Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Doctorat en philosophie et lettres / info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Ce travail propose une description systématique du Lumbu. Cette langue est parlée au Gabon et au Congo. Nous avons porté notre choix sur la variété parlée à Mayumbu ; dans la partie septentrionale du Gabon.Notre approche a porté sur deux niveaux d’analyse suivants : la phonologie et la morphologie de cette langue. Le système phonologique décrit les phonèmes selon le critère de pertinence. En effet, cette première partie décrit le système consonantique et vocalique du lumbu. L’inventaire des phonèmes qui caractérisent la structure même de la langue nous a permis de répertorier seize phonèmes consonantiques et dix phonèmes vocaliques répartis de façon équitable sur la durée de réalisation des voyelles. Cependant, le système vocalique ne comporte pas de voyelles nasales. On note plutôt un phénomène de nasalisation favorisée par la présence d’une consonne nasale placée après la voyelle.La structure syllabique est caractérisée par des syllabes ouvertes c’est-à-dire qu’on ne retrouve pas de consonne en finale de mot. Nous bouclons cette partie par la description du système tonal. Il comporte deux tons simples / H/ (haut), /B / (bas) et deux tons modulés: /Mt / (montant) /Dt/ (descendant). La structure morphologique est envisagée sous deux angles ce qui nous a permis de faire ressortir les caractéristiques morphologiques de chacun des domaines. La description morphologique s’emploie à identifier les différents thèmes nominaux et les différentes structures verbales.La dérivation est relevée aussi bien dans le domaine lexical que verbal. Tout au long de notre travail, nous avons procédé à une analyse dérivationnelle en partant de la forme de base jusqu’à la forme réalisée. Cette façon de faire met en avant les différentes étapes du processus dérivationnel. Les nominaux sont identifiés par rapport aux classes nominales. Le Lumbu compte quatorze classes nominales qui fonctionnent par des appariements singulier /pluriel. Parmi les nominaux nous avons relevé les pronoms, les adjectifs qui se distinguent par la chaîne des accords. / This work provides a systematic description of Lumbu, a bantu language spoken at Mayumba,Gabon. I have chosen to focus on the phonological and morphological analysis.The inventory of phonemes shows 16 consonants and 10 vowels. There are no nasal vowels, butthere is however nazalization favored by the presence of a nasal consonant after the vowel. This part of theanalysis is completed with the description of the tonal system. There are two simple tones /H/ (high) and /B/(low), and also a rising tone /Mt/ (for « montant » in French) and a falling tone /Dt/ (for « descendant » inFrench). Tonal variation is induced by a floating tone.There are 13 noun classes and 3 locative classes. As a rule, classes are grouped in pairs (singular andplural). There is no masculine.feminin distinction. The class prefix of nouns governs concord on all theterms that depend on the noun, i.e., adjectives, demonstratives, possessives, etc.All through the work I have analysed the derivational processes step by step, from the root upwardto the surface form.

Cette thèse s’inscrit au sein des recherches sur l’acquisition de la temporalité. Elle vise à étudier l’acquisition et l’expression de la temporalité en français par les apprenants persanophones. L’objectif majeur étant d’identifier et de décrire les moyens linguistiques de transmettre l’information temporelle par nos sujets enquêtés. Notre recherche se concentre particulièrement sur les moyens de référence au « passé ». La description de la temporalité se caractérise par deux aspects : la référence à la morphologie verbale d’une part et le recours aux moyens pragmatiques (le lexique, les adverbes temporels, le principe de raconter les événements dans l’ordre de leur occurrence) d’autre part. La morphologie verbale et son développement se trouvent au cœur des analyses des données recueillies. Les formes verbales sont examinées dans une perspective formelle et fonctionnelle tout en s’appuyant sur une méthode fonctionnaliste. L’enquête de terrain a été conduite auprès de trois apprenantes iraniennes qui résident en France. Il s’agit d’un corpus longitudinal (oral et écrit) afin de relever les traces du développement progressif dans l’acquisition de la temporalité. Nous nous interrogeons notamment sur les étapes de développement morphologique dans la description de la temporalité. Les résultats des analyses favorisent non seulement l’étude comparative de trois apprenantes, mais aussi leur confrontation avec les apprenants d’autres recherches menées en différentes langues sources et cibles. L’objectif principal est de mettre en lumière les phénomènes permanents dans l’acquisition de la temporalité en L2. / This thesis is in the field of research on the acquisition of temporality. It aims at studying the acquisition and the expression of French temporality by the persanophones learning. The major goal is to identify and describe the average linguistics to transmit temporal information by our surveyed subjects. Our research concentrates particularly on the means of reference to the « past ». Two aspects characterize the temporality description: the reference to verbal morphology on the one hand and the recourse to the pragmatic means (the lexicon, adverbs temporal, the principle of telling the events in the order of their occurrence) on the other hand. Verbal morphology and its development are in the centre of the data analyses collected. The verbal forms are examined in the formal and functional prospect, all while being based on a functionalist method. The fieldwork has been conducted near three Iranian learning French who resides in France.! It is a question of a longitudinal corpus (oral and writing) in order to raise the traces of the progressive development in the acquisition of temporality. We wonder in particular about the stages of morphological development in the description of temporality. The results of the analyses support not only the comparative study of three learning, but also their confrontation with learning from other research undertaken in various source and target languages. The main aim is to clarify the permanent phenomena in the acquisition of temporality in L2.

Les récentes avancées des méthodes de détermination structurale à basse résolution (microscopie électronique, dispersion de neutrons ou de rayons X aux petits angles) et de l'imagerie cellulaire révèlent l'importance des assemblages supramoléculaires dans le fonctionnement de la cellule. Ces structures sont actuellement hors de portée des méthodes classiques de la modélisation moléculaire, limitées à l'étude des assemblages moléculaires de taille moyenne. Nous proposons une approche multi-échelle appelée Heligeom, basée sur les mouvements de vissage, permettant de relier l'échelle atomique à l'échelle des gros assemblages moléculaires. Cette approche exploite la propriété des assemblages moléculaires de s'auto-organiser en une grande variété de motifs géométriques tels que les hélices, les anneaux ou les filaments linéaires. Couplée à l'exploration des modes d'assemblage protéine-protéine au moyen de simulations d'amarrage ou d'échantillonnage par Monte Carlo, cette approche permet l'exploration et la combinaison de ces motifs. L'application d'Heligeom à l'étude du filament de RecA, une protéine membre de la famille des recombinases, a pu apporter un nouvel éclairage sur les modes d'auto-association de RecA et la diversité des géométries correspondantes, ainsi que sur les conséquences structurales de l'introduction d'irrégularités dans ces oligomères.La suite logicielle Heligeom est disponible dans la bibliothèque libre PTools. / Recent progress in methods for low resolution structural determination (electron microscopy, small angle neutron or X-ray scattering) and 3D cell imaging reveal the importance of supramolecular assemblies in the cell function. These structures are presently out of the reach of classical molecular modeling methods, which are limited to the study of medium size assemblies. We propose a multi-scale approach called Heligeom, based on the screw representation of movements, which enables linking the atomic scale to the scale of large assemblies. This approach builds on the property of molecular assemblies to self-organize into a large variety of geometric motifs such as helices, rings of linear filaments. Coupled to the exploration of protein-protein assembly modes using docking or Monte Carlo simulations, this approach allows identifying and combining such motifs. Application of Heligeom to study the filaments of RecA, a member of the recombinase protein family, shed new light on the modes of RecA self-association and the diversity of corresponding geometries, as well as the structural consequences of introducing irregularities in these oligomers. The Heligeom suite of computational tools is freely available in the PTools library.

Depuis plus de 30 ans, de nombreuses publications se sont attachées à expliquer la physiopathologie des anomalies morphologiques du spermatozoïde humain et ont mis en évidence des corrélations entre le pourcentage de formes normales et certaines anomalies fonctionnelles et des relations avec certains facteurs d'exposition. Le caractère physiologique de la plupart des " traits " morphologiques du spermatozoïde humain rend très difficile l'interprétation du spermocytogramme en dehors des syndromes d'anomalies monomorphes. A ces difficultés d'interprétation, viennent se rajouter le manque cruel de fiabilité analytique des techniques actuelles pour l'évaluation de la morphologie du spermatozoïde humain rendant très difficile l'utilisation de seuil décisionnel pour le choix d'une technique d'Assistance Médicale à la Procréation. Cette morphologie est classiquement observée sur lame après coloration (de Schorr le plus souvent). Il a récemment été développé une technique d'observation des spermatozoïdes mobiles associant un contraste interférentiel de Nomarski et un fort grossissement numérique et optique de x6000 au total permettant de mieux déceler certaines anomalies et notamment des vacuoles au niveau de la tête des spermatozoïdes. Cette technique est appelé MSOME (Motile Sperm Organelle MorphologyExamination). L'origine de ces vacuoles reste controversée, sont-elles d'origine nucléaire ou acrosomique ? Certains auteurs ont mis en évidence une relation entre la présence de larges vacuoles et des anomalies de condensation de la chromatine. De plus, beaucoup de questions subsistent quant au réel intérêt diagnostic du MSOME. Au cours d'un premier travail j'ai essayé d'amener un argument supplémentaire à l'origine des vacuoles. J'ai étudié le cas de deux patients atteints de globozoospermie totale (patients porteurs de spermatozoïdes sans acrosome confirmé par microscopie électronique). Au cours de ce travail, outre l'analyse morphométrique des vacuoles avec le MSOME, j'ai utilisé des techniques d'immunofluorescence (lectines PNA et anticorps anti-CD46) pour analyser le statut acrosomique et des techniques TUNEL (terminal deoxynucleotidyltransferase-mediateddUTPnick-end labelling assay) et SCSA (spermchromatin structure assay) pour le statut nucléaire du spermatozoïde. Les deux patients avaient un nombre et une surface vacuolaire (6,3% et 5%) très similaires à celles de 12 témoins fertiles (5%) permettant d'exclure une origine acrosomique de la plupart de ces vacuoles. Je me suis ensuite intéressé à l'impact de la congélation du sperme (très utilisé en pratique clinique) sur l'apparition de ces vacuoles. Après analyse morphométrique précise à l'aide d'un logiciel d'analyse d'image de plus de 2000 spermatozoïdes avant et après congélation (27 individus) je n'ai retrouvé aucune différence statistiquement significative en termes de nombre, surface et position de ces vacuoles entre avant et après congélation. De nombreux auteurs plaident en faveur d'une utilisation en pratique clinique de cette évaluation des vacuoles à fort grossissement sans qu'il n'y ait aucune donnée sur la présence de ces vacuoles dans une population de référence (témoins fertiles). J'ai donc réalisé une analyse morphométrique précise de ces vacuoles dans une population de 50 témoins fertiles. La très grande fréquence de ces vacuoles (95,8 %) dans cette population souligne le caractère physiologique de la plupart d'entre elles. / For over 30 years, many publications have sought to explain the pathophysiology of human sperm morphological abnormalities and showed correlations between the percentage of normal forms and functional defect and some relationships with some exposure factors. The physiological nature of most of the "features" of human sperm morphology makes the interpretation of human sperm morphology very difficult except for monomorphic defects. To these difficulties of interpretation, come to add the lack of analytical reliability of current techniques for assessing human sperm morphology making very difficult the use of threshold of normal forms for the choice of medical treatment of infertile couple in Assisted Reproductive Treatment. Recently a new aspect of sperm morphology, the head vacuoles, has shown to be of interest. The vacuoles can be easily observed using Nomarski interference contrast microscopy at high magnification: ×6000 to 10000 (optical magnification ×1000 associated with digital enhancements that achieves a final magnification up to 6000) even on motile spermatozoa (MSOME: Motile Sperm Organellar Morphology Examination). The origin of these vacuoles raises many questions. Several studies have found a link between chromatin condensation defects and the presence of sperm head vacuoles and clinical interest of MSOME is still somewhat debated. To add new arguments concerning the origin of the sperm-head vacuoles observed under high magnification with interference contrast microscopy, we carried out in two patients with total globozoospermia confirmed using transmission electron microscopy (TEM), a detailed sperm morphometric analysis with MSOME, an acrosomal status analysis (using fluorescent labelling with peanut agglutinin (PNA) lectins and anti-CD46 antibodies) and a nuclear status analysis (using terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP nick-end labelling assay TUNEL, sperm chromatin structure assay SCSA and aniline blue staining). Our two patients with globozoospermia had relative sperm vacuole areas of 6.3% and 5%, similar to those observed in a reference population of 12 fertile men (5.9%). This study provides further information on the non-acrosomal origin of the sperm-head vacuoles. Since the development of MSOME for observing the cephalic vacuoles at high magnification, no study as yet assessed the effect of cryopreservation on these vacuoles, although sperm freezing-thawing procedures are known to affect sperm quality. In 27 sperm samples from fertile men, morphological analysis at high magnification (·6000) using image analysis software was performed before freezing and after thawing, there was no evidence for any difference in any vacuolar criteria (relative vacuole area, total vacuole area, vacuole area in the anterior, median and basal parts of the head, percentage of spermatozoa with a vacuole area < 6.5% and percentage of spermatozoa with a vacuole area >13%). Freezing-thawing procedures have no effect on human sperm vacuoles. In order to establish reference values concerning sperm vacuoles and to know if the assessment of sperm vacuoles at high magnification can contribute to the explanation of idiopathic infertility, I investigated the number, position and area of sperm head vacuoles using an image analysis software in 50 fertile men and 50 infertile men were within couples who had unexplained infertility and were consulting in our centre. After analysis, the characteristics of sperm head vacuoles (number, area, position) are no different between fertile controls and patients with unexplained infertility.

Les propriétés globales des galaxies montrent une forte évolution du taux de formation stellaire et de la densité de masse stellaire à l'époque de l'assemblage des galaxies précédent le pic de formation stellaire dans l'univers, produite par plusieurs processus physiques concurrents (fusion, accrétion, rétroaction, environnement, ...). Les propriétés morphologiques des galaxies ont aussi fortement évolué à la même époque. Dans cette thèse, j'étudie comment l'évolution des propriétés morphologique est reliée aux propriétés spectrophotométriques des galaxies depuis z ~ 6. Les données spectroscopiques obtenues au sein du VIMOS Ultra Deep Survey (VUDS), un nouveau sondage spectroscopique unique de ~ 10000 galaxies entre redshift z~2 et z~6 qui fournissent un excellent moyen de sonder l'évolution galactique à travers cette époque cosmique. A partir des mes résultats, je conclus que les différentes propriétés morphologiques de galaxies à formation stellaire aux redshifts 2<z<6 montrent qu'il existe plusieurs façons pour les galaxies de se former. La grande diversité de tailles, la fraction importante de super-amas d'étoiles et de gaz très lumineux indiquant des fusions et ceux moins lumineux résultant probablement d'instabilités dans la formation des disques galactiques, avec la prévalence de galaxies irrégulières couvrant un grand domaine de masse stellaire et formation stellaire, pointent ensemble un scénario ou l'assemblage des galaxies procéde de différents méchanismes physiques. La formation des galaxies apparait plus complexe qu'un scénario simple impliquant la formation d'un disque avec de l'accrétion de gaz pourrait le faire croire. / The global properties of galaxies show a strong evolution of the star formation rate and stellar mass density at the epoch of galaxy assembly, driven by several competing physical processes (merging, accretion, feedback, environment,...). The morphological properties of galaxies are also strongly evolving over the same timescales. I investigate how the evolution of the morphological properties is connected to the spectrophotometric properties of galaxies since z~6. The spectroscopic data obtained within the VIMOS Ultra Deep Survey (VUDS), a new unique spectroscopic survey of ~10000 galaxies between redshifts z~2 and z~6 conducted at the ESO-VLT, combined with the available Hubble Space Telescope imaging surveys such as COSMOS or CANDELS provide a great way of probing galactic evolution across this cosmic epoch.From the results that I have obtained, I conclude that the different morphological properties of star-forming galaxies at 2<z<6 show that there are several mechanisms that take part in galaxy formation. The great diversity in galaxy sizes, the high number of bright two clump systems as well as faint multi-clump systems indicating merger and disk instabilities processes, respectively, and the wide range in physical properties that are populated by irregular galaxies all point to a diverse history for galaxy formation. This suggests that forming galaxies is far more complex that the simple explanation of evolution from gas accretion alone.

Cette thèse porte sur les constructions nominales et adjectivales en non- ([non-N] et [non-Adj])en français d’un point de vue synchronique et diachronique dans le cadre de la grammaire de constructions. À partir d’un corpus constitué d’occurrences de [non-N] et de [non-Adj] issues de la base de données Frantext, de la Base de Français Médiéval, de dictionnaires, de la presse écrite et de la Toile, je montre que le patron [non-N] est une construction morphologique dans laquelle non- est un préfixe, tandis que le patron [non-Adj] est une construction syntaxique où non est un adverbe. Les [non-N] peuvent prendre trois interprétations (que j’appelle ontologique,complémentaire et contraire) selon le type de nom base et les informations pragmatiques fournies par le contexte. Les [non-Adj] sont comparés aux [in-Adj], avec lesquels ils partagent un sémantisme négatif mais dont ils se différencient sur plusieurs points (préférence pour les bases apparentées à des verbes, absence d’intégrité lexicale, expression de la négation contradictoire ou contraire). Je montre que les [non-N] et les [non-Adj] ont en commun des propriétés formelles et sémantiques et je propose de représenter ces constructions comme l’instanciation d’une construction plus générale qui maintient la distinction entre morphologie et syntaxe tout en tenant compte de la proximité entre ces deux constructions. Enfin, je montre que les [non-N] et les [non-Adj] ont émergé à la fin du moyen français à partir d’emplois syntaxiques de non, à la faveur de changements opérés dans le système de la négation verbale du français. / This dissertation deals with nominal and adjectival constructions in non- ([non-N] and [non-Adj])in French from a synchronic and diachronic perspective within the framework of constructiongrammar. On the basis of a corpus of [non-N] and [non-Adj] drawn from the Frantext database,the Base de Français Médiéval, dictionaries, the written press and the internet, I show thatthe [non-N] pattern is a morphological construction in which non- is a prefix, whereas the[non-Adj] is a syntactic construction in which non- is an adverb. [Non-N] can have three differentinterpretations (which I call ontological, complementary and contrary), depending on the basenoun and pragmatic information provided in the contex. [Non-Adj] are compared to [in-Adj], withwhich they share a negative meaning but from which they differ in several respects (preferencefor bases related to verbs, no lexical integrity, expression of contradictory or contrary negation).I show that [non-N] and [non-Adj] have common formal and semantic properties and I proposean analysis whereby they are represented as instantiations of a more general construction. Thisanalysis maintains the distinction between morphology and syntax and at the same time takesinto account the similarities between the two constructions. Finally, I show that [non-N] and[non-Adj] have emerged from syntactic uses of non at the end of the Middle French period as aresult of changes in the system of verbal negation in French.375

Cette thèse est une description formelle de la morphosyntaxe et de la syntaxe de l'ikota (Gabon, Bantu B25).Les données recueillies sur le terrain sont modélisées à l'aide de théories récentes (Paradigm FunctionMorphology (PFM), Tree Adjoining Grammar (TAG)). Je montre qu'une description formelle adéquate permetun passage rapide à une implémentation des règles grammaticales sous forme de contraintes. En effet, cesrègles ont permis la génération automatique des formes nominales et verbales fléchies de cette languebantu à morphologie riche ainsi que la réalisation d’une grammaire électronique des phrases de base.En morphologie, mes analyses reposent en particulier sur le concept de classes de position tel que définidans Stump (2001). Je montre qu'une analyse 'plate' (i.e. non arborescente) fournit une description élégantedes différentes classes nominales, de leurs accords sur les démonstratifs, possessifs, relateurs, adjectifs etverbes ainsi que de la flexion verbale riche (définie sur x positions). Les formes morphologiques généréessont alors réutilisées en syntaxe, les traits associés aux formes servent à contraindre la combinatoire desarbres syntaxiques. XMG2 (eXtensible MetaGrammar, Petitjean 2014) est l'outil qui permet à la fois lagénération des formes fléchies et la génération des arbres dans une grammaire TAG lexicalisée. / In this thesis, I propose a formal description of the morphosyntax and the syntax of Ikota (Bantu languageB25, spoken in Gabon). Field data are represented using recent linguistic theories (namely ParadigmFunction Morphology (PFM) and Tree Adjoining Grammar (TAG)). I show how a formal description makes itpossible to quickly implement grammar rules as constraints. These rules allowed for the automaticgeneration of nominal and verbal inflected forms belonging to this morphologically-rich Bantu language,along with the creation of an electronic grammar covering core sentences.Regarding morphology, my analyses rely on the concept of position classes as defined in Stump (2001). Ishow how a 'flat' analyse, that is to say differing from a tree-based representation, provides an elegantdescription of several nominal classes, including agreements with demonstratives, possessives, relators,adjectives or verbs, and of rich verbal inflection (defined on x positions). Inflected forms generated from thisdescription are then reused in syntax, their morphosyntactic features allow for a reduced combinatory atparsing (fewer syntactic trees are considered according to the sentence to parse). XMG 2 (eXtensibleMetaGrammar, Petitjean 2014) is the framework which has been used for describing and generating bothinflected forms and lexicalised TAG trees.