Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-11. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:21Z : No. of bitstreams: 1 000846547.pdf: 2363942 bytes, checksum: 9e3e3a053eea57e0c35038173c728430 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A videira é a frutífera economicamente mais importante no mundo e é cultivada para que seus frutos produzam uvas de mesa, suco, e uvas passas. As bagas da videira são também a base para o alto valor agregado dos vinhos e outras bebidas alcoólicas. O Rupestris stem pitting associated virus - RSPaV foi identificado como o agente causador da doença do lenho estriado ou cascudo (Rupestris stem pitting - RSP), um dos componentes do complexo do lenho rugoso da videira (Rugose wood - RW). Esta doença é transmitida por enxertia e constitui uma das viroses de videira mais disseminadas no mundo, sendo descrita no Brasil no final dos anos 60. Devido à dificuldade de purificação das partículas virais a partir da videira infectada, a expressão em larga escala da proteína capisidial do RSPaV em bactérias é uma estratégia promissora para o entendimento de suas propriedades. A cultura do feijão também tem produtividade grandemente afetada pela ocorrência de doenças que diminuem a produção e, conseqüentemente, reduzem a sua oferta, provocando um aumento nos preços de mercado. No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. As proteínas do movimento (MP), serino protease e VPg, são produzidas em baixas concentrações, impossibilitando a purificação em larga escala a partir de plantas infectadas. A expressão e purificação em larga escala das proteínas VPg, serino protease e proteína do movimento do SBMV e proteína capisidial do RSPaV, foram realizadas utlizando os vetores pET28a e pMAL. Análises das proteínas, através de espalhamento dinâmico de luz mostraram que foi possível obter soluções proteicas monomodais... / The grapevine culture is the most economically important fruit plant in the world. The grapevine is the basic source of high valued wines and other alcoholic beverages. The Rupestris stem pitting associated virus-RSPaV was identified as the causative agent of the rupestris stem pitting (RSP) disease, a component ofthe the rugose wood (RW) complex, one of the major disease complexes affecting grapevines. This disease is transmitted by grafting and is one of the most widespread viruses of grapevine in the world. In brazil this disease was reported for the first time in late 1960s. As it is difficult to seperate the viral particles from the infected plant, the expression of large-scale of coat protein of RSPaV in bacteria is a promising strategy for understanding their properties. The bean crop productivity has also greatly affected by the occurrence of diseases that reduce the production and consequently reduce their supply, causing an increasein the prices. This virus has a narrow host range, confined almost exclusively to species of leguminous species, some of the species has a very high economical value such as the common bean and soybean. The movement protein (MP), serine protease and VPg, are produced in low concentrations, making impossible the large-scale purification from infected plants. In Brazil, more than ten virus were reported in beans, among them, Southern bean mosaic virus (SBMV) from the genus Sobemovirus. The large scale expression and purification of proteins VPg, serine protease and movement protein of SBMV and capisidial protein of RSPaV were performed using pMAL pET28a vectors. Analysis of the proteins by dynamic light scattering showed that was possible to obtain monomodal protein solutions. By circular dichroism was observed that the proteins were structured and the investigation of protein-ligand interactions was performed using nuclear magnetic resonance. These results contributed to increase the knowledge...

Made available in DSpace on 2014-07-17T02:00:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000459170-Texto+Completo-0.pdf: 2176701 bytes, checksum: a35f9eb08768c0d90b70f0dca32cbe46 (MD5) Previous issue date: 2014 / The mycobacterial DNA-binding protein 2 (MDP2) of Mycobacterium tuberculosis is a small, basic protein known to bind to DNA in a non-specific manner and to anchor the nucleoid to the plasma membrane, promoting its unpacking. Motivated by a prior intrinsic disorder pre-diction in silico, we have used a complementary set of techniques to characterize this pro-tein, such as heat and chemical stability, gel filtration, limited proteolysis and electrophoret-ic mobility. Our results suggest that the MDP2 is structurally disordered, since it (1) was pre-dicted to be an IDP, having 86 % of its structure disordered; (2) resisted to denaturation in-duced by boiling temperature and to the chemical thrichloroacetic acid (TCA); (3) migrated anomalously on SDS-PAGE, appearing to be 1. 4-fold higher its calculated molecular weight; and (4) was highly sensitive to proteolysis performed by proteinase K in comparison to glob-ular proteins. We also accomplished two experiments to determine the quaternary structure of the MDP2, such as gel-filtration and glutaraldehyde crosslinking. These two experiments showed that the protein has a tendency of self-aggregation, forming large clusters of pro-tein. We also performed the site-directed mutagenesis by allelic exchange in the hns gene, in order to develop a M. tuberculosis strain lacking the protein MDP2. The result of this knock-out showed that the hns gene is not essential for the survival of the mycobacteria, confirm-ing previous results performed by transposon mutagenesis. Combined with previous results related to MDP2 from other works, we speculate that this protein uses its highly disorder N-terminal region to bind to DNA through its KAAK and PAKK sequences in a non-specific man-ner. Thereby the MDP2 may act as a promiscuous protein inside the cell, binding to different regions of nucleoid by forming large clusters of proteins, in order to perform the DNA un-packing and to regulate several genes of the mycobacteria. We hope this work may contrib-ute to a better understanding of the mycobacterial metabolism, since the M. tuberculosis still stands a major global threat. / A proteína micobacteriana ligadora de DNA 2 (MDP2) de Mycobacterium tuberculosis é uma proteína pequena e de caráter básico, conhecida por se ligar ao DNA de uma forma não es-pecífica e de ancorar o nucleóide à membrana plasmática promovendo o seu desempacota-mento. Motivados por uma predição de desordem intrínseca in silico prévia, nós usamos um conjunto de técnicas complementares para caracterizar esta proteína, tais como determina-ção da estabilidade ao calor e a desnaturantes químicos, gel filtração, proteólise limitada e mobilidade eletroforética. Nossos resultados sugerem que a MDP2 é estruturalmente de-sordenada, uma vez que ela (1) foi predita por ser uma proteína intrinsecamente desorde-nada (IDP), possuindo 86 % da sua estrutura desordenada; resistiu à desnaturação induzida por temperatura de fervura e pela ação química do ácido tricloroacético (TCA); (3) migrou anomalamente em gel de poliacrilamida (SDS-PAGE), aparentando ser 1,4 vezes maior que o seu peso molecular calculado; e (4) foi altamente sensível à proteólise realizada pela protei-nase K, em comparação às proteínas globulares.Nós também realizamos dois experimentos para determinar a estrutura quaternária da proteína, como a gel filtração e o crosslinking por glutaraldeído. Estes dois experimentos mostraram que a proteína tem uma tendência a auto agregação, formando grandes aglomerados em solução. Também foi realizada a muta-gênese sítio-dirigida por troca alélica no gene hns, com o intuito de desenvolver uma cepa de M. tuberculosis sem a proteína MDP2. O resultado deste nocaute mostrou que o gene hns não é essencial para a sobrevivência da micobactéria. Combinado com resultados prévios de outros trabalhos relacionados à MDP2, nós especulamos que esta proteína usa sua região N-terminal altamente desordenada para se ligar ao DNA por meio das suas sequências repetiti-vas KAAK e PAKK de uma forma não específica. Desta forma, a MDP2 deve atuar como uma proteína promíscua dentro da célula, ligando-se a diferentes regiões do nucleóide pela for-mação de grandes aglomerados de proteína, com o objetivo de realizar o desempacotamen-to do DNA e de regular diversos genes micobacterianos. Nós esperamos que este trabalho possa contribuir para um melhor entendimento do metabolismo micobacteriano, uma vez que o M. tuberculosis ainda é uma grande ameaça global.

Orientador: Raghuvir Krishnaswamy Arni / Banca: Anwar Ullah / Banca: Fátima Pereira de Souza / Banca: Priscila Belintani / Banca: Patrick Jack Spencer / Resumo: A videira é a frutífera economicamente mais importante no mundo e é cultivada para que seus frutos produzam uvas de mesa, suco, e uvas passas. As bagas da videira são também a base para o alto valor agregado dos vinhos e outras bebidas alcoólicas. O Rupestris stem pitting associated virus - RSPaV foi identificado como o agente causador da doença do lenho estriado ou cascudo ("Rupestris stem pitting" - RSP), um dos componentes do complexo do lenho rugoso da videira ("Rugose wood" - RW). Esta doença é transmitida por enxertia e constitui uma das viroses de videira mais disseminadas no mundo, sendo descrita no Brasil no final dos anos 60. Devido à dificuldade de purificação das partículas virais a partir da videira infectada, a expressão em larga escala da proteína capisidial do RSPaV em bactérias é uma estratégia promissora para o entendimento de suas propriedades. A cultura do feijão também tem produtividade grandemente afetada pela ocorrência de doenças que diminuem a produção e, conseqüentemente, reduzem a sua oferta, provocando um aumento nos preços de mercado. No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. As proteínas do movimento (MP), serino protease e VPg, são produzidas em baixas concentrações, impossibilitando a purificação em larga escala a partir de plantas infectadas. A expressão e purificação em larga escala das proteínas VPg, serino protease e proteína do movimento do SBMV e proteína capisidial do RSPaV, foram realizadas utlizando os vetores pET28a e pMAL. Análises das proteínas, através de espalhamento dinâmico de luz mostraram que foi possível obter soluções proteicas monomodais... / Abstract: The grapevine culture is the most economically important fruit plant in the world. The grapevine is the basic source of high valued wines and other alcoholic beverages. The Rupestris stem pitting associated virus-RSPaV was identified as the causative agent of the "rupestris stem pitting" (RSP) disease, a component ofthe the rugose wood (RW) complex, one of the major disease complexes affecting grapevines. This disease is transmitted by grafting and is one of the most widespread viruses of grapevine in the world. In brazil this disease was reported for the first time in late 1960s. As it is difficult to seperate the viral particles from the infected plant, the expression of large-scale of coat protein of RSPaV in bacteria is a promising strategy for understanding their properties. The bean crop productivity has also greatly affected by the occurrence of diseases that reduce the production and consequently reduce their supply, causing an increasein the prices. This virus has a narrow host range, confined almost exclusively to species of leguminous species, some of the species has a very high economical value such as the common bean and soybean. The movement protein (MP), serine protease and VPg, are produced in low concentrations, making impossible the large-scale purification from infected plants. In Brazil, more than ten virus were reported in beans, among them, Southern bean mosaic virus (SBMV) from the genus Sobemovirus. The large scale expression and purification of proteins VPg, serine protease and movement protein of SBMV and capisidial protein of RSPaV were performed using pMAL pET28a vectors. Analysis of the proteins by dynamic light scattering showed that was possible to obtain monomodal protein solutions. By circular dichroism was observed that the proteins were structured and the investigation of protein-ligand interactions was performed using nuclear magnetic resonance. These results contributed to increase ... / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-04T17:45:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000458474-Texto+Completo-0.pdf: 1757493 bytes, checksum: c5379d3dddf546f5888748177b083560 (MD5) Previous issue date: 2014 / Acute viral bronchiolitis is the most common respiratory illness in children in the first years of life and at least half of patients are diagnosed with respiratory tract infection by viruses such as Respiratory Syncytial Virus (RSV). Because RSV is extremely common disease it generates large number of hospitalizations and large costs to health systems. The RSV Fusion (F) Protein is essential for the infective cycle of the virus. Neutrophils and their products are present in the airways of RSV-infected patients who developed increased lung disease due to viral infection. Neutrophil Extracellular Traps (NETs) are formed by the release of the inner content of neutrophils (proteins from granules and DNA) in the extracellular space in response to different stimuli.They are essential to prevent the spread of microorganisms, which are killed by antimicrobial proteins that are anchored in networks of DNA, such as elastase and myeloperoxidase. The objective of this work is to characterize the effect of the RSV F protein on the generation of NETs. The F protein was capable of inducing the formation of NETs in vitro in a dose-dependent way with co-expression of neutrophil elastase and myeloperoxidase. The production of NETs in response to F protein was mediated by the TLR-4-receptor and was dependent on ROS production, p38 and ERK MAPK. Together, these data provide evidence that support the activation of specific signaling pathways by the F protein to induce the production of NETs. Excessive production of NETs can aggravate the inflammatory symptoms induced by infection with RSV. / A bronquiolite viral aguda é a doença respiratória mais frequente em crianças nos primeiros anos de vida, sendo que ao menos a metade dos pacientes é diagnosticado com infecção respiratória por vírus como o Vírus Sincicial Respiratório (RSV). Por ser uma doença extremamente comum gera grande número de internações e grandes custos aos sistemas de saúde. A proteína de fusão (F) do RSV é essencial para o ciclo infectivo do vírus. Neutrófilos e seus produtos estão presentes nas vias aéreas de pacientes infectados por RSV que desenvolveram doença pulmonar aumentada devido a infecção viral. As Redes Extracelulares de Neutrófilos (NETs) são formadas pela liberação do conteúdo nuclear dos neutrófilos no espaço extracelular em resposta a diferentes estímulos, sejam patogênicos ou não.Elas são fundamentais para impedir a disseminação de microrganismos, que são mortos pelas proteínas antimicrobianas que ficam ancoradas nas redes de DNA, como elastase e mieloperoxidase. O objetivo desta dissertação é caracterizar o efeito da proteína F do RSV sobre a geração de NETs. A proteína F foi capaz de induzir a formação de NETs in vitro de forma dose-dependente e com a co-expressão de elastase neutrofílica e mieloperoxidase. A produção de NETs pela proteína F foi mediada pelo TLR-4, e dependente da produção de ROS e de ERK-p38 MAPK. Juntos, estes dados fornecem evidências que suportam a ativação de vias de sinalização específicas pela proteína F para induzir a produção de NETs. A produção excessiva de NETs pode agravar os sintomas inflamatórios induzidos pela infecção com RSV.

Made available in DSpace on 2015-05-19T13:30:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 414.pdf: 7133398 bytes, checksum: f3c34dbc03132f760978a32309a5b7ce (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A dengue é uma doença causada por um flavivírus, representado por quatro sorotipos distintos (DENV1-4). Entre as proteínas virais, ENV e NS1 contribuem fortemente com o processo de resposta imune desencadeado pelo vírus. Os principais sistemas de diagnóstico utilizam a detecção de anticorpos através da técnica Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay - ELISA, a qual, embora útil, apresenta inúmeras limitações (custo, tempo de processamento, entre outros). Neste trabalho, nós desenvolvemos ensaios multiplex de microarranjos líquidos para ENV e NS1. Sequências de aminoácidos codificantes das proteínas, provenientes de cepas isoladas da América Latina foram selecionadas em bancos de dados públicos, alinhadas para a geração das respectivas sequências consenso e construção dos antígenos recombinantes. As sequências obtidas foram otimizadas para expressão bacteriana, submetidas à síntese comercial e clonadas em vetores de expressão procarióticos. Os antígenos foram expressos e validados através de ensaios de microarranjos líquidos, com obtenção de promissores resultados, especialmente para as proteínas ENV (domínios I/II) sorotipo 1 e 2, com potencial aplicação comercial. Este trabalho desenvolveu ainda metodologia para renaturação de NS1 com excelente rendimento. Os resultados das proteínas produzidas neste trabalho foram de forma geral superiores aos obtidos por antígenos comercialmente disponíveis para a proteína ENV de dengue vírus, utilizando a mesma metodologia. As proteínas NS1 foram ainda utilizadas para imunização de coelhos e produção de anticorpos policlonais, que se mostraram bem sucedidos para aplicações em ensaios de imunofluorescência, western blot, citometria de fluxo e como anticorpo de detecção para ensaios quantitativos para a proteína NS1 por ELISA de captura. Os resultados obtidos neste projeto foram considerados extremamente promissores, com potencial aproveitamento no desenvolvimento de testes diagnósticos comerciais com alta precisão, rápidos e com baixo custo

Made available in DSpace on 2016-06-15T17:47:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Made available in DSpace on 2016-07-05T23:52:49Z (GMT). No. of bitstreams: 3 sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf.txt: 336057 bytes, checksum: f697a3227b778cfb3d4acd605c43b9c9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) sadia_ali_ioc_mest_2012.pdf: 2556754 bytes, checksum: 4021afcde5f4b6bf66a9b56032439b23 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O sarampo é uma doença exantemática viral, altamente infecciosa, causada por um vírus da família Paramyxoviridae, gênero Morbillivirus que, apesar de estar disponível uma vacina, segura e eficaz contra a doença, esta ainda constitui uma importante causa de morbidade e mortalidade infantil em muitos países em desenvolvimento. Embora exista apenas um tipo antigênico do vírus do sarampo, estudos de caracterização genética dos vírus de tipo selvagem permitiram a identificação oito subtipos (A-H) e 24 genótipos. O Brasil eliminou a transmissão autóctone do vírus do sarampo a partir do ano 2000. A partir de então foram confirmados vários casos de sarampo importados ou relacionados a importações, principalmente do genótipo D4. A epidemiologia molecular dos vírus do sarampo baseada nas análises da região C-terminal da nucleoproteína tem demonstrado uma diversidade limitada entre as cepas circulantes, dificultando dessa forma a determinação da origem dos vírus usando apenas essa região. O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente os genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil no período de 2003 a 2012, e para tal, as sequências da proteína H completa e do gene Nparcial foram analisadas Os casos positivos para o genótipo D4 foram previamente identificados pela amplificação dos 450nt da região C-terminal da proteína N por RT-PCR, as sequências completas do gene H destas amostras foram diretamente amplificadas por RT-PCR a partir das amostras clínicas e posteriormente sequenciado. As análises filogenéticas da sequência de nucleotídeos do gene N e do gene H completo mostraram que os vírus do sarampo genótipo D4 detectados no Brasil podem ser resultado de várias importações de diferentes variantes do mesmo genótipo que circulam na Europa. Foram identificadas mutações nas sequências de aminoácidos tanto do gene N parcial como do gene H completo dos genótipos D4 dos vírus do sarampo detectados no Brasil. Estas mutações parecem não alterar as propriedades antigênicas e imunológicas do vírus / Measles is a highly infectious viral exanthem of the family Paramyxoviridae, genus Morbillivirus. Despite the availability of a safe and effective vaccine, measles infection continues to be an important cause of infantile morbidity and mortality in developing countries. Although there is only one antigenic type of the measles virus, genetic characterisation of the wild-type virus identified 8 subtypes (A-H), with a total of 24 genotypes being recognised. From 2000, the indigenous transmission of the measles virus has been eliminated in Brazil. Since then, several cases of imported measles, or cases associated with importations, were confirmed, principally of genotype D4. The molecular epidemiology of the measles virus based on analyses of the C-terminal region of the nucleoprotein has demonstrated a limited diversity between circulating strains, making it difficult to determine the origin of the virus by this genomic region alone. The objective of this study was to genetically characterise the D4 genotype of measles viruses detected in Brazil from 2003 to 2012 by analysing sequences from the complete H gene and partial N gene of the virus Cases positive for measles genotype D4 were previously identified by the amplification of a 450nt of the C-terminal region of the N protein by RT-PCR. The complete H gene from these samples was amplified by RT-PCR directly from clinical samples and subsequently sequenced. Phylogenetic analysis of the nucleotide sequences of the N gene and the complete H gene demonstrated that the measles D4 genotype detected in Brazil may have been a result of several importations of different variants of the same genotype circulating in Europe. Mutations were identified in the amino acid sequences of the N gene and complete H gene but they do not appear to change the immunological and antigenic properties of the virus

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T19:21:44Z : No. of bitstreams: 1 oliva_cb_dr_sjrp.pdf: 1844534 bytes, checksum: 40948c5116118b7b10a75b5b44e849cc (MD5) / A Hepatite C é uma doença presente em todo o mundo. O vírus da Hepatite C (HCV), o agente etiológico dessa doença, é um vírus de RNA de fita simples positiva. Seu genoma codifica uma única poliproteína precursora que após processamento origina dez proteínas virais. A NS5A, uma das proteínas virais não estruturais, esta associada com a resposta ao tratamento baseado em Interferon, tratamento aprovado para Hepatite C no Brazil.O HCV tem uma alta taxa de mutação levando a uma alta variabilidade, fator importante para a evasão da resposta imune e a resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução das quasiespécies antes, durante e após o tratamento em pacientes infectados com HCV genótipo 3a que apresentaram diferentes respostas ao tratamento. O RNA viral foi extraído, o cDNA sintetizado, a região NS5A amplificada e clonada e 15 clones de cada ponto de coleta foram seqüenciados. As sequências foram analisadas com relação a história evolutiva, diversidade genética e seleção. Nossas análises mostram que a população viral que persiste após o tratamento na maioria dos pacientes não respondedores está presente em amostras pré-tratamento sugerindo uma aptidão para evadir o tratamento. Ainda a maioria das amostras pré-tratamento de pacientes respondedores ao final do tratamento ou não apresentou a população encontrada nas amostras pós-tratamento ou apresentou em menor freqüência. As exceções ilustram a característica única do processo evolutivo e conseqüentemente o processo de resistência ao tratamento em cada paciente. A evolução do vírus da Hepatite C ao longo do tratamento aparenta ser o resultado de uma relação evolutiva única entre as cepas virais e cada hospedeiro humano, levando a persistência do vírus ou a resposta ao tratamento / Hepatitis C is a disease spread throughout the world. Hepatitis C virus (HCV), the etiological agent of this disease, is a single-stranded positive RNA virus. Its genome encodes a single precursor protein that yields ten proteins after processing. NS5A, one of the non-structural viral proteins, is most associated with interferon-based therapy response, the approved treatment for hepatitis C in Brazil. HCV has a high mutation rate and therefore high variability, which may be important for evading the immune system and response to therapy. The aim of this study was to analyze the evolution of NS5A quasispecies before, during, and after treatment in patients infected with HCV genotype 3a who presented different therapy responses.Viral RNA was extracted, cDNA was synthesized, the NS5A region was amplified and cloned, and 15 clones from each time-point were sequenced. The sequences were analyzed for evolutionary history, genetic diversity and selection. Our analysis shows that the viral population that persists after treatment for most non-response patients are is present in before-treatment samples, suggesting it is fitted to evasion of treatment. Accordingly, most before-treatment samples from end-of-treatment response patients either did not show the population found after the relapse or showed it in low abundance. The exceptions illustrate the uniqueness of the evolutionary process, and therefore the treatment resistance process, in each patient.Hepatitis C virus evolution throughout treatment appears to be the result of a unique evolutionary relationship between viral strains and each human host, leading to either persistence or clearance

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Banca: Flora Maria de Campos Fernandes / Banca: Camila Malta Romano / Banca: Adriano Mondini / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Resumo: A Hepatite C é uma doença presente em todo o mundo. O vírus da Hepatite C (HCV), o agente etiológico dessa doença, é um vírus de RNA de fita simples positiva. Seu genoma codifica uma única poliproteína precursora que após processamento origina dez proteínas virais. A NS5A, uma das proteínas virais não estruturais, esta associada com a resposta ao tratamento baseado em Interferon, tratamento aprovado para Hepatite C no Brazil.O HCV tem uma alta taxa de mutação levando a uma alta variabilidade, fator importante para a evasão da resposta imune e a resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução das quasiespécies antes, durante e após o tratamento em pacientes infectados com HCV genótipo 3a que apresentaram diferentes respostas ao tratamento. O RNA viral foi extraído, o cDNA sintetizado, a região NS5A amplificada e clonada e 15 clones de cada ponto de coleta foram seqüenciados. As sequências foram analisadas com relação a história evolutiva, diversidade genética e seleção. Nossas análises mostram que a população viral que persiste após o tratamento na maioria dos pacientes não respondedores está presente em amostras pré-tratamento sugerindo uma aptidão para evadir o tratamento. Ainda a maioria das amostras pré-tratamento de pacientes respondedores ao final do tratamento ou não apresentou a população encontrada nas amostras pós-tratamento ou apresentou em menor freqüência. As exceções ilustram a característica única do processo evolutivo e conseqüentemente o processo de resistência ao tratamento em cada paciente. A evolução do vírus da Hepatite C ao longo do tratamento aparenta ser o resultado de uma relação evolutiva única entre as cepas virais e cada hospedeiro humano, levando a persistência do vírus ou a resposta ao tratamento / Abstract: Hepatitis C is a disease spread throughout the world. Hepatitis C virus (HCV), the etiological agent of this disease, is a single-stranded positive RNA virus. Its genome encodes a single precursor protein that yields ten proteins after processing. NS5A, one of the non-structural viral proteins, is most associated with interferon-based therapy response, the approved treatment for hepatitis C in Brazil. HCV has a high mutation rate and therefore high variability, which may be important for evading the immune system and response to therapy. The aim of this study was to analyze the evolution of NS5A quasispecies before, during, and after treatment in patients infected with HCV genotype 3a who presented different therapy responses.Viral RNA was extracted, cDNA was synthesized, the NS5A region was amplified and cloned, and 15 clones from each time-point were sequenced. The sequences were analyzed for evolutionary history, genetic diversity and selection. Our analysis shows that the viral population that persists after treatment for most non-response patients are is present in before-treatment samples, suggesting it is fitted to evasion of treatment. Accordingly, most before-treatment samples from end-of-treatment response patients either did not show the population found after the relapse or showed it in low abundance. The exceptions illustrate the uniqueness of the evolutionary process, and therefore the treatment resistance process, in each patient.Hepatitis C virus evolution throughout treatment appears to be the result of a unique evolutionary relationship between viral strains and each human host, leading to either persistence or clearance / Doutor

Orientador: Maurício Lacerda Nogueira / Coorientador: Danila Vedovello de Jesus / Banca: Erna Geessien Kroon / Banca: Fátima Pereira de Souza / Banca: Aripuanã Sakurada Aranha Watanabe / Banca: Sergio Moraes Aoki / Resumo: Dengue é a infecção por arbovírus mais comum em todo o mundo e é causada por quatro sorotipos distintos (DENV 1-4). No presente trabalho analisamos a transmissão do Dengue virus (DENV) em São José do Rio Preto (SP) no período entre 2011 e 2014. Foram utilizadas amostras de sangue de pacientes febris que procuraram o serviço de saúde do município. A pesquisa do DENV foi realizada através da técnica Multiplex RT-PCR utilizando primers que se ligam a regiões do gene da proteína não estrutural NS5 e da proteína estrutural C, seguido por Nested-PCR com iniciadores espécie-específicos. Foram analisadas 1.098 amostras no período entre agosto de 2011 a junho de 2014. Setecentos e noventa e oito amostras (798/1098, 72%) foram confirmadas como positivas por Multiplex-Nested-PCR. Os sorotipos de DENV encontrados foram: 65,41% (522/798) DENV-4, 22,56% (180/798) DENV-1, 11,28% (90/798) DENV-2 e 0,75% (6/798) co-infecção (DENV-1/DENV-4, DENV- 1/DENV-2), mostrando um padrão complexo de circulação dos sorotipos. Com a utilização de técnicas de geoestatística dos casos de dengue foi possível a detecção de áreas (zona Norte de São José do Rio Preto) com risco relativo elevado de ocorrência de DENV-4, áreas estas que foram priorizadas com relação ao emprego de medidas de vigilância e controle. Trinta e três amostras de DENV-4 foram submetidas ao sequenciamento do gene do envelope, assim como, à reconstrução filogenética. Dentre as 33 amostras, dez tiveram o genoma completo sequenciado, sendo filogeneticamente classificadas. As análises filogenéticas mostram que as amostras identificadas neste estudo foram agrupadas no genótipo Americano, que circula no Brasil. O genótipo Americano demonstrou apenas um clado agrupando todas as amostras de SJRP, indicando a circulação de uma única linhagem. A análise filogenética do genoma completo de DENV-4 mostra relação entre os isolados... / Abstract: Dengue is the most common arboviral infection worldwide and is caused by four distinct serotypes. In the present study we assessed the Dengue virus (DENV) transmission in São José do Rio Preto (SP) from 2011 to 2014. We analyzed blood samples from febrile patients who where attended at health care services in São José do Rio Preto. The DENV detection was performed with Multiplex RT-PCR using Flavivirus generic primers based on nonstructural protein (NS5) and structural protein (C), followed by Nested-PCR assay with species-specific primers. We analyzed 1098 samples from August 2011 to June 2014. Seventy two samples (798/1098, 72%) were confirmed as positive by multiplex RT-PCR. The DENV serotypes distribution were: 65.41% (522/798) DENV-4, 22.56% (180/798) DENV-1, 11.28% (90/798) DENV-2 and 0.75% (6/798) coinfection (DENV-1/DENV-4, DENV-1/DENV-2), showing a complex serotypes circulation pattern a of serotypes circulation. With the use of geostatistical techniques of dengue cases it was possible to detect areas (northern zone of São José do Rio Preto) with high relative risk of DENV-4 occurrence, these areas should be prioritized regarding the employment of surveillance and control measures. Thirty-three DENV-4 have been subjected to sequencing of the entire envelope gene and were used for phylogenetic reconstruction. Among the 33 samples ten had the full genome sequenced and were classified phylogenetically. The phylogenetic analyses showed that the samples identified in this study were grouped with American genotype that circulating in Brazil. The American genotype showed only one clade grouped with all SJRP samples, indicating the circulation of a single lineage. Phylogenetic analysis of DENV-4 complete genome shows a relationship between isolates from São José do Rio Preto with isolates found in northern region of south America. Amino acid substitutions were observed in the structural proteins (21%) and non-structural proteins... / Doutor

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:45Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-12. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:21Z : No. of bitstreams: 1 000846728.pdf: 2846465 bytes, checksum: 18af526d81e692060fa0256a7c869b01 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Dengue é a infecção por arbovírus mais comum em todo o mundo e é causada por quatro sorotipos distintos (DENV 1-4). No presente trabalho analisamos a transmissão do Dengue virus (DENV) em São José do Rio Preto (SP) no período entre 2011 e 2014. Foram utilizadas amostras de sangue de pacientes febris que procuraram o serviço de saúde do município. A pesquisa do DENV foi realizada através da técnica Multiplex RT-PCR utilizando primers que se ligam a regiões do gene da proteína não estrutural NS5 e da proteína estrutural C, seguido por Nested-PCR com iniciadores espécie-específicos. Foram analisadas 1.098 amostras no período entre agosto de 2011 a junho de 2014. Setecentos e noventa e oito amostras (798/1098, 72%) foram confirmadas como positivas por Multiplex-Nested-PCR. Os sorotipos de DENV encontrados foram: 65,41% (522/798) DENV-4, 22,56% (180/798) DENV-1, 11,28% (90/798) DENV-2 e 0,75% (6/798) co-infecção (DENV-1/DENV-4, DENV- 1/DENV-2), mostrando um padrão complexo de circulação dos sorotipos. Com a utilização de técnicas de geoestatística dos casos de dengue foi possível a detecção de áreas (zona Norte de São José do Rio Preto) com risco relativo elevado de ocorrência de DENV-4, áreas estas que foram priorizadas com relação ao emprego de medidas de vigilância e controle. Trinta e três amostras de DENV-4 foram submetidas ao sequenciamento do gene do envelope, assim como, à reconstrução filogenética. Dentre as 33 amostras, dez tiveram o genoma completo sequenciado, sendo filogeneticamente classificadas. As análises filogenéticas mostram que as amostras identificadas neste estudo foram agrupadas no genótipo Americano, que circula no Brasil. O genótipo Americano demonstrou apenas um clado agrupando todas as amostras de SJRP, indicando a circulação de uma única linhagem. A análise filogenética do genoma completo de DENV-4 mostra relação entre os isolados... / Dengue is the most common arboviral infection worldwide and is caused by four distinct serotypes. In the present study we assessed the Dengue virus (DENV) transmission in São José do Rio Preto (SP) from 2011 to 2014. We analyzed blood samples from febrile patients who where attended at health care services in São José do Rio Preto. The DENV detection was performed with Multiplex RT-PCR using Flavivirus generic primers based on nonstructural protein (NS5) and structural protein (C), followed by Nested-PCR assay with species-specific primers. We analyzed 1098 samples from August 2011 to June 2014. Seventy two samples (798/1098, 72%) were confirmed as positive by multiplex RT-PCR. The DENV serotypes distribution were: 65.41% (522/798) DENV-4, 22.56% (180/798) DENV-1, 11.28% (90/798) DENV-2 and 0.75% (6/798) coinfection (DENV-1/DENV-4, DENV-1/DENV-2), showing a complex serotypes circulation pattern a of serotypes circulation. With the use of geostatistical techniques of dengue cases it was possible to detect areas (northern zone of São José do Rio Preto) with high relative risk of DENV-4 occurrence, these areas should be prioritized regarding the employment of surveillance and control measures. Thirty-three DENV-4 have been subjected to sequencing of the entire envelope gene and were used for phylogenetic reconstruction. Among the 33 samples ten had the full genome sequenced and were classified phylogenetically. The phylogenetic analyses showed that the samples identified in this study were grouped with American genotype that circulating in Brazil. The American genotype showed only one clade grouped with all SJRP samples, indicating the circulation of a single lineage. Phylogenetic analysis of DENV-4 complete genome shows a relationship between isolates from São José do Rio Preto with isolates found in northern region of south America. Amino acid substitutions were observed in the structural proteins (21%) and non-structural proteins...