We live in the era of textit{Big Data} with significantly richer computational resources than the last two decades. The concurrence of computation resources and a large volume of data has boosted researchers' desire for developing feasible Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithms for large parameter spaces. Dirichlet Process Mixture Models (DPMMs) have become a Bayesian mainstay for modeling heterogeneous structures, namely clusters, especially when the quantity of clusters is not known with the established MCMC methods. As opposed to many ad-hoc clustering methods, using Dirichlet Processes (DPs) in models provide a flexible and probabilistic approach for automatically estimating both cluster structure and quantity. While DPs are not fully parameterized, they depend on both a base measure and a concentration parameter that can heavily impact inferences. Determining the concentration parameter is critical and essential, since it adjusts the a-priori cluster expectation, but typical approaches for specifying this parameter are rather cavalier. In this work, we propose a new method for automatically and adaptively determining this parameter, which directly calibrates distances between clusters through an explicit link function within the DP. Furthermore, we extend our method to mixture models with Nested Dirichlet Processes (NDPs) that cluster the multilevel data and depend on the specification of a vector of concentration parameters. In this work, we detail how to incorporate our method in Markov chain Monte Carlo algorithms, and illustrate our findings through a series of comparative simulation studies and applications. / Ph. D. / We live in the era of <i>Big Data</i> with significantly richer computational resources than the last two decades. The concurrence of computational resources and a large volume of data has boosted researcher’s desire to develop the efficient Markov Chain Monte Carlo (MCMC) algorithms for models such as a Dirichlet process mixture model. The Dirichlet process mixture model has become more popular for clustering analyses because it provides a flexible and generative model for automatically defining both cluster structure and quantity. However, a clustering solution inferred by the Dirichlet process mixture model is impacted by the hyperparameters called a base measure and a concentration parameter. Determining the concentration parameter is critical and essential, since it adjusts the apriori cluster expectation, but typical approaches for specifying this parameter are rather cavalier. In this work, we propose a new method for automatically and adaptively determining this parameter, which directly calibrates distances between clusters. Furthermore, we extend our method to mixture models with Nested Dirichlet Processes (NDPs) that cluster the multilevel data and depend on the specification of a vector of concentration parameters. In this work, we have simulation studies to show the performance of the developed methods and applications such as modeling the timeline for building construction data and clustering the U.S median household income data. This work has contributions: 1) the developed methods in this work are straightforward to incorporate with any type of Monte Carlo Markov Chain algorithms, 2) methods calibrate with the probability distance between clusters and maximize the information based on the observations in defined clusters when estimating the concentration parameter, and 3) the methods can be extended to any type of the extension of Dirichlet processes, for instance, hierarchical Dirichlet processes or dependent Dirichlet processes.

Em função da proximidade cada vez maior entre o cavalo e o homem, é de extrema importância ter conhecimentos das doenças que acometem os equinos, que por ventura, podem acometer seres humanos. Dentre muitas doenças, pode-se citar duas, que promovem grandes perdas econômicas aos rebanhos eqüinos, tanto no tratamento desses rebanhos, como com a morte dos mesmos, dificultando a importação e exportação de animais: a babesiose e a erliquiose (anaplasmose), que podem estar ou não associadas, acometendo um animal, concomitantemente. A presente pesquisa teve como objetivo investigar e diagnosticar doença concomitante babesiose (por Babesia equi ou Theileria equi) e Erliquiose (por Erliquia equi ou Anaplasma phagocytophilum), no estado de São Paulo, em rebanhos eqüinos, utilizando as técnicas de Nested PCR (Nested polymerase chain reaction reação em cadeia pela polimerase para diagnóstico de T. equi e A. phagocytophilum) e c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay para diagnóstico de T. equi) ou ELISA indireto (para diagnóstico de A. phagocytophilum) e comparar os resultados obtidos nas diferentes técnicas em 250 amostras de eqüino (sangue total e soro). Como resultado, obteve-se 38,4%, 46% e 36% de positividade, respectivamente, nos testes de pesquisa de hematozoário, c-ELISA e Nested PCR para Theileria equi e 0%, 3% e 0% de positividade, respectivamente, nos testes de pesquisa de hemoparasita, ELISA indireto e Nested PCR para Anaplasma phagocytophilum, não sendo observada a co-infecção de Babesiose e Anaplasmose no rebanho estudo / Due to the increasing proximity between horse and man, it is of extreme importance to understand the diseases that affect horses which by chance may affect humans. Among many diseases, babesiosis and ehrlichiosis (anaplasmosis) promote high economic losses to horses herds in consequence of costs of treatment and also death, making it difficult to import and export animals: They can or not be linked affecting an animal at the same time. This study aimed to investigate and diagnose concomitant babesiosis (Babesia equi and Theileria equi) and ehrlichiosis (for ehrlichia equipment or Anaplasma phagocytophilum) in equine herds of the state of Sao Paulo, using the techniques of Nested PCR (Nested polymerase chain reaction for the diagnosis of T. equi and A. phagocytophilum) and c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay for diagnosis of T. equi) or ELISA (for diagnosis of A. phagocytophilum). Also to compare results obtained in these different techniques in 250 samples of horse (whole blood and serum). Results showed 38.4%, 46% and 36% positivity, respectively, in tests for the detection of Theileria equi through hematozoan, c-ELISA and Nested PCR and 0%, 3% and 0% positivity, respectively, in tests for the detection of Anaplasma phagocytophilum through blood parasites, indirect ELISA and Nested PCR. It was not observed co-infection Babesiosis and anaplasmosis in the herd study

Artrite Encefalite Caprina é uma enfermidade infecciosa, multissistêmica, causada pelo vírus da Artrite Encefalite Caprina, que pertence dentre os Lentivírus de Pequenos Ruminantes. Sobre o aspecto reprodutivo na transmissão, o objetivo do presente estudo consiste em avaliar experimentalmente a transmissibilidade do lentivírus caprino em cabras e suas crias pela placenta e sêmen. Para avaliar a influência da transmissão via placentária, foram utilizadas cinco fêmeas com CAEV inseminadas artificialmente com sêmen de bode livre de CAEV. Para avaliar a influência da transmissão pelo sêmen, foram utilizadas seis fêmeas livres de CAEV inseminadas artificialmente com sêmen de bode livre de CAEV. O CAEV-Cork foi adicionado ao sêmen fresco com a finalidade de se obter título infectante com carga viral em 105 TCID50/mL. Como grupo controle, duas cabras livres de CAEV foram inseminadas artificialmente com sêmen de mesmo bode sem o inóculo viral; e outras duas cabras com CAEV inseminadas com a carga viral. As fêmeas foram monitoradas durante a gestação até 15 dias pós-parto e as crias separadas das mães foram monitoradas até 12 meses de idade, empregando-se as técnicas de IDGA, cELISA e nested-PCR. As fêmeas com CAEV apresentaram resultados positivos em IDGA (87,10%), cELISA (88,71%) e nested-PCR (25,81%). As crias apresentaram resultados negativos em ambos os testes de IDGA e cELISA, embora na técnica de nested-PCR, 7,14% das amostras apresentaram banda positiva. Das seis fêmeas livres de CAEV, quatro (66,67%) apresentaram soroconversão com 18,46% das amostras positivas ao IDGA, 49,23% das amostras positivas ao cELISA e nenhuma para nested-PCR. Anticorpos anti-CAEV foram detectados 30 dias pós IA. Quanto às crias, 5,26% e 11,28% das amostras apresentaram resultado positivo para IDGA e nested-PCR, respectivamente. Nenhuma amostra apresentou positividade para cELISA. O grupo controle livre de CAEV tiveram resultados negativos para as três técnicas, incluindo suas crias; enquanto que as fêmeas com CAEV inseminadas com o inóculo viral apresentaram 61,90% das amostras positivas para IDGA, 100% para cELISA e nenhuma amostra para nested-PCR. Suas crias obtiveram no total somente um resultado positivo para IDGA e outro para nested- PCR. A positividade encontrada em nested-PCR nas crias pode ter um significado particular de identificar animais infectados porém soronegativos, como em situações de soroconversão tardia. Entretanto, não é possível assumir a transmissão do CAEV para crias de forma insofismável, embora não é descartada a possibilidade de infecção das crias pelo sêmen e placenta com soroconversão tardia. Contudo é possível a transmissão do CAEV por IA com sêmen infectado em fêmeas livres de CAEV. A carga viral utilizada no estudo foi capaz de infectar as fêmeas. Com relação aos testes utilizados, o cELISA detectou a soroconversão mais cedo que o IDGA. A técnica de nested-PCR falhou em detectar a infecção antes da soroconversão nas fêmeas. Este estudo proporcionou maiores informações sobre a transmissão do lentivírus caprino sob o aspecto reprodutivo, com a utilização de três diferentes métodos diagnósticos. / Caprine Arthritis Encephalitis is an infectious, multisystemic disease caused by Caprine Arthritis Encephalitis virus, which belongs among the Small Ruminant Lentiviruses. Regarding the reproductive behavior in the transmission, the objective of the present study consists of experimentally evaluate the transmissibility of caprine lentivirus in goats and their offspring through the placenta and semen. To evaluate the influence of placentary transmission, five CAEV females were artificially inseminated with semen from CAEV-free buck. In order to evaluate the influence of transmission by semen, six CAEV-free females were artificially inseminated with semen from CAEV-free buck. The CAEV-Cork was added to fresh semen to obtain infecting titres for viral load of 105 TCID50/mL. As control group, two CAEV-free goats were artificially inseminated with semen from same buck without viral inoculum; and other two CAEV goats inseminated with the viral inoculum. The females were monitored during gestation until 15 days post-partum and the offspring, separated from their mothers, were monitored until 12 months old, using AGID, cELISA and nested-PCR techniques. The CAEV females presented positive results in AGID (87,10%), cELISA (88,71%) and nested-PCR (25,81%). The offspring presented negative results in both AGID and cELISA tests, however in nested-PCR technique, 7,14% of samples presented positive band. From the six CAEV-free females, four (66,67%) seroconverted with 18,46% positive samples at AGID, 49,23% at cELISA and none at nested-PCR. Anti-CAEV antibodies were detected 30 days after AI. Regarding to their offspring, 5,26% and 11,28% of samples presented positive results at AGID and nested-PCR, respectively. No sample was positive at cELISA. The CAEV-free females from control group had negative results at the three techniques, including their offspring; while the CAEV females inseminated with the viral inoculum have shown 61,90% of positive samples at AGID, 100% at cELISA and none at nested-PCR. Their offspring have only one sample positive at AGID and another at nested-PCR. The positivity found in offspring at nested-PCR may have a particular meaning in identify infected but seronegative animals, as in late seroconversion situations. However it is not possible to assume the CAEV transmission to offspring indisputably, though is not discarded the possibility of infection through semen and placenta in offspring with delayed seroconversion. Nevertheless it is possible the CAEV transmission by AI with infected semen in CAEV-free females. The viral load used in the present study was able to infect the females. Regarding the tests used, the cELISA detected seroconversion earlier than the AGID. The nested-PCR technique failed in detecting the infection before seroconversion in females. This study provided more information about the caprine lentivirus transmission concerning the reproductive aspect, using three different diagnostic methods.

O presente trabalho descreve o desenvolvimento de uma técnica de nested-PCR para a detecção de ADN do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) utilizando primers que amplificam uma região do gene que codifica a glicoproteína E viral. A técnica padronizada amplificou amostras isoladas e de campo, mostrando alta sensibilidade e especificidade tomando o isolamento em ovos embrionados SPF como técnica de referência. O seqüenciamento de uma amostra positiva por nested-PCR confirmou a identidade do produto amplificado. Foram submetidas a nested-PCR padronizada amostras de traquéia, pulmão e conjuntiva de 51 granjas de poedeiras comerciais procedentes da região de Bastos, Estado de São Paulo, que apresentou um surto caracterizado por sinais respiratórios, queda na produção de ovos e aumento da mortalidade. Vinte e três granjas foram positivas a nested-PCR e vinte e duas amostras foram isoladas. Considerando os resultados das duas técnicas, vinte e quatro granjas resultaram positivas. Não foram detectados os vírus das doenças de Newcastle, pneumovirose aviaria, nem Mycoplasma gallisepticum. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas foi detectado em uma granja, e Mycoplasma synoviae em oito. A alta freqüência de ocorrência do VLTI, a alta concordância entre o quadro clínico observado e detecção do VLTI e o resultados do diagnóstico diferencial demonstram que o VLTI foi o agente etiológico causador de um surto de doença respiratória observado na região de Bastos, Estado de São Paulo. / The present work describes the development of a nested-PCR technique for the detection of Infectious laryngotracheitis virus (ILTV) DNA using primers to amplify a region that encodes the glycoprotein E. The standardized technique amplified isolated and from clinical strains, offering high sensitivity and specificity, using the isolation in SPF chicken embryos such as reference test. The identity of the amplified product of the nested-PCR was confirmed by DNA sequencing. Trachea, lung and conjunctiva samples from fifty-one commercial layer farms from Bastos region, São Paulo State, which showed an outbreak characterized by respiratory signs, decreased egg production and increased mortality, were tested by the standardized nested-PCR. Twenty-three farms were positive by nested-PCR and samples of twenty-two farms were isolated. Twenty-four farms were positives when the results of both techniques were considered. Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Mycoplasma gallisepticum were not detected. Infectious bronchitis virus was detected in one farm and Mycoplasma synoviae was detected in eight farms. The high frequency of occurrence of ILTV, the high agreement between clinical signs observed and ILTV detection and the results of differential diagnosis demonstrate that ILTV was the etiological agent of an outbreak respiratory disease observed in Bastos region, São Paulo State.

Made available in DSpace on 2016-08-19T18:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO Lisandra Rocha Vidotti.pdf: 838582 bytes, checksum: 45de3f3ca6ccb3eb1c1e83766e212116 (MD5) Previous issue date: 2012-07-03 / FUNDAÇÃO SOUSÂNDRADE DE APOIO AO DESENVOLVIMENTO DA UFMA / Background: Human Pappilomavirus infection is one of the most common sexually transmitted disease, and can be found at various anatomical sites, such as the anogenital tract, skin, larynx, conjunctiva, tracheobronchial mucosa, esophagus and oral cavity. The path of HPV transmission to the oral cavity is not completely understood, and so many studies are being undertaken aiming to clarify if the genital infection by the virus may be a predisposing factor. Methodology: This is a cross-sectional cohort study. The sample consisted of women attending in ambulatory of the Centro de Pesquisas Clínicas-CEPEC / HUUFMA. After signing the TCLE, all patients answered a questionnaire about social information, medical history, smoking habits, alcohol consumption and sexual behavior and were also subjected to collection of cellular material from the oral cavity and genital area for research of Desoxirribonucleic Acid by polymerase chain reaction technique (PCR). Results And Conclusions: The prevalence of human papillomavirus in the oral cavity was higher in women with genital HPV. With a significant association between the presence of oral HPV DNA and genital HPV DNA: The practice of oral sex, smoking and drinking were not related to the presence of HPV DNA in the oral cavity. / Introdução: A infecção pelo Vírus do Papiloma Humano (HPV) é uma das doenças sexualmente transmissíveis mais prevalentes no mundo, e pode ser encontrada em vários sítios anatômicos, como trato anogenital, pele, laringe, conjuntiva, mucosa traqueobrônquica, esôfago e cavidade oral. A via de transmissão do HPV para a cavidade oral ainda não está completamente compreendida, e por isso, diversas pesquisas, estão sendo realizadas objetivando esclarecer se a infecção genital por este vírus pode ser um fator predisponente. Metodologia: Trata-se de um estudo de coorte transversal: A amostra foi constituída por mulheres atendidas no Ambulatório de Ginecologia do Centro de Pesquisa Clínica do Hospital Universitário da UFMA (CEPEC/HUUFMA). Após assinarem o Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE), todas as pacientes responderam um questionário sobre informações sociais, história médica, hábitos de tabagismo, consumo alcóolico e comportamento sexual e também foram submetidas a coleta de material celular da cavidade oral e da região genital para pesquisa do ácido desoxirribonucleico (DNA) do HPV pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Resultados e Conclusões: A prevalência do HPV na cavidade oral foi maior nas portadoras de HPV nos genitais, com associação significativa entre a presença do DNA-HPV oral com o DNA-HPV genital: A prática de sexo oral, o tabagismo e o etilismo não estiveram relacionados à presença do DNA-HPV na cavidade oral.

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-11-07T11:43:17Z No. of bitstreams: 1 2011 - Luciana de Lima Bezerra.pdf: 823571 bytes, checksum: aeff9177e7ee978c9b6138f66f82aacc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-07T11:43:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011 - Luciana de Lima Bezerra.pdf: 823571 bytes, checksum: aeff9177e7ee978c9b6138f66f82aacc (MD5) Previous issue date: 2011-02-10 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior, CAPES, Brasil. / This study aimed to evaluate the influence of babesiosis in embryo recovery rates, early pregnancy and embryonic loss. The project was carried out in a Central Commercial Embryo Transfer, located in the city of Itaguai, and two farms in the county of Serop?dica-RJ, using animals from the same breed (Mangalarga Marchador). The 13 donors and 40 recipients used in this experiment were positive for Theileria equi confirmed by nested-PCR method . Two embryo collections were performed in donor mares in two consecutive estrous cycles (GID), in sequence these same animals were treated with imidocarb dipropionate (1.2 mg / kg IM.) in order to conduct two more embryo collections in two estrous cycles (GIId). The embryo recipients were divided into two groups of 20 animals each, where one was the control group (IRG), and the other group was treated (GIIr) with 1.2 mg / kg IM imidocarb dipropionate, with the aim of evaluating pregnancy rate at 15, 30, 45 and 60 days. The embryo donors mares had normal erythrocyte before and after treatment with imidocarb dipropionate. ConcerningWBC, the embryo donors showed a decrease in the count of total leukocytes and neutrophils after treatment and a slight increase of lymphocytes and monocytes after treatment. The embryo recipients showed normal erythrocyte and leukocyte counts before and after the treatment with imidocarb dipropionate. After 52 embryo collections performed, embryo recovery rate was 53.84% (14/26) and 65.38% (17/26) ( p> 0,05) for GID and GIId respectively. The pregnancy rate was 70% (14/20) ( p> 0,05) at 15, 30, 45 and 60 days in the Gir and the GIIr was 85% (17/20) ( p> 0,05) at 15 days, 80% (16/20) ( p> 0,05) at 30 , 45 and 60 days. Treatment with imidocarb dipropionate did not improve significantly the reproductive efficiency in an ET program. / Este estudo teve por objetivo avaliar a influ?ncia da babesiose nas taxas de recupera??o embrion?ria, gesta??o e perda embrion?ria precoce. O projeto foi realizado em uma Central Comercial de Transfer?ncia de Embri?o, situado no Munic?pio de Itagua?, e em dois haras no munic?pio de Serop?dica- RJ. Foram utilizadas 13 doadoras e 40 receptoras de embri?o da ra?a Mangalarga Marchador, positivas para Theileria equi atrav?s do m?todo de nested-PCR. Nas ?guas doadoras foram realizados duas coletas de embri?es em dois ciclo estrais consecutivos (GId), em sequ?ncia, esses mesmos animais foram tratados com dipropionato de imidocarb (1,2 mg/kg IM.) para realiza??o de mais duas coletas de embri?es em dois ciclos estrais (GIId). As receptoras de embri?o foram divididas em dois grupos de 20 animais cada, onde um grupo foi o controle (GIr) e, o outro grupo, foi tratado (GIIr) com 1,2 mg/ Kg IM de dipropionato de imidocarb, com intuito de avaliar a taxa de gesta??o aos 15, 30, 45 e 60 dias. As ?guas doadoras apresentaram eritrograma normal antes e ap?s o tratamento com dipropionato de imidocarb, e em rela??o ao leucograma, apresentaram diminui??o na contagem de leuc?citos e neutr?filos totais e discreto aumento de linf?citos e mon?citos somente ap?s o tratamento. As receptoras apresentaram eritrograma e leucograma normal antes e ap?s o tratamento com dipropionato de imidocarb. Ap?s a realiza??o de 52 coletas de embri?o, a taxa de recupera??o embrion?ria foi 53,84% (14/26) e 65,38% (17/26) (p> 0,05) para GId e GIId respectivamente. A taxa de gesta??o foi de 70% (14/20) (p> 0,05) aos 15, 30, 45 e 60 dias no grupo GIr e para o GIIr foi 85% (17/20) (p> 0,05) aos 15 dias, 80% (16/20) (p>0,05) aos 30, 45 e 60 dias. O tratamento com dipropionato de imidocarb na forma como foi realizado n?o promoveu melhora significativa na efici?ncia reprodutiva em um programa de TE.

O presente trabalho descreve o desenvolvimento de uma técnica de nested-PCR para a detecção de ADN do vírus da laringotraqueíte infecciosa (VLTI) utilizando primers que amplificam uma região do gene que codifica a glicoproteína E viral. A técnica padronizada amplificou amostras isoladas e de campo, mostrando alta sensibilidade e especificidade tomando o isolamento em ovos embrionados SPF como técnica de referência. O seqüenciamento de uma amostra positiva por nested-PCR confirmou a identidade do produto amplificado. Foram submetidas a nested-PCR padronizada amostras de traquéia, pulmão e conjuntiva de 51 granjas de poedeiras comerciais procedentes da região de Bastos, Estado de São Paulo, que apresentou um surto caracterizado por sinais respiratórios, queda na produção de ovos e aumento da mortalidade. Vinte e três granjas foram positivas a nested-PCR e vinte e duas amostras foram isoladas. Considerando os resultados das duas técnicas, vinte e quatro granjas resultaram positivas. Não foram detectados os vírus das doenças de Newcastle, pneumovirose aviaria, nem Mycoplasma gallisepticum. O vírus da bronquite infecciosa das galinhas foi detectado em uma granja, e Mycoplasma synoviae em oito. A alta freqüência de ocorrência do VLTI, a alta concordância entre o quadro clínico observado e detecção do VLTI e o resultados do diagnóstico diferencial demonstram que o VLTI foi o agente etiológico causador de um surto de doença respiratória observado na região de Bastos, Estado de São Paulo. / The present work describes the development of a nested-PCR technique for the detection of Infectious laryngotracheitis virus (ILTV) DNA using primers to amplify a region that encodes the glycoprotein E. The standardized technique amplified isolated and from clinical strains, offering high sensitivity and specificity, using the isolation in SPF chicken embryos such as reference test. The identity of the amplified product of the nested-PCR was confirmed by DNA sequencing. Trachea, lung and conjunctiva samples from fifty-one commercial layer farms from Bastos region, São Paulo State, which showed an outbreak characterized by respiratory signs, decreased egg production and increased mortality, were tested by the standardized nested-PCR. Twenty-three farms were positive by nested-PCR and samples of twenty-two farms were isolated. Twenty-four farms were positives when the results of both techniques were considered. Newcastle disease virus, Avian Pneumovirus and Mycoplasma gallisepticum were not detected. Infectious bronchitis virus was detected in one farm and Mycoplasma synoviae was detected in eight farms. The high frequency of occurrence of ILTV, the high agreement between clinical signs observed and ILTV detection and the results of differential diagnosis demonstrate that ILTV was the etiological agent of an outbreak respiratory disease observed in Bastos region, São Paulo State.

Artrite Encefalite Caprina é uma enfermidade infecciosa, multissistêmica, causada pelo vírus da Artrite Encefalite Caprina, que pertence dentre os Lentivírus de Pequenos Ruminantes. Sobre o aspecto reprodutivo na transmissão, o objetivo do presente estudo consiste em avaliar experimentalmente a transmissibilidade do lentivírus caprino em cabras e suas crias pela placenta e sêmen. Para avaliar a influência da transmissão via placentária, foram utilizadas cinco fêmeas com CAEV inseminadas artificialmente com sêmen de bode livre de CAEV. Para avaliar a influência da transmissão pelo sêmen, foram utilizadas seis fêmeas livres de CAEV inseminadas artificialmente com sêmen de bode livre de CAEV. O CAEV-Cork foi adicionado ao sêmen fresco com a finalidade de se obter título infectante com carga viral em 105 TCID50/mL. Como grupo controle, duas cabras livres de CAEV foram inseminadas artificialmente com sêmen de mesmo bode sem o inóculo viral; e outras duas cabras com CAEV inseminadas com a carga viral. As fêmeas foram monitoradas durante a gestação até 15 dias pós-parto e as crias separadas das mães foram monitoradas até 12 meses de idade, empregando-se as técnicas de IDGA, cELISA e nested-PCR. As fêmeas com CAEV apresentaram resultados positivos em IDGA (87,10%), cELISA (88,71%) e nested-PCR (25,81%). As crias apresentaram resultados negativos em ambos os testes de IDGA e cELISA, embora na técnica de nested-PCR, 7,14% das amostras apresentaram banda positiva. Das seis fêmeas livres de CAEV, quatro (66,67%) apresentaram soroconversão com 18,46% das amostras positivas ao IDGA, 49,23% das amostras positivas ao cELISA e nenhuma para nested-PCR. Anticorpos anti-CAEV foram detectados 30 dias pós IA. Quanto às crias, 5,26% e 11,28% das amostras apresentaram resultado positivo para IDGA e nested-PCR, respectivamente. Nenhuma amostra apresentou positividade para cELISA. O grupo controle livre de CAEV tiveram resultados negativos para as três técnicas, incluindo suas crias; enquanto que as fêmeas com CAEV inseminadas com o inóculo viral apresentaram 61,90% das amostras positivas para IDGA, 100% para cELISA e nenhuma amostra para nested-PCR. Suas crias obtiveram no total somente um resultado positivo para IDGA e outro para nested- PCR. A positividade encontrada em nested-PCR nas crias pode ter um significado particular de identificar animais infectados porém soronegativos, como em situações de soroconversão tardia. Entretanto, não é possível assumir a transmissão do CAEV para crias de forma insofismável, embora não é descartada a possibilidade de infecção das crias pelo sêmen e placenta com soroconversão tardia. Contudo é possível a transmissão do CAEV por IA com sêmen infectado em fêmeas livres de CAEV. A carga viral utilizada no estudo foi capaz de infectar as fêmeas. Com relação aos testes utilizados, o cELISA detectou a soroconversão mais cedo que o IDGA. A técnica de nested-PCR falhou em detectar a infecção antes da soroconversão nas fêmeas. Este estudo proporcionou maiores informações sobre a transmissão do lentivírus caprino sob o aspecto reprodutivo, com a utilização de três diferentes métodos diagnósticos. / Caprine Arthritis Encephalitis is an infectious, multisystemic disease caused by Caprine Arthritis Encephalitis virus, which belongs among the Small Ruminant Lentiviruses. Regarding the reproductive behavior in the transmission, the objective of the present study consists of experimentally evaluate the transmissibility of caprine lentivirus in goats and their offspring through the placenta and semen. To evaluate the influence of placentary transmission, five CAEV females were artificially inseminated with semen from CAEV-free buck. In order to evaluate the influence of transmission by semen, six CAEV-free females were artificially inseminated with semen from CAEV-free buck. The CAEV-Cork was added to fresh semen to obtain infecting titres for viral load of 105 TCID50/mL. As control group, two CAEV-free goats were artificially inseminated with semen from same buck without viral inoculum; and other two CAEV goats inseminated with the viral inoculum. The females were monitored during gestation until 15 days post-partum and the offspring, separated from their mothers, were monitored until 12 months old, using AGID, cELISA and nested-PCR techniques. The CAEV females presented positive results in AGID (87,10%), cELISA (88,71%) and nested-PCR (25,81%). The offspring presented negative results in both AGID and cELISA tests, however in nested-PCR technique, 7,14% of samples presented positive band. From the six CAEV-free females, four (66,67%) seroconverted with 18,46% positive samples at AGID, 49,23% at cELISA and none at nested-PCR. Anti-CAEV antibodies were detected 30 days after AI. Regarding to their offspring, 5,26% and 11,28% of samples presented positive results at AGID and nested-PCR, respectively. No sample was positive at cELISA. The CAEV-free females from control group had negative results at the three techniques, including their offspring; while the CAEV females inseminated with the viral inoculum have shown 61,90% of positive samples at AGID, 100% at cELISA and none at nested-PCR. Their offspring have only one sample positive at AGID and another at nested-PCR. The positivity found in offspring at nested-PCR may have a particular meaning in identify infected but seronegative animals, as in late seroconversion situations. However it is not possible to assume the CAEV transmission to offspring indisputably, though is not discarded the possibility of infection through semen and placenta in offspring with delayed seroconversion. Nevertheless it is possible the CAEV transmission by AI with infected semen in CAEV-free females. The viral load used in the present study was able to infect the females. Regarding the tests used, the cELISA detected seroconversion earlier than the AGID. The nested-PCR technique failed in detecting the infection before seroconversion in females. This study provided more information about the caprine lentivirus transmission concerning the reproductive aspect, using three different diagnostic methods.

Em função da proximidade cada vez maior entre o cavalo e o homem, é de extrema importância ter conhecimentos das doenças que acometem os equinos, que por ventura, podem acometer seres humanos. Dentre muitas doenças, pode-se citar duas, que promovem grandes perdas econômicas aos rebanhos eqüinos, tanto no tratamento desses rebanhos, como com a morte dos mesmos, dificultando a importação e exportação de animais: a babesiose e a erliquiose (anaplasmose), que podem estar ou não associadas, acometendo um animal, concomitantemente. A presente pesquisa teve como objetivo investigar e diagnosticar doença concomitante babesiose (por Babesia equi ou Theileria equi) e Erliquiose (por Erliquia equi ou Anaplasma phagocytophilum), no estado de São Paulo, em rebanhos eqüinos, utilizando as técnicas de Nested PCR (Nested polymerase chain reaction reação em cadeia pela polimerase para diagnóstico de T. equi e A. phagocytophilum) e c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay para diagnóstico de T. equi) ou ELISA indireto (para diagnóstico de A. phagocytophilum) e comparar os resultados obtidos nas diferentes técnicas em 250 amostras de eqüino (sangue total e soro). Como resultado, obteve-se 38,4%, 46% e 36% de positividade, respectivamente, nos testes de pesquisa de hematozoário, c-ELISA e Nested PCR para Theileria equi e 0%, 3% e 0% de positividade, respectivamente, nos testes de pesquisa de hemoparasita, ELISA indireto e Nested PCR para Anaplasma phagocytophilum, não sendo observada a co-infecção de Babesiose e Anaplasmose no rebanho estudo / Due to the increasing proximity between horse and man, it is of extreme importance to understand the diseases that affect horses which by chance may affect humans. Among many diseases, babesiosis and ehrlichiosis (anaplasmosis) promote high economic losses to horses herds in consequence of costs of treatment and also death, making it difficult to import and export animals: They can or not be linked affecting an animal at the same time. This study aimed to investigate and diagnose concomitant babesiosis (Babesia equi and Theileria equi) and ehrlichiosis (for ehrlichia equipment or Anaplasma phagocytophilum) in equine herds of the state of Sao Paulo, using the techniques of Nested PCR (Nested polymerase chain reaction for the diagnosis of T. equi and A. phagocytophilum) and c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay for diagnosis of T. equi) or ELISA (for diagnosis of A. phagocytophilum). Also to compare results obtained in these different techniques in 250 samples of horse (whole blood and serum). Results showed 38.4%, 46% and 36% positivity, respectively, in tests for the detection of Theileria equi through hematozoan, c-ELISA and Nested PCR and 0%, 3% and 0% positivity, respectively, in tests for the detection of Anaplasma phagocytophilum through blood parasites, indirect ELISA and Nested PCR. It was not observed co-infection Babesiosis and anaplasmosis in the herd study

Les travaux de cette thèse s’inscrivent dans le domaine des systèmes complexes et s’intéressent plus particulièrement à l’exécution efficace et reproductible de simulations multi-agents de grande taille dans un contexte parallèle et distribué de haute performance de type cluster (HPC). Dans ce contexte, nous nous intéressons plus particulièrement à la conception des modèles pour faciliter leur distribution, à la synchronisation des composants distribués et à la communication entre agents. La première contribution de cette thèse est la comparaison qualitative et quantitative des principales plateformes multi-agents parallèles et distribués qui ciblent les simulations à large échelle dans un environnement haute performance.Ce travail a permis d’identifier les limites ou manques des plateformes existantes, majoritairement la communication entre les agents, la synchronisation ainsi que la distribution de la charge peu flexible. Pour offrir plus de flexibilité à la distribution des simulations, nous proposons un formalisme de modélisation à base de graphes imbriqués qui nous permet de tirer parti de librairies performantes pour décomposer et distribuer les simulations. Nous avons ensuite effectué une étude sur l’impact de la synchronisation dans les PDMAS, en proposant trois politiques de synchronisation différentes afin de fournir aux modélisateurs un niveau de résolution adapté aux différents problèmes de synchronisation. Pour finir, nous définissons un schéma de communication entre toutes les entités qui composent une simulation indépendamment du processus sur lequel les entités s’exécutent. Ces propositions sont réunies au sein d’une plateforme multi-agents parallèle appelée FractalPMAS. Cette plateforme est une preuve de concept qui nous a permis de mettre en œuvre nos différentes contributions afin d’observer et de comparer les comportements de nos algorithmes. Pour valider ce travail trois modèles agents reconnus, le modèle proie-prédateur, le modèle Flocking et un modèle de contamination, ont été utilisés. Nous avons réalisé des simulations utilisant jusqu’à 512 cœurs et les résultats obtenus, en termes de performances et d’extensibilité, s’avèrent prometteurs. / Contributions of this PHD take place on computer science research on complex systems, specifically in efficient andreproducible execution of large multi-agent simulations in a parallel and distributed high performance cluster type of context(HPC) systems. We are particularly interested in the design of models to facilitate their distribution, synchronization ofdistributed components and communication between agents. In this context, we are particularly interested in the designof models to facilitate their distribution, synchronization of distributed components and communication between agents.The first contribution of this thesis is the qualitative and quantitative comparison of the main parallel and distributedmulti-agent platforms targeting large scale simulations in a high performance environment. This work identified limitationsof existing platforms, mainly communication between agents, synchronization and the distribution of the load which isinflexible. To offer more flexibility in the distribution of simulations, we propose a modeling formalism based nested graphsallowing us to decompose and distributed simulations using powerful libraries. We then conducted a study on the impactof synchronization in PDMAS, proposing three different synchronization policies to provide modelers a level of resolutionadapted to the various synchronization problems. Finally, we define a communication schema between all entities thatmake up a simulation regardless of the process on which entities are running.These contributions are combined in a parallel multi-agent platform called FractalPMAS. This platform is a proof of conceptand allowed us to implement our different contributions to observe and compare the behavior of our algorithms. To validatethis work three recognized agents model, the predator-prey model, the Flocking model and contamination model wereused. We performed simulations using up to 512 cores and the results obtained, in terms of performance and scalabilityare promising.