Le nombre de nouvelles espèces bactériennes identifiées augmente constamment. L'un des facteurs les plus importants de cette situation est l'approche culturomique. Par conséquent, la nécessité de classifier et de décrire taxonomiquement ces microorganismes pour comprendre leur évolution, leurs caractéristiques et leurs relations avec d'autres organismes vivants a émergé. À ce jour, plus de 170000 génomes bactériens sont disponibles. Face à cette situation, la taxonomie bactérienne ne peut être éloignée des informations fournies par le génome entier. La stratégie taxonogénomique a été élaborée dans notre laboratoire pour inclure les séquences du génome dans le schéma taxonomique. Cette nouvelle stratégie consiste en la combinaison de diverses données phénotypiques, et l'analyse génomique et la comparaison, aboutissant à une description rationnelle et complète de nouveaux taxons bactériens. Un deuxième aspect de notre travail de thèse a été l'analyse pangénomique de Coxiella burnetii. Profitant de la disponibilité de 75 génomes de C. burnetii, nous avons montré que ce pangénome est ouvert, ce qui s’oppose à ceux des autres bactéries intracellulaires. Aucun contenu génique spécifique à une maladie, ou à un géovar spécifique n'a pu être identifié. En revanche, l'analyse phylogénétique basée sur le core génome correspondait à celle obtenue à partir du typage. Ainsi, nous démontrons ici que le séquençage du génome peut être bien adapté à la description officielle ainsi que l'analyse pangénomique des bactéries associées à l'homme, et permettre de répondre à de nombreuses questions microbiologiques telles que l'évolution, la résistance aux antibiotiques et la pathogénicité. / The number of new identified bacterial species is constantly increasing. One of the most important contributors to this situation is the microbial culturomics approach. Consequently, the need to classify and taxonomically describe those microorganisms to understand their evolution, characteristics and relationships with other living organisms has emerged. To date, more than 170000 bacterial genomes are available. Facing this situation, bacterial taxonomy cannot be disconnected from the information provided from the whole genome. The taxono-genomics strategy was elaborated in our laboratory to include genome sequences in the taxonomic scheme. This new strategy consists in the combination of various phenotypic data and genomic analysis and comparison, resulting in a rational and comprehensive description of new bacterial taxa. A second aspect of our thesis work was the pangenomic analysis of Coxiella burnetii. Taking advantage of the availability of 75 C. burnetii genomes, we showed that this pangenome is open, which contrasts with those of other intracellular bacteria. No disease-specific, or geovar-specific gene content could be identified. In contrast, the core gene-based phylogenetic analysis matched that obtained from multi-spacer typing. Thus, we herein demonstrate that genome sequencing may, among its many applications, be well suited for the official description as well as pangenome analysis of human-associated bacteria, including pathogens, and may allow addressing many microbiological questions, such as evolution, outbreaks, antibiotic resistance, and pathogenicity.

A família Theridiosomatidae é atualmente composta por 19 gêneros e 124 espécies. Sua distribuição é cosmotropical, sendo os gêneros Naatlo Coddington, Chthonos Coddington, Plato Coddington, Epilineutes Coddington e Cuacuba Prete, Cizauskas & Brescovit restritos à região neotropical. A família pertence ao clado Araneoidea e compreende aranhas de pequeno porte, que apresentam fendas nas margens prolaterais anteriores do esterno; tricobótrio dorsal da tíbia IV 2-4 vezes maior que o diâmentro da tíbia; palpos dos machos com escleritos justapostos e reservatório com rota muito sinuosa; e epígino das fêmeas com espermatecas congênitas. A subfamília Platoninae compreende os gêneros Plato e Chthonos, e é reconhecida por apresentar o palpo dos machos com paracímbio com lobo em forma de \"T\"; címbio pontiagudo; alvéolo pontuado na margem; apófise média com uma longa e recurva ponta; e condutor com apófise. Plato inclui nove espécies e distingue-se dos demais gêneros pelas ootecas fixadas por um único e longo fio; pelo palpo dos machos com entalhe na área distal ou mesal da margem do címbio e apófise ventral forte e curvada no condutor. Neste trabalho apresentamos a revisão taxonômica e análise cladística do gênero Plato. As nove espécies conhecidas são redescritas e ilustradas e mapas com sua distribuição atualizada são apresentados. O macho de Plato bicolor (Keyserling, 1886) é descrito pela primeira vez e três espécies novas são descritas: Plato sp.n. 1 (♂ ♀), Plato sp.n. 2. (♀) e Plato sp.n. 3 (♂ ♀). A análise cladística com pesagem implícita e índice de concavidade K=7, incluindo todas as 12 espécies, recuperou o gênero como monofilético / The family Theridiosomatidae currently comprises 19 genera and 124 species. Its distribution is Cosmotropical, with the genera Naatlo Coddington, Chthonos Coddington, Plato Coddington, Epilineutes Coddington and Cuacuba Prete, Cizauskas & Brescovit restricted to the Neotropical region. The family belongs to the Araneoidea clade and comprises small spiders, with grooves on the anterior prolateral margins of the sternum; dorsal tricobothria of tibia IV 2-4 times longer than the tibia diameter; male palps with juxtaposed sclerites and sinuous sperm duct; and female epigyne with connate spermathecae. The subfamily Platoninae comprises the genus Plato and Chthonos, and is recognized by the male palps with a paracymbium bearing a T-shaped lobe; pointed cymbium; alveolus with punctate margins; median apophysis with long, recurved tip; and conductor with apophysis. Plato currently includes nine species and is distinguished from other genera by the eggsacs being fixed by a single long silk thread; by the male palps with a groove at the distal or mesal margin of the cymbium; and conductor with strong and curved ventral apophysis. In this study, we present a taxonomic revision and a cladistic analysis of the genus Plato. The nine known species are redescribed and illustrated and maps with their updated distribution are provided. The male of Plato bicolor (Keyserling, 1886) is described for the first time and three new species are described: Plato sp.n. 1 (♂ ♀), Plato sp.n. 2 (♀) and Plato sp. n. 3 (♂ ♀). The cladistic analysis, with implied weighing and concavity index K = 7, including all 12 species, recovered the genus as monophyletic

Prodidominae foi recentemente restabelecida como subfamília de Gnaphosidae, compreendendo 315 espécies distribuídas em 32 gêneros. Neste estudo, realizamos uma análise cladística incluindo 55 espécies de Prodidominae e 32 espécies de outros gêneros de Gnaphosidae e famílias relacionadas como grupos externos. A matriz é composta por 282 caracteres morfológicos e os dados foram analisados sob o critério de parcimônia, utilizando o TNT 1.5. Prodidominae não foi recuperado como monofilético. Anagrina aparece mais relacionada com Leptodrassinae, sendo removida de Prodidominae e considerada incertae sedis. Cryptotoerithus Rainbow, Molycria Simon, Myandra Simon, Nomindra Platnick & Baher, Wesmaldra Platnick & Baher e Wydundra Platnick & Baher aparecem como um grupo monofilético, caracterizado pela presença de ALS extremamente alongada situada longe das fiandeiras posteriores, fúsulos das glândulas piriformes alongados com área retrátil e presença de um capuz apical no artículo basal. Assim, restabelecemos Molycriinae como uma subfamília distinta dentro de Gnaphosidae, grupo-irmão de Prodidominae. Redefinimos os limites de Prodidominae para incluir os gêneros Austrodomus Lawrence, Brasilomma Brescovit, Ferreira & Reims, Caudalia Alayón, Chileomma Platnick, Shadab & Sorkin, Chileuma Platnick, Shadab & Sorkin, Chilongius Platnick, Shadab & Sorkin, Eleleis Simon, Lygromma Simon, Lygrommatoides Strand, Moreno Mello-Leitão, Namundra Platnick & Bird, Neozimiris Simon, Nopyllus Ott, Paracymbiomma Rodrigues, Cizauskas & Reims, Plutonodomus Cooke, Prodidomus Hentz, Purcelliana Cooke, Theuma Simon, Theumella Strand, Tivodrassus Chamberlin & Ivie, Tricongius Simon, Zimirina Dalmas e Zimiris Simon. As espécies desses gêneros compartilham a presença de fiandeiras laterais anteriores com longos fúsulos das glândulas piriformes associadas a cerdas plumosas e presença de uma grande protrusão entre coxas IV, com cerdas eretas e margens não-esclerotizadas. Além disso, com base nos resultados da análise, propomos três novas sinonímias: Oltacloea Mello-Leitão, 1940 como sinônimo júnior de Tricongius Simon, 1893, Prodida Dalmas, 1919 como sinônimo júnior de Prodidomus Hentz, 1847 e Katumbea Cooke, 1964 como um sinônimo júnior de Austrodomus Lawrence, 1947. Removemos L. ybyguara Reims & Brescovit de Lygromma e o colocamos como incertae sedis. Além disso, realizamos uma revisão taxonômica de gêneros exclusivamente africanos. Austrodomus Lawrence, Eleleis Simon e Purcelliana Cooke são revisados. Austrodomus zuluensis Lawrence, 1947 e A. oxoniensis (Cooke, 1964) são redescritas, o macho de A. scaber (Purcell, 1904) é descrito pela primeira vez, e uma nova espécie, A. gamsberg sp. nov. (♂️) é descrita para Namíbia. Eleleis crinita Simon, 1893 é redescrita e oito novas espécies são propostas: E. Limpopo sp. nov. (♂️♀️) para África do Sul e Zâmbia, E. Okavango sp. nov. (♂️♀️) para Botsuana e Namíbia, E. etosha sp. nov. (♂️♀️), E. himba sp. nov. (♂️) e E. luderitz sp. nov. (♀️) para Namíbia, E. leleupis sp. nov. (♂️) e E. haddadi sp. nov. (♀️) para África do Sul e E. solitária sp. nov. (♀️) para Cabo Verde. Purcelliana problemática Cooke, 1964 é redescrita e três novas espécies são propostas: P. kamaseb sp. nov. (♂️♀️) e P. khabus sp. nov. (♂️♀️) para Namíbia e P. cederbergis sp. nov. (♂️) para África do Sul. Plutonodomus Cooke e Theumella Strand são redescritos com base apenas em suas espécies-tipo, P. kungwensis Cooke, 1964 e T. typica. Além disso, com base nos resultados da análise cladística de Prodidominae, três novos gêneros são descritos: Kikongo gen. nov. para incluir K. ruwenzori sp. nov. (♂️♀️) e K.buta sp. nov. (♂️♀️) do Congo e K. rutshuru sp. nov. (♂️♀️) do Congo e Quênia; Kituba gen. nov. para incluir K. mayombensis sp. nov. (♂️♀️) e K. langalanga sp. nov. (♀️) do Congo; e Yoruba gen. nov. para incluir Y. ibadanus sp. nov. (♂️♀️) da Nigéria e Y. toubensis sp. nov. (♂️♀️) da Costa do Marfim. Mapas de distribuição são fornecidos para os gêneros africanos incluídos neste estudo e uma chave de identificação é fornecida para todos os treze gêneros de Prodidominae registrados na África / Prodidominae was recently reestablished as a subfamily of Gnaphosidae, comprising 315 species distributed in 32 genera. In this study, we conducted a cladistic analysis including 55 species of Prodidominae and 32 species of other Gnaphosidae genera and associated families as an outgroup. The matrix is composed of 282 morphological characters and the data was analyzed under the parsimony criterion, using TNT 1.5. Prodidominae was not recovered as monophyletic. Anagrina appears more related to Leptodrassinae, it is removed from Prodidominae and considered incertae sedis. Cryptotoerithus Rainbow, Molycria Simon, Myandra Simon, Nomindra Platnick & Baher, Wesmaldra Platnick & Baher and Wydundra Platnick & Baher arise as a monophyletic unit, characterized by the presence of ALS extremely elongated situated far in advance of the posterior spinnerets, piriform gland spigots elongated with retractile area and presence of an apical hood in the basal article. Thus, we reestablish Molycriinae as a distinct subfamily within Gnaphosidae, sister to Prodidominae. We redefine the limits of Prodidominae to include the genera Austrodomus Lawrence, Brasilomma Brescovit, Ferreira & Rheims, Caudalia Alayón, Chileomma Platnick, Shadab & Sorkin, Chileuma Platnick, Shadab & Sorkin, Chilongius Platnick, Shadab & Sorkin, Eleleis Simon, Lygromma Simon, Lygrommatoides Strand, Moreno Mello-Leitão, Namundra Platnick & Bird, Neozimiris Simon, Nopyllus Ott, Paracymbiomma Rodrigues, Cizauskas & Rheims, Plutonodomus Cooke, Prodidomus Hentz, Purcelliana Cooke, Theuma Simon, Theumella Strand, Tivodrassus Chamberlin & Ivie, Tricongius Simon, Zimirina Dalmas and Zimiris Simon. Species of these genera share the presence of anterior lateral spinnerets with piriform gland spigots associated with patches of long setae and the presence of a large protrusion between coxae IV with erect setae and unsclerotized margins. In addition, based on the results of the analysis, we propose three new synonymies: Oltacloea Mello-Leitão, 1940 as a junior synonym of Tricongius Simon, 1893, Prodida Dalmas, 1919 as junior synonym of Prodidomus Hentz, 1847 and Katumbea Cooke, 1964 as a junior synonym of Austrodomus Lawrence, 1947. We remove L. ybyguara Rheims & Brescovit from Lygromma and place it as incertae sedis. In addition, we conduct a taxonomic revision of exclusively African genera. Austrodomus Lawrence, Eleleis Simon and Purcelliana Cooke are revised. Austrodomus zuluensis Lawrence, 1947 and A. oxoniensis (Cooke, 1964) are redescribed, the male of A. scaber (Purcell, 1904) is described for the first time and a new species, A. gamsberg sp. nov. (♂️) is proposed from Namibia. Eleleis crinite Simon, 1893 is redescribed and eight new species are proposed, E. Limpopo sp. nov. (♂️♀️) from South Africa and Zambia, E. Okavango sp. nov. (♂️♀️) from Botswana and Namibia E. etosha sp. nov. (♂️♀️), E. himba sp. nov. (♂️) and E. luderitz sp. nov. (♀️) from Namibia, E. leleupis sp. nov. (♂️) and E. haddadi sp. nov. (♀️) from South Africa and E. solitaria sp. nov. (♀️) from Cape Verde. Purcelliana problematica Cooke, 1964 is redescribed and three new species are described, P. kamaseb sp. nov. (♂️♀️) and P. khabus sp. nov. (♂️♀️) from Namibia and P. cederbergis sp. nov. (♂️) from South Africa. Plutonodomus Cooke and Theumella Strand are redescribed based only on their type species, P. kungwensis Cooke, 1964 and T. typical. In addition, based on the results of the cladistic analysis of Prodidominae three new genera are described: Kikongo gen. nov. to include K. Ruwenzori sp. nov. (♂️♀️) and K.buta sp. nov. (♂️♀️) from Congo and K. rutshuru sp. nov. (♂️♀️) from Congo and Kenya; Kituba gen. nov. to include K. mayombensis sp. nov. (♂️♀️) and K. langalanga sp. nov. (♀️) from Congo; and Yoruba gen. nov. to include Y. ibadanus sp. nov. (♂️♀️) from Nigeria and Y. toubensis sp. nov. (♂️♀️) from Ivory Coast. Distribution maps are provided for genera included in this study and an identification key is provided for all thirteen genera of Prodidominae recorded in Africa

A família Zodariidae apresenta 85 gêneros e 1141 espécies descritas atualmente no mundo. Aranhas desta família ocorrem em todas as regiões tropicais e subtropicais da América do Sul, África, Madagascar, Austrália, Nova Guiné, Nova Zelândia, Arábia, subcontinente indiano e Europa. Pode ser diagnosticada pela ausência de sérrula, dentes lateralmente posicionados nas unhas dos tarsos, garras das quelíceras pequenas, fiandeiras anteriores longas, processo tibial prolateral em todas as pernas de machos e fêmeas e hábito fossóreo. Compreendem aranhas de pequeno a médio porte, caracterizadas pela rapidez dos seus movimentos. Apresentam semelhanças morfológicas e comportamentais com as espécies de formigas que predam, o que em geral permite acesso aos formigueiros sem serem molestadas. O gênero Epicratinus, está inserido em Storeninae, subfamília caracterizada por possuir tufos ventrais no metatarso com cerdas em forma de cinzel ocas, e apresenta 5 espécies descritas sendo uma na Guiana, uma na Bolívia e três no Brasil. O gênero é diagnosticado por apresentar fila ocular posterior fortemente procurva, fiandeiras médias e laterais posteriores fusionadas nas fêmeas e ausência total dessas fiandeiras nos machos. Esse trabalho propõe uma revisão do gênero Epicratinus, incluindo 11 espécies novas recentemente detectadas em coleções, todas com machos e fêmeas descritos, com ocorrência no Brasil, nos estados de Alagoas, Bahia, Ceará, Espírito Santo, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Sergipe e Tocantins. Propõe-se também uma nova filogenia com todos os táxons, com uma árvore mais parcimoniosa com pesagem implícita (K = 10) com 176 passos (L) (IC = 33 e IR = 61), apresentando Epicratinus como gênero monofilético. Também é descrita, ilustrada, registrada e mapeada a distribuição das espécies novas, além de uma nova distribuição para as espécies já descritas. É também proposta a transferência para Epicratinus de uma espécie anteriormente descrita no gênero Tenedos, bem como sua sinonimização e, por fim, feita a primeira descrição do macho da espécie E. petropolitanus, descrito inicialmente somente pela fêmea / The Zodariidae family presents 85 genres and 1141 species in described the world. Spiders of this family occurs in all tropical and subtropical regions of South America, Africa, Madagascar, Australia, New Guinea, New Zealand, Arabia, Indian and European subcontinents. The family is identified by the absence of serrula, teeth laterally positioned in the tarsal nails, small chelicerae claws, long anterior spinnerets, prolateral tibial process in all the legs of males and females and fossorial in habits. They comprise spiders from small to medium sizes, characterized by the quickness of their movements. They exhibit morphological and behavioral similarities with the ant species they prey, which usually allows access to anthills without being disturbed. The genus Epicratinus, is inserted in Storeninae, subfamily characterized by owning ventral metatarsal hair tufts with hollow chisel shaped hairs, and presents 5 described species, one in Guyana, one in Bolivia and three in Brazil. The genus is diagnosed for having posterior ocular row strongly procurved, medium and lateral posterior spinnerets fused in females and total absence of these spinnerets in the male. This work proposes a review of the Epicratinus genus, including 11 new species recently found in collections, all with males and females described, occurring in Brazil, in the states of Alagoas, Bahia, Ceará, Espírito Santo, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraíba, Pernambuco, Piauí, Sergipe and Tocantins. It is also elaborated a new phylogeny with all the taxa, where one tree was more parsimonious with implied weighting (K = 10) with 176 steps (L) (CI = 33 and RI = 61), presenting Epicratinus as monophyletic. In addiction it is described, illustrated, recorded and mapped the distribution of the new species, as well as a new distribution for the species already described. Lastly it is proposed to transfer to Epicratinus a species that was previously described in the genus Tenedos and synonymize this same species that had been described as new one and is described for the first time the male of E. petropolitanus, described initially only by the female

Introdução Anopheles (Nsssorhynchus) constitui o grupo de anofelinos que encerra o maior número de vetores de plasmódios que causam a malária humana na Região Neotropical. Em vista disso, são as espécies que têm sido mais frequentemente estudadas. O subgênero possui 33 espécies e está dividido em três seções, Myzorhynchella, Albimanus e Argyritarsis. A última revisão da seção Myzorhynchella é a de Galvão (1941) e são raros os estudos com a seção que é formada pelas espécies An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis e An. antunesi. Embora estas espécies sejam consideradas zoofílicas, estudos taxonômicos são necessários para estabelecer a identificação morfológica e para diferenciar estas espécies de outros Anophelinae, fornecendo assim condições adequadas para avaliar as espécies que estão envolvidas na transmissão da malária. Objetivos Caracterizar morfologicamente e molecularmente as espécies da seção Myzorhynchella e estabelecer caracteres morfológicos que permitam a separação entre as mesmas. Métodos Foram realizadas coletas de mosquitos em diferentes localidades da Mata Atlântica, além da análise de caracteres morfológicos de larva, pupa, adultos macho e fêmea e ovos de espécimes disponíveis na coleção entomológica da Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, do Museu de Zoologia MZUSP e do Instituto Oswaldo Cruz IOC. Foram realizadas análises moleculares utilizando sequências de bases nucleotídicas da região do Espaçador Interno Transcrito 2 - ITS2 do DNA ribossômico e do gene mitocondrial Citocromo Oxidase Subunidade I - COI. Resultados - Foram caracterizados os adultos, machos e fêmeas, as formas imaturas e os ovos de An. antunesi e de An. lutzii. Anopheles guarani e An. niger foram retiradas da sinonímia de An. lutzii. Foi descrita uma espécie nova que é encontrada em simpatria com An. antunesi na Serra da Mantiqueira. Os resultados das análises filogenéticas corroboraram a existência de pelo menos cinco espécies dentro da seção Myzorhynchella e indicam que An. parvus e An. antunesi podem representar complexos de espécies. Acresce considerar que An. lutzii foi redescrita com o emprego de espécimes do Vale do Ribeira. No entanto, a falta de espécimes de An. lutzii da localidade tipo com as formas adultas e imaturos associados, impediram a caracterização adequada da espécie. Conclusão Foram caracterizadas quatro espécies da seção Myzorhynchella, foi descrita uma espécie nova que ocorre na Serra da Mantiqueira e demonstrou-se que An. parvus e An. antunesi podem ser complexos de espécies. Há a necessidade de continuar os estudos da Seção Myzorhynchella e obter topotipos de An. lutzii / Introduction Anopheles (Nsssorhynchus) is the group of anophelines that has the largest number of vectors of plasmodium that causes human malaria in the Neotropics. Because of this, species of this subgenus have been most frequently studied. The subgenus has 33 nominal species, subdivided into three sections, Myzorhynchella, Albimanus and Argyritarsis. The last revision on species of the Myzorhynchella section is that by Galvão (1941) and taxonomic studies are rare in the section that is formed by An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis and An. antunesi. Although these species are considered to be zoophilic, taxonomic studies are necessary to fix the morphological identification, and to differentiate these species from other Anophelinae, thus providing appropriate conditions to evaluate which species are involved in the transmission of malaria. Objetives To fix the morphological and molecular identification of species of the Myzorhynchella section and to define morphological characters to separate the species. Methods The mosquitoes were collected in different localities in the Mata Atlântica. These specimens were employed in analyses of morphological characters of eggs, larva, pupa, adult male and female, and were compared to specimens deposited in the Entomological Collection of Faculdade de Saúde Pública FSP/USP, Museu de Zoologia MZUSP and Instituto Oswaldo Cruz IOC. Molecular analysis were performed using sequences of of the internal transcribed spacer 2 ITS2 of ribosomal DNA and the mitochondrial cytochrome oxidase subunit I gene COI. Results We characterized the adults, male and female, immature forms and the eggs of An. antunesi and An. lutzii. Anopheles guarani and An. niger were removed from the synomym of An. lutzii. A new species that was found in sympatry with An. antunesi in Serra da Mantiqueira was described. Results of phylogenetic analysis corroborate the existence of at least five species within Myzorhynchella Section and indicate that An. parvus and An. antunesi may represent complexes of species. Besides An. lutzii was redescribed using specimens of Ribeira Valley. However, the lack of specimens of An. lutzii from the type locality with associated adults and immature forms prevented the proper characterization of the species. Conclusion We characterized four species of Myzorhynchella section, a new species that occurs in Serra da Mantiqueira was described, and it showed that An. parvus and An. antunesi may be species complex. There is a need to continue the studies of the section and get topotypes of An. lutzii

Poliquetas são anelídeos em sua maioria marinhos, apresentando grande diversidade de formas e hábitos de vida. Há tanto animais sedentários quanto errantes, incluindo alguns táxons planctônicos, mas a maioria vive em ambientes bentônicos. A família Syllidae Grube, 1850 é uma das mais complexas, diversificadas, abundantes e amplamente distribuídas famílias de poliqueta. É composta por poliquetas errantes, atualmente distribuídos em mais de 70 gêneros e aproximadamente 700 espécies, distribuídas em 5 subfamílias (Anoplosyllinae, Autolytinae, Eusyllinae, Exogoninae e Syllinae). Os silídeos são facilmente reconhecidos por possuírem uma estrutura muscular geralmente robusta, posteriormente à faringe, denominada proventrículo. A família atualmente é considerada monofilética e a presença desse órgão tem sido considerada como uma sinapomorfia do grupo. Além do proventrículo, os silídeos caracterizam-se por apresentarem corpos relativamente pequenos, com segmentação homônoma e parapódios unirremes, excepcionalmente adquirindo condição birreme nas formas epítocas. Reproduzem-se principalmente por epitoquia, embora incubação externa de ovos, viviparidade, paternogênese e arquitomia também já tenham sido registradas no grupo. O principal objetivo deste estudo foi realizar um levantamento taxonômico das espécies da família Syllidae presentes em substratos consolidados do litoral raso dos estados da Paraíba e de Pernambuco, fornecendo descrições e ilustrações detalhadas dos táxons encontrados. Amostragens foram realizadas no entremarés e infralitoral raso ao longo desses dois estados, totalizando 21 localidades amostradas. Foram analisados morfologicamente 4.233 indivíduos, distribuídos em 20 gêneros e 57 espécies. Dessas, 19 espécies são novas para a ciência, duas são novas ocorrências de gêneros para o Atlântico Sul (Basidiosyllis e Amblyosyllis), e 14 e 18 são novas ocorrências de espécies para o Brasil e para o nordeste brasileiro, respectivamente. Dentre os táxons identificados, estão representadas as cinco subfamílias de Syllidae, assim como os gêneros independentes Amblyosyllis e Basidiosyllis / Polychaetes are usually marine annelids extremely variable in form and lifestyle. Among them, there are examples of sedentary and errant animals, most living in benthic environments, but also including some planktonic taxa. The Syllidae Grube, 1850 is one of the most complex, diverse, abundant and widespread families of polychaetes. It is represented by errant animals, currently comprising more than 70 genera and about 700 species, divided in 5 subfamilies (Anoplosyllinae, Autolytinae, Eusyllinae, Exogoninae e Syllinae). Syllids are recognized by the presence of the proventricle, a muscular structure, generally strong, posteriorly to the pharynx. The family is considered monophyletic, the proventricle considered as a synapomorphy of the group. Besides the proventricle, syllids are also characterized by having relatively small-sized bodies, with homonomous segmentation and uniramous parapodia, exceptionally acquiring a biramous condition in epitokous forms. The reproduction is usually by epitoky, but external brooding of eggs, viviparity, parthenogenesis and architomy are all also found among syllids. The aim of this study was to make a taxonomic inventory of the syllid species occurring on hard bottoms of shallow waters off the states of Paraíba and Pernambuco, providing descriptions and detailed illustrations of the taxa found. Samples were taken from the intertidal and shallow sublitoral zones of both states, totalizing 21 localities sampled. In total, 4,233 individuals were morphologically analysed, belonging to 20 genera and 57 species; 19 of these species are new to science, two are new records for the genera to Brazil (Amblyosyllis and Basidiosyllis), and 14 and 18 are new records for the species to Brazil and to the northestern Brazilian coast, respectively. Among the taxa, all five subfamilies of Syllidae are represented, besides two independent genera, Amblyosyllis and Basidiosyllis

O presente estudo consiste na mais completa revisão taxonômica e análise filogenética dos camarões de água doce da família Euryrhynchidae Holthuis, 1950. O trabalho foi realizado com base em material depositado em coleções carcinológicas do Brasil, Estados Unidos e vários países da Europa. A análise filogenética incluiu todas as espécies da família Euryrhynchidae, além de 7 espécies de outras famílias de Palaemonoidea Rafinesque, 1815 que foram relacionadas à Euryrhynchidae em trabalhos anteriores: Desmocaris trispinosa (Aurivillius, 1898) (Desmocarididae Borradaile, 1915); Palaemon carteri (Gordon, 1935), P. pandaliformis (Stimpson, 1871), Troglocubanus gibarensis (Chace, 1943) e Tr. inermis (Chace, 1943) (Palaemonidae Rafinesque, 1815); Typhlocaris galilea Calman, 1909 e Ty. lethaea Parisi, 1920 (Typhlocarididae Annandale & Kemp, 1913). Leander paulensis Ortmann, 1897 (Palaemonidae) foi escolhida para o enraizamento da árvore. O estudo também apresenta uma análise detalhada da diversidade morfológica presente em Euryrhynchidae no âmbito dos demais palaemonóideos. A revisão taxonômica confirma a validade das 7 espécies atualmente descritas para Euryrhynchidae, além de propor 2 novas espécies relacionadas a Euryrhynchus amazoniensis Tiefenbacher, 1978. As espécies Euryrhynchus amazoniensis, E. burchelli Calman, 1907, E. pemoni Pereira, 1985 e E. wrzesniowskii Miers, 1877 são redescritas e ilustradas com base na série tipo e material adicional estudados. Também são propostos caracteres diagnósticos adicionais para diferenciar as espécies de Euryrhynchus Miers, 1877, anteriormente separadas apenas pelo número e posição dos espinhos no carpo e mero do pereiópodo 2. A análise cladística foi composta por uma matriz de 102 caracteres morfológicos e resultou em 4 árvores igualmente parcimoniosas. O monofiletismo da família Euryrhynchidae também foi recuperado, sendo sustentado por 10 sinapomorfias não ambíguas. O gênero Euryrhynchina Powell, 1976 aparece como táxon mais basal da família e grupo irmão do clado Euryrhynchoides Powell, 1976 + Euryrhynchus. A topologia obtida para os gêneros de Euryrhynchidae sugere a presença de um táxon irmão a Euryrhynchina (ainda não descoberto ou já extinto) no continente sul americano. A análise também revelou a existência de dois grupos monofiléticos dentro de Euryrhynchus, com o relacionamento de E. wrzesniowskii com esses dois clados ainda não resolvido. Typhlocarididae aparece como grupo irmão de Euryrhynchidae, corroborando o resultado de estudos morfológicos anteriores. Desmocarididae, proposto em trabalhos recentes como grupo irmão de Euryrhynchidae com base em dados moleculares, surge mais à base, inserido entre os táxons de Palaemonidae. / The present study comprises the most complete taxonomic revision and phylogenetic analysis of the freshwater shrimps of the family Euryrhynchidae Holthuis, 1950. The study was based on material deposited in carcinological collections from Brazil, United States, and several other European countries. The phylogenetic analysis included all species of the family Euryrhynchidae and 7 species from other families within the Palaemonoidea Rafinesque, 1815 that were related to Euryrhynchidae in previous studies: Desmocaris trispinosa (Aurivillius, 1898) (Desmocarididae Borradaile, 1915); Palaemon carteri (Gordon, 1935), P. pandaliformis (Stimpson, 1871), Troglocubanus gibarensis (Chace, 1943) e Tr. inermis (Chace, 1943) (Palaemonidae Rafinesque, 1815); Typhlocaris galilea Calman, 1909 e Ty. lethaea Parisi, 1920 (Typhlocarididae Annandale & Kemp, 1913). Leander paulensis Ortmann, 1897 (Palaemonidae) was used as outgroup. This study also includes a detailed analysis of the morphological diversity present in Euryrhynchidae compared to the remaining palaemonoids. The taxonomic revision confirms the validity of the 7 species described in Euryrhynchidae and describes 2 new species related to Euryrhynchus amazoniensis Tiefenbacher, 1978. The species Euryrhynchus amazoniensis, E. burchelli Calman, 1907, E. pemoni Pereira, 1985 and E. wrzesniowskii Miers, 1877 are redescribed and illustrated based on the type series and additional material examined. Additional diagnostic characters are proposed to differentiate the species of Euryrhynchus Miers, 1877, previously separated only by the armature of the carpus and merus of the pereiopod 2. The cladistic analysis was composed by a matrix of 102 morphological characters and resulted in 4 equally most-parsimonious trees. The monophyly of the family Euryrhynchidae was obtained, supported by 10 unambiguous synapomorphies. The genus Euryrhynchina Powell, 1976 appears as the most basal taxon of the family and sister group of the clade Euryrhynchoides Powell, 1976 + Euryrhynchus. The topology obtained for the euryrhynchid genera suggests the presence of a sister taxon to Euryrhynchina (not discovered or extinct) in South America. The analysis also revealed the existence of 2 monophyletic groups within Euryrhynchus, with the relationship of E. wrzesniowskii to these clades still to be resolved. Typhlocarididae appears as sister group of the Euryrhynchidae, corroborating results from previous morphological studies. Desmocarididae, proposed in recent studies as sister group of the Euryrhynchidae based on molecular data, emerges more basally among the palaemonid taxa.

Anopheles é o gênero da família Culicidae mais estudado devido sua importância médica. Atualmente o gênero Anopheles compreende 472 espécies válidas que estão divididas em sete subgêneros. Os principais vetores de plasmódio da Malária no Brasil pertencem ao subgênero Nyssorhynchus, que inclui 39 espécies oficialmente reconhecidas e um número crescente de complexos de espécies crípticas que estão distribuídas em três Seções: Myzorhynchella, Albimanus e Argyritarsis. Atualmente a Seção Myzorhynchella é formada por seis espécies: An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis, An. guarani, An. antunesi e An. pristinus. Para o desenvolvimento da análise morfológica, observou-se material-tipo depositado em diferentes coleções, espécimes depositados na coleção entomológica da FSP/USP, além de outros obtidos em coletas realizadas durante o presente estudo em diferentes localidades do Brasil. As análises moleculares foram desenvolvidas a partir de espécimes obtidos nas coletas. Revisão taxonômica da Seção Myzorhynchella é apresentada, incluindo-se descrições de quatro novas espécies e redescrições das demais, informações sobre bionomia, importância médica, caracterização molecular, distribuição geográfica, estado de preservação do material-tipo, além de chaves de identificação de adultos, larva de quarto estádio e genitália masculina. Os resultados das análises filogenéticas utilizando sequências de ITS2, COI e Catalase indicam a existência de pelo menos doze espécies dentro da Seção Myzorhynchella, os espécimes que vêm sendo identificados como An. antunesi constitui um complexo formado por possíveis cinco espécies e aqueles de An. parvus e An. pristinus também podem representar complexos de espécies. As sequências de ITS2 podem ser utilizadas como marcador diagnóstico para espécies da Seção Myzorhynchella. Contudo, o estudo ainda demonstra que pouco se conhece sobre a diversidade de espécies de Anopheles que ocorrem em ambientes onde a malária ocorre em baixa endemicidade. Pelo número de espécies novas encontradas e pela escassez de trabalhos com espécies da Seção, fica evidente a necessidade de mais estudos. / Anopheles is the Culicidae Family genus most studied because of its medical importance. The genus currently comprises 472 valid species that are divided into seven subgenus. The main vectors of plasmodium malaria in Brazil belong to the subgenus Nyssorhynchus, that includes 39 valid species and a growing number of cryptic species complexes that are divided in three Sections: Myzorhynchella, Albimanus and Argyritarsis. Myzorhynchella Section currently consists of six species: An. lutzii, An. parvus, An. nigritarsis, An. guarani, An. antunesi and An. pristinus. For the morphological analysis, type material deposited in different collections were studied, specimens deposited in the entomological collection of FSP/USP, and other obtained from field collections in different localities in Brazil during this study. The molecular analyzes were taken from specimens obtained in field collections. Taxonomic review of Myzorhynchella Section is presented, including descriptions of four new species and redescriptions of the others, information on bionomics, medical importance, molecular characterization, geographical distribution, preservation status of type material, as well as identification keys of adults, fourth instar larvae and male genitalia. The results of phylogenetic analysis using sequences of ITS2, COI and Catalase indicate the existence of at least twelve species within Myzorhynchella Section, the specimens which have been identified as An. antunesi is a species complex formed by possible five species and those of An. parvus and An. pristinus may also represent species complexes. The ITS2 sequences can be used as a diagnostic marker for species of Myzorhynchella Section. However, the study also shows that little is known about the diversity of Anopheles species that occur in environments where malaria occurs in low endemicity. By the number of new species found and the lack of studies with species of the Section, it is evident the need for further studies.

Changes to traditional taxonomic methods to incorporate new technologies and methods have already improved the quality of species hypotheses, but more work can be done to improve the speed of new species documentation. The mitochondrial COI DNA barcode has been successfully used to identify species with high accuracy since the early 2000s, and has been used in conjunction with morphological examinations and other DNA markers to discover and delimit new species. This thesis explores the application of DNA barcodes as the primary data for delimitation and diagnosis of new species of ichneumonoids. The genera Zelomorpha and Hemichoma are revised and 18 new species from the Área de Conservación Guanacaste in Costa Rica are diagnosed based on COI barcodes. Two additional species are described based on morphology. An illustrated morphological key and morphological diagnoses for each species are also included.

A bacia do rio Tietê, é a maior região hidrográfica do Estado de São Paulo e possui biodiversidade pouco explorada. Actinomicetos são produtores de moléculas bioativas e são descritas em ambientes aquáticos. O objetivo deste estudo foi caracterizar e identificar actinomicetos isolados da água e sedimento da bacia do rio Tietê. Nove actinomicetos foram isoladas: 6 do gênero Streptomyces e 3 do gênero Micromonospora. Três dos isolados pertencem a novas espécies. Os demais isolados foram identificados como S. bingchenggensis, S. lavendulae, S. humi e S. gancidicus; M. sediminicula e M. tulbaghiae. Todos as linhagens foram capazes de hidrolisar ao menos um dos substratos lignocelulósicos testados. Todos os isolados do gênero Streptomyces apresentaram atividade antifúngica. Com exceção de 2 isolados, todos os isolados apresentaram atividade antibacteriana, inclusive contra bactérias multiresistentes a antibióticos. Os genomas dos isolados foram anotados por RAST e antiSMASH, e apresentaram clusters de PKS do tipo I, II e III, sideróforos, terpenos, NRPS, ectoínas, fenazinas, lantipeptídeos, butirolactonas e bacteriocinas. Todos os isolados deste estudo apresentaram grande potencial biotecnológico, comprovado in silico e in vitro. / The Tietê river basin is the largest hydrographic region of São Paulo and its biodiversity is underexplored. Actinomycetes are known to bioactive molecules, and are described in aquatic environments. The aim of this study was to characterize and identify actinomycetes isolated from water and sediment from the Tietê river basin. Nine strains of actinomycetes were isolated: 6 Streptomyces strains and 3 Micromonospora strains. Three isolates are new species of actinomycetes. The remaining isolates were identified as S. bingchenggensis, S. lavendulae, S. humi and S. gancidicus; M. sediminicula and M. tulbaghiae. All strains could hydrolyse at least one of the lignocellulosic substrates tested. All Streptomyces showed antifungal activity. Except for two strains, all isolates showed antibacterial activity, including against multiresistant bacteria. The genomes of all isolates were annotated by RAST and antiSMASH and showed clusters of: type I, II and III PKS, siderophores, terpenes, NRPS, ectoins, phenazines, lantipeptides, butyrolactones and bacteriocins. All isolates in this study showed a high biotechnological potential, proved by in silico and in vitro methods.