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Submitted by CAMILA CHIODA DE ALMEIDA (milachioda@gmail.com) on 2018-08-03T16:19:20Z No. of bitstreams: 1 Camila_doutorado tese definitiva.pdf: 1977508 bytes, checksum: 8f88b2d3a8deefe001caf55b7c3ef036 (MD5) / Approved for entry into archive by Neli Silvia Pereira null (nelisps@fcav.unesp.br) on 2018-08-03T18:26:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 almeida_cc_dr_jabo.pdf: 1977508 bytes, checksum: 8f88b2d3a8deefe001caf55b7c3ef036 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:26:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 almeida_cc_dr_jabo.pdf: 1977508 bytes, checksum: 8f88b2d3a8deefe001caf55b7c3ef036 (MD5) Previous issue date: 2018-07-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Assim como nos bovinos, a búfala pode ter mastite, sendo o Staphylococcus aureus o principal causador desta enfermidade. No entanto, é possível que sua prevalência possa estar superestimada. Este estudo objetivou comparar métodos fenotípico e genotípico na identificação de S. aureus em amostras de leite bubalino e ambiente de ordenha bem como propor uma nova PCR quantitativa em tempo real para identificação do mesmo. Para isso, de um total de 408 amostras obtidas de leite de búfalo, ambiente de ordenha e mãos de ordenhadores, 32 cepas presuntivas de S. aureus foram identificadas com base em seu crescimento fenotípico característico em ágar Baird Parker, reações positivas de Gram e catalase, capacidade de coagular plasma de coelho, e resultado positivo no ensaio de PCR Sa442 específico para a espécies. No entanto, testes adicionais revelaram que destas 32 estirpes, apenas 10 isolados apresentaram resultado positivo na aglutinação em látex, incluindo um S. chromogenes e um S. agentis. A análise de MALDI-TOF MS revelou que oito das 32 cepas eram S. aureus, 19 S. chromogenes, três S. agnetis e uma S. xylosus. Todas as oito cepas identificadas como S. aureus pela análise de MALDI-TOF e confirmadas pelo sequenciamento do 16S rRNA foram positivas na PCR do gene cydB específico para S. aureus. Além disso, foi encontrada uma cepa positiva para o gene sea, nove para o gene cna, uma para o gene sei, duas para o gene sem, uma para o gene seg, seis para o gene seh, 15 para o gene eno 11 para o gene ebps duas para o gene fib e 14 para o gene fnbA. Das cepas Isoladas, apenas uma apresentou resistência a clindamicina, uma a vancomicina, uma para a rifampicina, nove para a penicilina, 15 para a eritromicina, duas para a ciprofloxacina e três para o cotrimoxazole. Resistência a dois antimicrobianos foi observado em oito cepas, a três antimicrobianos em uma cepa e a quatro antimicrobianos em uma cepa. Finalmente, sete das oito cepas de S. aureus foram positivas para a nova PCR em tempo real do gene coa, duas das 19 cepas S. cromogenes e a única cepa de S. xylosus também foram positivas. Em conjunto, nossos achados sugerem que S. agentis e S. chromogenes podem ser identificados erroneamente como S. aureus pelos testes de aglutinação em látex, PCR para Sa442 PCR e Staphyclin latex enquanto MALDI-TOF MS e um teste de PCR cydB específico para S. aureus podem identificar com precisão S. aureus de leite de búfala e amostras ambientais e que estas cepas podem apresentar genes que codificam enterotoxinas e resistência aos antimicrobianos. / Like cattle, buffalo may have mastitis, with Staphylococcus aureus being its main cause. However, it is possible that its prevalence may be overestimated. This study aimed to compare phenotypic and genotypic methods for S. aureus identification in samples of buffalo milk and milking environment as well as to propose a new quantitative real time PCR for its identification. For this, a total of 408 samples obtained from buffalo milk, milking environment and milkers hand, 32 presumed S. aureus strains were identified based on their characteristic phenotypic growth in Baird Parker agar, positive reactions of Gram and catalase, ability to coagulate rabbit plasma, and positive result in the species-specific Sa442 PCR assay. However, additional tests revealed that of these 32 strains, only 10 isolates tested positive for latex agglutination, including a S. chromogenes and a S. agentis. Analysis of MALDI-TOF MS revealed that eight of the 32 strains were S. aureus, 19 were S. chromogenes, three were S. agnetis and one was S. xylosus. All eight strains identified as S. aureus by MALDI-TOF analysis and confirmed by 16S rRNA sequencing were positive in S. aureus specific cydB gene PCR. In addition, a positive strain was found for the sea gene, nine for the cna gene, one for the sei gene, two for the sem, one for the seg gene, six for the seh gene, 15 for the eno 11 gene for the gene ebps two for the fib gene and 14 for the fnbA gene. Of the isolates, only one showed resistance to clindamycin, one to vancomycin, one to rifampicin, nine to penicillin, 15 to erythromycin, two to ciprofloxacin and three to cotrimoxazole. Resistance to two antimicrobials was observed in eight strains, three antimicrobials in one strain and four antimicrobials in one strain. Finally, seven of the eight strains of S. aureus were positive for the new real-time PCR of the coa gene, two of the 19 S. chromogenes strains and the only strain of S. xylosus were also positive. Taken together, our findings suggest that S. agentis and S. chromogenes can be misidentified as S. aureus by the agglutination assays of Sa442 PCR and Staphyclin latex while MALDI-TOF MS and a cydB PCR test specific for S. aureus can identify with accurate S. aureus of buffalo milk and environmental samples and that these strains may have enterotoxin genes and antimicrobial resistance genes in buffaloes.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-25T18:00:25Z No. of bitstreams: 1 Manuela da Silva Solcà. Uso do PCR...pdf: 11332317 bytes, checksum: 657938584a2c80bcdcc02a52c2d8fa4d (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-25T18:00:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Manuela da Silva Solcà. Uso do PCR...pdf: 11332317 bytes, checksum: 657938584a2c80bcdcc02a52c2d8fa4d (MD5) Previous issue date: 2012 / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina da Bahia. Salvador, BA, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / No Brasil, os cães são considerados como o principal reservatório doméstico para Leishmania infantum (sin. L. chagasi). Desta forma, o diagnóstico da leishmaniose visceral canina (LVC) deve ser rápido e preciso. Este trabalho visa comparar a performance da reação em cadeia da polimerase (PCR) em detectar o DNA do parasito em diferentes tecidos para diagnóstico da LVC. Com este intuito, na primeira parte do estudo, foi padronizado um protocolo de PCR convencional (cPCR), para detecção do DNA do minicírculo do cinetoplasto (kDNA) de Leishmania sp., em 45 fragmentos esplênicos caninos. As mesmas amostras foram avaliadas utilizando-se um protocolo de PCR quantitativa (qPCR) tendo como alvo o gene da subunidade do RNA ribossomal (SSU rRNA) de Leishmania sp. Também foi comparada a eficácia do diagnóstico para LVC pelas técnicas moleculares e convencionais como a cultura e o ELISA. A cPCR apresentou sensibilidade mais elevada para detecção de DNA de Leishmania sp. (88,9%), comparada à qPCR (83,3%). Possivelmente o melhor desempenho da cPCR foi devido ao maior números de cópias do kDNA no genoma da Leishmania sp. Diante dos promissores resultados apresentados pela cPCR tendo o kDNA como alvo, na segunda parte do estudo foi padronizado um novo protocolo de qPCR com este mesmo alvo, objetivando-se aumentar a sensibilidade da técnica. Foram selecionados aleatoriamente 61 cães errantes e classificados de acordo com o número de sinais clínicos associados à LVC apresentados. Todos os cães foram eutanasiados, e durante a necropsia, foram coletados fragmentos de linfonodo, aspirado esplênico, medula óssea e sangue. Também foram realizadas culturas esplênicas e ELISA. A qPCR foi empregada para a avalição da taxa de detecção do DNA do parasito e carga parasitária nos diferentes tecidos. As diferenças entre a carga parasitária de cada tecido foram avaliadas pelo teste de Friedman (p ≤ 0,05). Para inclusão dos tecidos nas análises dos resultados de qPCR, foi avaliada a integridade do material genético de cada amostra. Desta forma, 52 animais apresentaram resultados que atendiam aos critérios de seleção para baço, sangue e linfonodo, e destes, 24 animais também atendiam aos critérios para medula óssea. Utilizando-se a qPCR e considerando pelo menos um dos tecidos avaliados, foi detectado o DNA do parasito em todos os cães. A qPCR detectou DNA do parasito em 98,1% dos aspirados esplênicos, 80,8% das amostras sanguíneas, 53,8% dos linfonodos e 41,7% dos aspirados de medula óssea. A carga parasitária foi melhor detectada nos aspirados esplênicos, em relação ao linfonodo, nos animais oligossintomáticos e polissintomáticos (p ≤ 0,05). O aspirado esplênico foi o tecido com maior taxa de detecção do DNA de Leishmania sp. pela qPCR. No entanto, não foi achada diferença estatística entre a carga parasitária do aspirado esplênico e do sangue. Desta forma, a amostra sanguínea, por ser a segunda amostra de melhor taxa de detecção, e por necessitar uma coleta menos invasiva, foi considerada como uma amostra alternativa válida para a detecção do DNA de Leishmania sp. em cães sintomáticos, utilizando a qPCR. / Because infected dogs are widely considered to be the main domestic reservoir for Leishmania infantum (syn. L. chagasi) parasites in Brazil, the diagnosis of canine visceral leishmaniasis (CVL) must be made both accurately and promptly. The aim of the present study was to compare the performance of the Polymerase Chain Reaction (PCR) to detect parasite DNA in different clinical sample for CVL diagnosis. For this purpose, in the first stage of the study, a conventional PCR (cPCR) protocol was standardize to detect the presence of Leishmania sp. kinetoplast minicircle DNA (kDNA) in 45 canine spleen fragments. The same samples were evaluated using a quantitative PCR (qPCR) technique targeting the Leishmania sp. sub-unit of the ribossomal RNA (SSU rRNA) gene. A comparison was made between the efficacies of these molecular diagnostic techniques and conventional parasitological and serological methods. The cPCR presented the highest sensitivity for Leishmania sp. DNA detection (88,9%), when compared to qPCR was (83.3%). Possibly the cPCR best performance was due to a higher copies number of the kDNA in the Leishmania sp. genome. Given the promising results presented by the cPCR targeting the kDNA, a new qPCR protocol with the same target was standardized in the second stage of the study, aiming increase the technique sensitivity. Sixty-one stray dogs were randomly selected and classified according to the number of clinical signs of CVL. All dogs were euthanized and lymph node fragments and splenic, bone marrow and blood aspirates were obtained during necropsies. ELISA and parasite culture of spleen aspirates were performed to confirm parasite infection. The qPCR was used to determine the parasite DNA detection rate and the parasite load in the clinical samples. Differences between parasite loads of each tissue were evaluated using Friedman test (p ≤ 0.05). In order to include the samples in the qPCR data analysis, the DNA integrity of each sample was analyzed. This way, 52 dogs fulfilled the selection criteria for DNA results for spleen, blood and lymph nodes, with 24 of these dogs also fulfilling the criteria for bone marrow results. Using qPCR, all the 52 dogs showed positivity, considering at least one of the tissues evaluated. Positivity in qPCR was detected in 98.1%8 of the splenic aspirates, 80.8% of blood samples, 53.8% of lymph node fragments and 41.7% of bone marrow samples. Using qPCR, parasite DNA was better detected in splenic aspirates in comparison with lymph node in both polysymptomatic and oligosymptomatic (p ≤ 0.05) dogs. Splenic aspirates have shown to be the tissue with highest Leishmania sp. DNA detection rate using qPCR, however no statistical difference was found between blood and splenic aspirate to detect. Thus, the blood sample, being the second sample with best DNA detection rate and requiring a less invasive collection, was considered a valid alternative sample for Leishmania sp. DNA detection in symptomatic dogs using the qPCR.

The samples under investigation were collected in Department of Pediatric Infectious Diseases of the University Hospital (Brno). Group of patients (100) was heterogeneous in terms of symptoms, age and sex. The samples were taken from patients with an LB diagnosis and from those with nonspecific symptoms. Molecular typing of LB spirochetes in clinical samples (104 blood/serum, 89 cerebro-spinal fluid and 1 synovial fluid) became necessary when the general immunological tests gave unclear results. The samples were analyzed using PCR-based and molecular biology techniques that include: nested- and spacer-PCR, specie-specific PCR, sequence, virtual hybridization, in silico RFLP analysis, similarity search. Results of conducted analysis confirmed that 51% of samples (98) were positive on B. bugrdorferi sensu lato. Using above mentioned techniques 6 spirochete species from B. burgdorferi sensu lato complex were identified; two of them weren?t detected in samples of human origin in Europe yet. Comparative analysis of two media for Borrelia cultivation from samples of human origin definitely proved the adventage of using MKP instead of traditionally used BSK-H Complete.

Coronavirus bovino (BCoV), um membro da família i>Coronaviridae, causa severa diarréia em bezerros neonatos e tem sido associado a diarréias de inverno em vacas leiteiras em vários paises, incluindo o Brasil. A morbidade da disenteria de inverno e alta chegando ate 100% , sendo um fator importante para economia já que causa queda da produção leiteira, levando a grandes perdas as criações de vacas leiteiras. O objetivo deste trabalho foi pesquisar a ocorrência de BCoV em vacas, diagnosticando amostras positivas por RT-PCR gene Rp Rd e isolando estas amostras positivas em células da linhagem HRT-18G. As amostras de fecais foram obtidas de 43 vacas leiteiras com disenteria de 8 propriedades dos Estados de São Paulo e Minas Gerais, Brasil. Das dez (10/43=23%) amostras positivas para esta técnica, 7 foram inoculadas em células da linhagem HRT-18G, sendo que o isolamento foi comprovado pela mesma técnica após seis passagens seriadas em 4 inoculações. Com isso, mostra-se que o BCoV também esta envolvido em disenterias de inverno em vacas leiteiras no Brasil. E através de isolamentos deste vírus, podemos contribuir para estudos continuados ajudar no esclarecimento de sua epidemiologia e possibilitar com um banco de vírus a prevenção de ordem também especifica da enfermidade. / Bovine coronavirus (BCoV), a member of Coronaviridae family, causes severe diarrhea in newborn calves and has been associated with outbreaks of winter dysentery (WD) in adult cattle in several countries, including Brazil. The morbidity rate of WD is very high (50-100%) and the disease causes severe economic losses once it decreases milk production. The aim of the present study was to survey for the occurrence of BCoV in cows using a RT-PCR targeted to the replicase gene and to isolate positive samples in HRT-18G cells. The fecal samples were obtained from 43 adult dairy cows with dysentery from São Paulo and Minas Gerais States, Brazil. Ten (23%) of the 43 fecal samples were positive for BCoV and 7 of these were inoculated in HRT-18G cells, when the isolation of 4 samples was proved by RT-PCR after sex passages. These findings indicate that BCoV is also involved in outbreaks of dysentery in adult cattle in Brazil. This shows the importance of more comprehensive studies on coronavirus in dairy cattle in the surveyed area and, with the isolation of the virus strains studied herein, one may contribute to other studies to enlighten the epidemiology and prevention of the disease.

A sepse é responsável por uma alta taxa de internação hospitalar e morbimortalidade. Devido à gravidade do quadro clínico e às limitações dos métodos tradicionais para identificação e isolamento bacteriano, é recomendado o início empírico de antimicrobiano(s) de largo espectro. O desenvolvimento da biologia molecular, particularmente da reação em cadeia da polimerase (PCR), tornou possível o diagnóstico rápido de agentes infecciosos. Entretanto, devido à diversidade dos possíveis agentes etiológicos na sepse, a utilização da PCR com primers específicos para cada agente se torna pouco prática. Com a PCR de largo espectro é possível que em uma só reação se identifique qualquer bactéria, possibilitando um tratamento precoce e direcionado. Desta forma, este trabalho teve como objetivo avaliar o papel da PCR de largo espectro no diagnóstico etiológico de pacientes com sepse e a comparação desta técnica com os métodos tradicionais de cultura. Foram incluídos 74 pacientes com diagnóstico de sepse atendidos na Unidade de Emergência do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP e 14 voluntários sadios. Foi realizada a extração do DNA do soro, plasma e buffy-coat dos pacientes, seguida da realização da PCR de largo espectro com dois diferentes pares de primers, e sequenciamento das amostras positivas. Dos 74 pacientes, 39 (53%) eram homens; a média de idade foi 55 ± 19 anos; 37 (50%) tiveram sepse grave e 37 (50%) choque séptico; e a mortalidade foi 51%. A maioria das infecções primárias teve origem respiratória (66%), seguida de infecções gênito-urinárias (20%). A hemocultura foi positiva em 22 (30%) pacientes, e sua positividade foi significativamente maior em pacientes mais velhos (p< 0,05) e com valores mais altos de proteína C reativa (CRP) (p< 0,05). A PCR de largo espectro foi positiva em 44 (59%) pacientes considerando os dois pares de primers, sendo sua positividade significativamente maior que a da hemocultura (p< 0,001). Para o par Bak11W/Bak2 ela foi positiva em 25 (34%) pacientes, e para o par Taf/Tar, em 29 (39%) pacientes. Em relação às frações do sangue, amostras de 24 pacientes foram positivas na fração soro; 22 na fração plasma; e 18 na fração buffy-coat. Nenhuma característica clínica ou demográfica dos pacientes influenciou a positividade da PCR de largo espectro. A PCR de largo espectro foi negativa em todas as frações do sangue dos voluntários sadios. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da PCR foram 59%, 100%, 100% e 32%, respectivamente. Em 40 (54%) pacientes os resultados da PCR e hemocultura foram concordantes. O coeficiente de concordância kappa obtido foi 0,147 (p = 0,131). Em relação ao sequenciamento, em 21 amostras de 16 pacientes foi possível identificar um agente etiológico. As bactérias mais detectadas foram Escherichia coli (3), Enterococcus sp. (2), Staphylococcus sp. (2) e Ralstonia sp. (2). Em apenas dois pacientes as amostras tiveram a mesma espécie bacteriana detectada na hemocultura e PCR de largo espectro (E. coli e Streptococcus pneumoniae). Em resumo, a PCR de largo espectro foi mais sensível do que a hemocultura na identificação bacteriana em pacientes com sepse atendidos em um Hospital de Emergência / Sepsis is responsible for a high rate of hospitalization and mortality. Due to the severity of clinical presentation and limitation of traditional methods for bacterial identification and isolation, it is recommended to initiate empirically broad-spectrum antimicrobial treatment. The development of molecular biology, particularly the polymerase chain reaction (PCR), enabled to realize a rapid diagnosis of infectious agents. However, due to the diversity of possible etiologic agents in sepsis, the use of PCR with specific primers for each agent becomes impractical. With the broad-range PCR, it is possible, in a single reaction, to identify any bacteria, allowing an early and directed treatment. Thus, this study aimed to evaluate the role of broad-range PCR in the etiologic diagnosis of patients with sepsis and compare this technique with traditional methods of culture. Seventy-four patients with sepsis admitted to the Emergency Unit of Clinical Hospital of Ribeirão Preto Medical School USP and 14 controls were included in the study. DNA from serum, plasma and buffy-coat were extracted from all patients and controls. Broad-range PCR was performed in all samples, followed by DNA sequencing of the amplicons. Out of 74 patients, 39 (53%) were male, mean age was 55 ± 19 years old; 37 (50%) patients had severe sepsis and 37 (50%) septic shock; the mortality rate was 51%. Most of primary infections were from respiratory tract (66%), followed by urinary tract infection (20%). Blood culture was positive in 22 (30%) patients, and its positivity was greater in older patients (p< 0,05) and patients with higher levels of C reactive protein (CRP) (p< 0,05). Broad-range PCR was positive in 44 (59%) patients, when considering both pairs of primers, and was significantly increased compared to blood culture positivity (p< 0,001). Broad-range PCR using Bak11W/Bak2 primers was positive in 25 (34%) patients, and using Taf/Tar primers, in 29 (39%) patients. Related to blood fractions, samples from 24 patients were positive in serum; 22 in plasma fraction; and 18 in buffy-coat. None of clinical and demographic characteristics influenced the broad-range PCR positivity. The sensitivity, specificity, positive predicted value and negative predictive value, when considered healthy persons as negative control, were 59%, 100%, 100% and 32%, respectively. In 40 (54%) patients, blood culture and PCR results were concordant. The concordance coefficient kappa obtained was 0,147 (p = 0,131). Regarding to etiologic agents, in 21 samples, from 16 patients, a bacteria was identified by sequencing. The most common bacteria were Escherichia coli (3), Enterococcus sp. (2), Staphylococcus sp. (2) and Ralstonia sp. (2). In only two patients, the same bacterial species were identified in both, blood culture and broad-range PCR (E. coli e Streptococcus pneumoniae). In conclusion, broad-range PCR was more sensitive than blood culture for bacterial identification in septic patients admitted to an Emergency Unit

A diarreia é apontada mundialmente como uma das principais enfermidades que acometem bovinos. Estudos em diferentes países tem reconhecido a participação do Torovírus Bovino (BToV) na etiologia de enterites em bezerros e bovinos adultos. Devido à inexistência de dados a respeito da sua ocorrência no Brasil, o presente estudo foi conduzido buscando detectar a presença deste vírus em amostras fecais diarreicas. Através da técnica de nested-RT-PCR dirigida para o gene que codifica a proteína do nucleocapsídeo (N), analisou-se 80 amostras fecais de animais com diarreia, jovens e adultos, dos estados de Mato Grosso, Rio Grande do Sul e São Paulo. Obteve-se amplificação de fragmento do gene N em 5 das amostras estudadas. Após clonagem em vetor plasmidial de 3 das amostras, confirmou-se a especificidade dos fragmentos obtidos. Através de estudo de diversidade molecular, demonstrou-se a presença de duas linhagens brasileiras, ambas relacionadas com as sequências reportadas na Europa e Japão. / Diarrhea is pointed worldwide as a major disease affecting cattle. Studies in different countries have recognized the role of Bovine Torovirus (BToV) in the etiology in enteritis in calves and adult cattle. Due to lack of data about its occurrence in Brazil, this study was conducted to detect the presence of this virus in diarrheic stool samples. Using the nested-RT-PCR technique directed for the gene encoding the nucleocapside protein (N gene), we analyzed 80 stool samples from animal with diarrhea, calves and adults, from states of Mato Grosso, Rio Grande do Sul and São Paulo. We obtained amplification of gene N fragments in 5 samples. Three positive for BToV samples were clones in a plasmidial vector and then submitted to sequencing for confirmation of specificity. Studies of molecular diversity were showed the presence of 2 strains of BToV in Brazil, both related with sequences reported in Europe and Japan.

Os Vesiculovirus são um gênero de vírus de RNA da família Rhabdoviridae que inclui os sorotipos Carajás, Cocal, Marabá, Piry, Alagoas e Indiana. Estes são causadores de estomatite vesicular em ruminantes e doença febril humana no Brasil. As vesiculoviroses e suas epidemiologias são pouco conhecidas em seres humanos. Ainda, os Vesiculovirus (VSV) são pouco diagnosticados no homem e em animais pela escassez de métodos laboratoriais diagnósticos. Por isso, objetivamos neste trabalho desenvolver e testar uma RT-PCR em tempo real, pelo método SYBR Green, visando à detecção de VSV brasileiros. Primers que amplificam parte do gene da proteína G dos VSV foram utilizados no teste o qual mostrou-se capaz de detectar genomas dos VSV Piry, Indiana, Alagoas e Carajás. O método foi usado para testar amostras séricas de pacientes com doença febril aguda, de bovinos, de equinos e de macerados de artrópodos. A RT-PCR em tempo real mostrou-se 100 vezes mais sensível que a RT-PCR convencional para Vesiculovirus e também, permitiu detectar até 10 cópias de RNA do vírus Piry. Ainda, a RT-PCR em tempo real para Vesiculovirus mostrou-se capaz de diagnosticar e quantificar o VSV Alagoas nas amostras séricas de bovinos e de equinos. Portanto, a RT-PCR em tempo real desenvolvida neste trabalho, provavelmente, será muito útil no diagnóstico e também, em futuras pesquisas, que permitirão ampliar o conhecimento epidemiológico, ainda pouco conhecido, sobre os Vesiculovirus. / The Vesiculovirus is a Rhabdoviridae family genre of RNA virus that includes serotypes Carajás, Cocal, Maraba, Piry, Alagoas and Indiana. These are causes of vesicular stomatitis in ruminants and human febrile illness in Brazil. The vesiculoviroses and its epidemiology are little known in humans. Still, Vesiculovirus (VSV) are poorly diagnosed in humans and laboratory animals by the lack of diagnostic methods. Therefore, we proposed in this work to develop and test a real-time RT-PCR by SYBR Green method, focusing on the detection of Brazilian VSV. Primers that amplify part of the VSV G protein gene were used in the test which proved capable of detecting genomes of VSV Piry, Indiana, Alagoas and Carajás. The method was used to test serum samples from patients with acute febrile disease, cattle, horses and macerated arthropods. Real time RT-PCR showed to be 100 times more sensitive than conventional RT-PCR for Vesiculovirus and also was possible to detect up to 10 RNA copies of the Piry virus. Also, the real-time RT-PCR for Vesiculovirus proved able to diagnose and quantify Alagoas VSV in serum samples from cattle and horses. Therefore, the real-time RT-PCR developed in this work will probably be very useful in the diagnosis and in future research, which will increase the epidemiological knowledge, as it is still little known about the Vesiculovirus.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Regina Maria Pinto de Figueiredo.pdf: 895178 bytes, checksum: 18bad8fbb4a4c9f02c1af51dee70295b (MD5) Previous issue date: 2008-01-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dengue virus infection increased significantly in Brazil during the last decade, particularly after 1994, as a consequence of Aedes aegypti dissemination. Vector dispersion was followed by the introduction of DEN-1, DEN-2 and DEN-3 serotypes in major Brazilian cities and the co-circulation of different serotypes has led to the first cases of dengue hemorrhagic fever (DHF). This study had as objectives: Isolate in cell culture samples of dengue virus circulating in the state of Amazonas; identify the serotypes of the dengue virus through sorologicas and molecular techniques; to correlate the clinical and laboratory most important cases of dengue, of dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue by shock syndrome (DSS), with each serotype; comparing the results obtained through the sequencing parcial of genes C and prM of samples of dengue found in this study compared with the sequences deposited in GenBank. Between January 2005 and June 2007, 534 blood samples were collected from patients with clinical symptoms of dengue fever who were negative for malaria. Anti-dengue immunoglobulin M (IgM) specific antibodies were detected in 90 (16.8%) samples, from those 40 (44.4%) were PCR-amplified, 13 (32.5%) were typed as DEN-2, 23 (57.5%) as DEN-3 and 4 (10%) as DEN-4. Among the 40 PCR-positive samples, 52 (57,7%) were also positive for viral culture. DEN-3 was isolated from two patients diagnosed with hemorrhagic fever by the WHO criteria. As this work reports the first detection of dengue type 4 viruses in Amazonas, DEN-4 was identified from the sera of three patients with co- infection two of them were DEN-3/DEN-4 co-infection and one DEN-2 / DEN-4. A greater incidence of DEN-3 in relation to DEN-2 and DEN-4, and the absence of DEN-1 circulation. / A infecção pelo vírus dengue aumentou significantemente no Brasil durante a última década, particularmente depois de 1994, como conseqüência da disseminação do Aedes aegypti. A dispersão do vetor foi seguida pela introdução dos sorotipos DEN-1, DEN-2 e DEN-3 nas principais cidades brasileiras e a co-circulação de diferentes sorotipos permitiu o surgimento dos primeiros casos de dengue hemorrágico (DHF). Este estudo teve como objetivos: Isolar em cultura de células amostras dos vírus dengue circulantes no Estado do Amazonas; identificar os sorotipos do vírus dengue por meio de técnicas sorológicas e moleculares; correlacionar os aspectos clínicos e laboratoriais mais importantes dos casos de dengue, febre hemorrágica do dengue (DHF) e da síndrome de choque por dengue (DSS), com cada sorotipo e comparar os resultados obtidos por seqüenciamento parcial dos genes C e prM das amostras de dengue encontradas neste estudo em comparação com seqüências depositadas no GenBank. Entre janeiro de 2005 e junho de 2007, 534 amostras de sangue foram coletadas de pacientes com sintomas clínicos de dengue e negativos para malária. Anticorpos específicos anti-dengue (IgM) foram detectados em 90 (16,8%) amostras, dessas 40 (44,4%) foram amplificadas, 13 (32,5%) foram tipadas como DEN-2, 23 (57,5%) como DEN-3 e 4 (10%) como DEN-4. Entre as 40 amostras positivas por PCR, 52 (57,7%) foram também positivas no isolamento viral. DEN-3 foi isolado de dois pacientes diagnosticados com DHF pelos critérios da Organização Mundial de Saúde (OMS). No presente trabalho foi também registrada a primeira detecção de DEN-4 no Amazonas. O sorotipo DEN-4 foi identificado em três casos de co- infecção, dois deles foram co- infecções de DEN-3/DEN-4 e um DEN-2 / DEN-4. Foi observada uma incidência de DEN-3 em relação ao DEN-2 e DEN-4, e a ausência da circulação de DEN-1.

Alicyclobacillus acidoterrestris são bactérias termoacidófilas esporofórmicas não patogênicas e estão comumente presentes em sucos de frutas ácidas, podendo deteriorá-los. Tendo em vista a importância da atividade agrícola e seus derivados no país, como suco de laranja industrializado, o interesse no desenvolvimento de técnicas bioanalíticas que propiciem uma detecção rápida, sensível e confiável, bem como alternativas para inativação desse microrganismo, é elevado. Neste trabalho foi testado o uso de saponina como agente inibidor de esporos e células vegetativas de A. acidoterrestris, em sucos de laranja concentrado e reconstituído. Entretanto, à temperatura ambiente a inibição é lenta, especialmente para esporos (cerca de 10 dias para inibição total), inviabilizando o seu uso na indústria de cítricos. A combinação de tratamento térmico e saponinas potencializaram a inibição da bactéria, o que torna possível sua aplicação industrial. A potencialização com temperatura alcançou 20% para esporos em suco concentrado, 28,5% para esporos em suco reconstituído e 45,1% para células vegetativas em sucos reconstituídos. A detecção da viabilidade celular foi realizada pela reação em cadeia da polimerase por transcrição reversa (RT-PCR), que se mostrou uma técnica rápida, sensível, e quantitativamente equivalente ao método padrão de detecção, o plaqueamento de culturas, sendo o coeficiente de correlação (r) entre as técnicas de 0,9977 para esporos e 0,9987 para células vegetativas. A quantificação dos produtos da RT-PCR foi realizada por eletroforese capilar em microchip com o equipamento Bioanalyzer 2100. O equipamento forneceu resultados confiáveis e reprodutíveis para diagnóstico de DNA transcrito de A. acidoterrestris. Além da alta sensibilidade, o equipamento permitiu um mínimo consumo de amostra (1 &mu;L), praticidade e rapidez. / Alicyclobacillus acidoterrestris are termoacidophilic sporeforming nonpathogenic bacteria who are commonly present in acidic fruit juices and can deteriorate them. In view of the importance of agricultural activities in the country and its derivatives, such as industrialized orange juice the interest in the development of bioanalitycal techniques that provide early, sensitive, and reliable detection, as well as alternatives to inactivate the microorganism is elevated. This study tested the use of saponins as an inhibitor of spores and vegetative cells of A. acidoterrestris in both concentrate and reconstituted orange juices. At room temperature, however, the inhibition is slow, especially for spores (about 10 days for a total inhibition), preventing its use in the citrus industry. The combination of heat treatment and saponins potentiated the inhibition of bacteria, which makes possible their industrial application. Optimizing the temperature reached 20% for spores in juice concentrate, 28.5% for spores in reconstituted juice and 45.1% for vegetative cells in reconstituted juices. Detection of cell viability was performed by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), which showed to be a fast, sensitive, and quantitative equivalent to the traditional plating technique, and the correlation coefficient (r) between the techniques were 0.9977 and 0.9987 for spores and vegetative cells, respectively. The quantification of the products of RT-PCR was performed by capillary electrophoresis on microchip with Bioanalyzer 2100 equipment. The equipment provided reliable and reproducible results for the diagnosis of DNA transcript of A. acidoterrestris. Besides of high sensitivity, the equipment allowed minimal consumption of sample (1 &mu;L) and provided convenience and speed of analysis.