Une des applications des équations de réaction-diffusion est leur utilisation pour la génération de motifs, analogues en particulier à ceux sur le pelage de certains animaux. L'utilisation à cette fin de ce type d'équations remontent aux travaux d'Alan Turing dans les années 50. Dans ce mémoire nous considérons un système simple d'équations de réaction-diffusion pour étudier la formation de motifs. Nous approchons ces solutions en utilisant une discrétisation spatiale par éléments finis. Nous montrons comment choisir les paramètres pour atteindre un motif choisi sur un domaine rectangulaire fixe. Après avoir validé les méthodes numériques utilisées dans nos simulations, nous nous intéressons à l'évolution de motifs sur des domaines qui croissent dans le temps. En particulier, nous examinons l'influence de la condition initiale et de la vitesse de croissance du domaine sur les motifs apparaissant au terme de la croissance.

Titre de l'écran-titre (visionné le 6 décembre 2023) / Cette étude propose l'analyse de la représentation de l'interdiction de l'inhumation par ordre de pouvoirs autoritaires et, plus précisément, dans la pièce d'Antigone de Sophocle et les adaptations d'Anouilh et de Brecht, et dans le roman de Dorfman. À l'aide des réflexions issues des théories de Hegel, de Freud et d'Agamben, l'objectif est de montrer les similitudes et les transformations de l'intrigue initiale et d'interroger comment le personnage d'Antigone est réapproprié et devenu pluriel par les événements historico-politiques dans les adaptations modernes. De manière plus générale, ce mémoire s'intéresse à l'interdiction des funérailles par les États et met en lumière les perspectives philosophiques et psychologiques liées à la rébellion d'Antigone dans quatre textes littéraires ayant le même thème dans un contexte social différent. Notre recherche est divisée en trois chapitres. La première porte sur le concept de théâtre politique et par une analyse de la pièce Antigone et de la situation politique de la Grèce antique, au travers d'une critique de la théorie d'Hegel sur Antigone. Le deuxième s'intéresse à la réévaluation de la Seconde Guerre mondiale basée sur le concept de traumatisme et sa théorisation par Freud, en vue d'une analyse des deux pièces Antigone d'Anouilh et de Brecht et de leurs opinions différentes sur l'adaptation de la pièce Antigone dans le contexte de la guerre. Le troisième se penche sur les diverses adaptations d'Antigone à notre époque en fonction de la situation politique spécifique de cette époque. Et à la fin, il y a une analyse du roman Les Veuves de Dorfman, selon la théorie philosophique et politique d'Agamben sur les crises résultant de gouvernements totalitaires. Comment le théâtre et la littérature peuvent-ils être les porte-parole des moments critiques d'une société et comment un texte ancien peut-il être entendu par l'adaptation de telle sorte qu'il parle de nos vies ? / This study proposes the analysis of the representation of the prohibition of burial going by the totalitarian powers to the theater and the literature, more precisely in the play of Antigone by Sophocles and the adaptations of Anouilh, Brecht and Dorfman. Using reflections from the philosophical theories of Hegel, Freud and Agamben and theories of adaptation, the objective is to demonstrate the similarities and transformations of this play and to question how the character of Antigone is reproduced and made plural by historical and political events in literary adaptations. More generally, this thesis focuses on the prohibition of funerals by the states and highlights the philosophical-psychological perspectives linked to the rebellion of Antigone in four literary texts having the same theme in a context of different social. The thesis consists of research divided into three chapters. The first deals with the concept of political theater and it is an analysis of the play Antigone and the political situation in ancient Greece, and it is a critique of Hegel's theory of Antigone. The second deals with the description of the Second World War based on the concept of trauma and Freud's theory on this subject, and it is an analysis of the two plays Antigone by Anouilh and Brecht and their differing opinions on the adaptation of the play Antigone in Atmosphere War. The third looks at the various adaptations of Antigone to our time depending on the specific political situation of that time. And at the end, there is an analysis of Dorfman's novel The Widows according to Agamben's philosophical-political theory of the resulting crises of our time in totalitarian governments. How can theater and literature be the mouthpieces of a society's critical moments and how can an ancient text be audited through adaptation in such a way that it speaks to our lives?

ROUGE libère de l'hermétisme la poésie d'un homme se découvrant une nouvelle identité au sein de sa propre douleur amoureuse. Originaire du traumatisme de la rupture, une voix poétique s'y déploie peu à peu, cherchant d'un lyrisme ténu à accepter l'inéluctable et embrasser la vie devant la mort. Transcendé par la déchéance et la folie, le poète revient vivre sur les terres du drame pour ériger le mémorial du reflet de la femme aimée dépouillant à jamais son existence du regret. Or, pour que la poésie puisse tracer un chemin vers la réalité du monde, l'être doit accepter de se révéler dans l'essence même de sa vérité. L'AURORE DE LA PAROLE vient donc réfléchir les instances fatidiques que sont devenues l'hermétisme du symbole et l'objectivité littéraire afin que la poéticité de l'image et la puissance de l'analogie puissent surgir au cœur de l'être comme une aurore affirmant l'irrémédiable nécessité d'aimer.

Datant du XIXe siècle et popularisé aux lendemains de la crise de 1929, le discours social sur l'universel occupe une place importante au sein de la production littéraire des années 1950 et semble être suggéré de façon récurrente par les romanciers comme remède aux maux humains de leurs personnages. Partant du constat du caractère aliénant du mode de vie associé à la modernité, il prône un retour à des valeurs proprement humaines, détachées de toute forme d'individualisme et de matérialisme. Or, très peu de chercheurs s'y sont, jusqu'à maintenant, intéressés. Ce mémoire tentera donc de rendre compte de ce discours pourtant omniprésent dans les romans de l'après-guerre, mais écarté de la plupart des recherches déjà effectuées. Il démontrera, par le fait même, que le roman n'est pas uniquement une voie d'expression du discours social sur l'universel, mais qu'il suggère également une sorte de condition à son avènement, soit la mort d'un personnage, comme si seule la perte d'un proche, dans toute sa violence, était indispensable à la prise de conscience des autres personnages et à la réconciliation qui peuvent seules rendre l'universel possible. Pour explorer cette hypothèse, cette recherche se fondera sur l'étude de trois romans, soit La fin des songes de Robert Élie (1950), Alexandre Chenevert de Gabrielle Roy (1954) et La Patience des justes de Pierre de Grandpré (1966). Ces trois œuvres, par des schémas narratifs bien différents, abordent tous l'universel comme unique solution aux maux humains de leurs personnages. Or, bien qu'elles laissent présager que cette promesse de salut est à portée de main, elles démontrent également que la route qui y mène est ardue.

Se fondant sur un corpus de romans constitué de trois auteurs francophones, originaires de la Caraïbe et d'Afrique : Patrick Chamoiseau, Dany Laferrière et Tierno Monénembo, notre recherche analyse les configurations de la mémoire collective et montre en quoi elles se laissent interpréter comme des mémoires sensibles. Les enjeux de mémoire qui sous-tendent le discours des romanciers permettent de répondre à la question : pourquoi se souvenir ? Du corpus se dégagent trois configurations de la mémoire blessée : en tant que réservoir de souvenirs ou récit du passé, la mémoire apparaît, parfois, telle une absence ou un manque involontaire et subi. Au contraire, lorsque la mémoire est envisagée comme un héritage ou comme une trace du passé, inscrite dans les lieux, les *habitus* et les représentations collectives des personnages, la mémoire est indice d'une présence négative. Enfin, envisagée comme un processus de remémoration en cours, la mémoire est mise en scène comme une tâche difficile, tortueuse, parfois impossible et pourtant nécessaire ou inévitable. De ce fait, la blessure s'exprime par la conjonction d'une thématique (événements violents), d'un discours qui laisse deviner le trauma ou la souffrance des personnages, ainsi que d'une fonctionnalité narrative attribuée aux événements et à leur mémoire, qui les rend toujours problématiques. Enfin, les romanciers réinvestissent les domaines sensibles de la mémoire collective dans une visée transformative et de transcendance des blessures. Répondant à des enjeux de vérité, justice, devoir de mémoire et compréhension du présent à la lumière du passé, les textes opèrent une relecture critique de l'h(H)istoire et prennent part à la configuration - toujours mouvante - de la mémoire collective.

Ce mémoire porte sur le personnage du bourgeois dans les fabliaux. L'étude du personnage passe par l'analyse de la représentation littéraire du personnage du bourgeois dans les textes grâce au modèle sémiologique : les différentes caractéristiques tirées du paradigme lexical, les rôles thématiques, étudiés à l'aide des axes sémantiques du récit et les rôles actanciels. L'étude de la réalité socio-historique de la période d'écriture des fabliaux, de la fin du XIIe au début du XIV e siècle, permet de réinsérer les fabliaux dans leur contexte littéraire et social et de comparer le bourgeois historique avec sa représentation littéraire dans les fabliaux. La signification des textes ainsi que la fonction du genre peuvent ainsi être analysés ; entre volonté de divertir et visée satirique existe une contradiction qui suppose un caractère à la fois amoral, présent dans l'action, et moral, dans les différentes valeurs inhérentes aux personnages bourgeois.

Ce mémoire étudie la façon dont Herman Melville élève la baleine blanche au rang d'une Idée platonicienne, faisant d'elle la métaphore de la mort. Sous le prisme du Phédon de Platon et de La mort de Jankélévitch, nous analysons le roman comme une allégorie, longue réflexion sur le rôle de la littérature et de la mémoire pour parvenir à transcender la mort. Si Achab est condamné dès le début à errer sur l'océan dans une quête métaphysique à la recherche de la Vérité, c'est finalement Ishmael qui, en devenant narrateur, parvient à survire au désastre. Unique rescapé, c'est parce qu'il a côtoyé la mort de près qu'il peut la faire entrer dans le récit et ainsi raconter l'inénarrable.

Ce travail est composé de deux parties : une partie création et une partie essai réflexif. La première comprend un recueil de poèmes intitulé Le bruit des chaînes reflétant un imaginaire féminin. Les thèmes de la négritude, de l’esclavage, de la misère, de l’amour et de la spiritualité s’y trouvent convoqués pour illustrer la quête d’un sujet révolté et résigné en marche vers lui-même. Ces principaux thèmes se veulent gestes de signifiance infinie et persistance du phénomène de transcendance métaphorique du langage. L’essai réflexif intitulé La poésie de Jean-Noël Ponbriand comme lieu de transcendance du langage, plus particulièrement dans Lieux-passages, traite du phénomène de transcendance en deux temps. Nous considérons, dans un premier temps, ce phénomène transcendantal par rapport au langage de Lieux-passages de Jean-Noël Pontbriand, avant de faire des incursions dans les recueils des trois poètes suivants : Rina Lasnier, Présence de l ’absence et Les signes, Gaston Miron, L ’homme rapaillé et Jacques Brault, Il n ’y a plus de chemin. Nous montrons comment la transcendance apparaît dans le poème et s’inscrit dans les mots et, plus particulièrement, dans les expressions métaphoriques

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP. / Transcription factors (TF) play important roles in various biological processes such as differentiation, cell cycle progression and tumorigenesis. They regulate gene expression by binding to specific DNA sequences (TFBS). Identifying these cis-regulatory elements is a crucial step to understand gene regulatory networks. Technological developments have enhanced DNA sequencing at genomic scale. On the basis of the resulting sequences, computational biologists now attempt to localize the most important functional regions, starting with genes, but also importantly the whole genome characterization of transcription factor binding sites and allow the development of several computational DNA motif discovery tools. Although these various tools are widely used and have been successful at discovering novel motifs, they are not adapted to ChIP-chip and ChIP-sequencing data. The main drawback of these approaches is that most of the predicted motifs represent artifacts due to an inefficient assessment of their enrichment. This thesis is about transcription factor proteins and statistical analysis of their binding sites in ChIP-chip and ChIP-sequencing data. The first objective was to develop a new do novo DNA motif discovery tool adapted to ChIP-chip and ChIP-sequencing data. SAMD-ChIP combines enumerative and stochastic strategies to predict enriched motifs in the vicinity of the ChIP peak summits. Our approach is an automated pipeline that includes motif discovery, motif clustering, motif optimization and finally motif identification using transcription factor (TF) databases. SAMD-ChIP outperforms state-of-the-art motif discovery tools in term of the number of predicted motifs and the prediction of rare and degenerate motifs. In particular, SAMD-ChIP efficiently identifies gapped motifs such as inverted or direct repeats bound by nuclear receptors and composite motifs resulting from the association of different single TF binding sites. The underlying assumption of the second objective is that in regulatory regions, binding sites of interacting transcription factors co-occur more often than expected by chance in the vicinity of the ChIP-peak summits. We proposed an approach to predict transcription factor binding sites co-localization based on the prediction of single motifs by do novo motif discovery tools or by using TFBS models from TF data bases.

Des évidences expérimentales récentes indiquent que les ARN changent de structures au fil du temps, parfois très rapidement, et que ces changements sont nécessaires à leurs activités biochimiques. La structure de ces ARN est donc dynamique. Ces mêmes évidences notent également que les structures clés impliquées sont prédites par le logiciel de prédiction de structure secondaire MC-Fold. En comparant les prédictions de structures du logiciel MC-Fold, nous avons constaté un lien clair entre les structures presque optimales (en termes de stabilité prédites par ce logiciel) et les variations d’activités biochimiques conséquentes à des changements ponctuels dans la séquence. Nous avons comparé les séquences d’ARN du point de vue de leurs structures dynamiques afin d’investiguer la similarité de leurs fonctions biologiques. Ceci a nécessité une accélération notable du logiciel MC-Fold. L’approche algorithmique est décrite au chapitre 1. Au chapitre 2 nous classons les impacts de légères variations de séquences des microARN sur la fonction naturelle de ceux-ci. Au chapitre 3 nous identifions des fenêtres dans de longs ARN dont les structures dynamiques occupent possiblement des rôles dans les désordres du spectre autistique et dans la polarisation des œufs de certains batraciens (Xenopus spp.). / Recent experimental evidence indicates that RNA structure changes, sometimes very rapidly and that these changes are both required for biochemical activity and captured by the secondary structure prediction software MC-Fold. RNA structure is thus dynamic. We compared RNA sequences from the point of view of their structural dynamics so as to investigate how similar their biochemical activities were by computing a signature from the output of the structure prediction software MC-Fold. This required us to accelerate considerably the software MC-Fold. The algorithmic approach to this acceleration is described in chapter 1. In chapter 2, point mutations that disrupt the biochemical activity of microRNA are explained in terms of changes in RNA dynamics. Finally, in chapter 3 we identify dynamic structure windows in long RNA with potentially significant roles in autism spectrum disorders and separately in Xenopus ssp. (species of frogs) egg polarisation.