Para se determinar a prevalência dos protozoários bucais Entamoeba gingivalis (GROS, 1849) e Trichomonas tenax (MULLER, 1773) procedeu-se o exame bucal de 700 indivíduos através do exame direto e de cultura. Esta amostra foi subdividida em cinco grupos de pessoas. O Grupo I, composto por 100 pacientes de clínicas odontológicas, revelou uma prevalência de 3,0 por cento com relação a presença da Entamoeba gingivalis e de 1,0 por cento com relação ao Trichomonas tenax. O Grupo II, composto por 100 estudantes universitários revelou-se ausente de infestações. O Grupo III, composto por 250 indivíduos da Clínica de Semiologia, revelou um percentual de 16,0 por cento de infestações por Entamoeba gingivalis e de 2,0 por cento de infestações por Trichomonas tenax. O Grupo IV, composto por 200 escolares do 1º grau, demonstrou uma positividade de 11,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de 1,0 por cento para o Trichomonas tenax. O Grupo V, composto por 50 mulheres do Serviço de Atendimento da Mulher do SESA, apresentou uma prevalência de 26,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de ausência para o Trichomonas tenax. O grau de infestação verificado no total dos 700, pacientes, examinados foi de 11,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de 2,0 por cento para o Trichomonas tenax. Estes resultados são discutidos e relacionados às variáveis: sexo, estado civil, escolaridade, idade, profissão, renda familiar e pH bucal. / In order to determine the prevalence of oral protozoan Entamoeba gingivalís and Tríchomonas tenax 700 person were examined. The sample was subdivided into five groups. Group I composed by 100 patients of dentistry clinics, revealed a prevalence of 3,0 per cent relacionated with the presence of Entamoeba gingivalís and 1,0 per cent relative to Tríchomonas tenax. Group II, constituted by 100 university students, showed the absence of oral infestation. Group III, composed by 250 patients of the semiology clinic, revelated a prevalence of 16,0 per cent of Entamoeba gingivalis infestations and 2,0 per cent of Trichomonas tenax infestations. Group IV, constituted of 200 schoolchildren of the 1st grade, showed a positivity of 11,0 per cent of Entamoeba gingivalis and 1,0 per cent of Trichomonas tenax. Group v, composed by 50 women of the \"Serviço de Atendimento da Mulher do SESA\" (Women\'s Attendance Clinic in a Public Health Service), presented a prevalence of 26,0 per cent of Entamoeba gingivalis and ausence of Trichomonas tenax infestations. The general degree of infestation found in all the 700, patients, examinated was 11,0 per cent for Entamoeba gingivalis and 2,0 per cent for Trichomonas tenax. These results are discussed and relacionated with the following variables: sex, age, warriage situation, education degree, profession, familiar financial statement and oral pH.

Submitted by José Erisvaldo Silva (erisvaldo@ig.com.br) on 2017-02-15T13:47:17Z No. of bitstreams: 1 TESE DOUTORADO .pdf: 1970691 bytes, checksum: f11a67e1bb95f2010fe2f7f9a9a1472b (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-02-15T15:32:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 silva_je_dr_araca.pdf: 1970691 bytes, checksum: f11a67e1bb95f2010fe2f7f9a9a1472b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-15T15:32:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 silva_je_dr_araca.pdf: 1970691 bytes, checksum: f11a67e1bb95f2010fe2f7f9a9a1472b (MD5) Previous issue date: 2016-12-15 / O objetivo deste estudo foi investigar a ocorrência de parasitos com potencial zoonótico em fezes caninas de todas as praças da zona urbana do município de Araçatuba, São Paulo, Brasil. Para tanto, foram colhidas 321 amostras fecais diretamente do solo de 75 desses locais públicos. A pesquisa destes parasitos foi realizada por meio das Técnicas de Willis e Faust, seguida da visualização de tais formas evolutivas parasitárias. Em 34,7% (26/75) das praças, foi observada contaminação por Ancylostoma spp., Giardia spp, Toxocara spp. e Dipylidium caninum, sendo a maioria localizada na periferia da cidade. Em 9,3% (7/75) destas praças, foi detectada positividade para helmintos e protozoários em locais destinados à recreação infantil. Assim, de forma inédita foi realizada esta pesquisa do município de Araçatuba, SP, em que foi constatada predominância de Ancylostoma spp. nas praças públicas com ocorrência de parasitos com potencial zoonótico em suas áreas de lazer e poliparasitismo somente em bairros periféricos. / The objective of this study was to investigate the occurrence of parasites with zoonotic potential in canine feces of all squares in the urban area of the municipality of Araçatuba, São Paulo, Brasil. For that, 321 fecal samples were collected directly from the soil of 75 public squares. The research of parasites with zoonotic potential was performed using the techniques of Willis and Faust followed by the visualization of such parasite forms in light microscopy, an increase of 400. In 34.7% (26/75) squares, contamination by Ancylostoma spp., Giardia spp, Toxocara spp. and Dipylidium caninum, the majority being located in the outskirts of the city. In 9.3% (7/75) of these squares, parasitic positive fecal samples were observed in places destined for children's recreation. Thus, for the first time this research was carried out, we conclude that there was predominance of Ancylostoma spp. in the public squares of the city of Araçatuba, SP, as well as the existence of parasites with zoonotic potential in their leisure areas and we observed the occurrence of polyparasitism only in peripheral neighborhoods.

Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2015-04-08T17:06:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_AspectosImunopatológicosInfecção.pdf: 3148066 bytes, checksum: b78dd8d04093c5ce1f075d22908e999c (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2015-04-09T10:57:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_AspectosImunopatológicosInfecção.pdf: 3148066 bytes, checksum: b78dd8d04093c5ce1f075d22908e999c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-09T10:57:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22190 bytes, checksum: 19e8a2b57ef43c09f4d7071d2153c97d (MD5) DISSERTAÇÃO_AspectosImunopatológicosInfecção.pdf: 3148066 bytes, checksum: b78dd8d04093c5ce1f075d22908e999c (MD5) Previous issue date: 2013 / Mesmo apresentando um repertório de moléculas de superfície distinto, ambas as formas infectantes do Trypanosoma cruzi, tripomastigotas metacíclicas - TM - (transmissão vetorial) e sanguíneas - TS - (transmissão não vetorial), são funcionais na interação parasito-hospedeiro e/ou invasão de células-alvo. Entretanto, a interação inicial com o hospedeiro vertebrado pode desencadear uma resposta imune diferenciada possivelmente relacionada à evolução clínica distinta da doença de Chagas (DC) ao longo da fase crônica. Estudos do nosso grupo de pesquisa demonstraram que na fase aguda da DC a interação inicial entre formas TS e o hospedeiro vertebrado induz um perfil de resposta imunológica diferente daquele observado na infecção por formas TM. A infecção por TS é mais exuberante e, mesmo com o controle da parasitemia, não há o estabelecimento de uma resposta imunoreguladora eficaz, levando assim a uma inflamação persistente. A infecção por TM é mais silenciosa, promovendo uma resposta imune capaz não só de controlar o número de parasitos durante a fase inicial da infecção como também de estabelecer uma resposta imunoreguladora ao final da fase aguda. Dessa maneira, o estudo da infecção por diferentes formas infectantes do T. cruzi na fase crônica da infecção possibilitará uma melhor compreensão do efeito da fonte do inóculo sobre a interação T. cruzi x células do hospedeiro. Além disso, como as transmissões por via transfusional e congênita em países não endêmicos têm sido reconhecidas como um sério problema será importante saber o impacto da infecção por TS no curso da DC. Baseado nisso, o objetivo desse trabalho foi avaliar as alterações relacionadas aos parâmetros imunológicos celulares na fase crônica da infecção experimental de camundongos por formas TS ou TM da cepa Berenice-78 do T. cruzi. Os resultados mostraram no sangue periférico redução de leucócitos totais e linfócitos em ambos os grupos infectados e de monócitos apenas no grupo TS. Os animais infectados por formas TM apresentaram aumento de células NK e TCD4+ circulantes. A avaliação da produção de citocinas intracitoplasmáticas por esplenócitos demonstrou aumento do percentual de células TCD4+ produtoras de TNF- no grupo TS e de IL-10+ no grupo TMPor outro lado houve redução do percentual de células TCD8+ IFN-no grupo TM. Também foi verificado aumento significativo no percentual das citocinas TNF-, IFN- e IL-10 produzidas por linfócitos B no grupo TM. A avaliação da expressão de citocinas no coração mostrou redução da expressão do mRNA da citocina TNF-no grupo TM e aumento das citocinas IL-10 e TGF-no grupo TS. Qualitativamente foram observadas células inflamatórias no coração dos animais dos dois grupos, TS e TM. Porém, quantitativamente não houve diferença significativa entre eles, mesmo que no grupo TS seja observado um maior número de células inflamatórias. Por outro lado, observou-se aumento significativo da área de fibrose nos grupos TS e TM em relação ao controle e maior área de fibrose no TM quando comparado ao TS. Diante destes resultados, sugere-se que a infecção por TM já se resolveu aos 180 dias, com um perfil de citocinas anti-inflamatório e evolução para um quadro de resolução por fibrose mais expressivo. No grupo TS há um perfil de citocinas ainda pró-inflamatório, com um quadro de fibrose cardíaca em ascensão, como indicado pela presença de TGF-, sugerindo que provavelmente a infecção por TS evolui para um quadro resolutivo mais tardio e grave. ___________________________________________________________________________________ / ABSTRACT: Despite presenting a distinct repertoire of surface molecules, both infective forms of Trypanosoma cruzi, metacyclic trypomastigotes - MT - (vectorial transmission) and blood trypomastigotes - BT - (no vectorial transmission), are functional in the host-parasite interaction and / or invasion of target cells. However, the initial interaction with the vertebrate host can trigger an immune response that is differentiated and possibly related to distinct clinical evolution of Chagas disease (CD) during the chronic phase. Studies of our research group showed that in the acute phase of CD the initial interaction between BT forms and vertebrate host induces an immune response profile different from that observed in infections with MT forms. The infection with BT forms is more striking and even with the control of parasitemia, there is no establishment of an effective immunoregulatory response, thus leading to persistent inflammation. MT infection is more silent, promoting an immune response capable of controlling not only the number of parasites during the initial phase of infection as well as to establish an immunoregulatory response in the end of acute phase. Therefore, the study of infection by different infective forms of T. cruzi in the chronic phase of infection will enable a better understanding of how the source of inoculum may interfere with the T. cruzi/host cells interaction. Moreover, due to the fact that the transfusion and congenital transmissions in non-endemic countries are recognized as a serious problem would be important to know what is the impact of infection with BT forms in the disease course. Based on this, the aim of this study was to evaluate changes related to cellular immunological parameters in chronic experimental infection of mice by BT and MT forms of Berenice-78 T. cruzi strain. The results showed that in peripheral blood, the infection caused a reduction in total leukocytes and lymphocytes in both infected groups and a decrease in the number of monocytes in the BT group. The animals infected with MT forms showed increased of NK and CD4+circulating cells. The evaluation of intracytoplasmatic cytokine production by splenocytes showed a significant increase in the percentage of TNF-, IFN-and IL-10 produced by B lymphocytes in MT group. It was observed an increase in the percentage of CD4+ cells producing TNF-a in the BT group and of CD4+IL-10+ cells in the MT group. On the other hand, there was a decrease in the percentage of CD8+IFN-+ cells in the MT group. The expression of cytokines in heart showed a reduction in mRNA expression of TNF-a in the MT group and an increase of IL-10 and TGF- in the BT group. The qualitatively analysis demonstrated the presence of inflammatory cells in the hearts of animals in both groups, BT and MT. However, quantitatively there was no significant difference between them, but in the BT group is observed a greater number of inflammatory cells. On the other hand, there was significant increase in the area of fibrosis in BT and MT groups compared to NI and increased fibrosis area in MT compared to BT. Given these results, it is suggested that the infection has resolved in MT at 180 days, with a profile of anti-inflammatory cytokines and evolution to a resolution profile followed by a fibrosis more expressive. In the BT group there is still a profile of proinflammatory cytokines, with a rising cardiac fibrosis, as indicated by the presence of TGF-, suggesting that probably infection by BT forms progresses to a later resolutive and severe process.

Para se determinar a prevalência dos protozoários bucais Entamoeba gingivalis (GROS, 1849) e Trichomonas tenax (MULLER, 1773) procedeu-se o exame bucal de 700 indivíduos através do exame direto e de cultura. Esta amostra foi subdividida em cinco grupos de pessoas. O Grupo I, composto por 100 pacientes de clínicas odontológicas, revelou uma prevalência de 3,0 por cento com relação a presença da Entamoeba gingivalis e de 1,0 por cento com relação ao Trichomonas tenax. O Grupo II, composto por 100 estudantes universitários revelou-se ausente de infestações. O Grupo III, composto por 250 indivíduos da Clínica de Semiologia, revelou um percentual de 16,0 por cento de infestações por Entamoeba gingivalis e de 2,0 por cento de infestações por Trichomonas tenax. O Grupo IV, composto por 200 escolares do 1º grau, demonstrou uma positividade de 11,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de 1,0 por cento para o Trichomonas tenax. O Grupo V, composto por 50 mulheres do Serviço de Atendimento da Mulher do SESA, apresentou uma prevalência de 26,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de ausência para o Trichomonas tenax. O grau de infestação verificado no total dos 700, pacientes, examinados foi de 11,0 por cento para a Entamoeba gingivalis e de 2,0 por cento para o Trichomonas tenax. Estes resultados são discutidos e relacionados às variáveis: sexo, estado civil, escolaridade, idade, profissão, renda familiar e pH bucal. / In order to determine the prevalence of oral protozoan Entamoeba gingivalís and Tríchomonas tenax 700 person were examined. The sample was subdivided into five groups. Group I composed by 100 patients of dentistry clinics, revealed a prevalence of 3,0 per cent relacionated with the presence of Entamoeba gingivalís and 1,0 per cent relative to Tríchomonas tenax. Group II, constituted by 100 university students, showed the absence of oral infestation. Group III, composed by 250 patients of the semiology clinic, revelated a prevalence of 16,0 per cent of Entamoeba gingivalis infestations and 2,0 per cent of Trichomonas tenax infestations. Group IV, constituted of 200 schoolchildren of the 1st grade, showed a positivity of 11,0 per cent of Entamoeba gingivalis and 1,0 per cent of Trichomonas tenax. Group v, composed by 50 women of the \"Serviço de Atendimento da Mulher do SESA\" (Women\'s Attendance Clinic in a Public Health Service), presented a prevalence of 26,0 per cent of Entamoeba gingivalis and ausence of Trichomonas tenax infestations. The general degree of infestation found in all the 700, patients, examinated was 11,0 per cent for Entamoeba gingivalis and 2,0 per cent for Trichomonas tenax. These results are discussed and relacionated with the following variables: sex, age, warriage situation, education degree, profession, familiar financial statement and oral pH.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000439112-Texto+Completo-0.pdf: 538880 bytes, checksum: 671e168d7e9a8ca0457a6099c1cea1de (MD5) Previous issue date: 2012 / Successional processes present complex relationships between abiotic and biotic factors. These processes influence the structure and functioning of the community, as well as the ecosystem. The Subclass Peritrichia is one of the largest groups in the Phylum Ciliophora. They can occupy various types of water bodies. However, despite their great diversity and common occurrence, they are poorly studied. In the present work we performed a one year survey of peritrich ciliates colonizing glass slides in the Lake Guaiba located in southern Brazil. We analyzed the population dynamics of the species composing the community, and correlated it with environmental factors. A total of 35 morphospecies of Peritrichia were found, of which at least six are undescribed. Results showed that the group presents high diversity and a complex successional organization, with different responses to environmental factors and days of exposure of the traps. / Processos de sucessão apresentam relações complexas entre fatores abióticos e bióticos. Esses processos influenciam a estrutura e funcionamento da comunidade, bem como do ecossistema inteiro. Ciliados da subclasse Peritrichia constituem um dos grupos com o maior número de espécies. Peritríquios podem ocupar vários tipos de corpos d'água. No entanto, mesmo com grande diversidade e sendo de ocorrência comum, são pouco estudados. No presente trabalho, foi realizado um estudo de um ano com os ciliados peritríquios colonizando lâminas de vidro em um ponto de amostragem no Lago Guaíba, localizado no estado do Rio Grande do Sul, sul do Brasil. Neste período, foi analisada a dinâmica populacional das comunidades de peritríquios, correlacionando-a com fatores ambientais. Um total de 35 morfoespécies, além de pelo menos 6 novas espécies foram encontradas. Os resultados mostram que o grupo possui complexa organização sucessional, com diferentes respostas a fatores ambientais e tempo de exposição das armadilhas.

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2012-12-27T17:46:12Z No. of bitstreams: 1 kary_a_c_s_ocana_ioc_bcm_0010_2010.pdf: 8676624 bytes, checksum: 38b44fc6cba3d4b68c651cbcf281a044 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-27T17:46:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 kary_a_c_s_ocana_ioc_bcm_0010_2010.pdf: 8676624 bytes, checksum: 38b44fc6cba3d4b68c651cbcf281a044 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / A reconstrução da história evolutiva, assim como o estabelecimento de hipóteses que demonstrem as relações filogenéticas dos protozoários bem como dos genes codificados pelos Elementos Genéticos Móveis (EGM) requerem o uso de várias abordagens e ferramentas, as quais não se encontram disponíveis de maneira integrada nem de maneira amigável. Diferentes abordagens filogenéticas, filogenômicas e evolutivas são necessárias para a inferência da filogenia de espécies e o estudo de genes pouco conservados como a transcriptase reversa, o gene mais representativo da classe I dos EGM, os retrotransposons. Os principais algoritmos filogenéticos e os programas que os executam têm sido unificados num único sistema: ARPA, escrito na linguagem de programação PYTHON. O sistema ARPA e a interface webestão hospedados na FIOCRUZ e estão disponíveis no endereço http://arpa.biowebdb.org. Eles estão sendo integrados ao sistema de banco de dados ProtozoaDB (http://protozoadb.biowebdb.org) e ao sistema de anotação semi-automática Stingray (http://stingray.biowebdb.org/). Uma abordagem baseada nos fundamentos da filogenômica eevolução foi utilizada para desenvolver cinco objetivos: (i) analisar e inferir a filogeniados genes relacionados à resistência de drogas em protozoários, (ii) reconstruir a árvore de espéciesde protozoários, (iii) realizar estudos de filogenômica dos EGM em protozoários, (iv) inferir a filogenia da telomerase e dos elementos de retrotransposição em Tri-tryps e (v) adaptar e ampliar o esquema Phylo ao banco de dados GUS para o armazenamento da informação filogenética. Os principais resultados obtidos para cada objetivosão: (i) As inferências filogenéticas dos genes AQP, hsp70, GP63, TRYR e MRPA relacionados à resistência a drogas em protozoários demonstrou a viabilidade das execuçõesdo sistema ARPA; (ii) a árvore de espécies de protozoários usando a abordagem da supermatriz provou ser confiável, e o teste PTP e a estatística G1 demonstraram que os dados moleculares deste estudo possuem sinal filogenético; (iii) o RAXML foi o programa mais consistente ao lidar com os diferentes níveis de polimorfismos destes genes, a detecção in silicoda seleção positiva destes genes foi detectada nas análises pareadas dos modelos M1-M2 e M7-M8, porém o par M0-M3 indicou uma alta variabilidade da razão ωentre os sítios; (iv) foi observada a monofilia para a telomerase a que está mais relacionada à transcriptase reversa dos retrotransposons não-LTR; (iv) um novo esquema Phylo foi concebido e incorporado no GUS 3.5 estendendo-o a fim de armazenar os dados obtidos de inferências filogenéticas. As principais conclusões são: (i) O sistema ARPA é uma alternativa viável, eficiente, fácil e de tempo reduzido para as análises filogenômicas. O RAXML foi considerado o programa mais consistente e foi observado que as árvores construídas usando as sequências inteiras e/ou as trimadas com o TRIMAL apresentaram os melhores resultados. A abordagem da supermatriz apresentou melhores resultados do que a superárvore; (ii) as relações entre os grupos de protozoários estão de acordo com estudos anterioresda literatura, os quais determinaram também uma monofilia para os protozoários. A inclusão de mais dados/genes é necessária para obter uma árvore robusta; (iii) foram reconstruídas as árvores dos genes dos EGM e inferida a filogenia para cada um deles. O modelo M3 indicou uma alta variabilidade da razão ωentre os sítios e os modelos M7 e M8 indicaram a presença de seleção positiva para todos os genes dos EGM; (iv) a telomerase formou um grupo monofilético mais relacionado à transcriptase reversa dos retrotransposons não-LTR; (v) o esquema Phylo armazena os dados obtidos de experiências filogenéticas, mantendo as relações de herança filogenética entre cada um dos táxons, o que permite realizar consultas usando as informações dos ramos, dos nós e táxons da árvore. / The reconstruction of the evolutionary history, as well as the establishment of the hypotheses that demonstrate the phylogenetic relationships of the genes encoded by Mobile Genetic Elements (MGEs) require the use of various tools and approaches, which are not available in a friendly or integrated interface. Different phylogenetics, phylogenomics and evolutionary approaches are necessary for the inference of the species phylogeny. These same approaches are required on the study of less conserved genes as the reverse transcriptase that is the most representative gene of the class I of the MGEs, the retrotransposons. The main phylogenetic algorithms and programs developed by our group have been unified into a single system - the ARPA - written in the programming language PYTHON. The ARPA system and the web interface are hosted at FIOCRUZ and are available at http://arpa.biowebdb.org. They are currently being integrated to the database system ProtozoaDB (http://protozoadb.biowebdb.org) and to the semi-automatic annotation system Stingray (http://stinngray.biowebdb.org/). An approach based on the fundamentals of evolution andphylogenomics has been applied to achieve five different objectives: (i) to analyze and to infer the phylogeny to the genes related to drug resistance in protozoan genomes, (ii) to reconstruct a protozoan species tree, (iii) to conduct phylogenomic studies of MGEs in Protozoa, (iv) to infer phylogeny from the telomerase and the retrotransposable elements in Tri-Tryps and (v) to adapt and to extend the schema Phylo to the GUS database, for storing phylogenetic informations. The results obtained for topics were: (i) The construction of the phylogenetic trees of the genes, AQP, hsp70, GP63, TRYR and MRPA which are related to drug resistance in protozoan demonstrated the viability of the executions of theARPA system. (ii) The protozoan species tree using the supermatrix approach proved to be reliable. The PTP Test and the Statistical G1 demonstrated that the molecular data of this study have phylogenetic signal. (iii) The PAUP-AV was shown to be the most consistent program and thePHYML was the least to deal with different levels of polymorphisms of these genes. The in silicodetection of the positive selection in MGEs genes in Protozoa was detected in the paired analysis of the models M1-M2 and M7-M8, but the pair M0-M3 indicated a high variability of the ratio ωbetween the sites. (iv) It was found that a monophyly is present for the telomerase, which was the most closely related to the transcriptase of the non-LTR retrotransposons. (v) A new Phylo schema was designed and incorporated into the GUS 3.5 extending its service to store the dataobtained from phylogenetic experiments. As conclusions: (i) The ARPA system is a viable, efficient, easy and reduced time alternative for phylogenomic analysis. The RAXML was considered the most consistent program and was observed that the trees constructed using the entire and/or the trimmed sequences with TRIMAL showed the best results. The supermatrix approach showed better results than the supertree. (ii) The relationships between protozoangroups are in agreement with previous studies, which also determined a monophyly for protozoan. The inclusion of more data/genes is required to obtain a consistent tree. (iii) In the trees of the EGM, the PAUP-AV was the most consistent and the PHYML the least to deal with different levels of polymorphisms of these genes. The model M3 showed a high variability of ωratio among sites and the models M7 and M8 indicated the presence of positive selection forall genes of EGM. (iv) The telomerase formed a monophyletic group more related to the reverse transcriptase of the non-LTR retrotransposons. (v) The scheme Phylo stores the data obtained from phylogenetic experiences, keeping the inheritance of phylogenetic relationships between each of the taxa, which can perform queries using information from the branches, nodes and taxaof the tree.

Made available in DSpace on 2016-04-12T12:41:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 diogo_tschoeke_ioc_dout_2013.pdf: 6504204 bytes, checksum: 8ee03e5b054b7754e81ce9d1e278efee (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Os protozoários são definidos como organismos eucariotos unicelulares, e apresentam grande diversidade e variedade. Cerca de 200 mil espécies são descritas e quase 10.000 são parasitas. As espécies patogênicas causam doenças como a malária, doença do sono, doença de Chagas, leishmaniose, amebíase e giardíase. Portanto, estudos comparativos entre os protozoários são importantes porque estes podem mostrar semelhanças e diferenças entre essas espécies. A identificação de ortólogos é importante para a categorização funcional de genomas, porque ortólogos tipicamente ocupam o mesmo nicho funcional nos diferentes organismos, enquanto a identificação de parálogos é importante porque eles são submetidos a uma diversificação funcional via duplicação, através dos processos de neofuncionalização e subfuncionalização. A fim de realizar uma análise comparativa de 22 protozoários, 204.624 proteínas não redundantes de Plasmodium, Entamoeba, Trypanosoma, Leishmania, Giardia, Theileria, Toxoplasma, Trichomonas e Cryptosporidium, foram submetidos ao programa OrthoMCL, resultando em 26.101 grupos homólogos. Entre eles, 21.119 grupos são ortólogos, incluindo 7.679 co-ortólogos (grupos que contêm parálogos recentes), e 4982 são parálogos internos. Entre os ortólogos, 348 são compartilhados por todas as 22 espécies e representam o núcleo proteômico de Protozoa Com este núcleo realizamos uma análise filogenômica, usando os 348 ortólogos concatenados, resultando em uma supermatriz de 328.228 posições, que geraram uma árvore de espécies para os 22 protozoários. Quando inferimos os diferentes Núcleos Proteômicos, Kinetoplastida tem 5.000 grupos ortólogos e 67,92 % (3396/5000) são Kinetoplastida específicos, além disso, 46,29% (1592/3396) destes ortólogos são anotados como "hipotéticos". O núcleo proteômico de Apicomplexa tem 986 grupos ortólogos e 27,82% (224/986) são específicos, enquanto que 40,63% (92 /224) destes são classificados como hipotéticos. O núcleo proteômico de Entamoeba tem 5.915 grupos ortólogos e 75,08% (4441/5915) destes grupos são específicos, sendo que 65,41% (2905/4441) são anotados como hipotéticos. Analisando os parálogos, Trichomonas vaginalis foi a espécie que apresentou o maior número de grupos parálogos internos, 2933, e também mostrou 948 co-ortólogos totalizando 3.881 parálogos. Um aprofundamento da análise na ordem Kinetoplastida mostrou que Trypanosoma cruzi apresenta o número mais elevado de duplicações, totalizando 5.777 parálogos, sendo 4963 co-ortólogos e 814 parálogos internos Os resultados da montagem e análise de L. amazonensis resultaram 29.670.588 bases e 8802 CDS identificadas. A análise comparativa do gênero Leishmania mostrou que as seis espécies estudadas compartilham 7016 ortólogos, enquanto L. amazonensis e L. mexicana têm o maior número de ortólogos-específicos e L. braziliensis o maior número de paralogos internos. A análise filogenômica mostrou a posição taxonômica esperada de L. amazonensis e juntamente com L. mexicana formando o "complexo Mexicana", além da separação esperada do subgênero Leishmania. Encontramos potenciais proteínas análogas entre L. amazonensis e Homo sapiens e dentro do genoma de L. amazonensis, denominados análogos intragenômicos. Finalmente, a mineração por genes de RNAi mostrou que L. amazonensis , provavelmente não apresenta esta via funcional / Protozoa are defined as single celled eukaryotic organisms showing an extremely diversity and variety. Approximately 200,000 species are described and nearly 10,000 are parasitic. The pathogenic species cause diseases such as malaria, sleeping sickness, Ch agas disease, leishmaniasis, amoebiasis and giardiasis. Therefore, comparative studies among Protozoa are important because they may identify similarities and differences in these species. Orthologs identification is central to functional characterization of genomes because orthologs typically occupy the same functional niche in different organisms, while paralogs identification is important because they undergo a functional diversification by duplication, via the processes of neofunctionalization and subfu nctionalization. In order to perform comparative protozoa analysis, 204,624 non - redundant proteins from Plasmodium , Entamoeba , Trypanosoma , Leishmania , Giardia , Theileria , Toxoplasma , Trichomonas and Cryptosporidium , totalizing 22 species, were submitted t o OrthoMCL resulting in 26,101 homologs groups. Among them, 21,119 groups are orthologs including 7,679 co - orthologs (groups that contain recent paralogs) and 4,982 are inparalogs. Among the orthologs, 348 are shared by all 22 species, representing the Pro tozoa core proteome, with this core we perform ed a phylogenomic analysis with the 348 concatenated orthologs, resulting in a global supermatrix of 328,228 positions that generate a species tree for the 22 protozoa. When we inferred Core Proteome, the Kinet oplastida core has 5,000 orthologous groups and 67.92% (3,396/5000) are Kinetoplastida Specific, besides 46.29% (1,592/3,396) of these orthologs are annotated as “hypothetical”. Apicomplexa Core Proteome has 986 orthologous groups and 27.82% (224/986) are Apicomplexa Specific whereas 40.63% (92/224) were classified as hypothetical proteins. Entamoeba Core Proteome has 5,915 orthologous groups and 75.08% (4,441/5,915) of these groups are Entamoeba Specific and 65.41% (2,905/4441) were annotated as hypothetic al. Analyzing the paralogs, Trichomonas vaginalis was the specie s that presented the highest number of inparalogs groups, 2,933 and also showed 948 co - orthologs totalizing 3881 paralogs. A deep look into the Kinetoplastida order showed that Trypanosoma cruzi has the highest duplication number, totalizing 5777 paralogs, 4963 co - orthologs and 814 inparalogs groups . The L. amazonensis analysis resulted in 29,670,588 bases assembled, and 8802 CDS identified. Comparative analysis into the Leishman ia genus showed that these 6 species share 7016 ortologs, whilst L. amazonensis and L. mexicana has the biggest number of specific orthologs and L. braziliensis biggest number of inparalogs. Phylogenomic analysis showed the expected L. amazonensis taxonomi c position together with L. mexicana forming the “Mexicana complex” and the New and Old Leishmania (L . ). spp. separation. Potential analagous proteins were found between L. amazonensis and H omo sapiens , and also into the L. amazonensis proteome. Finally, R NAi analysis showed that L. amazonensis , probably, do not have functional RNAi pathway

Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas. Núcleo de Pesquisas em Ciências Biológicas, Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós Graduação, Universidade Federal de Ouro Preto. / Submitted by Oliveira Flávia (flavia@sisbin.ufop.br) on 2014-11-10T17:02:35Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 20592 bytes, checksum: 0c9b9c579af4cbbcf785ca803bd18d4b (MD5) DISSERTAÇÃO_InovaçõesDiagnósticoMonitoração.pdf: 2809852 bytes, checksum: 5e2dc6ce18b064089906e87dc171d3a6 (MD5) / Approved for entry into archive by Gracilene Carvalho (gracilene@sisbin.ufop.br) on 2014-11-18T14:41:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 20592 bytes, checksum: 0c9b9c579af4cbbcf785ca803bd18d4b (MD5) DISSERTAÇÃO_InovaçõesDiagnósticoMonitoração.pdf: 2809852 bytes, checksum: 5e2dc6ce18b064089906e87dc171d3a6 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-18T14:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 20592 bytes, checksum: 0c9b9c579af4cbbcf785ca803bd18d4b (MD5) DISSERTAÇÃO_InovaçõesDiagnósticoMonitoração.pdf: 2809852 bytes, checksum: 5e2dc6ce18b064089906e87dc171d3a6 (MD5) Previous issue date: 2013 / Um dos desafios em relação ao tratamento na fase crônica da doença de Chagas (DCh) são as limitações dos métodos disponíveis para detectar a cura parasitológica nessa fase da infecção. Sendo assim, esse trabalho visa estabelecer uma inovação metodológica na monitoração da cura parasitológica pós-tratamento etiológico da DCh, por meio da técnica de FC-ATE-Triplex, analisando IgG1 anti-T. cruzi. Como metodologia desse trabalho, foi proposto um modelo de pesquisa de anticorpos IgG1 anti-formas evolutivas vivas do T. cruzi (amastigota (AMA), tripomastigota (TRIPO) e epimastigota (EPI) fixada) por citometria de fluxo, empregando um modelo de segregação fluorescente diferencial (fluorescência 1- isotiacianto de fluoresceína) e um sistema de revelação fluorescente complementar (fluorescência 2- estreptoavidina-ficoeritrina). Avaliando a reatividade de IgG1 anti-AMA, TRIPO e EPI em amostras de soros dos grupos tratado curado (TC) e tratado não curado (TNC), as amostras do grupo TC apresentaram uma baixa reatividade e as dos grupo TNC uma alta reatividade com as três formas evolutivas do T. cruzi. Após análise de desempenho dessa nova metodologia, os critérios de interpretação foram: diluição 1:000 e ponto de corte de 40% para AMA e diluição 1:250 e ponto de corte de 20% para TRIPO e EPI. Avaliando a reatividade de IgG1 anti-AMA, TRIPO e EPI pela técnica proposta, em amostras de soros dos grupos não tratado (NT) e não infectado (NI), as amostras do grupo NT apresentaram valores de reatividade positivo e as do grupo NI valores de reatividade negativos com as três formas evolutivas. A reatividade de 28 amostras de soro do grupo tratado em avaliação (TEA) pela técnica de FC-ATE-Triplex revelou que 15 (53,6%) foram negativas com AMA, 11 (39,3%) com TRIPO e 8 (28,6%) com EPI. Avaliando a reatividade de IgG1 anti-AMA, TRIPO e EPI, em amostras de soros dos grupos TC e TNC em novas amostragens populacionais, todas as amostras do grupo TNC foram positivas com as três formas evolutivas, enquanto todas as amostras do grupo TC foram negativas com AMA, 5 das 7 amostras foram negativas com TRIPO e 6 das 7 foram negativas com EPI. Das 24 amostras do grupo TEA de uma nova amostragem populacional testadas pela FC-ATE-Triplex, 7 (29,2%) foram negativas com AMA, 1 foi negativa com TRIPO (4,2%) e 7 foram negativas com EPI (29,2%). A reatividade da FC-ATE-Triplex com o soro de pacientes com leishmaniose visceral (LV) e leishmaniose tegumentar americana (LTA) revelou que das 10 amostras de pacientes com LV, uma (10%) foi positiva com AMA, uma (10%) com TRIPO e duas (20%) com EPI, enquanto que dos 20 pacientes com LTA, 4 (20%) foram positivas com AMA, 6 (30%) com TRIPO e 10 (50%) com EPI. Sendo assim, a técnica de FC-ATE-Triplex apresentou um excelente desempenho na monitoração de cura parasitológica pós-tratamento etiológico, no diagnóstico e no controle de cura parasitológica precoce da doença de Chagas, mesmo quando testada em novas amostragens populacionais. Além do mais, essa nova metodologia, mesmo apresentando resultados falso-positivos, mostrou ser útil na segregação sorológica de pacientes chagásicos e de pacientes portadores de LV e de LTA. A reatividade diferencial observada em AMA, TRIPO e EPI sugere que na técnica de FC-ATE-Triplex existe a segregação de anticorpos pela afinidade pelo antígeno. As formas amastigotas do T. cruzi apresentaram uma maior reatividade, especificidade e mostraram ser boas fontes antigênicas na monitoração da cura parasitológica pós-tratamento etiológico e no controle de cura parasitológica precoce da doença de Chagas. _________________________________________________________________________ / ABSTRACT: One of the challenges regarding treatment in the chronic phase of Chagas disease (DCH) are the limitations of methods available to detect the parasitological cure at this stage of infection. In the present study, we have developed an innovative method to monitoring the parasitological cure after Chagas’ disease etiologic treatment. This method, named FC-ATE-Triplex, is based in simultaneous detection of IgG1 anti-T. cruzi by flow cytometry. It was proposed a model of antibody IgG1anti-live T. cruzi evolutive forms (live amastigotes (AMA) + live trypomastigotes (TRYPO) + fixed epimastigotes (EPI) fixed, using a model of differential segregation fluorescent (Fluorescence 1 - isotiacianto fluorescein) and a system of complementary fluorescence revelation (fluorescence 2 - streptavidin-phycoerythrin). The patients used in this study were divided in five groups: uninfected (NI), untreated (NT), treated cured (TC), treated not-cured (TNC) and treated under evaluation (TUE). The TC group samples showed a low reactivity and the TNC group a high reactivity with the three evolutive forms of T. cruzi. After performance analysis of this new approach, the interpretation criteria established were: 1:000 dilution and cutoff of 40% for AMA and 1:250 dilution and cutoff of 20% for EPI and TRYPO. The NT group samples showed values of positive reactivity and the NI group values of negative reactivity with the three evolutive forms of T. cruzi. The reactivity of 28 sera samples from the group TUE through the technique FC-ATE-Triplex revealed that 15 (53.6%) were negative with AMA, 11 (39.3%) with TRYPO and 8 (28.6%) with EPI. Assessing the reactivity of IgG1anti-AMA, TRYPO and EPI in sera samples of groups TC and TNC in new population samples, all samples of TNC group were positive with the three T. cruzi evolutive forms, while all samples of TC group were negative with AMA, 5 of 7 samples were negative with TRYPO and 6 of 7 were negative with EPI. Of the 24 samples of TUE group of a new population tested by FC-ATE-Triplex, 7 (29.2%) were negative with AMA, 1 was negative with TRYPO (4.2%) and 7 were negative with EPI (29.2%).). The reactivity of FC-ATETriplex with sera from patients with visceral leishmaniasis (VL) and American cutaneous leishmaniasis (ACL) revealed that of the 10 samples from patients with VL one (10%) was positive with AMA, one (10%) with TRYPO and two (20%) with EPI, while from 20 patients with ACL tested, 4 (20%) were positive with AMA, 6 (30%) with TRYPO and 10 (50%) with EPI. Thus, these results showed that FC-ATE-Triplex presented an excellent performance in monitoring of the parasitological cure after etiological treatment, in diagnosis and control of early parasitological cure of Chagas disease, even when tested on new sampling population. Moreover, this new methodology, even with false-positive results, proved to be useful in serological segregation of chagasic patients and patients with VL and ACL. The differential reactivity observed in AMA, TRYPO and EPI suggests that in the technique of FCATE-Triplex there is segregation of antibodies by antigenic affinity. The amastigotes of T. cruzi showed greater reactivity, specificity and to be good antigenic sources in monitoring parasitological cure after etiological treatment and control of early parasitological cure of Chagas disease.

Atualmente há um grande interesse em estudos voltados para sistema de tratamento de esgoto sanitário. Isso se deve principalmente pela presença de microrganismos e substâncias que podem interferir na saúde humana e ambiental. Dentre os microrganismos patogênicos responsáveis por transmissão de doenças estão os protozoários Giardia spp. e Cryptosporidium spp. No que se refere às substâncias nocivas à saúde humana e ambiental podem ser citados os desreguladores endócrinos que agem sobre o sistema endócrino de homens e animais causando efeitos adversos. Baseado na importância destes estudos, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a eficiência de remoção de protozoários patogênicos - Giardia spp. e Cryptosporidium spp. e da atividade de estrogenicidade em processos de tratamento de esgoto sanitário constituídos por reator UASB, sistema de lodos ativados e filtro de areia. Também foram avaliados os padrões de qualidade dos efluentes do reator UASB e sistema de lodos ativados utilizando sulfato de alumínio e cloreto férrico. A combinação dos processos biológicos sequenciais apresentou robustez em termos de remoção de matéria orgânica, microrganismos indicadores e (oo)cistos. A desinfecção com cloro mostrou-se eficiente em inativar os microrganismos indicadores: coliformes totais e Escherichia coli. A atividade estrogênica, avaliada pelo teste YES, foi maior no efluente do lodo ativado e do filtro de areia devido à conjugação dos compostos estrogênicos no esgoto bruto. Detectou-se toxicidade à levedura utilizada no teste YES (Saccharomyces cerevisae), principalmente nas menores diluições, a qual interferiu na expressão da estrogenicidade impossibilitando o cálculo em termos de concentração equivalente de 17β-estradiol. / Currently there is great interest in studies related to the wastewater treatment system. This is mainly for the present of microorganisms and substances that can interfere with human and environmental health. Among the pathogens responsible for diDEse transmission are protozoa Giardia spp. and Cryptosporidium spp. With regard to substances harmful to human and environmental health can cite endocrine disrupters that act on the endocrine system of humans and animals causing adverse effects. Based on the importance of these studies, the present study aimed to evaluate the efficiency of removal of pathogenic protozoa - Giardia spp. and Cryptosporidium spp. - Activity and estrogenicity in processes of wastewater treatment consisting of UASB reactor, activated sludge system and sand filter. We also evaluated the quality standards of the effluent of the UASB reactor and activated sludge system using aluminum sulfate and ferric chloride. The combination of hardiness sequential biological processes presented in terms of removal of organic matter, microorganisms and indicators (oo) cysts. The chlorine disinfection proved effective in inactivating microorganisms indicators: total coliforms e Escherichia coli. The estrogenic activity, assessed by the YES assay, was higher in the effluent of the activated sludge and sand filter due to a combination of estrogenic compounds in raw sewage. Was detected toxicity to the yeast used in the YES assay (Saccharomyces cerevisiae), mainly in the lower dilutions, which interfered with the expression of estrogenicity it impossible to calculate in terms of an equivalent concentration of 17β-estradiol.

Pela grande produção de equinos no Brasil, perdas econômicas causadas por mortalidade ou perdas reprodutivas neste plantel simbolizam grandes prejuízos, tanto na produção para o mercado interno quanto para a exportação. Necessário se faz o acompanhamento de enfermidades que afetam o sistema nervoso desta espécie. Agentes virais e bacterianos causando problemas neurológicos e reprodutivos, nesta espécie, são amplamente estudados no Brasil. Pouco se conhece sobre o papel dos protozoários da família Sarcocystidae em determinar sinais clínicos neurológicos e reprodutivos. O objetivo deste estudo é identificar protozoários formadores de cistos, com potencial para causar doença neurológica e reprodutiva, em amostras de tecido encefálico de equinos com diagnóstico clínico de encefalopatias e de fetos abortados. Foram analisadas 165 amostras de SNC e 21 amostras de feto abortado de equinos, enviados ao Instituto Biológico para realização de exames laboratoriais. As amostras foram submetidas à nested PCR-ITS1 com primers direcionados às regiões conservadas do lócus ribossômico de protozoários da família Sarcocystidae. Após confirmação do resultado, os produtos de amplificação foram sequenciados para a determinação das sequências ITS1, discriminatórias entre as diversas espécies de protozoários da família Sarcocystidae. Das 15 amostras positivas (duas de feto abortado e 13 de SNC de equino com sintomatologia neurológica) em 14 o protozoário envolvido foi Toxoplasma gondii e em uma delas Sarcocystis neurona. Para Neospora spp não foi encontrada nenhuma amostra positiva. Nas amostras de SNC também foi realizado o exame histopatológico para análise das alterações histopatológicas. Todos os materiais positivos para S. neurona ou T. gondii apresentaram algum tipo de alteração (infiltrado inflamatório meníngeo/neurópilo), congestão/edema, hemorragia, necrose, malácia, indicando a ação de patógeno neurotrópico. A frequência de amostras positivas pela nested PCR-ITS1, para a presença de protozoários foi 7,9% (13/165) e de abortamento por protozário (T. gondii) foi de 9,5% (2/21). Sarcocystis neurona foi encontrado em apenas uma amostra de SNC. Pelos resultados é possível inferir que a ocorrência de mieloencefalite e abortamentos causados pelos protozoários Sarcocistideos em equinos pode revelar-se maior do que se considera atualmente, caso o estudo do SNC nesta espécie seja executado rotineiramente para a conclusão de casos clínicos. / Regarding the importance of equine husbandry in Brazil, economic losses due to mortality or reproductive failures within these herds could mean significant problems for national and international trade market. Therefore, it is necessary to research for diseases affecting the central nervous system (CNS). In Brazil, a broad amount of studies has been made concerning viral and bacterial neurvous and/or reproductive diseases. Although, little is stablished about the rule of protozoan from Sarcocystidae family leading to that kind of symptomatology. This study aimed to identify cystic protozoa which are potentially pathogenic for reproductive and neural tracts using samples from equine encephalic tissue of animals diagnosed with clinical encephalopathy and aborted fetuses. 165 samples of equine CNS and 21 aborted fetuses of this same species were analyzed in the Instituto Biológico facilities. They were submitted to nested PCR-ITS1 using primer to conserved regions from ribosomal locus of Sarcocystidae family protozoa. After confirmatory results, amplified samples were submitted to sequencing for determination of ITS-1 sequences, which are discriminatory concerning the several species of protozoan from Sarcocystidae family. Among the 15 positive identified samples (2 from aborted fetuses and 13 from adult equine CNS), in 14 were detected Toxoplasma gondii as the protozoa involved with the symptoms and in one of them Sarcocystis neurona was detected. None was found positive for Neospora spp. All samples collected were examined using histopathological techniques looking for disease findings. Positive samples for S. neurona or T. gondii showed varied types of alteration (neutrophilic/meningeal inflammatory infiltrate), congestion/edema, hemorrhage, necrosis and malacia, indicating that they were affected by a neurotropic pathogen. The frequency of parasitic equine encephalitis using nested PCR-ITS1 was 7,9% (13/165) and abortion by protozoa (T. gondii was 9,5% (2/21). The incidence of these diseases may be higher than registered nowadays if equine CNS could be analyzed during clinical diagnosis routine for case conclusion.