Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Ana Fabrícia Braga Magahães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Aline Silva Mello Cesar / Resumo: Objetivou-se identificar regiões no genôma de bovinos da raça Nelore que apresentam variações no número de cópias (CNV) e, associar estes CNV com o perfil de ácidos graxos da carne. Além disso, objetivou-se realizar associação genica ampla utilizando os método de single step (GWASss) a fim de detectar regiões genômicas associadas aos ácidos graxos dos grupos saturados, mono e poliinsaturados, assim como os omegas 3, 6 e sua relação. O estudo de caracterização e distribuição dos CNVs ao longo do genoma de bovinos Nelore, foi realizado através do software PennCNV utizando dados genotípicos de 3.794 aniamais, resultando em 399.361 CNVs identificados. Após controle de qualidade, 2.902 foram mantidos nas analises, resultando em 195.873 CNVs, com tamanho medio de 54,744 pb, maximo de 8.7 Mb e minimo 3 kb. As regiões de CNV foram geradas pela sobreposição dos CNVs através do software CNVRuler. Os cromossomos que mostraram maior incidencia de CNVR foram BTA19 (24,26%), BTA23 (18,68%) e BTA25 (18,05%). Ja os que mostraram menor incidencia foram BTA29 (1,63%), BTA13 (9,72%) and BTA8 (9,72%). As 9.805 regiões da CNV estimadas no presente estudo cobrem aproximadamente 13.05% do genoma bovino e sobrepõem-se a 5.495 genes conhecidos que envolvem processos biológicos que poderiam estar envolvidos na adaptação ambiental da subespécie a áreas tropicais. O estudo de GWASss identificou 115 janelas que explicaram mais de 1% da variação genética aditiva para os 22 ácidos graxos estudados. A ident... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions of Nellore cattle that present variations in the number of copies (CNV) and to associate these CNV with the fatty acid profile of the meat. In addition, the objective of this study was to carry out a genome-wid association using the single step method (GWASss) to detect genomic regions associated with saturated, mono and polyunsaturated fatty acids, as well as omega 3, 6 and their relationship. The study of the characterization and distribution of CNVs along the Nellore genome was performed by PennCNV software using genotypic data of 3,794 animals, resulting in 399,361 CNVs identified. After quality control, 2,902 were maintained in the analyzes, resulting in 195,873 CNVs, with an average size of 54,744 pb, maximum of 8.7 Mb and minimum 3 kb. The CNV regions were generated by the overlap of the CNVs by CNVRuler software. The chromosomes that showed the highest incidence of CNVR were BTA19 (24.26%), BTA23 (18.68%) and BTA25 (18.05%). Those with the lowest incidence were BTA29 (1.63%), BTA13 (9.72%) and BTA8 (9.72%). The 9,805 CNV regions estimated in the present study covered approximately 13.05% of the bovine genome and overlaped 5,495 genes known to envolve in biological processes that could be involved in the environmental adaptation of the subspecies to tropical areas. The GWASss study showed 115 windows that explained more than 1% of the additive genetic variation for the 22 fatty acids studied. The identification of these regions and their genes, such as ELOVL5, ESRRG, PCYT1A and the ABC group genes (ABCA5, ABCA6 and ABCA10) are genes directly and indirectly related to lipid metabolism. The GWAS between AG phenotypes and CNVs resulted in a total of 186 CNVRs that were significant for the saturated (43), monosaturated (42), poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Marina Rufino Salinas Fortes / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Yuri Tani Utsunomiya / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O poder estatístico de um único estudo de associação genômica ampla (GWAS) para detectar loci de características quantitativas (QTL) é esperado ser menor do que combinando resultados de GWAS independentes de múltiplas raças, isto é, de diferentes raças, especialmente para características complexas, como as de puberdade. Utilizar populações independentes e métodos para detectar novas regiões genômicas e validar regiões previamente conhecidas como associadas com a característica de interesse em populações independentes é uma estratégia viável para identificar QTLs mais acuradamente. O objetivo deste estudo foi detectar regiões genômicas controlando características de precocidade sexual em três raças de gado de corte tropical (Nelore, Brahman e Composto Tropical - CT), utilizando duas estratégias, meta-analise utilizando diferentes raças e validação cruzada de QTL entre raças. No estudo de meta-análise as características incluídas foram idade ao primeiro parto (IPP), prenhez precoce (PP), e circunferência escrotal (CEN) medida aos 18 meses de idade no Nelore, e a idade ao surgimento do primeiro corpo lúteo (IPCL), intervalo do primeiro anestro pós-parto (IPAPP) e circunferência escrotal medida aos 18 meses de idade (CE18B) para o Brahman. A meta-análise foi realizada utilizando um método multi-característica. Um total de 108 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) significativos a um P-valor empírico de 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), foram encontrados neste estudo. Tais SNP signific... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The statistical power of an individual genome-wide association study (GWAS) to detect quantitative trait loci (QTL) is expected to be lower than combining independent GWAS results from multi-breed, i.e., from different breeds, especially for complex traits, as puberty traits. Using independent populations and methods to detect new genomic regions and validate in independent populations known regions associated with the trait of interest is a feasible strategy to identify QTLs more accurately. The aim with this study was to detect genomic regions controlling sexual precocity traits across three tropical beef cattle breeds (Nellore, Brahman and Tropical Composite - TC) by using two approaches, meta-analysis using different breeds and QTL validation across different breeds. In the meta-analysis study the traits included were age at first calving (AFC), early pregnancy (EP), and scrotal circumference (SCN) measured at 18 months of age for Nellore, and age at first corpus luteum (AGECL), first postpartum anoestrus interval (PPAI), and scrotal circumference measured at 18 months of age (SC18B) for Brahman cattle. The meta-analysis was performed using a multi-trait method. A total of 108 significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs), at an empirical threshold P-value of 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), were found in this study. Those significant SNP were distributed over 19 out of 29 autosomes, and the major of them were located on BTA14. In the meta-analysis study we identified five association regions harbouring the majority of the significant SNP (76%), namely: BTA2 (5.55%) from 95 to 96 Mb, BTA4 (5.55%) from 94.1 to 94.8 Mb, BTA14 (59.26%) from 24 to 25 Mb and 29 to 30 Mb, and BTA21 (5.55%) from 6.7 Mb to 11.4 Mb. In the acr... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Diversos mecanismos estão envolvidos no processo de erupção dentária. O objetivo deste estudo foi avaliar se o sobrepeso/obesidade e os polimorfismos genéticos nos genes que codificam as metaloproteinases da matriz (MMPs) - 8 e -13 estão associados com a cronologia de erupção dos dentes permanentes, em crianças de Manaus - AM. Um total de 216 crianças de escolas públicas foram incluídas, com idade variando entre 9 e 12 anos. Inicialmente foi aplicado um questionário, contendo dados anamnésicos relevantes para a pesquisa. Em seguida, o índice de massa corporal escore-z foi calculado, e as crianças foram divididas em 2 grupos: crianças com peso normal e crianças com sobrepeso/obesidade (n=65). A seguir, foi efetuado o exame clínico, onde foram avaliados os dentes presentes na cavidade bucal e comparação com uma tabela de cronologia de erupção de dentes permanentes, sendo as crianças classificadas em 2 grupos: com atraso na cronologia de erupção e sem atraso na cronologia de erupção. Amostras de saliva de todos os participantes foram coletadas e utilizadas como fonte de DNA genômico. A genotipagem dos polimorfismos rs17099443 e rs3765620 em MMP8 e dos polimorfismos rs478927 e rs2252070 em MMP13 foi realizada pela análise do produto final de PCR, tecnologia Taqman. Os testes do qui-quadrado e/ou exato de Fisher foram utilizados para comparar crianças com e sem atraso de erupção. O grupo \"sobrepeso / obeso\" foi comparado com o grupo \"peso normal\" e comparado na proporção de 1:2. O teste de Shapiro-Wilk foi utilizado para verificar a normalidade dos dados. O teste t baseado na idade foi utilizado para comparação das médias entre os grupos. Uma análise de regressão linear usando idade e sexo como covariantes foi utilizada. O teste Anova com pós-teste de Tukey foi utilizado para comparar o número de dentes com atraso de erupção de acordo com o genótipo. O nível de significância adotado foi de 5%. Cento e vinte e sete crianças foram classificadas com peso normal e 65 foram classificadas com sobrepeso/obesidade (49 com sobrepeso e 16 com obesidade). A condição de sobrepeso/obesidade associouse ao sexo, no qual os meninos tiveram maior chance de apresentar condições de maior peso (OR = 1,84; IC 95% 1,06-3,37; p = 0,04). O número médio de dentes permanentes irrompidos foi maior no grupo sobrepeso/obesidade (p <0,001). A análise de regressão linear demonstrou que o estado nutricional, sexo e idade estavam fortemente associados ao número de dentes permanentes irrompidos (p<0,05). Concluiu-se que crianças manauaras com sobrepeso/obesidade apresentam aceleração da cronologia de erupção dentária, quando comparadas com crianças com peso normal. Não houve associação do gene MMP13 com atraso na cronologia de erupção e verificou-se que o polimorfismo rs17099443 em MMP8 está associado com atraso de erupção dentária, onde o genótipo GG e o alelo G foram encontrados mais frequentemente nas crianças com atraso da cronologia de erupção. Crianças com o genótipo GG nesse polimorfismo apresentavam um maior número de dentes permanentes com atraso na cronologia de erupção do que as crianças com os genótipos CC e CG / Many mechanisms are involved in the in the tooth eruption process. The aim of this study was to evaluate if overweight/obesity and genetic polymorphisms in genes that codify the matrix metalloproteinases (MMPs) - 8 and - 13 are associated with permanent tooth eruption chronology, in children from Manaus-AM. A total of 216 children from public were included, with the age ranging from 9 to 12 years old. Initially, a questionnaire was used containing anamnesic data relevant to the research. Body mass index z-score was calculated and the children were separated in two groups: normal weight children (n=127) and overweight/obesity children (n=65). The clinical examination was performed, the number of permanent teeth erupted in the oral cavity were evaluated and compared with a table of permanent tooth eruption chronology, in which the children were classified in two groups: with (n=126) and without delayed tooth eruption (n=90). Saliva samples were collected from all samples as a genomic DNA source. The genotyping of the polymorphisms rs17099443 and rs3765620 in MMP8, and of the polymorphisms rs478927 and rs2252070 in MMP13 were performed in the end-point analysis of the real time PCR, Taqman technology. Chi-square and/or Fisher exact tests were used to compare children with and without delayed tooth eruption. The &quot;overweight/obesity&quot; group was compared with &quot;normal weight&quot; group in the ratio 1:2. The Shapiro-Wilk test was used to verify the normality of the data. The t test was used based on the age was used to compare the means between groups. A linear regression analysis using age and gender and gender as co-variants was performed. Anova with Tukey posttest was used to compare the number of delayed tooth eruption according to the genotype. The significance level adopted was 5%. One hundred twenty-seven children were classified as normal weight and 65 as overweight/obesity (49 with overweight and 16 with obesity) Overweight/obesity condition was associated with gender, in which boys had a higher chance to present the condition (OR = 1.84; IC 95% 1.06-3.37; p = 0.04). The mean number of erupted permanent teeth was higher in the group overweight/obesity (p <0.001). The linear regression analysis demonstrated that the nutritional status, sex and age were associated with the number of erupted permanent teeth (p<0.05). In conclusion, children from Manaus with overweight/obesity presented an acceleration in the chronology of tooth eruption process in comparison with the normal weight children. The polymorphism rs17099443 in MMP8 is associated with delayed tooth eruption, and the genotype GG and the G allele were more frequent in the children with delayed on the chronology of tooth eruption. Children with GG genotype presented a higher number of permanent teeth with delayed on the chronology of tooth eruption than children with the genotypes CC and CG.

The aim of this diploma thesis was to investigate the influence of milk betacasein locus (CSN2) polymorfic variants on production characteristics and milk technological qualities in Czech Simmental cattle and Holstein cattle. DNA extracted from milk of 702 cows was genotyped using PCR and RFLP methods. The genotypes A1A1, A1A2, and A2A2 had the following distribution within the population studied: A1A1 in 11,40 %, A1A2 in 8,46 %, and A2A2 in 50,14 % cows. The studied milk parameters were the milk yield (kg), protein and fat percentage and protein and fat yield (kg). The statistical evaluation was made STATISTICA 12 program. We found no statisticaly significant influence of CSN2 genotype on the selected milk yields. The results might be biased by the relatively low amount of individuals studied. Research will continue within the QJ1510339 and GAJU028/2019/ Z grant.

A research report submitted to the faculty of Medicine, University of the Witwatersrand, Johannesburg, in part fulfillment of the requirements for the degree of Master of Medicine (in the branch of Haematology) Johannesburg 1992. / The observation by Haldane in 1949 that the distribution of malaria and certain thalassaemias were similar and that the former disease must be a selective force tor the continued existence of the latter by preservation of the heterozygotes. This theory which later became known as lithe malaria hypothesis" has been applied to other inherited conditions such as G6PD deficiency, membranopathies, certain blood group polymorphisms, other heamoglobinopathies such as sickle cell disease, blood group polymorphisms and more recently HLA phenotypes. It has been shown that the Duffy blood group antigens are the receptors for. Plasmodium vivax and since these antigens are lacking in most black Africans this species of malaria is virtually absent in Africa. It has also been shown that the glycophorins are at least in part the receptors for Pfalciparum. Several variants of the glycophorins exist and the biochemistry and, where known, the molecular mechanisms by which these arise is reviewed. Experimental work is carried out to establish the growth characteristics of Pfalciparum in an in vitro culture system using cells with glycophorin variants on their membranes. Three such variants were compared to normal cells and two (S~s-U-and Dantu) were found to be partially resistant to invasion by Pfalciparum merozoites whereas the third (Henshaw) was found to be no different to controls. / MT2018

Le travail de recherche mené au cours de cette thèse a été effectué dans le cadre d’une collaboration industrielle et a porté sur la technologie de prilling et le développement de microparticules lipidiques par cette technique originale. La première partie de ce travail a consisté à sélectionner des excipients lipidiques puis à étudier leurs comportements lors des deux grandes étapes du procédé : la formation de la goutte par rupture vibrante et la cristallisation par refroidissement brutal dans la tour de prilling. Ces études ont permis de mettre en évidence des paramètres clés pour la réussite du procédé et donc pour la qualité du produit fini : la viscosité et les propriétés thermiques et structurales des lipides. Ces paramètres devront donc faire l’objet d’une étude systématique avant d’envisager leur application à la technologie de prilling. La seconde partie de ce travail concerne la formulation de trois molécules actives par prilling : le Kétoprofène, la Dronédarone et la Fexofénadine. Ces trois exemples ont permis d’illustrer différents modes d’incorporation du principe actif dans le procédé et leurs problématiques associées : la fusion, la solubilisation ou la mise en suspension d’un principe actif dans les excipients fondus. / This work was conducted within the framework of an industrial collaboration and focused on the prilling technology and the development of lipid microparticles by this original technique.The first part of this work was to select lipid excipients and to study their behavior in the two main steps of the process: the droplet’s formation by vibrating nozzle and the droplet’s crystallization by quenching in the prilling tower. These studies highlight the critical key parameters involves in the success of the process and therefore the quality of the final product: viscosity and thermal and structural properties of lipids. These parameters should be therefore systematically studied before considering their application to technology prilling.The second part of this work concerns the formulation of three active molecules by prilling: Ketoprofen, Dronedarone and Fexofenadine. These three examples were used to illustrate different ways of incorporating the active ingredient in the process and their associated problems: the melting, the solubilisation and the suspension of active molecules in melted lipids.

INTRODUÇÃO: Na patogênese da rotura do manguito rotador, diminuição da síntese e aumento da degradação das fibras colágenas são encontradas, associadas ao aumento da atividade das metaloproteinases da matriz 1 e 3 (MMP-1 e MMP-3). Há evidências que fatores genéticos estão envolvidos na produção das metaloproteinases e na etiologia da rotura do manguito rotador. O objetivo deste estudo foi avaliar a associação entre o polimorfismo genético das MMP-1 e MMP-3 com a rotura de espessura completa do manguito rotador. Como objetivos secundários, tivemos avaliar a correlação dos haplótipos da MMP-1 e MMP-3 com a rotura de espessura completa do manguito rotador e comparar se indíviduos com rotura transfixante do manguito rotador têm maior proporção de familiares com a mesma doença, em relação aos indíviduos controles. MÉTODOS: Avaliamos 64 pacientes com rotura transfixante do manguito rotador e 64 controles assintomáticos. Foram incluídos apenas pacientes com idade inferior a 65 anos e rotura de espessura completa não traumática. A rotura ou integridade do manguito rotador foi avaliada por ressonância magnética ou ultrassonografia em todos indivíduos. Os pacientes e os controles foram pareados por idade. O ácido desoxirribonucleico (DNA) dos voluntários foi obtido a partir de células epiteliais da mucosa bucal. Os genótipos das MMP-1 e MMP-3 foram determinados utilizando as técnicas de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) e Polimorfismo no Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP). RESULTADOS: Observamos uma presença de 77% do alelo 1G e 64% do genótipo 1G/1G no grupo controle. Os pacientes com rotura transfixante do manguito rotador apresentaram uma taxa de 48% do alelo 2G e 73% de genótipos 1G/2G ou 2G/2G (p < 0,001). Indivíduos com genótipo 1G/2G e 2G/2G tiveram maior chance de ter uma rotura do manguito rotador: razão de chances (RC) igual a 4,8 (Intervalo de confiança de 95% [IC 95%] 2,1 a 11,0) e 5,2 (IC 95% 1,8 a 14,9), respectivamente. Também observamos uma distribuição significativamente diferente nos alelos e genótipos da MMP-3 (p = 0,045, p = 0,021, respectivamente) entre os casos e controles. Indivíduos com genótipo 5A/5A tiveram maior chance de apresentarem uma rotura do manguito rotador (RC 5,5; IC 95% 1,4 a 20,9). Indíviduos com haplótipo 2G/5A tiveram maior possibilidade de ter uma rotura do manguito rotador, este haplótipo foi encontrado em 42 de 64 pacientes (66%) e em 17 de 64 controles (27%), com razão de chances de 5,3 (IC 95% 2,5 a 11,3). Pacientes com rotura do manguito rotador relataram, em maior número (19 de 64 pacientes, 30%), a existência de familiares que realizaram tratamento para rotura do manguito rotador em relação aos pacientes controles (quatro de 64 pacientes, 6%; p = 0,001). CONCLUSÃO: O polimorfismo genético das MMP-1 e MMP-3 foi associado à rotura do manguito rotador / INTRODUCTION: In the pathogenesis of rotator cuff tear, decreased synthesis and increased degradation of collagen fibers are found, associated with an increase in activity of matrix metalloproteinases 1 and 3 (MMP-1 and MMP-3). There is evidence that genetic factors may be involved in metalloproteinase production and the etiology of rotator cuff tear. The aim of this study was to evaluate the association between the genetic polymorphism of MMP-1 and MMP-3 and full-thickness rotator cuff tear. As secondary aims, we measured the correlation of MMP-1 and MMP-3 haplotypes with full-thickness rotator cuff tears and compared if individuals with full-thickness rotator cuff tears have a higher proportion of relatives with the same disease than the control subjects. METHODS: We evaluated 64 patients with full-thickness rotator cuff tear and 64 asymptomatic controls. Patients aged below 65 years, with non-traumatic full thickness tears, were included. The rotator cuff tear or integrity was evaluated by magnetic resonance or ultrasound in all individuals. The patients and controls were paired by age. The deoxyribonucleic acid (DNA) of the volunteers was obtained from oral mucosa epithelial cells. MMP-1 and MMP-3 genotypes were determined using the Polimerase Chain Reaction (PCR) and Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) assays. RESULTS: We observed a 77% presence of allele 1G and 64% of genotypes 1G/1G in the control group. The patients with full-thickness rotator cuff tear presented 48% of allele 2G and 73% of genotypes 1G/2G or 2G/2G (p < 0.001). Individuals with genotypes 1G/2G and 2G/2G were more likely to have a rotator cuff tear: odds ratio equal to 4.8 (95% confidence interval [95% CI] 2.1 to 11.0) and 5.2 (95% CI 1.8 to 14.9), respectively. We also observed a significantly different distribution in the alleles and genotypes of MMP-3 (p = 0.045, p = 0.021, respectively) among the cases and controls. Individuals with the 5A/5A genotype were more likely to have a rotator cuff tear (OR 5.5; 95% CI 1.4 to 20.9). Individuals with the haplotype 2G/5A were more likely to have rotator cuff tears develop, this haplotype was found in 42 of 64 patients (66%) and in 17 of 64 controls (27%) with odds ratio 5.3 (95% CI 2.5 to 11.3). Patients with rotator cuff tears reported, in higher number (19 of 64 patients, 30%), the existence of relatives who previously had treatment for rotator cuff tears compared to control patients (four of 64 patients, 6%; p = 0,001). CONCLUSION: The genetic polymorphism of MMP-1 and MMP-3 was associated with rotator cuff tear

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Naudin Alejandro Hurtado Lugo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: Considerando a importância das doenças que afetam o desempenho produtivo dos animais na indústria leiteira em todo o mundo é necessário implementar ferramentas moleculares que auxiliem na identificação e controle destas doenças. Quando ocorre alguma infecção em um organismo superior, existe aumento do número de células de defesa e o sistema imune inato proporciona uma linha de defesa contra os patógenos. Os "Toll Like Receptors" (TLR) são proteínas da membrana que desempenham um papel chave na imunidade, reconhecendo patógenos e, posteriormente, ativando as respostas. O presente estudo foi realizado para identificar SNPs no gene TLR4 bubalino e analisar suas associações com características de importância produtiva, incluindo a contagem de células somáticas (CCS). Foram utilizadas amostras de DNA de 130 búfalas da raça Murrah. A região codificante do gene TLR4 foi amplificada através de reações de PCR e posteriormente sequenciada. Os polimorfismos encontrados tiveram suas frequências alélicas e genotípicas calculadas e verificadas quanto ao equilíbrio de Hardy-Weinberg, além de serem utilizados para os estudos de associação. Foram identificados 13 polimorfismos do tipo SNP para as regiões sequenciadas do gene TLR4, sendo que a maioria encontra-se em região codificante. Encontrou-se associação significativa, com porcentagem de gordura dos Snps g514>C/T (P=0,0040) e g536>A/T (P=0,0035). As associações para CCS demostrou-se altamente significantes (p=<0,001) para todos os Snps (g... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Molecular markers might be developed to investigate genetic variants associated to the disease and assist selection process in order to identify resistant animals. When the mammary gland is infected, there is an increase in the defense cells, also called somatic cells. It is a defense line of the immune system against pathogens. The "tool like receptors" TLR are membrane proteins that have an important role in the immunity, recognizing pathogens and activating adequate responses. The present study aimed to investigate the association of TLR4 gene SNPs with productive characteristics and SCC in buffaloes. The DNA was extracted from hair follicules of 130 Murrah buffaloes. The fragments were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequenced. Thirteen SNPs were found. Allelic and genotypic frequencies were calculated as well as the adhesion to Hardy-Weinberg equilibrium and the linkage disequilibrium (r2) and the association to the characteristic. For SCC was tested methodology linear generalized mixed model, assuming Poisson distribution. Bonferroni correction was applied for the number of SNPs. Thirteen SNP polymorphisms were identified in coding region of the TLR4 (g322>G/A, g514>C/T, g536>A/T, g8338>A/C, g8341>A/G, g8342>T/G, g8343>G/A, g8345>A/G, g8413>A/G, g8428>G/A, g8438>A/C, g8578>G/T, g8582>A/C). The SNPs g514>C/T and g536>A/T had significant association whit %G. All the SNPs were associated (p=0.001) whit the CCS. Other authors also reported the association of TRL4 SNPs to the trait. The results show that the SNPs of TLR4 gene can be used as molecular markers in buffaloes / Mestre

Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Maricy Apparício Ferreira / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Resumo: Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Functional variant (FV) is a DNA sequence polymorphism that has effects on the function or even the level of expression of one or more genes. FVs are frequent targets of negative or positive selection in a population due to its high probability of interfering in cell, tissue or system phenotypes. Some FVs may even cause partial or total loss of gene function, in which case they are called loss-of-function variants (LoFVs). Domestic dogs (Canis lupus familiaris) have low genetic variability resulting from intense human-driven artificial selection for extreme phenotypes of morphological and behavioral traits. High levels of inbreeding in canine populations favor the intensification of genetic drift and, consequently, an increase in the prevalence of FVs and LoFVs that would be maintained at low frequencies if these populations presented higher genetic variability. Thus, the domestic dog is a valuable model for studying physiological processes and human genetic diseases. The recent emergence of tools for genomic analysis has assisted in the identification of FVs and LoFVs of zootechnical and biomedical interest in dogs. These variants can be mapped through two distinct but complementary genomic scanning strategies. The first, known as Genome-Wide Association Study (GWAS), involves testing of phenotype-genotype associations. The second consists in the search for allelic combinations, called haplotypes, that occur in high frequency, but that present deficiency of homozygosity. In ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor