Made available in DSpace on 2015-04-14T13:34:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 380548.pdf: 266524 bytes, checksum: a46413371cdc9f2cd8ff77f42e6f29db (MD5) Previous issue date: 2006-03-02 / Introdu??o: Dislipidemia ? um importante fator de risco modific?vel para evento coronariano mas muitos eventos ocorrem em pessoas com n?veis de l?pides normais que aparentemente teriam risco cl?nico baixo. Novos fatores de risco para doen?a coronariana foram definidos, entre eles a dosagem s?rica de prote?na C reativa hipersens?vel (hs-CRP). Angiografia coronariana ? o padr?o ouro para o diagn?stico anat?mico de doen?a coronariana e tem sido utilizada para avalia??o de pacientes que sofreram eventos agudos ou que necessitam manejo cl?nico mais adequado. Objetivos: Estabelecer a rela??o entre o grau de estenose coronariana e os n?veis de hs-CRP. Analisar a correla??o entre fatores de risco cl?ssicos e grau de estenose coronariana. Material e m?todos: Neste estudo transversal foram inclu?dos pacientes submetidos a cateterismo card?aco eletivo no Servi?o de Hemodin?mica do Hospital S?o Lucas da PUCRS, com avalia??o dos resultados obtidos e dos n?veis de hs-CRP e de lip?dios dosados. Resultados: Foram avaliados 138 pacientes (70 mulheres e 68 homens, idade m?dia de 56,9 +/- 11,3 anos) submetidos a angiografia coronariana, avaliada por um profissional experiente cegado para outros dados do estudo, de acordo com 2 escores: escore de vaso (0-3 pontos para 0-3 vasos com doen?a coronariana) e escore de estenose (0-3 pontos; 0 = s/ les?es, 1 = estenose 1-49%; 2 = 50-74%; 3 = >75%). De acordo com o escore total obtido, foram encontrados 72 pacientes sem doen?a ou com doen?a arterial coronariana m?nima (grupo A, escore 0-3), 21 pacientes com doen?a moderada (grupo B, escore 4-7) e 45 pacientes com doen?a severa (grupo C, >7). Foi analisada a correla??o entre esses grupos e os n?veis de hs-CRP, colesterol total, HDL colesterol, triglicer?deos e a idade. Pacientes com idade mais avan?ada apresentaram escore mais elevado (p=0,005). N?o houve signific?ncia estat?stica com rela??o aos n?veis de colesterol total e de PCR e houve rela??o inversa com n?veis de HDL colesterol (p=0,095) e triglicer?deos (p=0,018). Conclus?o: Os fatores de risco cl?ssicos demonstraram rela??o com severidade da doen?a coronariana (idade, HDL colesterol e triglicer?deos). Os n?veis de hs-CRP demonstraram associa??o com a presen?a mas n?o com a severidade da doen?a arterial coronariana de acordo com a angiografia coron?ria.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:34:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 417743.pdf: 759580 bytes, checksum: ccd92c57b296af06000f651f2b61a773 (MD5) Previous issue date: 2008-12-22 / O c?ncer de pulm?o ? o mais comum entre os tumores malignos, apresentando um aumento de 2% na sua incid?ncia anual mundial. No Brasil, o c?ncer de pulm?o foi respons?vel por 14.715 ?bitos em 2000 e as estimativas de incid?ncia de c?ncer de pulm?o em 2008 dever? atingir 27.270 pessoas (17.810 homens e 9.460 mulheres). Este estudo analisa quantitativamente, pela t?cnica da PCR em tempo real, a express?o de dois importantes genes: a cicloxigenase-2 (COX-2) uma enzima regulat?ria chave na produ??o de prostaglandina e a oncoprote?na HER-3 que parece estar associada com transforma??es neopl?sicas. Para avaliar se h? rela??o com os achados cl?nicos de pacientes submetidos ? cirurgia de ressec??o por c?ncer de pulm?o, foram obtidas 16 amostras de tecido tumoral e tecido normal de pacientes com indica??o de ressec??o por c?ncer de pulm?o n?o-pequenas c?lulas (NSCLC). Empregou-se a t?cnica da PCR quantitativa baseado na qu?mica LUX (Light Upon Extension). Al?m dos dois genes de interesse foi avaliada tamb?m a express?o do gene da - actina como controle end?geno. A idade dos pacientes variou entre 40 e 73 anos (m?dia de 62 anos). Quanto ao g?nero 68,8% dos pacientes eram do sexo masculino e 31,2% do sexo feminino. Em rela??o ao estadiamento, 81,3% dos pacientes apresentavam doen?a local (IA-IIB) e 18,7% doen?a avan?ada (IIIA-IV), sendo que 75% dos 16 tumores era carcinoma epiderm?ide ou adenocarcinoma e 25% de outros tipos. Uma maior express?o de COX-2 nos tecidos tumorais em rala??o aos tecidos normais foi verificada em 11 (68,5%) pacientes. Da mesma forma, HER-3 apresentou maior express?o em 13 (81,3%) pacientes. A raz?o entre o tecido tumoral e o tecido normal <0,6, foi usada para definir a superexpress?o das prote?nas estudadas. Segundo este crit?rio, encontramos COX-2 e HER-3 superexpressas em dois (12,5%) e tr?s (18,75%) dos pacientes, respectivamente, resultado este, sem signific?ncia estat?stica. Verificou-se uma correla??o forte entre os marcadores estudados (r2 = 0,61; p = 0,01). Foi poss?vel observar a presen?a de COX-2 e HER-3 em 100% das amostras analisadas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:51:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 389155.pdf: 120483 bytes, checksum: 667f3c4666244e3dd47637233492ec4f (MD5) Previous issue date: 2007-01-19 / Diferentes estudos t?m demonstrado que a Hsp70 de Mycobacterium tuberculosis (TBHsp70) pode induzir a remiss?o de modelos de doen?as auto-imunes. Entretanto, o mecanismo pelo qual esta prote?na exibe propriedades imunorregulat?rias necessita ser elucidado. Neste estudo, nos perguntamos se a TBHsp70 poderia suprimir a rejei??o em um sistema de transplante alogeneico de tumor. N?s observamos que enquanto camundongos BALB/c (H-2d) rejeitam melan?citos B16F10 (H-2b) implantados de forma subcut?nea, animais BALB/c tratados com TBHsp70 n?o rejeitam o enxerto de forma similar aos tratados com Dexametasona (DEXA). O tratamento com TBHsp70 inibiu a prolifera??o de c?lulas T induzidas por mit?geno no linfonodo drenante e, finalmente, c?lulas T CD4, CD25 e Foxp3 foram observadas no s?tio de enxertia e nos linfonodos drenantes de animais tratados com esta prote?na. Nossos resultados apontam para um papel imunossupressor da TBHsp70, e sugerem que a indu??o de c?lulas T regulat?rias poderia ser o mecanismo pelo qual esta prote?na suprime a rejei??o ao enxerto

Submitted by Sandra Pereira (srpereira@ufrrj.br) on 2017-07-10T13:03:11Z No. of bitstreams: 1 2010 - Daniel da Silva Guedes Junior .pdf: 3397672 bytes, checksum: fea6a394bbb430b666ddc9c054a24c27 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-10T13:03:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010 - Daniel da Silva Guedes Junior .pdf: 3397672 bytes, checksum: fea6a394bbb430b666ddc9c054a24c27 (MD5) Previous issue date: 2010-02-10 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico, CNPq, Brasil. / The geographic distribution of bovine borreliosis is determined by the dispersion of its vector. Borrelia theileri is the predominant species in cattle, and B. coriaceae and B. burgdorferi also been reported causing clinical disease. B. theileri cause mild disease in cattle, and still is important for its potential to be confused with the spirochete of Lyme disease, B. burgdorferi, and agents of epizootic bovine abortion, B. coriaceae. In Brazil, as well as in other South American countries, the agent of this disease has not been isolated further confusing the diagnosis. The objective of this study was to identify genotypically Borrelia sp that affects cattle in Brazil. DNA extraction, was performed from blood and ticks of cattle with positive serology by indirect ELISA with crude antigen of Borrelia burgdorferi. Primers were designed for genes of Borrelia burgdorferi and B. theileri groups: 16S, flaA, flaB, GroEL, hbb, recA, 5s-23s, p66, rrs, rpoB and glpq. After the PCR reaction, only the primers amplified rrs and rpoB sequences. The predictive amino acid sequence of RRS3 revealed 99% homology with B. hermsii and B. duttonii and predictive amino acid sequence of RPOB showed 67% homology with B. duttonii and B. recurrentis. This suggests that the species of Borrelia sp present in Brazil is not owned by group B. burgdorferi. Little is known regarding the genetic variability of genes that encode membrane proteins of Brazilian isolates of A. marginale. The products of these genes constitute an important tool, as there may be significant antigen polymorphism, which may damage cross-protection between isolates and the chances of identifying candidate immunogens. The aim of the present study was to determine the degree of conservation of sequences of these genes in a Brazilian isolate of A. marginale comparing with Saint Maries and Florida isolates. For this, primers were designed to amplify the genes omp1, omp4, omp5, omp7, omp8, omp10, omp14, omp15, sodb, opag1, opag3, virb3, am097 (VirB9-1), am956 (PepA), am254 (ef-tu), am854 by PCR. The genes were then sequenced by Sanger method and the predicted amino acid sequences aligned and homology analyzed by the program CLUSTAL W. With the exception of OMP 7 all proteins (OMP1, OMP4, OMP5, OMP8, OMP10, OMP14, OMP15, SODB, OPAG1, OPAG3, VIRB3, VIRB9-1, PepA, EF-Tu, AM854) exhibited homology greater than 92% with other A. marginale isolates. However, only OMP1, OMP5, EF-Tu, VirB3, SODB, VIRB9-1 e AM854 showed homology greater than 72% regarding to A. marginale centrale which confers cross-protection against A. marginale. / A distribui??o geogr?fica da borreliose bovina ? determinada pela dispers?o do seu vetor. Borrelia theileri ? a esp?cie predominante em bovinos, sendo que B. burgdorferi e B. coriaceae tamb?m foram relatadas causando doen?a cl?nica. Portanto, B. theileri causa doen?a leve em bovinos, e ainda ? importante pelo seu potencial em ser confundido com a espiroqueta da Doen?a de Lyme, B. burgdorferi, e com agentes do Aborto Epizo?tico bovino, B. coriaceae. No Brasil, assim como em outros pa?ses Sul americanos, o agente desta enfermidade ainda n?o foi isolado prejudicando ainda mais o diagn?stico. O objetivo deste trabalho foi ? identifica??o genot?pica da esp?cie de Borrelia sp que acomete bovinos no Brasil. Foram utilizados para extra??o de DNA, o sangue e carrapatos de bovinos com sorologia positiva ao ELISA indireto com ant?geno bruto para Borrelia burgdorferi. Foram desenhados oligonucleot?deos iniciadores para genes dos grupos Borrelia burgdorferi e B. theileri: 16S, flaA, flaB, groel, hbb, recA, 5s-23s, p66, rrs, rpob e glpq. Ap?s a rea??o de PCR, somente os oligonucleot?deos iniciadores rrs e rpob amplificaram seq??ncias. A seq??ncia preditiva de amino?cidos de RRS3 revelou homologia de 99% com B. hermsii e B. duttonii e a seq??ncia preditiva de amino?cidos de RPOB demonstrou 67% de homologia com B. duttonii e B. recurrentis. Isto sugere que a esp?cie de Borrelia presente no Brasil n?o seja pertencente ao grupo de B. burgdorferi. Pouco se sabe sobre a variabilidade gen?tica dos genes que codificam prote?nas de membrana de isolados brasileiros de A. marginale. O produto destes genes constitui uma ferramenta importante, pois pode haver polimorfismo antig?nico, que pode prejudicar a prote??o cruzada entre os isolados e as chances de identifica??o de candidatos a imun?genos. O objetivo do presente estudo foi determinar o grau de conserva??o das seq??ncias destes genes em um isolado brasileiro de A. marginale frente aos isolados Saint Maries, Florida e A. marginale centrale. Para tanto, oligonucleot?deos foram desenhados para amplificar os genes omp1, omp4, omp5, omp7, omp8, omp10, omp14, omp15, sodb, opag1, opag3, virb3, am097 (VirB9- 1), am956 (PepA), am254 (ef-tu), am854 por PCR. Os genes foram ent?o seq?enciados pelo m?todo de Sanger e as seq??ncias preditas de amino?cidos alinhadas e a homologia analisada atrav?s do programa CLUSTAL W. Com exce??o de OMP 7 todas as demais (OMP1, OMP4, OMP5, OMP8, OMP10, OMP14, OMP15, SODB, OPAG1, OPAG3, VIRB3, VIRB9-1, PepA, EF-Tu, AM854) apresentaram n?veis de homologia de 92 a 100% entre os isolados de A. marginale. Destas, apenas OMP1, OMP5, EF-Tu, VirB3, SODB, VIRB9-1 e AM854 apresentaram homologia superior a 72% em rela??o a A. marginale centrale, o qual confere prote??o cruzada contra A. marginale.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-04-10T13:40:31Z No. of bitstreams: 1 VeruscaNajaradeCarvalhoCunhaTese2015.pdf: 1703847 bytes, checksum: a9661f4b3c0b28fe801235efd03b727c (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-04-10T13:40:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 VeruscaNajaradeCarvalhoCunhaTese2015.pdf: 1703847 bytes, checksum: a9661f4b3c0b28fe801235efd03b727c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-10T13:40:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 VeruscaNajaradeCarvalhoCunhaTese2015.pdf: 1703847 bytes, checksum: a9661f4b3c0b28fe801235efd03b727c (MD5) Previous issue date: 2015-07-14 / Telomeres are composed of complex deoxyribonucleic acid and proteins located at the ends of chromosomes, formed by a short sequence of nitrogenous bases (5'-TTAGGGn -3 ') repeated several times. Are connected to a multiprotein complex called "shelterin" consists of six proteins (TRF1, TRF2, POT1, TIN2, RAP1 and TPP1) which maintains telomere homeostasis, preventing degradation. Telomeres are affected by the DNA polymerase inability fully replicate the tape 5' end of the chromosome. The results of such failure are successors shortenings with each cell division, which leads to extremely short telomeres at the end of cell division, resulting in cell senescence. Therefore telomeres are considered a potential biomarker of aging at the cellular level. The shortening of telomeres has been associated with an increased risk of developing age-related diseases such as diabetes, cardiovascular disease and obesity. In contrast, it is believed that physical exercise can attenuate the shortening rate of telomeres, even in the elderly. However, it is possible that there is a 'dose' ideal of physical exercise that can enhance this beneficial effect. The objective of this study was to analyze and compare the effects of aerobic training intensity swimming conducted in two intensity domains (high and low) on the expression of genes encoding the protective telomeric proteins (trf1 and trf2), associated proteins cellular senescence (p53 and Chek2), in addition to measuring telomere length in gastrocnemius and myocardium old mice. Sixteen animals were divided into four groups: two groups submitted to twelve weeks of physical training of swimming at low intensity (BI) and high intensity (AI) and two who remained sedentary for the same period, with a group of young animals (CONTj) and elderly animals (CONTi). Training consisted of swimming exercise three times a week, 20 minutes per session for the group AI and 40 minutes for BI with load corresponding to 3% body weight (%PC) (BI) and 6%PC (AI). An incremental test for functional evaluation was performed every four weeks to measure the maximum load (Gm??x). After the training period, animals were sacrificed for removal of tissue samples for analysis of genes expression related to telomeres. The results suggest that high intensity exercise is "teloprotetor" in the gastrocnemius tissue, since telomere length of the elderly animals did not differ from each other, however, the animals in this group (AI) had a lower expression of genes of proteins protective (trf1 and trf2) and cellular senescence (p53). These results suggest that the intensity at which the exercise is performed interfere with telomere length and that this response is tissue dependent, since the same results were not observed in cardiac tissue of animals. / Tel??meros s??o complexos compostos por ??cido desoxirribonucleico e prote??nas, localizados nas extremidades dos cromossomos, formados por uma pequena sequ??ncia de bases nitrogenadas (5???-TTAGGGn -3???) repetida diversas vezes. Encontram-se ligados a um complexo multiprot??ico denominado ???shelterin??? composto por seis prote??nas (TRF1, TRF2, POT1, TIN2, RAP1 e TPP1) que mant??m a homeostase telom??rica, prevenindo sua degrada????o. Os tel??meros s??o afetados pela incapacidade da DNA polimerase replicar completamente o final da fita 5??? do cromossomo. Os resultados de tal falha s??o sucess??veis encurtamentos a cada divis??o celular, o que leva ?? tel??meros extremamente curtos ao t??rmino das divis??es celulares, resultando na senesc??ncia celular. Sendo assim, considerados um potencial biomarcador do envelhecimento a n??vel celular. O encurtamento dos tel??meros tem sido associado a um maior risco de desenvolvimento de doen??as associadas ao envelhecimento, tais como, diabetes mellitus, doen??as cardiovasculares e obesidade. Em contrapartida, acredita-se que o exerc??cio f??sico possa atenuar a taxa de encurtamento dos tel??meros, mesmo em indiv??duos idosos. Contudo, ?? poss??vel que exista uma ???dose??? ideal de exerc??cio f??sico que possa potencializar este efeito ben??fico. Assim, o objetivo do presente estudo foi analisar e comparar os efeitos do treinamento aer??bio de nata????o realizado em dois dom??nios de intensidade (alta e baixa) sobre a express??o dos genes que codificam as prote??nas de prote????o telom??rica (trf1 e trf2), prote??nas associadas ?? senesc??ncia celular (p53 e Chek2), al??m de mensurar o comprimento do tel??mero no gastrocn??mio e no mioc??rdio de camundongos idosos. Dezesseis animais foram divididos em quatro grupos: dois grupos submetidos a doze semanas de treinamento f??sico de nata????o em baixa intensidade (BI) ou alta intensidade (AI) e dois que permaneceram sedent??rios pelo mesmo per??odo, sendo um grupo de animais jovens (CONTj) e um de animais idosos (CONTi). O treinamento consistiu do exerc??cio de nata????o, tr??s vezes por semana, 20 minutos por sess??o para o grupo AI e 40 minutos para o BI, com carga correspondente a 3% do peso corporal (%PC) (BI) e 6%PC (AI). Um teste incremental para avalia????o funcional fora realizado a cada quatro semanas para mensura????o da carga m??xima (Gm??x). Ap??s o t??rmino do per??odo de treinamento, os animais foram sacrificados para retirada de amostras de tecido para an??lise da express??o dos genes relacionados aos tel??meros. Os resultados obtidos sugerem que o exerc??cio de alta intensidade seja ???teloprotetor??? no tecido gastrocn??mio, uma vez que o comprimento do tel??mero dos animais idosos n??o diferiu entre si, embora, os animais desse grupo (AI) apresentaram uma menor express??o dos genes das prote??nas protetoras (trf1 e trf2) e da senesc??ncia celular (p53). Esses resultados sugerem que a intensidade na qual o exerc??cio ?? realizado interfere no comprimento dos tel??meros e que tal resposta ?? tecido dependente, uma vez que os mesmos resultados n??o foram observados no tecido card??aco dos animais.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MatheusSP.pdf: 232848 bytes, checksum: 1ddb7fd054909bb2524f84dc7c2b0a7f (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Some microorganisms from virgin ecosystems are able to use petroleum it as source of carbon and energy. The knowledge of microbial biodiversity can help to reveal new metabolic systems for utilization alkanes with biotechnological importance. The aim of this study is: i) Accomplish an in silico study of the AlkB protein aimed to understand the probable mechanism involved on selectivity of alkanes in Gram positive and Gram negative bact?ria. ii) prospect and analyze the response of the microbial alkanotrophics communities in soil and mangrove sediments of BPP RN and soil of Atlantic forest in the Horto Dois Irm?os Reserve area/PE using the molecular biomarker, gene alkB; with the PCR and PCR-DGGE approach / Alguns microrganismos de ecossistemas virgens s?o capazes de utilizar petr?leo como fonte de carbono e energia. O conhecimento dessa biodiversidade microbiana pode revelar vias metab?licas microbianas para utilizar alcanos que venham a ter import?ncia biotecnol?gica. Os objetivos do presente trabalho s?o: i) realizar estudos in silico da prote?na AlkB visando obter subs?dios para a compreens?o do mecanismo de seletividade na utiliza??o de alcanos em bact?rias Gram positivas e Gram negativas; ii) prospectar e avaliar a resposta de comunidades microbianas alcanotr?ficas de solos e mangue da BPP RN e solo da Mata Atl?ntica na Reserva Horto Dois Irm?os-PE utilizando o gene alkB como biomarcador molecular, e as t?cnicas de PCR e PCR-DGGE

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:53:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 411309.pdf: 363112 bytes, checksum: 3631b3a6bbd78e91f19461229f6c97e3 (MD5) Previous issue date: 2009-03-10 / Muitos estudos indicam que a forma??o e a persist?ncia da mem?ria de longa dura??o necessitam da s?ntese de novas prote?nas em espec?ficas ?reas do c?rebro. Neste trabalho demonstramos que a microinfus?o de Anisomicina (ANI, 160 mg/ml), Emetina (EME, 50 mg/ml) e Ciclohexemida (CHX, 20mg/ml), inibidores de s?ntese prot?ica, quando administrados imediatamente, mas n?o 3h ou 6h ap?s o treinamento na tarefa de reconhecimento de objetos prejudica a reten??o da mem?ria de longa dura??o, n?o afetando a mem?ria de curta dura??o, assim como n?o afeta as atividades comportamentais. Quando ANI, EME e CHX s?o administradas no c?rtex entorrinal, logo ap?s uma sess?o de reativa??o envolvendo objetos iguais ou a combina??o de um objeto familiar e um objeto novo, n?o afetam a persist?ncia do processo de consolida??o. Nossos dados sugerem que a s?ntese de prote?nas no c?rtex entorrinal ? necess?ria ap?s o treinamento para a consolida??o da mem?ria de reconhecimento de objetos. Entretanto, a s?ntese de prote?nas nesta regi?o do c?rebro n?o parece ser necess?ria para a reconsolida??o da mem?ria de reconhecimento de objetos

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-30T17:21:25Z No. of bitstreams: 1 TES_BIANCA_BARBIERI_COGNATO_COMPLETO.pdf: 2150300 bytes, checksum: 6c0ebf29cb36a3ae7a825cf9c0060dc4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-30T17:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TES_BIANCA_BARBIERI_COGNATO_COMPLETO.pdf: 2150300 bytes, checksum: 6c0ebf29cb36a3ae7a825cf9c0060dc4 (MD5) Previous issue date: 2017-03-21 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq / Two nematode species belonging to the Metastrongyloidea superfamily are capable to produce disease in humans: Angiostrongylus cantonensis and Angiostrongylus costaricensis. Both are rodent parasites and human infection is considered accidental. Eosinophilic meningoencephalitis, caused by A. cantonensis, raises concern due to the expanding number of cases and geographical area of occurrence. Molecular and immunological methods for the diagnosis are crucial, however, after many studies with different antigenic molecules, has a specific and sensitive test to discriminate the angiostrongyliasis to others parasitoses is lacking. Cross-reactivity with other helminthes, which may cause similar symptoms, and eosinophilic meningitis, has been a problem for the satisfactory performance of specificity in serological tests. In order to improve the diagnosis of angiostrongyliasis, a comparative analysis of protein recognition from different extracts from A. cantonensis, Toxocara canis, Schistosoma mansoni and Strongyloides stercoralis against positive serum for Angiostrongylus.spp was performed. Through extraction kit, one-dimensional and two-dimensional electrophoresis, western blot and mass spectrometry, 149 proteins were identified. Among these, 34 were exclusive to A. cantonensis, COI being present only in the A. cantonensis extract, having no similarities with any other parasite compared in NCBI (nr database) and WormBase Database. Additionally, nine proteins were recognized by more than one parasite and extract, being important cross reactivity markers in parasitic infections. With the data obtained in this study, we suggest the use of the follow proteins as cross-reactivity markers: Galectin 1, HSPA-5 and Ifa1. In addition, immunogenic proteins of A. cantonensis ES-7, Lec-5 and 14-3-3, were recombinant expressed in two cell types, CHO and HEK. Their potential diagnostic values were verified by uni and bidimensional electrophoresis, western and dot blot, and N-glycosidase F (PNGase F) treatment using serum from patients infected with A. cantonensis, negative serum for parasites, and positive for other parasites. ES7 protein expressed in HEK and CHO cells and Lec-5 expressed in CHO were recognized only by Angiostrongylus-positive serum and not by negative control and specificity control in 2D and 1D tests, respectively. In the 2D analyzes Lec-5 showed a weak recognition with negative serum. However, the 14-3-3 protein didn?t show any specificity against A. cantonensis serum, since it was recognized by all tested sera. Antigen-antibody recognition was found to be dependent on the glycogenic portions, since when treated with N-glycosidase F (PNGase F), recognition between proteins and serum disappeared. The heterologous expression, using mammalian cells, as well as the identification of shared and/or specific molecules, may represent a promising source of antigens for the diagnosis of eosinophilic meningoencephalitis, and molecular diagnostic tests become necessary. / Duas esp?cies de nemat?deos pertencentes a superfam?lia Metastrongyloidea, s?o capazes de produzir doen?a em humanos: Angiostrongylus cantonensis e Angiostrongylus costaricensis. Ambos s?o parasitas pr?prios de roedores e a infec??o humana ? considerada acidental. A meningite eosinof?lica, causada por A. cantonensis, tem gerado preocupa??o na comunidade cient?fica pela expans?o da ?rea geogr?fica de ocorr?ncia. M?todos moleculares e imunol?gicos para o diagn?stico desta infec??o s?o cruciais para o diagn?stico, entretanto, ap?s muitos estudos com diferentes mol?culas antig?nicas, at? hoje n?o foi desenvolvido um teste de diagn?stico que seja espec?fico e sens?vel o suficiente para discriminar as angiostrongil?ases de outras parasitoses. A reatividade cruzada tem sido o principal problema encontrado nos estudos j? desenvolvidos para este prop?sito. Com o objetivo de aprimorar o diagn?stico das angiostrongil?ases, foi realizado neste estudo an?lise comparativa do reconhecimento de prote?nas de diferentes extratos teciduais de A. cantonensis, Toxocara canis, Schistosoma mansoni e Strongyloides stercoralis contra soro positivo para Angiostrongylus spp Atrav?s de kit de extra??o, eletroforese unidimensional e bidimensional, western blot e espectrometria de massas foram identificadas 149 prote?nas. Dentre estas, 34 foram exclusivas para A. cantonensis, sendo que COI estava presente apenas no extrato de A. cantonensis n?o possuindo similaridades com nenhum outro parasito comparado no NCBI (nr database) e WormBase Database. Estas prote?nas podem ser consideradas promissoras como marcadores de reatividade humoral espec?fica para o parasito. Todavia, outras nove prote?nas foram reconhecidas por mais de um parasito em mais de um extrato testado, sendo importantes marcadores de reatividade cruzada em infec??es parasit?rias. Com os dados obtidos neste estudo, sugerimos como marcadores de reatividade cruzada o uso das prote?nas: Galectin 1, HSPA-5 e Ifa1. Al?m disso, prote?nas imunog?nicas de A. cantonensis ES-7, Lec-5 e 14-3-3, foram expressas de forma recombinante em dois tipos celulares, CHO e HEK, e o potencial uso diagn?stico destas prote?nas foi verificado atrav?s de eletroforese uni e bidimensional, western e dot blot, e tratamento por N-glycosidase F (PNGase F), utilizando soro positivo para Angiostrongylus spp., soro negativo e positivo para outras parasitoses. Prote?na ES-7 expressa em c?lulas HEK e CHO, e Lec-5 expressa em CHO foram reconhecidas apenas pelo soro positivo para Angiostrongylus spp. e n?o pelo soro negativo e controles de especificidade em testes 2D e 1D, respectivamente. J? nas an?lises em 2D, Lec-5 apresentou fraco reconhecimento com soro negativo. J? a prote?na 14-3-3 n?o apresentou nenhuma especificidade pelo soro de A. cantonensis, j? que foi reconhecida por todos os soros testados. O reconhecimento ant?geno-anticorpo se mostrou dependente das por??es glic?dicas, j? que quando tratadas com N-glycosidase F (PNGase F), o reconhecimento das prote?nas pelo soro desapareceu. A express?o heter?loga, utilizando c?lulas de mam?feros, assim como a identifica??o de mol?culas compartilhadas e/ou espec?ficas, podem representar uma promissora fonte de ant?genos para o diagn?stico da meningite eosinof?lica, requerendo aprimorados testes moleculares para seu diagn?stico.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 451616.pdf: 18264447 bytes, checksum: 02e74b31d71030af5f9b0355ff4fef90 (MD5) Previous issue date: 2013-03-15 / There currently are approximately 16 million of unique (non-redundant) protein sequences in the GenBank. In the PDB, we can only find about 89,000 three-dimensional (3-D) protein structures and only 1,393 different SCOP protein folds. Thus, there is a huge gap between our ability to generate protein sequences and that of solving 3-D structures of proteins with unique, novel folds. This gap has been reduced with the aid from structural bioinformatics by addressing the problem of how a protein reaches its 3-D structure starting only from its amino acid sequence. This is called the protein structure prediction (PSP) problem. Thermodynamics considerations presented by Christian Anfinsen and co-workers in 1973 have it that a protein native structure is the one that minimizes its global free energy. Hence, we can treat the PSP problem as a minimization one within an NP-complete class of computation complexity. Several techniques have been used to predict the 3-D structure of proteins. In this work we supplement these techniques by adding artificial intelligence concepts still not much exploited in bioinformatics. More specifically, we propose a framework, based on an ab initio approach, of a cooperative hierarquical multi-agent system guided by a Simulated Annealing and a Monte Carlo scheme to address the PSP problem. Our multi-agent system has as input the protein amino acid sequence. Amino acids are represented by two agents: The C-Alpha agent (in lieu of the C alpha carbon atom) and the CBeta agent (in lieu of the side chain centroid). These Amino Acid agents can interact with each other. There are two other agents: one coordinates the Amino Acid agents; the other coordinates the protein system. The multi-agent system was created using the NetLogo platform. A clustering protocol was implemented for obtaining each simulation representant model. The results were compared with published papers regarding similar methodology and the use of Multi-Agent Systems to address the Protein Structure Prediction Problem. We present partial results which are encouraging for mini proteins. / Atualmente existem aproximadamente 16 milh?es de sequ?ncias ?nicas de prote?nas (n?o redundantes) no GenBank. Entretanto, no PDB, podemos encontrar apenas cerca de 85.000 estruturas tridimensionais (3D) de prote?nas das quais apenas 1.393 possuem dobramento SCOP diferentes. Existe ent?o uma grande lacuna entre nossas atuais habilidades no que se trata de gerar sequ?ncias de prote?nas e nossas habilidades em resolver estruturas 3D de prote?nas com novos dobramentos. Essa lacuna vem sendo reduzida com a ajuda da bioinform?tica estrutural por meio do endere?amento do problema de como uma prote?na alcan?a sua estrutura 3D partindo-se apenas de sua sequencia de amino?cidos. Esse ? conhecido como o Problema PSP, do ingl?s Protein Structure Prediction Problem. Considera??es termodin?micas apresentadas por Christian Anfinsen e colaboradores em 1973 deram inicio a uma forma de abordar o problema que hoje ? conhecida como a hip?tese de Anfinsen, a qual afirma que a estrutura nativa de uma prote?na ? aquela que minimiza sua energia global livre. Podemos ent?o, tratar o problema PSP como um problema de minimiza??o, tendo em mente ser um problema de complexidade NP-Completo. Neste s?o utilizados conceitos adventos da intelig?ncia artificial at? hoje n?o muito explorados na bioinform?tica. Mais especificamente, propomos um arcabou?o baseado em uma abordagem ab initio, envolvendo um sistema multi-agente hierarquicamente cooperativo e guiado por um esquema baseado no m?todo de Monte Carlo e de Arrefecimento Simulado, a fim de obter-se a otimiza??o de uma fun??o de energia. O sistema multi-agente tem como entrada apenas a sequencia de amino?cidos das prote?nas. Cada amino?cido ? representado por dois agentes: O agente C-Alfa (correspondendo o ?tomo C alfa) e um agente C-Beta (correspondendo ao centroide da cadeia lateral do amino?cido). Esses agentes amino?cidos interagem entre si. Existem dois outros tipos de agentes: um coordena os agentes Amino?cidos (C-Alfa e CBeta) e outro coordena o sistema por inteiro. O sistema multi-agente foi criado utilizando a plataforma NetLogo. Um protocolo de clusteriza??o foi desenvolvido para a obten??o da estrutura modelo de cada simula??o e os resultados foram comparados com a literatura no que se trata de PSP e multi-agentes e se mostraram promissores.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 399966.pdf: 2182806 bytes, checksum: b7ae0dc782e83e28c95813d364f5ef3b (MD5) Previous issue date: 2008-03-27 / O fator estimulador de col?nias de granul?citos (G-CSF) ? uma citocina hematopoi?tica que age sobre a linhagem de neutr?filos promovendo prolifera??o e diferencia??o de seus precursores e ativa??o dos neutr?filos maduros. O G-CSF ? uma prote?na com 18,8 kDa, constitu?da por 174 amino?cidos possuindo duas pontes dissulfeto intra-moleculares e uma ciste?na livre no res?duo 17. Este biof?rmaco tem sido empregado com sucesso em pacientes com c?ncer que recebem altas doses de quimioterapia. Al?m disso, tamb?m tem sido usado como tratamento ou profilaticamente a fim de refor?ar o sistema imune em pacientes com HIV, pneumonia, pacientes diab?ticos com infec??es nos p?s, leucemia e neutropenia febril. Em fun??o desta ampla aplica??o cl?nica, hG-CSF recombinante tem sido produzido por engenharia gen?tica em Escherichia coli e foi aprovado para uso em neutropenia provocada por quimioterapia pelo FDA em 1991. Filgrastima (nome gen?rico do G-CSF) teve sua patente expirada em 2006, tornando-se alvo das ind?strias farmac?uticas. Atualmente, o Brasil ? totalmente dependente da importa??o deste biof?rmaco. Logo, o objetivo deste estudo ? desenvolver uma metodologia para a posterior produ??o de uma Filgrastima nacional. Neste trabalho, o gene para hG-CSF foi constru?do por PCR, clonado no vetor de express?o pET23a(+), usando as enzimas de restri??o NdeI e BamHI. Os testes de superexpress?o foram realizados em diferentes cepas de E. coli, mostrando a melhor condi??o de express?o na fra??o insol?vel na cepa BL21(DE3). Na tentativa de solubilizar os corpos de inclus?o e purificar a prote?na, in?meros protocolos foram testados. Por fim, foi descrito um eficiente protocolo de isolamento e solubiliza??o dos corpos de inclus?o por um processo de m?ltiplos passos de lavagem e um m?todo de purifica??o usando somente uma coluna cromatogr?fica de troca cati?nica. A identidade da prote?na foi confirmada por seq?enciamento N-terminal e Western blotting. A caracteriza??o do rhG-CSF homog?neo, atrav?s de SEC-HPLC e RP-HPLC, mostrou resultados similares aos do padr?o internacional. O teste de atividade biol?gica, in vivo, demonstrou que o rhG-CSF produzido tem potencial equivalente ao padr?o internacional utilizado. A prote?na foi produzida por um processo simples e econ?mico, sendo de extrema import?ncia em um processo industrial, podendo trazer benef?cios para a sa?de da popula??o.