La principale contribution de cette thèse est le développement d'une méthode fiable, robuste, et rapide pour la prédiction des pré-miARNs. Deux objectifs avaient été assignés : efficacité et flexibilité. L'efficacité a été rendue possible au moyen d'un algorithme quadratique. La flexibilité repose sur deux aspects, la nature des données expérimentales et la position taxonomique de l'organisme (en particulier plantes ou animaux). Mirinho accepte en entrée des séquences de génomes complets mais aussi les très nombreuses séquences résultant d'un séquençage massif de type NGS de “RNAseq”. “L'universalité” taxonomique est obtenu par la possibilité de modifier les contraintes sur les tailles de la tige (double hélice) et de la boule terminale. Dans le cas de la prédiction des miARN de plantes la plus grande longueur de leur pré-miARN conduit à des méthodes d'extraction de la structure secondaire en tige-boule moins précises. Mirinho prend en compte ce problème lui permettant de fournir des structures secondaires de pré-miARN plus semblables à celles de miRBase que les autres méthodes disponibles. Mirinho a été utilisé dans le cadre de deux questions biologiques précises l'une concernant des RNAseq l'autre de l'ADN génomique. La première question a conduit au traitement et l'analyse des données RNAseq de Acyrthosiphon pisum, le puceron du pois. L'objectif était d'identifier les miARN qui sont différentiellement exprimés au cours des quatre stades de développement de cette espèce et sont donc des candidats à la régulation des gènes au cours du développement. Pour cette analyse, nous avons développé un pipeline, appelé MirinhoPipe. La deuxieme question a permis d'aborder les problèmes liés à la prévision et l'analyse des ARN non-codants (ARNnc) dans la bactérie Mycoplasma hyopneumoniae. Alvinho a été développé pour la prédiction de cibles des miRNA autour d'une segmentation d'une séquence numérique et de la détection de la conservation des séquences entre ncRNA utilisant un graphe k-partite. Nous avons finalement abordé un problème lié à la recherche de motifs conservés dans un ensemble de séquences et pouvant ainsi correspondre à des éléments fonctionnels / The main contribution of this thesis is the development of a reliable, robust, and much faster method for the prediction of pre-miRNAs. With this method, we aimed mainly at two goals: efficiency and flexibility. Efficiency was made possible by means of a quadratic algorithm. Flexibility relies on two aspects, the input type and the organism clade. Mirinho can receive as input both a genome sequence and small RNA sequencing (sRNA-seq) data of both animal and plant species. To change from one clade to another, it suffices to change the lengths of the stem-arms and of the terminal loop. Concerning the prediction of plant miRNAs, because their pre-miRNAs are longer, the methods for extracting the hairpin secondary structure are not as accurate as for shorter sequences. With Mirinho, we also addressed this problem, which enabled to provide pre-miRNA secondary structures more similar to the ones in miRBase than the other available methods. Mirinho served as the basis to two other issues we addressed. The first issue led to the treatment and analysis of sRNA-seq data of Acyrthosiphon pisum, the pea aphid. The goal was to identify the miRNAs that are expressed during the four developmental stages of this species, allowing further biological conclusions concerning the regulatory system of such an organism. For this analysis, we developed a whole pipeline, called MirinhoPipe, at the end of which Mirinho was aggregated. We then moved on to the second issue, that involved problems related to the prediction and analysis of non-coding RNAs (ncRNAs) in the bacterium Mycoplasma hyopneumoniae. A method, called Alvinho, was thus developed for the prediction of targets in this bacterium, together with a pipeline for the segmentation of a numerical sequence and detection of conservation among ncRNA sequences using a kpartite graph. We finally addressed a problem related to motifs, that is to patterns, that may be composed of one or more parts, that appear conserved in a set of sequences and may correspond to functional elements.

Le domaine de la modélisation du trafic routier vise à comprendre son évolution. Dans les dernières années, plusieurs modèles du trafic ont été proposés dans l’objectif de géolocaliser les embouteillages au sein du trafic, détecter des motifs dans le trafic routier, estimer l’état du trafic etc. La plupart des modèles proposés considèrent le trafic routier en termes de ses constituants ou comme une entité agrégée en fonction de l’échelle choisie et expliquent l’évolution du trafic quantitativement en tenant compte des relations entre les variables de trafic comme le flot, la densité et la vitesse. Ces modèles décrivent le trafic en utilisant des données très précises acquises par différents capteurs. La précision des données rend son calcul coûteux en termes de ressources requises. Une des solutions à ce problème est la représentation qualitative du trafic routier qui réduit le nombre de ressources de traitement nécessaires. Puisque le trafic routier est un phénomène spatio-temporel, les modèles proposés pour représenter ce type de phénomène pourraient être appliqués dans le cas du trafic routier. Les modèles spatio-temporels, proposés par la communauté de l’Analyse Spatio-Temporelle, ont comme objectif la représentation d’un phénomène tant du point de vue qualitatif que quantitatif. Certains de ces modèles proposent une discrétisation des phénomènes modélisés en considérant un phénomène comme constitué d’entités. Appliquée au trafic routier, cette notion permet d’identifier différentes entités, comme les véhicules, les piétons, les bâtiments etc., qui le constituent. Ces entités influent sur l’évolution du trafic. Les modèles spatio-temporels qualitatifs définissent l’effet des différentes entités les unes sur les autres en terme de relations spatiales. L’évolution spatio-temporelle du phénomène modélisé est représenté par la variation temporelle de ces relations. La prise en compte des entités du trafic et des relations spatiales formalise une structure qui peut être représentée en utilisant un graphe, où les nœuds modélisent des entités et les arcs des relations spatiales. Par conséquent, l’évolution du trafic, modélisée via ce graphe, devient l’évolution du graphe et peut être représenté en terme de la variation de la structure du graphe ainsi que celle des attributs de ses nœuds et de ses arcs. Dans cette thèse, nous proposons une modélisation du trafic routier de ce type basée sur la théorie des graphes. Une des applications à la modélisation du trafic routier est la détection des motifs pertinents au sein du trafic. Dans les modèles du trafic existants, les motifs détectés sont statistiques et sont représentés en utilisant des caractéristiques numériques. Le modèle que nous pro posons dans cette thèse met en avant la structure représentant le trafic routier et peut donc être utilisé pour définir des motifs structurels du trafic qui prennent en compte des différentes entités du trafic et leurs relations. Ces motifs structurels sont sous-jacents à une modélisation sous forme de graphe dynamique. Dans cette thèse, nous proposons un algorithme pour détecter ces motifs structurels du trafic dans le graphe spatio-temporel représentant le trafic routier. Ce problème est formalisé comme celui de l’isomorphisme de sous-graphe pour des graphes dynamiques. L’algorithme proposé est évalué en fonction desdifférents paramètres de graphes. / For past several decades, researchers have been interested in understanding traffic evolution, hence, have proposed various traffic models to identify bottleneck locations where traffic congestion occurs, to detect traffic patterns, to predict traffic states etc. Most of the existing models consider traffic as many-particle system, describe it using different scales of representation and explain its evolution quantitatively by deducing relations between traffic variables like flow, density and speed. Such models are mainly focused on computing precise information about traffic using acquired traffic data. However, computation of such precise information requires more processing resources. A way to remedy this problem is to consider traffic evolution in qualitative terms which reduces the required number of processing resources. Since traffic is spatio-temporal in nature, the models which deal with spatio-temporal phenomenon can be applied in case of traffic. Such models represent spatio-temporal phenomenon from qualitative as well as quantitative standpoints. Depending on the intended application, some models are able to differentiate between various entities taking part in the phenomenon, which proves useful in case of traffic since different objects like vehicles, buildings, pedestrians, bicycles etc., directly affecting traffic evolution, can be included in traffic models. Qualitative spatio-temporal models consider the effects of different entities on each other in terms of spatial relations between them and spatio-temporal evolution of the modeled phenomenon is described in terms of variation in such relations over time. Considering different traffic constituents and spatial relations between them leads to the formation of a structure which can be abstracted using graph, whose nodes represent individual constituents and edges represent the corresponding spatial relations. As a result, the evolution of traffic, represented using graph, is described in terms of evolution of the graph itself, i. e. change in graph structure and attributes of nodes and edges, with time. In this thesis, we propose such a graph model to represent traffic. As mentioned above, one of the applications of existing traffic models is in detecting traffic patterns. However, since such models consider traffic quantitatively, in terms of acquired traffic data, the patterns detected using such models are statistical (a term employed by Pattern Recognition researchers) in the sense that they are represented using numerical description. Since graph-based traffic model proposed in this thesis represents the structure of traffic, it can be employed to redefine the meaning of traffic patterns from statistical to structural (also a term from Pattern Recognition community). Structural traffic patterns include different traffic constituents and their inter-links and are represented using time-varying graphs. An algorithm to detect a given structural traffic pattern in the spatio-temporal graph representing traffic is proposed in this thesis. It formalizes this problem as subgraph isomorphism for time-varying graphs. In the end, the performance of the algorithm is tested using various graph parameters.

Dans cette thèse, l'emphase est mise sur la réconciliation de l'analyse de structure et de séquence pour les protéines. L'analyse de séquence brille lorsqu'il s'agit de comparer des protéines présentant une forte identité de séquence (≤ 30\%) mais laisse à désirer pour identifier des homologues lointains. L'analyse de structure est une alternative intéressante. Cependant, les méthodes de résolution de structures sont coûteuses et complexes - lorsque toutefois elles produisent des résultats. Ces observations rendent évident la nécessité de développer des méthodes hybrides, exploitant l'information extraite des structures disponibles pour l'injecter dans des modèles de séquence. Cette thèse produit quatre contributions principales dans ce domaine. Premièrement, nous présentons une nouvelle distance structurale, le RMSDcomb, basée sur des patterns de conservation structurale locale, les motifs structuraux. Deuxièmement, nous avons développé une méthode pour identifier des motifs structuraux entre deux structures exploitant un bootstrap dépendant de filtrations. Notre approche n'est pas un compétiteur direct des aligneurs flexibles mais permet plutôt de produire des analyses multi-échelles de similarités structurales. Troisièmement, nous exploitons les méthodes suscitées pour construire des modèles de Markov cachés hybrides biaisés vers des régions mieux conservées structurellement. Nous utilisons un tel modèle pour caractériser les protéines de fusion virales de classe II, une tâche particulièrement ardue du fait de leur faible identité de séquence et leur conservation structurale moyenne. Ce faisant, nous parvenons à trouver un certain nombre d'homologues distants connues des protéines virales, notamment chez la Drosophile. Enfin, en formalisant un sous-problème rencontré lors de la comparaison de filtrations, nous présentons un nouveau problème théorique - le D-family matching - sur lequel nous démontrons des résultats algorithmiques variés. Nous montrons - d'une façon analogue à la comparaison de régions de deux conformations d'une protéine - comment exploiter ce modèle théorique pour comparer deux clusterings d'un même jeu de données. / In this thesis, the focus is set on reconciling the realms of structure and sequence for protein analysis. Sequence analysis tools shine when faced with proteins presenting high sequence identity (≤ 30\%), but are lack - luster when it comes to remote homolog detection. Structural analysis tools present an interesting alternative, but solving structures - when at all possible- is a tedious and expensive process. These observations make the need for hybrid methods - which inject information obtained from available structures in a sequence model - quite clear. This thesis makes four main contributions toward this goal. First we present a novel structural measure, the RMSDcomb, based on local structural conservation patterns - the so called structural motifs. Second, we developed a method to identify structural motifs between two structures using a bootstrap method which relies on filtrations. Our approach is not a direct competitor to flexible aligners but can provide useful to perform a multiscale analysis of structural similarities. Third, we build upon the previous methods to design hybrid Hidden Markov Models which are biased towards regions of increased structural conservation between sets of proteins. We test this tool on the class II fusion viral proteins - particularly challenging because of their low sequence identity and mild structural homology. We find that we are able to recover known remote homologs of the viral proteins in the Drosophila and other organisms. Finally, formalizing a sub - problem encountered when comparing filtrations, we present a new theoretical problem - the D-family matching - on which we present various algorithmic results. We show - in a manner that is analogous to comparing parts of two protein conformations - how it is possible to compare two clusterings of the same data set using such a theoretical model.

The thesis maps the occurrence of christological motifs in the Czech painting and graphics after 1900 and compares approaches of artists of different generations to their depiction. Selected christological art works are analysed from three main aspects: 1. iconography, 2. style and form, 3. philosophical and psychological resources. A particular chapter deals with christological motifs in modern liturgical art. The conclusion of the work evaluates the significance of the christological theme in context of the modern Czech art development.

Cette thèse porte sur la poétique de l’espace incertain dans le roman français et québécois contemporain (1990-2010). Les trois parties de notre analyse nous permettent de distinguer les espaces du « malaise » (partie 1), les espaces « reconfigurés par le rapport trouble au temps » (partie 2), puis les espaces « brouillés par les défauts de la perception » (partie 3). Si trois infléchissements tendent à être dégagés des textes étudiés, il apparaît malgré tout que plusieurs lignes de force contribuent à lier les œuvres de notre corpus et à les inscrire sous une poétique de l’espace plus englobante. En conclusion, nous proposons donc une synthèse de ses différents traits définitoires : ses figures spatiales emblématiques (la ruine, la prison, le bunker, le seuil, la frontière, le labyrinthe), ses motifs récurrents (retranchement, franchissement, égarement, effacement) et ses thèmes privilégiés (habitabilité, marginalité, exclusion). Nous montrons également comment les composantes de la diégèse (décor, objets, personnages) et comment les différents procédés narratifs et descriptifs contribuent à la représentation d’un espace d’une grande perméabilité, où se joue une contamination subtile entre les lieux, les temporalités, les corps, et la perception. Nous posons enfin l’hypothèse selon laquelle la représentation de l’espace incertain est assurée par la mise en scène d’un monde en déficit d’autorité (des frontières, des objets, des savoirs, de la mémoire, de la perception) et par la médiation d’une foule de « réévaluations » des oppositions spatiales canoniques (espace/temps, ici/ailleurs, haut/bas, intériorité/extériorité, tangible/intangible, visible/invisible). Dans les romans étudiés, la mise en scène de l’espace incertain atteste d’un monde sans repères stables et affirme la nécessité de repenser et de reconstruire nos rapports à l’espace dans des contextes d’instabilité ou de précarité. En ouverture, nous formulons la nécessité d’examiner davantage l’agir des personnages dans ces fictions où le rapport à l’espace ne va pas de soi. La ritualisation et le désir de destruction nous apparaissent comme des manifestations emblématiques de ces « tentatives de mise en ordre du monde » opérées par le sujet contemporain contraint à négocier avec des frontières poreuses, avec des lieux provisoires et malléables, et avec le caractère incertain de ses propres perceptions.

Ce mémoire a pour objectif d'examiner la part de poésie contenue dans les romans Kamouraska (1970) d'Anne Hébert et L'Amant (1984) de Marguerite Duras. Alors même que ces oeuvres sont souvent qualifiées de poétiques par la critique, la question générique se trouve formulée par les auteures elles-mêmes, qui remettent en cause le partage entre récit et poésie dans leur production. En mobilisant dans un premier temps le modèle théorique du récit poétique de Jean-Yves Tadié, puis en se livrant dans un deuxième temps à un examen de certaines spécificités stylistiques des oeuvres retenues, le présent mémoire s'efforce de mener à la fois une interrogation sur la possibilité d'une hybridation entre narration et poésie et une recherche des traces de pareil phénomène dans les romans hébertien et durassien. Il procède, par le fait même, à une réflexion sur le modèle de Tadié, l'analyse réalisée permettant d'en questionner les modalités.

Ce mémoire en recherche-création s’articule en deux parties, soit un roman et un essai. La résilience des corps, roman à double narration, met en scène Clara et Romain, un couple dont l’avenir est ébranlé par une grossesse surprise. Dans les chapitres s’alternent les voix des deux personnages, tant dans le passé que dans le présent. La voix de Clara se démultiplie, elle qui souffre de schizophrénie. L’essai Femmes sans enfant : une impossibilité? Analyse de La lune dans un HLM de Marie-Sissi Labrèche et d’Un léger désir de rouge d’Hélène Lépine répond à un questionnement soulevé durant l’écriture du roman, soit « Une femme peut-elle dire, sans se justifier, qu’elle ne veut pas d’enfant? ». Les romans La lune dans un HLM de Marie-Sissi Labrèche et Un léger désir de rouge d’Hélène Lépine sont analysés avec une perspective féministe, de façon à faire ressortir la thématique du refus de la maternité dans le discours et dans les actes des personnages. / This master’s thesis in research and creative writing is divided in two parts – a novel and an essay. The former, La résilience des corps [The Resilience in Us], is a dualnarrative novel told from the perspectives of Clara and Romain, a couple whose plans for the future are turned upside-down by an unexpected pregnancy. Through the chapters, the protagonists take turns in the narrator’s seat, going back and forth between their past and present, while Clara’s voice multiplies under the grip of schizophrenia. The essay, titled Femmes sans enfant : une impossibilité? Analyse de La lune dans un HLM de Marie-Sissi Labrèche et d’Un léger désir de rouge d’Hélène Lépine [Women Without Children: An Inconceivable Prospect? An Analysis of Marie-Sissi Labrèche’s La lune dans un HLM and Hélène Lépine’s Un léger désir de rouge], answers a question that arose in the writing process of La résilience des corps: can a woman say « I do not want children » without having to justify her choice? Both novels are analyzed from a feminist perspective as to highlight the theme of motherhood in the characters’ words and action.

Aujourd'hui octogénaire, Mathilde n'est pas de celles qu'on assoit sagement en retrait de l'action. Cette créatrice de mode a été à la tête d'une maison de haute couture pendant plus de quarante ans. Après avoir affronté vents et marées pour s'imposer et survivre en affaires, voilà que le regard des autres lui renvoie l'image de sa vieillesse, dressant un mur de préjugés pour freiner sa soif d'aller de l'avant. Dorénavant, ses relations avec les autres sont empreintes d'ambiguïté. Alors qu'on la prétend faible et vulnérable, on continue de s'appuyer sur elle et de réclamer son soutien. Ainsi sa locataire, affectée par une grave dépression, s'en remet entièrement à elle pour son déménagement. Mathilde doit aussi croiser le fer avec son fils qui veut la placer dans une résidence pour aînés, afin de toucher un profit sur la vente de sa maison. Sa fille et ses petits-enfants continuent de chercher appui et conseils auprès d'elle. Mais on oublie que Mathilde n'est pas que mère, grand-mère et amie, bien que vieille, elle est encore femme et bien vivante. On la retrouve là où on ne l'attendait pas, comme à la tête d'un groupe de protestataires et sur une scène de théâtre, en dépit de l'incrédulité et de la désapprobation de son entourage. Et qu'en est-il de sa relation avec le metteur en scène... Mathilde est vieille et bien déterminée à vivre jusqu'à son dernier souffle. Notre essai propose une relecture des romans Le premier jardin d'Anne Hébert et d'Il pleuvait des oiseaux de Jocelyne Saucier, du point de vue des personnages principaux, Flora Fontanges et Marie-Desneige, en utilisant la notion de vieillesse et le concept d'agentivité. Nous démontrons que c'est du haut de leur expérience et de leur ressenti qu'elles jettent un regard sur ce qu'elles vivent, ce que nous lisons est la perspective de femmes qui ont du vécu. Vieillesse et agentivité se conjuguent tout au long de leur parcours. Elles jouissent de beaux moments de « reverdie » au cœur de leur vieillesse, leur procurant l'élan de vie qui les prédispose à l'action. À cela s'ajoute leur détermination à prendre leur vie en main. Elles avancent donc vers leur destin, volontaires et déterminées à ne pas s'en laisser imposer. Elles poursuivent leur vie à leur façon, à leur rythme, jusqu'à la fin.

Ce mémoire tente de brosser un portrait de la figure de l'homosexuel créateur dans la dramaturgie québécoise depuis 1980. À travers l'examen de neuf pièces représentatives de ce corpus, il s'agit ainsi de démontrer en quoi l'expression de l'identité sexuelle des personnages est liée à la création (théâtre, écriture). En analysant comment les personnages homosexuels de ces pièces sont soumis au regard de la société, notamment en ce qui a trait à l'importance accordée aux rôles généralement dévolus aux genres (masculin/féminin), notre travail cherche à dégager l'influence de la condamnation de l'homosexualité dans le processus d'affirmation de l'identité sexuelle de ces personnages. Il s'agit ainsi d'étudier le mouvement qui mène de l'assignation d'un rôle déterminé à la réinvention de soi. Par ailleurs, le regard diachronique que propose ce mémoire permet d'observer la transformation de la représentation de la figure de l'homosexuel qui s'est opérée dans la dramaturgie québécoise depuis 1980.

Les scènes décorant la céramique apulienne contiennent de nombreuses représentations de plantes qui semblent suffisamment réalistes pour faire l'objet d’une identification botanique. Pour procéder à toute identification, il était nécessaire de réaliser la description de ces représentations et leur classification en groupes homogènes pour obtenir la typologie des motifs végétaux dans la céramique apulienne. Le premier chapitre de ce mémoire explique la méthode utilisée pour décrire et classifier les représentations. Les deux chapitres suivants présentent la typologie des motifs identifiés, en signalant au passage certaines ressemblances avec des plantes connues, sans toutefois proposer d'identifications botaniques formelles. La conclusion de ce mémoire est suivie du catalogue des vases apuliens observés lors de la constitution du répertoire. / Québec Université Laval, Bibliothèque 2013