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Rôle du chimiotactisme dans la détection des signaux et le développement de la pellicule chez Shewanella oneidensis / Role of chemotaxis in signal detection and pellicle development of Shewanella oneidensis

Armitano, Joshua 10 April 2014 (has links)
Shewanella oneidensis est une bactérie aquatique capable de chimiotactisme, c'est-à-dire d'orienter sa nage en réponse aux signaux qu'elle perçoit. Mon travail de thèse s'est focalisé sur l'étude du système chimiotactique de cette bactérie. Mon premier objectif a été d'identifier de nouveaux substrats induisant une réponse chimiotactique ainsi que les chimiorécepteurs les détectant. Une approche à haut débit utilisant une banque de substrats, couplée à une recherche de substrats plus spécifiques, a permis d'identifier de nouveaux signaux. Nous avons confirmé que S. oneidensis est attirée par les accepteurs alternatifs d'électrons ainsi que par certains métaux. Nous avons montré qu'elle est attirée par le malate et le chromate et repoussée par le nickel et le cobalt. Nous avons identifié deux MCPs potentiellement impliqués dans la détection du malate et un dans la détection du chromate.Mon second objectif a été de comprendre le rôle du système chimiotactique dans la formation d'un biofilm flottant : la pellicule. Nous avons montré que le développement de la pellicule est un processus en trois étapes déclenché par la détection de l'oxygène en condition statique, probablement par aérotactisme. Nous avons mis en évidence l'implication inattendue du chimiotactisme dans la formation de la pellicule. En effet des mutants délétés de gènes codant pour des éléments du système chimiotactique ne forment pas de pellicule normale. Le développement de la pellicule met en jeu d'autres signaux chimiotactiques, générés au sein de la pellicule, qui pourraient intervenir dans la localisation des cellules et l'homogénéisation de la pellicule au cours de sa maturation. / Shewanella oneidensis is an aquatic bacterium capable of chemotaxis, meaning that it can change its direction in response to detected signals. My thesis focused on the study of the chemotaxis system of this bacterium.The first objective of my thesis was to identify new substrates inducing a chemotactic response and the chemoreceptors involved in their detection. A high-throughput technique involving a library of solutes coupled with a search of more specific compounds allowed to identify new signals. We confirmed that S. oneidensis is attracted toward alternative electron acceptors and by several metals. We showed that S. oneidensis is attracted toward malate and also chromate. Finally, we identified two repellents, nickel and cobalt. After construction of deletion mutants, we identified two MCPs potentially involved in malate detection and one in chromate detection.The second objective of my thesis was to understand the role of the chemotaxis system in the formation of a floating biofilm: the pellicle. We first characterized the pellicle development through time, revealing that it is a three-step process. We then highlighted the unexpected role of the chemotaxis system in pellicle formation. Indeed mutants deleted of genes coding for chemotaxis elements are not able to form a pellicle or form an abnormal one. We showed that oxygen is the main signal triggering pellicle formation in static condition and that it is probably detected through aerotaxis. Pellicle development also involves other chemotactic signals produced in the pellicle which could be used in the localization of cells at the air-liquid interface but also in the homogenization of the pellicle.
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Dynamique de formation des biofilms de Bacillus subtilis à l’interface eau-air : expériences et modélisation / Dynamic of the biofilm formation of Bacillus subtilis at the water-air interface : experiments and modeling

Ardré, Maxime 26 September 2014 (has links)
La plupart du temps, les bactéries vivent au sein de biofilms : un tissu biologique accroché sur des surfaces (molles ou solides), qui est composé de bactéries et de matrice extracellulaire. Lors de cette thèse nous avons étudié les mécanismes qui contrôlent la formation d’un biofilm à l’interface eau-air par Bacillus subtilis (BS). D’abord, nous avons observé l’évolution phénotypique de BS au cours du développement de sa population en milieu liquide, dans des conditions de culture standard (pas de biofilm in fine). Nous avons constaté que la population exhibe différents types cellulaires (phénotypes) au cours du temps. Puis, afin d’observer les étapes de la formation d’un biofilm, nous avons créé une expérience qui permet de suivre l’évolution macroscopique de la concentration des bactéries et sa répartition spatiale au sein du milieu de culture. Nous constatons qu’une accumulation de bactéries se forme en dessous de l’interface eau-air avant même l’apparition d’un biofilms. Cette accumulation est concomitante avec de la convection dans le fluide (bioconvection). Le biofilm apparait lors de la phase de croissance de la population en bactérie pour une concentration moyenne dans le milieu de culture de l’ordre de 10¹³ bactéries/m³. Ensuite, nous avons formulé un modèle continu qui renseigne sur l’évolution de l’environnement des bactéries. Ce modèle reproduit la bioconvection observée dans les expériences et révèle son effet sur la concentration en dioxygène dissous dans la culture. Enfin, nous avons construit un modèle hybride continu-discret qui décrit la transition de bactéries déconnectées (nomades) vers des bactéries connectées formant un biofilm solide (sédentaires). Chaque bactérie est considérée comme une particule individuelle. Le modèle tient compte des forces de contact, ainsi que les forces élastiques qui peuvent s’établir entre les bactéries lorsqu’elles sont liées par de la matrice. Un nombre minimal d’aptitudes biologiques a été utilisé pour modéliser les bactéries : la division cellulaire qui leur permet de coloniser le milieu de culture, la motilité et l’aérotactisme qui explique leur migration vers la surface liquide, le quorum sensing (QS) et la différenciation cellulaire qui leur permet de passer du phénotype nomade (motile) au phénotype sédentaire (producteur de matrice). L’environnement en dioxygène des bactéries et les propriétés hydrodynamiques du milieu sont décrits par des champs continus. Le modèle reproduit toutes les étapes de la formation d'un biofilm observées dans nos expériences et confirme la nécessité de certaines aptitudes biologiques. Il montre que le seuil de QS joue un rôle majeur dans la morphologie du biofilm et sa cinétique de formation. En revanche, le taux de consommation de dioxygène par les bactéries ne semble pas avoir de rôle important. Enfin, nous avons établi que la bioconvection agit comme un retardateur de la formation du biofilm. / Most of the time, the bacteria live inside the biofilm: the biological tissue that is attached to the surface (soft or solid), is made of the bacteria and of extracellular matrix. According to this thesis we study the mechanics that control the formation of a biofilm at the interface water-air by Bacillus subtilis (BS). First, we absorbed the phenotype evolution of the BS during the development of its population in liquid medium, under the conditions of a standard culture (no of biofilm in fine). We noticed that the population exhibits different cellular types (phenotypes) during this time. Then, after absorbing the different stages of the development in the formation of a biofilm, we created an experience that allows us to follow the macroscopic evolution of the concentration of the bacteria and its special distribution in the middle of the culture. We found that an accumulation of the bacteria forms under the surface water-air, even before the appearance of a biofilm. This accumulation is concomitant with the conservation in the liquid (bioconvection). The biofilm appears during the growth phase of the bacterial population in an average concentration in the culture medium of about 10¹³ bacteria / m³. Then, we formed a continuous model that shows us the evolution of the environment of the bacteria. This model reproduced the bioconvection that was observed in the experiments and reveals its effect on the concentration of oxygen in the biological culture. Finally we built a hybrid continuous-discreet model that described the transition of the disconnected bacteria (nomads) through the connected bacteria that form a solid biofilm (sedentary). Each bacteria is considered as an individual particle. The model takes the contact forces under consideration, as well as the elastic forces that can settle between the bacteria when linked by the matrix. A minimum number of biological skills were used to form a model from the bacteria; the cellular division that allowed it to colonize the medium biological culture, the motility and the aerotaxi that explains its migration towards the liquid surface, the quorum sensing (QS) and the cellular differentiation that allows them to spend nomadic phenotype (motile) sedentary phenotype (producer of matrix). The dioxygen environment of the bacteria and its middle hydrodynamic properties are described by continuous fields. The model reproduces all the formation steps of an observed biofilm in our experiment and confirms the need of certain biological skills. It shows that the threshold of QS plays a major role in the morphology and biofilm formation kinetics. On the other hand, the rate of diocygen consumption by the bacteria does not seem to have any significant role. Finally, we established that the bioconvection reacts as a retardant in the biofilm formation.
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Archéologie Cinématographique et Evolution des Standards Technologiques

Pourpour, Yannick 14 November 2011 (has links) (PDF)
Les technologies de projection et de diffusion des oeuvres cinématographiques ont la réputation d'être des facteurs d'importance négligeable. Or, à l'inverse, elles jouent un rôle fondamental dans leur diffusion et donc leur réception. Par ailleurs, ces technologies, bien que leurs grands principes fondateurs n'aient pas changé depuis près d'un siècle, sont au coeur d'un processus d'évolution perpétuelle. Ce processus permanent aura, lui aussi, un impact sur la manière dont des oeuvres, tournées à l'aide d'équipements aujourd'hui devenus obsolètes, vont se transmettre de génération en génération, par des processus de recopie et de duplication complexes, et dont les conséquences esthétiques et philologiques pour les films restent mal connues. Cette thèse a pour objectif d'étudier, dans une démarche archéologique, les modalités et les processus de cette double évolution à travers les traces que lèguent au présent oeuvres et contextes de diffusion disparus. Ce sont autant de " prophéties ", selon le mot de Walter Benjamin, qui feront l'objet de réinterprétations et de réappropriations plus ou moins complexes par les générations suivantes, lesquelles lègueront à leur tour à la postérité des traces de leur propre passage. Cela engendre un complexe processus perpétuel de sédimentation, encore aujourd'hui mal connu, qui constitue le principal objet d'étude de cette thèse.
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Comparative genetic and metabolic characterization between two table grape varieties with contrasted color berry skin : red Globe and Chimenti Globe / Analyse génétique et métabolique comparée de deux variétés de raisins de table présentant des pigmentations contrastées au niveau des pellicules des baies : red Globe et Chimenti Globe

Santibanez, Claudia 18 December 2017 (has links)
Le développement de la baie de raisin est un processus dynamique présentant une courbe de croissance sigmoïde avec deux phases de croissance séparée par une phase de latence. Il se caractérise par une biosynthèse coordonnée de métabolites primaires et secondaires. À la fin de la phase de latence, un phénomène appelé véraison se produit, au cours duquel le fruit commence à prendre de la couleur et le processus de maturation est initié. Les anthocyanes sont responsables de la coloration des baies et la régulation de leur biosynthèse été largement étudiée. Cependant, peu d'études ont porté sur la caractérisation métabolique et génétique de variétés de baies de couleurs fortement contrastées, dans un même fond génétique. En combinant la technologie RNAseq et des analyses métabolomiques, nous avons effectué une caractérisation comparée de deux variétés de raisin de table : Chimenti Globe (CG, rose pâle) et Red Globe (RG, rouge foncé). L'originalité de ce modèle est que CG a été généré à partir d'un événement de mutation spontanée de RG, dans un vignoble de production, permettant ainsi l’étude de la régulation de la biosynthèse des anthocyanes dans un même fond génétique. L'analyse du contenu métabolique des baies a démontré l'importance des stades de développement, de la véraison à la maturation, dans les deux variétés de raisin. En particulier, des différences marquées dans les concentrations de certains métabolites de la voie des phénylpropanoïdes (shikimate, UDP-glucose, phénylalanine) et du tréhalose-6-phosphate ont été mises en évidence en post-véraison. De plus, les différences entre les variétés étaient dues à des changements dans les métabolites liés à la biosynthèse du saccharose et de l'anthocyanine. Les baies de CG ne contenaient que des anthocyanines dihydroxylées (péonidine et cyanidine), et aucune quantité détectable d’anthocyanes trihydroxylées (malvidine, delphinidine et pétunidine), qui sont abondamment présentes dans les pellicules des baies de RG. Ceci explique le phénotype de couleur rose pâle des baies de CG. Une analyse transcriptomique globale par RNAseq montre que 109 gènes sont exprimés de façon différentielle chez CG, en comparaison avec RG, y compris de nombreux gènes liés au métabolisme des flavonoïdes. Notamment, 11 gènes codant pour des 3'5'-hydroxylases flavonoïde, une enzyme-clé pour la biosynthèse des anthocyanes trihydroxylées, sont réprimés dans CG. A partir de cette analyse, un gène candidat pour la régulation de la voie de biosynthèse des anthocyanes a été sélectionné : le gène Cytb5, qui code pour un cytochrome b5, non caractérisé à ce jour chez la Vigne. La surexpression de Cytb5 par transgénèse dans des vignes hybrides V. berlandieri x V. rupestris cv. 110R suggère fortement un rôle clé pour ce gène dans la régulation de la biosynthèse des anthocyanes chez la vigne : les embryons obtenus présentaient une forte coloration rouge, indiquant la présence d’anthocyanes en quantités importantes dans les tissus végétatifs. De plus les embryons transgéniques ont un développement accéléré par rapport aux embryons sauvages. Ces travaux ont permis de mieux comprendre la régulation de l’accumulation des anthocyanes responsables de la coloration des baies de raisin, et plus largement, la régulation du métabolisme des flavonoïdes. / El desarrollo de la uva es un proceso dinámico caracterizado por una curva de crecimiento doble sigmoidea, separada por una fase lag, en donde ocurre una biosíntesis coordinada de metabolitos primarios y secundarios. Al final de la fase lag, ocurre un fenómeno llamado pinta correspondiente al comienzo de la coloración de la baya e iniciándose también el proceso de maduración. Las antocianinas son las responsables de la coloración de la piel de las bayas y su regulación ha sido ampliamente estudiada. Sin embargo, pocos estudios se han enfocado en la caracterización genética y metabólica, utilizando variedades contrastantes de color de piel. Utilizando análisis metabólico y la tecnología de RNA-seq, se realizó una nueva caracterización comparativa de dos uvas de mesa, Chimenti Globe (CG) y Red Globe (RG), que poseen un color de piel de la baya contrastante: CG tiene un color rojizo claro y RG posee un color morado. La originalidad de este modelo es que CG fue generada en un evento espontáneo de campo desde una rama de una planta RG. Por lo tanto, el background genético responsable del cambio de color es el mismo. El análisis del contenido metabólico de las pieles de las bayas reveló la importancia de las etapas de desarrollo, pinta y maduración, en ambas variedades en estudio. En particular, la diferencia en la concentración de metabolitos de la ruta fenilpropanoide, tales como shikimato y fenilalanina y otras moléculas como UDP-glucosa y trehalosa-6-fosfato, entre otros. Asimismo, las diferencias entre las variedades estuvieron dadas por cambios relacionados con la biosíntesis de sacarosa y antocianinas. CG solo contenía antocianinas dihidroxiladas, cianidina y peonidina, y no las del tipo trihidroxiladas, malvidina, delfinidina y petunidina, lo cual fue consistente con el fenotipo del color de piel observado. A partir del análisis transcriptómico, generamos un heatmap con 109 genes expresado diferencialmente en CG en comparación con RG, siendo muchos de estos asociados a la ruta biosíntesis de flavonoides. Además, observamos que 11 copias del gen flavonoide 3'5'-hidroxilasa, que codifica una enzima clave para la biosíntesis de antocianinas trihidroxiladas, no estaban inducidas en CG. A partir de este análisis, se seleccionó un gen candidato para contribuir en el estudio de la ruta de biosíntesis de antocianinas: citocromo b5 (Cytb5) que codifica una proteína clave donadora de electrones no caracterizada en vides. La sobreexpresión de Cytb5 en embriones V. berlandieri x V. rupestris cv. 110R sugirió fuertemente la participación en la ruta, ya que los embriones transgénicos exhibieron un color rojizo e incluso, un desarrollo acelerado en comparación con el control. Con estos resultados, hemos sido capaces de proporcionar información sobre la regulación de las antocianinas en vides responsables de la coloración de la piel de las bayas, abriendo nuevos terrenos en la búsqueda de reguladores moleculares de la vía flavonoide.
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Localisation et caractérisation des tannins dans la pellicule du raisin : impact de l'organisation physico-chimique des parois cellulaires sur la composante tannique, la qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux / Localization and characterization of grape skin tannins : impact of cell wall physicochemical organization on tannin component, fruit quality and typicality of the Bordeaux grapes

Lacampagne, Soizic 03 December 2010 (has links)
Qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux.La maturation de la pellicule du raisin est un phénomène complexe, caractérisé par de nombreux changements structuraux importants et par l’accumulation de composés œnologiques tels que les tannins. Malgré leurs propriétés biologiques et organoleptiques essentielles pour la qualité des fruits et des vins, peu de travaux concernent l’organisation et la localisation de ces composés au sein du tissu pelliculaire. Dans la pellicule, les tannins peuvent être plus ou moins liés aux constituants cellulaires modulant ainsi leur extractibilité lors des processus de vinification. Notre travail, basé sur des approches biochimiques, moléculaires et microscopiques, apporte des données nouvelles sur la biosynthèse, la localisation et l’organisation des tannins dans la pellicule. Au sein de ce tissu, nous avons souligné l’importance des tannins pariétaux et montré que leurs caractéristiques physico-chimiques dépendaient entre autre des changements structuraux des parois. Ainsi, cette organisation caractérise en partie la texture de la pellicule et conditionne la qualité du fruit. Pour appréhender l’évolution des critères de texture de la pellicule au cours de la maturation du raisin, l’analyse sensorielle des baies et la mesure par pénétrométrie s’avèrent être des outils pertinents. / Skin grape maturation is a complex phenomenon, characterized by an important number of structural changes as well as by phenolic compounds accumulation (i.e. tannins). Despite their biological and organoleptic properties in fruit and wine quality, few studies report both tannins organization and localization in skin tissue. In skins, tannins may be more or less related with cellular components, modulating their extractability during winemaking process.Our work, based on biochemical, molecular and microscopic approaches reveals new data on skin tannins biosynthesis, localization and organization. Within this tissue, we highlighted the parietal tannins importance, we evidenced that their physicochemical characteristics depend among other structural changes on cell walls. Thus, this organization partially characterized the skin texture and affects fruit quality. To understand the evolution criteria for skin texture during grape berry ripening, sensory analysis and measurements by penetrometer proved to be relevant tools.
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Interactions entre muqueuse orale, salive et molécules de la flaveur / Interactions between oral mucosa, saliva and flavour compounds

Ployon, Sarah 05 December 2016 (has links)
Le rôle de la salive dans la perception sensorielle est de plus en plus reconnu, notamment par le biais des interactions physico-chimiques pouvant s’établir entre protéines salivaires et constituants alimentaires. Ce travail s’intéresse à la pellicule salivaire, la couche de protéines salivaires ancrées aux cellules épithéliales, et vise à caractériser les interactions pouvant s’établir d’une part entre ces protéines et épithélium oral, et d‘autre part entre ces protéines et les molécules de la flaveur. Pour cela, un modèle in vitro de muqueuse orale a été développé. Une lignée cellulaire stable (TR146/MUC1) a été obtenue par transfection de la lignée cellulaire TR146 de manière à exprimer la mucine membranaire MUC1. Afin de former une pellicule salivaire, les cellules confluentes ont été incubées avec de la salive humaine. La rétention des mucines salivaires MUC5B par les cellules TR146/MUC1 est augmentée par rapport aux TR146, apportant ainsi un argument en faveur de l’implication de MUC1 dans l’ancrage des MUC5B aux cellules épithéliales. Le modèle développé a été appliqué à l’étude des interactions entre la muqueuse orale et les molécules d’arôme et les tanins. L’analyse des coefficients de partage par GC-FID a mis en évidence 1- l’importance de l’hydratation de la muqueuse sur la libération des composés les plus hydrophiles, 2- la capacité des cellules à métaboliser certaines molécules d’arôme, 3- l’absence d’effet de la pellicule sur la libération des molécules d’arôme à l’équilibre. En revanche, l’analyse par PTR-MS a révélé un effet de la muqueuse et de la pellicule sur la cinétique de libération des molécules d’arôme. Les interactions entre les protéines de la pellicule salivaire et les tanins modifient les caractéristiques structurales de la pellicule, en particulier le tapissage des cellules par les MUC5B. Les possibles implications sensorielles, respectivement dans les phénomènes de persistance aromatique et d’astringence, sont discutées. / The role of saliva in food sensory perception is increasingly recognized, especially through physicochemical interactions occurring between salivary proteins and food components. This work focuses on the mucosal pellicle, a layer of salivary proteins anchored onto epithelial cells, and aims at characterizing interactions that may occur between the proteins of the mucosal pellicle and flavour compounds. For that purpose, an in vitro model of oral mucosa was developed. A stable cell line (TR146/MUC1) was obtaining by transfecting the TR146 cell line in order to express the membrane bound mucin MUC1. In order to form a salivary pellicle, confluent cells were incubated with human saliva. A higher retention of salivary MUC5B by TR146/MUC1 cells was observed compared to TR146 cells, emphasising the involvement of MUC1 in MUC5B anchoring to epithelial cells. The model was applied to the investigation of interactions between the oral mucosa and aroma molecules and tannins. Measurements of partition coefficients by GC-FID revealed 1- the role of hydration of the mucosa on the release of the most hydrophilic compounds, 2- the ability of cells to metabolize some aroma compounds, 3- the absence of effect of the mucosal pellicle itself on aroma release at the thermodynamic equilibrium. Oppositely, analyses by PTR-MS evidenced an effect of the mucosa and of the pellicle on aroma release kinetic. Interactions between proteins of the mucosal pellicle and tannins modified structural characteristics of the pellicle, especially the coating of cells by salivary MUC5B. Sensory relevance for the phenomena of aroma persistence and astringency, respectively, are discussed.
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Recherche d'outils thérapeutique innovants pour lutter contre la bactérie Acinetobacter baumannii. / Research of innovative therapeutic tools against Acinetobacter baumannii

Nicol, Marion 20 December 2017 (has links)
Acinetobacter baumanii fait aujourd’hui partie des bactéries les plus problématiques dans le monde. Responsable de nombreux pics épidémiques d’infections nosocomiales auxquelles sont associés de forts taux de mortalité, cette bactérie puise sa pathogénie dans de multiples caractéristiques qui lui permettent ainsi d’échapper au système immunitaire de l’hôte et à la plupart des traitements actuels. Capable d’adhérer à de multiples surfaces, A. baumanii persiste dans l’environnement hospitalier à travers un mode de vie communautaire au sein duquel ses capacités de survie sont exacerbées. Chez les espèces du genre Acinetobacter, le mode de vie communautaire peut prendre deux formes distinctes : le biofilm et la pellicule. Dans la première partie de cette thèse, nous avons cherché à discriminer ces deux modes de vie, chez la souche ATCC 17978, par une analyse protéomique à large échelle. Nous avons confirmé la présence de nombreux marqueurs communs aux deux communautés (transporteurs, systèmes de sécrétion, d’acquisition d’ions, adhésines et pili) et mis en exergue des systèmes spécifiquement reliés à la formation du biofilm (pilus Fim, T2SS, T1SS/pompe A1S_0535-38, LPS/LOS, motif capsulaire) et à celle de la pellicule (Gac). Grâce à l’étude de la souche A. baumannii SDF en mode biofilm, qui présente un génome plus compact, nous montrons que très peu de mécanismes moléculaires sont partagés par les deux souches étudiées. Ce résultat témoigne de la difficulté quant au développement d’un traitement dirigé contre les biofilms A. baumannii. Dans une deuxième partie, nous avons testé deux approches pour prévenir et éradiquer les biofilms à A. baumannii. La première a ciblé le Quorum Sensing (QS), système de communication essentielle à la coordination des cellules. Nous avons pu montrer que les acides gras mono-insaturés (acide palmitoléique et acide myristoléique), au même titre que la virstatine, limitait la formation de communautés à A. baumannii en inhibant l’expression du régulateur abaR nécessaire au QS. Dans une seconde stratégie, nous avons finalement évalué l’action antibactérienne et antibiofilm d’un nouveau composé d’origine naturelle : la squalamine. Dans cette étude, nous montrons pour la première fois qu’A. baumannii est capable d’entrer dans un état de dormance (persistant/VBNC) pour survivre à de fortes doses de ciprofloxacine, mais que la squalamine est capable d’éradiquer ces cellules persistantes grâce à des concentrations inférieures à la concentration hémolytique. / Today, Acinetobacter baumannii is one of the most problematic pathogens in the world. This bacterium is responsible for worldwide epidemic outbreaks associated with dramatic mortality rates. It possesses high capacities to evade the immune host system and to resist to numerous available antibacterial agents. A. baumannii is also able to persist into hospital environment due to high adhesion abilities which induce community development. This process is also associated to an enhanced survival rate. In Acinetobacter genus, community modes of lif can take two forms : biofilm and pellicle. In this study on the strain ATCC 17978, we tried to discriminate these two lifestyles by a large scale proteomic analysis. We have confirmed the presence of many common community markers (transporters, ion acquisition secretion systems, adhesins and pili) and highlighted systems specifically related to biofilm (pilus Fim, T2SS, T1SS / pump A1S_0535-38, LPS / LOS, capsular pattern) and pellicle communities. Furthermore the proteomic analysis of an avirulent A. baumannii strain, SDF, in biofilm allowed to highlight peculiar metabolic pathways, specific adhesion determinants but very few markers shared by ATCC 17978. This demonstrated the difficulty in developing a treatment directed against A. baumannii biofilm. Then, we tested different approaches to prevent and eradicate biofilms. The first one targeted the Quorum Sensing system (QS), an essential communication system for cell coordination. We have showed that monounsaturated fatty acids (palmitoleic acid and myristoleic acid), like virstatin prevent the community formation of A. baumannii by inhibiting the expression of the abaR regulator required for QS. In a second strategy, we have evaluated the antibacterial and antibiofilm activity of a new natural compound : the squalamine. We showed for the first time that if ciprofloxacin treatment was able to induce a dormancy population (persistent/VBNCs) in A. baumannii, squalamine was able to eradicate this population of dormant cells.
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Nanoformulations de nystatine pour une efficacité antifongique améliorée

Melkoumov, Alexandre 08 1900 (has links)
Hypothèse : Le nanobroyage d'une suspension de nystatine augmentera son efficacité antifongique in vitro et in vivo. Méthode : Une nanosupension de nystatine a été obtenue en utilisant le broyage humide. Elle a été caractérisée pour sa distribution de taille des particules et pour sa teneur en principe actif. L'activité in vitro a été évaluée contre les souches de C. albicans SC5314 et LAM-1 aux concentrations 12.5 μg/mL jusqu'à 5000 μg/mL. L'efficacité in vivo a été évaluée en utilisant un modèle murin de candidose oropharyngée. Résultats : La taille médiane des particules de la nanosuspension de nystatine a été réduite de 6577 nm à 137 nm. L'analyse CLHP a demontré une teneur de 98.7 ± 0.8%. L'activité in vitro de la nanosuspension était supérieure à la suspension aux concentrations 100 μg/mL à 5000 μg/mL. La charge fongique orale était inférieure dans le groupe traité par la nanosuspension comparativement aux autres groupes. La survie des souris était aussi supérieure. / Hypothesis : Nanomilling of a nystatin suspension will increase its antifungal efficacy in vitro and in vivo. Methods: A nystatin nanosuspension was obtained using wet bead milling. It was characterized for its particle size distribution and for its drug content. In vitro activity was evaluted against C. albicans strains SC5314 and LAM-1 at concentrations of 12.5 μg/mL up to 5000 μg/mL. The in vivo efficacy was evaluated using a murine model of oropharyngeal candidiasis. Results: Median particle size of the nystatin nanosuspension was reduced from 6577 nm to 137 nm. HPLC analysis demonstrated a content assay of 98.7 ± 0.8%. In vitro activity of the nanosuspension was superior to the suspension’s at concentrations ranging from 100 μg/mL to 5000 μg/mL. Oral fungal burdens were inferor in the nanosuspension group compared to the suspension and saline groups. Mice survival was also superior in the nanosuspension group.
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Nanoformulations de nystatine pour une efficacité antifongique améliorée

Melkoumov, Alexandre 08 1900 (has links)
Hypothèse : Le nanobroyage d'une suspension de nystatine augmentera son efficacité antifongique in vitro et in vivo. Méthode : Une nanosupension de nystatine a été obtenue en utilisant le broyage humide. Elle a été caractérisée pour sa distribution de taille des particules et pour sa teneur en principe actif. L'activité in vitro a été évaluée contre les souches de C. albicans SC5314 et LAM-1 aux concentrations 12.5 μg/mL jusqu'à 5000 μg/mL. L'efficacité in vivo a été évaluée en utilisant un modèle murin de candidose oropharyngée. Résultats : La taille médiane des particules de la nanosuspension de nystatine a été réduite de 6577 nm à 137 nm. L'analyse CLHP a demontré une teneur de 98.7 ± 0.8%. L'activité in vitro de la nanosuspension était supérieure à la suspension aux concentrations 100 μg/mL à 5000 μg/mL. La charge fongique orale était inférieure dans le groupe traité par la nanosuspension comparativement aux autres groupes. La survie des souris était aussi supérieure. / Hypothesis : Nanomilling of a nystatin suspension will increase its antifungal efficacy in vitro and in vivo. Methods: A nystatin nanosuspension was obtained using wet bead milling. It was characterized for its particle size distribution and for its drug content. In vitro activity was evaluted against C. albicans strains SC5314 and LAM-1 at concentrations of 12.5 μg/mL up to 5000 μg/mL. The in vivo efficacy was evaluated using a murine model of oropharyngeal candidiasis. Results: Median particle size of the nystatin nanosuspension was reduced from 6577 nm to 137 nm. HPLC analysis demonstrated a content assay of 98.7 ± 0.8%. In vitro activity of the nanosuspension was superior to the suspension’s at concentrations ranging from 100 μg/mL to 5000 μg/mL. Oral fungal burdens were inferor in the nanosuspension group compared to the suspension and saline groups. Mice survival was also superior in the nanosuspension group.

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