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Análise da ocorrência de metástase intraocular e pulmonar em cadelas portadoras de carcinoma mamário e correlação com mutação e expressão de E-caderina /Pardini, Luciana Moura Campos. January 2015 (has links)
Orientador: José Joaquim Titton Ranzani / Co-orientador: Adriana Camargo Ferrasi / Banca: Noeme Sousa Rocha / Banca: Rejane Maria Tommasini Grotto / Resumo: Introdução: A E-caderina é uma proteína transmembranosa, codificada pelo gene CDH1, que desempenha um papel importante na adesão intercelular de tecidos epiteliais. A perda da função ou expressão diminuída de E-caderina pode implicar em metástases e progressão do câncer. Nas neoplasias mamárias, metástases pulmonares ocorrem com maior frequência, porém as metástases oculares, especialmente na coroide, são relativamente comuns, mas pouco diagnosticadas clinicamente. Metodologia: Vinte e oito cadelas de diferentes raças, não-castradas, com idade superior a 5 anos, com diagnóstico de carcinoma mamário ao exame citopatológico, sem metástases pulmonares e/ou oculares, foram submetidas à mastectomia radical e ovariosalpingohisterectomia (OSH), sendo reavaliadas após três e seis meses de pós-operatório. O padrão de expressão relativa do gene CDH1 em tecidos tumorais e normais, foi avaliado pelo sistema TaqMan Universal PCR Master Mix; o padrão de metilação foi realizado utilizando-se a técnica de MSP-PCR; o sequenciamento do DNA, análise das mutações e polimorfismos foram realizados a partir do sangue periférico, utilizando-se a técnica de reação de terminação em cadeia pelo kit BigDye Terminator v.3 Cycle Sequencing. Análises imunohistoquímicas foram realizadas para avaliar a expressão da E-caderina. Resultados: Nenhuma das 28 cadelas estudadas apresentou metástase ocular ou pulmonar com três ou seis meses de pós-operatório. Em 57,1% dos casos uma menor expressão relativa do gene CDH1 foi identificada. Em 100% dos casos verificou-se o status metilado para o gene CDH1, reafirmando a hipótese de que células não-tumorais podem contribuir para estes resultados. Em 46,5% dos casos identificou-se expressão reduzida de E-caderina pela técnica de imunohistoquímica. Foram identificados 3 histotipos tumorais: carcinoma complexo, tubulopapilífero e carcinoma em tumor misto. Em 100% dos casos de carcinoma... / Abstract: Introduction: E-cadherin is a transmembrane protein, encoded by CDH1 gene, that has an important role in intercellular adhesion of epithelial tissues. Loss of function or decreased expression of E-cadherin may lead to cancer progression and metastasis. In mammary epithelial neoplasms, lung metastases occur more frequently, but the ocular metastasis, especially in the choroid, are relatively common but underdiagnosed clinically. Methods: Twenty-eight dogs of different breeds, non-castrated, older than five years, diagnosed with breast cancer by cytopathological examination, without pulmonary and/or ocular metastasis, have undergone to radical mastectomy and ovariosalpingohisterectomy (OSH), and re-evaluated after three and six months postoperatively. The pattern of relative expression of CDH1 gene in normal and tumor tissues was assessed by TaqMan Universal PCR Master Mix system; the pattern of methylation was performed using MSP-PCR; DNA sequencing analysis of mutations and polymorphisms were performed from peripheral blood using the termination chain reaction technique with BigDye Terminator v.3 Cycle Sequencing kit. Immunohistochemical analyzes were performed to evaluate the expression of E-cadherin. Results: None of the 28 dogs studied had ocular or pulmonary metastasis with 3 or 6 months postoperatively. In 57,1% of cases a decreased relative expression of CDH1 gene was identified. In 100% of cases there was methylated status for the CDH1 gene, confirming the hypothesis that non-tumor cells can contribute to these results. In 46,5% of the cases reduced E-cadherin expression by immunohistochemistry was identified. Three tumor histotypes were identified: complex carcinoma, tubulopapillary, and carcinoma in mixed tumor. In 100% of cases of tubulopapillary carcinoma was identified a reduced gene expression of CDH1 by both qPCR and by immunohistochemistry. The sequencing of the gene, 6 animals (21,4%) had silent mutations in exons 3, 7 ... / Mestre
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Confinamento das moléculas H2 e O2 como modelo para o estudo da ligação ligante-sítio ativo em macromoléculas biológicas /Silva, Fabrício Ramos. January 2014 (has links)
Orientador: Elso Drigo Filho / Banca: Marinônio Lopes Cornélio / Banca: Marcelo de Freitas Lima / Banca: Nelson Augusto Alves / Banca: Herculano da Silva Martinho / Resumo: Este trabalho apresenta autovalores de energia para as ligações das moléculas de hidrogênio, H2 e de oxigênio O2, ambas confinadas em cavidades elípticas. Esses sistemas também foram estudados sem confinamento. Os resultados foram obtidos através da associação entre o método variacional e a mecânica quântica supersimétrica, cabendo a supersimetria determinar as funções de onda dos orbitais atômicos constituíntes dos orbitais moleculares. A "aproximação de Hïckel" é utilizada para explicar a estabilidade similar entre as ligações da molécula de oxigênio. Os resultados obtidos para as ligações químicas das moléculas (hidrogênio e oxigênio) apresentaram um valor para o volume de confinamento onde o sistema é mais estável. Por fim, são discutidas possíveis aplicações para sistemas envolvendo sítios ativos de proteínas / Abstract: This works presents the energy eigenvalues for the bonds of hydrogen and oxygen molecules, both confined in elliptical cavities. Those systems are also studied without confinement. The results are obtained through the variational method and supersymmetric quantum mechanics. The supersymmetry permits to determine the atomic orbitals. The "Hückel approximation" is used to justify the similar stability between and bonds in the oxygen molecule. The obtained results to the molecular chemical bonds (hydrogen and oxygen molecules) shown a stability region of energy interns of the confinement volum. Finally, possible applications for systems involving protein active sites are discussed / Doutor
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Desenvolvimento de modelos para flavonoides e cumarinas utilizando o campo de força CGenFF /Souza, Carolina Penhavel de January 2014 (has links)
Orientador: Alexandre Suman de Araujo / Banca: Ernesto Raul Caffarena / Banca: Marinônio Lopes Cornélio / Resumo: A utilização de simulações computacionais como ferramenta no estudo dos mais variados sistemas biomoleculares nos traz a possibilidade de observar o comportamento, organização e interação de seus componentes em nível atômico/molecular. Dentre as inúmeras técnicas de simulação computacional existentes, a mais difundida atualmente é a Dinâmica Molecular (DM). A DM tem um papel importante no que diz respeito à determinação da estrutura, dinâmica e função de um sistema molecular graças à simplicidade de sua função potencial. Essa função potencial e sua respectiva parametrização são chamadas, genericamente, de campo de forças. Dentre os diversos campos de forças propostos na literatura, o CHARMM é um dos mais utilizados e aperfeiçoados atualmente. Com o objetivo de modelar moléculas de interesse farmacológico que interagem com biomoléculas, foi desenvolvida recentemente uma extensão desse campo de forças, o CHARMM General Force Field (CGenFF). A construção da versão inicial do CGenFF foi baseada em moléculas componentes do CHARMM como, por exemplo, o fenol, parametrizado como um precursor para a tirosina. Todos os parâmetros já disponíveis no CHARMM são convertidos e combinados de modo a produzir novos tipos de átomos. Mesmo assim, o CGenFF deve ser usado apenas para moléculas farmacológicas; as macromoléculas biológicas devem ser representadas pelo campo de forças CHARMM original. O estudo de moléculas de interesse farmacológico provenientes de fontes naturais (vegetais, animais ou minerais) sempre resultou no desenvolvimento de fármacos de grande eficiência para o combate de inúmeras doenças. Aproximadamente 50% dos fármacos introduzidos no mercado, durante os últimos 20 anos, são derivados de pequenas moléculas biogênicas. Dentre os compostos naturais com grande potencial para uso como fármacos podemos destacar os flavonoides: eles são... / Abstract: The use of computational simulations as a tool in the study of biomolecular systems creates the possibility to observe the behavior, organization and interaction of the components at atomic/molecular level. Among several computational simulation techniques, the most used is Molecular Dynamics (MD). MD plays an important role in structure determination, dynamics and function of molecular systems due to the simplicity of its potential function. This and their respective parameterization are generically known as force fields. Among the existing force fields, CHARMM is one of the most used and improved today. In order to model molecules of pharmaceutical interest that interact with biomolecules, an extension of this force field, the CHARMM General Force Field (CGenFF), was developed. The construction of the initial version of the CgenFF was based in molecules which compose CHARMM, such as phenol, parameterized as a precursor for tyrosine. All the parameters already available in the CHARMM are converted and combined to produce new types of atoms. Nevertheless, the CGenFF should be used only for pharmacological molecules; the biological molecules should be represented by the original CHARMM force field. The study of molecules of pharmacological interest from natural sources (vegetable, animal or mineral) always resulted in the development of drugs highly efficient to fight several diseases. Approximately 50% of the drugs introduced on the market, during the last 20 years, are derived from small biogenic molecules. Among the natural components with great potential for use as drugs we can highlight flavonoids, our study object: they are polyphenolic compounds naturally present in vegetables, fruit, seeds, nuts and drinks like tea and red wine. These molecules are derived from benzo-γ-pirone and present a wide range of biological activity (antiallergenic, anti-inflammatory, antioxidant, antiviral and... / Mestre
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Análise da ocorrência de metástase intraocular e pulmonar em cadelas portadoras de carcinoma mamário e correlação com mutação e expressão de E-caderina / Analysis of intraocular and pulmonary metastasis in female dogs suffering from mammary carcinoma and correlation with E-cadherin mutation and expressionPardini, Luciana Moura Campos [UNESP] 03 June 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2015-06-03. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:54:43Z : No. of bitstreams: 1
000858239.pdf: 1069135 bytes, checksum: cd8c808bc197da8ee3c265e8f3ff186a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A E-caderina é uma proteína transmembranosa, codificada pelo gene CDH1, que desempenha um papel importante na adesão intercelular de tecidos epiteliais. A perda da função ou expressão diminuída de E-caderina pode implicar em metástases e progressão do câncer. Nas neoplasias mamárias, metástases pulmonares ocorrem com maior frequência, porém as metástases oculares, especialmente na coroide, são relativamente comuns, mas pouco diagnosticadas clinicamente. Metodologia: Vinte e oito cadelas de diferentes raças, não-castradas, com idade superior a 5 anos, com diagnóstico de carcinoma mamário ao exame citopatológico, sem metástases pulmonares e/ou oculares, foram submetidas à mastectomia radical e ovariosalpingohisterectomia (OSH), sendo reavaliadas após três e seis meses de pós-operatório. O padrão de expressão relativa do gene CDH1 em tecidos tumorais e normais, foi avaliado pelo sistema TaqMan Universal PCR Master Mix; o padrão de metilação foi realizado utilizando-se a técnica de MSP-PCR; o sequenciamento do DNA, análise das mutações e polimorfismos foram realizados a partir do sangue periférico, utilizando-se a técnica de reação de terminação em cadeia pelo kit BigDye Terminator v.3 Cycle Sequencing. Análises imunohistoquímicas foram realizadas para avaliar a expressão da E-caderina. Resultados: Nenhuma das 28 cadelas estudadas apresentou metástase ocular ou pulmonar com três ou seis meses de pós-operatório. Em 57,1% dos casos uma menor expressão relativa do gene CDH1 foi identificada. Em 100% dos casos verificou-se o status metilado para o gene CDH1, reafirmando a hipótese de que células não-tumorais podem contribuir para estes resultados. Em 46,5% dos casos identificou-se expressão reduzida de E-caderina pela técnica de imunohistoquímica. Foram identificados 3 histotipos tumorais: carcinoma complexo, tubulopapilífero e carcinoma em tumor misto. Em 100% dos casos de carcinoma... / Introduction: E-cadherin is a transmembrane protein, encoded by CDH1 gene, that has an important role in intercellular adhesion of epithelial tissues. Loss of function or decreased expression of E-cadherin may lead to cancer progression and metastasis. In mammary epithelial neoplasms, lung metastases occur more frequently, but the ocular metastasis, especially in the choroid, are relatively common but underdiagnosed clinically. Methods: Twenty-eight dogs of different breeds, non-castrated, older than five years, diagnosed with breast cancer by cytopathological examination, without pulmonary and/or ocular metastasis, have undergone to radical mastectomy and ovariosalpingohisterectomy (OSH), and re-evaluated after three and six months postoperatively. The pattern of relative expression of CDH1 gene in normal and tumor tissues was assessed by TaqMan Universal PCR Master Mix system; the pattern of methylation was performed using MSP-PCR; DNA sequencing analysis of mutations and polymorphisms were performed from peripheral blood using the termination chain reaction technique with BigDye Terminator v.3 Cycle Sequencing kit. Immunohistochemical analyzes were performed to evaluate the expression of E-cadherin. Results: None of the 28 dogs studied had ocular or pulmonary metastasis with 3 or 6 months postoperatively. In 57,1% of cases a decreased relative expression of CDH1 gene was identified. In 100% of cases there was methylated status for the CDH1 gene, confirming the hypothesis that non-tumor cells can contribute to these results. In 46,5% of the cases reduced E-cadherin expression by immunohistochemistry was identified. Three tumor histotypes were identified: complex carcinoma, tubulopapillary, and carcinoma in mixed tumor. In 100% of cases of tubulopapillary carcinoma was identified a reduced gene expression of CDH1 by both qPCR and by immunohistochemistry. The sequencing of the gene, 6 animals (21,4%) had silent mutations in exons 3, 7 ...
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Estudo de moléculas de porfirina isoladas em superfícies cristalinas por STM de baixa temperaturaZoldan, Vinicius Claudio 25 October 2012 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico, Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engenharia de Materiais, Florianópolis, 2010 / Made available in DSpace on 2012-10-25T04:56:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1
286825.pdf: 13882132 bytes, checksum: e5506e74312589613be0f05ef1b8c2fa (MD5) / Neste trabalho são estudadas as propriedades físicas das moléculas tetrafenilporfirina (H2-TPP) e tetrafenilporfirina de cobalto (Co-TPP) depositadas em ultra-alto vácuo e temperatura ambiente sobre as superfícies metálicas Cu3Au (100), Cu (110) e Ag (111), além da deposição das moléculas sobre uma monocamada de Cu3N sobre Cu (110). As principais caracterizações realizadas nas amostras foram a obtenção de imagens e manipulação das moléculas por microscopia de tunelamento (STM) e a análise da densidade local de estados das moléculas por espectroscopia de tunelamento com varredura (STS). Entre os principais resultados obtidos temos: i) o caráter retificador complementar observado para moléculas isoladas de H2-TPP e Co-TPP quando adsorvidas sobre o substrato de Cu3Au ii) evidencias da existência de efeito Kondo para as moléculas de Co-TPP quando estas estão adsorvidas sobre a camada de Cu3N e iii) a dopagem das moléculas com átomos isolados de Co. Cálculos de primeiros princípios utilizando a teoria dos funcionais de densidade foram realizados usando o código SIESTA para a simulação da deposição de moléculas isoladas de Co-TPP sobre os substratos de Cu (110) e Cu3N-Cu (110).
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Informação nuclear através de espalhamento quase livre com partículas polarizadasVasconcellos, Cesar Augusto Zen January 1978 (has links)
Recentemente espalhamentos quase-livres com prótons polarizados nos núcleos de camada fechada 16O e 40Ca mostraram que o modelo, de acordo com o qual o espalhamento tem lugar em prótons nucleares efetivamente polarizados é, ao menos semi-quantitativamente, correto. Calculamos a polarização efetiva para a reação 14N(p, 2p) 13C para diferentes estados finais. Mostramos neste caso e em geral que para núcleos iniciais com spins não nulos medições com partículas polarizadas podem, de maneira relativamente simples, discriminar entre diferentes modelos teóricos dos estados nucleares, inicial e final. / Recently quasi-free scatterings with polarized protons on the closed-shell nuclei 160 and 40Ca have shown that the model according to which the scattering takes place on effectively polarized nuclear protons is, at least semi-quantitatively, correct. We calculate the effective polarization for the reaction 14 N (p,2p) 13C going to different final states. We show in this case, and in general that for initial nuclei with non - zero spins the measurements with polarized particles may relatively simply discriminate between theoretical models of the initial and final nuclear states.
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Espalhamento de pósitrons por moléculas utilizando um potencial de polarização ab initioTenfen, Wagner January 2013 (has links)
Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Físicas e Matemáticas. Programa de Pós-Graduação em Física, Florianópolis, 2013 / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:52:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1
319298.pdf: 781203 bytes, checksum: 771a00b3d1b7b1ec224d63f3ce53e695 (MD5)
Previous issue date: 2013 / Um novo método de primeiros princípios foi desenvolvido neste trabalho, com o objetivo de considerar os efeitos de polarização de moléculas na presença de pósitrons lentos. Neste cenário, obtivemos seções de choque de baixas energias para pósitrons colidindo com moléculas de H2 e N2, na faixa de energias indo desde 0,1 até 10 eV. Algumas energias em específico foram estudadas para a molécula de H2 com o objetivo de comparar estes resultados com os da literatura. O modelo proposto aqui é baseado na ideia de que a polarização da nuvem eletrônica de uma molécula é causada exclusivamente pelas interações pósitron-elétron. Deste modo, o potencial de polarização é calculado como o valor esperado do hamiltoniano molecular na função de onda polarizada na qual a presença do pósitron é considerada em uma posição fixa, excluindo os termos elétron-elétron da interação. Este operador é avaliado para cada uma destas distâncias, resultando em um potencial de polarização dependente apenas desta coordenada. Os resultados obtidos são comparados com outras aproximações teóricas e experimentais, com uma concordância boa com alguns dados teóricos e outros cálculos mais elaborados. Particularmente, as seções de choque de pósitrons lentos colidindo com moléculas de N2 apresentadas aqui são os únicos resultados na literatura que concordam com os dados experimentais mais recentes. Este é um resultado muito satisfatório, pois o método proposto aqui pode ser aplicado para uma grande variedade de alvos moleculares, e os resultados esperados devem se comparar bem com as medidas mais recentes. <br> / Abstract: A new ab initio method is developed here in order to take into account the polarization effects of molecules in the presence of slow positrons. In this framework, we have obtained low-energy positron cross sections for H2 and N2 molecules, in the energy range of 0,1 to 10 eV. Some specific energies have been studied for the H2 molecule in order to compare its results with those in the literature. The model proposed here is based on the idea that the polarization of the electronic cloud of a molecule is caused exclusively by the positron-electron interactions. So, the polarization potential is calculated as the expected values of the molecular hamiltonian in a polarized wave function in which the positron presence is considered at a fixed distance, excluding the electron-electron interactions. This operator is evaluated for each of those fixed distances, resulting in the polarization energy dependent exclusively on that coordinate. The obtained results are compared to other theoretical and experimental approaches, giving an overall good agreement with some experimental data and more elaborated calculations. Particularly, the cross sections of slow positrons colliding with N2 molecules presented here are the only results in the literature which agrees with the more recent experimental data. This result is very satisfactory, as the proposed method can be applied to a wide variety of molecular targets, and the results are expected to be well comparable to the most recent measurements.
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Confinamento das moléculas H2 e O2 como modelo para o estudo da ligação ligante-sítio ativo em macromoléculas biológicasSilva, Fabrício Ramos [UNESP] 24 October 2014 (has links) (PDF)
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Previous issue date: 2014-10-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:25Z : No. of bitstreams: 1
000846508_20151024.pdf: 317872 bytes, checksum: a4945c6df824e60145f9807316823f2a (MD5) Bitstreams deleted on 2015-11-03T14:39:20Z: 000846508_20151024.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-11-03T14:40:20Z : No. of bitstreams: 1
000846508.pdf: 1042019 bytes, checksum: 7f20a1e3798f6d77c877fb5acc20db34 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este trabalho apresenta autovalores de energia para as ligações das moléculas de hidrogênio, H2 e de oxigênio O2, ambas confinadas em cavidades elípticas. Esses sistemas também foram estudados sem confinamento. Os resultados foram obtidos através da associação entre o método variacional e a mecânica quântica supersimétrica, cabendo a supersimetria determinar as funções de onda dos orbitais atômicos constituíntes dos orbitais moleculares. A aproximação de Hïckel é utilizada para explicar a estabilidade similar entre as ligações da molécula de oxigênio. Os resultados obtidos para as ligações químicas das moléculas (hidrogênio e oxigênio) apresentaram um valor para o volume de confinamento onde o sistema é mais estável. Por fim, são discutidas possíveis aplicações para sistemas envolvendo sítios ativos de proteínas / This works presents the energy eigenvalues for the bonds of hydrogen and oxygen molecules, both confined in elliptical cavities. Those systems are also studied without confinement. The results are obtained through the variational method and supersymmetric quantum mechanics. The supersymmetry permits to determine the atomic orbitals. The Hückel approximation is used to justify the similar stability between and bonds in the oxygen molecule. The obtained results to the molecular chemical bonds (hydrogen and oxygen molecules) shown a stability region of energy interns of the confinement volum. Finally, possible applications for systems involving protein active sites are discussed
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Desenvolvimento de modelos para flavonoides e cumarinas utilizando o campo de força CGenFFSouza, Carolina Penhavel de [UNESP] 21 October 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0
Previous issue date: 2014-10-21. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:19Z : No. of bitstreams: 1
000846523.pdf: 1336118 bytes, checksum: 2880c71486230bdcf69af197aa7c5284 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A utilização de simulações computacionais como ferramenta no estudo dos mais variados sistemas biomoleculares nos traz a possibilidade de observar o comportamento, organização e interação de seus componentes em nível atômico/molecular. Dentre as inúmeras técnicas de simulação computacional existentes, a mais difundida atualmente é a Dinâmica Molecular (DM). A DM tem um papel importante no que diz respeito à determinação da estrutura, dinâmica e função de um sistema molecular graças à simplicidade de sua função potencial. Essa função potencial e sua respectiva parametrização são chamadas, genericamente, de campo de forças. Dentre os diversos campos de forças propostos na literatura, o CHARMM é um dos mais utilizados e aperfeiçoados atualmente. Com o objetivo de modelar moléculas de interesse farmacológico que interagem com biomoléculas, foi desenvolvida recentemente uma extensão desse campo de forças, o CHARMM General Force Field (CGenFF). A construção da versão inicial do CGenFF foi baseada em moléculas componentes do CHARMM como, por exemplo, o fenol, parametrizado como um precursor para a tirosina. Todos os parâmetros já disponíveis no CHARMM são convertidos e combinados de modo a produzir novos tipos de átomos. Mesmo assim, o CGenFF deve ser usado apenas para moléculas farmacológicas; as macromoléculas biológicas devem ser representadas pelo campo de forças CHARMM original. O estudo de moléculas de interesse farmacológico provenientes de fontes naturais (vegetais, animais ou minerais) sempre resultou no desenvolvimento de fármacos de grande eficiência para o combate de inúmeras doenças. Aproximadamente 50% dos fármacos introduzidos no mercado, durante os últimos 20 anos, são derivados de pequenas moléculas biogênicas. Dentre os compostos naturais com grande potencial para uso como fármacos podemos destacar os flavonoides: eles são... / The use of computational simulations as a tool in the study of biomolecular systems creates the possibility to observe the behavior, organization and interaction of the components at atomic/molecular level. Among several computational simulation techniques, the most used is Molecular Dynamics (MD). MD plays an important role in structure determination, dynamics and function of molecular systems due to the simplicity of its potential function. This and their respective parameterization are generically known as force fields. Among the existing force fields, CHARMM is one of the most used and improved today. In order to model molecules of pharmaceutical interest that interact with biomolecules, an extension of this force field, the CHARMM General Force Field (CGenFF), was developed. The construction of the initial version of the CgenFF was based in molecules which compose CHARMM, such as phenol, parameterized as a precursor for tyrosine. All the parameters already available in the CHARMM are converted and combined to produce new types of atoms. Nevertheless, the CGenFF should be used only for pharmacological molecules; the biological molecules should be represented by the original CHARMM force field. The study of molecules of pharmacological interest from natural sources (vegetable, animal or mineral) always resulted in the development of drugs highly efficient to fight several diseases. Approximately 50% of the drugs introduced on the market, during the last 20 years, are derived from small biogenic molecules. Among the natural components with great potential for use as drugs we can highlight flavonoids, our study object: they are polyphenolic compounds naturally present in vegetables, fruit, seeds, nuts and drinks like tea and red wine. These molecules are derived from benzo-γ-pirone and present a wide range of biological activity (antiallergenic, anti-inflammatory, antioxidant, antiviral and...
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Comparação de invariantes da teoria dos grafos na previsão da estabilidade de fulerenosLemos, Thiago Henrique de Araújo January 2015 (has links)
Orientador : Prof. Dr. André Luiz Pires Guedes / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Exatas, Programa de Pós-Graduação em Informática. Defesa: Curitiba, 10/04/2015 / Inclui referências : fls. 107-114 / Resumo: Este texto descreve um projeto de mestrado que consiste em uma comparaçãao de algumas invariantes da teoria dos grafos no contexto da previsão da estabilidade de moléculas de fulerenos. As invariantes investigadas incluem, entre outras, o critério de Fowler-Manolopoulos, o diâmetro, o índice de Wiener, a frustração bipartida de arestas, o número de independência, o número de emparelhamentos perfeitos, o número de Fries, e o número de Taylor. O objetivo principal aqui é computar seus valores para todos os isômeros de fulereno com até 130 vértices, e para todos os isômeros IPR com até 160 vértices. Até onde se sabe, ainda não foi feita nenhuma comparação experimental sobre a eficácia relativa dessas invariantes na previsão da estabilidade de fulerenos. Palavras-chave: Grafos, fulerenos, estabilidade, invariantes. / Abstract: This text describes a master's degree project that consists of a comparison of some graph theoretic invariants in the context of predicting the stability of fullerene molecules. Investigated invariants include, among others, the Fowler-Manolopoulos criterion, the diameter, the Wiener index, the bipartite edge frustration, the independence number, the number of perfect matchings, the Fries number, and the Taylor number. The main objective here is to compute their values for each fullerene isomer with up to 130 vertices, and each IPR isomer with up to 160 vertices. As far as is known, no experimental comparison has yet been made about the relative effectiveness of these invariants in predicting the stability of fullerenes. Keywords: Graphs, fullerenes, stability, invariants.
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