Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-12Bitstream added on 2014-06-13T19:28:26Z : No. of bitstreams: 1 souza_ar_me_sjrp.pdf: 3817333 bytes, checksum: 20cb2aff6d1bb018de51a42cb94ec963 (MD5) / Esta dissertação aborda o estudo de duas proteínas, uma β-1,3-1,4-glicanase (EC 3.2.1.73) de Bacillus subtilis 168 (liquenase) e outra α-L-arabinofuranosidase (E.C. 3.2.1.55) da família GH51 de Thermotoga petrophila RKU-1, ambas com potenciais aplicações biotecnológicas. A liquenase é responsável pela catálise da clivagem de β-D-glicanas unidas por ligações tipo 1,3 e 1,4, por outro lado a arabinofuranosidase de estudo é responsável pela hidrólise de resíduos α-1,2, α-1,3 e α-1,5-L-arabinofuranosil e age em combinação com outras enzimas para despolimerização de arabinose em polissacarídeos. Neste sentido, este trabalho teve como objetivo realizar estudos estruturais e biofísicos dessas duas proteínas com o intuito de obter informações moleculares importantes que pudessem contribuir para utilização das mesmas em processos biotecnológicos, como o pré-tratamento da biomassa lignocelulósica por exemplo. Desta forma, foi verificado que a liquenase apresenta massa molecular de 28 kDa, mostra um enovelamento típico de membros da família GH16 com estrutura β-jelly e mostrou uma termotolerância reduzida, abaixo de 50°C. Por outro lado, a arabinofuranosidase é uma enzima termofílica com massa molecular de 57 kDa e com a presença de dois domínios: um domínio catalítico com enovelamento barril (α/β) e um domínio C-terminal β-sanduíche, que possui um motivo β-hairpin único para arabinofuranosidases encontradas no gênero Thermotoga. Desta forma, foi possível concluir que a liquenase de estudo é uma enzima monomérica e que sua reduzida termotolerância limita sua aplicação em processos industriais acima de 50°C. Desta forma, esta é uma candidata a estudos de engenharia de proteínas. E com relação a arabinofuranosidase, possui uma estrutura hexamérica, quando em solução, e sua elevada estabilidade térmica sugere que esta é uma forte candidata a futuras aplicações industriais / This paper describes two proteins, β-1,3-1,4-glucanase (EC 3.2.1.73) from Bacillus subtilis 168 (lichenase) and α-L-arabinofuranosidase (EC 3.2.1.55) family GH51 from Thermotoga petrophila RKU-1, both with potential biotechnological applications. The lichenase is responsible for cleavage of β-D-glucans joined by linkages type 1.3 and 1.4, on the other hand arabinofuranosidase is responsible for the hydrolysis of α-1.2, α-1.3 and α-1.5-L-arabinofuranosyl radicals and acts synergistically with others enzymes for arabinose depolymerization of polysaccharides. Therefore, this study aimed to perform structural and biophysical studies of these two proteins in order to obtain important molecular information that could help biotechnological processes by application of these enzymes, such as the pretreatment of lignocellulosic biomass. Thus, it was found that the lichenase molecular mass was 28 kDa and showed a typical folding members of the family GH16 with structure β-jelly and showed a reduced thermotolerance, below 50°C. Moreover, arabinofuranosidase, a thermophilic enzyme, showed molecular mass of 57 kDa and displayed two domains: a folding barrel with the catalytic domain (α/β) and a C-terminal domain β-sandwich, which had a motif β-hairpin unique for arabinofuranosidases found in the genus Thermotoga. Therefore, it was concluded that the lichenase is a monomeric enzyme and that its reduced thermotolerance feature limits its application in industrial processes, above 50°C. So, this is a candidate for future studies of protein engineering. Regarding the arabinofuranosidase, revealed a hexameric structure, when in solution, and its high thermal stability suggests that this is a strong candidate for future industrial applications

Resumo: A difusão desempenha um papel importante na cinética de eno-velamento de proteínas. Nessa tese, desenvolvemos métodos analíticos e computacionais para o estudo do coeficiente de difusão dependente da posi-ção e do tempo. Para estes estudos, utilizou-se sobretudo o modelo baseado na estrutura (modelo G¯o) via simulação computacional da representação em carbonos alfa. Investigou-se o efeito da difusão no enovelamento da proteína cold-shock (TmCSP). Encontrou-se que o efeito temporal da difusão leva a cinéticas não-exponenciais e a estatística não-poissônica da distribuição de tempos de enovelamento. Com relação a dependência com a posição, o coeficiente de difusão revelou ter um comportamento não-monotônico que foi compreendido pela análise dos valores- e da entropia residual no estado nativo. Para uma versão frustrada do modelo, encontrou-se que um baixo nível de frustração energética aumenta a difusão no estado nativo e torna o estado de transição mais homogêneo. Esses resultados corroboram com experimentos recentes de fluorescência de uma única molécula. Esse trabalho também propõe um método para a determinação da superfície de energia de enovelamento de proteína. A partir da caracterização da superfície de energia, definimos a quantidade (LD - Landscape Descriptor) que mostrou uma forte correlação entre a cinética e a termodinâmica de uma dezena de proteínas globulares, tornando-se um método útil para classificar proteínas / Abstract: Diffusion plays an important role in protein folding kinetics. In this thesis we developed analytical and computational methods in order to study the diffusion coefficient dependent on position and time. For these studies we used mainly the structure-based model (G¯o model) via computer simulation of the alpha-carbon representation. We investigated the effect of diffusion in the folding of the cold-shock protein (TmCSP). We found that the time dependence on diffusion leads to non-exponential kinetics and non-Poisson statistics of folding time distribution. With respect to the position dependence, the diffusion coefficient reveled a non-monotonic behavior that was understood by analyzing the -values and the residual entropy in the native state. For a frustrated version of the model, we found that a low level of frustration energy stabilizes and increases the diffusion in the native state and the transition state becomes more homogeneous. These results are supported by recent single-molecule fluorescence experiments. This work also proposes a method to determine the protein folding energy landscape. With the energy landscape characterized, we defined the quantity (LD - Landscape Descriptor) which showed a strong correlation between kinetics and thermodynamics of a dozen globular proteins making it a useful method to classify proteins / Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite / Coorientador: Jorge Chahine / Banca: Antônio Francisco Pereira de Araújo / Banca: Nelson Augusto Alves / Banca: Luis Paulo Barbour Scott / Banca: José Roberto Ruggiero / Doutor

Orientador: Mário Tyago Murakami / Coorientador: Camila Ramos dos Santos / Banca: José Ramon Abrego / Banca: Roberto Ruller / Resumo: Esta dissertação aborda o estudo de duas proteínas, uma β-1,3-1,4-glicanase (EC 3.2.1.73) de Bacillus subtilis 168 (liquenase) e outra α-L-arabinofuranosidase (E.C. 3.2.1.55) da família GH51 de Thermotoga petrophila RKU-1, ambas com potenciais aplicações biotecnológicas. A liquenase é responsável pela catálise da clivagem de β-D-glicanas unidas por ligações tipo 1,3 e 1,4, por outro lado a arabinofuranosidase de estudo é responsável pela hidrólise de resíduos α-1,2, α-1,3 e α-1,5-L-arabinofuranosil e age em combinação com outras enzimas para despolimerização de arabinose em polissacarídeos. Neste sentido, este trabalho teve como objetivo realizar estudos estruturais e biofísicos dessas duas proteínas com o intuito de obter informações moleculares importantes que pudessem contribuir para utilização das mesmas em processos biotecnológicos, como o pré-tratamento da biomassa lignocelulósica por exemplo. Desta forma, foi verificado que a liquenase apresenta massa molecular de 28 kDa, mostra um enovelamento típico de membros da família GH16 com estrutura β-jelly e mostrou uma termotolerância reduzida, abaixo de 50°C. Por outro lado, a arabinofuranosidase é uma enzima termofílica com massa molecular de 57 kDa e com a presença de dois domínios: um domínio catalítico com enovelamento barril (α/β) e um domínio C-terminal β-sanduíche, que possui um motivo β-hairpin único para arabinofuranosidases encontradas no gênero Thermotoga. Desta forma, foi possível concluir que a liquenase de estudo é uma enzima monomérica e que sua reduzida termotolerância limita sua aplicação em processos industriais acima de 50°C. Desta forma, esta é uma candidata a estudos de engenharia de proteínas. E com relação a arabinofuranosidase, possui uma estrutura hexamérica, quando em solução, e sua elevada estabilidade térmica sugere que esta é uma forte candidata a futuras aplicações industriais / Abstract: This paper describes two proteins, β-1,3-1,4-glucanase (EC 3.2.1.73) from Bacillus subtilis 168 (lichenase) and α-L-arabinofuranosidase (EC 3.2.1.55) family GH51 from Thermotoga petrophila RKU-1, both with potential biotechnological applications. The lichenase is responsible for cleavage of β-D-glucans joined by linkages type 1.3 and 1.4, on the other hand arabinofuranosidase is responsible for the hydrolysis of α-1.2, α-1.3 and α-1.5-L-arabinofuranosyl radicals and acts synergistically with others enzymes for arabinose depolymerization of polysaccharides. Therefore, this study aimed to perform structural and biophysical studies of these two proteins in order to obtain important molecular information that could help biotechnological processes by application of these enzymes, such as the pretreatment of lignocellulosic biomass. Thus, it was found that the lichenase molecular mass was 28 kDa and showed a typical folding members of the family GH16 with structure β-jelly and showed a reduced thermotolerance, below 50°C. Moreover, arabinofuranosidase, a thermophilic enzyme, showed molecular mass of 57 kDa and displayed two domains: a folding barrel with the catalytic domain (α/β) and a C-terminal domain β-sandwich, which had a motif β-hairpin unique for arabinofuranosidases found in the genus Thermotoga. Therefore, it was concluded that the lichenase is a monomeric enzyme and that its reduced thermotolerance feature limits its application in industrial processes, above 50°C. So, this is a candidate for future studies of protein engineering. Regarding the arabinofuranosidase, revealed a hexameric structure, when in solution, and its high thermal stability suggests that this is a strong candidate for future industrial applications / Mestre

Orientador: Walter Filgueira de Azevedo Júnior / Banca: Thelma de Aguiar Pertinhez / Banca: Diógenes Santiago Santos / Banca: Eduardo Brandt de Oliveira / Banca: Mário Sérgio Palma / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T20:14:36Z : No. of bitstreams: 1 paulajunior_r_me_sjrp.pdf: 2401171 bytes, checksum: 293d4cda59b87bc2dad96b253a4b0665 (MD5) / A endometriose é uma doença inflamatória crônica, de etiologia multifatorial caracterizada pela implantação e crescimento do endométrio fora da cavidade uterina (endométrio ectópico). Nas lesões de endometriose, os mastócitos aparecem em elevado número, no entanto, poucos estudos investigaram seus mediadores inflamatórios na patogênese dessa doença. Entre os mediadores dos mastócitos ressaltamos a anexina A1 (ANXA1), proteína de 37 kDa com múltiplas ações biológicas como inibição da transmigração de leucócitos, proliferação celular e apoptose. Tais efeitos são mediados por receptores para peptídeos formilados (FPRs), especialmente FPR1. Assim, o objetivo desse trabalho foi investigar o papel das células inflamatórias, particularmente a ativação e heterogeneidade dos mastócitos, sua correlação com a expressão e o mecanismo de ação da ANXA1 em biópsias de endométrios eutópicos (controle, n=10) e ectópicos (endometriose de parede abdominal, n=18). As amostras de endométrio ectópico foram coletadas entre julho de 2003 e janeiro de 2012, incluídas em parafina e cedidas pelo Departamento de Patologia da FAMERP. As biópsias de endométrios eutópicos foram coletadas de pacientes sem quadro clínico de endometriose, entre junho de 2011 e junho de 2012, com a colaboração do Departamento de Ginecologia e Obstetrícia da FAMERP. Essas biópsias foram processadas para: (i) análises histopatológicas, (ii) quantificação de células inflamatórias (neutrófilos e mastócitos) e (iii) imuno-histoquímica utilizando anticorpos específicos para estudo da heterogeneidade dos mastócitos (triptase e quimase), da expressão da ANXA1 e do receptor FPR1 nos tecidos. A análise histopatológica das lesões de endometriose mostrou... / Endometriosis is a chronic inflammatory disease of multifactorial etiology, characterized by implantation and growth of endometrium outside the uterine cavity (ectopic endometrium). Endometriotic lesions presented a high number of mast cells, however, few studies have investigated their inflammatory mediators in the pathogenesis of this disease. Among these mediators we emphasize annexin A1 (ANXA1), a 37 kDa protein with multiple biological actions like inhibition of leukocyte transmigration, cellular proliferation and apoptosis. Such effects are mediated by formyl peptide receptors (FPRs), especially FPR1. Thus, the purpose of this study was to investigate the role of inflammatory cells, particularly the activation and heterogeneity of mast cells, and its correlation with expression and mechanism of action of ANXA1 in biopsies of eutopic (control, n = 10) and ectopic endometrium (abdominal wall endometriosis; n = 18). The samples of ectopic endometrium were collected between July 2003 and January 2012, embedded in paraffin and provided by the Department of Pathology of FAMERP. Biopsies of eutopic endometrium were collected from patients without clinical features of endometriosis, between June 2011 and June 2012, with the contribution of the Department of Obstetrics and Gynecology of FAMERP. These biopsies were processed for: (i) histopathology, (ii) the quantification of inflammatory cells (neutrophils and mast cells) and (iii) immunohistochemistry using specific antibodies to study the heterogeneity of mast cells (chymase and tryptase), and expression of ANXA1 and FPR1 receptor in tissues. Histopathological analysis of endometriotic lesions showed two morphological patterns: glandular pattern of mixed differentiation (presence of differentiated glands with simple prismatic epithelium and... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-06-13T19:33:16Z : No. of bitstreams: 1 cardin_lt_me_sjrp_parcial.pdf: 176602 bytes, checksum: ff28363703d8dd3bbc92fef1981922c5 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-04-01T12:51:15Z: cardin_lt_me_sjrp_parcial.pdf,Bitstream added on 2015-04-01T12:51:49Z : No. of bitstreams: 1 000714251.pdf: 1224592 bytes, checksum: b3e0c7d1422ace17fba65af406dd3879 (MD5) / INTRODUÇÃO: A inflamação é caracterizada pelo acúmulo de leucócitos nos tecidos oculares, podendo afetar qualquer parte do olho, sendo um processo doloroso, associado à fotofobia e podendo resultar em complicações secundárias. Em geral, no tratamento dessas inflamações intra-oculares, os glicocorticóides são os medicamentos freqüentemente administrados. Porém, devido aos efeitos adversos, existe uma demanda óbvia para o desenvolvimento de novas estratégias terapêuticas. Entre elas, a proteína anexina A1 (ANXA1) tem mostrado a sua participação ativa nos processos inflamatórios. OBJETIVO: Em função desses dados, foi realizado o presente trabalho que teve como objetivo geral avaliar a influência desse tratamento anti-inflamatório nas células epiteliais pigmentadas da retina humana (ARPE-19), sobre a morfologia, proliferação, migração e na expressão gênica e proteica. MATERIAL E MÉTODOS: As células ARPE-19 foram cultivadas em meio completo e estimuladas pelo Lipopolissacarideo bacteriano (LPS), e em outro experimento foi acrescentado o tratamento com o peptídeo ANXA1 Ac2-26 , para avaliar o possível efeito anti-inflamatório dessa proteína, nos tempos de 1, 2, 4, 24, 48 e 72 horas sobre a morfologia, proliferação e migração celular. Após análises estatísticas, que evidenciaram o tempo de 72 horas, foi realizado um novo cultivo celular para a extração do RNA e conduzida a técnica de Hibridização Subtrativa Rápida (RaSH). A validação de cinco genes encontrados como diferencialmente expressos foi realizada por RT-qPCR. Além dessas técnicas, também foi analisada a expressão das citocinas anti e pró-inflamatórias pelo ensaio Multiplex. RESULTADOS: O ANXA1Ac2-26 não modificou a morfologia das células ARPE-19, entretanto diminui a proliferação e aumenta a migração celular. Pela tecnologia de... / INTRODUCTION: The inflammation is characterized by the accumulation of leukocytes in ocular tissues, and it can affect any part of the eye, been a painful process, associated with photophobia and may result in secondary complications. In general, for the treatment of these intraocular inflammations, the glucocorticoids are the drugs frequently administered. However, due to its side effects, there is an obvious demand for developing new therapeutic strategies. Among them, the protein annexin A1 (ANXA1) has shown its active participation in inflammatory processes. AIM: In the present study we investigated the influence of anti-inflammatory treatment in human retinal pigment epithelial cells (ARPE-19), on the morphology, proliferation, migration and gene and protein expression. MATERIALS AND METHODS: The ARPE-19 cells were cultured in complete medium and stimulated by bacterial lipopolysaccharide (LPS), and in another experiment was added treatment with ANXA1Ac2-26 peptide, to evaluate the possible anti- inflammatory effects of this protein, in 1, 2, 4, 24, 48 and 72 hours on the morphology, cell proliferation and migration. After statistical analyzes, which demonstrated that the time 72 hours is the best, was performed a new culture bottles for RNA extraction technique and conducted the Rapid Subtractive Hybridization (RaSH). The validation of five genes founded differentially expressed was done by RT-qPCR. In addition to these techniques was also analyzed the expression of anti and pro-inflammatory cytokines by Multiplex assay. RESULTS: The ANXA1Ac2-26 did not alter the morphology of the ARPE- 19 cells, however decreased proliferation and increased cell migration. After statistical analysis, it was evident that the time of 72 hours was the best to proceed with the methodology. By RaSH technology... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-06-13T18:53:59Z : No. of bitstreams: 1 sonehara_nm_me_sjrp.pdf: 893050 bytes, checksum: 36bd329123662bdbb3b28cb8936b43fd (MD5) / Introdução: A inflamação ocular é geralmente tratada com glicocorticoides, cujos efeitos colaterais estimulam novas estratégias terapêuticas. Nesse aspecto, destacamos a Galectina-1 (Gal-1), proteína com potencial anti- inflamatório, cuja ação em tecidos oculares foi pouco investigada. Objetivo: No presente estudo avaliamos a expressão da Gal-1 nas células epiteliais pigmentadas da retina humana (ARPE-19), após ativação pelo inflamógeno lipopolissacarídeo (LPS) e tratamentos com a Gal-1 recombinante humana (hrGal-1). Métodos: Para avaliar o efeito anti-inflamatório da Gal-1, as células ARPE-19 foram cultivadas em meio DMEM:F-12 completo (controle), ativadas pelo LPS (10 µg/mL) e tratadas com hrGal-1 (0,04; 0,4 e 4 µg/mL) ou glicocorticoide dexametasona (Dex: 1µM), nos períodos de 2, 8, 24 e 48 horas. Nessas condições, avaliamos a citotoxicidade dos tratamentos farmacológicos por ensaios de viabilidade celular e, a expressão da Gal-1 endógena nas células ativadas pelo LPS e tratadas com Dex, por meio da imunocitoquímica ultraestrutural. Nos sobrenadantes, em todos os tempos experimentais, analisamos os níveis das citocinas IL-6, IL-8, IL-10, TNF-α, IL-1β e MCP-1 pelo método de ELISA. Com a finalidade de determinar a especificidade do efeito da hrGal-1, via domínio reconhecedor de carboidrato (CRD) sobre as células ARPE-19, adicionamos nas culturas os açúcares com ou sem afinidade pelo CRD (respectivamente β-galactose ou sucrose - 100mM) e, após 8 horas, os sobrenadantes foram coletados para análise das citocinas pró-inflamatórias IL- 6 e IL-8. Ainda, investigamos a expressão da enzima ciclo-oxigenase 2 (COX- 2), um importante mediador do processo inflamatório, nos períodos de 8 e 24 horas, por imunofluorescência. Resultados: Os ensaios de viabilidade celular mostram que os diferentes tratamentos... / Introduction: Ocular inflammation has often been treated with glucocorticoids, however, collateral side effects stimulate the search for new therapeutic strategies. In view of this, we emphasis on Galectin-1 (Gal-1), a protein with anti-inflammatory potential that has been poorly investigated in ocular tissues. Aim: The aim of this paper is to evaluate the expression and mechanism of action of Gal-1 in human retinal pigment epithelial cells (ARPE-19 cells) activated by lipopolysaccharide (LPS) and treated with recombinant human Gal- 1 (hrGal-1). Methods: To assess the anti-inflammatory effect of Gal-1, ARPE- 19 cells were cultured in DMEM: complete F-12 (control), activated by LPS and treated with hrGal-1 (0,04; 0,4 e 4 µg/mL)or glucocorticoid dexamethasone (Dex: 1μM) at 2, 8, 24 and 48 hours. Under these conditions, we evaluated the cytotoxicity of pharmacological treatments by cell viability assays, and the expression of the endogenous Gal-1 in cells activated by LPS and treated with Dex by ultrastructural immunocytochemistry. In the supernatants of these cells, in all experimental periods, we analyzed the levels of IL-6, IL-8, IL-10, TNF-α, IL-1β and MCP-1 by ELISA. In order to determine the specificity of the effect of hrGal-1 via carbohydrate recognizer domain (CRD) on ARPE-19 cells, we added sugars to the culture with or without their affinity for the CRD (respectively β-galactose or sucrose - 100 mM), and these supernatants were collected after 8 hours for analysis of pro-inflammatory cytokines IL-6 and IL-8. We also analyzed the expression of the cyclooxygenase-2 (COX-2) enzyme, an important inflammatory process mediator, at 8 and 24 hours by immunofluorescence. Results: The assays of cell viability show that the different drug treatments have low cytotoxicity. The cells activated with... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-22Bitstream added on 2014-06-13T20:16:36Z : No. of bitstreams: 1 wilson_c_me_sjrp.pdf: 535059 bytes, checksum: 514dc7e27d5f6dc577b4bea8fe8ef6de (MD5) / Os venenos de serpentes são constituídos por uma complexa mistura de substâncias que apresentam características e proporções variáveis de acordo com as diferentes espécies, distribuição geográfica dos indivíduos, variação ontogenética e sexual e alimentação. Essa variabilidade na composição dos venenos é de grande interesse na pesquisa e desenvolvimento de novos fármacos, pois um elevado grau de variação aumenta o número de seus potenciais usos. De acordo com essas propriedades dos venenos de serpentes, no presente estudo procurou-se comparar algumas variações existentes nas frações do veneno de Bothrops leucurus, uma serpente da família Viperidae que se caracteriza por produzir um veneno com toxicidade variável devido a diferentes fatores. A toxicidade do veneno deve-se principalmente à sua fração proteica, constituída em sua maior parte por proteinases (metalo proteinases e serino proteinases), fosfolipases e L-aminoácido oxidases que apresentam efeitos potenciais no sistema homeostático, além de possuírem ação citotóxica, antimicrobiana e inflamatória. Neste estudo foram realizados ensaios cromatográficos para a purificação de algumas dessas enzimas e a caracterização das mesmas para a verificação de suas propriedades proteolíticas e fibrinogenolíticas, além do potencial antimicrobiano do veneno bruto. Foram purificadas duas metalo proteinases de 28 e 65 kDa, respectivamente, uma serino protease de 35 kDa, uma LAAO de 66 kDa e duas fosfolipases com 14 e 15kDa. Constatou-se que a metalo protease de 65 kDa apresentou a maior atividade fibrinogenolítica. Além disso, foi realizado o teste da mínima concentração inibitória com o veneno bruto para verificar seu efeito antimicrobiano contra uma bactéria gram-negativa e outra gram-positiva, sendo que nesta última, apresentou atividade inibitória / The snake’s venoms are constituted by a mixture of substances that exhibit character and variable proportion according to different species, geographic distribution of individuals, ontogenetic and sexual and feed variability. That variability on poisons compositions is of great interest on research and development of new drugs, because a high degree of variation increases the number of potential use. According to those properties of snake’s poisons in the actual study it was sought to compare some variations existents on fractions of Bothrops leucurus venom, a snake of family Viperidae that is characterized by production of poison with variable toxicity due different factors. The poison toxicity should principally its protein fraction consisting mostly by proteinases (metalloproteinases and serine protease), phospholipases and L-aminoacid oxidases showing potential effects on homeostatic system, beyond having cytotoxic action, bactericidal and inflammatory. This study describe chromatographic separation of some enzymes and characterization of it and to verification of its proteolytic and fibrinogenolytic properties further the bactericidal potential of crude venom. Was purified two metalloproteinases of 28 and 65 kDa respectively, a serine protease of 35 kDa, a LAAO of 66 kDa and two phospholipases of 14 and 15kDa. It was found metalloproteinase of 65 kDa show a higher fibrinogenolytic activity. Futhermore crude venom was carried out the test of minimum inhibitory concentration with crude venom to check its antimicrobial effect against a gram-negative bacterium and other gram-positive, whereas in the latter showed inhibitory effect

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-05-18Bitstream added on 2014-06-13T20:40:47Z : No. of bitstreams: 1 vicoti_mm_dr_sjrp.pdf: 5846800 bytes, checksum: e7bcb26168fdbf9a2249fe40a39e9099 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A técnica de espalhamento de raios-X a baixo ângulo – SAXS é uma poderosa ferramenta para a caracterização de macromoléculas biológicas em solução. Aplicando-a de forma correta podemos obter parâmetros físicos à respeito do material de estudo, como raio de giração, máxima dimensão, volume e superfície. Neste trabalho caracterizou-se em solução aquosa a macromolécula heterodimérica crotoxina com a variação do pH em ácido, básico e neutro. Esta proteína foi isolada da serpente sul-americana Crotalus durissus terrificus e seus constituintes crotapotina e fosfolipase A2 também foram caracterizados isoladamente. Os parâmetros físicos obtidos foram confrontados com trabalhos realizados anteriormente. Propô-se um modelo de coordenadas atômicas obtido por modelagem e dinâmica molecular. Realizamos a análise estrutural das macromoléculas homólogas Bothropstoxin – I e Bothropstoxin – II isoladas da serpente sul-americana Bothrops jararacussu, indicando que os estados oligoméricos estão ambos em bom acordo com os resultados obtidos pelo seu estado cristalino. Lotus tetragonolobus lectin (LTA) é uma lectina ligante especifica de açúcar fucose de origem das leguminosas. O estudo do estado cristalino desta proteína revela uma diferente disposição dos monômeros no tetrâmero, este que é composto por dímeros em um novo modo arranjar-se, formando assim uma nova estrutura tetramérica a qual foi confirmado pela investigação da estrutura quaternária da função envelope disposto pela análise das curvas de SAXS, comparadas e sobrepostas à estrutura das coordenadas atômicas determinada por cristalografia. A corismato sintase (CS) é a sétima enzima da via shikimato para a síntese de aminoácidos aromáticos, em fungos, bactérias e parasitas tais como o causador da tuberculose, porém, em mamíferos esta via é ausente... / The technique of small angle X-ray scattering - SAXS is a powerful tool for characterization of biological macromolecules in solution. Applying it correctly so we can get physical with respect to materials, such as radius of gyration, maximum size, volume and surface area. This work was characterized in aqueous solution macromolecule heterodimeric crotoxina with the change in pH in acid, basic and neutral. This protein was isolated from the South American snake Crotalus durissus terrificus and its constituents crotapotina and phospholipase A2 were also characterized in isolation. The physical parameters were confronted with work done previously. Propose is a model of atomic coordinates obtained by modeling and molecular dynamics. We performed the structural analysis of macromolecules Bothropstoxin counterparts - and I Bothropstoxin - II isolated from South American snake Bothrops jararacussu, indicating that the states are oligomers both in good agreement with results obtained by its crystalline state. Lotus tetragonolobus lectin (LTA) is a lectin binding specific sugar fucose of origin of legumes. The study of the crystalline state of this protein shows a different arrangement of monomers in the tetramer, that is composed of dimers in a new way get it, thus forming a new tetrameric structure which was confirmed by investigation of the quaternary structure of the envelope function provided by analysis of SAXS curves, and compared to the overlapping structure of atomic coordinates determined by crystallography. The corismato synthase (CS) is the seventh enzyme of shikimato route for the synthesis of aromatic amino acids in fungi, bacteria and parasites such as the cause of tuberculosis, but in mammals this pathway is absent. The structure of the envelope function was determined revealing a structure of tetramer in solution was also verified by crystallographic analysis... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador: Walter Filgueira de Azevedo Júnior / Banca: Fernanda Canduri / Banca: José Marcio Machado / Resumo: A lepra ou hanseníase é uma doença crônica infecciosa de pele e nervos periféricos causados pelo patógeno intracelular obrigatório do Mycobacterium leprae (M. leprae). A lepra afeta milhões de pessoas em todo mundo, principalmente os habitantes de países pobres em desenvolvimento e industrializados. O seqüenciamento do genoma do M. leprae revelou a presença de genes da via metabólica do ácido chiquímico, que tem uma importância fundamental na produção de compostos aromáticos em plantas, bactérias e fungos. A via metabólica do ácido chiquímico consiste em sete enzimas que catalisam a conversão seqüencial de eritrose-4-fosfato (E4P) e fosfoenolpiruvato (PEP) em corismato, a qual está ausente em humanos, minimizando os efeitos tóxicos das drogas no organismo e aumentando a especificidade das novas drogas desenvolvidas. A análise do modelo estrutural da chiquimato quinase de M. leprae (MlSK) complexada com ácido chiquímico, adenosina difosfato(ADP) e magnésio (Mg+2), a qual catalisa o quinto passo da via metabólica do ácido chiquímico obtidos por métodos de modelagem molecular comparativa foi validado e poderá ser utilizado para o desenho de drogas específicas contra o M. leprae e vários outros microrganismos que apresentam a mesma via. Este trabalho aumenta a certeza de que a modelagem comparativa é uma ferramenta útil em bioinformática estrutural, uma vez que não se tem acesso às estruturas determinadas experimentalmente, podendo ser valiosa na anotação de Dissertação de Mestrado seqüências genômicas, contribuindo para a genômica estrutural e funcional, e simulações de docking proteína-ligante. / Abstract: Leprosy or Hansen's disease is a chronic infection of the skin and peripheral nerves caused for obligate intracellular pathogen Mycobacterium leprae . The leprosy is affecting million persons in whole world, principally the inhabitants of poor countries in development and industrialized. The genome sequencing of M. leprae has revealed the presence of genes of metabolic pathway of the shikimic acid, what is pivotal importance to production of aromatic compounds in plants, bacteria and fungi. The metabolic pathway of the shikimic acid consists of seven enzymes that catalyse the sequential conversion of erythrose-4-phosphate (E4P) and phosphoenolpyruvate (PEP) to chorismate, which is absent in humans, minimizing the toxic effects of the drugs in the organism and increasing the specificity of the new drugs developed. The analysis of shikimate kinase structural model of M. leprae (MlSK) complex with shikimic acid, adenosine diphosphate (ADP) and magnesium (Mg+2), which catalysing the fifth step of shikimic acid metabolic pathway obtained by methods of molecular comparative modeling was validated and it will be able to draw specific drugs against M. leprae and several other microorganisms that presents the same pathway. This work increase the conviction that comparative modeling is an useful tool in structural bioinformatics, once that have not acess to the experimentally determined estructures, can be valuable in annotating genome sequence,contributing to the structural and functional genomics, and protein-ligand docking simulations. / Mestre