Pour comprendre comment les propriétés mécaniques des cellules jouent au niveau d'un tissu et déterminent la morphogénèse, il a été proposé que les cellules se comportent comme les bulles de savon, ou comme des molécules dans un liquide. Nous testons numériquement ces analogies entre tissus et systèmes physiques, en collaboration avec des experimentateurs.<br /><br />Dans la rétine de la Drosophile, les cellules ont été comparées aux bulles de savon. On trouve que la ressemblance entre les cellules et bulles de savon n'est pas due à leur propriétés physiques, mais à leur structure collective: les cellules dans un tissu pavent l'espace, comme les bulles dans une mousse, donc elles influencent leur formes entre elles.<br /><br />Le tri spontané des cellules de types différents est souvent comparé à la démixion de liquides. Pour les liquides, ce comportement est produit par des différences d'attraction entre les molécules, alors qu'on trouve que pour les cellules embryonnaires du poisson zèbre la contraction différentielle du cortex des cellules est le facteur le plus important.<br /><br />La compression d'un agrégat de cellules a été analysé comme si c'était une goutte liquide, où les propriétés sont déterminées uniquement par la tension de surface. Mais, les cellules dans un agrégat peuvent se déformer et se réarranger, et des contraintes plutôt solides co-déterminent la forme et les forces de l'agrégat.<br /><br />Ces analogies physiques sont donc incomplètes, mais intéressantes. A partir d'elles, nous proposons ici une description propre aux cellules: un agrégat ou tissu est une collection de cellules vivantes qui peuvent changer leur forme et se réarranger. Cette approche nous permet d'étudier l'effet de l'adhésion cellulaire, la tension corticale, et les fluctuations des cellules sur le comportement collectif et la morphogénèse.

L'expérience Von Karman sodium (VKS) engendre un champ magnétique par effet dynamo dans un écoulement turbulent de sodium liquide. Ce champ peut être stationnaire, oscillant, ou bistable entre ces 2 états. Pour d'autres valeurs des paramètres de contrôle, il présente un régime de renversements erratiques, similaires à ceux des observations paléomagnétiques. Nous montrons que tous ces régimes dynamiques résultent du couplage de deux modes de champ magnétique. Nous utilisons ensuite un modèle simple de dynamo cinématique pour étudier la structure spatiale du champ magnétique engendré. Nous faisons alors le lien entre les dynamos localisées dans un hémisphère (champ magnétique de Mars) et les renversements erratiques du champ magnétique (géodynamo). La dynamique de basse dimensionalité du champ magnétique à grande échelle présente une forte analogie avec la dérive d'un motif périodique. L'étude de ce système simple permet d'acquérir plus d'intuition sur le problème magnétique. Nous présentons ensuite un mécanisme d'instabilité par lequel une modulation à petite échelle des conditions aux limites magnétiques entraîne la croissance d'un champ à grande échelle. Ce phénomène peut expliquer le rôle déterminant des pales ferromagnétiques des turbines de l'expérience VKS. Enfin, nous présentons une étude numérique de la circulation à grande échelle engendrée dans une turbulence 2D. Un calcul analytique en régime fortement non-linéaire met en évidence le lien entre les petites échelles et la circulation globale. La prise en compte d'une friction linéaire entraîne des renversements erratiques de cette circulation, que nous caractérisons à l'aide des outils des systèmes dynamiques.

Les assistants de preuve basés sur des théories des types dépendants sont de plus en plus utilisé comme un outil pour développer programmes certifiés. Un exemple réussi est l'assistant de preuves Coq, fondé sur le Calcul des Constructions Inductives (CCI). Coq est un langage de programmation fonctionnel dont un expressif système de type qui permet de préciser et de démontrer des propriétés des programmes dans une logique d'ordre supérieur. Motivé par le succès de Coq et le désir d'améliorer sa facilité d'utilisation, dans cette thèse nous étudions certaines limitations des implémentations actuelles de Coq et sa théorie sous-jacente, CCI. Nous proposons deux extension de CCI que partiellement resourdre ces limitations et que on peut utiliser pour des futures implémentations de Coq. Nous étudions le problème de la terminaison des fonctions récursives. En Coq, la terminaison des fonctions récursives assure la cohérence de la logique sous-jacente. Les techniques actuelles assurant la terminaison de fonctions récursives sont fondées sur des critères syntaxiques et leurs limitations apparaissent souvent dans la pratique. Nous proposons une extension de CCI en utilisant un mécanisme basé sur les type pour assurer la terminaison des fonctions récursives. Notre principale contribution est une preuve de la normalisation forte et la cohérence logique de cette extension. Nous étudions les définitions par filtrage dans le CCI. Avec des types dépendants, il est possible d'écrire des définitions par filtrage plus précises, par rapport à des langages de programmation fonctionnels Haskell et ML. Basé sur le succès des langages de programmation avec types dépendants, comme Epigram et Agda, nous développons une extension du CCI avec des fonctions similaires.

L'analyse et la fouille des données d'usages sont indissociables de la notion d'évolution dynamique. Considérons le cas des sites Web, par exemple. Le dynamisme des usages sera lié au dynamisme des pages qui les concernent. Si une page est créée, et qu'elle présente de l'intérêt pour les utilisateurs, alors elle sera consultée. Si la page n'est plus d'actualité, alors les consultations vont baisser ou disparaître. C'est le cas, par exemple, des pages Web de conférences scientifiques qui voient des pics successifs de consultation lorsque les appels à communications sont diffusés, puis le jour de la date limite d'envoi des résumés, puis le jour de la date limite d'envoi des articles. Dans ce mémoire d'habilitation à diriger des recherches, je propose une synthèse des travaux que j'ai dirigés ou co-dirigés, en me basant sur des extraits de publications issues de ces travaux. La première contribution concerne les difficultés d'un processus de fouille de données basé sur le support minimum. Ces difficultés viennent en particulier des supports très bas, à partir desquels des connaissances utiles commencent à apparaître. Ensuite, je proposerai trois déclinaisons de cette notion d'évolution dans l'analyse des usages : l'évolution en tant que connaissance (des motifs qui expriment l'évolution) ; l'évolution des données (en particulier dans le traitement des flux de données) ; et l'évolution des comportements malicieux et des techniques de défense.

<p>The study is about the rock engravings on the wonderstone hills just outside Ottosdal, North West province, about 70km northwest of Klerksdorp. Wonderstone is remarkable rock that is&nbsp / smooth, shiny and very easy to mark. The wonderstone occurs only on two adjacent farms, Gestoptefontein and Driekuil, and thus the rock art on the wonderstone outcrops is referred to as the Gestoptefontein- Driekuil complex (GDC). This rock art is now the only remaining trace of what must once have been a much larger complex of engravings. Sadly, much of the rock art has been destroyed in the course of mining activities, with very few records. The largest remaining outcrop is still threatened by potential mining activities. The study attempts to bring this disastrous and unacceptable situation to the attention of the public and the heritage authorities, who have so far failed to respond to applications to grant the sites protection. It therefore has two main aims: to&nbsp / locate and record as much of the rock art as possible and to understand the significance of the outcrops in the lives of the people who made them. Based on the rock art itself, as well as what little historical evidence is available, it is argued that the rock art was made by Khoe-San people during the performance of important ceremonies and other activities. The rock art has two main components: engravings of referential motifs and a gestural, or performative, element. The referential motifs depict a range of things: anthropomorphs and zoomorphs, decorative designs, items of clothing, as well as ornaments and decorations. The gestural markings were made by rubbing, cutting and hammering the soft wonderstone, probably in the course of a range of activities that people carried out on the outcrops. One of the main findings of the study is that the GDC was a place that was of particular significance to women. This is suggested by the large number of engravings of items that are closely associated with Khoe-San women &ndash / depictions of aprons, ornaments, and decorations. These play a prominent role in the initiation practices of many Khoe-San groups. Initiates emerging from ritual isolation after their first menstruation are given new clothes / they are also loaned ornaments and jewellery. This reincorporation into society as a &lsquo / new person&rsquo / has been described by some Khoe-San women as one of the high points of their lives. Oral traditions from the area indicate that the wonderstone outcrops were believed to have&nbsp / special properties / the study incorporates these traditions to argue that the wonderstone outcrops were associated with the presence of a great water snake that lay on the rocks and also lived in&nbsp / the pools of water in the nearby Driekuil Spruit. People therefore came to the outcrops to perform rites of reincorporation. One of these ceremonies may have been performing rites of association&nbsp / with the great snake / such practices may have included the use of rock dust as an ingredient for body paint.</p>

La fouille de données vise à extraire des connaissances à partir d'un grand volume de données. Lorsque les associations et l'ordre chronologique d'apparition des items sont recherchés, les connaissances extraites sont appelées motifs séquentiels. Les travaux de recherche existants ont porté principalement sur l'étude de motifs séquentiels composés d'objets et dans un certain nombre de cas, de catégories d'objets (concepts). Alors que les motifs d'objets sont trop spécifiques, et de ce fait peuvent être peu fréquents, les motifs de concepts ont divers niveaux d'abstraction et risquent d'être moins précis. La prise en compte d'une ontologie du domaine dans le processus de fouille de données permet de découvrir des motifs plus compacts et plus pertinents qu'en l'absence d'une telle source de connaissance. En outre, les objets peuvent non seulement être décrits par les concepts auxquels ils se rattachent mais aussi par les liens sémantiques qui existent entre concepts. Cependant, les approches de fouille existantes restent restrictives par rapport aux modes d'expression offerts par une ontologie. La contribution de ce travail est de définir la syntaxe et la sémantique d'un langage de motifs qui prend en considération les connaissances incorporées dans une ontologie lors de la fouille de motifs séquentiels. Ce langage offre un ensemble de primitives pour la description et la manipulation de motifs. La méthode de fouille sous-jacente procède au parcours de l'espace de motifs par niveau en se basant sur un ensemble de primitives de navigation. Ces primitives tiennent compte de la relation de généralisation/spécialisation qui existe entre les concepts (et les relations) des motifs. Afin de valider notre approche et analyser la performance et la mise à l'échelle de l'algorithme proposé, nous avons développé la plateforme OntoMiner. Tout au long de la thèse, le potentiel de notre approche de fouille a été illustré à travers un cas de recom- mandation Web. Il ressort que l'inclusion des concepts et des relations dans le processus de fouille permet d'avoir des motifs plus pertinents et de meilleures recommandations que les approches classiques de fouille de motifs séquentiels ou de recommandation.

La reconnaissance du comportement et la prédiction des activités des personnes depuis la vidéo sont des préoccupations majeures dans le domaine de la vision par ordinateur. L'objectif principal de mon travail de thèse est de proposer des algorithmes qui permettent d'analyser des objets en mouvement à partir de la vidéo pour extraire des comportements humains. Cette analyse est effectuée dans des environnements intérieurs ou extérieurs filmés par des simples webcams ou par des caméras plus sophistiquée. La scène analysée peut être de deux types en fonction du nombre de personnes présentes. On distingue les scènes de foule où le nombre de personnes est important. Dans ce type de scène, nous nous intéressons aux problèmes de la détection d'évènements de foule, à l'analyse des flux et à l'extraction des motifs de mouvement. Le deuxième type de scène se caractérise par la présence d'une seule personne à la fois dans le champ de la caméra. Elle est appelée scène individuelle. Nous y traitons le problème de reconnaissance d'actions humaines. Pour atteindre ces objectifs, nous proposons une approche basée sur trois niveaux d'analyse. Le premier est l'extraction des caractéristiques de bas niveau récupérés les images constituant un flux vidéo (ex. les zones en mouvement). Le deuxième construit des descripteurs pour l'analyse du comportement humain (ex. la direction et la vitesse de mouvement moyennes). Le niveau le plus haut se sert des descripteurs de l'étape intermédiaire afin de fournir aux utilisateurs des résultats concrets sur l'analyse du comportement humain (ex. telle personne marche, une autre court, etc.). Des expérimentations sur des benchmarks connus ont validé nos approches, avec un positionnement très intéressant par rapport à l'état de l'art.

L'objet de cette thèse est de proposer des algorithmes permettant de synthétiser des scènes naturelles complexes, par le nombre des objets qui les composent, par leur forme et par les phénomènes optiques qui peuvent caractériser certains objets ou phénomènes naturels, dans l'eau ou l'atmosphère. Notre objectif est de synthètiser, avec une certaine interactivitl'e, des images simulant leur apparence.<br /><br />Pour atteindre cet objectif, nous proposons des algorithmes permettant de résoudre divers problèmes. Nous proposons tout d'abord un algorithme qui permet de combiner, pour une image de donnée, des systèmes de visualisation conventionnels et une représentation spectrale. Cette technique permet de simuler visuellement une scène où se produisent partiellement des effets optiques complexes (diffraction, interférence, etc.), en quelques secondes. Nous introduisons ensuite un algorithme permettant de modéliser et visualiser des motifs de couleur, des motifs de fleurs, par exemple. Une application de cet algorithme aux variations saisonnières des feuilles est également présente.<br /><br />Pour les scènes d'une complexité qui n'est pas à la portée des techniques de simulation et de visualisation, nous présentons un algorithme qui permet de synthétiser des scènes naturelles à l'aide d'échantillons d'images. ous présentons ainsi d'abord une approche dite "Tile-based texture synthesis", fondée sur l'optimisation de la qualité de l'échantillon sélectionné à l'aide de techniques d'intelligence artificielle. Ensuite, nous présentons une technique de génération de textures guidée par des cartes présentant les caractéristiques perceptuelles globales de l'échantillon retenu. Mots-clés: Coulrtus structurelles, motifs de couleur, texture synthétisée, synthétiser des écosystèmes.

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences de la Vie et de la Santé : Lille 1 : 2004. / N° d'ordre (Lille 1) : 3411. Résumé en français et en anglais. Article en anglais reproduit dans le texte. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Bibliogr. p. 103-118.

Focal adhesion kinase (FAK) is a non-receptor tyrosine kinase. Activated FAK is crucial to many biological processes, such as cell proliferation, migration, and survival, all of which have been implicated in the progression and development of cancer. Tyrosine 925 is a Src-phosphorylation site that is located within the FAT domain in the C-terminal of FAK. It has been suggested that the helix containing Y925 (Helix 1) has to come out of the FAT bundle and the region flanking Y925 has to adopt β-strand conformation. In order to phosphorylate, the mechanisms promoting the required structural changes are unclear. So, Molecular Dynamics (MD) and Constant Force Molecular Dynamics (CFMD) simulations were used to study what makes Y925 accessible for phosphorylation. Under thermal fluctuation only and in the presence or the absence of LD motifs, MD simulations suggest that H1 does not appear to have a propensity to leave the bundle adopt β-strand conformation. Then, two different load scenarios were used; axial and perpendicular with 100 pN constant load applied to H1 N-terminus with the two paxillin LD motifs constrained. For both load scenarios, H1 has two different behaviors: typical and atypical. In the axial load scenario, the first two residues at the N-terminal of H1 (besides Y925) have low propensity to unfold. However, H1 does not show any proclivity to leave the bundle. For the perpendicular load scenario with the absence of P2 (LD motif binds to H1/H4 hydrophobic patch), one simulation out of 21 showed that H1 undergoes the required structural rearrangement. In general, CFMD simulations show that the FAT domain has a very low propensity (3%) to undergo the structural changes needed for Y925 phosphorylation. This has two implications: either mechanical load is insufficient to make Y925 available for phosphorylation and/or this kind of process (structural changes needed for Y925 phosphorylation) is slow process that needs a long time to occur. / text