Le concept de gène est central en biologie. Certains ont avancé (Ruse (1971, 1976)) que la génétique classique pouvait être réduite à la génétique moléculaire. Dans le même ordre d'idée, Richard Dawkins, dans The Extended Phenotype, offre une double définition de son concept de gène qui présuppose qu'il soit possible d'opérer cette réduction. Nous comptons montrer que la génétique moléculaire et la génétique des populations ont chacune leurs problématiques propres en reconstituant l'histoire de la génétique depuis Darwin. Ensuite, nous expliciterons la position de Dawkins et soulignerons les contradictions auxquelles il parvient en raison de cette réduction infondée. À la suite de quoi, nous nous attarderons aux nouvelles découvertes moléculaires qui montrent qu'il n'est pas possible d'opérer la réduction d'un des concepts à l'autre. Nous terminerons en soulignant que la thèse génocentriste de Dawkins n'est pas mise en péril par l'abandon de la réduction, mais qu'il est nécessaire de tempérer ces prétentions. La conclusion globale de ce mémoire est qu'il est possible d'admettre le concept de Dawkins, mais pas la manière dont il l'utilise. Le concept est bon, il n'est tout simplement pas dans le bon cadre théorique. / The concept of gene is of great importance in biology. Some philosophers asserted (Ruse (1971, 1976)) that classical genetics can be reduce to molecular genetics. Similarly, in The Extended Phenotype, the definition of the gene Richard Dawkins is giving presupposes such a reduction. By reconstituting the history of genetics since Darwin, we will show that population genetics and molecular genetics are interested in problems of their own. Then, we will explain Dawkins' position and stress contradictions which follow from that illegitimate reduction. Afterward, we'll show that new molecular researches refute the possibility of reducing the concept of population genetics to a concept of molecular genetics. One of our conclusion is that the gene's eye view has not to be dropped out. It is only necessary to temper these claims. The most important conclusion of this memoire is that the concept Dawkins is using is legitimate, but not the way he is using it. The concept does not fit in Dawkins' conceptual framework.

Résumé de la thèse :Individuation et philosophie du végétalQu’est-ce qu’un individu végétal ?Comment définir cette notion et pourquoi poser une telle question ?Tout d’abord, d’un point de vue très général, l’individualité a trait autant à la philosophie qu’à la biologie. On peut donc se demander si l’acception traditionnelle de l’individu en philosophie est différente de celle(s) des biologistes. Ensuite, c’est une question dont on peut suivre l’évolution historique à travers les avancées scientifiques (non sans son lot de nouvelles questions philosophiques). La conception antique de l’individualité de la plante n’est pas la même que celle de la botanique de la Renaissance, du XIXe siècle ou de la biologie néoévolutionniste. Des approches spécifiques à la botanique existent au sein de la problématique de l’individualité biologique. Elles croisent à de nombreuses reprises la philosophie. De même, des philosophes contemporains du végétal ne sont-ils pas influencés par les avancées récentes de l’écologie et des sciences environnementales ?Les idées de certains philosophes de la tradition sont ainsi parfois convoquées en dialogue avec les découvertes scientifiques de leur temps. Du point de vue méthodologique, notre enquête philosophique sur l’individualité végétale repose sur un dialogue avec les sciences biologiques contemporaines. Pour commencer, nous introduisons les concepts, définitions et critères de départ à partir desquels nous pouvons comprendre ce que sont un végétal et un individu du point de vue des sciences biologiques. Cette entrée en matière est mise en perspective et problématisée avec les définitions philosophiques traditionnelles de l’individualité et les conceptions habituellement occupées par les plantes dans la philosophie occidentale. Dans ce cadre, nous introduisons la pensée de Simondon qui nous sera utile au fil de la réflexion. Sur un plan formel, nous élaborons une tripartition des critères de l’individualité biologique afin de structurer l’enquête. L’individualité végétale est ainsi investiguée dans un premier temps selon un axe morphologique et spatio-temporel. Celui-ci nous permet de résumer plusieurs grandes positions de l’histoire de la botanique sur la question qui nous occupe. Nous étudions aussi dans quelle mesure la botanique contemporaine peut nous instruire à ce sujet selon différents points de vue et échelles. Ensuite, nous abordons la question de l’individualité selon un axe évolutionniste et génétique. Nous montrons plus en détail comment la question de l’individualité est liée à des concepts comme le génome, l’espèce ou la sexualité et quelles implications bien particulières le végétal leur fait subir au sein de ce contexte. Enfin, une troisième partie est dédiée à l’étude de l’individualité selon une perspective physiologique et fonctionnelle. Outre le contraste que cette approche permet d’introduire à propos de certains des concepts susmentionnés, elle pose de façon plus générale la question des limites de l’individu végétal à travers la problématique des symbioses, du système immunitaire ou du système nerveux. Ces points nous conduisent à interroger l’individu végétal en le mettant à l’épreuve d’une possible unité comportementale. Il n’est en effet a priori pas certain que l’on puisse lui appliquer un tel concept avec son cortège de conséquences (la sensibilité, la mémoire, l’intelligence…).Ces questions épistémologiques ne manquent pas de soulever des problèmes et enjeux proprement philosophiques comme le lien de l’individualité à la subjectivité, la place des vivants non-animaux en philosophie ou le rapport essentiel du végétal à l’environnement. Finalement, nous nous demandons, dans une perspective plus simondonnienne, dans quelle mesure poser la question de l’individualité végétale en termes de processus d’individuation avec son milieu pourrait déplacer la problématique et apporter ou non quelque chose à la compréhension du végétal dans ses rapports aux sciences biologiques contemporaines. À cet effet, nous sommes amenés à nous positionner vis-à-vis de plusieurs thèses contemporaines d’auteurs, que l’on peut qualifier de façon très libérale de philosophes de la nature (Marder, Coccia…), pour en tirer des conclusions originales sur le statut de l’individu végétal.De manière plus transversale, l’une des spécificités de notre enquête consiste à partir de problèmes concrets et situés posés par l’individualité végétale. Nous montrons comment ceux-ci entrent en tension ou induisent des décalages et ambigüités avec les modèles théoriques préalablement proposés. La perspective végétale, par les résistances qu’elle suscite, se révèle un formidable moteur de la réflexion philosophique. Elle nous amène ainsi à remettre en question de nombreux points de vue sur l’individualité et sur les plantes. Sur cette base, cette thèse ouvre ainsi des perspectives philosophiques novatrices, parfois contre-intuitives au regard des préjugés dont le végétal a été victime dans notre tradition moderne occidentale. / Doctorat en Philosophie / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Cette thèse examine les débats portant sur la place des virus dans le monde vivant. Ces débats concernent tout d’abord le problème de la nature des virus : sont-ils vivants, non vivants, ou entre vivant et non vivant ? Sont-ils des organismes ? Mais ils soulèvent également la question de la classification des virus : faut-il les classer avec les (autres) êtres vivants ? Enfin, ils portent aussi sur les rôles que pourraient avoir les virus dans les origines de la vie, dans l’évolution et dans l’écologie du monde vivant. Nous cherchons d’abord à expliquer l’existence de ces débats au 21e siècle, en étudiant les causes des désaccords entre les biologistes. Notre objectif est également de comprendre l’histoire particulière de ces débats sur les virus. En effet, ils ont été importants dans la première partie du 20e siècle, soit après la découverte des virus dans les années 1890 et avant l’élaboration d’un concept moderne de virus dans les années 1950. Mais après les années 1950, les débats semblent avoir connu un certain retrait, avant d’être ravivés au début du 21e siècle. Cela pose alors la question de la nouveauté des débats actuels : ne sont-ils pas qu’une répétition des anciennes discussions sur la place des virus dans le monde vivant ? Nous montrons ce qui fait la nouveauté de la controverse actuelle, qui se déroule alors même qu’un concept de virus a été construit et en grande partie accepté. Tout en examinant les différentes causes des désaccords entre les biologistes dans le passé et actuellement, nous soulignons en particulier le rôle des définitions dans la recherche scientifique. Enfin, nous affirmons que cette controverse n’est pas purement spéculative. / The place of viruses in the living world has been and still is intensively debated. Different problems are discussed. First, the nature of viruses is not straightforward: are they living, non-living orsomewhere in-between?Are they organisms? Moreover, their biological classification is problematic : should biologists classify viruses with (other) living entities? Finally, biologists also disagree on theputative roles of viruses in the origins of life, as well as in the evolution and ecology of the living world. My first aim is to explain the very existence of such debates in the 21st century. Through a careful examination of the historical context and of the scientific discourse, I investigate the possible causes of disagreement among the biologists. Secondly, I show the complex history of these debates. Discussions about the place of viruses in the living world were indeed very lively during the first part of the 20thcentury, after the discovery of viruses in the 1890s and before the construction of a modern concept ofvirus in the 1950s. These discussions have been revived at the beginning of the 21st century after a certain eclipse during the second part of the 20th century. This revival is in itself problematic. Is the present controversy a simple repetition of an old controversyI describe the distinctive traits of the present controversy that happens despite the fact that a concept of virus has been generally acknowledged after the 1950s. While examining the various sources of disagreements among biologists, I claim that definitions often play a critical role in scientific research. Finally, I show that this controversy is not mere speculation.

Le concept de plasticité est progressivement devenu un concept théorique essentiel dans la biologie depuis le début du XXe siècle. Les biologistes s'y réfèrent aussi bien en biologie du développement, pour caractériser la potentialité des cellules à se diviser et à se différencier, en écologie, pour décrire la pluralité des formes observables pour une espèce donnée en fonction des environnements dans lesquels elle se développe, ou encore en génétique, pour préciser la manière dont l'information génétique peut être régulée. Certains auteurs en sont même venus à se demander si le concept de plasticité n'avait pas acquis aujourd'hui l'importance théorique qui avait été accordée au concept de gène en biologie au début du siècle précédent. Dans cette étude, nous proposons une analyse historique et épistémologique du concept de plasticité dans les sciences du vivant. Nous montrons que si le concept opératoire de plasticité sert à caractériser un paradigme épistémique donné - c'est-à-dire le maintien d'un usage singulier, désormais daté, du concept, fortement lié à l'émergence de la génétique -, la récurrence de l'idée générale de plasticité, tout au long de l'histoire des sciences du vivant, signale son caractère essentiel pour envisager certains phénomènes du vivant. Cette étude montre également que si le concept de plasticité est devenu un élément-clé pour penser une « synthèse étendue» de l'évolution, son importance heuristique pour la biologie contemporaine ne se limite pas à cette seule ambition: tel qu'il est mobilisé dans la biologie contemporaine, le concept de plasticité cherche le plus souvent à rendre compte d'une spécificité du vivant. / Since the early twentieth century, plasticity has gradually become an important theoretical concept in biology. Biologists refer to it either in developmental biology, to characterize cells potential to divide and differentiate, or in ecology to describe the diversity of observable forms for a given trait in environments in which the species develop, or even in genetics to describe how genetic information can be regulated. Some authors have even come to wonder whether the concept of plasticity have not nowadays acquired the theoretical importance that was given to the concept of the gene in biology at the beginning of the previous century. In this study, we propose a historical and epistemological analysis of plasticity in life sciences. We show that if the operating concept of plasticity characterizes a given epistemic paradigm - that is to say, the continuity of a certain use, now dated, of the concept, closely linked to the emergence of genetics - the recurrence of the general idea of plasticity, throughout the history of life sciences, indicates its essential role in the way we think of life processes. The study also shows that although plasticity has become a key element in order to think about an "Extended Eynthesis" in evolution, its heuristic importance for contemporary biology is not limited to this single ambition: as it is mobilized in contemporary biology, the concept of plasticity most often seeks to account for the specificity of living systems.

Le concept d’écosystème joue un rôle fondamental dans la réflexion environnementale actuelle. En effet, la façon dont nous le comprenons influence directement les pratiques de conservation et de restauration utilisées en écologie. Les importantes perturbations que subissent les écosystèmes dans le contexte de la crise climatique actuelle amènent les écologues à s’interroger sur les composantes nécessaires d’un écosystème stable (Pesson 1978, 4; Larrère 1994, 33), la conception écosystémique de la nature étant souvent liée à l’idée que cette dernière doit être équilibrée (Blandin 2009, 38). Or, l’aspect polysémique du concept d’équilibre rend son utilisation un peu ambiguë et demande de plus amples précisions (Lepart 1994, 139). Cette idéologie semble être de plus en plus débattue dans le contexte de la conservation, puisqu’un état d’équilibre n’empêche pas la fragilité d’un écosystème (Pesson 1978, 5) et que la présence d’équilibre naturel a également été remise en question (Lepart 1994, 132). En ce qui concerne le concept d’écosystème, le fait que chacun d’entre eux soit unique rend la tâche de définition complexe, car il existe autant de types d’écosystèmes qu’il y a d’écosystèmes (Maris 2010, 63). Cette grande diversité rend également difficile la tentative de définir un critère universel d’équilibre écosystémique, si un tel critère est réellement possible. Ce projet de recherche vise d’abord à mettre de l’avant les différentes façons dont les concepts d’équilibre et d’écosystème ont été mobilisés en épistémologie contemporaine de l’écologie. Il sera ensuite possible d’esquisser une réponse à la question de l’applicabilité du concept d’équilibre à la réalité des écosystèmes. / The concept of ecosystem plays a fundamental role in current environmental thinking. Indeed, the way we understand it directly influences the conservation and restoration practices used in ecology. The significant disturbances that ecosystems are undergoing in the context of the current climate crisis lead ecologists to question the necessary components of a stable ecosystem (Pesson 1978, 4; Larrère 1994, 33), the ecosystemic conception of nature often being linked to the idea that the latter must be balanced (Blandin 2009, 38). However, the polysemous aspect of the concept of balance make its use a little ambiguous and requires further clarification (Lepart 1994, 139). This ideology seems to be increasingly debated in the context of conservation, since a state of equilibrium does not prevent the fragility of an ecosystem (Pesson 1978, 5) and the presence of natural balance has also been questioned (Lepart 1994, 132). Regarding the concept of ecosystem, the fact that each of them is unique makes the task of defining them complex, because there are as many types of ecosystems as there are ecosystems (Maris 2010, 63). This great diversity also makes it difficult in the attempt to define a universal criterion of a balanced ecosystem, if such a criterion is really possible. This research project aims first to highlight the different ways in which the concepts of balance and ecosystem have been used in the contemporary epistemology of ecology. It will then be possible to outline an answer to the question of the applicability of the concept of balance to the reality of ecosystems.

L'objet de ce travail de thèse est l'analyse des monstruosités biologiques en tant qu'elles posent question quant à la nature même de la vie et quant à la puissance de la raison à pouvoir l'appréhender. En mettant l'accent sur le travail d'Étienne et d'Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, nous nous sommes attachés à montrer en quoi la tératologie parvenait à intégrer les monstres dans des procédures rationnelles - ici celles des sciences biologiques. Mais cette intégration se fait au prix d'un oubli : la dimension nécessairement normative du concept de monstre. Nous nous sommes alors efforcés d'intégrer cette dimension normative et nous avons alors mis au jour la question de savoir ce qu'est la vie en elle-même pour qu'elle soit capable de produire des êtres vivants monstrueux. Cette question nous a amené à élaborer une métaphysique de la vie selon laquelle elle est, en son être même, errance vitale. Penser les monstres revient à devoir penser la vie comme puissance d'écart.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Dans le domaine de la biologie contemporaine, une attention grandissante est portée aux associations biologiques positives, telles que la symbiose, ce qui vient nuancer la perception traditionnellement « compétitive » de l’évolution. Parallèlement à l’engouement actuel que manifestent les chercheurs pour la coopération biologique, ce mémoire vise à pousser plus avant les recherches historiques concernant l’intégration de tels phénomènes dans l’œuvre de Charles Darwin. Plus spécifiquement, nous souhaitons examiner comment Darwin est parvenu à articuler l’aspect compétitif de l’évolution par sélection naturelle avec l’existence de phénomènes coopératifs. En ce sens, la première partie de ce mémoire aura pour objet le concept darwinien de compétition, et son lien théorique avec la sélection naturelle. La seconde partie concernera l’intégration de la coopération biologique à la théorie de l’évolution par sélection naturelle. Par ces deux moments, nous espérons montrer que Darwin parvient à concilier l’existence d’interactions compétitives et coopératives sans contredire les principes théoriques à la base de l’évolution. / In the field of contemporary biology, growing attention is being paid to positive biological associations, such as symbiosis, which seem to qualify the traditional view of evolution as a “competitive” process. In tandem with researchers’ current enthusiasm for biological cooperation, this thesis aims to extend historical research concerning the integration of such phenomena in the works of Charles Darwin. More precisely, we wish to examine how Darwin was able to articulate the competitive component of evolution by natural selection with the existence of cooperative phenomena. Thus, the first part of this thesis will deal with the concept of Darwinian competition and its theoretical link with natural selection. The second part will concern the integration of biological cooperation into the theory. By these two steps, we wish to show that Darwin manages to reconcile competitive interactions with the existence of cooperative associations, yet without contradicting the theoretical principles underlying the theory of evolution by natural selection.

La notion de hasard en biologie fait l'objet de débats philosophiques et scientifiques depuis la deuxième moitié du XIXe siècle, notamment depuis la publication de L'Origine des Espèces de Darwin (1859). Dans l'état actuel de la recherche, elle est encore un objet de controverse : le fait que cette notion puisse prendre des significations et des rôles multiples la rend difficile à cerner, même dans un contexte très spécifique. Notre thèse consiste en une analyse épistémologique de la notion de hasard lorsqu'elle est utilisée par les biologistes dans la caractérisation des phénomènes à l'origine de la variation au sein des <br />populations naturelles. Plus exactement, nous abordons la question de savoir quelle notion de hasard est conceptuellement et empiriquement appropriée en ce qui concerne deux sources de variation biologique : les mutations génétiques et le bruit dans l'expression des gènes. Nous <br />apportons une clarification conceptuelle de cette notion, selon une perspective évolutionnaire et d'un point de vue moléculaire, sur la base des avancées récentes au sujet de ces deux causes de la variation. En vertu de la relation apparemment privilégiée entre la notion de hasard et les probabilités, nous traitons aussi la question de l'interprétation des probabilités dans les descriptions formelles de ces phénomènes biologiques. L'objectif principal de ce travail est de fournir un cadre conceptuel précis à l'utilisation de la notion de hasard en biologie.

Biologiste reconnu, notamment, pour sa contribution à la fondation de la génétique des populations, J.B.S. Haldane (1892-1964) est également membre du Parti Communiste de Grande-Bretagne entre 1942 et 1950 et, à partir de 1937, il défend avec force l'opinion que le marxisme est utile au travail scientifique. Notre étude porte sur les idées marxistes de Haldane et sur la manière dont elles sont historiquement produites. Elle examine d'abord son parcours intellectuel et propose de comprendre son adoption du marxisme dans le cadre d'une dynamique de recherche d'unité entre des conceptions des sciences, de la philosophie et de la politique. L'étude porte ensuite sur la manière dont fonctionne ce qui est caractérisé comme une vision marxiste du monde, c'est-à-dire un mode de production et de circulation de concepts. En particulier, l'assertion que fait Haldane d'un usage du marxisme dans son travail scientifique est confrontée à certains de ses travaux en génétique des populations, ainsi qu'aux idées qu'il émet concernant l'eugénisme. Cette confrontation permet de confirmer et de généraliser, contre Sarkar (1992) et Shapiro (1993), le résultat proposé par Hammond (2004) d'une effectivité du marxisme de Haldane dans ses sciences, et de préciser la manière dont elle se réalise. Finalement, nous proposons une compréhension du marxisme de Haldane comme un cas particulier de processus historiques plus généraux. Nous examinons l'histoire des idées marxistes sur les sciences et le phénomène d'engagement politique de scientifiques britanniques à cette époque, et interrogeons par là les racines politiques et sociales du marxisme de Haldane.