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Caracterização da proteina Tif34p e do sub-complexo Tif34p/Tif35p do fator de tradução eIF3 de Saccharomyces cerevisiae

Costa, Celisa Caldana 03 August 2018 (has links)
Orientador: Nilson Ivo Tonin Zanchin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:57:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_CelisaCaldana_M.pdf: 3533582 bytes, checksum: 0766aeffae17a09254ca22c48c13f425 (MD5) Previous issue date: 2004 / Mestrado
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Estudos de relação estrutura-função de proteinas da bacteria Xylella fastidiosa envolvidas em patogenicidade e adaptação

Salmazo, Anita Paula Testa 27 July 2004 (has links)
Orientador: Francisco Javier Medrano Martin / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:11:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salmazo_AnitaPaulaTesta_M.pdf: 3523521 bytes, checksum: c953c7f73d24e98bbdce46507535161e (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: o sistema regulador de dois componentes responde a mudanças no meio ambiente, regulando genes envolvidos na adaptação de bactérias. Este sistema, normalmente é formado por duas proteínas, uma proteína sensora que nota a mudança ambiental, e outra proteína reguladora que regula os genes necessários para a resposta adequada. Assim, visando caracterizar as proteínas Xf0389 (reguladora) e Xf0390 (sensora) de Xy/ella fastidiosa, experimentos desde amplificação gênica até purificação protéica foram iniciados. Enquanto o gene Xf0390 foi amplificado e clonado em vetor pGEM-T-Easy, o gene Xf0389 foi inserido em vetor de clonagem e após a confirmação de similaridade do fragmento extraído do vetor com o gene descrito de X. fastidiosa, o fragmento foi subclonado em vetores de expressão (pET28a(+), pET29a(+) e pGEX4T-3). A proteína foi expressa em diferentes linhagens de Escherichia colí, para obtenção da mesma em sua forma solúvel. Através de experimentos de dicroísmo circular, a proteína foi caracterizada como estável e predominantemente rica em a-hélice. Esta última característica da estrutura secundária também foi mostrada pelo modelo construído para a proteína Xf0389, baseado na estrutura tridimensional da proteína "DNA binding response regulator D" (DrrD) de Thermotoga maritima que pertence a subfamília OmpR/PhoB / Abstract: The two-component regulatory system are signal transduction strategies used by bacteria in order to sense the surrounding the environment. This system is composed by two proteins, a transmembranic sensor protein (PhoQ) that interacts with the other one, a response regulator protein (PhoP) that once it has been phosphorilated, it generates a response by regulating the expression of several genes, involved in virulence and adaptation. In Xy/ella fastidiosa this system is formed, at least, by these two genes: Xf0389 (PhoP) and Xf0390 (PhoQ). The Xf0390 was cloned only in pGEM-T-Easy, while the Xf0389 was ais o cloned into the expression vector pET28a(+) and the protein was expressed in E. colí C43 (DE3) strain. Circular dichroism spectra of the purified protein show a high content in alpha-helix. A three-dimensional model of Xf0389 was built and the modeling was based on the protein DNA binding response regulator D (DrrD) from Thermotoga maritima (PDB accession code: 1 kgs). Typically, response regulators have two domains: a N-terminal regulatory domain which is phosphorilated and a C-terminal effector domain which has a DNA binding motif. Based on the sequence of the effector domain, there are three subfamilies: NtrC, NarUFixJ and OmpRlPhpB. Xf0389 has characteristics of the proteins belonging to the OmpRlPhoB subfamily / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular
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Avaliação da atividade inibitória In vitro de bacteriocinas extraídas de Lactobacillus spp. isolados de aves (Gallus gallus, Linnaeus, 1758)

Lima, Edna Tereza de [UNESP] January 2003 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003Bitstream added on 2014-06-13T18:06:46Z : No. of bitstreams: 1 lima_et_me_botfmvz.pdf: 1900368 bytes, checksum: 0ed40eb2152ee863edc771400939912f (MD5) / Native intestinal lactic acid bacteria from poultry and mammals provide an adverse environment to development of pathogenic microorganisms. Recently, beyond its use as probiotics, the application in food conservation has been researched. Species like Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus, Pediococcus e Leuconostocs are used in fermented food, presenting antagonistic properties to same species and/or pathogenic bacterias. Lactobacillus spp. species used in probiotics and competitive exclusion products have benefic effects due direct action on particular groups of pathogenic microorganisms. Just by these advantages, lactic acid bacteria have been exhaustively studied allowing the detection of antibiose promoters substances as organic acids, bacteriophags, hydrogen peroxide, and bacteriocins. In the present study, 474 lactic acid bacteria from Lactobacillus species were isolated from the crop and ceca of chicken. Two hundred sixty five samples presented inhibitory activity against indicator microorganisms (Gram-positive and Gram-negative bacterias) using the spot-on-the-lawn assay. Fifty three samples identified as Lactobacillus reuteri, L. salivary and L. spp. confirmed inhibition of Enterococcus faecalis, E. faecium, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes and Salmonella spp. but not on Lactobacillus casei, L. delbrureckii, L. fermentum and L. helveticus by bacteriocins action by antagonistic the simultaneons methods of well diffusion assay on anaerobiosis. The antagonism was detected by inhibition zones to various indicators microorganisms.
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Avaliação da atividade inibitória In vitro de bacteriocinas extraídas de Lactobacillus spp. isolados de aves (Gallus gallus, Linnaeus, 1758) /

Lima, Edna Tereza de. January 2003 (has links)
Orientador : Raphael Lucio Andreatti Filho / Abstract: Native intestinal lactic acid bacteria from poultry and mammals provide an adverse environment to development of pathogenic microorganisms. Recently, beyond its use as probiotics, the application in food conservation has been researched. Species like Lactobacillus, Lactococcus, Streptococcus, Pediococcus e Leuconostocs are used in fermented food, presenting antagonistic properties to same species and/or pathogenic bacterias. Lactobacillus spp. species used in probiotics and competitive exclusion products have benefic effects due direct action on particular groups of pathogenic microorganisms. Just by these advantages, lactic acid bacteria have been exhaustively studied allowing the detection of antibiose promoters substances as organic acids, bacteriophags, hydrogen peroxide, and bacteriocins. In the present study, 474 lactic acid bacteria from Lactobacillus species were isolated from the crop and ceca of chicken. Two hundred sixty five samples presented inhibitory activity against indicator microorganisms (Gram-positive and Gram-negative bacterias) using the spot-on-the-lawn assay. Fifty three samples identified as Lactobacillus reuteri, L. salivary and L. spp. confirmed inhibition of Enterococcus faecalis, E. faecium, Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes and Salmonella spp. but not on Lactobacillus casei, L. delbrureckii, L. fermentum and L. helveticus by bacteriocins action by antagonistic the simultaneons methods of well diffusion assay on anaerobiosis. The antagonism was detected by inhibition zones to various indicators microorganisms. / Mestre
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Análise estrutural das proteínas PHBF, PHAP1 e HFQ de Herbaspirillum Seropedicae

Kadowaki, Marco Antonio Seiki 18 October 2013 (has links)
Resumo: Herbaspirillum seropedicae SmR1 é uma ?-proteobactéria capaz de colonizar de forma endofítica diversas plantas de interesse comercial, sugerindo o seu uso como um potencial biofertilizante. Este trabalho é apresentado em dois blocos que descrevem a caracterização de proteínas de H. seropedicae SmR1 envolvidas no metabolismo do polímero polihidroxibutirato (PHB) e na regulação pós-transcricional da expressão gênica, com o objetivo de explorar os mecanismos regulatórios destas proteínas do ponto de vista molecular e estrutural. O capítulo 1 descreve a caracterização das proteínas PhbF e PhaP1 envolvidas no metabolismo de PHB. A capacidade de produzir este poliéster alifático é um importante fator associado à sobrevivência no ambiente em condições de estresse e competitividade com outras bactérias. Este polímero é estocado no interior das células na forma de grânulos cobertos por uma camada de várias classes de proteínas que regulam desde a produção/degradação do polímero, passando por seu tamanho e chegando a transcrição. PhbF está relacionada com a regulação transcricional e PhaP1 ou fasina está envolvida na regulação da relação volume/superfície dos grânulos. Estas proteínas foram expressas de forma heteróloga em Escherichia coli e purificadas com sucesso na forma fusionada a uma cauda de histidinas, utilizando o detergente TritonX-100. Experimentos de gel filtração revelaram PhbF como uma proteína tetramérica e PhaP1 como uma proteína pentamérica, ambas em solução. A proteína PhbF foi capaz de ligar-se a onze prováveis regiões promotoras de genes envolvidos com o metabolismo de PHB em H. seropedicae, confirmando a sua atividade de ligação ao DNA. A análise in silico destas regiões promotoras indicou a sequência consenso 5`-TG[N]TGC[N]3GCAA-3` que foi protegida da ação da DNaseI na região promotora de phbF. Esta proteína foi também capaz de ligar-se ao polímero PHB extraído de H. seropedicae assim como PhaP1. A fasina interagiu fortemente com o PHB e foi capaz de aderir a um filme deste polímero onde foram observadas várias estruturas proteicas individualizadas com dimensão lateral média de 177,8 ± 11,7 Å. Esta dimensão é compatível com a distância máxima de 200 Å calculada para PhaP1 em solução pelo método de SAXS. Esta técnica permitiu também acessar o envelope molecular das proteínas PhbF e PhaP1. Aspectos in vivo relacionados à correlação entre o metabolismo de PHB e a transcrição dos genesphbF e phaP1 foram abordados através de fusões transcricionais ao gene lacZ. PhbF foi capaz de reprimir a sua própria expressão e a do gene phaP1 em E. coli sem a interferência do polímero PHB. Em H. seropedicae, foi possível observar o acoplamento entre a expressão dos genes phbF e phaP1 ao metabolismo de PHB assim como a mobilidade da proteína PhbF entre as formas ligada ao DNA e ligada ao grânulo de PHB. O capítulo 2 descreve a caracterização da chaperona de RNA Hfq de H. seropedicae. Esta é uma proteína homohexamérica, identificada em E. coli como um fator do hospedeiro envolvido na replicação do bacteriófago Q? e como um importante regulador pós-transcricional de vários tipos de RNA afetando uma série de funções bacterianas. A estrutura da proteína Hfq foi determinada por cristalografia de raios-X e espalhamento de raios-X a baixo ângulo (SAXS). A estrutura cristalográfica revelou uma topologia do tipo Sm conservada, composta por uma ?-hélice N-terminal seguida de cinco fitas ?, e uma nova interação intra-subunidades do tipo empilhamento ?-? entre dois resíduos de histidinas ausente em outras Hfqs com estrutura resolvida. Além disso, o envelope molecular calculado com base nos dados de SAXS concordou com a estrutura cristalográfica, sugerindo que a proteína tem a mesma
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Identificação de proteínas que interagem com a ubiquitilação em Trypanosoma cruzy

Lima, Carla Vanessa de Paula 19 October 2009 (has links)
No description available.
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Caracterização funcional de proteínas Poli-Q em Trypanosoma cruzi

Mansur, Fernanda Cristina Borini 06 August 2013 (has links)
Resumo: Em tripanossomatídeos, a regulação da expressão gênica ocorre principalmente em nível pós-transcricional. A associação entre mRNAs e determinadas proteínas determinam o destino de um mRNA, direcionando-o à tradução, repressão ou degradação. Para caracterizar complexos proteicos associados a mRNAs traduzidos ou não-traduzidos, um trabalho prévio isolou mRNPs de epimastigotas e epimastigotas sob estresse nutricional utilizando microesferas poli-(T) e os complexos proteicos ligados a mRNAs poli-(A+) foram analisados por espectrometria de massas. Dentre estas proteínas, uma proteína poli-Q com função desconhecida, ortóloga à TbGAP2 em T. brucei, foi identificada, presente nas frações polissomal e pós-polissomal de epimastigotas e epimastigotas sob estresse nutricional. O objetivo deste estudo é caracterizar esta proteína e determinar se esta está envolvida com a regulação da expressão gênica. O gene codificador desta proteína foi clonado e expresso para produzir anti-soro policlonal. O anti-soro contra a proteína TcGAP2 mostrou especificidade e identificou uma proteína de tamanho esperado em extratos de T. cruzi. TcGAP2 está presente no cinetoplasto e no citoplasma. Além disso, análises por Western blotting mostraram que TcGAP2 está diminuída nas formas metacíclicas, corroborando a marcação de imunofluorescência mais fraca nestas formas. Quando lisados de epimastigotas e epimastigotas sob estresse nutricional foram aplicados em gradiente de sacarose 15-55% e as frações foram analisados por imunoblotting, a proteína foi detectada em polissomos apenas nas últimas formas. Marcação in situ de nicks e gaps nas redes de minicírculos com a terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) e dUTP fluorescente seguida de imunofluorescência mostrou co-localização parcial indicando certo envolvimento com replicação de minicírculo. Para identificar mRNAs e proteínas associadas a complexos mRNPs contendo TcGAP2, foram realizados ensaios de imunoprecipitação com o soro contra TcGAP2 usando lisados de epimastigotas e epimastigotas sob estresse nutricional. Os RNAs alvo de TcGAP2 foram identificados por sequenciamento de RNA em larga escala e as proteínas, por espectrometria de massas. Os transcritos dos complexos contendo TcGAP2 mudam entre as duas formas, entretanto eles são funcionalmente relacionados, estando enriquecidos em ligação a ATP, fosforilação de proteínas, processo metabólico, dentre outros. Análises utilizando o algoritmo MEME foram realizadas para identificar motivos de sequência comuns dentre os alvos identificados. Nenhum motivo aparente foi encontrado nas regiões 3' não-traduzidas nem nas regiões codificadoras. Entretanto, dois motivos foram encontrados na região 5' nãotraduzida. Assim como os RNAs alvo mudam entre os dois estágios, as proteínas parceiras também. Algumas das proteínas identificadas em epimastigotas como parte dos complexos contendo TcGAP2 incluem proteínas ribossomais e proteínas de ligação a RNA e em epimastigotas sob estresse nutricional, várias proteínas hipotéticas. Já GAP1 foi identificada em ambas formas e, juntamente com GAP2, está envolvida com estabilização de gRNA em T. brucei. O duplo nocaute do gene de TcGAP2 não se mostrou viável sugerindo que este gene seja essencial. Estes dados sugerem que esta proteína pode ter diferentes funções dependendo de sua localização e que TcGAP2 é um componente de complexos ribonucleoprotéicos no citoplasma que podem estar regulando o processamento de mRNAs específicos.
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Caracterização da interação da proteína Adam23 com a proteina Prion Celular e avaliação da função biológica desta interação

Costa, Michele Dietrich Moura 23 August 2011 (has links)
No description available.
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Formação e caracterização de cristais de proteínas usando métodos de filmes finos

Carvalho, Vivian Fernanda Pavesi 25 January 2013 (has links)
Resumo: A cristalização da lisozima sobre a superfície de grade de cobre revestida com filme fino de carbono bacteriano(GC) para microscopia de transmissão foi analisada por microscopia de força atômica (MFA) e microscopia eletrônica de transmissão (MET). A lisozima é uma proteína globular, que atua como enzima antibacteriana, hidrolisando uma porção da parede celular de algumas bactérias, sendo assim conhecida como um antibiótico natural. A solução da lisozima foi depositada por diferentes métodos sobre a superfície de GC. Além da deposição da solução de lisozima, foram também utilizadas nano partículas (NP) de ouro como nucleantes. Os cristais formados com e sem NP de Au e em diferentes concentrações, foram analisados por MET e por MFA. As imagens topográficas de MFA não mostram diretamente as NP de Au, devido a irregularidade da superfície da GC, comprometendo o uso do MFA nesta análise. A análise de Espalhamento Dinâmico de Luz (EDL) da solução de lisozima mostra aglomerados com dimensões comparáveis com unidades protéicas, sugerindo que não ocorre cristalização antes da deposição na GC. A análise das imagens de difração de elétrons obtidas por MET sugerem que houve formação de cristais de lisozima com parâmetros de rede a=3,1nm, b= 5,25nm e c= 8,9 nm. O maior número de cristais tanto na forma monocristalina, quanto policristalina ocorreu nos filmes preparados com NP de Au e com baixas concentrações (10 M) de proteína e menores tempo de incubação.
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Papel da MRP1/bomba GS-X na regulação do potencial redox celular, e a influência do estado redox celular na expressão e atividade da MRP1/bomba GS-X

kolberg, Angela January 2005 (has links)
Uma das complicações que levam o paciente terminal de câncer à morte é a imunossupressão. Por sua vez, a superprodução de prostaglandinas ciclopentenônicas (CP-PGs) no plasma desses indivíduos é um fator de risco para depressão imunológica já que as CP PGs bloqueiam inúmeras interações entre células imunológicas. Estudos de nosso grupo revelaram que células tumorais apresentam alta atividade da ATPase bomba GS X/MRP que exporta conjugados sulfidrila, inclusive CP PG na forma de S-conjugados de glutationa. A glutationa é uma das, ou a mais importante substância para manutenção do estado redox celular. Como o acúmulo de proteínas de choque térmico (HSP) induzidas pelas CP PGs em células imunológicas é indicativo do grau de estresse ao qual cada célula está sendo submetida, neste trabalho, buscamos determinar qual a influência da MRP1/bomba GS-X na presença de estresse celular causado por desbalanço redox e os parâmetros de estresse celular necessários para influenciar a expressão e/ou a atividade da MRP1/bomba GS-X. Nossos resultados sugerem que linfócitos respondem bem a transfecção por eletroporação com o gene da MRP1/bomba GS-X e que a presença desta proteína possa conferir resistência ao tratamento com substâncias eletrofílicas de maneira a ajustar o estado redox celular mais rapidamente, o que impede o efeito citotóxico destas substâncias.

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