La région du lac Mégantic est probablement la première zone à s'être déglacée au Québec, ce qui lui confère un intérêt particulier. L'analyse pollinique et anthracologique des sédiments des trois lacs situés à ses abords, soit les lacs Clinton, Dubuc et des Joncs ont permis de reconstituer l'histoire locale et régionale de la végétation et des feux. La présence d'un gradient altitudinal a entrainé des décalages surtout dans l'instauration des premières phases forestières. La région s'est déglacée vers 13 500 ans AA, et une toundra s'y est installée. Le début de l'afforestation est marqué par l'arrivée du sapin baumier et de l'épinette noire. Par la multiplication de leurs populations, la forêt s'est fermée vers 10 000 ans AA pour constituer une forêt boréale qui fût alors perturbée par plusieurs épisodes de feux. Vers 8000 ans AA, les nouvelles conditions climatiques favorisent les espèces feuillues et instaurent une érablière à bouleau jaune et une diminution de la fréquence des feux. Les résultats obtenus permettent d'enrichir les connaissances paléophytogéographiques et anthracologiques du Québec. / The Lac Mégantic area is probably the first deglaciated in Quebec (13,500 cal. BP) which gives it a special interest. The pollen and charcoal analysis in sediments of three lakes located in its vicinity, Clinton, Dubuc and des Joncs Lakes, helped to reconstruct postglacial vegetation and fire, locally and regionally. The presence of an altitudinal gradient resulted in some delays in the introduction of various forest stages especially at the beginning. At start, tundra established in the region. The start of the afforestation is marked by the arrival of the balsam fir and black spruce. By multiplying their populations, the forest closed around 10,000 years cal. BP to build a boreal forest and was also disturbed by multiple fires. By 8,000 years cal. BP, new conditions favored deciduous species and created a sugar maple and yellow birch forest associated with lower fire frequencies. This study offers new perspectives in fire and forest reconstitutions by using proximal sites.

La plupart des écosystèmes sont aujourd'hui soumis à une pression anthropique croissante. Les études portant sur l'effet des activités humaines sur la biodiversité se multiplient mais elles se focalisent, principalement pour des raisons méthodologiques, sur un nombre restreint de groupes taxonomiques. L'originalité de ces travaux repose sur l'application d'une approche basée sur l'ADN environnemental permettant d'accéder à l'ensemble de la diversité biologique. Elle a ici été utilisée pour étudier l'impact des activités anthropiques sur les communautés biologiques et la résilience de ces dernières, à travers différentes échelles spatiales et temporelles. Dans une première partie, les communautés édaphiques, sous l'influence de diverses perturbations anthropiques, ont été caractérisées grâce à l'ADN contenu dans les sols. Ces études, réalisées dans différents milieux, mettent en évidence l'impact direct des activités humaines et leur influence sur les paramètres biotiques et abiotiques déterminant la distribution spatiale de la biodiversité des sols. La seconde partie se propose d'examiner l'impact à long terme des activités anthropiques au travers d'un exemple particulier en milieu de montagne. L'ADN contenu dans les archives sédimentaires lacustres a permis de retracer l'histoire des activités pastorales au cours de l'Holocène mais également les changements environnementaux que ceux-ci ont engendrés dans le bassin versant. L'approche mise en œuvre se révèle pertinente pour étudier à la fois les changements induits par les perturbations humaines sur les communautés et les facteurs influençant leurs dynamiques. Les résultats obtenus mettent notamment en lumière l'impact à long terme qu'exercent les activités anthropiques sur les communautés biologiques via les modifications profondes qu'elles génèrent sur les caractéristiques abiotiques du milieu. / Most ecosystems undergo an increasing anthropogenic pressure. Studies about the effects of human activities on biodiversity are proliferating but they focus on few taxonomical groups, mainly for methodological reasons. The originality of this work is based on the application of an approach based on environmental DNA that allows access to the biodiversity as a whole. It was used here to study the impact of anthropogenic activities on biological communities and the resilience of these latter, across different spatial and temporal scales. In the first part, edaphic communities under the influence of several human disturbances were characterized from soil DNA. These studies, performed in various environments, bring out the direct impact of human activities and their influence on biotic and abiotic parameters driving spatial distribution of soil biodiversity. In the second part, long-term impact of human activities was investigated through the analysis of lake sediments in the Alps. DNA from lacustrine sediments allowed to reconstruct livestock farming history over the Holocene and environmental changes that they induced in the catchment. We showed that this approach was relevant to study both changes generated by human disturbances on communities and factors driving their dynamics. Our results highlight the long-term impact of anthropogenic activities on biological communities, in relation to the alteration of environmental characteristics.

Cette thèse vise à reconstituer les dynamiques de végétation et des sols, ainsi que l’activité des feux depuis la dernière période glaciaire dans le Centre-Est de la France. L’objectif est plus particulièrement de déterminer la période à partir de laquelle les forçages anthropiques prennent le pas sur les forçages climatiques dans la dynamique des écosystèmes et à caractériser la nature et l’intensité des pratiques agro-pastorales qui accompagnent ce changement. Pour cela des analyses paléo-écologiques (palynologiques,micro-anthracologiques et géochimiques) ont été réalisées à partir de trois séquences sédimentaires lacustres du Sud-Jura et du Bas Dauphiné.Du Tardiglaciaire au début de l’Holocène, soit de 14700 à 9000 cal. BP, les évolutions des indicateurs paléo-écologiques apparaissent fortement corrélées aux oscillations climatiques régionales et globales. Jusqu’au milieu de l’Holocène, de 9000 à 5000 cal. BP environ, les données polliniques montrent un impact anthropique de faible ampleur sur la couverture forestière, qui n’engendre aucun changement significatif dans l’activité des feux et les dynamiques d’érosion. De plus, durant cette période,aucun changement climatique ne semble avoir été suffisamment intense ou durable pour engendrer des modifications remarquables des écosystèmes. A partir de 5000-4500 cal. BP, les dépôts sédimentaires enregistrent une augmentation de l’activité des feux liée à son utilisation comme outil de conquête par l’homme sur la forêt (essartage par exemple). Cette période correspond au passage d’un régime de feu sous « contrôle naturel » à un régime sous « contrôle anthropique ». Ce n’est que plus tardivement, vers 2300 cal BP (second âge du Fer), que les activités agropastorales deviennent assez intenses pour modifier durablement la couverture végétale et générer une érosion sans précédent des sols. Le régime du feu change à nouveau, suite à une modification de son usage ; il devient alors un outil de gestion des espaces agropastoraux et les analyses attestent de son rôle capital dans les dynamiques de transformation et d’évolution des paysages. La pression anthropique devient permanente et un seuil important semble avoir été franchi dans l’histoire locale des agro-systèmes.Au sein de cette période très anthropisée, trois grandes périodes se détachent : l’âge du Fer jusqu’à la période romaine, le Moyen Age et l’époque moderne se distinguent par leurs types de pratiques agro-pastorales et leurs effets sur l’érosion des sols. / This thesis aims to reconstruct vegetation and soil dynamics, as well as ire activity variabilityin the East-central part of France since the Last-glacial period (ca. 15000 yr). The objective is mostparticularly to disentangle the role of climate and anthropogenic forcing factors in ecosystems dynamics.Actually, the problematic concerns the switch from a climatic- to anthropogenic-driven ecosystemsand the study of agro-pastoral practices impact which leads to an ecological trajectory change. Thus,palaeoecological analysis (pollen, geochemical and micro-anthracological) were performed from threelake sediment records of Southern Jura Mountains and Bas Dauphiné areas.During the Late-glacial and the early Holocene period (14700 to 9000 cal. BP), palaeoecologicalchanges appear strongly correlated to regional and global climate oscillations. Until the mid-Holocene(9000 to 5000 cal BP), pollen analysis record a small-scale human impact on forest cover and nosigniicant changes in ire activity and soil erosion. Moreover, none climate change has been suficientlyintense or sustainable to generate remarkable modiications of the ecosystem. From 5000-4500 cal. BP,the sedimentary deposits recorded an increase in ire activity related to its use as a clearing tool. Thisperiod corresponds to the switch from a natural to an anthropogenic control on ires activity.It was only from ca. 2300 cal BP (Late Iron Age) that agro-pastoral activities become enoughintense to induce sustainable change in the vegetation cover and generate unprecedented erosion of soils.In parallel, the ire use changed and it became a tool for the management of agro-pastoral areas. Therefore,the human impact can be considered as permanent and a tipping point has been reached in the history oflandscape shaping. However, three main periods: Iron Age to roman period, medieval and modern timescan be distinguished through the development of agro-pastoral practices and their impact on ecosystems,most particularly on soil erosion.

La composition des communautés de protistes et leur dynamique temporelle sont traditionnellement étudiées en analysant des séries de données de surveillance/observation dont la mise en place est relativement récente (≤40 ans). Dans cette étude, nous avons analysé les traces biologiques (formes de résistance et ADN ancien) préservés dans des sédiments couvrant une échelle temporelle d’environ 150 ans afin d’étudier les changements de la composition et la dynamique temporelle des protistes marins, principalement dans deux écosystèmes estuariens de la rade de Brest (Bretagne, France). Les analyses de metabarcoding montrent que seulement une partie minoritaire (16-18%) de la richesse des protistes (#OTUs) des sédiments superficiels est retrouvée dans les sédiments profonds et que la plupart des protistes présents dans les sédiments anciens sont connus pour être capables de produire des formes de résistance. La composition des communautés de protistes étaient différenciées en deux principales paléocommunautés (avant/après 1950), suggérant une biodiversité spécifique à chaque période. Les abondances relatives des dinoflagellés ont montré une tendance à la baisse depuis les années 70’ et les genres Alexandrium et Gonyaulax ont montré une dynamique opposée en termes d’abondance relative à travers le temps. Les données paléogénétiques (PCR en temps réel) suggèrent qu’A. minutum est présente dans la rade depuis au moins 1873 ± 7 et qu’au cours des derniers 150 ans, l’espèce est devenue envahissante, proliférant dans la rade seulement ces dernières années. De plus, Les données de PCR en temps réel suggèrent que la partie sud-est de la rade, où des sédiments à typologie vaseuse sont plus abondants, est potentiellement plus favorable à l’accumulation des kystes de l’espèce. Les analyses écophysiologiques (taux de croissance, taux de consommation de phosphore, biomasse maximale atteinte) réalisés sur des souches de dinoflagellés (A. minutum et Scrippsiella donghaienis) obtenues par germination montrent une forte variabilité phénotypique intraspécifique au sein des deux espèces et dans les deux milieux étudiés. Les résultats de ces travaux de thèse contribuent au domaine de la recherche en paléoécologie sédimentaire, montrant les avantages et les limites de cette approche pour révéler des patrons biologiques encore peu explorés. / The community composition of protist and their temporal dynamic are are traditionally studied by analyzing data sets of monitoring/observation networks, whose implementation is however relatively recent (≤40 years). In this study, we analyzed the biological traces (resting stages and ancient DNA) preserved in sediments covering a time scale of 150 years in order to study changes in the composition and the temporal dynamics of marine protists, focusing mainly on two estuarine ecosystems of the Bay of Brest (Brittany, France). Metabarcoding analyses showed that only a minor part (16-18%) of the protists richness (#OTUs) of superficial sediments is retrieved in deep sediments, and that most of the protists found in ancient sediments are known to produce resting stages. Two main paleocommunities were differentiated (before/after 1950), suggesting the existence of a distinct and specific biodiversity for the identified periods. The relative abundances of dinoflagellates showed a decreasing trend since the 70s' and Alexandrium and Gonyaulax genera showed an opposite dynamic in terms of relative abundance over the time. Paleogenetic data (real-time PCR) suggest that A. minutum is present in the Bay of Brest since at least 1873 ± 7 and that, across a time scale of about 150 years, the species has proliferated only recently in the estuaries of the bay. Moreover, real-time PCR data suggest that the south-eastern part of the bay, where muddy sediment are more abundant, is potentially more favorable for the accumulation of the species cysts. Ecophysiological analyses (growth rate, phosphorus assimilation rate, and maximal biomass attained) performed on dinoflagellate strains (A. minutum and Scrippsiella donghaienis) showed a strong phenotypic intraspecific variability for both species and for both analyzed media. The results of this thesis work contribute to the research in sedimentary paleoecology, showing the advantages and limits of this approach to reveal still underexplored biological patterns.

Afin de mieux comprendre l’impact des changements climatiques sur les écosystèmes humides arctiques et documenter la relation Homme-environnement aux îles Nuvuk, Nunavik, une étude paléoécologique a été entreprise sur cinq monolithes de tourbe prélevés des rives de petits lacs situés sur des terrasses marines étagées. En fonction de l’altitude de ces terrasses, l’entourbement a débuté vers 3520, 1520, 950 ou 300 ans étal. BP. Bien que l’établissement et l’évolution de la végétation locale aient été en partie, liés à des facteurs autogènes propres à chacun des sites, le climat semble avoir joué un rôle important. En effet, vers 3520 ans étal. BP, les données suggèrent des conditions mésiques associées probablement au réchauffement climatique de l’Holocène moyen. Par la suite, il y a eu une diversification de la végétation locale engendrée probablement par les conditions fraîches et humides du Néoglaciaire. Au cours du Petit Âge glaciaire les conditions locales auraient été variables. Par ailleurs, les données macrofossiles des monolithes extraits près des sites archéologiques ont révélé la présence des espèces indicatrices d’une occupation humaine entre 950 et 650 ans étal. BP et vers 300 ans étal. BP.

La formation géologique Mursi est datée à plus de 4 millions d’années, ce qui correspond à la période de l’émergence présumée des australopithèques, premiers hominines présentant une bipédie incontestable. La collection faunique Mursi (N=201) est comparée à celle du membre A de la Formation Shungura (N=300) sur une base taphonomique. La taphonomie est la science dédiée aux modes de formation des fossiles ainsi qu’aux traces laissées par ceux-ci. L’objectif principal de ce mémoire est de vérifier quelles sont les différences et ressemblances entre ces deux assemblages fossiles et d’en tirer des interprétations paléoenvironnementales. Pour chacun des agents taphonomiques (météorisation, piétinement, etc.), les fossiles sont gradés en fonction de stades prédéfinis tirés des écrits scientifiques. Finalement, malgré quelques différences (action des carnivores, intempérisation) on constate que les assemblages sont assez semblables et que, comme prédit par les reconstructions paléoenvironnementales préexistantes, leur lien à l’eau est assez bien démontré (groupes de Voorhies, abrasion). / The Mursi Formation has an age estimated at more than 4 million years, which corresponds to the emergence of the australopithecines, the first indisputably bipedal hominins. The Mursi faunal collection (N=201) is compared taphonomically to that of the Member A of the Shungura Formation (N=300). Taphonomy is the study of the processes that intervene between the death of an animal and its discovery as a fossil. This thesis aims to describe the main differences and similarities of these two collections and to make paleoenvironmental inferences. For each taphonomical agent (weathering, trampling, etc.), fossils are graded using stages established by other researchers. In spite of a few significant differences (carnivore action, weathering), it seems that the two collections are taphonomically similar and their link with water, as predicted by paleoenvironmental reconstructions, is supported (Voorhies groups, abrasion).

Cette thèse présente les données des pollens et micro-charbons fossiles couvrant la période des 50 000 dernières années à partir de sites sélectionnés transversalement nord-sud du désert de Namib. Dans le cadre de cette thèse, on utilise le rock hyrax middens, l’accumulation des boulettes et des urines fossilisés du Procavia capensis, représentant une excellente archive pour archives pour la préservation des pollens et micro-charbons à long-terme. Trois sites des hyrax middens ont été sélectionnés pour l'analyse: au sud du désert de Namib (Pella), la marge est des dunes de sable de Namib (Zizou) et le centre de la Namib (Spitzkoppe). En plus, le régime pluvial de ces sites se caractérise par une forte variabilité annuelle et interannuelle. En conséquence, tous ces sites se situent au long de l’écotone du Désert et du biome Nama-Karoo, ainsi qu'à l’est (biome de Savane). Alors que ces sites sont répertoriés dans des écosystèmes similaires, l’écotone, lui, est considéré comme une zone potentiellement très sensible au changement du système climatique régional. Un intérêt spécifique de ces enregistrements terrestres est pour évaluer s’ils corroborent ou s’opposent avec les résultats provenant ceux des sédiments marins de la côte namibienne, en particulier la conclusion : l’abondance des taxa dominants du Fynbos Biome du Cape peut indiquer significativement une expansion vers le nord de la flore du Cape pendant les périodes plus froides glaciaires. Selon les sites d’études sélectionnées, les conclusions principales de ce travail sont les suivantes:Les hyrax middens de Pella fournissent le premier enregistrement pollinique continué au sud du désert de Namib durant la période des 50 000 dernières années. Ces données polliniques ont permis de reconstruire le changement de la végétation et d'estimer la température et l'aridité. Les résultats indiquent que la période glaciaire se caractérise par une augmentation de la disponibilité de l'eau sur le site par rapport à l'Holocène. Les changements de la température et de l'évapotranspiration potentielle semblent avoir joué un rôle important dans la détermination de l'équilibre hydrologique.L'enregistrement de Zizou hyrax midden met en évidence des changements de la végétation à la marge l'est des dunes de sable depuis 38 000 ans cal BP. La végétation de la période glaciaire se caractérise par les pourcentages relativement élevés des Astéracées pollen, et plus particulièrement par des taxa du climat plus froid: Stoebe et Artemisia¬-type. En accord avec les données de Pella, le réchauffement au début de l'Holocène indiqué par la dominance de pollen des graminées dans l'assemblage pollinique suggère une expansion du biome de Désert.Les hyrax middens de Spitzkoppe enregistrent les changements de la végétation dans le centre du désert de Namib au cours des 32 000 dernières années. Les résultats sont globalement cohérents en comparant aux autres enregistrements terrestres dans la région. L'analyse de ces données n'est cependant pas encore terminée.Dans tous ces sites, une variabilité significative a été observée à la fois dans la dernière période glaciaire et l'Holocène. Les conditions plus froides de l'ère glaciaire semblent être caractérisées par une augmentation de la disponibilité de l'eau le long de la totalité de notre zone d'étude. Au contraire des résultats provenant des carottes marines, nos enregistrements indiquent aucune expansion de la végétation de Fynbos biome, et seulement des traces de Restionaceae pollen dans le site extrêmement au sud à Pella (pas plus de 1%), mais aucun trace de ce pollen n'ayant été observé à Zizou ainsi qu’à Spitzkoppe. / This thesis presents fossil pollen and microcharcoal data during the last 50,000 years from a north-south transect of the Namib Desert. The arid environment of the Namib precludes the development of permanent wetlands, and as a result few palaeoenvironmental records exist from the region. In this study, we employ rock hyrax middens – fossilised accumulations of the faecal pellets and urine of the Procavia capensis. Hyrax middens from three sites were selected for analysis: the southern Namib (Pella), the eastern margin of Namib Sand Sea (Zizou), and the central Namib (Spitzkoppe). The results from these terrestrial sites are the extent to which they may corroborate or conflict with findings from pollen records obtained from marine sediments of the Namibian coast.The Pella hyrax middens provide the first continuous pollen record from the southern Namib Desert since the last 50,000 years, and are used to reconstruct vegetation change and quantitative estimates of temperature and aridity. Results indicate that the last glacial period was characterised by increased water availability relative to the Holocene. Changes in temperature and potential evapotranspiration appear to have played a significant role in determining the hydrologic balance. The record can be considered in two sections: 1) the last glacial period, when low temperatures favoured the development of more mesic Nama-Karoo vegetation at the site, with periods of increased humidity concurrent with increased coastal upwelling, both responding to lower global/regional temperatures; and 2) the Holocene, high temperatures and potential evapotranspiration resulted in increased aridity and an expansion of the Desert Biome.Considered in the context of discussions of forcing mechanisms of regional climate change and environmental dynamics, the results from Pella stand in clear contrast with many inferences of terrestrial environmental change derived from regional marine records. Observations of a strong precessional signal and interpretations of increased humidity during phases of high local summer insolation in the marine records are not consistent with the data from Pella. Similarly, while high percentages of Restionaceae pollen has been observed in marine sediments during the last glacial period, they do not exceed 1% of the assemblage from Pella, indicating that no significant expansion of the Fynbos Biome has occurred during the last 50,000 years.The Zizou hyrax midden highlights vegetation changes on the eastern margin of the Namib Sand Sea since 38,000 cal BP. Results show the different vegetation compositions between the last glacial period and the Holocene. Glacial vegetation characterised with relatively high percentages of Asteraceae pollen, particularly cool climate taxa such as Stoebe and Artemisia types. Similar to the data from Pella, with the onset of Holocene warming grass pollen comes to dominate the assemblage, suggesting an expansion of the Desert Biome. We suggest that the climate during the last glacial period was more humid, and supported the development of shrubs/small trees. Arid conditions during the Holocene saw the depletion of this resource, and the development of grasslands that could exploit the rare rains that the region experiences today. In common with the Pella record, no elements of the Cape flora are found in the Zizou middens.The Spitzkoppe hyrax middens record vegetation changes in the central Namib during the last 32,000 years. The last glacial vegetation compositions composed of Olea, Artemisia¬-type, Stoebe¬-type and grasses. In the Holocene, the arboreal taxa such as Olea was replaced by others like Eculea, Dombeya, Commiphora, and Croton¬-type with relative higher percentage of grasses at early Holocene.

Le biome marin du Toarcien inférieur a subi une des crises les plus significatives de l'histoire de la Terre, qui a affecté les mers épicontinentales du globe. Ces bassins épicontinentaux sont également caractérisés par l'accumulation de grandes quantités de matière organique dans les sédiments de l'époque, ce qui a été interprété comme le résultat d'un Evénement Anoxique au Toarcien inférieur (T-OAE, ~183 Ma). Le nannoplancton calcaire, qui fait partie des organismes le plus sensibles aux conditions environnementales des eaux océaniques de surface, a été profondément affecté par cette crise et sa récupération se mit en place seulement à la fin du Toarcien inférieur. Si le T-OAE a été étudié en grand détail ces dernières années, la période de récupération est beaucoup moins bien connue. A ce stade, nous ne savons pas, notamment, si la récupération de la production carbonatée primaire est représentée par un épisode rapide ou par une suite d'événements (qui feraient partie d'un plus long processus) intervenus sur quelques millions d'années après le T-OAE. Pendant les perturbations environnementales qui ont eu lieu au Toarcien inférieur, des fluctuations importantes du niveau marin ont été interprétées ainsi que des variations de la température des eaux océaniques. Après le T-OAE, le niveau marin et les températures montrent des changements plus graduels pendant une grande partie du Toarcien supérieur-Aalénien inférieur et les niches écologiques occupées par le nannoplancton calcaire sont ré-établies. Ces conditions de relative stabilité sur le long terme (~10 Ma) sont idéales pour étudier les dynamiques de la communauté des nannofossiles calcaires et, notamment, comment les différents taxons réorganisent leurs relations synécologiques. Le Toarcien-Aalénien est une période clé dans l'évolution du nannoplancton calcaire, avec des nouveaux genres qui apparaissent. Les nannofossiles de cet intervalle restent relativement peu étudié dans le Bassin Lusitanien, malgré l'importance de cette région d'un point de vue paléocéanographique. En effet ce bassin, qui était à l'origine un rift avorté lié à l'ouverture de l'Atlantique, a permis les connections entre des masses d'eaux de provenance NW européenne et sud-téthysienne. C'est dans cette région que nous retrouvons donc des mélanges de taxons liés à des différentes provinces géographiques / At ~183 Ma when large amounts of organic matter was dumped onto the ocean beds (known as the Toarcian Oceanic Anoxic Event, T-OAE), the Early Toarcian marine biota experienced one of the most important biological crises in Earth history. Calcareous nannoplankton was deeply affected and started only to recover from the end of the Early Toarcian. After the T-OAE, as phytoplankton communities dwelling the oceans photic layer recover from the previous disturbing conditions, the ecological niches once occupied by calcareous nannoplankton are again replenished. Located in the westernmost part of the Tethyan ocean, the Lusitanian Basin acted as a seaway between the NW Tethys and the Mediterranean Tethys provinces, therefore been actively influenced by these two different water masses. Hence such a region stands as the perfect spot to study the calcareous nannoplankton community, as its fossil remains bears species typical of both provinces. In order to appraise the nannoplankton demise and subsequent recovery, absolute and relative abundances of nannofossils were determined from pelagic marl-limestone couplets from three sections of the Lusitanian Basin. Also brachiopods shells were investigated for stable carbon and oxygen isotopes analysis. In order to independently assess the morphologic evolution of Lotharingius coccoliths, a Toarcian section from south France was studied. Different statistic methodologies were used throughout this work, in order to screen for robust and significant information from the numerous datasets that were built / Há cerca de 183 milhões de anos atrás, a biota marinha sofreu uma das mais importantes crises biológicas na história do planeta, quando grandes quantidades de matéria orgânica foram depositadas nos fundos oceânicos. Este episódio que teve lugar durante o Toarciano, resultou de um Evento Anóxico Oceânico (T-OAE), e afectou os mares epicontinentais à escala global. O nanoplâncton calcário, um grupo de organismos extremamente sensível às variações nas condições ambientais que têm lugar na camada superficial das massas de água, foi profundamente afectado. Foi somente no final do Toarciano Inferior que a sua recuperação se iniciou. Apesar de já muito se ter escrito sobre o T-OAE, a previsível recuperação deste grupo nunca foi sistemática nem detalhadamente estudada. Até hoje, não se sabia ainda se esta recuperação teria sido relativamente rápida, ou resultado de um processo lento e gradual que teria durado milhões de anos. Durante o Toarciano Inferior, quando as condições ambientais eram extremamente instáveis, ocorreram importantes e drásticas oscilações na temperatura e no nível médio dos oceanos. Após o T-OAE e durante todo o Toarciano e Aaleniano Inferior, as oscilações do nível médio dos oceanos e de temperatura são bastante mais suaves. À medida que a comunidade fitoplanctónica instalada na zona fótica recupera das condições extremas anteriores, os nichos ecológicos antes ocupados por nanoplâncton calcário, começam novamente a ser preenchidos. Apesar das prolongadas e suaves variações abióticas, é num ambiente então mais estável, que melhor se pode observar a evolução deste grupo, e de que forma as suas relações sinecológicas se alteraram ao longo de aproximadamente 10 milhões de anos. Apesar de ser considerado como um período onde a comunidade nanoplanctónica sofreu importantes alterações, nada se sabe em concreto que alterações foram essas que tiveram lugar após o TOAE num local tão estratégico como a Bacia Lusitânica. Situada na extremidade Oeste do Tétis e fazendo parte de um rift originado pela abertura do Atlântico, a Bacia Lusitânica actuou como um corredor que ligava livremente as massas de água das províncias mediterrânica e NW do Tétis, sendo por estas, activamente influenciada. Por essa razão, tal situação geográfica constitui um local excepcional para se estudar a comunidade de nanoplâncton calcário, uma vez que o seu registo fóssil compreende espécies típicas destas duas províncias do Tétis

En Europe, le rôle du climat fait souvent partie intégrante des modèles proposés pour expliquer les bouleversements des sociétés humaines à la transition Paléolithique moyen - supérieur (e.g. extinction des néandertaliens, développement de comportements dits " modernes "). Pourtant, l'impact exact des changements climatiques globaux du Pléistocène supérieur sur les écosystèmes terrestres reste pour partie inconnu. Cette étude vise à replacer dans un contexte paléoenvironnemental et paléoécologique l'histoire des mutations biologiques et culturelles des sociétés humaines entre MIS 5 et 3 (soit avant, pendant et après la transition Paléolithique moyen - supérieur). Dans le cadre de ce travail, la reconstruction des communautés animales terrestres est réalisée à l'échelle écosystémique (reconstruction des dynamiques des communautés d'herbivores, fluctuations de la biomasse d'Ongulés, paléodémographie de l'Hyène des cavernes) et intra-guilde (compétition interspécifique hommes - hyènes). Ces deux échelles d'analyse s'appuient d'une part sur l'étude taphonomique, spatiale et paléoécologique de deux repaires d'hyènes avec indices de fréquentation humaine (Camiac et La Chauverie) et d'autre part sur l'analyse multi-méthodes de bases de données des sites anthropiques et paléontologiques (archéostratigraphie, SIG, statistiques multivariées et bayésiennes). À l'échelle écosystémique, l'histoire des communautés d'herbivores est reconstruite pour le Sud-Ouest de la France. Des fluctuations importantes sont perceptibles dans la biomasse d'Ongulés disponible, qui augmente à la fin du Moustérien et chute fortement au début de l'Aurignacien. Ces variations de biomasse ont été suffisantes pour contraindre les populations de grands prédateurs, l'histoire paléodémographique de l'Hyène des cavernes étant hautement corrélée aux fluctuations de biomasse. À l'échelle intra-guilde, l'intensité de la compétition interspécifique hommes - hyènes varie au cours du temps et selon les espaces géographiques. Concernant la sphère alimentaire (espèces exploitées, populations ciblées, stratégies de subsistance), si le recouvrement de niches entre ces deux prédateurs est parfois fort (notamment à la fin du Moustérien), des différences apparaissent néanmoins. La nature des interactions hommes - hyènes dans les espaces d'habitats communs (cavités karstiques) est quant à elle discutée sur la base de l'étude interdisciplinaire des séries fauniques et lithiques de Camiac et de La Chauverie. Le modèle paléoécologique proposé pour le Sud-Ouest est ensuite confronté à la spécificité d'autres régions d'Europe de l'Ouest par l'exploitation d'une base de données étendue. Ces comparaisons soulignent les différences existantes selon les régions géographiques dans la réponse des écosystèmes terrestres aux changements climatiques globaux. Les résultats obtenus apportent de nouveaux éclairages sur la transition Paléolithique moyen - supérieur : ils pondèrent fortement l'importance qui doit être accordée aux facteurs environnementaux et écologiques. Ces derniers ne semblent pas pouvoir expliquer à eux seuls les bouleversements culturels et biologiques de cette période.

La formation géologique Mursi est datée à plus de 4 millions d’années, ce qui correspond à la période de l’émergence présumée des australopithèques, premiers hominines présentant une bipédie incontestable. La collection faunique Mursi (N=201) est comparée à celle du membre A de la Formation Shungura (N=300) sur une base taphonomique. La taphonomie est la science dédiée aux modes de formation des fossiles ainsi qu’aux traces laissées par ceux-ci. L’objectif principal de ce mémoire est de vérifier quelles sont les différences et ressemblances entre ces deux assemblages fossiles et d’en tirer des interprétations paléoenvironnementales. Pour chacun des agents taphonomiques (météorisation, piétinement, etc.), les fossiles sont gradés en fonction de stades prédéfinis tirés des écrits scientifiques. Finalement, malgré quelques différences (action des carnivores, intempérisation) on constate que les assemblages sont assez semblables et que, comme prédit par les reconstructions paléoenvironnementales préexistantes, leur lien à l’eau est assez bien démontré (groupes de Voorhies, abrasion). / The Mursi Formation has an age estimated at more than 4 million years, which corresponds to the emergence of the australopithecines, the first indisputably bipedal hominins. The Mursi faunal collection (N=201) is compared taphonomically to that of the Member A of the Shungura Formation (N=300). Taphonomy is the study of the processes that intervene between the death of an animal and its discovery as a fossil. This thesis aims to describe the main differences and similarities of these two collections and to make paleoenvironmental inferences. For each taphonomical agent (weathering, trampling, etc.), fossils are graded using stages established by other researchers. In spite of a few significant differences (carnivore action, weathering), it seems that the two collections are taphonomically similar and their link with water, as predicted by paleoenvironmental reconstructions, is supported (Voorhies groups, abrasion).