Thèse diffusée initialement dans le cadre d'un projet pilote des Presses de l'Université de Montréal/Centre d'édition numérique UdeM (1997-2008) avec l'autorisation de l'auteur. / In spite of considerable research on Kenya’s fertility, questions remain. This dissertation examines three of these issues - the national and sub-national trend patterns in the country’s fertility and related proximate determinants, factors in the transitions to second and third conceptions, and the determinants of contraceptive use. Results, presented below, are based upon data which comprised five sample surveys conducted between 1977 and 2003 among women of reproductive age, as well as a community and health facility survey implemented in 1999. First, an exploratory analysis of trends in fertility and its proximate determinants shows that a pattern of later family formation and of a higher level of fertility control is associated with the more modernized and developed regions (urban areas and rural Central Province). Secondly, using survival analysis, the relative hazards of transition to the second and third conceptions for the 12-year periods during which fertility fell rapidly (1977-1989) and the pace of decline reduced (1991-2003) are compared. Among the findings, although child survival has significant effects during both periods, its influence is more pronounced during the recent period. Thirdly, multivariate analysis of the determinants of contraceptive use shows that motivation for fertility control is significant, while access to family planning services is not. That proximity to family planning services might nevertheless be important is shown by the significance of exposure to family planning messages, many of which are often communicated from the health facilities. This dissertation makes contributions in three areas. One, it confirms the dichotomy in the pattern of fertility change and its proximate determinants in the country, not so much along the usual rural-urban separation, but rather between urban areas and rural Central versus the rest of rural Kenya. Two, it shows that the decreased pace of the fertility transition in Kenya, including constant fertility over 1998-2003, might be associated with the rise in infant and child mortality since the 1990s. Three, it shows the significance of education, motivation for fertility control, and exposure to media messages about family planning in contraceptive use, thereby pointing out where policy and program effort should be directed in order to sustain the fertility transition. / Malgré de nombreuses études consacrées à la problématique de la transition de fécondité au Kenya, des questions subsistent. Cette thèse traite de trois d’entre elles : les tendances de la fécondité et ses déterminants proches, les facteurs liés au passage à la deuxième et à la troisième grossesse, et les déterminants de l’utilisation de la contraception. Les données proviennent de cinq enquêtes menées dans ce pays entre 1977 et 2003, auprès de femmes d’âge reproductif, ainsi que d’une étude, conduite en 1999, au niveau communautaire et de centres de santé. Les résultats montrent d’abord une tendance au mariage tardif et à un niveau plus élevé de contrôle de la fécondité dans les régions les plus modernisées et les plus développées (les villes et les zones rurales de la région de la Province Central). Deuxièmement, dans la comparaison des 12 années durant lesquelles la fécondité, mesurée par l’indice de fécondité, s’est réduite (1977- 1989) et celles où le pas de sa baisse a ralenti (1991-2003), on note une augmentation des effets relatifs de la mortalité infantile pendant la deuxième période. Troisièmement, la régression multi variée utilisée pour l’analyse des déterminants proches de l’utilisation de la contraception fait ressortir le rôle important de la motivation pour le contrôle de la fécondité. Bien que l’accès aux services de planification familiale ne constitue pas un facteur significatif en soi, il pourrait jouer néanmoins un rôle dans la mesure où les résultats montrent que l’exposition aux messages de planification familiale (généralement offerts dans les centres de santé) a un effet significatif. La contribution de cette thèse s’articule autour de trois aspects. Premièrement, elle montre une opposition dans les changements de la fécondité et de ses déterminants entre 1977 et 2003, non pas entre les zones urbaines et rurales comme d’habitude, mais plutôt entre zones urbaines et partie rurale de la Province Central d’une part et le reste du Kenya d’autre part. Deuxièmement, le ralentissement de la baisse de la fécondité, y compris le niveau stable observé entre 1998 et 2003, est probablement lié à la hausse, depuis les années quatre-vingt dix, de la mortalité infantile. Troisièmement, cette thèse confirme le rôle significatif de la scolarisation, de la motivation pour le contrôle des naissances, et de l’effet positif des messages sur l’usage des méthodes de planification familiale, montrant ainsi les domaines dans lesquels doivent intervenir les politiques et programmes afin de maintenir la transition de fécondité.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

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Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

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Ce travail se situe dans le cadre de la régression non paramétrique univariée. Supposant la fonction de régression à variation bornée et partant du résultat selon lequel une telle fonction se décompose en la somme d’une fonction croissante et d’une fonction décroissante, nous proposons de construire et d’étudier un nouvel estimateur combinant les techniques d’estimation des modèles additifs et celles d’estimation sous contraintes de monotonie. Plus précisément, notreméthode consiste à itérer la régression isotonique selon l’algorithme backfitting. On dispose ainsià chaque itération d’un estimateur de la fonction de régression résultant de la somme d’une partiecroissante et d’une partie décroissante.Le premier chapitre propose un tour d’horizon des références relatives aux outils cités à l’instant. Le chapitre suivant est dédié à l’étude théorique de la régression isotonique itérée. Dans un premier temps, on montre que, la taille d’échantillon étant fixée, augmenter le nombre d’itérations conduit à l’interpolation des données. On réussit à identifier les limites des termes individuels de la somme en montrant l’égalité de notre algorithme avec celui consistant à itérer la régressionisotonique selon un algorithme de type réduction itérée du biais. Nous établissons enfin la consistance de l’estimateur.Le troisième chapitre est consacré à l’étude pratique de l’estimateur. Comme augmenter le nombre d’itérations conduit au sur-ajustement, il n’est pas souhaitable d’itérer la méthode jusqu’à la convergence. Nous examinons des règles d’arrêt basées sur des adaptations de critères usuellement employés dans le cadre des méthodes linéaires de lissage (AIC, BIC,...) ainsi que des critères supposant une connaissance a priori sur le nombre de modes de la fonction de régression. Il en ressort un comportement intéressant de la méthode lorsque la fonction de régression possède des points de rupture. Nous appliquons ensuite l’algorithme à des données réelles de type puces CGH où la détection de ruptures est d’un intérêt crucial. Enfin, une application à l’estimation des fonctions unimodales et à la détection de mode(s) est proposée / This thesis is part of non parametric univariate regression. Assume that the regression function is of bounded variation then the Jordan’s decomposition ensures that it can be written as the sum of an increasing function and a decreasing function. We propose and analyse a novel estimator which combines the isotonic regression related to the estimation of monotonefunctions and the backfitting algorithm devoted to the estimation of additive models. The first chapter provides an overview of the references related to isotonic regression and additive models. The next chapter is devoted to the theoretical study of iterative isotonic regression. As a first step we show that increasing the number of iterations tends to reproduce the data. Moreover, we manage to identify the individual limits by making a connexion with the general property of isotonicity of projection onto convex cones and deriving another equivalent algorithm based on iterative bias reduction. Finally, we establish the consistency of the estimator.The third chapter is devoted to the practical study of the estimator. As increasing the number of iterations leads to overfitting, it is not desirable to iterate the procedure until convergence. We examine stopping criteria based on adaptations of criteria usually used in the context of linear smoothing methods (AIC, BIC, ...) as well as criteria assuming the knowledge of thenumber of modes of the regression function. As it is observed an interesting behavior of the method when the regression function has breakpoints, we apply the algorithm to CGH-array data where breakopoints detections are of crucial interest. Finally, an application to the estimation of unimodal functions is proposed

De nombreuses études en oncoimmunologie portent sur l’échec immunitaire dans le contexte de progression tumorale, mais elles sont plus rares à porter sur un contexte de régression, lorsque le système immunitaire est efficace. De ce fait, bien souvent la littérature met en avant le rôle cytotoxique des lymphocytes T CD8+, ou bien leur anergie dans le contexte de progression tumorale, causée par des cellules myéloïdes telles que les MDSC ou les macrophages de phénotypes M2, considérés comme pro-tumoraux. J’ai pour ma part étudié la réponse immunitaire dans le cadre d’une régression tumorale. Des cellules TC1 transplantées en s.c. dans des souris C57BL6/J, donnent des tumeurs solides d’environ 6mm de diamètre 11 jours plus tard. A ce moment là (J0), les souris sont vaccinées à proximité de la tumeur (priming), par un vaccin contenant la sous-unité B non toxique de la Shiga toxine couplée au peptide E7 de l’HPV16 (exprimé par les TC1), combiné à de l’IFNα. Une semaine plus tard (J7), un « boost » est effectué. Après le boost, la croissance tumorale cesse puis la tumeur régresse. L’analyse cinétique par cytométrie révèle un infiltrat immunitaire important pendant, et précédant la régression tumorale. La nature de cette infiltrat varie avec le temps. A J5, un infiltrat myéloïde est observé, suivi d’un infiltrat lymphocytaire à partir de J8. Une déplétion des cellules T CD8+ inhibe la régression tumorale, alors que dans les souris CXCR3-/-, dans lesquelles les CD8+ ne sont pas déplétés mais leur recrutement est fortement affecté, une régréssion tumorale est possible malgré un infiltrat T CD8+ très faible. Cela laisse penser que d’autres acteurs que les LT cytotoxiques sont nécessaires à la régression tumorale, comme probablement les cellules myéloïdes qui infiltrent le tumeur avant les cellules T. L’analyse de cette population montre une activation des monocytes et macrophages (MHC II+), avec un pic d’activation autour de J9, au début de la régression. La capacité cytotoxique de ces cellules, mesurée in vitro par immunofluorescence est augmentée comparée à des myéloïdes isolées de tumeurs de souris en progression. De plus, l’ajout d’un anticorps anti-TNFα inhibe partiellement cette cytotoxicité. Cela montre qu’après vaccination, les monocytes/macrophages sont capables de tuer les cellules tumorales. Une déplétion partielle des macrophages au moment de la vaccination, à l’aide du PLX3397 (inhibiteur du CSF1R), réduit l'efficacité de la vaccination. Les cellules myéloïdes, lorsqu'elles sont présentes, contribuent fortement à la régression tumorale induit par le vaccin composite, et leur action implique probablement des interactions avec les LT CD8+. C'est ce que suggère l'observation de tumeurs vaccinées dans des souris IFNϒ-/-, dans lesquelles l'efficacité vaccinale est aussi inhibée. Cette thèse montre qu’après une stimulation appropriée, qui peut, comme ici, mimer une infection virale, les cellules myéloïdes peuvent participer activement à la régression tumorale. / Most oncoimmunology studies are performed in an immune failure context of progressing tumor. They rarely describe tumor regressions, when the immune response is efficient. As a result, the literature tends to highlight the cytotoxic role of CD8+ T cell or their anergy in the context of tumor progression, caused by myeloid cells such as the MDSC or M2 polarized macrophages, considered as protumoral. My PhD work has been focused on the immune response in a context of tumor regression. TC1 cells transplanted s.c. in C57 BL6 J mice, give rise to solid tumors of approximately 6 mm diameter 11 days later. At that time (day 0), mice are vaccinated peritumorally for a priming with a composite vaccine containing the subunit B of the Shiga toxin coupled to E7 peptide from HPV16 (present on TC1), combined with the IFNα. A week later (day 7), a boost is made. After the boost, tumor growth stops and the tumor regress. Kinetic cytometric analysis revealed a significant immune infiltrate during and prior to tumor regression. The nature of this infiltrate varies with time. On day 5, a myeloid infiltrate is observed, followed by a lymphocytic infiltrate which is conspicuous after day 8. Depletion of CD8+ T cells inhibits tumor regression, while in CXCR3- /- mice, in which the CD8+ are not depleted but their recruitment is severely affected, tumor regression is possible despite a very low CD8+ T cell infiltrate. This suggests that some effectors, other than cytotoxic T cells, are required for tumor regression, including probably myeloid cells that infiltrate the tumor before T cells. The analysis of this population shows an activation of monocytes and macrophages (MHC II+) with a peak of activation around day 9, early in the regression. The cytotoxic capacity of these cells was tested in vitro, by depositing F4/80+ cells from vaccinated tumors or not, on a TC1 cell monolayers in culture. Only myeloid cells from vaccinated tumors appear to kill tumor cells, and adding an anti-TNFα inhibits this cytotoxicity. This shows that after immunization, monocytes/macrophages are capable of killing tumor cells. A partial depletion of macrophages at the time of vaccination, after treatment with PLX3397 (CSF1R inhibitor), reduces the vaccine efficacy. Myeloid cells contribute significantly to the observed tumor regression, and their action involves interactions with CD8+ T cells. This hypothesis is consistent with the observation of tumors in vaccinated IFNϒ- /- mice, in which the vaccine efficacy is also inhibited. This thesis shows that after an appropriate stimulation, for instance, here, by mimicking a viral infection, myeloid cells can actively participate in tumor regression.

Cette thèse, intitulée "Contributions à l'apprentissage par renforcement inverse", fournit trois contributions majeures au domaine. La première est une méthode d'estimation de l'attribut moyen, une quantité exploitée par la grande majorité des approches constituant l'état de l'art. Elle a permis d'étendre ces approches au cadre batch et off-policy. La seconde contribution majeure est un algorithme d'apprentissage par renforcement inverse, structured classification for inverse reinforcement learning (SCIRL), qui relâche une contrainte standard du domaine, la résolution répétée d'un processus décisionnel de Markov en introduisant la structure temporelle (par le biais de l'attribut moyen) de ce processus dans un algorithme de classification structurée. Les garanties théoriques qui lui sont attachées et ses bonnes performances en pratique ont permis sa présentation dans une conférence internationale prestigieuse : NIPS. Enfin, la troisième contribution est constituée par la méthode cascaded supervised learning for inverse reinforcement learning (CSI) consistant à apprendre le comportement de l'expert par une méthode supervisée puis à introduire la structure temporelle du MDP par une régression mettant en jeu la fonction de score du classifieur utilisé. Cette méthode offre des garanties théoriques de même nature que celle de SCIRL tout en présentant l'avantage d'utiliser des composants standards pour la classification et la régression, ce qui simplifie la mise en oeuvre. Ce travail sera présenté dans une autre conférence internationale prestigieuse : ECML / This thesis, "Contributions à l'apprentissage par renforcement inverse", brings three major contributions to the community. The first one is a method for estimating the feature expectation, a quantity involved in most of state-of-the-art approaches which were thus extended to a batch off-policy setting. The second major contribution is an Inverse Reinforcement Learning algorithm, structured classification for inverse reinforcement learning (SCIRL), which relaxes a standard constraint in the field, the repeated solving of a Markov Decision Process, by introducing the temporal structure (using the feature expectation) of this process into a structured margin classification algorithm. The afferent theoritical guarantee and the good empirical performance it exhibited allowed it to be presentend in a good international conference: NIPS. Finally, the third contribution is cascaded supervised learning for inverse reinforcement learning (CSI) a method consisting in learning the expert's behavior via a supervised learning approach, and then introducing the temporal structure of the MDP via a regression involving the score function of the classifier. This method presents the same type of theoretical guarantee as SCIRL, but uses standard components for classification and regression, which makes its use simpler. This work will be presented in another good international conference: ECML