The genus Clematis L. (Ranunculaceae) was used as a new model group to assess the role of the Himalayan orogeny on generation of biodiversity through investigations of its phylogeny, phylogeography and taxonomy. Although existing checklists include 28 species of Clematis from Nepal, a comprehensive taxonomic revision of available material in herbaria and additional sampling from fieldwork during this study has led to the recognition of 21 species of Clematis in Nepal, including one species (C. kilungensis) not previously recorded from Nepal. Exisiting phylogenetic and taxonomic concepts were tested with the addition of new samples from Nepal. The results highlight the shortcomings of the previous studies which were poorly resolved and indicate the need for a thorough revision of the sectional classification. Despite the increased sampling the results are still equivocal due to poor statistical support along the backbone of the phylogeny. Groups of species in well supported terminal clades are broadly comparable with results from previous studies although there are fewer clearly recognisable and well supported clades. The published dates for the evolution of Clematis were tested and the methodology of the previous study critically reappraised. The results indicate that the genus Clematis is approximately twice as old as previously reported and evolved in the middle Miocene. The phylogeny also demonstrates that, even allowing for poor support for the relationships between groups of species within Clematis, the extant Nepalese species must have multiple independent origins from at least 6 different colonisations. With their occurrence in the Pliocene and Pleistocene, these events are relatively recent in relation to the Himalayan orogeny, and may be linked more to the dispersal ability of Clematis than to the direct effects of the orogeny. Additional Nepalese samples of Koenigia and Meconopsis were added to exisiting datasets and these were reanalysed. The result from Clematis, Koenigia and Meconopsis were appraised in light of the the geocientific literature and previously published phylogeographic studies to create an overview of the drivers behind speciation in the Himalaya.

La spéciation et la diversification sur les iles sont des processus évolutifs tirés par de nombreux facteurs tels qu’histoire géologique et complexité topographique. Réciproquement, l’histoire évolutive d’une espèce contribue à expliquer ses traits biologiques et écologiques actuels. J’ai cherché à analyser ces patrons et processus à travers un système modèle présent à travers toutes les régions tropicales du monde : les Ficus et leurs insectes pollinisateurs (Hymenoptera : Chacidoidea). Plus particulièrement je me suis focalisée sur les Ficus du sous genre Sycomorus et leurs pollinisateurs, les insectes du genre Ceratosolen. Les deux objectif principaux de ma thèse ont été de : (1) étudier l’histoire biogéographique des espèces de Ceratosolen des Philippines à partir des reconstructions phylogénétiques et (2) étudier quelques aspects de la biologie et de l’écologie de ces espèces et de les relier à leur histoire évolutive. Pour l’objectif 1, nous montrons que, comme la plupart des biota des Philippines, les Ceratosolen sont arrivés du sud par Palawan ou par l’archipel de Sulu, à de multiples reprises. Il semble que l’histoire géologique, les bras de mer profonds et les changements de niveau des mers du Pléistocène ont une valeur explicative faible pour comprendre la distribution et la diversification des groupes d’espèces. Les facteurs importants seraient plutôt la complexité topographique des iles, les distances entre iles, la capacité intrinsèque de dispersion des insectes et la spécialisation écologique. Pour l’objectif 2 nous avons étudié les traits suivants : la modification des pattes arrière, la durée de vie, l’activité journalière, la structuration génétique spatiale et la perception des odeurs de figues réceptives. Nous montrons que les pattes postérieures modifiées de C. corneri ont des propriétés hydrophobes plus fortes que celles, non modifiées, de son proche parent, C. jucundus. Le caractère hydrophobe de ces pattes permet aux males de C. corneri de respirer même submergé dans du liquide dans les figues. Cette adaptation est probablement le résultat de la sélection sexuelle car ces males peuvent émerger plus tôt de leurs galles pour féconder les femelles. Nous montrons ainsi comment un trait de la figue, la quantité de liquide, contraint la morphologie et le comportement du pollinisateur. Par ailleurs nous documentons plusieurs cas de coexistence locale de plusieurs espèces de pollinisateurs associées à F. septica. Dans un site nous montrons que les deux espèces de pollinisateurs diffèrent par leur durée de vie mais débutent leur activité en même temps. De plus, F. septica et ses clades de pollinisateurs noirs présentaient une structure géographique similaire. Ce patron a pu apparaitre dans le contexte de barrières géographiques fortes, menant à l’isolement, à l’adaptation locale et finalement, à la co-diversification. Nous montrons que la coexistence de pollinisateurs a probablement été rendue possible par un déplacement initial de caractère suivi d’une extension d’aire. Finalement, nous fournissons des éléments montrant que les variations géographiques d’odeurs de figues réceptives ne limitent pas l’expansion géographique des insectes pollinisateurs. Ceci est confirmé par nos résultats sur la gamme d’odeurs perçues par les insectes. Nous montrons que cette perception était fortement dépendante des stimuli rencontrés. Ainsi nous voyons une convergence des odeurs perçues entre insectes partageant un même hôte. Ceci est une démonstration de la plasticité évolutive du système de perception des odeurs des insectes. Ainsi notre travail explore des aspects historiques et biologiques de l’ensemble des Ceratosolen des Philippines, avec une focalisation sur la diversification en cours dans le système Ficus septica-insectes associés. La suite du travail abordera les moteurs biologiques et les processus biologiques tels que la co-spéciation ou le partage de pollinisateurs que nous avons documentés ici. / Speciation and diversification in islands are evolutionary processes that are driven by many factors such as geological history and topographic complexity. In turn, the evolutionary history of a species contributes to explaining its present biological and ecological traits. In wanting to investigate these patterns and processes, I chose a model system that is present throughout the tropical areas of the world: the figs (genus Ficus) and fig wasps (Hymenoptera: Chalcidoidea). Specifically, I focused on a subgroup of this model system: the subgenus Sycomorus figs and their associated pollinators, the Ceratosolen wasps. The two main objectives of this thesis were: (1) to investigate the biogeographic history of the Philippine Ceratosolen species using phylogenetic tree reconstructions and (2) to investigate certain biological and ecological traits of Philippine Ceratosolen species and to relate these traits to their evolutionary history. For Objective 1, we have shown that, like most Philippine biota, Ceratosolen wasps most likely arrived from the south of the Philippines via Palawan or the Sulu archipelago. It is likely that geological history, deep-water barriers and Pleistocene sea-level changes were not major factors explaining the distribution and diversification of these species groups. They are most likely affected by other factors such as island topographic complexity, distances between islands, intrinsic wasp dispersal ability and ecological specialization. For Objective 2, we specifically looked at the following wasp traits: hind leg modifications, life span and daily activity, spatial genetic structuring and odour perception. We have shown that male C. corneri modified hind legs were able to repel liquids more than its close relative, C. jucundus, that has unmodified hind legs. The hydrophobicity of these hind legs allows C. corneri male wasps to respire even when they are submerged in fig liquid. This adaptation is probably a response to sexual selection because these male wasps now have the ability to emerge earlier to search for mates. We have thus shown how fig functional traits, i.e. amount of fig liquid, can constrain fig wasp morphology and behaviour. Moreover, in the F. septica system, we documented several instances of multiple pollinator species associating with F. septica. In one site, these two pollinator species differed in life span, but are active the same time. Also, F. septica and its black pollinator clades exhibited similar geographic structuring. This could originally be due to strong geographic barriers leading to isolation, local adaptation, and finally co-diversification. We also show the co-existence of pollinating species in an area which probably had been brought about by initial character displacement and subsequent range expansion. Lastly, we provide evidence that receptive fig odours do not constrain the species specificity of the interactions. This was further supported by our results on the range of wasp odour perception. We saw that odour perception in fig wasps is highly dependent on the olfactory stimuli. Convergence in odour perception was seen when wasps shared hosts and divergence was demonstrated when wasp species were constrained to respond to different scent profiles. This is remarkable evidence of the evolutionary plasticity in the insect odour perception system. Thus, this work explored aspects of the history and biology of Philippine Ceratosolen, as a whole, with a focus on the current on-going diversification processes in the Ficus septica-wasp system. Future work should look at the biological drivers of evolutionary processes such as co-speciation and pollinator sharing that we have documented here.

Muriquis, genus Brachyteles Spix, 1823, are the largest of the extant New World primates, and they are one of the three extant genera of the subfamily Atelinae along with Ateles (spider monkeys) and Lagothrix (wooly monkeys). The taxonomy of Brachyteles has constantly changed since its first description in the 19th century. First treated as a monotypic genus, and after several modifications in the number of species, Brachyteles currently contains two species, B. arachnoides (Southern muriqui) and B. hypoxanthus (Northern muriqui). The morphological evidence for this taxonomic arrangement relies on two diagnostic characters: the occurrence of a black-pigmented face and the absence of the first digit (thumb) in Southern muriqui populations vs. mottled face and fully-developed thumb in Northern muriqui populations. In addition, the phylogenetic relationship between atelines is disputed: on the one hand, the molecular evidence suggests an (Ateles (Brachyteles + Lagothrix)) clade and, on the other, most morphological evidence supports a clade (Lagothrix (Ateles + Brachyteles)) based on the high degree of postcranial and locomotory resemblances between Ateles and Brachyteles. My aims here are: 1) to verify how many taxa at the species level group there are in Brachyteles, and 2) to estimate the phylogenetic relationships among Atelinae using morphological characters. To achieve these goals, I have performed a qualitative analysis of external morphological characters as the presence or absence of the thumb, pelage coloration, and face pigmentation to test sexual dimorphism or dichromatism and intrapopulational variation. I also performed linear and geometric morphometrics analyses to test sexual dimorphism and geographical variation in both size and shape of the skull. Finally, I carried out a morphological phylogeny using 74 discrete morphological characters, two ecological and one karyological. This analysis includes 11 species of extant and fossil atelids and the outgroup was composed of Sapajus nigritus and Callicebus personatus. The analysis of the pelage coloration reveals that there is no sexual dimorphism or dichromatism in Brachyteles; besides, the pelage presents a high degree of individual variation. The development of the thumb and the facial pigmentation do not exhibit uniformity; thus, they have no taxonomic meaning. Linear and geometric morphometrics failed on to discriminate between sexes and populations based on the size and shape of the skull. For these reasons, I consider Brachyteles as a monotypic genus with no subspecies. Lastly, the morphologic phylogenetic analysis shows that Brachyteles is more closely related to Lagothrix than to Ateles, suggesting that the postcranial similarities between muriquis and spider monkeys could be a plesiomorphic condition in Atelidae, and the arboreal quadrupedalism of Alouatta and Lagothrix evolved convergently in alouattines and atelines. / Os muriquis ou monos-carvoeiros, gênero Brachyteles Spix, 1823, são os maiores primatas existentes do Novo Mundo, fazendo parte da subfamília Atelinae, juntamente com os gêneros Ateles (macaco-aranha) e Lagothrix (macaco-barrigudo). A taxonomia de Brachyteles tem sofrido constantes alterações desde sua primeira descrição no século XIX. Inicialmente foi tratado como um gênero monotípico, entretanto, após diversas alterações no número de espécies, atualmente considera-se composto por duas espécies, B. arachnoides (muriqui-do-sul) and B. hypoxanthus (muriqui-do-norte). O suporte para este arranjo taxonômico baseia-se em dois caracteres diagnósticos: a ocorrência de face com coloração preta e a ausência do primeiro dígito (polegar) nos muriquis-do-sul vs. face com manchas e polegar totalmente desenvolvido em populações de muriquis-do-norte. Adicionalmente, as relações filogenéticas entre os atelinos é contestada: por um lado, a evidência molecular sugere o clado formado por (Ateles (Brachyteles + Lagothrix)), por outro, a evidência morfológica suporta o clado (Lagothrix (Ateles + Brachyteles)), baseando-se na grande similaridade pós-craniana e locomotora. Desta forma, o meus objetivos neste trabalho são: 1) verificar quantos taxa do grupo da espécie existem em Brachyteles, e 2) estabelecer as relações filogenéticas entre os Atelinae utilizando caracteres morfológicos. Para isso, analisei qualitativamente os caracteres morfológicos externos, como a presença ou ausência de polegar, a coloração da pelagem, e a pigmentação facial, a fim de testar a ocorrência de dimorfismo sexual ou dicromatismo e a variação intraespecífica. Além disso, realizei análises morfométricas lineares e geométricas para testar o dimorfismo sexual e a variação geográfica do tamanho e forma do crânio. Por fim, realizei uma filogenia morfológica utilizando 74 caracteres morfológicos, dois ecológicos e um cariotípico. Estas análises incluíram 11 espécies de atelídeos viventes e fósseis e um grupo-externo composto por Sapajus nigritus e Callicebus personatus. A análise da coloração da pelagem revela que não há dimorfismo sexual ou dicromatismo em Brachyteles; além disso, a pelagem apresenta um alto grau de variação individual. O desenvolvimento do polegar e a pigmentação facial não apresentam uniformidade, assim, não tem relevância taxonômica. A morfometria linear e geométrica falharam em discriminar entre os sexos e as populações com base no tamanho e forma do crânio. Finalmente, as análises filogenéticas mostraram que Brachyteles está mais estreitamente relacionado com Lagothrix do que com Ateles, sugerindo que a similaridade pós-craninana entre os muriquis e os macacos-aranha poderia ser uma condição plesiomórfico dos atelídeos, e o quadrupedalismo arborícola de Alouatta e Lagothrix teria evoluído convergentemente em alouatíneos e atelíneos.

Orientador: Maria do Carmo Bittencourt de Oliveira / Banca: Luiz Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Resumo: As cianobactérias apresentam uma ampla variabilidade fenotípica e ecológica. Porém, esta variabilidade, muitas vezes, não corresponde à sua diversidade genética. Assim, o uso de marcadores moleculares é fundamental para os estudos de filogenia neste grupo. Entretanto, a filogenia molecular enfrenta um desafio na seleção dos marcadores devido à ocorrência relativamente frequente da transferência de genes de forma lateral entre os procariotos. Em cianobactérias os marcadores dos espaçadores dos genes ribossomais (16S-23S-ITS rDNA) e do operon da ficocianina (PC-IGS) estão entre os mais utilizados nestes estudos. Contudo, alguns trabalhos sugerem que o PC-IGS possa ter sito transferido lateralmente em sua história evolutiva. A identificação de morfoespécies dos gêneros Microcystis e Geitlerinema é baseada em caracteres morfológicos que em geral não correspondem à sua variabilidade genética. Com o objetivo de investigar a transferência lateral do operon da ficocianina em Geitlerinema e Microcystis, foram obtidas e comparadas árvores filogenéticas de ambas espécies baseadas nos marcadores PC-IGS e 16S-23S-ITS rDNA. As topologias das árvores obtidas para ambos os marcadores foram muito semelhantes e indicaram que o PC-IGS é estável e indicado para os estudos de taxonomia e filogenia de linhagens de Geitlerinema e Microcystis. Assim, hipótese inicial de transferência lateral foi refutada. Algumas linhagens tiveram seu posicionamento divergente entre um marcador e outro, o que ressalta a importância do uso de mais de um marcador em estudos de filogenia. O marcador PC-IGS apresentou melhor desempenho que 16S-23S-ITS rDNA. As árvores filogenéticas de Geitlerinema baseadas em ambos os marcadores indicaram a ocorrência de espécies crípticas dentre as linhagens estudadas e corroboraram que G. amphibium e G. unigranulatum devem ser consideradas sinonímias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cyanobacteria show a wide phenotypic and ecological variability, but frequently this variability does not correspond to their genetic variation. Therefore, the use of molecular markes is critical for phylogenetic studies in this group. At the same time, the selection of molecular markers represents a challenge for the molecular phylogeny due to the horizontal gene transfer, witch is a relatively common process among the prokaryotes. In cyanobacteria, makers for the ribosomal genes spacer (16S-23S-ITS rDNA) and for the phycocyanin operon spacer (PC-IGS) are among of the most used for phylogeny. However, some studies suggest that the PC-IGS marker may have been horizontally transferred during its evolutionary history. The identification of the morphospecies from the genus Microcystis and Geitlerinema is based in their morphological characters, but they generally do not correspond to genetic variability. In order to investigate the possibility of horizontal transfer of the phycocyanin operon in Microcystis and Geitlerinema, phylogenetic trees based on the PC-IGS and 16S- 23S-ITS rDNA were generated and compared. The topologies obtained for both markers were very similar, indicating that the PC-IGS marker is stable and suitable for taxonomical and phylogenetic studies in Microcystis and Geitlerinema. Therefore, the initial hypothesis of horizontal transfer was rejected. Some strains were found to have divergent positions between the trees based on the two molecular markes, witch highlights the importance of using more than one marker in phylogenetic studies. The PC-IGS marker performed better than 16S-23SITS rDNA. The Geitlerinema phylogenetic trees based on both markers indicated the occurrence of cryptic species among the strains and corroborated that G. amphibium and G. unigranulatum should be treated as synonyms. The phylogenetic tree based on PC-IGS formed a monophyletic clade... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-01-27Bitstream added on 2014-06-13T20:36:33Z : No. of bitstreams: 1 gardim_s_me_arafcf.pdf: 1853681 bytes, checksum: 3bd67f0a8ef8c760824f1c5ffaea5e3e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / A doença de Chagas tem como agente etiológico o protozoário Trypanosoma cruzi, cujos vetores pertencem à subfamília Triatominae. Os triatomíneos distribuem-se distribuídos por toda região Neotropical e epidemiologicamente se destacam as espécies dos gêneros Panstrongylus, Rhodnius e Triatoma. O gênero Triatoma é o mais numeroso e foi subdividido em complexos específicos de acordo com semelhanças morfológicas e distribuição geográfica de suas espécies. As sete espécies estudadas podem ser encontradas na região Centro-Oeste do Brasil, das quais seis pertencem ao subcomplexo matogrossensis (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. matogrossensis, T. vandae e T. williami). A outra espécie, T. sordida pertence ao subcomplexo sordida. O objetivo deste estudo foi determinar a posição filogenética das sete espécies ocorrentes na região Centro-Oeste, por meio de comparação das sequências dos fragmentos citocromo b e 16S do DNA mitocondrial, visto que até o momento não foi determinada a posição de T. baratai e T. vandae com base em dados moleculares. Os exemplares avaliados são oriundos de colônias mantidas junto ao Insetário de Triatominae da Faculdade de Ciências Farmacêuticas/UNESP - Araraquara. Após a extração do DNA genômico e da amplificação dos fragmentos 16S e Cytb, procedeu-se o sequenciamento do DNA em sqüenciador automático, modelo ABI 377. As sequências obtidas juntamente com outras sequências (do mesmo fragmento) já disponíveis no GenBank, foram alinhadas com auxílio do programa Clustal W do BioEdit e as inferências filogenéticas foram conduzidas utilizando-se análises de parcimônia e de distância com o programa MEGA 3.1. De acordo com os resultados encontrados, T. costalimai mostrou-se mais distante das demais espécies e foi posicionada como grupo externo. As outras espécies distribuíram-se em dois grupos:.. / The protozoan Trypanosoma cruzi, the etiologic agent of Chagas' disease, is transmitted by vectors that belong to the subfamily Triatominae. The triatomines are distributed throughout the Neotropical region and species from Panstrongylus, Rhodnius and Triatoma genus stand out epidemiologically. The Triatoma genus is the largest and was divided in specific complexes according to morphological similarities and geographical distribution of its species. The seven species studied can be found in the Central West Region of Brazil, of which six belong to the matogrossensis subcomplex (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. jurbergi, T. matogrossensis, T. vandae and T. williami). The other specie, T. sordida belong sordida subcomplex. The aim of this study was to determine the phylogenetic position of the seven species from Central West Region by comparing the 16S and Cytb fragments sequences of the mitochondrial DNA, since so far not been given the position of T. baratai and T. vandae based DNA sequences. The specimens evaluated came from colonies maintained at the Insectarium of Triatominae, Faculdade de Ciências Farmacêuticas / UNESP - Araraquara. After extraction of genomic DNA and amplification of the 16S and Cytb fragments, it was sequenced in an automatic DNA sequencer, model ABI 377. The sequences obtained and other sequences (of the same fragment) already available in GenBank were aligned using the Clustal W program of BioEdit and the phylogenetic inferences were conducted using the analysis of parsimony and distance with the MEGA 3.1 program. According to the results, T. costalimai was more distant from other species and was placed as an outside group. Other species are distributed in two groups, the first comprising the species T. vandae very close to T. matogrossensis and external of these, T. sordida. The second group includes T. guazu strongly related to T. williami... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by MARLUCE FRANCISCA HRYCYK null (marluce@unemat.br) on 2018-03-23T15:42:38Z No. of bitstreams: 1 Texto final 23 03 18.pdf: 2572888 bytes, checksum: 00a5717448a63a2138d8dbcd62ca9c06 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Pizzani null (luciana@btu.unesp.br) on 2018-03-26T17:45:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 hrycyk_mf_dr_bot.pdf: 2473289 bytes, checksum: 4273a8f7803f0e2dda1dadd73582c9a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-26T17:45:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 hrycyk_mf_dr_bot.pdf: 2473289 bytes, checksum: 4273a8f7803f0e2dda1dadd73582c9a2 (MD5) Previous issue date: 2018-03-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Mato Grosso (FAPEMAT) / Paracoccidioides spp. são fungos que vivem no ambiente (solo) e em associação com tecidos de hospedeiros mamíferos. Apresentam como característica de patogenicidade o termo-dimorfismo, em que, a 25º C apresenta a fase micelial e produz suas partículas infectantes (conídios) e a 35-37º C está sob forma de leveduras (forma parasitária). As características morfológicas e micromorfológicas são importantes, mas insuficientes para a diferenciação entre os genótipos. Contudo, o avanço no conhecimento da Biologia Molecular nos últimos anos permitiu uma grande compreensão da biologia e das relações filogenéticas de Paracoccidioides spp. A região de ITS1-5.8S-ITS2 (rDNA) tem sido largamente usada na identificação de diversos fungos, sendo muito útil para discriminar entre P. brasiliensis e P. lutzii, no entanto, ela não separa entre as genótipos do complexo P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 e PS4), no qual, recentemente foi proposto um rearranjo taxonômico, em que foram descritas como novas espécies de Paracoccidioides: P. brasiliensis para S1, P. americana para PS2, P. restrepiensis para PS3 e P. venezuelensis para PS4. Além do seqüenciamento do ITS, é necessário incluir outras regiões gênicas mais ou menos polimórficas para estudos filogenéticos que visam identificar Paracoccidioides spp. como nesse estudo. Este trabalho teve como objetivo mapear áreas de ocorrência e isolar Paracoccidioides a partir de tatus (Dasypus novemcinctus), bem com detectar molecularmente por Nested-PCR o DNA do fungo em amostras de solo e nos órgãos (baço, fígado e linfonodos mesentéricos) de tatus. Nós isolamos o fungo de tatus do Sudeste (Botucatu/SP) e Centro-Oeste (Alta Floresta/MT). Todos os isolados foram caracterizados molecularmente pelo seqüenciamento ITS-rDNA e gp43 exon 2 e por PCR-RFLP de alfa tubulina (tub1) como P. brasiliensis e P. americana. A reação de Nested-PCR foi sensível e permitiu detectar o DNA de Paracoccidioides nas amostras de tecido (baço, fígado e linfonodos mesentéricos) de D. novemcinctus e também no solo dos Estados de São Paulo e Mato Grosso. A construção filogenética com os amplicons ambientais de solo mostrou que P. lutzii está amplamente presente nessas regiões (Sudeste e Centro-Oeste), além do que, amplicons de P. lutzii de Alta Floresta/MT clusterizaram em um clado separadamente, sugerindo que espécies crípticas podem existir, dentro de P. lutzii. / Paracoccidioides spp. are fungi that live in the environment (soil) and in association with tissues of mammalian hosts. They present as a characteristic of pathogenicity the thermo - dimorphism, in which, at 25º C it presents the m ycelial phase and produces its infective particles (conidia) and at 35 - 37º C it is in the form of yeasts (parasitic form). The morphological and micromorphological characteristics are important, but insufficient for the differentiation between the genotype s. However, the advance in the knowledge of Molecular Biology in recent years has allowed a great understanding of the biology and phylogenetic relationships of Paracoccidioides spp. The region of ITS1 - 5.8S - ITS2 (rDNA) has been widely used in the identific ation of several fungi, in which it is very useful in the discrimination between P. brasiliensis and P. lutzii , however, it does not separate between genotypes of the complex P. brasiliensis (S1, PS2, PS3 and PS4), in which recently a taxonomic rearrangeme nt was proposed, described as new species of Paracoccidioides : P. brasiliensis for S1, P. americana for PS2, P. restrepiensis for PS3 and P. venezuelensis for PS4 . In addition to the sequencing of ITS, it is necessary to include other more or less polymorp hic gene regions for phylogenetic studies aimed at identifying Paracoccidioides spp. as in this study . The objective of this work was to map out occurrence areas and isolate Paracoccidioides from armadillos ( Dasypus novemcinctus ), as well as molecularly de tect the DNA of the fungus in soil samples and organs (spleen, liver and mesenteric lymph nodes) by Nested - PCR . We isolated the armadillo fungus from the Southeast (Botucatu / SP) and Central West (Alta Floresta / MT). All isolates were molecularly charac terized by ITS - rDNA and gp43 exon 2 sequencing and by alpha tubulin (tub1) PCR - RFLP as P. brasiliensis and P. americana . The Nested - PCR reaction was sensitive and allowed to detect the DNA of Paracoccidioides in tissue samples (spleen, liver and mesenteric lymph nodes) of D. novemcinctus and also in the soil of the States of São Paulo and Mato Grosso. Phylogenetic construction with environmental soil amplicons showed that P. lutzii is widely present in these regions (Southeast and Center - West), in addition, P. lutzii amplicons from Alta Floresta / MT cluster in a clade separately, suggesting that species may exist within P. lutzii .

Submitted by Lucas Bassi Costa null (lucasbassi_costa@hotmail.com) on 2018-03-28T13:48:37Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Lucas Bassi.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) / Approved for entry into archive by Laura Akie Saito Inafuko (linafuko@assis.unesp.br) on 2018-03-28T14:20:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 costa_lb_me_assis.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-28T14:20:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 costa_lb_me_assis.pdf: 2136145 bytes, checksum: 43df64ca19daca39fe3b36e18c78b20b (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O filo Cnidaria pode ser considerado um dos mais distintos do reino animal. Dentre suas subclasses, encontra-se Ceriantharia, constituída pelas anêmonas de tubo. Esses animais são até o momento um desafio para a sistemática, uma vez que após diversas propostas, nenhuma se fez unânime até o momento. Grande parte da divergência encontrada em classificar o grupo, deve-se aos métodos/materiais utilizados para análise. Sendo assim, o presente trabalho buscou, através de dados moleculares, estudar as relações de Ceriantharia dentre os Anthozoa e os demais Cnidaria e comparar os resultados obtidos pelos diferentes métodos de reconstruções filogenéticas. Para tal, foram utilizados marcadores ribossomais completos (28S e 18S). Por meio de softwares específicos, as sequências genéticas foram analisadas e as reconstruções foram realizadas seguindo dois dos métodos mais utilizados atualmente (máxima verossimilhança e inferência bayesiana). Tendo em mãos inúmeras ferramentas, o presente trabalho é uma oportunidade de gerar conhecimento e buscar conceitos mais precisos dentro da sistemática do grupo. / The Cnidaria phylum can be considered one of the most distinguished of the animal kingdom. Among them, there is the subclass Ceriantharia, constituted by the tube anemones. These animals are so far a challenge to systematics, since after several proposals, none has been considered as unanimous yet. Much of the divergence found in classifying the group is due to the methods / materials used for analysis. Thus, the present work sough trough molecular data, to study the relationships of Ceriantharia among the Anthozoa and the other Cnidaria and to compare the results obtained by the different methods of phylogenetic reconstruction. For this, complete ribosomal markers (28S and 18S), were used. By means of specific softwares, the genetic sequences were analyzed and the reconstruction were performed following two of the most commonly used methods (maximum likelihood and Bayesian inference). Having in hand numerous tools, the present work was a very important opportunity to generate knowledge and to search for more precise concepts within the systematics of the group.

Submitted by GISLAINE RAQUEL SANTOS (g_raquelsantos@yahoo.com.br) on 2016-07-12T13:44:01Z No. of bitstreams: 1 Tese CARACTERIZAÇÃO EPIDEMIOLÓGICA E MOLECULAR DA RAIVA EM BOVINOS NO ESTADO Gislaine Raquel dos Santos.pdf: 3457607 bytes, checksum: 5f07e27a43061393bdefd203b8570a11 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-14T18:07:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_gr_dr_jabo.pdf: 3457607 bytes, checksum: 5f07e27a43061393bdefd203b8570a11 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-14T18:07:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_gr_dr_jabo.pdf: 3457607 bytes, checksum: 5f07e27a43061393bdefd203b8570a11 (MD5) Previous issue date: 2016-03-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A raiva é uma antropozoonose de evolução letal causada por vírus do gênero Lyssavirus. É uma das doenças infecciosas responsáveis por causar prejuízos aos produtores rurais, levando a impactos econômicos significativos no agronegócio. Objetivou-se com o presente trabalho determinar o perfil epidemiológico da raiva em herbívoros no Estado de Pernambuco, Brasil, no período de 2007 a 2012. Foi realizado um estudo retrospectivo dos dados relativos aos casos positivos de raiva de herbívoros, levando em consideração o mês e o ano da ocorrência e a região geográfica. As análises moleculares foram desenvolvidas a partir de amostras de encéfalos provenientes das cinco Mesorregiões (Agreste, Mata, Sertão, Metropolitana e São Francisco) do Estado. No período estudado foram detectados 238 resultados positivos para o vírus da raiva em herbívoros, distribuídas espacialmente nas cinco mesorregiões, em 78 (42,1%) dos 185 municípios. Observou-se no decorrer do período uma diminuição significativa na taxa de incidência, com ausência de sazonalidade. Quando se analisou a taxa de incidência levando em consideração as Mesorregiões, observou-se que a Mata foi a que apresentou maior oscilação. Para complementar a análise epidemiológica, 16 amostras foram submetidas à técnica de RT-PCR para amplificação parcial do gene N. As sequências geradas foram alinhadas com sequências homólogas obtidas no GenBank para a construção da árvore filogenética, pelo método Bayesiana. Todas as amostras foram homólogas às sequências de vírus da raiva relacionadas à linhagem do morcego hematófago Desmodus rotundus. Diante dos resultados obtidos, constata-se que o vírus da raiva está presente em todo o Estado de Pernambuco, relacionado à linhagem do morcego hematófago Desmodus rotundus. Os focos de raiva em herbívoros estão distribuídos em graus diferenciados em todas as mesorregiões, porém não se constatou um aumento no número de casos que se repita de forma sistemática em uma mesma época do ano, indicando ausência de sazonalidade. Observou-se, também, uma significativa diminuição da incidência no decorrer do período estudado. Esse panorama enfatiza a importância da contínua realização das atividades de prevenção e controle pela Vigilância Agropecuária. / Rabies is an anthropozoonosis with lethal evolution caused by genus lyssavirus viruses. It is one among infectious diseases who are responsible for causing losses to farmers, leading to a significant economic impacts on agribusiness. The objective of this study was to determine the epidemiological profile in herbivores whithin the State of Pernambuco, Brazil, from 2007 to 2012. A retrospective study was conducted based on data from positive cases of rabies of herbivores, considering the month, the year of occurrence and geographic region. The molecular analyzes were developed using brain samples from the five Mesoregions (Agreste, Mata, Sertão, Metropolitana and São Francisco) within the State. During the study period, were detected positive for rabies 238 from herbivores, spatially distributed in 78 (42.1%) of 185 municipalites from the five mesoregions. It was observed, during the period cited, a significant decrease in the incidence rate, with no seasonal nature. While analyzing the incidence rate considering the mesoregions, the Mata region showed the greatest oscillation. As a complement to the epidemiological analysis, 16 samples were subjected to RT-PCR for the partial amplification of the gene N. The generated sequences were aligned with homologous sequences obtained from the GenBank to build the phylogenetic tree by bayesian method. On the results, it was found that the rabies virus is present all over the state of Pernambuco, related to the lineage of vampire bat Desmodus rotundus. The rabies outbreaks in herbivores are distributed in different degrees throughout the mesoregions but it was not found an increase in cases numbers that repeats systematically during the same time of the years, indicating, therefore, the absence of seasonality. It was observed also a significant decrease in incidence over the studied period. This scenario emphasizes the importance of continued prevention and control activities by the Agricultural Surveillance.

Submitted by Carolina Heloisa de Souza Borges null (carolhsborges@gmail.com) on 2017-09-28T18:45:34Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_Carolina_Borges.pdf: 16277523 bytes, checksum: 32a1ce727f92fda87f7269eb6cc433c5 (MD5) / Approved for entry into archive by Monique Sasaki (sayumi_sasaki@hotmail.com) on 2017-09-29T17:33:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 borges_chs_me_jabo.pdf: 16277523 bytes, checksum: 32a1ce727f92fda87f7269eb6cc433c5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-29T17:33:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 borges_chs_me_jabo.pdf: 16277523 bytes, checksum: 32a1ce727f92fda87f7269eb6cc433c5 (MD5) Previous issue date: 2017-08-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O gênero Mazama é circundado de incertezas taxônomicas devido à sua alta diversidade cariotípica inter e intra-específica, origem polifilética e convergência morfológica. O veado-catingueiro é a espécie com a maior distribuição geográfica do gênero, ocorre no Brasil (com exceção da Amazônia), Paraguai, Uruguai, Bolívia e norte da Argentina, e, por causa desta abrangência, aliada ao fato de que apresenta alta variabilidade genética, morfológica e alta frequência de polimorfismos cromossômicos, ainda restam dúvidas sobre sua taxonomia com respeito ao número de subespécies existentes e o possível desdobramento destas em espécies. Por isso, o objetivo deste trabalho foi propor um neótipo para a espécie, através da caracterização de um espécime coletado na localidade tipo (topótipo), e assim auxiliar no esclarecimento da taxonomia de Mazama gouazoubira. O topótipo foi caracterizado por técnicas de morfologia tradicional (medidas cranianas e do pós-crânio, coloração da pelagem, biometria corporal), por análises citogenéticas (banda C, banda G, coloração Ag-RON, coloração convencional Giemsa) e moleculares (análises filogenéticas de genes mitocondriais). Pesquisas feitas em museus internacionais confirmam que o holótipo da espécie não existe, cumprindo requisito necessário para a proposta de neotipificação. O topótipo corroborou com os padrões morfológicos, citogenéticos e moleculares já descritos para o veado-catingueiro e por meio das análises comparativas com outros indivíduos da espécie e outros táxons do gênero, ficou claro que pertence à M. gouazoubira, permitindo a proposta de um neótipo para o táxon. / The genus Mazama is surrounded by taxonomic uncertainties due to its polyphyletic origin, high inter and intra-specific karyotype diversity and morphological convergence. The brown brocket deer is the species with the highest geographic distribution of the group due to its high ecological plasticity and because of this range, ally to the fact that presents high morfological and genetic divergence and high frequency of chromosomal polymorphisms, there are still doubts about the number of subspecies existing and the unfolding of these in species. Therefore, the objective of this work was to propose a neotype for M. gouazoubira through a characterization of a specimen collected in the type locality (topotype), and in this way, help to clarify the taxonomy of Mazama gouazoubira. The topotype was characterized by traditional morphological techniques (cranial measurements, skin color and body biometry), as well as by cytogenetic (C band, G band, Ag-NOR staining, conventional Giemsa staining) and molecular analyzes (phylogenetic analyzes of mitochondrial genes). After an extensive research in scientific collections, the results confirm the holotype does not exists, filling a necessary prerequisit for neotypification. The topotype corroborates the morphological, cytogenetic and molecular patterns already described in the literature for the brown brocket deer and through comparative analysys with other specimens and other taxons of the genus it is clear that the topotype belongs to M. gouazoubira, allowing the proposal of a neotype for the taxon.

Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Haroldo Alves Pereira Junior / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: João Martins Pizauro Junior / Resumo: Diversos estudos com bactérias fixadoras de nitrogênio buscam identificar genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, nodulação e simbiose, assim como conhecer seu genoma e compreender melhor o metabolismo delas. No entanto ainda há poucos trabalhos sobre o genoma de Bradyrhizobium elkanii, bactéria importante no contexto da produção de alimentos e de utilização comercial. Esse é o primeiro estudo a comparar 2654 genes de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, com as bactérias Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 e Sinorhizobium meliloti LGM 6133 através da comparação de genomas por hibridização (CGH) usando Microarray. Portanto o objetivo deste trabalho foi realizar uma taxonomia molecular através da comparação de genomas por hibridização DNA-DNA, utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA (CGH Microarray), para buscar novos genes que possam ser úteis na classificação filogenética de rizóbios. A técnica de CGH Microarray permitiu encontrar sessenta e cinco genes comuns entre todas as bactérias analisadas, após realizar comparação e classificação de todos genes encontrados em comum entre elas. Os resultados obtidos ao se comparar três árvores filogenéticas baseadas em diferentes genes, confirmaram que alterar a quantidade e as sequências nas análises, causa variação nas árvores filogenéticas como já observado em outros microrganismos ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Diverse studies with fixing nitrogen bacteria search to identify responsible genes for the nitrogen fix, nodulation and symbiosis, as well as knowing its genome and understanding the metabolism of them better. However still has few works about genome of Bradyrhizobium elkanii, important bacterium in the context of the production of foods and commercial use. This is the first study to compare 2654 genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, with the bacteria Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 and Sinorhizobium meliloti LGM 6133 through the CGH Microarray. Therefore aim of this work was to carry a molecular taxonomy through the comparison of genomes for hybridization DNA-DNA, being used the technology of microarrangements of DNA (CGH Microarray), to search new genes that can be useful in the phylogenetic classification of rhizobia. The technique of CGH Microarray allowed to find sixty and five orthologs genes between all the analyzed bacteria, after to carry through comparison and classification of all genes in common between them. The results gotten to if comparing three established phylogenetic trees in different genes, had confirmed that to modify the amount and the sequences in the analyses, cause variation in the phylogenetic trees as already observed in other microorganisms. The results suggest that how much bigger will be the number of used ortholog genes in the phylogeny, more trustworthy will be the gotten phylogenetic trees ...(Complete abstract, click electronic access below) / Doutor