Comme tous les organismes marins, les ostracodes subissent un changement drastique au cours de l'extinction en masse de la fin du Permien. En Chine du Sud, le Permien supérieur affleure largement. Des études précédentes ont été conduites sur la taxonomie, la biostratigraphie et le paléoenvironnement des ostracodes néritiques du Permien supérieur. C'est ici la première étude sur les ostracodes profonds du Permien supérieur de Chine et la première dans le monde sur le Permien terminal. A ce jour, les seules données disponibles sur les ostracodes profonds du Permien proviennent du Permien inférieur d'Indonésie et du Permien moyen - Wuchiapingien d'Italie. Dans cette thèse, quatre coupes de séries profondes de Chine du Sud (Bassin du Hunan-Guizhou-Guangxi et Bassin du Yangste inférieur) sont étudiées en détail pour la taxonomie, le paléoenvironnement (paléobathymétrie et niveau de paléo-oxygénation) et les processus "d'extinction". La taxonomie des ostracodes est le travail de base. Une faune diversifiée est représentée par 43 genres et 128 espèces. Deux nouvelles espèces Bairdia dongpanensis et Spinomicrocheilinella anterocompressa ont été décrites. Un nouveau genre Denticupachydomella n.gen. et deux nouvelles espèces Pseudobythocypris guiqianensis n.sp. et Denticupachydomella spinosa n.sp. sont proposés. Beaucoup de spécimens ont une conservation médiocre et ne présentent pas suffisamment de caractères pour une identification précise. Les spécimens déterminés appartiennent aux Palaeocopida, Podocopida et Myodocopida. Les espèces typiquement Paléozoïque dominent la faune et sont accompagnées de quelques formes à affinité mésozoïque (i.e. Abrobairdia, Lobobairdia). 19 espèces ont été rattachées à du matériel précédemment décrit du Dévonien supérieur au Permien supérieur d'Amérique du Nord, d'Europe et d'Asie du Sud-Est. La faune étudiée a un taux d'endémisme de 85.2%. La paléobathymétrie est analysée à partir du modèle de Lethiers & Raymond (1991) qui utilise les proportions d'ostracodes psychrosphériques/Bairdiidea/autres espèces néritiques. 38 espèces sont considérées comme psychrosphériques. Elles appartiennent aux Bairdiidae épineux, Bythocytheridae, Tricorninidae, Berounellinidae, Rectonariidae, Pachydomellidae, Healdiidae, Quasillitidae, Polycopidae, Discoidella et deux espèces indetminées de podocopid. La coupe de Dongpan est la plus profonde et présente des variations de bathymétrie depuis la plate-forme externe jusqu'au milieu bathyal. Ces interprétations sont bien en adéquation avec les résultats d'autres analyses (radiolaires, sédimentologie, minéralogie et géochimie). Quelques événements locaux (courants de turbidité) peuvent perturber le signal. Pour l'évaluation de la teneur en oxygène, le modèle FF% (pourcentage d'ostracodes filtreurs) de Lethiers & Whatley (1994) est appliqué pour la première fois à des faunes profondes. Un seul horizon dans la coupe de Dongpan présente un niveau d'oxygénation proche de la dysoxie. En milieu néritique, un intervalle de transition, avec des faunes typiquement paléozoïques et des nouveaux venus mésozoïques a récemment été mis en évidence. Il semble que ce phénomène soit observable également en milieu profond. Il ne semble pas y avoir de phénomène de miniaturisation chez les ostracodes profonds à l'approche de la limite Permien-Trias. Dans la coupe groupée Liuqiao-Dongpan, deux horizons d'extinction sont mis en évidence. Le premier horizon correspond à la crise majeure chez les radiolaires, à la régression, à une activité volcanique intense et peut-être un niveau disoxique. Ces niveau d'extinction sont corrélés avec le GSSP de la limite Permien-Trias à Meishan. Il semblerait que les événements d'extinction soient plus précoces en milieu profond qu'en milieu néritique.

L'analyse stratigraphique de quatre carottes récoltées dans deux tourbières boréales de la région des basses terres de la Baie James, Québec, a été effectuée dans le but de colliger, interpréter et comparer les résultats des reconstitutions paléoécologiques et paléohydrologiques issues des divers marqueurs biotiques et abiotiques contenus dans des séquences tourbeuses d'un mètre de profondeur. Ce travail a permis la reconstitution des conditions hydroclimatiques passées et leur influence sur le taux d'accumulation de la tourbe au cours de l'Holocène récent (~ 3 000 dernières années). La quantification du taux d'accumulation à court et à long terme du carbone au sein de ces écosystèmes boréaux a également été réalisée. Les macrorestes végétaux, les thécamibes, le rapport carbone/azote, le taux d'humification et la densité sèche de la tourbe représentent les indicateurs retenus pour les analyses. La composition isotopique du carbone des sphaignes a également été étudiée à la surface de la tourbière ainsi que le long d'une des quatre séquences tourbeuses afin d'en évaluer le potentiel à titre d'indicateur paléohydrologique. Pour chaque carotte, l'analyse multi-proxy a permis, en plus de reconstituer l'histoire de la tourbière à l'échelle locale, d'évaluer les limites d'interprétation liées à chacun des indicateurs. À titre indicatif, il s'est avéré que l'analyse des thécamibes a difficilement favorisé la distinction entre les périodes humides et les périodes très humides. À l'échelle locale, la comparaison de reconstitutions multi-proxy issues de deux séquences tourbeuses provenant d'une même tourbière a permis de reconnaître le rôle des facteurs allogènes et autogènes sur les conditions d'accumulation de la tourbe. L'influence du régime hydrologique et du contexte géomorphologique propres à chacun des sites de carottage a effectivement été reconnue par certains des indicateurs employés. Pour sa part, la comparaison de l'évolution paléohydrologique des deux tourbières à l'Holocène récent s'est avérée être un défi vu l'interprétation des changements locaux qui est ressortie des résultats. En effet, les successions écologiques des profils tourbeux, principalement fondées sur les assemblages de macrorestes végétaux et de thécamibes, ont révélé des différences d'origine autogène, lesquelles ont complexifié la distinction de l'apport des conditions régionales dans la dynamique de l'accumulation de la tourbe. Deux périodes plus humides, soit une première vers 900 cal. BP et une seconde, vers 350 cal. BP, ont tout de même été identifiées dans l'ensemble des séquences et ont permis d'inférer une influence allogène sur l'accumulation de la tourbe. Dans ce travail, l'accent a été mis autant sur l'interprétation des reconstitutions paléoécologiques que sur l'analyse des forces et faiblesses des indicateurs utilisés. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Tourbières, Holocène, Québec, Changements climatiques, Paléoécologie.

Dans le secteur nord-est du bassin versant de La Grande Rivière (Québec subarctique, Canada), les tourbières structurées montrent les signes d'un ennoiement récent : expansion des mares et leur coalescence, mortalité des arbres et dégradation des lanières de végétation. Ces symptômes suggèrent l'occurrence d'un processus nommé « aqualyse », c'est-à-dire une détérioration physique du milieu par l'expansion des mares qui le composent, augmentant la surface aquatique et dégradant l'assise tourbeuse de l'écosystème. Quatre carottes de tourbe ont été récoltées dans les mares des tourbières de l'Aéroport (54°6'2"N, 72°30'59"W) et de l'Ours (54°2'56''N, 72°27'25"W), situées dans le secteur de Laforge-1. Dans le but d'étudier la relation potentielle entre le phénomène d'aqualyse et les fluctuations hydroclimatiques de l'Holocène, des analyses macrofossiles, de thécamoebiens (rhizopodes) et de perte au feu ont été réalisées sur les profils de tourbe. Trente-trois datations SMA au radiocarbone ont également été effectuées le long des quatre carottes étudiées afin d'élaborer la chronologie des événements hydrologiques. Les résultats démontrent que l'accumulation de la tourbe dans Aéroport et Ours a débuté respectivement vers 6700 et 6400 cal. BP alors que les deux sites amorçaient la transition d'un milieu aquatique à un écosystème tourbeux à la faveur de conditions climatiques sèches. Les zones topographiquement plus basses sont demeurées ennoyées et marécageuses plus longtemps et sont devenues terrestres (tourbière) vers 4600 et 5950 cal. BP dans les tourbières de l'Aéroport et de l'Ours respectivement. Les mares se sont développées à partir de dépressions humides qui se sont formées en réponse à des facteurs allogènes et autogènes vers 6000, 5000, 4000 et 2000 cal. BP pour les sites OursM4, OursM3, AeroM2 et AeroM4 respectivement. Par ailleurs, le manque d'indicateurs associés à l'occurrence de mares, la mauvaise préservation des sédiments et la possibilité de taux d' accumulation négatifs dans les mares ont limité la capacité des auteurs à détecter les phases d'aqualyse (développement de mares) au sein des profils de tourbe. Les résultats suggèrent que les mares OursM4, OursM3, AeroM2 et AeroM4 se sont développées à des âges maximaux de 4220, 4000, 3420 et 1480 cal. BP respectivement. La mise en place des mares s'est donc effectuée à la faveur d'une hausse générale des conditions d'humidité depuis l'épisode néoglaciaire il y a environ 4000 ans. L'initiation isolée de la mare AeroM4 suggère cependant que des processus autogènes peuvent suffire à déclencher le développement de mares. Les symptômes récents de dégradation du drainage observés à la surface des tourbières de l'Aéroport et de l'Ours, sont probablement le résultat d'une intensification récente du phénomène d'aqualyse à travers une expansion des mares. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Tourbières, mares, paléoécologie, thécamoebiens, macrofossiles végétaux.

Les tourbières nordiques accumulent du carbone (C) puisque dans ces milieux, la production de la matière organique excède sa décomposition, ce qui a résulté en un important réservoir de C représentant environ 30% du C présent dans les sols terrestres à l'échelle de la planète. Puisque l'accumulation du C durant l'Holocène a influencé le climat global, les projections des changements climatiques devraient tenir compte de cette dynamique du C dans ces écosystèmes. Des variations de l'accumulation du C sont généralement liées à une combinaison de facteurs géomorphologiques (topographie du bassin), climatiques, des processus écologiques autogènes et des évènements ponctuels de perturbation. À part les feux, qui représentent une émission directe de C vers l'atmosphère, des facteurs internes et externes influencent la dynamique du C dans les tourbières. Les variations hydrologiques constituent un facteur déterminant en ce qui a trait aux assemblages végétaux. De plus, la végétation influence l'hydrologie par les processus de transpiration et d'isolation de la tourbe. L'objectif principal de la thèse était de quantifier les stocks de C ainsi que les taux d'accumulation pour trois tourbières boréales situées dans le nord du Québec. Nous avons de plus estimé l'influence des changements de la végétation, de l'hydrologie et de l'intensité et de la fréquence des feux de tourbière sur les taux d'accumulation du C, en tenant compte du contexte climatique holocène du nord du Québec. Afin de quantifier le volume de tourbe de chaque tourbière, les profondeurs ont été mesurées par sondage manuel ainsi que par un géoradar (GPR). La stratigraphie de plusieurs carottes échantillonnées dans chaque tourbière a été analysée. L'interpolation spatiale des taux d'accumulation du C a permis une reconstitution de chaque écosystème. Les changements de la végétation et de la nappe phréatique durant l'Holocène ont été reconstruits à l'aide d'analyses de macrorestes végétaux et de thécamoebiens. Les régimes de feu ont été reconstruits à partir du dénombrement de charbons de bois macroscopiques. Les variations temporelles des assemblages végétaux, de la nappe phréatique et de l'intensité et de la fréquence des feux ont été comparées aux fluctuations de l'accumulation du C. Les trois tourbières étudiées ont accumulé du C à un taux moyen de 16,2 g m*-2 an*-1 depuis l'âge maximum de 7510 cal BP, ce qui équivaut à une masse moyenne de C de 91 kg m*-2 et un réservoir total de C de 608 x 10*6 kg. Au début de leur développement, l'expansion latérale des tourbières a été rapide, tandis que l'accumulation du C à l'échelle de l'écosystème a culminé entre 5250 et 3500 cal BP. Malgré le fait que les taux d'accumulation verticale aient été généralement élevés dès le début du développement des tourbières, la topographie des bassins dans lesquels se sont développés ces écosystèmes a limité l'accumulation générale de la tourbe. Les résultats montrent que dans l'ensemble, les assemblages dominants de végétation ont varié dans le temps ainsi qu'entre chaque tourbière. Les périodes où les taux d'accumulation ont été élevés dans les tourbières de LLC et STE étaient dominées par une végétation de Sphagnum section Acutifolia, ainsi que par des nappes phréatiques intermédiaires entre 10-15 cm en dessous de la surface. Le ralentissement de l'accumulation du C durant l'Holocène récent a été associé aux fluctuations importantes de la nappe phréatique ainsi qu'à une diminution des sphaignes de la section Acutifolia. En effet, la présence de ces sphaignes limite les taux de décomposition en maintenant des conditions froides, acides, humides et faibles en nutriments, favorisant l'accumulation du C dans ces tourbières. En général, les tourbières MOS et STE montrent une moins grande présence de sphaignes dans leurs sections centrales, probablement dû au contexte physiographique local des bassins dans lesquelles elles se sont développées en maintenant des conditions minérotrophes jusqu'à 5450 et 4410 cal BP, respectivement. Les analyses de macrocharbons contenus dans la tourbe ont permis d'identifier des intervalles moyens de feu de 883 ans durant l'Holocène, même si d'importantes variations spatiales et temporelles ont été reconstituées. La fréquence des feux et la production de charbons a augmenté après 2000 cal BP. Néanmoins, les analyses de régression montrent que les feux n'ont pas été un facteur déterminant dans l'accumulation du C. De plus, les changements du régime des feux de l'Holocène récent semblent avoir été indépendants des changements dans la végétation locale. Le refroidissement néoglaciaire de ~3000 cal BP pourrait bien avoir été le facteur principal ayant engendré ces changements environnementaux. Ce refroidissement climatique a probablement affecté de façon négative les taux d'accumulation du C. De plus, les périodes synchrones de nappe phréatique basse durant l'Holocène récent ont probablement été une des principales causes du changement de la végétation, dominée alors par des espèces ligneuses aux dépens des sphaignes, une tendance observée notamment à LLC. Afin d'obtenir un portrait précis de l'accumulation à long terme du C, les reconstructions futures devraient tenir compte des variations de l'expansion latérale des tourbières, puisque les masses de C et les taux de l'accumulation issus de carottes centrales surestiment les taux à l'échelle de l'écosystème. Les changements climatiques futurs pourraient impliquer des augmentations à la fois de la nappe phréatique et des températures, ce qui aurait probablement un effet positif sur la croissance des sphaignes, et donc sur l'accumulation du C dans les tourbières de la région. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : tourbière, carbone, Holocène, feu, paléoécologie

Plusieurs gisements à vertébrés du Cénomanien des Charentes, pour la plupart inédits, ont été étudiés d'un point de vue systématique et taphonomique. Au total, plus de 18000 restes ont pu être identifiés, avec près de 80 taxons répartis sur une quinzaine de niveaux de faciès variés. Les assemblages les plus riches, concentrés dans la partie inférieure de l'étage, sont constitués de microrestes présentant une grande diversité taxonomique (poissons, amphibiens, reptiles, mammifères) et écologique. Bien que largement dominés par les sélaciens (trois nouveaux genres et quatre nouvelles espèces sont décrits), ces assemblages contiennent de nombreux restes de tétrapodes continentaux. Certains groupes, comme les mammifères, sont signalés pour la première fois dans le Cénomanien européen.<br />L'analyse taphonomique des différents niveaux a permis de définir plusieurs catégories d'assemblages, variant notamment par la taille (millimétrique ou centimétrique) et le degré d'abrasion de leurs éléments. Dans un contexte globalement transgressif, les modalités de formation de ces gisements paraliques sont discutées (rôle de la condensation), tout comme l'évolution paléoécologique des faunes au cours du Cénomanien (extinctions locales et remplacements fauniques). L'association dans les Charentes de taxons d'affinités laurasiatiques (ex : Solemydidae, Troodontidae, Nodosauridae) et gondwaniennes (ex : Distobatidae, Ziphosuchia, Carcharodontosauridae) constitue une particularité biogéographique, s'expliquant à la fois par des phénomènes de vicariance et de dispersion. La possibilité d'échanges fauniques trans-téthysiens au Cénomanien inférieur semble ainsi attestée. Les vertébrés du Cénomanien présentent un mélange de formes relictes et précurseurs, illustrant les changements s'opérant entre le Crétacé inférieur et le Crétacé supérieur.<br /> Par ailleurs, la faune de sélaciens du Campanien stratotypique, comprenant 20 espèces (dont deux nouvelles), est décrite en détail pour la première fois. Cela complète l'étude portée sur les vertébrés du Crétacé supérieur nord-aquitain et permet d'établir des comparaisons avec les autres faunes connues pour cet étage.

Ce travail comporte quatre grandes parties 1 - une partie intitulée "les Marnes bleues nummulitiques : stratigraphie et sédimentologie" où je traiterai pour l'essentiel d'observations de terrain. 2 - une description de la macrofaune récoltée comprenant une étude systématique et une analyse biométrique de quelques espèces. 3 -une étude taphonomique des gisements permettra de situer la faune dans son contexte stratigraphique et sédimentologique. 4 - une partie intitulée "Paléoécologie" ou je tenterai une reconstitution du milieu de vie des organismes étudiés, en m'appuyant sur les données de terrain et les renseignements autécologiques concernant les formes affines actuelles.

Un profil pollinique provenant d'un lac possédant des sédiments laminés (varves), le lac Brûlé (45°43'09" N, 75°26'32"O 270m), a servi à étudier l'histoire de la végétation et du climat dans l'Outaouais au cours de l'Holocène tardif. Au cours des 1400 dernières années, la végétation de l'Outaouais a été dominée par des espèces arboréennes telles que Tsuga, Fagus, Betula, Acer, Pinus et Picea. Des modifications majeures s'opèrent dans les spectres polliniques vers 1375 AD. Les analyses des micro-charbons et les évidences d'une succession écologique secondaire indiquent que ces changements sont attribuables à un incendie forestier. Une diminution abrupte de l’influx pollinique entre 1600 et 1700 AD suggère qu’une dégradation du climat sous un certain seuil a entraîné une réponse rapide du milieu forestier. Les changements observés lors du Petit-Âge glaciaire suggèrent que les variations climatiques de courte durée affectent la production pollinique et que ces changements sont enregistrés par les diagrammes polliniques à haute résolution temporelle.

Les rudistes bivalves forment un groupe monophylétique qui s’étend dans le registre fossile de 160 à 66 millions d’années. L’objectif de cette thèse est de porter un nouveau regard sur l’histoire évolutionnaire de ce groupe dans le cadre de la théorie cladistique. Dans une première partie sont posées les bases théoriques, méthodologiques et techniques de l’analyse à trois éléments. Le concept de triplet permet de proposer des arguments sur la pertinence des arbres consensus. La méthode d’analyse à trois éléments est ensuite comparée à la méthode de parcimonie grâce à des arguments théoriques et méthodologiques, ainsi que par des simulations basées sur des modèles d’évolution. Dans une seconde partie, nous appliquons la théorie et la méthode à la reconstruction de l’histoire des rudistes. Le genre Ichthyosarcolites est révisé, et des analyses statistiques permettent de tester la pertinence des hypothèses d’homologie basée sur la forme de la coquille. Les hypothèses d’homologie sont revues et de nouveaux caractères basés sur les myophores et les canaux palléaux sont formalisés pour l’ensemble des Hippuritida. La nouvelle phylogénie qui en découle est cohérente avec l’âge géologique et permet de raffiner l’histoire évolutive des rudistes au Crétacé. L’étude de couches Cénomaniennes du Bassin Sud-Provençal (Var, France) nous permettent de faire un lien entre l’histoire de la diversification des rudistes et leur paléoécologie. / The rudist bivalves form a monophyletic group that extends in the fossil record from 160 to 66 million years. The objective of this thesis is to propose new insights at the evolutionary history of this group within the framework of cladistic theory. In the first part, we lay the theoretical, methodological and technical foundations of the three-item analysis. The concept of triplet allows us to propose arguments on the relevance of consensus trees in cladistics. The three-item analysis method is then compared to the method of parsimony using theoretical and methodological arguments, and simulations based on evolutionary models. In a second part, we apply the theory and method to the reconstruction of the rudist history. The genus Ichthyosarcolites is reviewed, and statistical analyses are used to test the relevance of homology hypotheses based on shell shape. Hypotheses of homology and new characters based on myophores and pallial canals are tested on the Hippuritida. The new, resulting phylogeny is consistent with known geological occurrences of the group and further our understanding of rudist evolutionary history during the Cretaceous. The study of Cenomanian outcrops of the South Provence Basin (Var, France) allows us to make a link between the history of the diversification of rudists and their paleoecology.

Jusqu'à récemment, l'essentiel de l'information sur les premiers ecosystèmes marins complexes provenait de gisements dits à préservation exceptionnelle, d'âge Cambrien, répartis à travers le globe. Leur caractéristique est de préserver des organismes faiblement sclérotisés, reflétant ainsi fidèlement les faunes de l'époque. Cependant, la découverte de tels sites dans l'Ordovicien inférieur du Maroc permet non seulement d'évaluer pour la première fois avec précision la biodiversité marine de cette époque mais aussi, à qualité de préservation égale, de comparer la vie marine cambrienne et ordovicienne. L'établissement d'un cadre biostratigraphique et envrionnemental précis des niveaux fossilifères a montré que la préservation exceptionnelle était restreinte au sein de deux intervalles stratigraphiquesresserrés datant du Trémadocien supérieur et du Floien moyen. Les donnéessédimentologiques ont mis en évidence un environnement de plateforme peu profond. Ces résultats étaient un prérequis à l'ouverture de fouilles systématiques permettant des analyses paléoécologiques qualitatives et quantitatives à haute résolution. Les résultats préliminairesindiquent l'existence probable de conditions environnementales inhospitalières, du moins temporairement, associées aux niveaux à préservation exceptionnelle. Elles ont également distingué des assemblages in situ (biocénoses) et des associations d'éléments transportés (taphocénoses). Parallèlement, de nouvelles données importantes sur la morphologie, l'écologie, et le mode de vie présumé chez certains groupes ont pu être acquises / Until recently, most of the information on the first complexe marine ecosystems came from Cambrian Konservat-Lagerstätten, distributed all over the world. Their particularity is to preserve a wide array of soft-bodied and lightly sklerotized organisms, accurately reflecting past communities. However, the discovery of such Lagerstätten in the Lower Ordovician ofMorocco offers unique insights into the first animal biodiversifications. Indeed, the Fezouata Shale does not only allow for the time to document Lower Ordovician marine communities, but also to draw comparisons between Cambrian and Ordovician marine realms with the same precision. The establishment of a sound biostratigraphic and palaeoenvironmentalframework for the fossiliferous localities demonstrated that exceptional preservation was restricted to two relatively narrow intervals: a 60-meter-thick late Tremadocian lower interval and a 15-meter-thick middle Floian one. Sedimentological data suggest relatively shallow offshore conditions. These results were a prerequistie to the opening of systematic excavation in order to perform high-resolution quantitative and qualitative palaeocological analyses. Preliminary results point to the likely occurrence of -at least temporarily- unhospitable environmental conditions associated with exceptional preservation. They also enabled the recognition of original in situ communities (biocoenoses) and time-averaged associations including transported elements (taphocoenoses). Simultaneously, important new data on the morphology, ecology and presumed mode of life of fossil groups have been collected

Un profil pollinique provenant d'un lac possédant des sédiments laminés (varves), le lac Brûlé (45°43'09" N, 75°26'32"O 270m), a servi à étudier l'histoire de la végétation et du climat dans l'Outaouais au cours de l'Holocène tardif. Au cours des 1400 dernières années, la végétation de l'Outaouais a été dominée par des espèces arboréennes telles que Tsuga, Fagus, Betula, Acer, Pinus et Picea. Des modifications majeures s'opèrent dans les spectres polliniques vers 1375 AD. Les analyses des micro-charbons et les évidences d'une succession écologique secondaire indiquent que ces changements sont attribuables à un incendie forestier. Une diminution abrupte de l’influx pollinique entre 1600 et 1700 AD suggère qu’une dégradation du climat sous un certain seuil a entraîné une réponse rapide du milieu forestier. Les changements observés lors du Petit-Âge glaciaire suggèrent que les variations climatiques de courte durée affectent la production pollinique et que ces changements sont enregistrés par les diagrammes polliniques à haute résolution temporelle.