Orientador: Sylvio Luis Honorio / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-08T08:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Portugal_EdilbertoPrinci_D.pdf: 3108115 bytes, checksum: 834974ae808b2dc8cae3ca812f9976ba (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A Stevia rebaudiana, um arbusto que tem na produção de esteviosídeos seu principal produto de interesse, foi objeto deste trabalho. Considerando sua cadeia produtiva, existem lacunas que necessitam pesquisas, tanto no aspecto agronômico, como o emprego de espécies fúngicas micorrízicas, quanto procedimentos pós-colheita, dos quais a secagem é um dos fatores. O presente trabalho teve como objetivos, identificar uma espécie de fungo micorrízico arbuscular eficiente e sua relação com o desenvolvimento e concentração de esteviosídeos em plantas de estévia, cultivadas em campo, hidroponia e aeroponia, selecionar substrato adequado para o desenvolvimento da colonização micorrízica, avaliar sistemas de secagem no teor de esteviosídeos e determinar as isotermas de sorção da estévia. Para seleção de fungo micorrízico foram testadas sete espécies, sendo cinco de um banco de culturas e duas isoladas da própria cultura da estévia. O ensaio foi conduzido em casa de vegetação em vasos com solo esterilizado e cinco repetições. Foram determinados a massa seca total da parte aérea e de folhas, teor e quantidade acumulada de esteviosídeos nas folhas e colonização micorrízica. Para seleção de substratos, foram testados nove produtos comerciais, utilizando-se como planta indicadora uma gramínea (Brachiaria humidicola) e como parâmetro avaliado a taxa de colonização fúngica no sistema radicular. Plantas de estévia inoculadas ou não com o fungo micorrízico Glomus intraradices foram cultivadas em três sistemas distintos, campo, aeroponia e hidroponia. Foram realizadas três colheitas em épocas distintas e determinada a massa da matéria seca total da parte aérea e de folhas, teor e acúmulo de esteviosídeos nas folhas e colonização micorrízica. Foram testados três processos de secagem, ao sol, secador a gás e estufa elétrica com circulação forçada de ar, à temperatura de 45oC. Os processos foram avaliados em função do teor de esteviosídeos nas folhas. A determinação da umidade de equilíbrio nas folhas de estévia foi realizada nas temperaturas de 30 e 45oC e, as isotermas de sorção foram tratadas com os modelos matemáticos de BET, BET linear, Peleg, GAB, Halsey, Langmuir, Oswin, Henderson e Chung e Pfost. A espécie Glomus intraradices foi a mais eficiente para o desenvolvimento da estévia e acumulação de esteviosídeos. O substrato Rendmax Citrus sem adubação propiciou as melhores condições para a colonização micorrízica nas raízes da gramínea. Dentre os sistemas de cultivo estudados a hidroponia mostrou-se o menos eficiente para o cultivo de estévia. Em aeroponia obteve-se maior produtividade em termos de matéria seca da parte aérea, enquanto no campo maior quantidade acumulada de esteviosídeos. Não se observou diferença entre a secagem na estufa e no secador para qualquer das épocas de colheita. O teor de esteviosídeos nas folhas de plantas secadas ao sol foi sempre inferior, com perda de até 20% em relação aos outros dois sistemas. Os modelos que apresentaram melhor ajuste, nas temperaturas de 30 e 45oC, foram GAB e HALSEY. O modelo BET LINEAR também mostrou bom ajuste, mas somente para a temperatura de 45oC / Abstract: Stevia rebaudiana, a shrub mostly interesting for its production of steviosides, was the object of this work. In regard to its productive chain, further researches must be done, not only in agronomical aspects, but also in the utilization of mycorrhizal fungal species, as well as in the post-harvest processes, namely the drying one. The present work aimed at the identification of an efficient arbuscular mycorrhizal fungal species and its influence in the development and concentration of steviosides in stevia plants grown in hydroponic and aeroponic systems; to select an adequate substrate for the development of mycorrhizal fungi; to evaluate drying systems in steviosides rates and to determine stevia?s isotherms of sorption. For the mycorrhizal fungi selection seven species were tested, five from a germplasm bank and two were isolated from their own stevia culture. Five assays in pots with sterilized soil were carried out in a greenhouse. The total dry mass of the aerial parts and of the leaves, the rate and accumulated quantity of steviosides in the leaves as well as the mycorrhizal colonization were determined. Nine commercial substrates were tested for the rate of colonization of the root system of an indicating gramineous plant (Brachiaria humidicola). Stevia plants that were inoculated (or not) with the mycorrhizal fungus Glomus intraradices were cultivated in three different growing systems, field, aeroponic and hydroponic. Three harvests were carried out in different periods and the total dry mass of the branch and leaves sections, contents and accumulated steviosides in the leaves and mycorrhizal colonization were determined. Three processes for drying leaves were tested: by sunlight, gas dryer and electrical stove with forced air circulation, at 45oC. The processes were evaluated in relation to the steviosides rate of the leaves. The equilibrium moisture content for stevia leaves was done at 30oC and 45oC, while the isotherms of sorption were tested for the best fit by mathematical models of BET, BET linear, Peleg, Gab, Halsey, Langmuir, Oswin, Henderson and Chung and Pfost. The Glomus intraradices species was the most efficient for the stevia development and accumulation of steviosides. The Rendmax Citrus substrate without manure rendered the best conditions for the mycorrhizal colonization in the gramineous roots. Among the growing systems studied, hydroponics turned out to be the least efficient for stevia cultivation. Aeroponics brought the highest production in terms of dry mass from the aerial parts, while in the field a larger accumulated quantity of steviosides was obtained. No difference was observed between the stove and gas drying processes at any of the harvesting periods. The steviosides rate from the leaves dried by sunlight was always inferior, coming to a loss of 20% in relation to the others. The best fit models were GAB and HALSEY. The BET LINEAR fitted by 45ºC / Doutorado / Tecnologia Pós-Colheita / Doutor em Engenharia Agrícola

Agricultores e técnicos envolvidos na citricultura orgânica procuram desenvolver sistemas de produção com maior atividade microbiana no solo. Dessa maneira, esperam obter benefícios dos processos que ocorrem no solo, entre eles, o controle natural de pragas e doenças. Porém, são poucos os estudos sobre a influência desse tipo de manejo sobre a microbiota do solo, em especial sobre os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) e o patógeno Phytophthora parasitica. Os objetivos dessa tese foram: avaliar a colonização micorrízica e conhecer a diversidade de FMAs nos sistemas de produção convencional e orgânico de citros; avaliar a aplicação de benomyl e da radiação γ na obtenção de testemunhas não micorrizadas para estudo de interação de comunidade de FMAs nativos e P. parasitica; verificar a capacidade indutora de resistência local e sistêmica dos FMAs nativos a P. parasitica; estudar atividade da quitinase no sistema radicular de limão 'Cravo' colonizado por fungos micorrízicos nativos. Foram realizadas amostragens em dois sistemas de produção de citros em São Paulo, um convencional e um orgânico. A riqueza e a diversidade de espécies de FMAs foram maiores no manejo orgânico. No entanto, a porcentagem de colonização micorrízica nas plantas no campo não variou com o tipo de manejo. Em casa de vegetação, experimentos com plantas de limão 'Cravo' (Citrus limonia) mostraram que a radiação γ foi mais adequada que a aplicação de benomyl na obtenção de testemunhas não micorrizadas para estudo de interação P. parasitica- FMAs nativos de agroecossistemas de produção de laranja. Também em casa de vegetação, foi realizado um experimento com raiz dividida de plantas de limão 'Cravo'. Não foi possível avaliar a capacidade indutora de resistência dos fungos micorrízicos arbusculares nativos porque não houve desenvolvimento da podridão de raízes nas plantas de limão 'Cravo' após a infestação com P. parasitica. Discute-se a interação de patógenos de raiz do solo natural e os FMAs nativos porque o solo natural dos sistemas de produção convencional e orgânico promoveram diferentes respostas de crescimento local e sistêmico das raízes das plantas micorrizadas. A atividade de quitinase foi igual nas raízes de plantas micorrizadas e não micorrrizadas cultivadas em solos dos sistemas de produção convencional e orgânico. Porém, a associação micorrízica aumentou localmente a proteína total nas raízes das plantas. / Farmers and technicians involved with organic citriculture try to develop systems with high microbial activity in soil. In this way, they expect to obtain benefits from processes that occur in soil, as natural control of pests and diseases. However, there are few studies about the influence of this type of management on soil microbiota, specially on the arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and the pathogen Phytophthora parasitica. The objectives of this thesis were: to evaluate mycorrhizal colonization and diversity of AMF in citrus conventional and organic farming; to evaluate benomyl application and γ radiation to obtain non-mycorrhizal controls for study of interaction between indigenous AMF and P. parasitica; to verify local and systemic capacity of indigenous AMF to induce resistance against P. parasitica; to study chitinase activity in roots of 'Rangpur' lime colonized by indigenous AMF. Samplings were carried out in two citrus systems in São Paulo, one conventional and one organic farming. The richness and the diversity of AMF species were higher in the organic farming. In greenhouse, experiments with 'Rangpur' lime (Citrus limonia) showed that γ radiation was better than benomyl to obtain non-mycorrhizal control for studies of interaction between P. parasitica-indigenous AMF from orange agroecosystems. In greenhouse also, a split root experiment with 'Rangpur' lime was carried out. It was not possible to evaluate the indigenous AMF capacity to induce resistance because no root rot developed in 'Rangpur' lime plants after inoculation with P. parasitica. We discuss the interaction between root pathogens in natural soil and indigenous AMF because natural soil from conventional e organic farming promoted different local and systemic root growth responses in mycorrhizal plants. Chitinase activity was similar in roots of mycorrhizal and non-mycorrhizal plants grown in conventional and organic farming soils. However, mycorhizal association increased local protein content in roots.

Les sols forestiers sont des habitats hétérogènes, véritables réservoirs de microorganismes. Parmi ces microorganismes, les eucaryotes filamenteux (champignons et oomycètes) sont très divers et jouent un rôle important dans le fonctionnement et la durabilité des écosystèmes forestiers. Leur diversité et leur répartition spatiale à différentes échelles sont encore peu connues et les facteurs qui sous-tendent cette dispersion sont encore peu étudiés. Aussi, les objectifs étaient (i) d'exploiter le séquençage haut-débit pour des études d'écologie microbienne à large échelle et valider son application aux communautés d'oomycètes pathogènes en milieu forestier, (ii) de décrire ces communautés microbiennes, en termes de diversité et de structure, à différentes échelles spatiales (locale, régionale et continentale), (iii) de caractériser les variables biotiques et abiotiques structurant ces communautés et (iv) d'évaluer la réponse éventuelle des communautés aux variations climatiques. Une première étude pilote à l'échelle de la parcelle a été suivi de deux études à grande échelle spatiale le long de gradients environnementaux. Des gradients d'altitude et un gradient latitudinal, à l'échelle continentale, ont été utilisés comme gradient climatique. L'étude préliminaire a donc validé l'utilisation du pyroséquençage pour les communautés fongiques, et en particulier pour les espèces ectomycorhiziennes, et apporté des éléments pour établir une méthodologie d'échantillonnage couplée à cette technique. L'application de ces outils moléculaires à l'étude des communautés oomycètes pathogènes reste à optimiser. Les résultats obtenus sur les communautés fongiques telluriques suggèrent que dans l'hypothèse d'un réchauffement climatique, la richesse fongique ne serait pas directement affectée mais la composition des communautés le serait. La composition des communautés fongiques est également fortement liée au pH du sol. Ces résultats sont à affiner en étudiant plus en détail divers groupes taxonomiques et écologiques en lien avec des variables climatiques plus précises. Par ailleurs, de nombreuses perspectives sont envisageables pour améliorer la détection des oomycètes dans les sols forestiers, qui reste un challenge en écologie microbienne / Forest soils are heterogeneous habitats full of microorganisms. In particular, the filamentous eukaryotes (fungi and oomycetes) exhibit a huge diversity and play essential functions in the dynamic and sustainable growth of the forest ecosystem. However, their diversity and their distribution are poorly known; thus, so are the structuring factors of these microbial communities. The main goals were: (i) use a high-throughput pyrosequencing to study soil microbial communities at a broad geographical scale, and particularly to validate its use for the study of soil forest pathogenic oomycete communities, (ii) study the diversity and structure of fungal and pathogenic oomycetes communities at several spatial scales, (iii) identify possible climatic and edaphic variables structuring these communities and (iv) estimate the possible response of these microbial communities to climatic variation. A pilot study was undertaken at the stand scale. Then, two additional studies were carried out along environmental gradients at the regional and continental scales. The use of the pyrosequencing technique was found appropriate for the fungal communities, but difficulties arose in studying the pathogenic oomycete community. At the stand scale, results suggested the soil to be a valuable substitute for the roots to access the ectomycorrhizal richness and composition using pyrosequencing. The results along the broad scale gradients suggested that fungal richness may not be affected by climate warming but that the composition would be. Moreover, our work indicated that soil pH is a major factor explaining fungal community composition. The main conclusions are still to be confirmed and deeper knowledge of the response of different fungal phylum, or family, would be required. The detection and thus the diversity estimation of the pathogenic oomycetes in forest soil remains a current challenge

L'objectif de cette thèse est de contribuer à faire progresser les connaissances sur les interactions bénéfiques entre les plantes et les microorganismes en évaluant la contribution des systèmes de sécrétion de type III (SST3). Une synthèse des connaissances disponibles relatives aux SST3 chez les Pseudomonas non pathogènes, saprotrophes ou mutualistes, présentée chapitre I, montre que les SST3 ne sont pas cantonnés aux interactions parasites ou pathogènes avec les plantes. Dans l’étude expérimentale présentée chapitre II, nous avons utilisé différents génotypes de Medicago truncatula Gaertn. cv. Jemalong capables (Myc+) ou non (Myc-) d’établir une symbiose mycorhizienne. Ce travail nous a permis de montrer que les Pseudomonas spp. fluorescents possédant un SST3 (SST3+) sont préférentiellement associés aux racines mycorhizées des génotypes Myc+ de M. truncatula (J5 et TRV48) plutôt qu’aux racines du mutant Myc- (TRV25) et au sol nu. Ainsi, la plante seule n’est pas à l’origine de la présence accrue des Pseudomonas SST3+. La colonisation de la racine par les champignons mycorhizogènes à arbuscules (CMA), le développement du mycélium intraradiculaire et/ou la formation associée d’arbuscules, sont également déterminants. Dans l’étude présentée chapitre III, nous avons comparé les effets de la souche modèle promotrice de mycorhization (MHB) P. fluorescens C7R12 (SST3+) et de son mutant C7SM7 (SST3-), sur la mycorhization et la croissance de M. truncatula dans un sol non stérile. Ce travail a permis de montrer que le SST3 de C7R12 contribue à l’effet MHB de la bactérie. La promotion de la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA indigènes induite par le SST3 de C7R12 s’est traduite par une amélioration de la croissance de la plante. En revanche, l’inactivation du SST3 chez C7SM7 a eu un impact délétère sur la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA du sol étudié et sur la croissance de la plante. L’observation d’effets quantitatifs opposés entre C7R12 et C7SM7, nous a conduits à nous interroger sur l’existence d’un effet différentiel de l’inoculation de ces bactéries sur la structure et la diversité des communautés des microorganismes associés. Dans une étude présentée chapitre IV, le suivi dynamique en parallèle de la structure des communautés totales bactériennes (B-RISA) et fongiques (F-RISA) et de la colonisation de la racine par les CMA a été réalisée. Aucun effet de l’inoculation n’a été observé sur la structure des communautés fongiques de la rhizosphère ou des racines. En revanche, la structure des communautés bactériennes a varié selon que les plantes aient été inoculées ou non et selon la souche inoculée. Néanmoins, ces différences ont été observées plusieurs semaines après les effets de l’inoculation de C7R12 ou de C7SM7 sur la colonisation de la racine par les CMA. Ce décalage dans le temps, suggère que les différences observées dans la structure des communautés bactériennes pourraient être une conséquence plutôt qu’une cause des variations observées sur la mycorhization de M. truncatula. Nos résultats n’ont pas permis de mettre en évidence d’effets de l’inoculation sur la diversité des populations des bactéries fixatrices d’azote présentes dans les nodosités de M. truncatula. L’analyse des séquences de la grande sous-unité de l’ADN ribosomique (LSU rDNA) amplifiées à partir d’ADN extrait des racines, a montré pour les plantes inoculées et non inoculées, que les populations de CMA étaient majoritairement apparentées à Glomus intraradices. Un groupe d’isolats spécifiquement associé aux racines inoculées avec C7R12 et apparenté à G. claroideum a été décrit. Le groupe spécifique pourrait être associé à l’amélioration de la mycorhization observée dans les racines inoculées avec C7R12. Néanmoins, compte tenu de sa faible représentation numérique (8%), il semble probable que l’inoculation de C7R12 ait aussi un effet quantitatif sur la colonisation de la racine de M. truncatula par les CMA. etc / No abstract

Submitted by Michele Mologni (mologni@unoeste.br) on 2018-07-27T17:21:00Z No. of bitstreams: 1 Joice Yuri Minamiguchi.pdf: 1305334 bytes, checksum: ce408a4b1cb0c85010e11bc39b0761d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-27T17:21:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joice Yuri Minamiguchi.pdf: 1305334 bytes, checksum: ce408a4b1cb0c85010e11bc39b0761d9 (MD5) Previous issue date: 2017-12-19 / Orchid seeds do not have practically reserve of energy and are not able to absorb what exists, necessitating a symbiosis with mycorrhizal fungi for germination to occur. During the aclorophyll stage of embryo development, these are the dependent on the mycorrhizal association, because fungi provide simple sugars to the plant from digested pelotons. The objective of this work was to isolate mycorrhizal fungi of orchid in cultivated and wild plants, that could promote the germination and development of seedlings of different species. Roots of nine species of orchids were collected for the isolation by peloton, four of natural environment, three from in vitro culture that developed and grew in greenhouse orchid and two who were born spontaneously in the greenhouse orchid. This methodology promoted the isolation of nine anamorphic rhizoctonioid from two species from a natural environment, Prescotia sp and Oeceoclades maculata and of a spontaneous species in greenhouse orchid, Arundina bambusifolia. In pots of three species of orchids, Vanda sp., Cattleya tigrina and Cattleya walkeriana, were placed baiting containing seeds of the same. This methodology obtainedthe isolation of eight anamorphic rhizoctonioid fung from Cattleya tigrina and Cattleya walkeriana. Were made the quantitative and qualitative morphological characterizations of the 17 isolates obtained by the two methodologies, and these characteristics were used for the formation of groups by the grouping method UPGMA. This method together with the morphological characteristics made it possible to classify four genera of mycorrhiza, Epulorhiza, Ceratorhiza, Moniliopsis and Rhizoctonia-like. The isolates were separated into 7 different groups, and one isolate from each group was used for the symbiotic germination of six species of orchids, Cattleya brevicaulis, Cattleya tigrina, Cattleya walkeriana, Cattleya labiata, Dendrobium signatum and Encyclia cordigera. Posteriorly confirmation of the mycorrhizal association was made, of protocorm resulting from symbiotic germination. Ninety days after seeding, seedlings of the six species that germinated were transferred to flasks, and 180 days after seeding were evaluated growth and dry mass variables. The methodology of isolation by peloton promoted the isolation of mycorrhiza from plants of natural environment and from a spontaneous in greenhouse orchid, the baiting methodology was able to promote the isolation of mycorrhiza from plants that were born and developed in a controlled environment. Of the seven inoculum, six were efficient to promote the germination of the six species tested, but only five inoculum presented growth of seedlings. One inoculum is no specific, presenting better results, improving seedling growth in five of the evaluated species. / Sementes de orquídea praticamente não possuem reserva de energia e não são capazes de absorver as que possuem, necessitando de uma simbiose com fungos micorrízicos para que ocorra a germinação. Durante a fase aclorofilada do desenvolvimento do embrião, estes são dependentes da associação micorrízica, pois os fungos fornecem açúcares simples oriundos de pelotons digeridos pela planta. O objetivo deste trabalho foi isolar fungos micorrízicos de orquídeas cultivadas e silvestres, que pudessem promover a germinação e o desenvolvimento de plântulas de diferentes espécies. Raízes de nove espécies de orquídeas foram coletadas para o isolamento por peloton, quatro de ambiente natural, três oriundas de cultivo in vitro aclimatizadas e crescidas em um orquidário e de duas que nasceram espontaneamente no orquidário. Esta metodologia obteve o isolamento de nove fungos rizoctonióides anamorfos de duas espécies oriundas de ambiente natural, Prescotia sp e Oeceoclades maculata e de uma espécie espontânea no orquidário, Arundina bambusifolia. Nos vasos de três espécies Vanda sp., Cattleya tigrina e Cattleya walkeriana, foram colocados pacotes de isca contendo sementes das mesmas. Esta metodologia obteve o isolamento de oito fungos rizoctonióides anamorfos de Cattleya tigrina e Cattleya walkeriana. Foram feitas as caracterizações morfológicas quantitativas e qualitativas dos 17 isolados obtidos pelas duas metodologias, e essas características foram usadas para a formação de grupos pelo método de agrupamento UPGMA. Esse método juntamente com as características morfológicas possibilitou a classificação de quatro gêneros de micorrizas, Epulorhiza, Ceratorhiza, Moniliopsis e Rhizoctonia-like. Os isolados foram separados em sete grupos diferentes, e um isolado de cada grupo foi utilizado para a germinação simbiótica de seis espécies de orquídeas, Cattleya brevicaulis, Cattleya tigrina, Cattleya walkeriana, Cattleya labiata, Dendrobium signatum e Encyclia cordigera. Posteriormente foi feita a confirmação da associação micorrízica, dos protocórmios resultantes da germinação simbiótica. Noventa dias após a semeadura, plântulas das seis espécies que germinaram foram transferidas para frascos, e 180 dias após a semeadura foram avaliadas variáveis de crescimento e de massa seca. A metodologia de isolamento por peloton promoveu o isolamento de micorrizas de plantas de ambiente natural e de uma espontânea em orquidário. A metodologia por isca foi capaz de promover o isolamento de micorrizas de plantas que nasceram e se desenvolveram em ambiente controlado. Dos sete inóculos, seis foram eficientes para promover a germinação de sementes das seis espécies testadas, mas somente cinco inóculos exibiram crescimento de plântulas. Um inóculo demonstrou ser não específico, apresentando melhor resultado melhorando o crescimento de plântulas em cinco das espécies avaliadas.

This thesis was performed within the research project “TrophinOak”, which addresses the impact of multitrophic interactions on the pedunculate oak (Quercus robur) clone DF159. In this frame, the present work focuses on the genetic and physiological mechanisms ruling the interaction of the mycorrhiza helper bacterium (MHB) Streptomyces sp. AcH 505 with microcuttings of DF159 either alone or in presence of the ectomycorrhizal fungus Piloderma croceum or the fungal leaf pathogen oak powdery mildew Microsphaera alphitoides. The work consists of 3 chapters. Chapter 1 characterises the growth of AcH 505 and P. croceum in a soil-based culture system used within the TrophinOak project. Besides the establishment and evaluation of quantification methods of these microorganisms by quantitative real-time PCR, the impact of the soil microbial community and the oak on the bacterium-fungus interaction was investigated, and AcH 505 and P. croceum were visualized by scanning electron microscopy. It was observed that the presence of the soil microorganisms and the oak both affect the bacterium-fungus interaction, and that P. croceum enhances the growth of AcH 505. Chapter 2 presents a study with the oak, AcH 505 and the EM fungus P. croceum, enabling to disentangle the direct effect of the MHB on the oak from the indirect one via the EM symbiosis. The used approach was transcriptomic based on RNA sequencing. It was shown that i) differential gene expression occurred between root and the distant leaf tissues (local vs. systemic effects), different developmental stages and treatments, suggesting that oak specifically coordinates its gene expression patterns, and ii) that genes related to plant growth, defence and DNA modification were dominant among the differential expressed genes, suggesting that these processes play essential roles in both symbiotic interactions investigated. Chapter 3 represents a second transcriptome study, addressing how AcH 505 suppresses powdery mildew infection in oak by analysing RNA Sequencing data from singly- and coinoculated oaks. This study combined the systemic impact of the root associated bacterium with local effects of the leaf pathogen, thereby linking belowground and aboveground interactions. Systemic defence response is induced by the bacterium and further enhanced upon pathogen challenge, suggesting that on the leaf level, some bacterial effectors are recognized as harmful for the plant.

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Os fungos micorrízicos arbusculares (FMA) são muito importantes para a nutrição mineral das plantas e para a recuperação de áreas degradadas, pois possibilitam um melhor desenvolvimento das espécies arbóreas usadas na revegetação. Entretanto, para um melhor desempenho dos FMA, as condições ambientais devem ser favoráveis, pois tanto a ocorrência quanto a diversidade desses fungos são bastante influenciados por diversos fatores como os químicos, físico e microbiológico do solo. Diferentes profundidades do solo devem ser consideradas para um levantamento mais detalhado. Avaliaram-se os atributos químicos, físicos e microbiológicos e, entre estes, a glomalina e a ocorrência e diversidade de FMA em diferentes profundidades (0-15 cm, 15-30 cm e 30-45 cm). As áreas selecionadas para estudo foram: nativa (NT) e em gradiente de recuperação ambiental: 5 anos (R05), 10 anos (R10) e 20 anos (R20), todas localizadas no Bioma Mata Atlântica, Estado de São Paulo, Brasil. As coletas de solo e raízes foram realizadas em dois períodos: janeiro (chuvoso) e junho (seco). A colonização radicular foi avaliada em três pontos de amostragem sendo: (A) na base do tronco, (B) distanciadas em 1m e (C) de plantas no entorno das árvores. Os esporos foram identificados e posteriormente foram calculados a abundância relativa, e os índices de riqueza (R), diversidade de Shannon (H) e dominância de Simpson (Is) das espécies de FMA. Os dados foram submetidos à análise de variância ANOVA, teste t, análise canônica discriminante (ACD) e análise de redundância (RDA). A colonização radicular foi maior para as áreas em estádios mais avançados de recuperação, nas raízes coletadas no ponto C e na época seca. A densidade de esporos de FMA, na época chuvosa, foi maior em R05 em todas as profundidades, enquanto que na época seca a densidade de esporos foi maior para R05 apenas em 0-15 cm, a partir de 15 cm uma maior densidade de esporos foi verificada para NT e R10. Considerando os dois períodos amostrados e as quatro áreas estudadas, foram identificadas 23 espécies de FMA, sendo os gêneros Glomus e Acaulospora os mais freqüentes. Um maior índice de riqueza (R) e diversidade (H) de espécies foi encontrado na área NT e nem sempre uma maior diversidade foi verificada nas camadas mais superficiais. Espécies do gênero Acaulospora (Ac. mellea e Ac. scrobiculata) e Glomus (G. viscosum e G. sp2.) foram sempre abundantes em todas as profundidades analisadas, enquanto que as espécies do gênero Gigaspora, Ambispora e Racocetra foram raras em todas as profundidades. A ACD indicou que Glomus viscosum, Acaulospora scrobiculata, Acaulospora mellea e Scutellospora heterogama foram as espécies que mais contribuíram para distinguir as áreas e a RDA mostrou que dentre os atributos do solo, o pH, H+Al, carbono do solo, glomalina, umidade, microporosidade e densidade foram os que mais influenciaram a diversidade de FMA. A umidade, densidade e glomalina correlacionaram positivamente com o número de esporos, já o nitrato do solo apresentou uma correlação negativa. / Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are very important for the recuperation of degraded land, because they enable better absorption of mineral nutrients by plants and favor the development of tree species used in revegetation.However, for greater efficiency of mycorrhizae the environmental conditions must be favorable, because the occurrence and diversity of these fungi are greatly influenced by several factors such as chemical, physical and microbiological soil attributes. Different soil depths should be considered for a more detailed survey. Chemical, physical and microbiological evaluations, including the soil glomalin content and the diversity of AMF at different depths (0-15 cm, 15-30 cm and 30-45 cm) were performed. The areas selected for study were: native forest (NT) and a gradient of environmental restoration and reforestation: five years (R05), 10 years (R10) and 20 (R20), all located in the Atlantic forest, State of Sao Paulo, Brazil. The samples of soil and roots were taken in two periods: January (rainy) and June (dry season). Root colonization was assessed at three sites as follows: (A) at the base of the tree trunk, (B) 1m away from the trunk, and (C) seedlings growing around the adult trees. Spores were identified and the relative abundance and richness indices (R), Shannons diversity (H) and Simpsons dominance index (Is) of AMF were calculated. The data were analyzed using ANOVA, the t test, canonical discriminant analysis (CDA) and redundancy analysis (RDA). The root colonization was higher for areas with more advanced stages of recovery, in roots collected at point C and during the dry season. The density of spores in the rainy season was higher in R05 at all depths, while in the dry season the density of spores was higher for R05 only at 0-15 cm, and from 15 cm downwards a higher density of spores was observed for NT and R10.Considering the two periods and the four areas studied, we identified 23 AMF species, and the genera Glomus and Acaulospora were the most frequent. A higher richness (R) and diversity index (H) of species was found in the area NT. Not always the greatest diversity was found in the superficial layers. Species of Acaulospora (Ac. scrobiculata and Ac. mellea), Glomus (Glomus sp2. and G. viscosum) were always abundant at all depths, while the species of the genera Gigaspora, Ambispora and Racocetra were rare at all depths. The CDA indicated that Glomus viscosum, Acaulospora scrobiculata, Acaulospora mellea and Scutellospora heterogama were the species that contributed most to distinguishing the areas and the RDA showed that among the soil characteristics, pH, H + Al, soil carbon, glomalin, humidity, microporosity and density were the attributes that most influenced the diversity of AMF. Moisture, density and glomalin were positively correlated with the number of spores, however, the soil nitrate showed a negative correlation.

Os fungos micorrízicos arbusculares (FMA) são muito importantes para a nutrição mineral das plantas e para a recuperação de áreas degradadas, pois possibilitam um melhor desenvolvimento das espécies arbóreas usadas na revegetação. Entretanto, para um melhor desempenho dos FMA, as condições ambientais devem ser favoráveis, pois tanto a ocorrência quanto a diversidade desses fungos são bastante influenciados por diversos fatores como os químicos, físico e microbiológico do solo. Diferentes profundidades do solo devem ser consideradas para um levantamento mais detalhado. Avaliaram-se os atributos químicos, físicos e microbiológicos e, entre estes, a glomalina e a ocorrência e diversidade de FMA em diferentes profundidades (0-15 cm, 15-30 cm e 30-45 cm). As áreas selecionadas para estudo foram: nativa (NT) e em gradiente de recuperação ambiental: 5 anos (R05), 10 anos (R10) e 20 anos (R20), todas localizadas no Bioma Mata Atlântica, Estado de São Paulo, Brasil. As coletas de solo e raízes foram realizadas em dois períodos: janeiro (chuvoso) e junho (seco). A colonização radicular foi avaliada em três pontos de amostragem sendo: (A) na base do tronco, (B) distanciadas em 1m e (C) de plantas no entorno das árvores. Os esporos foram identificados e posteriormente foram calculados a abundância relativa, e os índices de riqueza (R), diversidade de Shannon (H) e dominância de Simpson (Is) das espécies de FMA. Os dados foram submetidos à análise de variância ANOVA, teste t, análise canônica discriminante (ACD) e análise de redundância (RDA). A colonização radicular foi maior para as áreas em estádios mais avançados de recuperação, nas raízes coletadas no ponto C e na época seca. A densidade de esporos de FMA, na época chuvosa, foi maior em R05 em todas as profundidades, enquanto que na época seca a densidade de esporos foi maior para R05 apenas em 0-15 cm, a partir de 15 cm uma maior densidade de esporos foi verificada para NT e R10. Considerando os dois períodos amostrados e as quatro áreas estudadas, foram identificadas 23 espécies de FMA, sendo os gêneros Glomus e Acaulospora os mais freqüentes. Um maior índice de riqueza (R) e diversidade (H) de espécies foi encontrado na área NT e nem sempre uma maior diversidade foi verificada nas camadas mais superficiais. Espécies do gênero Acaulospora (Ac. mellea e Ac. scrobiculata) e Glomus (G. viscosum e G. sp2.) foram sempre abundantes em todas as profundidades analisadas, enquanto que as espécies do gênero Gigaspora, Ambispora e Racocetra foram raras em todas as profundidades. A ACD indicou que Glomus viscosum, Acaulospora scrobiculata, Acaulospora mellea e Scutellospora heterogama foram as espécies que mais contribuíram para distinguir as áreas e a RDA mostrou que dentre os atributos do solo, o pH, H+Al, carbono do solo, glomalina, umidade, microporosidade e densidade foram os que mais influenciaram a diversidade de FMA. A umidade, densidade e glomalina correlacionaram positivamente com o número de esporos, já o nitrato do solo apresentou uma correlação negativa. / Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are very important for the recuperation of degraded land, because they enable better absorption of mineral nutrients by plants and favor the development of tree species used in revegetation.However, for greater efficiency of mycorrhizae the environmental conditions must be favorable, because the occurrence and diversity of these fungi are greatly influenced by several factors such as chemical, physical and microbiological soil attributes. Different soil depths should be considered for a more detailed survey. Chemical, physical and microbiological evaluations, including the soil glomalin content and the diversity of AMF at different depths (0-15 cm, 15-30 cm and 30-45 cm) were performed. The areas selected for study were: native forest (NT) and a gradient of environmental restoration and reforestation: five years (R05), 10 years (R10) and 20 (R20), all located in the Atlantic forest, State of Sao Paulo, Brazil. The samples of soil and roots were taken in two periods: January (rainy) and June (dry season). Root colonization was assessed at three sites as follows: (A) at the base of the tree trunk, (B) 1m away from the trunk, and (C) seedlings growing around the adult trees. Spores were identified and the relative abundance and richness indices (R), Shannons diversity (H) and Simpsons dominance index (Is) of AMF were calculated. The data were analyzed using ANOVA, the t test, canonical discriminant analysis (CDA) and redundancy analysis (RDA). The root colonization was higher for areas with more advanced stages of recovery, in roots collected at point C and during the dry season. The density of spores in the rainy season was higher in R05 at all depths, while in the dry season the density of spores was higher for R05 only at 0-15 cm, and from 15 cm downwards a higher density of spores was observed for NT and R10.Considering the two periods and the four areas studied, we identified 23 AMF species, and the genera Glomus and Acaulospora were the most frequent. A higher richness (R) and diversity index (H) of species was found in the area NT. Not always the greatest diversity was found in the superficial layers. Species of Acaulospora (Ac. scrobiculata and Ac. mellea), Glomus (Glomus sp2. and G. viscosum) were always abundant at all depths, while the species of the genera Gigaspora, Ambispora and Racocetra were rare at all depths. The CDA indicated that Glomus viscosum, Acaulospora scrobiculata, Acaulospora mellea and Scutellospora heterogama were the species that contributed most to distinguishing the areas and the RDA showed that among the soil characteristics, pH, H + Al, soil carbon, glomalin, humidity, microporosity and density were the attributes that most influenced the diversity of AMF. Moisture, density and glomalin were positively correlated with the number of spores, however, the soil nitrate showed a negative correlation.