Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2007. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 54-62).

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 122-136).

Thesis (Ph. D.)--University of Washington, 2006. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 69-76).

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:14Z : No. of bitstreams: 1 000855292.pdf: 996418 bytes, checksum: 78d12243dc2c5e995020a335683235aa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ...

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Iara Del Pilar Solar Diaz / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Wilson Malago Junior / Resumo: Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A variabilidade individual no temperamento dos bovinos é um importante fator que afeta a rentabilidade das empresas pecuárias, em função dos efeitos negativos na produção, no bem-estar animal e na segurança do trabalhador. Assim, esta característica vem despertando interesse crescente de produtores e pesquisadores, com o objetivo de entender quais os fatores genéticos e ambientais que influenciam a expressão do temperamento e os efeitos sobre o desempenho dos bovinos. Desta forma, esta tese foi desenvolvida com o objetivo de estudar a associação genômica entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com diferentes indicadores do temperamento de bovinos da raça Nelore. Os objetivos específicos foram: 1) Estudar a associação genômica entre SNP e diferentes indicadores de temperamento; 2) Avaliar a existência de regiões do genoma associadas, simultaneamente, com distintos indicadores de temperamento; 3) Identificar genes e as respectivas funções biológicas que influenciam o temperamento e; 4) Estimar parâmetros genéticos para os diferentes testes de temperamento incluindo a informação genômica. O temperamento dos bovinos foi avaliado entre 2010 e 2015, durante o manejo de pesagem aos 18 meses de idade, utilizando os seguintes indicadores: 1) escore de movimentação (MOV); 2) escore de tensão (TENS); 3) escore de agitação no tronco de contenção (CS); 4) velocidade de fuga (VF) e; 5) escore de temperamento (ET). Os animais foram genotipados utilizando painel de alta densidade com ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The individual variability on cattle temperament is an important factor affecting the profitability of beef cattle enterprises, due to its adverse effects in production, animal welfare and labor safety. Thus, this characteristic has increasing interest of producers and researchers, who aim to understand the genetic and environmental factors affecting the expression of temperament and its effect on cattle performance. Thus, the objective of this thesis was to study the genomic association between single nucleotide polymorphisms (SNP) and temperament indicators of Nellore cattle. The specific objectives were: 1) Study the genomic association between SNP and different indicators of temperament; 2) Assess the existence of genomic regions associated, simultaneously, with distinct temperament indicators; 3) Identify genes and their biological functions that influences temperament and; 4) Estimate genetic parameters for different temperament indicators using genomic information. The temperament was evaluated between 2010 and 2015, during the weighing handling at 18 months of age, using the following indicators: 1) movement score (MOV); 2) tension score (TENS); 3) crush score (CS); 4) flight speed (FS) and; 5) temperament score (TS). The animals were genotyped using a panel with 777,962 SNP (Illumina BovineHD Beadchip). All analyses to estimate variance components and genetic parameters, as well as the genome-wide association study (GWAS), were performed using a single-step procedure... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Adiponectina é um hormônio produzido e secretado em abundância pelo tecido adiposo, que regula o metabolismo melhorando a sensibilidade à insulina pela sua ação hepática e muscular. Diferentemente dos outros hormônios do tecido adiposo, seus níveis séricos diminuem à medida que aumenta a adiposidade e são inversamente correlacionados com a obesidade, resistência à insulina e síndrome metabólica. Variações no gene da adiponectina foram associadas a níveis de adiponectina, resistência à insulina e risco de diabetes. O objetivo deste estudo foi avaliar os níveis de adiponectina e as variantes no gene da adiponectina em crianças e adolescentes obesos e sem obesidade e correlacionar os achados às características antropométricas e metabólicas. Níveis de adiponectina sérica foram mais baixos em obesos e em indivíduos púberes. Em não obesos, os níveis de adiponectina a correlacionaram-se negativamente com a adiposidade, entretanto nos obesos, a resistência à insulina e o desenvolvimento puberal foram os fatores de diminuição dos níveis de adiponectina. Independentemente da adiposidade, da resistência à insulina e da puberdade, menores níveis de adiponectina (abaixo de 10g/mL) correlacionaram-se com maior risco de hipertrigliceridemia, baixo HDLC e síndrome metabólica. Na análise do gene da adiponectina foram identificados os SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) na região promotora, +45T>G (rs22411766) no exon 2, +349A>G (rs6773957) no intron 2, Y111H (rs17366743) e a mutação G90S no exon 3. O SNP-11391G>A estava em desequilíbrio de ligação de Hardy-Weinberg. As variantes Y111H e G90S estavam em forte desequilíbrio de ligação com SNP-11377C>G e G90S com SNP+45T>G. Foi observada associação do alelo G do SNP-11377 a maior adiposidade central e menores níveis séricos de glicose. Após construção dos haplótipos com os SNPs -11377C>G, +45T>G e +349A>G observou-se que a presença do alelo G do SNP-11377T>G associou-se a maior obesidade (GTA vs CTA) , enquanto que a presença dos alelos recessivos dos outros SNPs diminuiu essa associação (GTA vs GGG). Na presença do alelo G do SNP+349A>G (CTG vs CTA), foi observada maior freqüência de indivíduos hipertensos, entretanto a associação dos alelos recessivos dos SNPs -11377C>G e +45T>G (CTG vs GGG) diminuiu a freqüência de hipertensão. Os resultados do presente estudo demonstram que níveis de adiponectina diferem em crianças e adolescentes dependendo do grau de adiposidade e puberdade e que níveis mais baixos estão associados às alterações metabólicas de maior risco cardiovascular na obesidade. Variantes no gene da adiponectina podem estar em desequilíbrio de ligação com um SNP funcional ou um pool gênico responsável por maior risco de obesidade e desenvolvimento de alterações metabólicas relacionadas ao aumento da adiposidade / Adiponectin, present in high concentrations in blood circulation is produced in adipocytes. Adiponectin regulates insulin sensibility acting in liver and muscle. Plasma adiponectin decreases as adiposity increases and are inversely related to insulin resistance and metabolic syndrome. Variants in the adiponectin encoding gene have been associated with adiponectin levels, insulin resistance and type 2 diabetes. The aim of this study was to evaluate adiponectin levels, identify variants in the adiponectin gene and determine the relationship between adiponectin levels, genetic variances and anthropometric and metabolic features in obese and non-obese children and adolescents. We found lower adiponectin levels in obese and pubertal individuals. Adiponectin was inversely correlated to adiposity in non-obese. Instead, in obese youngsters, adiponectin levels were negatively associated to insulin resistance and pubertal state. Independent of adiposity, insulin resistance and pubertal stage, lower adiponectin levels (under 10g/mL) were related to lower HDLC, higher triglycerides and higher risk of having metabolic syndrome. We have identified 6 variants in adiponectin gene: SNPs -11391G>A (rs17300539), -11377C>G (rs822387) in promoter region, SNP+45T>G (rs22411766) in exon 2, SNP+349A>G (rs6773957) in intron 2 and SNP Y111H (rs17366743) and G90S mutation in exon 3. We found strong linkage disequilibrium between variant Y111H and -11377C>G SNP and between G90S mutation and -11377C>G and +45T>G SNPs. We detected an association between -11377C>G G allele and higher central adiposity and lower glucose levels. Haplotypes were constructed using the SNPs -11377C>G, +45T>G and +349A>G, and the results showed an association between -11377SNP G allele presence and higher adiposity (GTA vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs +45T>G and +349A>G was associated to a lower adiposity (GTA vs GGG). Hypertension was more frequent in the presence of +349A>G G allele (CTG vs CTA), whereas the presence of the recessive alleles of SNPs -11377 and +45T>G (CTG vs GGG) was not associated to hypertension. This study suggests that adiponectin levels, in Brazilian children and adolescents, depends on degree of adiposity and pubertal stage and that lower adiponectin concentrations are associated to altered metabolic features and higher cardiovascular risk. Variants in the adiponectin encoding gene can be in linkage disequilibrium with susceptibility regions responsible to higher risk of obesity and metabolic related features

Orientador: Célia Marisa Rizzatti Barbosa / Tese (Doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-21T22:52:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Meloto_CarolinaBeraldo_D.pdf: 1035478 bytes, checksum: c619d52bbc7d2858940483c9c5fc660e (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Catecolamina-O-metiltransferase (COMT) é uma enzima com amplas funções biológicas, inclusive a modulação da dor, exercidas através da metabolização de substratos como a dopamina, adrenalina, e noradrenalina. Já é sabido que a atividade da COMT é geneticamente polimórfica em humanos, e se correlaciona com a percepção individual da dor e eficiência na sua remissão entre pacientes com disfunção temporomandibular (DTM) tratados com propranolol. Por isso, nosso primeiro objetivo foi investigar novos polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) que pudessem marcar para este benefício. De fato, encontramos um novo SNP, rs165774 (G>A), que se mostrou associado à DTM ou fenótipos intermediários em duas coortes diferentes. Este polimorfismo, por sua vez, se localiza em proximidade a um segundo SNP, rs165895 (T>C), ambos na região 3' não traduzida (3'UTR) de um mRNA alternativo da COMT ainda não caracterizado. Assim, também foi nossos objetivos (i) verificar a expressão deste transcrito em diferentes tecidos humanos e linhas de células, rastreando-o por RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predizer a estrutura cristalina da enzima codificada por ele, através de modelagem pelo método dinâmico molecular discreto; (iii) expressá-lo em um sistema celular e comparar sua expressão relativa e atividade enzimática às da isoforma convencional, determinando-as por RT-PCR e HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectivamente; e (iv) verificar os efeitos dos SNPs rs165774 e rs165895 sobre este transcrito, criando-se diferentes mutantes por mutação sítio-dirigida e observando seus efeitos sobre a expressão relativa e atividade enzimática. Nossos resultados mostraram que (i) o transcrito alternativo da COMT é expresso em diferentes tecidos humanos e sistemas celulares; (ii) a estrutura cristalina de sua enzima exibe uma região C-terminal único que é distinta da isoforma convencional; e que este transcrito é (iii) menos relativamente expresso e sua enzima menos ativa que o transcrito e a enzima convencionais, respectivamente, e (iv) sofre regulação em nível transcricional pelos SNPs rs165774 e rs165895. Com este estudo, pudemos concluir que o SNP rs165774 é um forte marcador genético para DTM; que juntamente com o SNP rs165895, localizam-se na região 3'UTR de uma forma alternativa de mRNA da COMT que, pela primeira vez, provou ser capaz de codificar para uma isoforma alternativa da enzima que exibe atividade enzimática; e que esta isoforma alternativa de mRNA da COMT sofre efeitos regulatórios, em nível transcricional, causados por ambos os SNPs / Abstract: Catecolamine-O-methyltransferase (COMT) is an enzyme with broad biological functions, including pain modulation, exerted through metabolization of substrates such as dopamine, epinephrine, and norepinephrine. It is well known that COMT activity is genetically polymorphic in humans, and correlates to individual pain perception and efficiency in its remission among temporomandibular disorder (TMD) patients treated with propranolol. Thus, our first aim was to investigate new single nucleotide polymorphism (SNP) that might mark for this benefit. Indeed, we have found a new SNP, rs165774 (G>A), that was associated with TMD or intermediate phenotypes in two different cohorts. This polymorphism, in turn, is in close proximity to a second SNP, rs165895 (T>C), both in the 3' untranslated region (3'UTR) of an alternative COMT mRNA that has not yet been characterized. Therefore, we also aimed to (i) verify the expression of this transcript in different human tissues and cell systems, tracking it through RT-PCR (Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction); (ii) predict the crystalline structure of the enzyme encoded by it, modeling it with discrete molecular dynamics; (iii) express it in a cell system and compare its relative expression and enzymatic activity to the conventional isoform, using RT-PCR and HPLC (High Performance Liquid Chromatography), respectively; and (iv) verify the effects of SNPs rs165774 and rs165895 on the transcript, creating different mutants by site-directed mutagenesis and observing their effects on the relative expression and enzymatic activity. Our findings show that (i) the alternative COMT transcript is expressed in different human tissues and cell systems; (ii) the crystalline structure of its enzyme exhibits a unique C-terminus that is distinct from the conventional isoform; and that this transcript is (iii) less relatively expressed and its enzyme is less active than the conventional transcript and enzyme, respectively, and (iv) is regulated, at transcriptional level, by the SNPs rs165774 e rs165895. With this study, we conclude that SNP SNPs rs165774 is a strong genetic marker for TMD; that along with SNPs rs165895, they are located in the 3'UTR of an alternative COMT mRNA which proved, for the first time, to be able of encoding an alternative isoform of the enzyme that exhibits enzymatic activity; and that this alternative COMT mRNA is regulated, at transcriptional level, by both SNPs / Doutorado / Protese Dental / Doutora em Clínica Odontológica

Orientador: José Eduardo Tanus dos Santos / Texto em Português e Inglês / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T01:17:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mansur_ThiagodeOliveiraSantos_M.pdf: 2436576 bytes, checksum: 758101c18ea505521a064b2102236380 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A migrânea é uma cefaléia primária episódica com incidência mundial de 10% e alto impacto socioeconômico, afetando predominantemente as mulheres. Em 30% dos casos, as crises de migrânea são acompanhadas por sintomas neurológicos focais que caracterizam o fenômeno da aura. A fisiopatologia da migrânea continua sob investigação. Todavia, acredita-se tratar de um distúrbio neurovascular no qual a ativação de fibras aferentes do sistema trigeminovascular (TGVS) e a consequente liberação de óxido nítrico (NO) levariam à vasodilatação e neurotransmissão da dor durante a crise de migrânea. A formação de NO é atribuída à atividade de três isoformas de NO sintases (NOS): endotelial, neuronal e induzível, respectivamente eNOS, nNOS e iNOS e os genes que codificam tais enzimas exibem polimorfismos. Dessa forma, acredita-se que tais polimorfismos poderiam estar envolvidos na susceptibilidade à migrânea. No presente trabalho foi testada a hipótese de que dois polimorfismos clinicamente importantes no gene da iNOS: C-1026A (rs2779249) e G2087A (rs2297518) bem como a combinação de seus alelos em haplótipos estariam associados com a susceptibilidade à migrânea com e sem aura. Para tanto, foram estudadas 142 mulheres saudáveis (grupo controle) e 200 mulheres com migrânea, subdivididas em dois grupos: 148 pacientes com migrânea sem aura e 52 pacientes com migrânea com aura. Os genótipos e alelos foram determinados por PCR em tempo real utilizando o ensaio Taqman®. Os haplótipos foram inferidos através do programa PHASE versão 2.1. Os principais resultados do presente estudo indicam que o haplótipo H4, que combina o alelo A para os polimorfismos mencionados, pode estar associado à migrânea com aura enquanto o polimorfismo G2087A e o haplótipo H4 podem afetar a suscetibilidade à aura em pacientes com migrânea. Tais achados podem ter implicações terapêuticas ao se analisar os efeitos de possíveis inibidores seletivos da iNOS na população com esse perfil genotípico / Abstract: Migraine is an episodic primary headache with worldwide incidence of 10% and high socioeconomic impact affecting mainly women. In 30% of cases, migraine attacks are followed by focal neurological symptoms that characterize the aura phenomenon. The migraine pathophysiology continues under investigation, although it is believed to consist of a neurovascular disorder in which the activation of afferent fibers of the trigeminovascular system (TGVS), leads to an nitric oxide (NO) release which, would be responsible for vasodilation and pain during migraine attacks. The formation of NO is attributed to the activity of three isoforms of NO synthases (NOS): endothelial (eNOS), neuronal (nNOS) and inducible (iNOS), and the genes that codify these enzymes exhibit polymorphisms. Thus, it is believed that these polymorphisms could be involved in the susceptibility to migraine. In this study, we tested the hypothesis that two clinically important iNOS gene polymorphisms: C-1026A (rs2779249) and G2087A (rs2297518), as well as the combination of their alleles in haplotypes, would be associated with migraine with or without aura. Therefore, we studied 142 healthy women (control group) and 200 women with migraine, who were subdivided into two groups: 148 with migraine without aura and 52 with migraine with aura. Genotypes and alleles were determined by real-time PCR, using the Taqman® assay. Haplotypes were inferred by the PHASE program (version 2.1). The main results of the present study indicate that H4 haplotype, which combines the A allele for both polymorphisms may be associated with migraine with aura, while G2087A polymorphism and H4 haplotype may affect the susceptibility to aura in patients with migraine. These findings may have therapeutic implications when analyzing the possible selective inhibitor effects of iNOS on the population with this genotype profile / Mestrado / Farmacologia / Mestre em Farmacologia

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