Made available in DSpace on 2016-06-02T18:57:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2332.pdf: 18980729 bytes, checksum: 5eb52fa99d99debab782fe4508aec9de (MD5) Previous issue date: 2008-12-12 / Financiadora de Estudos e Projetos / Soil quality evaluation is an important strategy, as it allows producers to focus agriculture techniques to constantly develop and maintain adequate, selfsustainable productions equilibrium. This study evaluated rural activities environmental impact by the system APOIA-NovoRural, as well as the influence of different sugarcane production systems on soil quality through physical, chemical and biochemical indicators. Six sugarcane aguardente production establishments were selected in Piracicaba, Socorro, Jaguariúna, Holambra e Ribeirão Preto, in the state of São Paulo, Brazil. In each property two treatments were studied, sugarcane cultivated soil under organic or conventional system and, soil under native forest, taken as basal reference. The APOIA-NovoRural indicated better environmental performance on the organic than conventional system, emphasizing the establishments landscape ecology and administration. Most indicators pointed out better soil conservation contribution by organic system. Among them, aggregate stability (Ea), organic matter (MO), dehydrogenase (Des), polysaccharides (Poli) and microbial biomass (Bm) can be used as system sustainable indicators. Isolated values don t work as reliable and accurate indicators for soil conditions, however, when evaluated together through Principal Components Analysis (PCA), they are able to show the alterations occurring in the environment due to the different handling of the soil. Thus, the selected attributes can provide subsidy to a correct land use. / A avaliação da qualidade do solo é uma importante estratégia, pois permite aos produtores direcionar técnicas agrícolas para melhorias constantes visando estabelecer e manter produtividades adequadas ao equilíbrio de um sistema auto-sustentável. Este trabalho avaliou o impacto ambiental das atividades rurais através do sistema APOIA-NovoRural, bem como a influência de diferentes sistemas de produção de cana-de-açúcar na qualidade do solo, através de atributos físicos, químicos e bioquímicos. Foram estudadas seis propriedades de cultivo de cana-de-açúcar para produção de cachaça, nos municípios de Piracicaba, Socorro, Jaguariúna, Holambra e Ribeirão Preto, no Estado de São Paulo. Em cada propriedade estudaram-se dois tratamentos, solo cultivado com cana-de-açúcar sob sistema orgânico ou convencional e, solo sob mata nativa, tomado como referência. O APOIA-NovoRural indicou melhor desempenho ambiental no sistema orgânico em relação ao convencional, destacando-se as características da ecologia da paisagem e gestão e administração das propriedades. A maioria dos atributos indicou que o manejo realizado nas áreas sob cultivo orgânico contribuiu para a manutenção da qualidade do solo. Entre eles os parâmetros estabilidade de agregados (Ea), matéria orgânica (MO), desidrogenase (Des), polissacarídeo (Poli) e biomassa microbiana (Bm) destacaram-se como sensíveis para indicar modificações no ecossistema. Os valores isolados não serviram como indicadores precisos e confiáveis das condições do solo. No entanto, quando avaliados em conjunto, via Análise de Componentes Principais (ACP), mostraram-se sensíveis para captar as alterações ocorridas no ambiente devido às diferentes formas de uso do solo. Assim, os atributos selecionados podem fornecer subsídios para o planejamento do uso correto da terra.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:02:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2372.pdf: 3456814 bytes, checksum: 7894f1e8062bb948621e2d222d01e3b0 (MD5) Previous issue date: 2008-11-06 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Molecular Evolution of the living organisms is a slow process that occurs over the years producing mutations and recombinations at the genetic material, i.e. at the DNA. The mutations can occur as nucleotide remotion, insertion and/or substitution at the DNA chain. The Directed Molecular Evolution is an in vitro process that tries to improve biological functions of specific molecules producing mutations at the molecule s genetic material, mimicking the natural process of evolution. Many technics that simulate in vitro molecular evolution, among them the DNA shuffling, have been used aiming to improve specific properties of a variety of commercially important products as pharmaceutical proteins, vaccines and enzymes used in industries. The original DNA shuffling methodology can be sumarized by the following steps: 1) selection of the parental sequences; 2) random fragmentation of the parental sequences by an enzyme; 3) repeated cycles of PCR (Polymerase Chain Reaction), in order to reassemble the DNA fragments produced in the previous step; 4) PCR amplification of the reassembled sequences obtained in step 3). The DNA shuffling technic success can be measured by the number of recombinat molecules found at the DNA shuffling library obtained, since these recombinant molecules potentially have improved functionalities in relation to their parent since their sequence may accumulate beneficial mutations originated from distinct parent sequences. Nowadays some few models can be found in the literature whose purpose is to suggest optimization to this process aiming the increase of the genetic diversity of the DNA shuffling library obtained. This research work presents a comparative study of four models used to predict/estimate the DNA shuffling results. In addition a computational tool for simulating the DNA shuffling proccess is proposed and implemented in an environment where other functionalities related to the analyses of the parental sequences and the resulting sequences from the DNA shuffling library is also implemented. / A Evolução Molecular dos organismos vivos é um processo lento que ocorre ao longo dos anos e diz respeito às mutações e recombinações sofridas por um determinado organismo em seu material genético, ou seja, em seu DNA. As mutações ocorrem na forma de remoções, inserções e/ou substituições de nucleotídeos ao logo da cadeia de DNA. A Evolução Molecular Direta é um processo laboratorial, ou seja, in vitro, que visa melhorar funções biológicas específicas de moléculas por meio de mutações/recombinações em seu material genético, imitando o processo natural de evolução. Diversas técnicas que simulam a evolução molecular em laboratório, entre elas a técnica de DNA shuffling, têm sido amplamente utilizadas na tentativa de melhorar determinadas propriedades de uma variedade de produtos comercialmente importantes como vacinas, enzimas industriais e substâncias de interesse famacológico. A metodologia original de DNA shuffling pode ser sumarizada pelas seguintes etapas: 1) seleção dos genes de interesse, dito parentais; 2) fragmentação enzimática dos genes; 3) ciclos de PCR (Polymerase Chain Reaction), para que ocorra a remontagem dos fragmentos; 4) amplificação das seqüências remontadas cujo tamanho é igual a dos parentais. O sucesso ou não da técnica de DNA shuffling pode ser medido pelo número de moléculas recombinantes encontradas na biblioteca de DNA shuffling obtida, uma vez que estas podem apresentar melhorias funcionais em relação aos parentais pelo fato de, possivelmente, acumularem em sua seqüência mutações benéficas presentes em parentais distintos. Atualmente podem ser encontradas na literatura algumas poucas modelagens computacionais capazes de sugerir otimizações para o processo, com vistas em aumentar a diversidade genética da biblioteca resultante. O presente trabalho apresenta um estudo comparativo de quatros modelos para predição/estimativa de resultados de experimentos de DNA shuffling encontrados na literatura bem como a proposta e implementação de uma ferramenta computacional de simulação para o processo de DNA shuffling. A ferramenta de simulação foi implementada em um ambiente que disponibiliza outras funcionalidades referentes à análise das seqüências a serem submetidas ao shuffling bem como ferramentas para análise das seqüências resultantes do processo.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2631.pdf: 1610800 bytes, checksum: 9f443d37247fb5fee135a70ec93a8142 (MD5) Previous issue date: 2008-09-29 / Financiadora de Estudos e Projetos / Immobilization and stabilization of enzymes increases their potential for use in industrial scale. D-hydantoinases (dihidropirimidina amidrohidrolase EC 3.5.2.2) catalyze the hydrolysis of D-hydantoins, generating the corresponding Ncarbamoil- D-amino acid and are used in the production of D-amino acids, including Dphenylglycine and D-p-hydroxyphenylglycine.This work reports studies for immobilization and stabilization of D-hydantoinase from Vigna angularis (E.C. 3.5.2.2.). Different strategies of multipoint covalent attachment in organic supports as chitosan and agarose were used. Different protocols of immobilization were employed, being the adittion of ions during the reduction step with the NaBH4 important to protect enzyme catalytic site. The active and stabilized derivatives were used to catalyze the hydrolysis of D-phenylhydantoin. The temperature and pH enzyme profiles showed maximum enzyme activity at 60ºC and pH 10,0. The subunits of the enzyme present molecular mass aroundt 50kDa. The enzyme immobilized in glyoxyl-agarose in the presence of Zn2+ ions during the reduction step, with immobilization time of 24h, was the best derivative, being 89-fold more stable than the soluble enzyme. The analysis of amino acids showed that a 50% of lysines residue present in the enzymes was covalently linked in glyoxyl-agarose. The enzyme immobilized in epoxy-chitosan-alginate was 20-fold more stable than the soluble enzyme. All the tested immobilization protocols led to 100% of immobilization yield. Soluble enzyme and the best glyoxyl and chitosan enzyme derivatives were used to catalyze the hydrolysis of D- phenylhydantoin , and led to the production of 99% of NCarbamoil- D-Phenylglycine after 3, 9 and 15h of reaction respectively. / A imobilização e estabilização de enzimas aumentam muito o potencial de uso industrial desses catalisadores. D-hidantoinases (dihidropirimidina amidrohidrolase EC 3.5.2.2) são enzimas que catalisam a hidrólise de hidantoínas, com abertura do anel, para o correspondente N-carbamoil-D-aminoácido e são usadas na produção de Daminoácidos, incluindo D-fenilglicina e D-p-hidroxifenilglicina. Este trabalho relata os estudos desenvolvidos para a imobilização e estabilização de D-hidantoinase de Vigna angularis (3.5.2.2.). Foram abordadas diferentes estratégias de imobilização multipontual em suportes orgânicos como quitosana e agarose. Diferentes protocolos de imobilização foram empregados, sendo adição de íons durante a redução com NaBH4 importante para proteção do centro catalítico da enzima. Os derivados ativos e estabilizados foram empregados na reação de hidrólise da fenilhidantoína. O estudo de temperatura e pH de máxima atividade da enzima foi 60°C e pH 10,0. As subunidades da enzima apresentam peso molecular, com valor próximo a 50kDa. A enzima imobilizada em glioxil-agarose na presença dos íons Zn2+ durante a etapa de redução, com tempo de imobilização de 24 h foi o derivado mais estável sendo 89 vezes mais estável que a enzima solúvel. A análise de aminoácidos mostrou que aproximadamente 50% dos resíduos de lisina presentes na enzima foram covalentemente ligados no derivado de glioxil-agarose. A enzima imobilizada em quitosana-alginato-epoxilado foi 20 vezes mais estável que a enzima solúvel. Todos os procedimentos de imobilização testados levaram a 100% de rendimento de imobilização. Enzima solúvel e os melhores derivados obtidos por imobilização em glioxil e quitosana foram usados na catálise da hidrólise de fenilhidantoína, produzindo 99% de N-Carbamoil-D-fenilglicina nos tempos de 3, 9 e 15 h, respectivamente.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseJRL.pdf: 1392593 bytes, checksum: 5fd5275d9f8fb8c97898145ec716fb40 (MD5) Previous issue date: 2003-01-01 / This study aims at proposing a hierarchical approach in order to design and choose the production costing system according to: the business strategy of the corporation; the production system; the production control system; the kind of managerial decisions that will be supported by the production costing system. The hierarchical approach we propose comprises the criteria that will be used as benchmarks in the decision making process in order to choose or design a system for production costing. Besides verifying the proposal through logical argumentation, one of the main aims is to illustrate the suitability of the proposal in case studies. The research has adopted a qualitative approach and the broad method applied is the inductive method. The kind of research developed in this project is exploratory and descriptive. In the first phase of the research, the theoretical-conceptual method was adopted; in the second phase, the case study method was chosen. Starting from the proposal of a hierarchical approach in order to project/design and choose the production costing system, and followed by analysis and description of production systems, production control systems and decision-making processes, it is expected that this research will show the interrelationship between production systems, production control systems and production costing systems. This in turn will lead to a change in the decision-making process in relation to the way in which the costing system is chosen, giving joint responsibility to production and financial functions, as well as contributing positively and effectively to the development of theory. / Este estudo tem como objetivo propor uma abordagem hierárquica para projetar e/ou escolher o Sistema de Custeio da Produção em função do foco da Estratégia de Negócios da Corporação, do Sistema de Produção, do Sistema de Controle da Produção e do tipo de Decisões Gerenciais que serão suportadas pelo Sistema de Custeio da Produção. A abordagem hierárquica proposta compreende os critérios que o tomador de decisão, aquele que irá escolher ou projetar o sistema de custeio, deve utilizar como parâmetros quando decidir por um sistema de custeio da produção. Além de verificar a proposta por meio de argumentação lógica, ainda faz parte dos objetivos principais ilustrar a adequação da proposta na forma de estudos de caso. A pesquisa adota uma abordagem qualitativa e o método mais amplo aplicado é o método indutivo. O tipo de pesquisa contemplado neste projeto é caracterizado como pesquisa exploratória e descritiva. Na primeira fase da pesquisa, foi adotado o método de procedimento teórico-conceitual; para a segunda fase, o método adotado foi o de Estudo de Caso. Espera-se, com esta pesquisa, a partir da elaboração da proposta de abordagem hierárquica para escolher um Sistema de Custeio da Produção e da análise e descrição dos Sistemas de Produção, dos Sistemas de Controle da Produção e do Processo Decisório, evidenciar a inter-relação entre o Sistema de Produção, o Sistema de Controle da Produção e o Sistema de Custeio da Produção, realizar uma mudança no processo decisório quanto à forma de escolha do sistema de custeio ao atribuir à função produção, juntamente com a função financeira, a responsabilidade pela escolha do sistema, bem como contribuir positiva e efetivamente para o desenvolvimento da teoria.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseACVS.pdf: 675186 bytes, checksum: 67b856479ec3ed479604f17e0ed475de (MD5) Previous issue date: 2003-01-01 / Financiadora de Estudos e Projetos / This work presents a study regarding the strategy adopted for the processing concentrated orange juice companies to produce in proper orchards. It is treated to analyze the vertical integration process, that it occurs from the end of 80´s and that goes to provoke several changes in the interior of the citric network. The objective established here is to discuss the strategy of the companies, searching to understand what role is performed by the land, while it assumes not only the function of asset of capital, but of liquid asset too. Considering the characteristics of the land market in Brazil, that functions without restrictions and privileges who get more financial resources, and also that the land fulfills the function of value reserve, this analyze becomes important, as that vertical integration necessarily involves the land purchase. The hypothesis raised of that the land (while liquid active) fulfill influence in the enterprise strategy, mainly because it initiates in a period of economical instability, that favors the land purchase as a safe form to apply resources. At the same time, the institutional environment is favorable and the companies strategy does not find any type of restriction, formal or informal, in what refers to the lands purchase. The citrus complex is studied through the policy networks, the enterprises actions are looked through resouce-based perspective and dynamic capability and the institutional environment is used because is considered that the system regulation is important to define his dynamics. To the long of the work it is presented information that demonstrate the crisis of the orange producers and the process of exclusion what initiated after the changes of the 90 s, and that had beginning with the strategy of the industry in produce in self orchards. In the conclusion it is evidenced the importance of the land, wich convert in companies power resource, as well as the institutional environment importance in the decision of vertical integration for the processing concentrated orange juice companies. / Este trabalho apresenta um estudo a respeito da estratégia adotada pelas empresas processadoras de suco de laranja concentrado de produzir em pomares próprios. Trata-se de analisar o processo de integração vertical que ocorre a partir do final da década de 80 e que vai provocar diversas mudanças no interior da rede citrícola. O objetivo aqui estabelecido é discutir a estratégia das empresas, buscando entender que papel é desempenhado pela terra, na medida em que ela assume a função não apenas de ativo de capital, mas também de ativo líquido. Considerando as características do mercado de terras no Brasil, que funciona sem restrições e privilegia quem detém mais recursos financeiros, e também que a terra historicamente cumpre a função de reserva de valor, esta análise se torna importante, já que a integração vertical necessariamente envolve a compra de terras. A hipótese levantada é de que a terra (enquanto ativo líquido) exerce influência na estratégia empresarial, principalmente porque esta se inicia num período de instabilidade econômica, que favorece a compra de terras como uma forma segura de aplicar recursos. Ao mesmo tempo, o ambiente institucional é propício e a estratégia das empresas não encontra nenhum tipo de restrição, formal ou informal, no que se refere à compra de terras. O complexo citrícola é estudado através da perspectiva das Redes de Poder, as ações empresariais são olhadas sob a ótica da Perspectiva Baseada em Recursos e da Capacitação Dinâmica e o Ambiente Institucional é utilizado ao se considerar que a regulação do sistema seja importante para definir sua dinâmica. Ao longo do trabalho são apresentadas informações que demonstram a crise dos produtores de laranja e o processo de exclusão que se iniciou após as mudanças da década de 90 e que tiveram início com a estratégia das indústrias de produzirem em pomares próprios. Na conclusão fica evidenciada a importância da terra, que se torna um recurso de poder para as empresas, assim como a importância do ambiente institucional na decisão da integração vertical por parte das empresas processadoras de suco de laranja concentrado.

Made available in DSpace on 2016-06-02T18:57:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2330.pdf: 2747102 bytes, checksum: 42b3374c620038a839a3f3c1d80f9df0 (MD5) Previous issue date: 2008-12-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / Lettuce (Lactuca sativa) is the most consumed vegetable in Brazil, being classified as an important food, to be a rich source of vitamins. According to the practices adopted, its cultivation can be organic or conventional. However, lettuce can be a transmitter of pathogenic microorganisms to humans, as thermotolerant coliforms and Escherichia coli, since it is in contact with these contaminants often present in soil, water, in natural inputs (poultry litter) providing their development and survival. This research aimed to assess quantitatively the presence of thermotolerant coliforms and E. coli in water for irrigation and washing water, and the not washed and washed lettuce, grown under organic and conventional systems. The samples were collected in ten farms, five under organic and five under conventional systems, located at the cities of Ibiúna, Jaguariúna, Campinas e Morungaba - SP. In the laboratory, the samples were submitted to the analysis by the technique of counting the Most Probable Number. The results show that water for irrigation was considered one of the main factors responsible for contamination of lettuce, as showed by the presence ofhigh rate of thermotolerant coliforms and E. coli, independent of the cultivation system. However, the conventional system had been showing levels of contamination by thermotolerant coliforms and E. coli in water higher thanin organic system. In lettuce, pre washing contributed to the reduction of contamination by thermotolerant coliforms and E. coli in the product; however contamination by thermotolerant coliforms was considered high in the both cultivation systems. Moreover, others practices used in the farm such as personal hygiene, the inappropriate use of compost and the presence of animals in the areas of crops are source of contamination. / A alface (Lactuca sativa) é a hortaliça folhosa mais consumida no Brasil, sendo classificada como um importante alimento para a população por ser uma rica fonte de vitaminas. Em função das práticas adotadas, o seu cultivo pode ser orgânico ou convencional. No entanto, alface pode ser um veículo transmissor de microrganismos patogênicos ao homem, como coliformes termotolerantes e Escherichia coli, uma vez que se encontra em contato com esses contaminantes presentes freqüentemente no solo, na água, nos insumos naturais (cama de frango) propiciando o desenvolvimento e a sobrevivência dos mesmos. O objetivo deste trabalho foi avaliar, quantitativamente, a presença de coliformes termotolerantes e de E.coli em água de irrigação e de pré-lavagem, assim como, o produto alface não lavada e pré-lavada, cultivada sob cultivo orgânico e convencional, em relação à recomendação da ANVISA. As coletas foram realizadas em dez propriedades, cinco de cultivo orgânico e cinco de cultivo convencional, localizadas nas cidades de Ibiúna, Jaguariúna, Campinas e Morungaba - SP. Em laboratório, as amostras foram submetidas à análise de tubos múltiplos e série bioquímica e procedeu-se a avaliação pela técnica de contagem do Número Mais Provável. Os resultados mostraram um alto índice de coliformes termotolerantes e E. coli na água de irrigação, sendo um fator importante pela contaminação da alface, independente do sistema de cultivo. Todavia, o cultivo convencional apresentou índices de contaminação por esses microrganismos na água superiores ao do cultivo orgânico. No produto alface, a pré-lavagem contribuiu para a redução da contaminação por coliformes termotolerantes e E. coli, entretanto a contaminação pelo primeiro foi mais alta em ambos os sistemas de cultivos. Além disso, outras práticas utilizadas nas propriedades como a higiene pessoal, o uso de adubos compostados inadequados e a presença de animais nas áreas de cultivo são fontes de contaminação.

Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2145.pdf: 2206472 bytes, checksum: 5295597725f34bdf5560d6cda8af7446 (MD5) Previous issue date: 2008-03-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Streptococcus pneumoniae (pneumococo) is a pathogenic bacterium that causes several infections which are aggravated by the increase of serotypes with antibiotics resistance. The development of an effective vaccine against this pathogen is crucial for the prevention of the neumococcal illnesses. Conjugated vaccines, consisting of the capsular polysaccharide joined to a carrier protein, are more efficient in the stimulation of the immunologic memory. The capsular polysaccharide (PS) is present in the capsule that involves the cell. Thus, the conjugated vaccine elaboration involves bacterial cells cultivation for its production. As the organism is cultivated in the oxygen absence, the lactate production is inevitably high, leading to growth inhibition due to lactate accumulation in the medium. To minimize the inhibitory effects of the lactate accumulation and to increase the PS production it is necessary to monitor the process and adequately control the addition of supplementary medium along with the withdrawal of saturated medium. This kind of operation can be performed by carrying out a fed-bath cultivation in a bioreactor connected to a perfusion system. The success on the monitoring, control and optimization of this bioprocess depends on the efficiency of the modeling and simulation resources employed. This research work considers the uses intelligent computational techniques, specifically the technique of heuristical search called simulated annealing (SA) combined with neural networks for the state inference and the optimization of S. pneumoniae cultivations. The proposal was implemented as a computational system that: a) uses the SA for the identification of the values for a set of parameters associated to unstructured models and; b) uses neural networks (individually and grouped as a committee) for the state inference of a culture. The work presents and discusses the results of the system for data sets experimentally obtained and highlights the importance of the proposal for achieving a higher efficiency in the culture control processes. / Streptococcus pneumoniae (pneumococo) é uma bactéria patogênica causadora de várias infecções que são agravadas pelo aumento de cepas com resistência aos antibióticos. O desenvolvimento de uma vacina efetiva contra este patógeno é crucial para a prevenção das doenças pneumocócicas. Vacinas conjugadas, constituídas pelo polissacarídeo capsular ligado a uma proteína carregadora, são mais eficientes no estímulo da memória imunológica. O polissacarídeo capsular (PS) está presente na cápsula que envolve a célula e, desta forma, a elaboração de vacinas conjugadas envolve o cultivo da bactéria para a produção do mesmo. Como o microrganismo é cultivado na ausência de oxigênio, a produção de lactato é inevitavelmente elevada e o seu acúmulo no meio provoca a inibição do crescimento. Para minimizar os efeitos inibitórios da acumulação de lactato e aumentar a produção de PS é necessário monitorar o processo e controlar adequadamente a adição de meio suplementar e a retirada de meio saturado em cultivos operados em batelada alimentada, utilizando biorreatores acoplados a sistema de perfusão. O sucesso no monitoramento, no controle e na otimização deste bioprocesso depende da utilização de recursos de modelagem e de simulação que sejam eficientes. Este trabalho de pesquisa propõe o uso de técnicas computacionais inteligentes, especificamente a técnica de busca heurística chamada de simulated annealing (SA) aliada a redes neurais, para a inferência de estado e a otimização de cultivos de S. pneumoniae. A proposta foi concretizada via desenvolvimento de um sistema computacional que: a) faz uso do SA para a identificação do conjunto de valores de parâmetros associados a modelos não estruturados e; b) usa redes neurais (individualmente e em regime de comitê) para a inferência de estado de um cultivo. O trabalho apresenta e discute os resultados do sistema em conjuntos de dados obtidos experimentalmente e evidencia a importância da proposta para uma maior eficiência no controle de processos de cultivo.