drugs if there is an agreement with the prescriber of the therapeutic target. This research aims to estimate the incremental cost- utility ratio (ICUR) of this new model of care in Québec. METHODS: A Markov model was developed to extrapolate the impact of this pharmacy practice on strokes, myocardial infarctions and mortality. Framingham Risk Equations were used to derive the impact of blood pressure control on strokes and myocardial infarctions. The efficacy of the intervention was derived from the RxAction clinical trial, conducted in Alberta. Efficacy was expressed as the proportion of patients with controlled blood pressure. The model used the payer perspective and direct costs only. The main clinical outcome was expressed as the number of quality-adjusted life years (QALYs) gained. Both QALYS and costs were discounted at a 1.5% annual rate. A cohort of 1000 patients entered the model at 65 years old. The model used a 20 years time horizon, with a 1-year cycle length. RESULTS: The model yielded 0.051 QALYs per patient in the intervention group for an incremental expense of $268 per patient. The ICUR was 5,223 $/QALY. At a willingness-to- pay threshold of $50,000/QALY, the intervention is cost-effective. The results were sensitive to the comparative efficacy of the pharmacist intervention against usual care and to the utility of hypertension. CONCLUSION: Providing pharmacists the ability to adjust the dosage of antihypertensive drugs within the actual fee-for-service rational appears to be cost-effective. Obtaining data on the efficacy of this pharmacy practice from a trial conducted in Québec would provide better data to inform this economic evaluation.

Aujourd’hui, les recherches portant sur le geste manquent de modèles génériques. Les spécialistes du geste doivent osciller entre une formalisation excessivement conceptuelle et une description purement visuelle du mouvement. Nous reprenons les concepts développés par le chorégraphe Rudolf Laban pour l’analyse de la danse classique contemporaine, et proposons leur extension afin d’élaborer un modèle générique du geste basé sur ses éléments expressifs. Nous présentons également deux corpus de gestes 3D que nous avons constitués. Le premier, ORCHESTRE-3D, se compose de gestes pré-segmentés de chefs d’orchestre enregistrés en répétition. Son annotation à l’aide d’émotions musicales est destinée à l’étude du contenu émotionnel de la direction musicale. Le deuxième corpus, HTI 2014-2015, propose des séquences d’actions variées de la vie quotidienne. Dans une première approche de reconnaissance dite « globale », nous définissons un descripteur qui se rapporte à l’entièreté du geste. Ce type de caractérisation nous permet de discriminer diverses actions, ainsi que de reconnaître les différentes émotions musicales que portent les gestes des chefs d’orchestre de notre base ORCHESTRE-3D. Dans une seconde approche dite « dynamique », nous définissons un descripteur de trame gestuelle (e.g. défini pour tout instant du geste). Les descripteurs de trame sont utilisés des poses-clés du mouvement, de sorte à en obtenir à tout instant une représentation simplifiée et utilisable pour reconnaître des actions à la volée. Nous testons notre approche sur plusieurs bases de geste, dont notre propre corpus HTI 2014-2015 / Nowadays, researches dealing with gesture analysis suffer from a lack of unified mathematical models. On the one hand, gesture formalizations by human sciences remain purely theoretical and are not inclined to any quantification. On the other hand, the commonly used motion descriptors are generally purely intuitive, and limited to the visual aspects of the gesture. In the present work, we retain Laban Movement Analysis (LMA – originally designed for the study of dance movements) as a framework for building our own gesture descriptors, based on expressivity. Two datasets are introduced: the first one is called ORCHESTRE-3D, and is composed of pre-segmented orchestra conductors’ gestures, which have been annotated with the help of lexicon of musical emotions. The second one, HTI 2014-2015, comprises sequences of multiple daily actions. In a first experiment, we define a global feature vector based upon the expressive indices of our model and dedicated to the characterization of the whole gesture. This descriptor is used for action recognition purpose and to discriminate the different emotions of our orchestra conductors’ dataset. In a second approach, the different elements of our expressive model are used as a frame descriptor (e.g., describing the gesture at a given time). The feature space provided by such local characteristics is used to extract key poses of the motion. With the help of such poses, we obtain a per-frame sub-representation of body motions which is available for real-time action recognition purpose

Cette thèse présente un cadre de travail d'analyse de trajectoires contenant une phase de prétraitement et un processus d’extraction de trajectoires d’objets mobiles. Le cadre offre des fonctions visuelles reflétant le comportement d'évolution des motifs de trajectoires. L'originalité de l’approche est d’allier extraction de motifs fréquents, extraction de motifs émergents et analyse formelle de concepts pour analyser les trajectoires. A partir des données de trajectoires, les méthodes proposées détectent et caractérisent les comportements d'évolution des motifs. Trois contributions sont proposées : Une méthode d'analyse des trajectoires, basée sur les concepts formels fréquents, est utilisée pour détecter les différents comportements d’évolution de trajectoires dans le temps. Ces comportements sont “latents”, "emerging", "decreasing", "lost" et "jumping". Ils caractérisent la dynamique de la mobilité par rapport à l'espace urbain et le temps. Les comportements détectés sont visualisés sur des cartes générées automatiquement à différents niveaux spatio-temporels pour affiner l'analyse de la mobilité dans une zone donnée de la ville. Une deuxième méthode basée sur l'extraction de concepts formels séquentiels fréquents a également été proposée pour exploiter la direction des mouvements dans la détection de l'évolution. Enfin, une méthode de prédiction basée sur les chaînes de Markov est présentée pour prévoir le comportement d’évolution dans la future période pour une région. Ces trois méthodes sont évaluées sur ensembles de données réelles . Les résultats expérimentaux obtenus sur ces données valident la pertinence de la proposition et l'utilité des cartes produites / This dissertation presents a trajectory analysis framework, which includes both a preprocessing phase and trajectory mining process. Furthermore, the framework offers visual functions that reflect trajectory patterns evolution behavior. The originality of the mining process is to leverage frequent emergent pattern mining and formal concept analysis for moving objects trajectories. These methods detect and characterize pattern evolution behaviors bound to time in trajectory data. Three contributions are proposed: (1) a method for analyzing trajectories based on frequent formal concepts is used to detect different trajectory patterns evolution over time. These behaviors are "latent", "emerging", "decreasing", "lost" and "jumping". They characterize the dynamics of mobility related to urban spaces and time. The detected behaviors are automatically visualized on generated maps with different spatio-temporal levels to refine the analysis of mobility in a given area of the city, (2) a second trajectory analysis framework that is based on sequential concept lattice extraction is also proposed to exploit the movement direction in the evolution detection process, and (3) prediction method based on Markov chain is presented to predict the evolution behavior in the future period for a region. These three methods are evaluated on two real-world datasets. The obtained experimental results from these data show the relevance of the proposal and the utility of the generated maps

Cette thèse a pour objet la modélisation de la prosodie dans le cadre de la synthèse de la parole. Nous présenterons MeLos : un système complet d'analyse et de modélisation de la prosodie, "la musique de la parole". L'objectif de cette thèse est de modéliser la stratégie, les alternatives, et le style de parole d'un locuteur pour permettre une synthèse de parole naturelle, expressive, et variée. Nous présenterons un système unifié fondé sur des modèles de Markov cachés (HMMs) à observation discrète/continue pour modéliser les caractéristiques symbolique et acoustique de la prosodie : 1) Une chaîne de traitement linguistique de surface et profonde sera introduite pour enrichir la description des caractéristiques du texte. 2) Un modèle segmental associé à la fusion de Dempster-Shafer sera utilisé pour combiner les contraintes linguistique et métrique dans la production des pauses. 3) Un modèle de trajectoire basé sur la stylisation des contours prosodiques sera présenté pour permettre de modéliser simultanément les variations à court et long terme de la F0. Le système proposé est utilisé pour modéliser les stratégies et le style d'un locuteur, et est étendu à la modélisation du style de parole par des méthodes de modélisation en contexte partagé et de normalisation du locuteur.

De nos jours, il est de plus en plus fréquent de recourir à des mesures intermédiaires d’efficacité telles que la survie sans progression (SSP) et le temps avant la progression de la tumeur (TPT) afin d’estimer l’efficacité d’un nouvel agent anticancéreux. Cependant, l’absence de mesures finales comme la survie globale (SG) complexifie la prise de décision par rapport au remboursement des nouveaux traitements anticancéreux. Ainsi, cette thèse se concentre sur différents aspects de l’intégration des mesures intermédiaires d’efficacité dans les évaluations économiques en oncologie, spécifiquement en cancer du sein métastatique. Une première étude a évalué la relation entre la SSP/TPT et la SG dans le contexte du cancer du sein métastatique. Une revue systématique de la littérature a identifié les études cliniques randomisées portant sur l’efficacité d’un traitement anticancéreux chez les femmes atteintes d’un cancer du sein métastatique et rapportant des données de SSP/TPT et de SG. Les résultats de cette étude ont démontré qu’il existe une relation statistiquement significative, d’une part, entre la SSP/TPT médiane et la SG médiane (r = 0.428; p ≤ 0,01), et d’autre part, entre l’effet de traitement sur la SSP/TPT et l’effet de traitement sur la SG (r = 0.427; p ≤ 0,01). Selon les résultats obtenus, la SSP/TPT pourrait être considérée comme un substitut valide de la SG, justifiant ainsi son utilisation dans les évaluations économiques en cancer du sein métastatique. Une deuxième étude a évalué l’utilisation des mesures intermédiaires de survie dans les évaluations économiques en cancer avancé et identifié les méthodes utilisées pour intégrer ces mesures en l’absence de données de SG. Une revue systématique de la littérature a été réalisée pour recenser les évaluations économiques de type coût-efficacité et coût-utilité ayant intégré des mesures intermédiaires de survie. Cette étude a démontré l’ampleur de l’utilisation des mesures intermédiaires de survie dans les évaluations économiques en cancer avancé. Par ailleurs, plusieurs approches ont été identifiées pour pallier l’absence de données de SG, notamment l’utilisation d’un risque de décès post-progression équivalent pour les groupes à l’étude, le recours à des comparaisons indirectes basées sur de nombreuses hypothèses, l’utilisation d’une mesure intermédiaire comme proxy de la SG, le recours à l’opinion d’experts et l’utilisation de données associées à un traitement différent ou une ligne de traitement différente. Enfin, une troisième étude s’est penchée sur le développement d’un modèle pharmacoéconomique générique canadien intégrant les mesures intermédiaires de survie en cancer du sein métastatique. Ce modèle de Markov inclut des paramètres spécifiques aux traitements sous évaluations (coût de traitement, données de survie et incidence des effets indésirables) de même que des paramètres globaux qui ne dépendent pas des traitements évalués (caractéristiques des patientes, valeurs d’utilité associées aux états de santé du modèle, pertes d’utilité et coûts des effets indésirables, coûts d’administration des traitements, coûts de suivi médical et coûts des soins prodigués en fin de vie). Le modèle a été validé en évaluant sa capacité à répliquer des résultats d’études existantes. Ce modèle permet d’uniformiser l’évaluation économique des nouveaux traitements en cancer du sein métastatique et pourrait par conséquent, devenir un outil d’aide à la décision de référence pour les organismes responsables du remboursement des médicaments au Canada. Bref, les résultats de ces trois études répondent à une problématique importante dans l’évaluation économique des traitements en oncologie et pourront contribuer à faciliter la prise de décision en santé. / Nowadays, intermediate endpoints such as progression-free survival (PFS) and time to progression (TTP) are frequently used in clinical trials of advanced cancer. However, use of such endpoints instead of overall survival (OS) poses a significant challenge in the economic evaluation of anticancer drugs. This thesis focuses on different aspects of the integration of intermediate endpoints in the economic evaluation of anticancer drugs, especially in the context of metastatic breast cancer. A first study assessed the relationship between PFS/TPT and OS in metastatic breast cancer using a trial-based approach. A systematic review of the literature was performed to identify randomized clinical trials of metastatic breast cancer therapy reporting both PFS/TTP and OS data. Results of this study indicated a statistically significant relationship between the median PFS/TTP and the median OS (r = 0.428; p < 0.01), and between the treatment effect on PFS/TTP and the treatment effect on OS (r = 0.427; p < 0.01). Findings of this study suggest that PFS/TTP may be considered as a potential surrogate for OS, thus justifying its use in cost-effectiveness or cost-utility analyses of metastatic breast cancer therapy. A second study evaluated the use of intermediate endpoints in the economic evaluation of new treatments for advanced cancer and the methodological approaches adopted when OS data are unavailable or of limited use. A systematic review of the literature was conducted to identify cost-effectiveness and cost-utility analyses using an intermediate endpoint as an outcome measure. This study showed that intermediate endpoints are widely used in the economic evaluation of new treatments for advanced cancer. Several approaches are used in the absence of OS data such as assuming an equal risk of death for all treatment groups, using indirect comparison based on numerous assumptions, using of a proxy for OS, using unpublished external information (consultation with clinical experts), and using published external information from different treatment settings. Finally, a third study aimed to develop a global economic model to assess the cost-effectiveness of new treatments for metastatic breast cancer in Canada. This Markov model, which integrates intermediate endpoints, includes parameters specific to the treatments under evaluation (drug treatment, survival outcomes, and incidence of treatment-related adverse events (AEs)), as well as global parameters that are consistent regardless of the treatment under evaluation (patient characteristics, health states utilities, disutilities and costs associated with treatment-related AEs, as well as costs associated with drug administration, medical follow-up, and end-of-life care). The model was validated by assessing its ability to replicate results of existing studies. This model standardizes the economic evaluation of new therapies for metastatic breast cancer, and could thus be used as a benchmark by drug reimbursement authorities in Canada. In summary, the results of these three studies address an important challenge encountered in the economic evaluation of anticancer drugs, and therefore, can be very valuable for decision-making purposes.

Contexte : Les stratégies pharmacologiques pour traiter la schizophrénie reçoivent une attention croissante due au développement de nouvelles pharmacothérapies plus efficaces, mieux tolérées mais plus coûteuses. La schizophrénie est une maladie chronique présentant différents états spécifiques et définis par leur sévérité. Objectifs : Ce programme de recherche vise à: 1) Évaluer les facteurs associés au risque d'être dans un état spécifique de la schizophrénie, afin de construire les fonctions de risque de la modélisation du cours naturel de la schizophrénie; 2) Développer et valider un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo, afin de simuler l'évolution naturelle des patients qui sont nouvellement diagnostiqués pour la schizophrénie, en fonction du profil individuel des facteurs de risque; 3) Estimer le coût direct de la schizophrénie (pour les soins de santé et autres non reliés aux soins de santé) dans la perspective gouvernementale et simuler l’impact clinique et économique du développement d’un traitement dans une cohorte de patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie, suivis pendant les cinq premières années post-diagnostic. Méthode : Pour le premier objectif de ce programme de recherche, un total de 14 320 patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie ont été identifiés dans les bases de données de la RAMQ et de Med-Echo. Les six états spécifiques de la schizophrénie ont été définis : le premier épisode (FE), l'état de dépendance faible (LDS), l’état de dépendance élevée (HDS), l’état stable (Stable), l’état de bien-être (Well) et l'état de décès (Death). Pour évaluer les facteurs associés au risque de se trouver dans chacun des états spécifiques de la schizophrénie, nous avons construit 4 fonctions de risque en se basant sur l'analyse de risque proportionnel de Cox pour des risques compétitifs. Pour le deuxième objectif, nous avons élaboré et validé un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo intégrant les six états spécifiques de la schizophrénie. Dans le modèle, chaque sujet avait ses propres probabilités de transition entre les états spécifiques de la schizophrénie. Ces probabilités ont été estimées en utilisant la méthode de la fonction d'incidence cumulée. Pour le troisième objectif, nous avons utilisé le modèle de Markov développé précédemment. Ce modèle inclut les coûts directs de soins de santé, estimés en utilisant les bases de données de la Régie de l'assurance maladie du Québec et Med-Echo, et les coûts directs autres que pour les soins de santé, estimés à partir des enquêtes et publications de Statistique Canada. Résultats : Un total de 14 320 personnes nouvellement diagnostiquées avec la schizophrénie ont été identifiées dans la cohorte à l'étude. Le suivi moyen des sujets était de 4,4 (± 2,6) ans. Parmi les facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie, on peut énumérer l’âge, le sexe, le traitement pour la schizophrénie et les comorbidités. Après une période de cinq ans, nos résultats montrent que 41% des patients seront considérés guéris, 13% seront dans un état stable et 3,4% seront décédés. Au cours des 5 premières années après le diagnostic de schizophrénie, le coût direct moyen de soins de santé et autres que les soins de santé a été estimé à 36 701 $ canadiens (CAN) (95% CI: 36 264-37 138). Le coût des soins de santé a représenté 56,2% du coût direct, le coût de l'aide sociale 34,6% et le coût associé à l’institutionnalisation dans les établissements de soins de longue durée 9,2%. Si un nouveau traitement était disponible et offrait une augmentation de 20% de l'efficacité thérapeutique, le coût direct des soins de santé et autres que les soins de santé pourrait être réduit jusqu’à 14,2%. Conclusion : Nous avons identifié des facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie. Le modèle de Markov que nous avons développé est le premier modèle canadien intégrant des probabilités de transition ajustées pour le profil individuel des facteurs de risque, en utilisant des données réelles. Le modèle montre une bonne validité interne et externe. Nos résultats indiquent qu’un nouveau traitement pourrait éventuellement réduire les hospitalisations et le coût associé aux établissements de soins de longue durée, augmenter les chances des patients de retourner sur le marché du travail et ainsi contribuer à la réduction du coût de l'aide sociale. / Aim: Pharmacological strategies for schizophrenia have received increasing attention due to the development of new therapies more effective, better tolerated but more expensive. Schizophrenia is a chronic illness with various states of illness. Objectives: This research program aimed: 1) to evaluate the factors associated with the risk of being in a specific state of schizophrenia in order to construct the risk functions of the course of schizophrenia modeling; 2) to develop and validate a Markov model with Monte-Carlo micro-simulations in order to simulate the natural course of patients who have been newly diagnosed with schizophrenic based upon the individual risk factors profile; and 3) to estimate the direct healthcare and non-healthcare cost of schizophrenia and to simulate clinical and economic impact of developing a new treatment, in a cohort of patients newly diagnosed with schizophrenia, over the first 5 years following their diagnosis. Methods: For the first objective of this research program, a total of 14,320 newly diagnosed patients with schizophrenia were identified based on data from the RAMQ and Med-Echo databases. Six disorder states of schizophrenia were defined: first episode (FE), low dependency state (LDS), high dependency state (HDS), Stable state (Stable), Well state (Well) and Death state (Death). To evaluate factors associated to the risk of being in each disease state, we constructed 4 risk functions based on the Cox proportional hazard analysis for competing risks. For the second objective, a Markov model with Monte-Carlo microsimulations with the six specific states of schizophrenia was developed and validated. In the model, each subject had his own probabilities of transition between specific states, which were estimated based on the cumulative incidence function. For the third objected, we used the Markov model we previously developed. The model includes direct healthcare costs estimated from the Régie de l’assurance maladie du Québec and Med-Echo databases and direct non-healthcare costs estimated from the surveys and publications of Statistics Canada. Results: A total of 14,320 individuals were identified in the study cohort as newly diagnosed patients with schizophrenia. The mean follow-up of the subjects was of 4.4 (± 2.6) years. The age, the sex, the schizophrenia treatment, and having comorbidities are factors that are associated with the schizophrenia course. After a five-year period, our results show that 41% of patients will be considered as having recovered, 13% will be in stable condition and 3.4% of patients will have died. The mean direct healthcare and non-healthcare cost of schizophrenia over the first 5 years following diagnosis was estimated $36,701 Canadian (CAN) (95% CI: 36,264 to 37,138). The direct healthcare cost accounted for 56.2% of the total cost, welfare assistance for 34.6% and long term care facilities for 9.2%. On the direct healthcare cost, hospitalisation cost accounted for 64.6%, medical cost for 11.4% and drug-related cost for 24%. In the case where a new treatment with 20% increase of effectiveness will be available, the direct healthcare and non-healthcare costs can be reduced up to 14.2%. Conclusion: We have identified factors associated with the schizophrenia’s specific states, The Markov model we have developed is the first Canadian model incorporating transition probabilities adjusted for individual risk factor profiles using real-life data. The model shows a good internal and external validity. Based on the cost estimates, our results indicate that a new treatment could possibly reduce hospitalization and long-term care facility costs while potentially enabling patients to return to active employment that would in turn contribute to the reduction of the welfare assistance cost.

La question de la transmission internationale des cycles a reçu une attention considérable en raison de l’intensification de la globalisation économique et financière. La problématique générale de cette thèse s’inscrit dans le prolongement de la littérature consacrée à cette question. Plus précisément, elle focalise son attention sur l’analyse de la transmission du cycle des Etats-Unis sur les pays émergents. Elle comporte trois chapitres. Le premier, en se basant sur une nouvelle approche économétrique en termes de modèle Global VAR, s’attache à étudier l’effet des chocs provenant des Etats-Unis sur les pays émergents. Il confirme l’idée que les Etats-Unis jouent un rôle important dans la transmission des cycles économiques étant donné leur poids dans l’économie mondiale. Le second chapitre propose d’étudier la transmission financière des Etats-Unis en s’intéressant à la crise des subprimes sur ces pays. L’estimation du modèle switch à probabilité variée développée indique que la persistance des stress financiers, le durcissement des conditions du crédit et l’augmentation du risque de non-solvabilité bancaire ont été les causes fondamentales de la transmission financière. La volatilité de l’indice boursier américain a été le facteur clé de la contamination avec tous les pays étudiés. Le troisième chapitre est consacré à étudier si les pays émergents sont en mesure d’adopter des politiques budgétaires contracycliques pouvant atténuer les chocs provenant de l’extérieur. En utilisant le modèle à seuil avec transition lisse en panel (le modèle PSTR), ce chapitre confirme que la politique budgétaire dans les pays émergents est procyclique en période de ralentissement économique et aussi lorsque la dette publique dépasse le seuil critique. De ce fait, une solide position budgétaire est fondamentale pour assurer la stabilité macroéconomique. / The issue of international transmission cycles has considerably received attention due to the increasing economic and financial globalization. Our thesis is in line with the literature dedicated to this question. More specifically, we focusour attention on the analysis of the transmission cycle of the United States to emerging countries. It consists of three chapters. The first one, based on a new econometric approach in terms of Global VAR model, aims to study the effect of shocks from the U.S. to emerging countries. The main resultconfirms the idea that the United States plays an important role in the transmission of economic cycles given their weight in the world economy. The second chapter proposes to study the financial transmission of the United States by focusing on the subprime crisis on these countries. The estimation of time varyingtransitionprobability (TVTP) Markov switchingmodel indicates that the persistence of financial stress, the tightening of the conditions of the credit and the increase of the risk of Banking solvency constitute the major determinants of the financial transmission. The US stock market volatility is the key factor transmission channel for all the studied countries. The third chapter is devoted to investigate whether emerging countries are able to adopt countercyclical fiscal policies to mitigate the impact from outside. Using the threshold model with smooth transition panel ( the PSTR model ), this chapter confirms that fiscal policy in emerging countries is procyclicalin the slowdown periodand also when public debt exceeds the critical threshold. Therefore, a strong fiscal position is fundamental to ensure macroeconomic stability.

Les modèles de Markov d’ordre 2 (HMM2) sont des modèles stochastiques qui ont démontré leur efficacité dans l’exploration de séquences génomiques. Cette thèse explore l’intérêt de modèles de différents types (M1M2, M2M2, M2M0) ainsi que leur couplage à des méthodes combinatoires pour segmenter les génomes bactériens sans connaissances a priori du contenu génétique. Ces approches ont été appliquées à deux modèles bactériens afin d’en valider la robustesse : Streptomyces coelicolor et Streptococcus thermophilus. Ces espèces bactériennes présentent des caractéristiques génomiques très distinctes (composition, taille du génome) en lien avec leur écosystème spécifique : le sol pour les S. coelicolor et le milieu lait pour S. thermophilus / Second-order Hidden Markov Models (HMM2) are stochastic processes with a high efficiency in exploring bacterial genome sequences. Different types of HMM2 (M1M2, M2M2, M2M0) combined to combinatorial methods were developed in a new approach to discriminate genomic regions without a priori knowledge on their genetic content. This approach was applied on two bacterial models in order to validate its achievements: Streptomyces coelicolor and Streptococcus thermophilus. These bacterial species exhibit distinct genomic traits (base composition, global genome size) in relation with their ecological niche: soil for S. coelicolor and dairy products for S. thermophilus. In S. coelicolor, a first HMM2 architecture allowed the detection of short discrete DNA heterogeneities (5-16 nucleotides in size), mostly localized in intergenic regions. The application of the method on a biologically known gene set, the SigR regulon (involved in oxidative stress response), proved the efficiency in identifying bacterial promoters. S. coelicolor shows a complex regulatory network (up to 12% of the genes may be involved in gene regulation) with more than 60 sigma factors, involved in initiation of transcription. A classification method coupled to a searching algorithm (i.e. R’MES) was developed to automatically extract the box1-spacer-box2 composite DNA motifs, structure corresponding to the typical bacterial promoter -35/-10 boxes. Among the 814 DNA motifs described for the whole S. coelicolor genome, those of sigma factors (B, WhiG) could be retrieved from the crude data. We could show that this method could be generalized by applying it successfully in a preliminary attempt to the genome of Bacillus subtilis

Nous traitons des signaux électromyographiques intramusculaires (signaux iEMG) relevés dans les muscles de l'avant-bras. Les signaux iEMG représentent une image de la commande du système nerveux central vers les muscles. Ils se composent d'une superposition de trains d'ondelettes, chaque ondelette code un groupe de fibres musculaires et son taux de mise à feu code l'effort produit par ce groupe. L'objectif est d'extraire de façon séquentielle des informations du signal iEMG. Nous espérons que ces informations se révèleront utiles pour la commande d'une prothèse d'avant-bras. En premier lieu, nous modélisons un train d'impulsions comme une chaîne de Markov et nous discutons des lois pouvant caractériser le temps entre deux impulsions. La loi de Weibull discrète a retenu notre attention. Nous avons mis en place une méthode d'estimation en ligne de ses paramètres. En second lieu, nous modélisons le signal iEMG par un modèle de Markov caché s'appuyant sur le modèle de train d'impulsions ci-dessus. La mise en place d'un filtre bayésien nous permet de propager séquentiellement une estimation bayésienne des paramètres du modèle de Markov caché, en particulier la forme des ondelettes et leur taux de mise à feu. Nous proposons finalement une méthode d'estimation du nombre de trains d'ondelettes, un paramètre discret du modèle. Nous validons les méthodes et algorithmes proposés sur des signaux simulés et des signaux iEMG.

Contexte : Les stratégies pharmacologiques pour traiter la schizophrénie reçoivent une attention croissante due au développement de nouvelles pharmacothérapies plus efficaces, mieux tolérées mais plus coûteuses. La schizophrénie est une maladie chronique présentant différents états spécifiques et définis par leur sévérité. Objectifs : Ce programme de recherche vise à: 1) Évaluer les facteurs associés au risque d'être dans un état spécifique de la schizophrénie, afin de construire les fonctions de risque de la modélisation du cours naturel de la schizophrénie; 2) Développer et valider un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo, afin de simuler l'évolution naturelle des patients qui sont nouvellement diagnostiqués pour la schizophrénie, en fonction du profil individuel des facteurs de risque; 3) Estimer le coût direct de la schizophrénie (pour les soins de santé et autres non reliés aux soins de santé) dans la perspective gouvernementale et simuler l’impact clinique et économique du développement d’un traitement dans une cohorte de patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie, suivis pendant les cinq premières années post-diagnostic. Méthode : Pour le premier objectif de ce programme de recherche, un total de 14 320 patients nouvellement diagnostiqués avec la schizophrénie ont été identifiés dans les bases de données de la RAMQ et de Med-Echo. Les six états spécifiques de la schizophrénie ont été définis : le premier épisode (FE), l'état de dépendance faible (LDS), l’état de dépendance élevée (HDS), l’état stable (Stable), l’état de bien-être (Well) et l'état de décès (Death). Pour évaluer les facteurs associés au risque de se trouver dans chacun des états spécifiques de la schizophrénie, nous avons construit 4 fonctions de risque en se basant sur l'analyse de risque proportionnel de Cox pour des risques compétitifs. Pour le deuxième objectif, nous avons élaboré et validé un modèle de Markov avec microsimulations de Monte-Carlo intégrant les six états spécifiques de la schizophrénie. Dans le modèle, chaque sujet avait ses propres probabilités de transition entre les états spécifiques de la schizophrénie. Ces probabilités ont été estimées en utilisant la méthode de la fonction d'incidence cumulée. Pour le troisième objectif, nous avons utilisé le modèle de Markov développé précédemment. Ce modèle inclut les coûts directs de soins de santé, estimés en utilisant les bases de données de la Régie de l'assurance maladie du Québec et Med-Echo, et les coûts directs autres que pour les soins de santé, estimés à partir des enquêtes et publications de Statistique Canada. Résultats : Un total de 14 320 personnes nouvellement diagnostiquées avec la schizophrénie ont été identifiées dans la cohorte à l'étude. Le suivi moyen des sujets était de 4,4 (± 2,6) ans. Parmi les facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie, on peut énumérer l’âge, le sexe, le traitement pour la schizophrénie et les comorbidités. Après une période de cinq ans, nos résultats montrent que 41% des patients seront considérés guéris, 13% seront dans un état stable et 3,4% seront décédés. Au cours des 5 premières années après le diagnostic de schizophrénie, le coût direct moyen de soins de santé et autres que les soins de santé a été estimé à 36 701 $ canadiens (CAN) (95% CI: 36 264-37 138). Le coût des soins de santé a représenté 56,2% du coût direct, le coût de l'aide sociale 34,6% et le coût associé à l’institutionnalisation dans les établissements de soins de longue durée 9,2%. Si un nouveau traitement était disponible et offrait une augmentation de 20% de l'efficacité thérapeutique, le coût direct des soins de santé et autres que les soins de santé pourrait être réduit jusqu’à 14,2%. Conclusion : Nous avons identifié des facteurs associés à l’évolution de la schizophrénie. Le modèle de Markov que nous avons développé est le premier modèle canadien intégrant des probabilités de transition ajustées pour le profil individuel des facteurs de risque, en utilisant des données réelles. Le modèle montre une bonne validité interne et externe. Nos résultats indiquent qu’un nouveau traitement pourrait éventuellement réduire les hospitalisations et le coût associé aux établissements de soins de longue durée, augmenter les chances des patients de retourner sur le marché du travail et ainsi contribuer à la réduction du coût de l'aide sociale. / Aim: Pharmacological strategies for schizophrenia have received increasing attention due to the development of new therapies more effective, better tolerated but more expensive. Schizophrenia is a chronic illness with various states of illness. Objectives: This research program aimed: 1) to evaluate the factors associated with the risk of being in a specific state of schizophrenia in order to construct the risk functions of the course of schizophrenia modeling; 2) to develop and validate a Markov model with Monte-Carlo micro-simulations in order to simulate the natural course of patients who have been newly diagnosed with schizophrenic based upon the individual risk factors profile; and 3) to estimate the direct healthcare and non-healthcare cost of schizophrenia and to simulate clinical and economic impact of developing a new treatment, in a cohort of patients newly diagnosed with schizophrenia, over the first 5 years following their diagnosis. Methods: For the first objective of this research program, a total of 14,320 newly diagnosed patients with schizophrenia were identified based on data from the RAMQ and Med-Echo databases. Six disorder states of schizophrenia were defined: first episode (FE), low dependency state (LDS), high dependency state (HDS), Stable state (Stable), Well state (Well) and Death state (Death). To evaluate factors associated to the risk of being in each disease state, we constructed 4 risk functions based on the Cox proportional hazard analysis for competing risks. For the second objective, a Markov model with Monte-Carlo microsimulations with the six specific states of schizophrenia was developed and validated. In the model, each subject had his own probabilities of transition between specific states, which were estimated based on the cumulative incidence function. For the third objected, we used the Markov model we previously developed. The model includes direct healthcare costs estimated from the Régie de l’assurance maladie du Québec and Med-Echo databases and direct non-healthcare costs estimated from the surveys and publications of Statistics Canada. Results: A total of 14,320 individuals were identified in the study cohort as newly diagnosed patients with schizophrenia. The mean follow-up of the subjects was of 4.4 (± 2.6) years. The age, the sex, the schizophrenia treatment, and having comorbidities are factors that are associated with the schizophrenia course. After a five-year period, our results show that 41% of patients will be considered as having recovered, 13% will be in stable condition and 3.4% of patients will have died. The mean direct healthcare and non-healthcare cost of schizophrenia over the first 5 years following diagnosis was estimated $36,701 Canadian (CAN) (95% CI: 36,264 to 37,138). The direct healthcare cost accounted for 56.2% of the total cost, welfare assistance for 34.6% and long term care facilities for 9.2%. On the direct healthcare cost, hospitalisation cost accounted for 64.6%, medical cost for 11.4% and drug-related cost for 24%. In the case where a new treatment with 20% increase of effectiveness will be available, the direct healthcare and non-healthcare costs can be reduced up to 14.2%. Conclusion: We have identified factors associated with the schizophrenia’s specific states, The Markov model we have developed is the first Canadian model incorporating transition probabilities adjusted for individual risk factor profiles using real-life data. The model shows a good internal and external validity. Based on the cost estimates, our results indicate that a new treatment could possibly reduce hospitalization and long-term care facility costs while potentially enabling patients to return to active employment that would in turn contribute to the reduction of the welfare assistance cost.