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Memory-aware Algorithms and Scheduling Techniques for Matrix Computattions / Algorithmes orientés mémoire et techniques d'ordonnancement pour le calcul matriciel

Herrmann, Julien 25 November 2015 (has links)
Dans cette thèse, nous nous sommes penchés d’un point de vue à la foisthéorique et pratique sur la conception d’algorithmes et detechniques d’ordonnancement adaptées aux architectures complexes dessuperordinateurs modernes. Nous nous sommes en particulier intéressésà l’utilisation mémoire et la gestion des communications desalgorithmes pour le calcul haute performance (HPC). Nous avonsexploité l’hétérogénéité des superordinateurs modernes pour améliorerles performances du calcul matriciel. Nous avons étudié lapossibilité d’alterner intelligemment des étapes de factorisation LU(plus rapide) et des étapes de factorisation QR (plus stablenumériquement mais plus deux fois plus coûteuses) pour résoudre unsystème linéaire dense. Nous avons amélioré les performances desystèmes d’exécution dynamique à l’aide de pré-calculs statiquesprenants en compte l’ensemble du graphe de tâches de la factorisationCholesky ainsi que l’hétérogénéité de l’architecture. Nous noussommes intéressés à la complexité du problème d’ordonnancement degraphes de tâches utilisant de gros fichiers d’entrée et de sortiesur une architecture hétérogène avec deux types de ressources,utilisant chacune une mémoire spécifique. Nous avons conçu denombreuses heuristiques en temps polynomial pour la résolution deproblèmes généraux que l’on avait prouvés NP-complet aupréalable. Enfin, nous avons conçu des algorithmes optimaux pourordonnancer un graphe de différentiation automatique sur uneplateforme avec deux types de mémoire : une mémoire gratuite maislimitée et une mémoire coûteuse mais illimitée. / Throughout this thesis, we have designed memory-aware algorithms and scheduling techniques suitedfor modern memory architectures. We have shown special interest in improving the performance ofmatrix computations on multiple levels. At a high level, we have introduced new numerical algorithmsfor solving linear systems on large distributed platforms. Most of the time, these linear solvers rely onruntime systems to handle resources allocation and data management. We also focused on improving thedynamic schedulers embedded in these runtime systems by adding static information to their decisionprocess. We proposed new memory-aware dynamic heuristics to schedule workflows, that could beimplemented in such runtime systems.Altogether, we have dealt with multiple state-of-the-art factorization algorithms used to solve linearsystems, like the LU, QR and Cholesky factorizations. We targeted different platforms ranging frommulticore processors to distributed memory clusters, and worked with several reference runtime systemstailored for these architectures, such as P A RSEC and StarPU. On a theoretical side, we took specialcare of modelling convoluted hierarchical memory architectures. We have classified the problems thatare arising when dealing with these storage platforms. We have designed many efficient polynomial-timeheuristics on general problems that had been shown NP-complete beforehand.
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Evaluer le bénéfice clinique dans les essais randomisés en utilisant les comparaisons par paire généralisées incluant des données de survie / A multicriteria analysis of the chance of a better outcome in randomized trials using generalized pairwise comparisons with survival data

Péron, Julien 30 October 2015 (has links)
Dans les essais randomisés conduits en oncologie médicale, l'effet des traitements est le plus souvent évalué sur plusieurs critères de jugement, dont un ou plusieurs critères de type temps jusqu'à événement. Une analyse globale de l'effet d'un traitement intègre les résultats observés sur l'ensemble des critères de jugement pertinent. Un des objectifs de notre travail était de réaliser une revue systématique de la littérature évaluant les méthodes de recueil, d'analyse et de rapport des événements indésirables et des critères de jugement rapportés par les patients dans les essais de phase III en oncologie médicale. Cette revue a mis en évidence une grande hétérogénéité des méthodes utilisées. De plus les rapports des essais omettaient souvent certaines informations indispensables pour évaluer la validité des résultats rapportés en toxicité ou sur les critères de jugement rapportés par les patients. Un autre objectif de cette thèse était de développer une extension de la méthode des comparaisons par paire généralisées permettant d'évaluer de façon non biaisée la propension au succès en présence de censure lorsqu'un des critères de jugement est de type temps jusqu'à événement. Cette thèse avait également pour objectif de montrer comment les comparaisons par paire pouvaient être utilisées afin d'évaluer la balance bénéfice-risque de traitements innovants dans les essais randomisés. De la même façon, la propension globale au succès permet d'évaluer le bénéfice thérapeutique global lorsqu'un effet positif est attendu sur plusieurs critères de jugement / In medical oncology randomized trials, treatment effect is usually assessed on several endpoints, including one or more time-to-event endpoints. An overall analysis of the treatment effect may include the outcomes observed on all the relevant endpoints. A systematic review of medical oncology phase III trials was conducted. We extracted the methods used to record, analyze and report adverse events and patient-reported outcomes. Our findings show that some methodological aspects of adverse events or patient-reported outcomes collection and analysis were poorly reported. Even when reported, the methods used were highly heterogeneous. Another objective was to develop an extension of the generalized pairwise comparison procedure for time-to-event variables. The extended procedure provides an unbiased estimation of the chance of a better outcome even in presence of highly censored observations. Then, we show how the chance of an overall better outcome can be used to assess the benefit-risk balance of treatment in randomized trials. When a benefit is expected on more than one endpoint, the chance of an overall better outcome assesses the overall therapeutic benefit. The test of the null hypothesis is more powerful than the test based on one single endpoint
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Vers une nouvelle génération d'outils d'aide à la décision s'appliquant à la prévention des risques lors de la prescription des antibiotiques : combinaison des technologies Web sémantique et de l'aide multicritère à la décision / Towards a new generation of decision aiding tools for the prevention of risks in the context of antibiotics prescription : a combination of semantic web technologies and multiple criteria decision aiding methods.

Ben Souissi, Souhir 13 October 2017 (has links)
Au vu de la prévalence significative des événements indésirables liés aux médicaments, ainsi que du risque croissant de résistance aux antibiotiques (causée principalement par les prescriptions inappropriées et une utilisation excessive), nous proposons une architecture générale pour des systèmes de recommandation adaptés à ce type de contexte et nous en développons un pour la prescription d’antibiotiques (PARS). Le type de contexte pour lequel l’approche est proposée est caractérisé par des décisions à haut risque et/ou à enjeux importants. Le système ne peut être basé sur l’apprentissage car une base de données de cas n’est pas disponible. Toutefois, des connaissances et des règles de bonnes pratiques existent et de ce fait il convient de développer un système capable de les modéliser et de les mettre en oeuvre. Le système est destiné à un utilisateur qui est le décideur qui doit adapter sa décision à chaque sujet dont les besoins et les caractéristiques sont spécifiques. Le modèle doit pouvoir s’adapter à différents types d’évolutions. L’approche est basée sur la combinaison des technologies web sémantique avec un modèle d’aide multicritère à la décision. Le système comporte deux étapes. Compte tenu de la spécificité du domaine d’application, l’approche évalue d’abord la pertinence d’une alternative (action) pour un sujet et un besoin donnés dans un contexte spécifique. Le premier niveau du modèle d’aide à la décision est de sélectionner selon le besoin l’ensemble des alternatives qui ont le potentiel d’être appropriées. Le deuxième niveau consiste à évaluer et à trier les alternatives dans des catégories en fonction de leur adéquation. Nous proposons une approche qui exploite les schémas de connaissances du web sémantiques (ontologies) et qui structure les règles de recommandation en une méthode de tri adaptée : MR-Sort avec Veto. Cette approche permet de lier et de mettre en correspondance des sources de connaissances hétérogènes exprimées par des experts. En collaboration avec le Centre hospitalier EpiCURA, nous avons appliqué cette approche dans le domaine médical et plus précisément, pour la prescription des antibiotiques. Les performances de l’approche ont été comparées aux recommandations données par EpiCURA. Les résultats ont montré que le système proposé est plus détaillé dans ses recommandations par comparaison aux guidelines en usage au Centre EpiCURA. En prenant éventuellement en compte des caractéristiques supplémentaires des sujets, le modèle est capable de s’adapter à des changements dans le contexte (nouveaux antibiotiques, effets secondaires, développement de germes résistants). / Motivated by the well documented worldwide spread of adverse drug events that are associated to antibiotics usage, as well as the increased danger of antibiotic resistance (caused mainly by inappropriate prescribing and overuse), we propose a general architecture for recommendation systems adapted for this kind of context and we develop a specific system for antibiotic prescription (PARS). The type of context that our architecture covers is characterised by highly risky decisions or decisions with high stakes. Such a system cannot be based on machine learning, since there are no available training data sets or case bases. However, rules of good practice and expert knowledge are available, therefore our system should be able to model and implement them. The proposed solution is intended to be used by a decision maker who must adapt his/her decision both to each subject’s specific needs and characteristics, as well as to different types of evolution. Our approach is based on the combination of semantic technologies with MCDA (Multi-Criteria Decision Aids). The decision support process involves two steps. First, by taking into account the specific application domain, the approach evaluates the relevance of each alternative (action) in order to satisfy the needs of a given subject. The first level of the decision support model aims to select all the alternatives that have the potential to fulfill the subject’s needs. Subsequently, the second level consists of evaluating and sorting the selected alternatives in categories according to their adequacy to the characteristics of the subject. We propose an approach that exploits the knowledge schemes of semantic web technologies (ontologies) and that structures the recommendation rules into a suitable sorting method: the MR-Sort with Veto. By doing so, our solution is able to link and match heterogeneous knowledge sources expressed by experts. In collaboration with the EpiCURA Hospital Center, we have applied this approach in the medical domain and more specifically in the prescription of antibiotics. The system’s recommendations were compared with those expressed in the guidelines currently in use at EpiCURA. The results showed us that PARS allows for a better consideration of the sensitivity of the patients to the adverse effects of antibiotics. Moreover, by taking into account the additional characteristics of the patients, the model is able to adapt to contextual changes (such as new antibiotics, side effects and development of resistant micro-organisms).
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Méthodes d'aide à la décision multi-attribut et multi-acteur pour résoudre le problème de sélection dans un environnement certain/incertain : cas de la localisation des centres de distribution / Multi-attribute and multi-actor decision making methods for solving the selection problem under certain/uncertain environment : case of distribution centers location

Agrebi, Maroi 12 April 2018 (has links)
Le travail de recherche présenté dans cette thèse s’inscrit dans la continuité des travaux de l’aide à la décision multi-critère de groupe (décideurs), particulièrement dans le champ de sélection de la localisation des centres de distribution. Dans un environnement certain, si la décision de sélection de la localisation des centres de distribution a donné lieu à plusieurs travaux de recherche, elle n’a jamais été l’objet, à notre connaissance, d’une décision prise par plusieurs décideurs. À cet égard, le premier objectif de cette thèse est de proposer une méthode d’aide à la décision multi-attribut et multi-acteur (MAADM) pour résoudre le problème posé. Pour se faire, nous avons adapté et étendu la méthode ELECTRE I. Dans un environnement incertain, au vu de l’incertitude inhérente et l’imprécision du processus décisionnel humain ainsi que les comportements futurs du marché et des entreprises, le deuxième objectif de cette thèse est de développer une méthode floue d’aide à la décision multi-attribut et multi-acteur (FMAADM) pour traiter le problème en question. Pour cela, nous avons couplé la méthode MAADM avec la théorie des ensembles flous. Pour la validation des deux contributions, nous avons conçu un système d’aide à la décision (S-DSS) pour implémenter les algorithmes de la méthode MAADM et la méthode FMAADM. Sur la base du S-DSS, deux études expérimentales ont été menées. Nous avons, aussi, appliqué une analyse de sensibilité pour vérifier la sensibilité de la solution retenue vis-à-vis aux variations de poids des critères d’évaluation. Les résultats obtenus prouvent que les deux méthodes proposées répondent à l’objectif recherché et ainsi retenues pour la sélection de la meilleure localisation dans un contexte certain/incertain de multi-attribut et multi-acteur. / The research work presented in this thesis is part of the works’ continuity on multi-criteria group (decision-makers) decision-making, particularly in the field of the distribution centers’ location selection. Under certain environment, although the decision to select the location of the distribution centers has given rise in several research works, it has never been the object, to our knowledge, of a decision taken by several decision makers. In this regard, the first objective of this thesis is to develop a multi-attribute and multi-actor decision-making method (MAADM) to resolve the posed problem. For this purpose, we have adapted and extended the ELECTRE I method. Under uncertain environment, In view of the inherent uncertainty and inaccuracy of human decision-making, the future behavior of the market and companies, the second objective of this thesis is to propose a fuzzy multi-attribute and multi-actor decision-making method (FMAADM) to treat the problem in question. To this end, we have coupled the MAADM method with the fuzzy set theory. To validate the two contributions, we designed a decision support system (S-DSS) to implement the MAADM method and the FMAADM method. Based on the S-DSS, two experimental studies were conducted. We also applied a sensitivity analysis to verify the sensitivity of the solution retained vis-a-vis to weights’ variations of evaluation criteria. The obtained results prove that the MAADM method and the FMAADM method meet the desired objective and thus retained for the selection of the best location under certain/uncertain context of multi-attribute and multi-actor.
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Ecodesign of large-scale photovoltaic (PV) systems with multi-objective optimization and Life-Cycle Assessment (LCA) / Écoconception de systèmes photovoltaïques (PV) à grande échelle par optimisation multi-objectif et Analyse du Cycle de Vie (ACV)

Perez Gallardo, Jorge Raúl 25 October 2013 (has links)
En raison de la demande croissante d’énergie dans le monde et des nombreux dommages causés par l’utilisation des énergies fossiles, la contribution des énergies renouvelables a augmenté de manière significative dans le mix énergétique global dans le but de progresser vers un développement plus durable. Dans ce contexte, ce travail vise à l’élaboration d’une méthodologie générale pour la conception de systèmes photovoltaïques, basée sur les principes d’écoconception, en tenant compte simultanément des considérations technico-économiques et environnementales. Afin d’évaluer la performance environnementale des systèmes PV, une technique d’évaluation environnementale basée sur l’Analyse du Cycle de Vie (ACV) a été utilisée. Le modèle environnemental a été couplé d’une manière satisfaisante avec le modèle de conception d’un système PV connecté au réseau pour obtenir un modèle global, apte à un traitement par optimisation. Le modèle de conception du système PV résultant a été développé en faisant intervenir l’estimation du rayonnement solaire reçu dans une zone géographique concernée, le calcul de la quantité annuelle d’énergie produite à partir du rayonnement solaire reçu, les caractéristiques des différents composants et l’évaluation des critères technico-économiques à travers le temps de retour énergétique et le temps de retour sur investissement. Le modèle a ensuite été intégré dans une boucle d’optimisation multi-objectif externe basée sur une variante de l’algorithme génétique NSGA-II. Un ensemble de solutions du Pareto a été généré représentant le compromis optimal entre les différents objectifs considérés dans l’analyse. Une méthode basée sur une Analyse en Composantes Principales (ACP) est appliquée pour détecter et enlever les objectifs redondants de l’analyse sans perturber les caractéristiques principales de l’espace des solutions. Enfin, un outil d’aide à la décision basé sur M- TOPSIS a été utilisé pour sélectionner l’option qui offre un meilleur compromis entre toutes les fonctions objectifs considérées et étudiées. Bien que les modules photovoltaïques à base de silicium cristallin (c-Si) ont une meilleure performance vis-à-vis de la production d’énergie, les résultats ont montré que leur impact environnement est le plus élevé des filières technologiques de production de panneaux. Les technologies en « couches minces » présentent quant à elles le meilleur compromis dans tous les scénarios étudiés. Une attention particulière a été accordée aux processus de recyclage des modules PV, en dépit du peu d’informations disponibles pour toutes les technologies évaluées. La cause majeure de ce manque d’information est la durée de vie relativement élevée des modules photovoltaïques. Les données relatives aux procédés de recyclage pour les technologies basées sur CdTe et m-Si sont introduites dans la procédure d’optimisation par l’écoconception. En tenant compte de la production d’énergie et du temps de retour sur énergie comme critères d’optimisation, l’avantage de la gestion de fin de vie des modules PV a été confirmé. Une étude économique de la stratégie de recyclage doit être considérée et étudiée afin d’avoir une vision plus globale pour la prise de décision. / Because of the increasing demand for the provision of energy worldwide and the numerous damages caused by a major use of fossil sources, the contribution of renewable energies has been increasing significantly in the global energy mix with the aim at moving towards a more sustainable development. In this context, this work aims at the development of a general methodology for designing PV systems based on ecodesign principles and taking into account simultaneously both techno-economic and environmental considerations. In order to evaluate the environmental performance of PV systems, an environmental assessment technique was used based on Life Cycle Assessment (LCA). The environmental model was successfully coupled with the design stage model of a PV grid-connected system (PVGCS). The PVGCS design model was then developed involving the estimation of solar radiation received in a specific geographic location, the calculation of the annual energy generated from the solar radiation received, the characteristics of the different components and the evaluation of the techno-economic criteria through Energy PayBack Time (EPBT) and PayBack Time (PBT). The performance model was then embedded in an outer multi-objective genetic algorithm optimization loop based on a variant of NSGA-II. A set of Pareto solutions was generated representing the optimal trade-off between the objectives considered in the analysis. A multi-variable statistical method (i.e., Principal Componet Analysis, PCA) was then applied to detect and omit redundant objectives that could be left out of the analysis without disturbing the main features of the solution space. Finally, a decision-making tool based on M-TOPSIS was used to select the alternative that provided a better compromise among all the objective functions that have been investigated. The results showed that while the PV modules based on c-Si have a better performance in energy generation, the environmental aspect is what makes them fall to the last positions. TF PV modules present the best trade-off in all scenarios under consideration. A special attention was paid to recycling process of PV module even if there is not yet enough information currently available for all the technologies evaluated. The main cause of this lack of information is the lifetime of PV modules. The data relative to the recycling processes for m-Si and CdTe PV technologies were introduced in the optimization procedure for ecodesign. By considering energy production and EPBT as optimization criteria into a bi-objective optimization cases, the importance of the benefits of PV modules end-of-life management was confirmed. An economic study of the recycling strategy must be investigated in order to have a more comprehensive view for decision making.
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L'évaluation économique des services écosystémiques marins et côtiers et son utilisation dans la prise de décision : cas d'étude en Nouvelle-Calédonie et en Australie / Quantifying economic values of coastal and marine ecosystem services and assessing their use in decision-making : applications in New-Caledonia and Australia

Marre, Jean-Baptiste 30 September 2014 (has links)
No abstract. / Coastal and marine ecosystems are some of the most heavily exploited with increasing degradation. This alarming situation appeals for urgent and effective actions. The optimal balance between use and conservation of ecosystems theoretically requires all costs and benefits to be considered in decision-making, including intangible costs and benefits such as non-market use and non-use values. The broad aim of this PhD is to examine how these economic values associated with coastal and marine ecosystem services can be measured, and how the economic valuation exercise may be considered and influence management decision- making.The first analytical part of the thesis focuses on assessing non-market use and non-use values, through econometric methods. The characterization and estimation of non-use values are complex and controversial, especially when the valuation exercise is focusing on individuals who are users of the ecosystem services being considered. An original approach based on a stated preference method, namely choice experiments, is developed then empirically applied in quantifying non-market values for marine and coastal ecosystems in two areas in New Caledonia. It allows the estimation of non-use values for populations of users in an implicit way. An in-depth analysis of the individuals’ choice heuristics during the valuation exercise is also conducted, with a focus on payment non-attendance. This issue is dealt with by comparing multiple modelling approaches in terms of: (1) inferred attendance, in relation to stated attendance; (2) attendance distribution according to several socio-economic variables; and (3) welfare estimates.After noting that the potential influence of economic valuation in decision making is unclear and largely unexplored in the literature, the second major component of this PhD aims to examine if, how and to what extent the economic valuation of ecosystem services, including measures of non-market values, influence decision-making regarding coastal and marine ecosystems management in Australia. Based on two nation-wide surveys, the perceived usefulness of the economic valuation of ecosystem services by the general public and decision-makers is studied, and the reasons why decision-makers may or may not fully consider economic values are elicited. Using a multi-criteria analysis, a part of the surveys also aims at examining the relative importance of different evaluation criteria (ecological, social and economic) when assessing the consequences of a hypothetical coastal development project on commercial activities, recreational activities and marine biodiversity.

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