Les rudistes bivalves forment un groupe monophylétique qui s’étend dans le registre fossile de 160 à 66 millions d’années. L’objectif de cette thèse est de porter un nouveau regard sur l’histoire évolutionnaire de ce groupe dans le cadre de la théorie cladistique. Dans une première partie sont posées les bases théoriques, méthodologiques et techniques de l’analyse à trois éléments. Le concept de triplet permet de proposer des arguments sur la pertinence des arbres consensus. La méthode d’analyse à trois éléments est ensuite comparée à la méthode de parcimonie grâce à des arguments théoriques et méthodologiques, ainsi que par des simulations basées sur des modèles d’évolution. Dans une seconde partie, nous appliquons la théorie et la méthode à la reconstruction de l’histoire des rudistes. Le genre Ichthyosarcolites est révisé, et des analyses statistiques permettent de tester la pertinence des hypothèses d’homologie basée sur la forme de la coquille. Les hypothèses d’homologie sont revues et de nouveaux caractères basés sur les myophores et les canaux palléaux sont formalisés pour l’ensemble des Hippuritida. La nouvelle phylogénie qui en découle est cohérente avec l’âge géologique et permet de raffiner l’histoire évolutive des rudistes au Crétacé. L’étude de couches Cénomaniennes du Bassin Sud-Provençal (Var, France) nous permettent de faire un lien entre l’histoire de la diversification des rudistes et leur paléoécologie. / The rudist bivalves form a monophyletic group that extends in the fossil record from 160 to 66 million years. The objective of this thesis is to propose new insights at the evolutionary history of this group within the framework of cladistic theory. In the first part, we lay the theoretical, methodological and technical foundations of the three-item analysis. The concept of triplet allows us to propose arguments on the relevance of consensus trees in cladistics. The three-item analysis method is then compared to the method of parsimony using theoretical and methodological arguments, and simulations based on evolutionary models. In a second part, we apply the theory and method to the reconstruction of the rudist history. The genus Ichthyosarcolites is reviewed, and statistical analyses are used to test the relevance of homology hypotheses based on shell shape. Hypotheses of homology and new characters based on myophores and pallial canals are tested on the Hippuritida. The new, resulting phylogeny is consistent with known geological occurrences of the group and further our understanding of rudist evolutionary history during the Cretaceous. The study of Cenomanian outcrops of the South Provence Basin (Var, France) allows us to make a link between the history of the diversification of rudists and their paleoecology.

Jusqu'à récemment, l'essentiel de l'information sur les premiers ecosystèmes marins complexes provenait de gisements dits à préservation exceptionnelle, d'âge Cambrien, répartis à travers le globe. Leur caractéristique est de préserver des organismes faiblement sclérotisés, reflétant ainsi fidèlement les faunes de l'époque. Cependant, la découverte de tels sites dans l'Ordovicien inférieur du Maroc permet non seulement d'évaluer pour la première fois avec précision la biodiversité marine de cette époque mais aussi, à qualité de préservation égale, de comparer la vie marine cambrienne et ordovicienne. L'établissement d'un cadre biostratigraphique et envrionnemental précis des niveaux fossilifères a montré que la préservation exceptionnelle était restreinte au sein de deux intervalles stratigraphiquesresserrés datant du Trémadocien supérieur et du Floien moyen. Les donnéessédimentologiques ont mis en évidence un environnement de plateforme peu profond. Ces résultats étaient un prérequis à l'ouverture de fouilles systématiques permettant des analyses paléoécologiques qualitatives et quantitatives à haute résolution. Les résultats préliminairesindiquent l'existence probable de conditions environnementales inhospitalières, du moins temporairement, associées aux niveaux à préservation exceptionnelle. Elles ont également distingué des assemblages in situ (biocénoses) et des associations d'éléments transportés (taphocénoses). Parallèlement, de nouvelles données importantes sur la morphologie, l'écologie, et le mode de vie présumé chez certains groupes ont pu être acquises / Until recently, most of the information on the first complexe marine ecosystems came from Cambrian Konservat-Lagerstätten, distributed all over the world. Their particularity is to preserve a wide array of soft-bodied and lightly sklerotized organisms, accurately reflecting past communities. However, the discovery of such Lagerstätten in the Lower Ordovician ofMorocco offers unique insights into the first animal biodiversifications. Indeed, the Fezouata Shale does not only allow for the time to document Lower Ordovician marine communities, but also to draw comparisons between Cambrian and Ordovician marine realms with the same precision. The establishment of a sound biostratigraphic and palaeoenvironmentalframework for the fossiliferous localities demonstrated that exceptional preservation was restricted to two relatively narrow intervals: a 60-meter-thick late Tremadocian lower interval and a 15-meter-thick middle Floian one. Sedimentological data suggest relatively shallow offshore conditions. These results were a prerequistie to the opening of systematic excavation in order to perform high-resolution quantitative and qualitative palaeocological analyses. Preliminary results point to the likely occurrence of -at least temporarily- unhospitable environmental conditions associated with exceptional preservation. They also enabled the recognition of original in situ communities (biocoenoses) and time-averaged associations including transported elements (taphocoenoses). Simultaneously, important new data on the morphology, ecology and presumed mode of life of fossil groups have been collected

Un profil pollinique provenant d'un lac possédant des sédiments laminés (varves), le lac Brûlé (45°43'09" N, 75°26'32"O 270m), a servi à étudier l'histoire de la végétation et du climat dans l'Outaouais au cours de l'Holocène tardif. Au cours des 1400 dernières années, la végétation de l'Outaouais a été dominée par des espèces arboréennes telles que Tsuga, Fagus, Betula, Acer, Pinus et Picea. Des modifications majeures s'opèrent dans les spectres polliniques vers 1375 AD. Les analyses des micro-charbons et les évidences d'une succession écologique secondaire indiquent que ces changements sont attribuables à un incendie forestier. Une diminution abrupte de l’influx pollinique entre 1600 et 1700 AD suggère qu’une dégradation du climat sous un certain seuil a entraîné une réponse rapide du milieu forestier. Les changements observés lors du Petit-Âge glaciaire suggèrent que les variations climatiques de courte durée affectent la production pollinique et que ces changements sont enregistrés par les diagrammes polliniques à haute résolution temporelle.

Le Liban est un pays qui constitue un carrefour des civilisations. Depuis le temps des pharaons, ses ressources forestières ont été exploitées, notamment pour le commerce du bois. Le Liban, connu pour son cèdre, possède une autre espèce emblématique, le sapin de Cilicie, dont les forêts sont en majorité non protégées. Historiquement, le bois de sapin a été exploité durant le Nouvel Empire égyptien ancien pour la construction des temples et des navires. Il représentait ainsi un signe de pouvoir du pharaon, en formant notamment la barque d'Amon. De même, le sapin a été coupé pour la construction du temple de Jérusalem, ainsi que des instruments de musique et de guerre. La fragmentation des sapinières au Liban n'est pas ancienne mais cette faible divergence se traduit cependant par un dème Nord-Est englobant 11 populations et un dème Sud-Ouest englobant 4 populations qui semblent être le résultat de deux processus démographiques consécutifs ou simultanés durant l'histoire du sapin au Liban. Le premier est un phénomène de migration en altitude en réponse à des changements dans l'environnement ou le climat. La reconstruction de la dynamique passée du sapin au Liban a montré que le sapin a subi des fluctuations importantes dans sa taille, depuis le Tardiglaciaire, il y a 14,000 ans. Notamment, le sapin a connu des périodes d'absence du registre pollinique qui pourrait être liées à la fragmentation anthropique de l'habitat ou à des extinctions locales ou contraction de l'aire de répartition. De même, il a connu des périodes d'expansion notamment au cours des événements de sécheresse dans le climat, notamment à 4090 cal. BP, à 5010 cal. BP et de 7800 à 8090 cal. BP. La richesse en allèles privés dans le dème Nord-Est indique la présence de plusieurs micro-refuges glaciaires de basses et de hautes altitudes, ainsi que des zones de suture issues de la recolonisation. Dans le dème Sud-Ouest, une recolonisation postglaciaire en altitude à partir du seul micro-refuge glaciaire détecté est probable. Le deuxième phénomène est lié à une migration asymétrique des populations génétiquement diversifiées du centre du dème vers les populations marginales génétiquement peu diversifiées. Ce processus, qui semblait être le résultat de la faible taille des populations cibles, pourrait permettre de retarder l'extinction des populations marginales, localement menacées. La superformance de la migration sur la dérive génétique et la dispersion sur des longues distances de 15 à 20 km constituent les effets médiateurs de ces processus démographiques. L'empreinte de cette dynamique démographique est une réduction historique de la taille effective des populations sur le long terme avec un signal ancien plutôt que récent, et une diversité génétique et richesse allélique basses. Cette diversité génétique semble être façonnée par les effets anthropiques ainsi que par les changements dans l'environnement ou le climat. La conservation in situ et ex situ de ces sapinières est nécessaire pour préserver leur patrimoine historique et génétique. / The Lebanon is a country that constitutes a crossroads of civilizations. Back in the time of pharaohs, fir forests in Lebanon were exploited, particularly for the timber trade. Lebanon, known for its cedar, has another emblematic species, the Cilician fir, whose forests are in majority unprotected. Historically, the fir was used during the ancient Egyptian New Kingdom rule over Phoenicia for the construction of temples and ships. Notably, it represented a sign of power of the pharaoh, forming the sacred barque of Amun. Similarly, this tree was cut from Lebanon to build the temple of Jerusalem, as well as for making instruments of music and war. The fragmentation of the fir populations in Lebanon is not ancient but their low divergence, however, is marked by a Northeastern Ridge including 11 populations and a Southwestern Ridge including 4 populations that seem to be the result of two consecutive or simultaneous demographic processes during the history of fir in Lebanon. The first is a phenomenon of altitudinal migration in response to changes in the environment or climate. The reconstruction of the past dynamics of fir in Lebanon showed that it has undergone significant fluctuations in size, since the Late Glacial, 14,000 years ago. In particular, the tree has experienced periods of absence from the pollen record that could be related to anthropogenic habitat fragmentation or to local extinctions or contraction of the range of distribution. Similarly, there have been periods of expansion especially during periods of drought in the climate, at 4090 cal. BP, at 5010 cal. BP and between 7800 and 8090 cal. BP. The private allelic richness in the Northeastern Ridge indicated the presence of multiple glacial microrefugia of low and high elevations, as well as suture zones issues from recolonization. In the Southwestern Ridge, postglacial altitudinal recolonization from single microrefugial population is moslty probable. The second phenomenon is related to an asymmetric Northeast-Southwest migration from genetically diverse populations towards marginal and less genetically diverse populations. This process, which seems to be the result of the small size of the target populations, could help delay the extinction of marginal populations, locally threatened. The outperformance of migration over genetic drift and the dispersal over long distances of 15 to 20 km constitute the mediating effects of these demographic processes. The footprint of these population dynamics is a historic reduction in the effective population size on the long-term rather than on the short term, and weak genetic diversity and allelic richness. This genetic diversity seems to be shaped by anthropogenic effects as well as by changes in the environment or climate. In situ and ex situ conservation of fir populations in Lebanon is necessary to preserve their historical and genetic heritage.

En reflétant une image plus ou moins fidèle du cerveau, l’endocrâne permet d’accéder au système nerveux des espèces fossiles. A partir de spécimens exceptionnellement préservés de mosasaures (Squamata) et de plésiosaures (Sauropterygia), provenant des affleurements turoniens de Goulmima (sud du Maroc), ce travail a pour but de décrire, pour la première fois en détail l'anatomie endocrânienne de ces deux grands clades de reptiles marins du Mésozoïque. Cette étude a pour but d’inférer leurs capacités sensorielles permettant de comprendre leur cohabitation, leurs interactions et leur position au sein du réseau trophique. L'anatomie endocrânienne des squamates actuels, principalement des serpents mais aussi des varans et des amphisbènes, presque inconnus jusqu'à présent, a également été étudiée à des fins comparatives afin d’analyser les relations forme-fonction associées aux endocrânes. La variabilité morphologique de l’endocrâne chez les squamates actuel démontre un signal phylogénétique mais également écologique. De plus, la taille relative de chaque structure endocrânienne révèle des différences de vision et d'olfaction selon les espèces. Parmi les taxons fossiles, la microtomographie a été utilisée pour reconstituer en détail la morphologie crânienne de trois nouveaux spécimens de plésiosaures. Deux de ces spécimens ont été assignés à l’élasmosaure Libonectes morgani et le troisième à un polycotylidé indéterminé. La morphologie 3D de l'endocrâne a été reconstruite pour ces spécimens ainsi que pour le mosasaure basal Tethysaurus nopcsai. La morphologie endocrânienne des plésiosaures diffère de celles retrouvées chez les vertébrés éteints et actuels. En se basant sur la taille relative des structures composant leurs endocrânes, le mosasaure Tethysaurus et les plésiosaures semblent davantage utiliser la vision que l'olfaction pour interagir avec leur environnement. Ces nouvelles données endocrâniennes, ajoutées aux informations déjà disponibles dans la littérature, suggèrent différents modes de locomotion et techniques de chasse, ce qui leur a probablement permis de coexister à Goulmima en tant que prédateur. / As windows into the deep history of neuroanatomy, endocasts may provide information about the central nervous system of fossil taxa. Based on exceptionally preserved specimens of coeval mosasauroids (Squamata) and plesiosaurians (Sauropterygia), from the Turonian outcrops of Goulmima (Southern Morocco), the aim of this work was to describe for the first time in detail the endocranial anatomy of these two major clades of Mesozoic marine reptiles to provide insights about their sensory abilities, and thus to understand their cohabitation, interactions and niche partitioning. The endocranial anatomy of related extant squamates, mainly snakes but also varanids and amphisbaenians, also almost unknown until now, has been performed for the first time and used for comparative purpose to analyze the form-function relationships associated to endocasts. The analysis of the endocranial variability in extant squamates pointed out that endocasts reflect both phylogenetic and ecological signals, and that the relative size of each endocranial structure can be used to reveal differences in vision and olfaction according to taxa. Among fossil taxa, computed tomography was used to reconstruct in detail the cranial morphology of three unpublished specimens of Plesiosauria. These specimens have been examined and described, two have been referred to the elasmosaurid Libonectes morgani and the third one is an indeterminate polycotylid. The 3D morphology of the endocast has been reconstructed for these plesiosaurian specimens and the basal mosasauroid Tethysaurus nopcsai. The results show that the endocranial morphology of Plesiosauria differs from that know in other extinct and extant vertebrates. Based on the relative size of the structures composing their endocasts, both the mosasauroid Tethysaurus and the plesiosaurians seem to rely more on vision than on olfaction to interact with their environment. However, these new endocast data, added to information already available in the literature suggest different modes of locomotion and hunting techniques, which probably allowed them to coexist in Goulmima as quaternary consumers.

L’histoire et la transformation d’un paysage forestier d’une région côtière du centre-nord du Labrador (Canada) ont été étudiées dans cette recherche par l’entremise d’une approche multidisciplinaire intégrant des méthodes associées aux sciences naturelles et aux sciences sociales. Cette étude visait plus précisément à : 1) documenter l’histoire de la végétation durant l’Holocène moyen et récent en relation avec les changements climatiques et les activités humaines; 2) à déceler les impacts des activités humaines sur la composition et la structure de la forêt et 3) à mettre en évidence l’importance économique et culturelle de cette dernière pour une communauté inuite. Les résultats des analyses polliniques et macrofossiles ont permis de retracer les changements ayant affecté les communautés végétales sur une longue échelle temporelle. Ces résultats représentent une contribution importante à l’étude de la paléoécologie terrestre du Labrador, en détaillant l’histoire de la végétation sur près de 5000 ans et en la corrélant à un cadre climatique régional. En particulier, des changements dans les assemblages végétaux ont montré le déclin de l’épinette et l’abondance accrue du mélèze à la fin du 18e siècle, ainsi que la paludification du milieu. Ces changements écologiques sont survenus au moment de l’établissement des Européens sur la côte du Labrador, et seraient expliqués par l’augmentation de la demande locale pour le bois comme matériel de construction et de chauffage. Les résultats dendroécologiques ont, de leur côté, documenté l’historique et les impacts de la coupe de bois sur les forêts durant le 20e siècle. La récolte de bois a affecté la structure d’âge de la forêt, qui est caractérisée par l’absence de vieux arbres et de bois mort. Des épisodes de détentes de croissance ont été enregistrés par les arbres survivants, témoignant du caractère chronique de la coupe. Cette dernière s’est pratiquée de manière plus intensive près de la communauté, mais a aussi été effectuée autour d’anciens établissements en périphérie du village. Les activités de coupe ont été analysées dans leur contexte historique et culturel grâce au volet ethnographique de l’étude. Ainsi, des entrevues conduites avec des experts locaux (chasseurs, aînés, décideurs) ont permis de documenter les patrons d’utilisation du bois et la place de cette ressource dans l’économie de subsistance des Inuit de Nain. Le bois constitue encore aujourd’hui une ressource clé pour les résidents, qui le récoltent principalement durant l’hiver pour leurs besoins de chauffage. Cette recherche amène une perspective nouvelle sur l’écologie historique de la région de Nain, en faisant ressortir les liens entre les changements écologiques et les changements socio-économiques et la manière dont ils ont transformé le paysage forestier. / In this research, we used a multidisciplinary research approach that included methods from both the social and natural sciences to study the history and transformation of a forest landscape on the central-north coast of Labrador (Canada). This study aimed more precisely at: 1) documenting the history and vegetation during the middle and late Holocene in relation to climate change and human activities; 2) identifying the impacts of human land use on the composition and structure of the forest and 3) highlighting the economic and cultural importance of the forest for an Inuit community. The results obtained through pollen and plant remain analysis allowed for the reconstruction of plant community changes on a wide temporal scale. These results represent an important contribution to terrestrial paleoecology in Labrador, by providing a 5000 year record of vegetation history and correlating it with a regional climatic context. In particular, changes in plant assemblages showed the decline of spruce at the end of the 18th century, which was soon followed by the increased presence of larch. This pattern appears to be related to the paludification of the milieu. These ecological changes occurred at the time of European settlement on the Labrador coast and can be explained by the increase in the demand for local wood for fuel and lumber. Furthermore, dendroecological results documented the history and impacts of wood harvesting during the 20th century. Wood cutting altered the forest age structure, which is characterised by the absence of old and dead trees. Growth release events were recorded by surviving trees, testifying of the chronic nature of cutting activities. The latter were more intensive near the community, but were also taking place around former small establishments in the region. Wood harvesting practices were analysed in their historical and cultural context through the ethnographic component of the study. Thus, interviews conducted with local experts provided insight on wood use patterns and the place of this resource in the subsistence economy of the Inuit of Nain. Wood is still today a key resource for residents, who harvest it mainly during winter for their heating needs. This research contributes a new perspective to the historical ecology of the Nain region by emphasizing the connections between ecological and socio-economic changes and the way they transformed the forest landscape.

Bien qu'ayant fait l'objet d'études depuis près de deux siècles, les sélaciens (requins et raies) du Crétacé supérieur du Bassin Anglo-Parisien ne sont que partiellement connus. L'étude de 22 faunes provenant de gisements d'âges Cénomanien à Campanien en Grande Bretagne et nord de la France a permis d'améliorer significativement les connaissances sur ces communautés de sélaciens. Les horizons échantillonnés, principalement représentés par des craies phosphatées, ont livré environ 38000 restes dentaires. Ces derniers ont permis l'identification et la description de 150 taxa comprenant 130 espèces de requins et 20 espèces de batoïdes. En plus d'un nombre important de nouvelles occurrences stratigraphiques et géographiques, cette étude décrit 25 nouvelles espèces et 7 nouveaux genres en dehors de taxa, probablement nouveaux, laissés en nomenclature ouverte. Le nombre important de taxa considérés, combiné à des données publiées sur les sélaciens du nord-ouest de l'Europe et du Western Interior Seaway, ont permis d'étudier différents événements dans la diversité de ce groupe, à travers l'utilisation de méthodes de raréfaction et de ré-échantillonnage. Plusieurs bioévénements ont pu être identifiés et corrélés à différents changements environnementaux. De nombreux aspects paléoécologiques de ces faunes sont aussi discutés. Diverses méthodes d'ordination (clusters, analyses de correspondance) ont été appliquées à la fois sur les données morpho-fonctionelles (types dentaires préalablement testés sur des faunes actuelles) et taxonomiques des 22 faunes considérées. Plusieurs facteurs environnementaux sont proposés pour expliquer la distribution observée et les affinités paléoenvironnementales de certains taxa sont discutées. Différentes mesures de diversité ont permis d'identifier l'hétérogénéité de l'habitat comme principal facteur contrôlant la diversité et dominance d'espèces dans les faunes santoniennes et campaniennes. La diversité beta des nombreuses faunes du Campanien inférieur a été étudiée et indique une absence de provincialité dans le bassin. Enfin, les comparaisons faites avec des faunes publiées du nord-ouest de l'Euro pe ont permis d'identifier les distributions paléoécologiques générales pour ce groupe. / Although studied for nearly two centuries, Late Cretaceous selachians (sharks, rays and skates) from the Anglo-Paris Basin are still imperfectly known. The study of 22 selachians (sharks, rays and skates) faunas from Cenomanian to Campanian horizons in Great Britain and northern France allowed a significant advance in our knowledge on these assemblages and their communities. The (mainly phosphatic) chalks sampled yielded about 38 000 selachian fossil remains, mostly teeth. 150 taxa, comprising 130 shark and 20 batoid species, were identified and described. In addition to the large number of new stratigraphic and geographic ranges recognised here, 25 new species and 7 new genera are described beside a number of new taxa that are left in open nomenclature. The large number of taxa included in this work, along with other published data from NW Europe and Western Interior Seaway, allowed diversity patterns of Late Cretaceous selachians to be studie d through the use of various rarefaction and re-sampling methods. The various bioevents identified could all be correlated to global environmental changes such as temperature and sea level variations as well as changes in water mass distribution. Several palaeoecological aspects of these assemblages are also discussed. The use of morpho-functional dental types provided a promising approach area in assessing changes in the morpho-functional structure of some modern selachian assemblages depending on environmental conditions. Ordination methods (clusters, CA) used on both the taxonomic and morpho-functional structure of the faunas considered here, allowed the identification of groupings among the different assemblages. Accordingly, various environmental factors are proposed to explain the observed distribution and the palaeoenvironmental affinities of some taxa are discussed. Diversity measurements proved to be rich in information and allowed the identification of habitat hete rogeneity as the main controlling factor on the diversity and evenness of the Santonian-Campanian faunas. The beta diversity of the numerous Early Campanian faunas is also discussed and indicates low provinciality in the basin. Finally, comparisons with other assemblages from other NW basins allowed general palaeoecological distributions to be identified.

La région du lac Mégantic est probablement la première zone à s'être déglacée au Québec, ce qui lui confère un intérêt particulier. L'analyse pollinique et anthracologique des sédiments des trois lacs situés à ses abords, soit les lacs Clinton, Dubuc et des Joncs ont permis de reconstituer l'histoire locale et régionale de la végétation et des feux. La présence d'un gradient altitudinal a entrainé des décalages surtout dans l'instauration des premières phases forestières. La région s'est déglacée vers 13 500 ans AA, et une toundra s'y est installée. Le début de l'afforestation est marqué par l'arrivée du sapin baumier et de l'épinette noire. Par la multiplication de leurs populations, la forêt s'est fermée vers 10 000 ans AA pour constituer une forêt boréale qui fût alors perturbée par plusieurs épisodes de feux. Vers 8000 ans AA, les nouvelles conditions climatiques favorisent les espèces feuillues et instaurent une érablière à bouleau jaune et une diminution de la fréquence des feux. Les résultats obtenus permettent d'enrichir les connaissances paléophytogéographiques et anthracologiques du Québec. / The Lac Mégantic area is probably the first deglaciated in Quebec (13,500 cal. BP) which gives it a special interest. The pollen and charcoal analysis in sediments of three lakes located in its vicinity, Clinton, Dubuc and des Joncs Lakes, helped to reconstruct postglacial vegetation and fire, locally and regionally. The presence of an altitudinal gradient resulted in some delays in the introduction of various forest stages especially at the beginning. At start, tundra established in the region. The start of the afforestation is marked by the arrival of the balsam fir and black spruce. By multiplying their populations, the forest closed around 10,000 years cal. BP to build a boreal forest and was also disturbed by multiple fires. By 8,000 years cal. BP, new conditions favored deciduous species and created a sugar maple and yellow birch forest associated with lower fire frequencies. This study offers new perspectives in fire and forest reconstitutions by using proximal sites.

Une meilleure compréhension de l’origine et de l’évolution de la diversité du vivant nécessite de développer des approches biogéographiques basées sur la phylogéographie. Ce travail de thèse considère ainsi la structure phylogéographique du myrte commun (Myrtus communis L., Myrtaceae), plante caractéristique et commune des matorrals de Méditerranée, et ses liens de parenté avec le myrte de Nivelle (Myrtus nivellei Batt. & Trab.), endémique des montagnes du Sahara central. Un des objectifs consiste à examiner plus particulièrement l’influence de la paléogéographie et des changements climatiques sur la diversité génétique de ces deux taxons. La démarche choisie se veut intégrative, en combinant données génétiques (séquençage et génotypage multiloci), paléobotaniques, modélisation de l'évolution moléculaire, polymorphisme et héritabilité de la croissance en conditions contrôlées, et modélisation de la niche bioclimatique. L’analyse de 173 populations de myrte commun et de 23 populations de myrte de Nivelle a révélé un fort signal phylogéographique, dont le cadre spatio-temporel provient de la datation des divergences et de la reconstruction des aires ancestrales au sein de phylogénies moléculaires établies grâce aux méthodes bayésiennes d’analyse phylogénétique. Trois résultats principaux peuvent être présentés. (i) A partir d’une origine remontant au début du Miocène, l’histoire du myrte commun se résume à deux périodes de diversification associées aux changements environnementaux survenus à la transition Miocène / Pliocène, et au cours du Pléistocène. Si un phénomène de vicariance ancien a conduit à l’isolement d’une lignée est-méditerranéenne, des phénomènes récents de diversification ont été détectés à l’ouest avec migration en retour vers l’est de la Méditerranée, mais aussi vers la Macaronésie et vers le Sahara. (ii) Au cœur des montagnes-refuges du Sahara central, l’alternance des périodes humides et arides serait à l’origine de l’isolement des populations de myrte de Nivelle par massif et d'une forte érosion génétique. Cette forte différenciation régionale s'accompagne de flux de gènes au sein des massifs, et de multiplication végétative. (iii) Enfin, l’absence de divergence des populations insulaires méditerranéennes comme la Corse, contraste avec la persistance sur le long terme de lignées aux Açores et à Madère, et avec la spéciation au Sahara du myrte de Nivelle. La discussion de ces résultats s'ouvre sur de nouvelles perspectives en phylogéographie comparative, en génomique et en biogéographie de la conservation. / A better understanding of the origin and evolution of the diversity of life requires the development of biogeographical approaches based on the phylogeography. This PhD thesis study considers the phylogeographical structure of the Common Myrtle (Myrtus communis L., Myrtaceae), a characteristic and common plant of the Mediterranean matorral, and its relationship with the Nivelle Myrtle (Myrtus nivellei Batt. & Trab.), endemic to the central Saharan mountains. An objective is also to examine especially the influence of palaeogeography and climatic changes on the genetic diversity of these two taxa. Our approach aims at being integrative, combining palaeobotanical data, genetic data (sequencing and multilocus genotyping), modeling of molecular evolution, polymorphism and heritability of the growth in controlled conditions, and modeling of bioclimatic niche. The analysis of 173 populations of the Common Myrtle and 23 populations of the Nivelle Myrtle reveals a strong phylogeographical signal, whose spatio-temporal framework was provided by the dating of divergences and the reconstruction of ancestral areas within the molecular phylogenies using Bayesian analytical methods. Three main results can be highlighted. (i) With an origin dated to the early Miocene, the history of M. communis can be summarized by two periods of diversification associated with the environmental changes occurring in the Miocene/Pliocene transition and in the Pleistocene. A vicariance phenomenon has induced the isolation of an eastern Mediterranean lineage. Recent diversification events have also been detected in the western part of the Mediterranean Basin, with in-return migration to the eastern Mediterranean, and also dispersal to the Azores and Madeira islands, and to the Sahara. (ii) Within the refugia-mountains of the Central Sahara, the alternation of wet and dry periods seems to have induced the isolation of the populations of M. nivellei per mountain range, with a strong genetic erosion. In parallel to this high regional differentiation, gene flows within these mountain ranges and vegetative multiplication have been detected. (iii) Finally, the absence of divergence of Mediterranean insular populations of M. communis contrasts with the long-term persistence of Myrtle lineages restricted to the Azores and Madeira islands, and to the speciation of M. nivellei in the Sahara. The discussion of these results provides new perspectives on comparative phylogeography, genomics and conservation biogeography.

La sous-famille des Suinae est largement répandue en Afrique au Plio-Pléistocène et a été abondamment utilisée pour corréler biochronologiquement les sites à hominidés en se basant sur l'évolution morphologique rapide des troisièmes molaires dans différentes lignées. À partir d'un échantillon important de suinés africains actuels, les schémas de variation morphologique crânio-mandibulaire et dentaire sont quantifiés par morphométrie géométrique. Ce référentiel actuel sert à estimer la variabilité morphologique dans le registre fossile. La révision de la paléobiodiversité du genre Kolpochoerus (le suiné plio-pléistocène le plus abondant) dans les bassins du Turkana et de l'Awash s'appuie sur l'étude anatomique et morphométrique de matériels publié et inédit découverts dans la basse vallée de l'Omo (formation de Shungura) et dans la vallée moyenne de l'Awash en Éthiopie. Une nouvelle espèce fossile est décrite, les trajectoires évolutives au sein de chaque espèce sont quantifiées, et les interprétations biostratigraphiques sont révisées. Les liens de parenté au sein du genre Kolpochoerus sont décrits grâce à l'analyse cladistique. L'étude de la paléoécologie des suinés africains est basée sur l'anatomie comparée et la biogéochimie des isotopes stables (carbone et oxygène). Les suinés fossiles présentent une gamme de taille importante, ainsi que des régimes alimentaires et des habitats variés. Les nouvelles connaissances acquises sur leur biodiversité, leur phylogénie, et leur écologie permettent de proposer une histoire paléobiogéographique des Suinae en Afrique. / The subfamily Suinae is widespread in Plio-Pleistocene deposits in Africa, and was heavily used as a biochronological tool to correlate hominid-bearing sites based on the rapid morphological evolution of third molars in different lineages. A large sample of extant African suines enables to quantify patterns of variation in cranio-mandibular and dental morphology using geometric morphometrics. This modern referential is used to estimate the morphological variability in the fossil record. Revision of the paleobiodiversity of the genus Kolpochoerus (the most abundant Plio-Pleistocene suine) in Turkana and Awash basins is based on anatomical and morphometric studies of published and unpublished material discovered in the Lower Omo Valley (Shungura Formation) and in the Middle Awash Valley in Ethiopia. A new fossil species is described, evolutionary trajectories within each species are quantified, and biostratigraphic interpretations are revised. Phylogenetic relationships within the genus Kolpochoerus are described by the cladistic analysis. Paleoecological study of African suines is based on comparative anatomy and stable isotopic biogeochemistry (carbon and oxygen). Fossil suines display a wide range of body size, as well as various diets and habitats. The new results produced regarding their biodiversity, phylogeny, and ecology, enable to reconstruct a paleobiogeographic history of Suinae in Africa.