Orientador: Jose Dirceu Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T16:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_LeonardoAraujo_D.pdf: 2429827 bytes, checksum: a59296dab0f3be65bd94ed9ca116b99a (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Introdução: O desenvolvimento da asma pode ser influenciado pela predisposição genética para respostas imunes específicas. A produção de citocinas com predomínio de resposta Th1 ou Th2 é controlada por diferentes fatores de transcrição, dos quais o Fator de Regulação do Interferon 1 (FRI-1) e o Transdutor de Sinal e Ativador da Transcrição 1 (TSAT-1) são de fundamental importância. A metaloproteinase 9 (MP-9) é uma outra proteína envolvida na degradação do colágeno da matriz extracelular e que pode influenciar o desenvolvimento de doenças pulmonares. O objetivo deste estudo incluiu a pesquisa de variações genéticas nestes genes e o estudo da associação entre polimorfismos e fenótipos relacionados a asma. Métodos: Entre 1995-96, foi realizado um estudo transversal na Alemanha, como parte do protocolo ISAAC para determinar a prevalência de asma e atopia. A genotipagem de polimorfismos nos genes FRI-1, TSAT-1 e MP-9 foi realizada com o método MALDI-TOF. Foram realizadas revisões sistemáticas utilizando a base de dados Genetic Association Database. Resultados: Além de genes indutores de resposta Th2 como interleucina (IL)-13, IL4 e CD14, os fatores de transcrição FRI-1, TSAT-1 foram associados a fenótipos de atopia como IgE elevada e sensibilização a testes cutâneos. Por outro lado, os genes MP-9 e IL-8 estão fortemente associados à sibilância não atópica, e podem ser determinantes para o desenvolvimento de doenças respiratórias na infância. Conclusão: Estes resultados sugerem que os diferentes fenótipos de asma na infância podem ser determinados por polimorfismos genéticos diversos. Pode-se chamar atenção para a necessidade de que os estudos de associação genética levem em consideração os diferentes desfechos e fenótipos em estudo. Além disso, uma análise estratificada para atopia deve ser realizada sempre que este dado estiver disponível. / Abstract: Introduction: It has been speculated that the development of asthma may be influenced by genetic predisposition for specific immune responses. Th1/Th2 balance is influenced by several transcription factors, of which Interferon Regulatory Factor 1 (IRF-1) and Signal Transducer Activator of Transcription 1 (STAT-1) are of special importance. As matrix metalloproteinase 9 (MMP-9) plays an important role in airway wall thickening and airway remodelling, it may also influence the development of obstructive airway disease in children. To investigate the presence and role of genetic variations in these genes, we performed association studies with asthma-related phenotypes. Methods: Genotyping of tagging SNPs in the IRF-1, STAT-1 and MMP-9 gene was performed using MALDI-TOF in independent cross-sectional study populations of German children phenotyped for asthma and atopic phenotypes according to ISAAC standard procedures in 1995-96. Additionally we performed systematic reviews using Genetic Association Database. Results: Functional polymorphisms in Th2 genes as interleukin (IL)-13, I-L4, CD14, IRF-1 and STAT- 1 were significantly associated with atopy, total or specific IgE levels. On the other hand, SNPs in MMP-9 and IL-8 genes significantly increased the risk for non-atopic wheezing and non-atopic asthma. Conclusion: We have shown evidences that different wheezing disorders in childhood may be affected differently by genetic variations, considering their role on airway inflammation and atopy. Future genetic association studies should consider the different wheezing phenotypes in infancy. Moreover, the analyses stratified for atopy may be useful to clarify the mechanisms of the disease. / Doutorado / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente

Orientador: Zanoni Dias / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-08T13:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Galves_Miguel_M.pdf: 5199577 bytes, checksum: 4d8728b3e0fef3fa3caf69a78187f76a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A pesquisa genomica é de grande interesse para area medica. Por isso o entendimento de como os genes influenciam na aparição de doencas é de grande relevancia para a criação de metodos de diagnostico e criação de drogas apropriadas. A maioria dos genes apresenta uma grande frequencia de variações alelicas, conhecida como polimorfismo. Estas variações podem ser a chave para a predisposição de certos indiv?duos a certas doenças. Dentre os polimorfismos, os SNPs tem uma grande importancia, por representarem cerca de 90% dos polimorfismos encontrados no genoma humano [21]. Neste trabalho iremos estudar tres etapas no processo de detecção e analise de SNPs. A primeira etapa consiste no processo de alinhamento de sequencias de EST e cDNA com DNA genomico. A identificaçãode genes em sequencias de DNA não-caracterizadas é um dos grandes problemas na pesquisa genomica. Os algoritmos tradicionais [45, 55, 83, 84, 106] descrevem metodos para alinhar duas sequencias arbitrarias. Iremos descrever as estrategias de alinhamento de duas sequencias, discutir os metodos existentes para alinhamento de cDNA com DNA genomico e propor um conjunto de coeficientes apropriados a serem usados com os algoritmos classicos para resolver este tipo de alinhamento. A segunda etapa consiste na detecção de SNPs, seja atraves de alinhamentos multiplos ou da analise de cromatogramas. Iremos descrever o funcionamento dos dois metodos citados acima e discutir uma nova metodologia para detectar SNPs em sequencias de v?rus HIV. A terceira etapa consiste em correlacionar SNPs. Sabe-se que a predisposição genetica para muitas doenças não é devido a apenas uma mutação, ou presença ou não de um certo alelo. Em muitos casos, varios SNPs agem em conjunto e aumentam ou não a chance de uma doença se manifestar em um indiv?duo. Assim, é muito importante desenvolver metodos de correlação entre diversos SNPs para se entender como eles interagem entre si. Iremos descrever medidas de correlação e estudar a presença de LDs e LDs multiplos em genes da cana-de-açucar, mapeados pelo projeto SUCEST, e em genes humanos / Abstract: Genomic research is of great interest in the medical field. Therefore, understanding how genes impact the ocurrence of diseases is of significant relevance, so that proper diagnosis can be made and appropriate drugs can be developed. Most genes present great variantion and allele frequency, known as polymorphism. These variantions may be key to understanding the predisposition in individuals to certain diseases. Among polymorhisms, SNPs are of great importance, representing circa 90% of all polymorphism found in the human genome. [21]. For this work, we will study three phases in the process of detecting and analysis of SNPs. The first phase consists in the process of aligning EST sequences and cDNA to genomic DNA. Identiying genes in non-caracterized DNA sequences is one of the challenging problems in genomic research. Traditional algorithms [45, 55, 83, 84, 106] describe methods to align two arbitrary sequences. We shall describe alignment strategies of two sequences, discuss over existing existing methods for aligning cDNA with genomic DNA and propose a set of apropriate coefficients to be used in the classical algorithms to perform this kind of alignment. The seconde phase consists in detecting SNPs, whether through multiple alignments or cromatogram analysis. We shall describe how the two above mentioned methods work and discuss a new methodology to detect SNPs and HIV sequences. The third phase consists of correlating SNPs. It is known that the genetic predisposition for many diseases is not only due to a single mutation, or to the presence or absence of a single allele. In many cases, several SNPs act together and may increase or decrease the chance for a disease to manifest in a individual. Thus, it is very important to develop methods of correlation between SNPs to better understand how they interact. We shall describe correlation measures and study the presence of LD or multiple LDs in sugarcane genes,which were mapped by the SUCEST project, and in human genes / Mestrado / Biologia Computaçional / Mestre em Ciência da Computação

Orientador: Jose Eduardo Tanus dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T15:28:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marroni_AlineSaldanha_M.pdf: 1836719 bytes, checksum: 5a5cf29a17694aeb363b6061e74f525c (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: O óxido nítrico (NO) é um gás solúvel com importantes papéis fisiológicos. Alterações na biodisponibilidade de NO contribuem para o desenvolvimento de vários estados fisiopatológicos, tais como hipertensão arterial, aterosclerose, doença coronariana e hipertensão pulmonar. A importância do NO no controle cardiovascular levou a estudos visando avaliar se polimorfismos do gene da eNOS estão associados com doenças cardiovasculares. Três polimorfismos de interesse clínico do gene da eNOS têm sido estudados: T ?786C na região promotora, 4a/4b no íntron 4 e Glu298Asp no éxon 7. Diversos estudos têm apresentado resultados contraditórios sobre a associação desses polimorfismos com doenças cardiovasculares. Demonstrou-se que numa população dos EUA, estes variantes genéticos apresentam acentuada diferença étnica em sua distribuição. Não se sabe se na população brasileira ocorrem essas mesmas diferenças étnicas na distribuição de variantes da eNOS observadas na população americana. O objetivo desse trabalho foi avaliar a freqüência desses polimorfismos em voluntários diferentes etnicamente (136 negros e 154 brancos) na população brasileira. Também foi estimada a frequência haplotípica e a associação entre os variantes genéticos. A amplificação do DNA genômico foi feita por Reação de Polimerase em Cadeia (PCR) e os genótipos foram determinados por eletroforese em gel de poliacrilamida. O variante Asp298 foi mais comum em brancos (32.8%) que em negros (15.1%)(P<0.004). De modo similar, o variante C-786 foi mais comum em brancos (41.9%) que em negros (19.5%)(P<0.0004). Já o variante 4a foi mais comum em negros (32%) que em brancos (17.9%)(P<0.003). O haplótipo mais comum em ambos grupos étnicos era aquele que combinava os variantes comuns. O segundo haplótipo mais comum em negros incluía o variante 4a e os variantes não polimórficos para os outros dois polimorfismos. Nos indivíduos brancos, entretanto, o segundo haplótipo mais comum incluía os variantes Asp298 e C-786 e o variante comum para o polimorfismo do íntron. Essa acentuada diferença é similar àquela demonstrada na população americana. Esses achados sugerem haver uma consistente diferença interétnica na distribuição desses variantes genéticos da eNOS em negros e brancos da população brasileira. Essas diferenças podem estar associadas às disparidades étnicas observadas com relação às doenças cardiovasculares e resposta a drogas / Abstract: Nitric oxide (NO) is a soluble gas with fundamental physiologic role. Alterations in NO bioavalability contribute to the development of many diseases such as hypertension, atherosclerosis, coronary artery disease and pulmonary hipertension. The pivotal role of NO in the regulation of the cardiovascular system has motivated studies to assess whether polymorphisms in the eNOs gene are associated with cardiovascular diseases. Three specific polymorphisms in the eNOS gene have been widely studied : T-786C in the promoter region, 4a/4b in intron 4 and Glu298Asp in exon 7. Several studies have associated inconsistently these polymorphisms with cardiovascular diseases. In an American population these variants show interethnic differences in their distribution. However, we don?t know whether there are the same differences in the brazilian population. To test this possibility, we examined the distribution of genetic variants in 136 black and 154 white subjects from a Brazilian population. We also estimated the haplotype frequency, and evaluated associations between these variants. The Asp298 variant was more common in in whites (32.8 %) than in blacks (15.1%)(P<0.004). Similarly, the C-786 variant was more common in whites (41.9%) than in blacks (19.5%)(P<0.0004). However, the 4a variant was more common in blacks (32.0%) than in whites (17.9%)(P<0.003). The most common predicted haplotype in both ethnic groups combined only wild type variants. While the second most common haplotype in blacks includes the variant 4a and the wild-type variants for the remaining polymorphisms, the second most common haplotype in whites includes the variants Asp298 and C-786 and the wild-type variant for polymorphism in intron 4. The marked interethnic differences that we found in Brazilians are very similar to that previously reported in Americans. These findings strongly suggest a consistent difference in the distribution of eNOS genetic variants in blacks compared with whites in brazilian population. These findings may explain in part the ethnic disparities in cardiovascular risk and response to drugs / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Carmen Silvia Passos Lima / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-12T08:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sagarra_ReginaAparecidaMartinho_D.pdf: 4367587 bytes, checksum: 8cb3760d80526b8901dd10650326920b (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Já é conhecida a dependência do crescimento, invasão e a disseminação de tumores sólidos na angiogênese, incluindo o carcinoma de ovário (CO). O CO está associado à produção de proteínas estimuladoras da angiogênese, como o fator de crescimento endotelial vascular (VEGF), produto do gene VEGF, e inibidoras da angiogênese, como a endostatina, produto do gene COL18A1. O CO está também associado à exposição da mulher ao estrogênio endógeno, que é metabolizado junto a outros carcinógenos pelas enzimas da família glutationa S-transferase (GSTM1, GSTT1 e GSTP1). Os genes VEGF, COL18A1, GSTM1, GSTT1 e GSTP1 são polimórficos em humanos e foram associados à origem de diferentes cânceres. O objetivo do estudo foi analisar os papéis dos polimorfismos C936T do gene VEGF, D104N do gene COL18A1, GSTM1, GSTT1 e IleVal do gene GSTP1 na ocorrência do CO e de suas associações a aspectos clínicos das pacientes e do tumor. Foram avaliadas 137 pacientes com CO e 137 controles. A genotipagem foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase e digestão enzimática em amostras de sangue periférico. O significado estatístico das diferenças entre grupos foi calculado por meio do teste da probabilidade exata de Fisher ou qui-quadrado e as determinações dos riscos de ocorrência do CO foram obtidas por meio das razões de Odds (RO). Observamos que as freqüências dos genótipos variantes do gene VEGF e do gene GSTP1 foram menores em pacientes do que em controles. Indivíduos com os genótipos variantes estiveram sob menor risco de ocorrência do CO do que aqueles com os genótipos selvagens dos genes. Freqüências similares dos genótipos distintos dos genes COL18A1, GSTM1 e GSTT1 foram observados em pacientes e controles. Entretanto, a freqüência da deleção homozigótica do gene GSTT1 foi maior em pacientes com tumor de estágios avançados do que aquelas com tumores localizados. Esses resultados sugerem que os polimorfismos C936T do gene VEGF e Ile/Val do gene GSTP1 influenciam o risco de ocorrência do CO e a deleção homozigótica do gene GSTT1 influencia a agressividade do tumor em mulheres de nossa região. / Abstract: Angiogenesis has been established as an important factor in human carcinogenesis influencing tumor growth and invasion, including ovarian carcinoma (OC). OC has been associated with angiogenic proteins like vascular endothelial growth factor (VEGF), produced by VEGF gene, and antiangiogenic agents, like endostatin, produced by COL18A1 gene. There is a clear association between the excessive exposure of endogen estrogen metabolized by glutathione S-transferase (GST) family as like others carcinogens. The VEGF, COL18A1, GSTM1, GSTT1 and GSTP1 genes are polymorphic in humans and they have been involved in the development of tumors. It was conducted a case-control study to investigate the importance of the C936T polymorphism VEGF gene, D104N polymorphism COL18A1 gene, GSTM1, GSTT1 and Ile105Val GSTP1 polymorphisms GST genes and the risk of OC. Therefore, the result was related to clinical aspects of the patients and pathological aspects of the tumor. The study included 137 OC patients and 137 healthy controls. The genomic DNA from peripheral blood was analyzed using polymerase chain reaction followed by restriction endonuclease digestion. Cases and controlswere compared using chi-squared test. Odds ratio and 95% confidence interval were calculated by logistic regression analysis. We observed a lower frequency of variants genotypes in OC patients than controls related to VEGF gene (12,5% versus 24,1% respectively) and GSTP1 gene (31,8% versus 44,5%, respectively). Women with the variants genotypes were under lower risk of OC when compared to those with the wild genotype related to VEGF gene (P= 0,01) and GSTP1 gene (P= 0,02). Similar frequencies of COL18A1 gene, GSTM1 and GSTT1 genes were seen in patients and controls. However, the homozygous deletion frequency of the GSTT1 was higher in advanced tumors patients rather than early stages. This result suggests that C936T polymorphism of VEGF gene and Ile/Val polymorphism of GSTP1 gene are associated with OC risk and homozygous deletion of the GSTT1 is associated with the aggressiveness of the tumor in women at our region. / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Jose Eduardo Tanus dos Santos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-12T08:46:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rezende_VaniaBraghinide_M.pdf: 3064536 bytes, checksum: de50c064d7a27c30aff305d7d7bbaa05 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: O receptor da vitamina D (VDR) possui um importante papel na toxicidade do chumbo (Pb). Poucos trabalhos avaliaram o efeito dos polimorfismos VDR sobre as concentrações circulantes do metal em populações expostas ambientalmente. Além disso, nenhum estudo avaliou o efeito da combinação desses polimorfismos (haplótipos) sobre os mesmos parâmetros. A análise de haplótipos (combinação de marcadores genéticos dentro de uma determinada região no cromossomo) tem demonstrado ser uma melhor ferramenta em comparação com a análise de polimorfismos (SNPs) vistos isoladamente. Nesse estudo, avaliamos o efeito dos haplótipos estimados a partir dos polimorfismos BsmI , ApaI e FokI do VDR sobre os níveis de Pb-S (chumbo no sangue), Pb-P (chumbo no plasma) e na fração %Pb-P/Pb-S (chumbo no plasma/chumbo no sangue) em 150 voluntários expostos ambientalmente ao chumbo (65 homens e 85 mulheres; idade: 18 a 57 anos). Os genótipos para todos os polimorfismos do VDR foram determinados por PCR seguido por digestão com enzimas de restrição (RFLP). Pb-P e Pb-S foram determinados por espectrometria de massas com plasma indutivamente acoplado (ICP-MS) e espectrometria de absorção atômica com forno de grafite, respectivamente. Os resultados mostraram que os polimorfismos do VDR estão associados às concentrações de Pb circulantes e que o haplótipo H8, formado pelos alelos a, b e f, está associado com menores concentrações de Pb-S, Pb-P e %Pb-P/Pb-S. Estes achados podem apresentar importantes implicações toxicogenéticas, sendo necessários estudos posteriores para elucidar os mecanismos responsáveis por tais efeitos. / Abstract: The Vitamin D Receptor (VDR) plays an important role in the toxicity of lead (Pb). Genetic factors, i.e polymorphisms, influence blood lead (Pb-B) concentrations in lead exposed subjects. However, only a few research studies have evaluated the effect of VDR polymorphism on the lead concentration in environmentally. Also, no studies have evaluated the combinatorial effect of these polymorphisms on the same parameters. The haplotype analysis (combination of genetic indicators in a certain region of the chromossome) has been shown to be a better tool if compared with the analyses of single polymorphisms. This study aimed at examining the combined effects (haplotype analysis) of three polymorphisms (BsmI , ApaI and FokI) in vitamin D receptor ( VDR) gene on Pb-B and on the concentrations of lead in plasma (Pb-P), which is more relevant to lead toxicity, in 150 environmentally exposed subjects (65 mens and 85 women). Genotypes were determined by RFLP, and Pb-P and Pb-B were determined by inductively coupled plasma mass spectrometry and by graphite furnace atomic absorption spectrometry, respectively. Subjects with the bb (BsmI ) or ff (FokI) genotypes have lower B-Pb than subjects in the other genotype groups. Subjects with the aa (ApaI ) or ff genotypes have lower P-Pb than subjects in the other genotype groups. Lower Pb-P, Pb-B, and %Pb-P/Pb-B levels were found in subjects with the haplotype combining the a, b, and f alleles for the ApaI , BsmI , and FokI polymorphisms, respectively, compared with the other haplotype groups. These findings may have important toxicogenetic implications and their molecular basis needs to be addressed in further studies. / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Carmen Sílvia Bertuzzo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-22T19:39:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcelino_AlineRobertaBariani_M.pdf: 1077026 bytes, checksum: b7315e705aba4125ea2a4e2574a78b6b (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A Fibrose Cística (FC) é uma doença autossômica recessiva causada por mutações no gene CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) que acarretam em defeito ou na ausência da proteína por ele sintetizada. A CFTR, produto deste gene é uma proteína canal, localizada na membrana apical das células, responsável pela condução de íons cloreto. As mutações levam à ausência da proteína CFTR ou a alteração qualitativa/quantitativa da proteína, que acarreta no desequilíbrio osmótico entre os meios intra e extracelular. Como consequência há a ocorrência de muco viscoso e de difícil excreção nos pulmões e obstrução dos ductos pancreáticos, afetando desta forma o sistema respiratório e digestório. São conhecidas mais de 1.900 mutações no gene CFTR, sendo que mesmo em pacientes com mutações iguais como a F508del - com alta prevalência na população brasileira - há divergência entre os fenótipos observados. Dessa forma, o genótipo CFTR parece não ser determinante na modulação da gravidade clínica, uma vez que, indivíduos com mesmo genótipo CFTR apresentam manifestações clínicas diferentes. Outros genes, diferentes do CFTR foram associados à gravidade clínica dos pacientes, revelando que os produtos por eles expressos exercem algum tipo de ação modificadora do fenótipo da FC. Tais genes foram denominados modificadores e atuam em fatores secundários relacionados à evolução do quadro clínico, como a articulação do sistema imune. Os genes COX2 e IFRD1, com ação importante no sistema imune e no recrutamento de células de defesa foram identificados como modificadores da FC em estudos prévios realizados em uma população diferente da brasileira. No presente estudo, os polimorfismos -765G>C e 8473T>C no gene COX2 e 57460C>T no gene IFRD1, candidatos a modificadores, foram identificados nos pacientes e um estudo de associação genótipo-fenótipo foi conduzido a fim de verificar a ação moduladora de tais polimorfismos nos pacientes estudados. Nenhuma associação foi encontrada, exceto para o íleo meconial (p=0,028 - em pacientes com duas mutações identificadas no gene CFTR pertencentes à classe I, II e III) e para a polipose nasal (p=0,022 - em pacientes sem considerar o genótipo CFTR) para o polimorfismo 8473T>C no gene COX2 / Abstract: Cystic fibrosis (CF) is an autosomal recessive disease caused by CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) gene mutations that lead to defective polypeptide or lack of the protein CFTR. The CFTR is a channel protein located in the apical cells membrane, responsible for chloride ions conductance. The mutations lead to an osmotic disequilibrium between intra and extracellular mediums, which causes viscous mucus production that is hard to be eliminated from lungs and pancreatic ducts, affecting, this way, respiratory and digestive systems. More than 1,900 CFTR different mutations are known, and even patients that carries identical mutations as F508del - the most common one in Brazilian population - shows a great discrepancy between the phenotypes that are observed. Thus, CFTR genotype seems not to be crucial in disease clinical course modulation, once different subjects carrying the same CFTR mutations reveal distinctive clinical manifestations. Genes besides CFTR were associated to CF patients clinical manifestation, revealing that the molecules they express have some kind of modifier activity in CF phenotype. Such genes were labeled as modifier genes and they act in secondary factors related to clinical course evolution as immune system response. The genes COX2 and IFRD1 have an important role in immune system and defense cell recruitment and they were identified as CF modifiers in previous studies that analyzed different population from the Brazilian one. In this current study, the polymorphisms -765G>C, 8473T>C and 57460C>T located in these genes were identified in our patients and association genotype-phenotype were carried out in order to verify the modulator activity of such variants in the studied casuistic. There was not found association, except for meconium ileus (p=0,028 - in patients with two CFTR mutations from class I, II and III) and for nasal polyposis (p=0,022 - in patients whose CFTR genotype was not considered) to 8473T>C polymorphism in COX2 gene / Mestrado / Ciencias Biomedicas / Mestre em Ciências Médicas

Orientadores: Ricardo Della Coletta, Hercilio Martelli Junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-27T01:12:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Machado_RenatoAssis_M.pdf: 2319116 bytes, checksum: 2480e205308914fde4162ec2f1c7c657 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: O desenvolvimento craniofacial envolve uma série de eventos altamente coordenados e variações polimórficas nos genes que controlam estes eventos podem afetar a morfogênese labial e palatina, resultando nas fissuras do lábio e/ou palato não-sindrômicas (FL/PNS). O objetivo do presente estudo foi verificar a associação dos polimorfismos em genes relacionados ao desenvolvimento craniofacial, HOXD1 (rs1374326), TNP1 (rs748044), MSX1 (rs1106514), TCOF1 (rs15251, rs2569062, rs28372960), FGFR1 (rs7829058), COL2A1 (rs1793949), WNT3 (rs11653738) e TIMP3 (rs242082), na susceptibilidade das FL/PNS em uma população brasileira. Para verificar a associação destes polimorfismos, este estudo associou o teste de desequilíbrio de transmissão (TDT) com a análise caso-controle com correção de variações genéticas de ancestralidade em uma amostra composta de 189 trios com fissura labial com ou sem fissura palatina não-sindrômica (FL±PNS), 107 trios com fissura palatina não-sindrômica (FPNS), 318 amostras isoladas de pacientes com FL±PNS, 189 amostras isoladas de pacientes com FPNS e 599 controles. Todos os polimorfismos foram inicialmente analisados por TDT e as associações significantes foram confirmadas na análise caso-controle. Os polimorfismos rs28372960 e rs7829058 foram transmitidos de maneira significante dos genitores para os pacientes com FL±PNS (p=0,04), assim como os polimorfismos rs1374326 e rs11653738 nos trios com FPNS (p=0,04). Contudo, o estudo caso-controle não confirmou tais associações. O haplótipo C-C-T formado pelos polimorfismos rs15251, rs2569062 e rs28372960 no gene TCOF1 foi significantemente mais comum nos pacientes com FL±PNS em comparação com o grupo controle (p=0,01). Frente as modestas associações, nossos resultados não suportam a hipótese de que variantes estudadas nos genes HOXD1, TNP1, MSX1, TCOF1, FGFR1, COL2A1, WNT3 e TIMP3 são fatores de risco para FL/PNS em uma população brasileira / Abstract: The craniofacial development involves a series of highly coordinated events, and polymorphic variations in genes that control these events can affect the morphogenesis of the lip and palate, resulting in the non-syndromic cleft lip and/or palate (NSCL/P). The aim of present study was to verify the association of polymorphisms in genes related to craniofacial development, HOXD1 (rs1374326), TNP1 (rs748044), MSX1 (rs1106514), TCOF1 (rs15251, rs2569062, rs28372960), FGFR1 (rs7829058), COL2A1 (rs1793949), WNT3 (rs11653738) and TIMP3 (rs242082), in the susceptibility of NSCL/P in a Brazilian population. To verify the association of those polymorphisms, the study associated the transmission disequilibrium test (TDT) and a structured case-control analysis based on the individual ancestry proportions in a sample composed of 189 case-parent trios of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL±P), 107 case-parent trios of non-syndromic cleft palate (NSCP), 318 isolated samples of NSCL±P, 189 isolated samples of NSCP and 599 healthy controls. All polymorphisms were initially evaluated by TDT, and significant associations were valitaded in a case-control analysis. A significant overtransmission of rs28372960 and rs7829058 polymorphisms in NSCL±P trios was observed (p=0.04), as well as the rs1374326 and rs11653738 polymorphisms in NSCP trios (p=0.04). However, the structured case-control analysis did not confirm those associations. The haplotype C-C-T formed by rs15251, rs2569062 and rs28372960 polymorphisms in TCOF1 gene was significantly more frequent in patients with NSCL±P in comparison with the control group (p=0.01). With the modest associations, our results do not support the hypothesis that HOXD1, TNP1, MSX1, TCOF1, FGFR1, COL2A1, WNT3 and TIMP3 variants are risk factors for NSCL/P in a Brazilian population / Mestrado / Patologia / Mestre em Estomatopatologia

Orientadores: Eliana Cotta de Faria, Daniel Zanetti Scherrer / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-27T08:40:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_IsabelaCalanca_M.pdf: 2013538 bytes, checksum: 1da69ffe7e1902f9886b224c58868207 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: As doenças cardiovasculares (DCV) são as principais causas de morte no Brasil e no mundo. Reduções no colesterol da lipoproteína de alta densidade (HDL-C) estão associadas à DCV aterosclerótica. A lipase hepática (LH) é uma serina esterase que hidrolisa triglicérides e fosfolípides das lipoproteínas plasmáticas e facilita a ligação destas aos receptores celulares, e tem efeitos pró e anti-aterogênicos. O polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) do promotor do gene da LH (LIPC) -250G/A (rs2070895) reduz a sua atividade e aumenta as concentrações de HDL-C, entretanto seu efeito sobre a DCV é controverso. Este estudo foi realizado para identificar as relações entre este SNP e a aterosclerose carotídea, atividade da LH, lípides plasmáticos, apolipoproteína A-I (apo A-I) e parâmetros do transporte reverso de colesterol (TRC). Um total de 285 voluntários normolipidêmicos e assintomáticos participaram do trabalho. O SNP foi detectado na plataforma TaqMan® OpenArray® Real Time PCR. A espessura da camada íntimo-medial das artérias carótidas (cIMT) e a presença de placas ateroscleróticas foram determinadas por ultrassonografia modo-?. As frequências genotípicas foram 44%, 41% e 15% para indivíduos GG, GA e AA, respectivamente. Os grupos de genótipos não diferiram significativamente para sexo, idade, índice de massa corpórea, circunferência de cintura e pressão arterial diastólica e sistólica. Não foram observadas variações para cIMT, mas a proporção entre indivíduos com placas e sem placas foi 3,5 vezes maior em AA do que em GG (p?0,05). A análise de regressão linear multivariada demonstrou associações positivas do genótipo AA com HDL-C, tamanho da partícula de HDL e atividade da lipoproteína lipase (LPL), além da relação inversa com a atividade da LH. A análise de regressão logística mostrou que o risco de desenvolvimento de placas aumentou em indivíduos portadores do alelo A em relação ao alelo G (OR=3,9; IC95% = 1,54-10,33; p?0.004), apesar de maiores concentrações de HDL-C, tamanho de HDL e apo A-I, após ajuste para a idade e sexo. As atividades da LH e da lecitina: colesterol aciltransferase (LCAT) endógena reduziram-se (38 e 19%, respectivamente) e a LPL aumentou em 30% (AA x GG). Em conjunto, esses resultados fornecem evidências de que o alelo A é associado com a aterosclerose carotídea em indivíduos aparentemente saudáveis e de baixo risco, o que levanta a questão deste SNP poder ser um marcador de DCV utilizado para medidas de sua prevenção e tratamento / Abstract: Cardiovascular diseases (CVD) are the leading causes of death in Brazil and worldwide. Reductions in high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C) levels are associated with atherosclerotic CVD. Hepatic lipase (HL) is a serine esterase which hydrolyzes triglycerides and phospholipids of plasma lipoproteins, facilitates their binding to cellular receptors and has pro and antiatherogenic effects. The single nucleotide polymorphism (SNP) of the HL gene promoter (LIPC) -250G/A (rs2070895) reduces the activity of HL and increases HDL-C levels, but its effect on CVD is controversial. This study was conducted to identify the relationships between this SNP and carotid atherosclerosis, HL, plasma lipids, apolipoprotein A-I (apo A-I) and reverse cholesterol transport (RCT) parameters. A total of 285 asymptomatic and normolipidemic volunteers participated in the study. SNP detection was performed in the TaqMan® OpenArray® Real Time PCR Plataform. Carotid intima-media thickness (cIMT) and the presence of atherosclerotic plaques were determined by ?-mode ultrasound. Genotype frequencies were equal to 44%, 41% and 15% for GG, GA and AA individuals, respectively. The genotype groups did not differ significantly for sex, age, body mass index, waist circumference and systolic and diastolic blood pressure. No variations were observed for cIMT, but the proportion of individuals with plaques to without plaques was 3.5 times higher in AA than in GG (p?0.05). Multivariate linear regression analysis showed positive associations of AA genotype with HDL-C, HDL size and activity of lipoprotein lipase (LPL) and an inverse relationship with HL activity. The logistic regression analysis showed an increased risk of development of plaques in individuals with A allele as compared with G (OR=3.9; 95%CI=1.54-10.33; p?0.004) despite the increases in HDL-C, HDL size and apo A-I, after adjustment for age and sex. HL and endogenous lecithin: cholesterol acyltransferase (LCAT) were reduced by 38 and 19% respectively, and LPL increased by 30% (AA x GG). Together, these results provide evidence that the A allele is associated with carotid atherosclerosis in apparently healthy and low-risk individuals, which raises the question of this SNP as a CVD marker for preventive and treatment efforts / Mestrado / Clinica Medica / Mestra em Ciências

Orientador: Mônica Barbosa de Melo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-28T01:54:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hirata_FabioEndo_M.pdf: 1885791 bytes, checksum: ccde99235ea9bbbcda8608e4c5aaf996 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: Introdução: A degeneração macular relacionada à idade (DMRI) é uma doença crônica degenerativa que afeta a área macular da retina causando diminuição da visão central. É a causa mais comum de perda visual irreversível nos países desenvolvidos. A DMRI é caracterizada pela presença de drusas, anormalidades do epitélio pigmentar da retina (EPR), atrofia geográfica, descolamento do EPR, neovascularização de coróide e cicatriz disciforme. Sua etiologia permanece pouco esclarecida, entretanto fatores genéticos associados a fatores ambientais possuem papel na etiologia e na progressão da doença. Dentre as variações gênicas, uma associação entre o polimorfismo Ala69Ser do gene LOC387715/ARMS2 ( rs10490924 C/T ) e o desenvolvimento da DMRI tem sido relatada em diferentes populações. Objetivo: O objetivo deste estudo foi avaliar se o polimorfismo rs10490924 está associado com a DMRI em uma amostra da população brasileira. Métodos: Cento e vinte e seis pacientes, sem parentesco, com DMRI (idade média de 74,17 ± 7,64) foram comparados com 86 controles saudáveis (idade média 71,82 ± 7,12). Os sujeitos do estudo foram classificados de acordo com o tipo de DMRI em DMRI seca e DMRI exsudativa. O polimorfismo LOC387715/ARMS2 rs10490924 foi avaliado através da reação em cadeia da polimerase e sequenciamento direto. Resultados: A frequência do alelo T foi significativamente maior em pacientes com DMRI do que nos controles (39,6% em comparação com 20,3%, p = 0,00002). O odds ratio (OR) para DMRI foi de 2,05 (IC95 % 1,09-3,89 ) para os heterozigotos (TG) e 8,45 ( IC95 % 2,21-37,82 ) para homozigotos (TT). Conclusões: Os resultados sugerem que há uma contribuição do SNP rs10490924 do gene LOC387715/ARMS2 para susceptibilidade à DMRI nesta amostra da população brasileira / Abstract: Introduction: Age-related macular degeneration (AMD) is a chronic degenerative disease that affects the macular area causing decreased central vision. It is the most common cause of irreversible vision loss in developed countries. It is characterized by the presence of drusen, abnormalities of the retinal pigment epithelium (RPE), geographic atrophy, RPE detachment, choroidal neovascularization, and disciform scar. The etiology of AMD remains poorly understood, but genetic factors associated with environmental factors have a role in the etiology and progression of the disease. Among the analyzed genetic variations, an association between LOC387715/ARMS2 (rs10490924) gene polymorphism and AMD has been reported in different populations. Purpose: The aim of this study was to evaluate whether this polymorphism is associated with AMD in a Brazilian cohort. Methods: A hundred and twenty six unrelated AMD patients (mean age 74.17 ± 7.64) were compared with 86 healthy controls (mean age 71.82 ± 7.12). Study subjects were classified according to the type of AMD in dry and wet AMD. The LOC387715/ARMS2 rs10490924 polymorphism was evaluated through polymerase chain reaction and direct sequencing. Results: The T allele frequency was significantly higher in AMD patients than controls (39.6% compared to 20.3%, p = 0,00002). The odds ratio (OR) for AMD was 2.05 (CI95% 1.09-3.89) for heterozygotes (TG) and 8.45 (CI95% 2.21-37.82) for homozygotes (TT). Conclusions: These results suggest that there is a contribution of the rs10490924 SNP of the LOC387715/ARMS2 gene to AMD susceptibility in this sample of Brazilian population / Mestrado / Oftalmologia / Mestre em Ciências Médicas

Orientador: Mary Massumi Itoyama / Banca: Carlos Eugênio Cavasini / Banca: Adriana Coletto Morales / Resumo: O percevejo Pachycoris torridus (Scopoli 1772) é considerado praga de grande importância agrícola. Por ser uma espécie fitófaga e polífaga seus registros já foram confirmados em diferentes cultivos, entretanto seus ataques à cultura do pinhão manso (Jatropha curcas L), planta que possui em suas sementes uma importante fonte de matéria prima para a produção do biodiesel, são os responsáveis pelo seu valor agrícola. Para complementar as informações referentes a este percevejo, inicialmente realizamos a caracterização da sua distribuição geográfica no Brasil e relatamos a sua ocorrência no Noroeste do Estado de São Paulo, ampliamos assim as informações referentes à sua distribuição. Por haver vários trabalhos de descrição dos padrões desta espécie, realizamos um checklist de todos os padrões descritos e descrevemos três novos, completando uma lista com 30 padrões cromáticos, auxiliando na taxonomia desta espécie, a qual já foi descrita oito vezes como nova. Descrevemos também que o desenvolvimento dos padrões cromáticos na espécie é gradual e que o alto polimorfismo de P. torridus possivelmente é um comportamento aposemático. A partir da técnica de Banda C, realizamos a descrição da homogeneidade cromossomal nos diferentes padrões de cores do percevejo. Com a utilização dos marcadores moleculares COI, 28S e 16S concatenados, realizamos a caracterização genética de P. torridus, verificamos que devido à sua alta variabilidade genética existem vários padrões genéticos resultando no mesmo fenótipo. A partir da análise populacional com o marcador mitocondrial COI foi realizada a caracterização dos haplótipos, onde verificamos a estruturação da espécie, o seu alto grau de variabilidade genética e sua recente expansão populacional associada à ampliação do plantio de pinhão manso, assim fornecemos informações inéditas... / Abstract: The stink bug Pachycoris torridus (Scopoli 1772) is considered a pest of great agricultural importance. For being polyphagous and phytophagous your records have already been confirmed in different cultures, however their attacks on culture of physic nut (Jatropha curcas L), plant which has in its seeds an important source of raw material for the production of biodiesel, are responsible for their agricultural value. For additional information regarding this bug, initially we performed the characterization of its geographical distribution in Brazil and report its occurrence in the Northwest of the state of São Paulo, thus expanding the information related to their distribution. By having several studies of description of patterns of this species, we performed a checklist of all patterns described and we describe three new, completing the list with 30 chromatic patterns, assisting in the taxonomy of this species, which was already described eight times as a new species. We also described that the development of color patterns in this species is gradual and that the high polymorphism of P. torridus is possibly one aposematic behavior. From the C-band technique, we perform the description of chromosomal homogeneity in different color patterns of the stink bug. With the use of molecular markers COI, 28S and 16S concatenated, we performed the genetic characterization of de P. torridus, and we verified that due to its high genetic variability there are several genetic patterns resulting in the same phenotype. From the population analysis with the mitochondrial marker COI was performed the characterization of haplotype, verifying the structure of the species, its high degree of genetic variability and its recent populational expansion associated with expanding the planting of physic nut, thus we provide new information about this bug, that stands out among the most polyphagous ... / Mestre