Thesis (m.s.)--University of Kentucky, 2004. / Title from document title page (viewed Jan. 7, 2005). Document formatted into pages; contains xiv, 475p. : ill. Includes abstract and vita. Includes bibliographical references (p. 469-473).

Thesis (Ph. D.)--Rutgers University, 2008. / "Graduate Program in Microbiology and Molecular Genetics." Includes bibliographical references (p. 431-473).

Habilitationsschrift--Tierärtzlichen Hochschule Hannover, 2002. / "Habilitationsschrift zur Erlangung der venia legendi für das Fachgebiet Zoologie an der Tierärtzlichen Hochschule Hannover. Vorgelegy von Dr. phil. Thomas Geissman, Hannover, 2002"--title page. Title from initial PDF page image (viewed October 5, 2006). Includes bibliographical references (p. 43-51).

Thesis (Ph. D.)--University of Texas at Austin, 2007. / Vita. Includes bibliographical references.

Thesis (M.S.)--Baylor University, 2006. / Includes bibliographical references (p. 58-64).

Thesis (Ph.D.)--Mississippi State University. Department of Entomology and Plant Pathology. / Title from title screen. Includes bibliographical references.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-14Bitstream added on 2014-06-13T18:47:17Z : No. of bitstreams: 1 silva_ra_dr_sjrp.pdf: 891107 bytes, checksum: 8707252f58f9d914d0fca8bce16b0ad6 (MD5) / Os sinais acústicos dos anuros são excelentes padrões de comportamento para estudos comparativos. Atualmente, as hipóteses filogenéticas que explicam a evolução do canto em anuros se dividem. Uma frente sugere que espécies próximas filogeneticamente tendem a ter o canto mais similar do que o esperado ao acaso, predizendo que espécies mais próximas filogeneticamente tendem a ter o canto mais similar. Outro ramo indica que diferenças nas características do hábitat afetam as propriedades acústicas do canto minimizando as interferências ambientais. Essas forças, assim, podem atuar em oposição. O objetivo geral deste estudo foi analisar as influências filogenéticas e ambientais nos parâmetros acústicos do canto de anúncio de 28 espécies de anuros do gênero Physalaemus. No capítulo 1, Os parâmetros bioacústicos espectrais e temporais dos cantos são comparados qualitativa e quantitativamente para avaliar se influenciam a segregação dos cantos e para determinar o grau de similaridade entre os cantos dessas espécies crípticas no grupo P. cuvieri. No capítulo 2, discutimos a relação entre os parâmetros acústicos e o tipo de hábitat ocupado pelas espécies e, a similaridade entre os cantos de anúncio de 28 espécies do gênero Physalaemus que ocupam áreas abertas e ambiente de mata. E, no capítulo 3, Nosso objetivo foi comparar e sinalizar as transformações nos parâmetros espectrais e temporais do canto de anúncio para três táxons de espécies do gênero Physalaemus através de árvores filogenéticas. A similaridade dos parâmetros bioacústicos dos cantos não é relacionada com a distribuição geográfica das espécies. As espécies alopátricas demonstram maior similaridade do canto do que as espécies simpátricas. Nas espécies simpátricas analisadas, P. cuvieri, P. ephippifer e P. fischeri... / The acoustic signals of frogs are excellent standards of behavior for comparative studies. Currently, the phylogenetic hypotheses that explain the evolution of singing in Anurans are divided. A front suggests that phylogenetically close species tend to have the calls more similar than expected by chance, predicting that phylogenetically closest species tend to have the most similar. Another branch indicates that differences in habitat characteristics affect the acoustic properties of the minimizing environmental interferences. These forces, therefore, can act in opposition. The overall objective of this study was to analyze the phylogenetic and environmental influences in the acoustic parameters of the advertisement call of 28 species of Anurans belonging to the genus Physalaemus. In Chapter 1, the spectral and temporal bioacoustics parameters of the calls are compared qualitatively and quantitatively to assess whether they influence the segregation of calls and to determine the degree of similarity between the calls of these cryptic species in P. cuvieri group. In Chapter 2, we discussed the relationship between the acoustic parameters and the type of Habitat occupied by the species and, the similarity between the advertisement call of 28 species of the Physalaemus genus occupying open areas and forest environment. And in Chapter 3, our objective was to compare and flag the transformations in the spectral and temporal parameters of the advertisement call for the three taxa of the Physalaemus genus through phylogenetic trees. The similarity of bioacoustics parameters of the calls is not related to the geographic distribution of the species. Allopatric species show greater similarity of corner than the sympatric species. In sympatric species analyzed, P. cuvieri, P ephippifer and P. fischeri, there is overlap of spectral parameters, as... (Complete abstract click electronic access below)

Os caranguejos anomuros da família Lithodidae são exclusivamente marinhos, habitantes predominantemente de águas frias vivendo, geralmente, em águas profundas. Via de regra são animais de grande tamanho, sendo que das 124 espécies atualmente conhecidas (distribuídas em 10 gêneros), algumas são de grande importância comercial. O monofiletismo da família Lithodidae e dos gêneros que a compõe, assim como as relações filogenéticas em Lithodidae ainda são obscuros e têm recebido muito pouca atenção. Diante da complexidade do esqueleto gástrico nos crustáceos Decapoda, neste trabalho nós investigamos em detalhe as características morfológicas dos ossículos do esqueleto gástrico em Lithodidae com vistas a sua descrição, interpretação e como fonte de dados morfológicos para servir de base a uma análise filogenética de Lithodidae, cujo objetivo precípuo foi testar a hipótese de monofiletismo de Lithodidae e acessar as relações internas na família. A partir do estudo de 185 estômagos foi descrita e ilustrada a morfologia dos ossículos do esqueleto gástrico de 66 espécies: 52 espécies (dos 10 gêneros de Lithodidae), 8 espécies (dos 5 gêneros de Hapalogastridae) e 6 espécies de outros Decapoda representantes do grupo externo (Birgus latro, Petrochirus diogenes, Pagurus bernhardus, Homarus americanus, Nephrops norvegicus e Thalassina anomala). A análise cladística de Lithodoidea foi realizada no programa TNT. Foram utilizados 126 caracteres binários e 63 caracteres multiestado obtidos da morfologia do esqueleto gástrico, relacionados com o tamanho, forma, grau de calcificação, grau de fusão de ossículos e morfologia dos dentes gástricos. O esqueleto gástrico em Lithodoidea está composto por 44 ossículos. Um novo ossículo foi reconhecido, o parapterocardíaco, associado com o ossículo pterocardíaco. A maioria dos ossículos exibem um padrão uniforme com variações menores e elementos morfológicos característicos. Nossa análise cladística resultou em 10 árvores igualmente parcimoniosas com 1802 passos. Nosso estudo mostra que a superfamília Lithodoidea é monofilética, porém o monofiletismo de Lithodidae e Hapalogastridae não pode ser recuperado. Os gêneros de Lithodidae, Cryptolithodes e Lopholithodes são monofiléticos, enquanto que Lithodes, Neolithodes, e Paralomis são polifiléticos. Paralithodes é parafilético. Os gêneros monoespecíficos de Lithodidae (Glyptolithodes, Phyllolithodes, Rhinolithodes e Sculptolithodes) são bem caracterizados por autapomorfias. Em consequência de nossos resultados, alterações na classificação interna de Lithodoidea são necessárias, afim de refletir as relações evolutivas. / The king crabs of the family Lithodidae (Anomura) are all marine and inhabit predominantly cold, deep waters. The lithodids currently comprise 124 species, some of which attain large sizes and are of great commercial importance. The interrelationships of the lithodids and even their monophyly and some of the constituent genera are yet to be solved. The great complexity of the decapod gastric mill prompted us to study the morphology of the gastric ossicles in the Lithodidae as a source of characters to assess its phylogenetic interrelationships and its monophyletic status as well as that of its constituent genera. We described and illustrated herein the morphology of the gastric ossicles from 66 species. A total of 186 stomachs were obtained as follows: 52 lithodid species (from all the 10 genera currently included in the Lithodidae), 8 hapalocarcinid species (from all the 5 genera of the Hapalogastridae) and 6 species from other groups of decapods representing the outgroup (Birgus latro, Petrochirus diogenes, Pagurus bernhardus, Homarus americanus, Nephrops novegicus e Thalassina anomala). The cladistic analysis of the Lithodoidea, was performed using the program TNT. 126 binary and 63 multistate characters from the morphology of the gastric ossicles related to size, shape, degree of calcification and fusion between ossicles, were used. The stomach of the Lithodoidea consists of 44 ossicles. A new ossicle is recognized herein, the para-pterocardiac, associated with pterocardiac ossicle. Most of the ossicles are conservative in shape, with few variations and distinctive morphological elements. The cladistic analysis resulted in 10 equally parsimonious trees with 1802 steps. Our study show that the superfamily Lithodoidea is monophyletic, whereas the lithodids and hapalogastrids were not recovered as monophyletic groups. The lithodid genera Cryptolithodes and Lopholithodes was recovered as monophyletic, while Lithodes, Neolithodes and Paralomis are polyphyletic; Paralithodes is paraphyletic. The monospecific lithodid genera are well characterized by a number of autoapomorphies each. As a result, the internal classification of the Lithodoidea requires further elaboration in order to reflect evolutionary relationships.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-12-14Bitstream added on 2014-06-13T18:44:27Z : No. of bitstreams: 1 pereira_rm_dr_jabo.pdf: 415712 bytes, checksum: 3a2847df5213880b53630ad700a376be (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Diversos estudos com bactérias fixadoras de nitrogênio buscam identificar genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, nodulação e simbiose, assim como conhecer seu genoma e compreender melhor o metabolismo delas. No entanto ainda há poucos trabalhos sobre o genoma de Bradyrhizobium elkanii, bactéria importante no contexto da produção de alimentos e de utilização comercial. Esse é o primeiro estudo a comparar 2654 genes de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, com as bactérias Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 e Sinorhizobium meliloti LGM 6133 através da comparação de genomas por hibridização (CGH) usando Microarray. Portanto o objetivo deste trabalho foi realizar uma taxonomia molecular através da comparação de genomas por hibridização DNA-DNA, utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA (CGH Microarray), para buscar novos genes que possam ser úteis na classificação filogenética de rizóbios. A técnica de CGH Microarray permitiu encontrar sessenta e cinco genes comuns entre todas as bactérias analisadas, após realizar comparação e classificação de todos genes encontrados em comum entre elas. Os resultados obtidos ao se comparar três árvores filogenéticas baseadas em diferentes genes, confirmaram que alterar a quantidade e as sequências nas análises, causa variação nas árvores filogenéticas como já observado em outros microrganismos... / Diverse studies with fixing nitrogen bacteria search to identify responsible genes for the nitrogen fix, nodulation and symbiosis, as well as knowing its genome and understanding the metabolism of them better. However still has few works about genome of Bradyrhizobium elkanii, important bacterium in the context of the production of foods and commercial use. This is the first study to compare 2654 genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, with the bacteria Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 and Sinorhizobium meliloti LGM 6133 through the CGH Microarray. Therefore aim of this work was to carry a molecular taxonomy through the comparison of genomes for hybridization DNA-DNA, being used the technology of microarrangements of DNA (CGH Microarray), to search new genes that can be useful in the phylogenetic classification of rhizobia. The technique of CGH Microarray allowed to find sixty and five orthologs genes between all the analyzed bacteria, after to carry through comparison and classification of all genes in common between them. The results gotten to if comparing three established phylogenetic trees in different genes, had confirmed that to modify the amount and the sequences in the analyses, cause variation in the phylogenetic trees as already observed in other microorganisms. The results suggest that how much bigger will be the number of used ortholog genes in the phylogeny, more trustworthy will be the gotten phylogenetic trees ...(Complete abstract, click electronic access below)

Orientador: Eduardo Bagagli / Resumo: Paracoccidioides spp. são fungos que vivem no ambiente (solo) e em associação com tecidos de hospedeiros mamíferos. Apresentam como característica de patogenicidade o termo-dimorfismo, em que, a 25º C apresenta a fase micelial e produz suas partículas infectantes (conídios) e a 35-37º C está sob forma de leveduras (forma parasitária). As características morfológicas e micromorfológicas são importantes, mas insuficientes para a diferenciação entre os genótipos. Contudo, o avanço no conhecimento da Biologia Molecular nos últimos anos permitiu uma grande compreensão da biologia e das relações filogenéticas de Paracoccidioides spp. A região de ITS1-5.8S-ITS2 (rDNA) tem sido largamente usada na identificação de diversos fungos, sendo muito útil para discriminar entre P. brasiliensis e P. lutzii, no entanto, ela não separa entre as genótipos do complexo P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 e PS4), no qual, recentemente foi proposto um rearranjo taxonômico, em que foram descritas como novas espécies de Paracoccidioides: P. brasiliensis para S1, P. americana para PS2, P. restrepiensis para PS3 e P. venezuelensis para PS4. Além do seqüenciamento do ITS, é necessário incluir outras regiões gênicas mais ou menos polimórficas para estudos filogenéticos que visam identificar Paracoccidioides spp. como nesse estudo. Este trabalho teve como objetivo mapear áreas de ocorrência e isolar Paracoccidioides a partir de tatus (Dasypus novemcinctus), bem com detectar molecularmente por Nested-PCR o DNA do... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor