L’enrichissement préférentiel (PE) est un procédé de brisure de symétrie spontanée non-usuel développé par le groupe du Pr Tamura à la fin des années 90. En commençant avec une solution avec un léger excès énantiomèrique et une haute sursaturation, le système dévie de la cristallisation classique, en conditions stagnantes (hors équilibre) vers une solution très enrichie et des cristaux légèrement enrichis dans le contre énantiomère. L’objectif de cette thèse est d’évaluer le procédé de PE avec le cas d’étude du Fumarate d’Arginine dans un mélange eau/éthanol, pour obtenir une meilleure compréhension de son mécanisme. Les principaux résultats de ce travail peuvent être résumé ainsi :– En réalisant un suivi temporel conduit par l’arrêt d’expérience à 11 différents temps le PE apparaît être un procédé continu ;– Les expériences de diffraction des rayons X montrent que les transitions polymorphiques ne sont pas requises pour le procédé de PE, différentes phases ou successions de phases peuvent conduire à des résultats identiques de PE ;– Des échanges entres énantiomères de la solution mère et des cristaux déposés ont été démontrés par addition de L-Arginine marquée comme contre énantiomère durant des expériences commençant avec un excès de D-Arginine. Pour conclure ce manuscrit un mécanisme révisé du PE comme procédé continu est proposé. Les critères pour faire fonctionner le PE sont réduits à quatre : i) une forte différence de solubilité entre les énantiomères purs et le composé racémique ; ii) le composé racémique doit avoir un domaine de solution solide ; iii) le système doit rester stagnant durant tout le procédé ; iv) la composition initiale doit être dans une zone appropriée du diagramme de phase (pour le cas du Arg-Fum : un e.e. < 12% et un β ≥ 4). / Preferential Enrichment (PE) is an unusual spontaneous symmetry breaking phenomenon developed by Prof. Tamura’s group in the late nineties. Starting with a slightly enriched in one enantiomer, highly supersaturated solution, this out of equilibrium process permits the system to deviate from standard crystallization, in stagnant conditions, in order to obtain a highly enriched mother liquor and deposited crystals slightly enriched in the opposite enantiomer. The objective of this thesis is to assess the process of PE with the case study of Arginine Fumarate in water/ethanol mixture to obtain a better understanding of its mechanism. The main results of this work can be summarized as:– Using time monitoring performed by stopping experiments at 11 different times, PE appeared as a continuous process;– In situ X-Ray powder diffraction experiments showed that polymorphic transitions are not required for PE, different phases or successions of phases can achieve identical results of preferential enrichment;– Exchanges between enantiomers of mother liquor and the deposited crystals were demonstrated by addition of labeled-L-Arginine as counter enantiomer during experiments starting with an excess of D-Arginine.To conclude this work a revised mechanism for PE as a continuous process is proposed. Criteria to achieve PE are reduced to four: i) a strong difference of solubility between pure enantiomers and racemic compound; ii) the racemic compound should crystallize with a solid solution domain; iii) the system should stay stagnant during the complete process; iv) the initial composition should be in the appropriate zone of the phase diagram (e.g. for Arg-Fum system a e.e. < 12% and a β ≥ 4).

Les agrosystèmes sont soumis à de fortes hétérogénéités spatiales et temporelles, notamment du fait des pratiques agricoles. Les modèles de surface, qui servent à quantifier les échanges d'eau et d'énergie entre le sol, la végétation et la basse atmosphère, dits flux hydrométéorologiques, utilisent la plupart du temps des résolutions spatiales trop larges et une description des pratiques agricoles trop simple pour caractériser ces hétérogénéités, faute d'information spatialisée fiable et à fréquence temporelle suffisante pour paramétrer les simulations. Pourtant, réussir à simuler de manière plus réaliste les agrosystèmes à l'échelle du paysage, comme un bassin versant par exemple, est d'importance cruciale que ce soit pour gérer la répartition des ressources en eau ou évaluer les interactions entre pratiques agricoles et évolution climatique. La télédétection à haute résolution spatiale et temporelle, à l'image de la mission spatiale Sentinel-2 de l'ESA, permet de fournir des informations sur la surface terrestre à des résolutions inégalées (10 m, 5 jours) et sur l'ensemble du globe. Cette thèse visait donc à exploiter ce type de données dans un modèle de surface, le modèle SURFEX-ISBA développé par le CNRM, afin d'améliorer la représentation des pratiques agricoles et évaluer son impact sur les flux hydrométéorologiques à l'échelle du paysage. Le premier volet de la thèse avait pour objectif de représenter l'hétérogénéité spatio-temporelle des cultures, du fait des choix des dates de semis et de récolte ainsi que des rotations de culture, dans le modèle. Pour ce faire, j'ai exploité les produits issus des données du satellite optique Formosat-2 (8m, acquisitions programmées), sous la forme de cartes d'occupation des sols et de cartes multi-temporelles d'indice de surface foliaire (LAI) afin de simuler un agrosystème du Sud-Ouest de la France sur une zone de 576 km2. Afin de simuler de telles étendues en exploitant la haute résolution des produits satellite tout en limitant le temps de calcul, une approche de simulation par parcelle a été mise en place. / Agricultural practices generate strong spatial and temporal heterogeneities of the vegetation in agrosystems. Land Surface Models (LSMs), which simulate water and energy fluxes between soil, vegetation and atmosphere, use coarse spatial resolutions and very simplified agricultural practices representations. Therefore, they cannot characterize such heterogeneities. However, simulating agrosystems in a realistic way is of great interest to manage water resources at landscape scale, like a river basin, or study the interactions between climate evolution and agriculture. High resolution remote sensing, like the ESA's Sentinel-2 space mission, allows monitoring the Earth surface globally with unprecedented spatio-temporal resolution of 10 meters and 5 days. This Ph. D. thesis aimed to exploit such data in the SURFEX-ISBA LSM, developed by the CNRM, to represent agricultural practices in the hydrometeorological fluxes estimation at landscape scale. The first part of the thesis aimed at representing the spatial and temporal heterogeneities of the vegetation due to the choice of sewing and harvesting dates and crop rotations in the model. I used multi-temporal Leaf Area Index and annual land cover maps derived from the Formosat-2 remote sensing date (8m, tasking acquisitions). Simulations were performed on a 576 km2 agricultural plain in southwestern France. In order to keep the interest of high resolution while saving computation time, a plot scale simulation approach was used.

Les dossiers patients électroniques contiennent des informations importantes pour la santé publique. La majeure partie de ces informations est contenue dans des documents rédigés en langue naturelle. Bien que le texte texte soit pertinent pour décrire des concepts médicaux complexes, il est difficile d'utiliser cette source de données pour l'aide à la décision, la recherche clinique ou l'analyse statistique.Parmi toutes les informations cliniques intéressantes présentes dans ces dossiers, la chronologie médicale du patient est l'une des plus importantes. Être capable d'extraire automatiquement cette chronologie permettrait d'acquérir une meilleure connaissance de certains phénomènes cliniques tels que la progression des maladies et les effets à long-terme des médicaments. De plus, cela permettrait d'améliorer la qualité des systèmes de question--réponse et de prédiction de résultats cliniques. Par ailleurs, accéder aux chronologiesmédicales est nécessaire pour évaluer la qualité du parcours de soins en le comparant aux recommandations officielles et pour mettre en lumière les étapes de ce parcours auxquelles une attention particulière doit être portée.Dans notre thèse, nous nous concentrons sur la création de ces chronologies médicales en abordant deux questions connexes en traitement automatique des langues: l'extraction d'informations temporelles et la résolution de la coréférence dans des documents cliniques.Concernant l'extraction d'informations temporelles, nous présentons une approche générique pour l'extraction de relations temporelles basée sur des traits catégoriels. Cette approche peut être appliquée sur des documents écrits en anglais ou en français. Puis, nous décrivons une approche neuronale pour l'extraction d'informations temporelles qui inclut des traits catégoriels.La deuxième partie de notre thèse porte sur la résolution de la coréférence. Nous décrivons une approche neuronale pour la résolution de la coréférence dans les documents cliniques. Nous menons une étude empirique visant à mesurer l'effet de différents composants neuronaux, tels que les mécanismes d'attention ou les représentations au niveau des caractères, sur la performance de notre approche. / Important information for public health is contained within Electronic Health Records (EHRs). The vast majority of clinical data available in these records takes the form of narratives written in natural language. Although free text is convenient to describe complex medical concepts, it is difficult to use for medical decision support, clinical research or statistical analysis.Among all the clinical aspects that are of interest in these records, the patient timeline is one of the most important. Being able to retrieve clinical timelines would allow for a better understanding of some clinical phenomena such as disease progression and longitudinal effects of medications. It would also allow to improve medical question answering and clinical outcome prediction systems. Accessing the clinical timeline is needed to evaluate the quality of the healthcare pathway by comparing it to clinical guidelines, and to highlight the steps of the pathway where specific care should be provided.In this thesis, we focus on building such timelines by addressing two related natural language processing topics which are temporal information extraction and clinical event coreference resolution.Our main contributions include a generic feature-based approach for temporal relation extraction that can be applied to documents written in English and in French. We devise a neural based approach for temporal information extraction which includes categorical features.We present a neural entity-based approach for coreference resolution in clinical narratives. We perform an empirical study to evaluate how categorical features and neural network components such as attention mechanisms and token character-level representations influence the performance of our coreference resolution approach.

L'être humain doit, au cours de sa vie, faire face à des évènements pouvant être douloureux, traumatisants et handicapants. Face à ces accidents de vie, il doit s'adapter afin de retrouver un équilibre et une qualité de vie satisfaisante. Ce travail de thèse permet d'étudier, dans le domaine de la santé, les facteurs impliqués dans la créativité adaptative et la résilience afin d'identifier des leviers susceptibles de favoriser l'adaptation et la réadaptation. Un entraînement cognitif informatisé testé auprès d’une population de traumatisés crâniens, a un effet favorable sur les fonctions cognitives entraînées mais un effet plus limité sur la vie quotidienne et la réinsertion sociale. Ce constat nous a conduit à proposer un nouveau concept de réadaptation associant résilience et créativité. Nous avons ainsi vérifié que la résilience peut être considérée comme une forme de créativité adaptative s'appliquant aux aléas de notre vie quotidienne. Une tâche utilisable comme outil de stimulation cognitive a plus précisément été étudiée: la tâche du Tangram. Cette tâche entraîne certains processus impliqués lors de l'élaboration des représentations mentales qui ont un rôle majeur dans la résolution de problème. A l'issue de ce travail, quatre grandes orientations sont proposées en vue de la création d'un programme de rééducation cognitive destiné à favoriser l'adaptabilité des patients en s'appuyant sur leurs réserves psycho-cognitives. Elles concernent: la redéfinition d'un problème en challenge, la stimulation mnésique et attentionnelle, l'entraînement au Mindfulness et la prise en compte des processus impliqués dans la résolution créative de problème. / Throughout their lives, humans have to deal with various events, which can sometimes be painful, traumatic and disabling. Facing these accidents of life, they must adapt in order to find a balance and a satisfactory quality of life. This thesis allows the study, in the field of health, of the factors involved in the adaptive creativity and the resilience, in order to identify levers likely to promote adaptation and rehabilitation.The starting point is the observation of the favorable effect of a cognitive training conducted by means of a digital device on stimulated functions but a more limited impact on daily life and social reintegration. This observation, made on a population of TBI, leads us to propose a new concept of rehabilitation based on the resilience and the creativity. We check that resilience can be considered as a form of adaptive creativity used to respond to the vagaries of everyday life. The task of Tangram is more precisely studied since it appears to be usable as a tool of cognitive stimulation. This task entails some processes involved in the development of mental representations, which have a major role in problem solving.At the end of this work, four orientations are proposed for the creation of a cognitive rehabilitation program designed to promote the adaptability of patients by relying on their psychological and cognitive reserve. They consist in the redefinition of a problem into a challenge, the mnesic and attentional stimulation, the training in Mindfulness and the consideration of the processes involved in creative problem solving.

L'arterial spin labelling (ASL) est une technique d'imagerie par résonance magnétique de la perfusion cérébrale. Les travaux présentés dans cette thèse ont d'abord consisté à standardiser les acquisitions ASL dans le contexte d'études de neuro-imagerie multicentriques. Un processus de contrôle de la qualité des images a par la suite été proposé. Les travaux se sont ensuite orientés vers le post-traitement de données ASL, en évaluant la capacité d'algorithmes existants à y corriger les distorsions. Des méthodes de super-résolution adaptées aux acquisitions ASL mono et multi-TI ont finalement été proposées et validées sur des données simulées, de sujets sains, ou de patients imagés pour suspicion de tumeurs cérébrales. / Arterial spin labelling (ASL) is a brain perfusion magnetic resonance imaging technique. The objective of this thesis was first to standardize ASL acquisitions in the context of multicenter neuroimaging studies. A quality control procedure has then been proposed. The capacity of existing algorithms to correct for distortions in ASL images has then been evaluated. Super-resolution methods, developed and adapted to single and multi-TI ASL data in the context of this thesis, are then described, and validated on simulated data, images acquired on healthy subjects, and on patients imaged for brain tumors.

Neisseria meningitidis, ou méningocoque, est une bactérie responsable de méningites et de septicémies, dont la forme la plus grave, purpura fulminans, est souvent fatale. Cette bactérie, qui réside naturellement dans le rhinopharynx de l’Homme, est pathogène lorsqu’elle atteint la circulation sanguine et entre en contact avec les cellules endothéliales. L’établissement d’une interaction étroite entre le méningocoque et les cellules endothéliales est essentiel à la résistance des bactéries au flux sanguin et à la colonisation vasculaire. Cette interaction peut conduire à une désorganisation massive des endothéliums périphériques et cérébraux permettant la dissémination de la bactérie. Ces processus dépendent de la primo-interaction des pili de type IV du méningocoque avec le récepteur endothélial CD147 et de l’activation du récepteur β2-adrénergique (β2AR). L’activation de voies de signalisation en aval du β2AR dans les cellules hôtes permet l’adhérence efficace et intime des bactéries à la surface des cellules endothéliales. Toutefois, comment les récepteurs CD147 et β2AR coopèrent pour promouvoir une interaction initiale efficace et rapide n’était pas connu. Au cours de ma thèse, j’ai donc analysé les éventuelles interactions et liens fonctionnels existants entre les récepteurs CD147 et β2AR et suivi, à l’aide de nouvelles approches d’imagerie à haute résolution, leur organisation moléculaire aux sites de contact bactéries/cellule. Mes travaux ont permis de révéler l’existence d’une interaction fonctionnelle entre les récepteurs CD147 et β2AR, et d’identifier un nouveau partenaire cytosolique interagissant directement avec ces récepteurs, l’α-actinine4 (Actn4). L’expression de l’Actn4 est requise pour l’assemblage organisé de ces récepteurs en complexes multimoléculaires aux sites de contact bactéries/cellule endothéliale. Cette organisation est déterminante pour générer une force suffisante à l’interaction initiale du méningocoque aux cellules endothéliales, et promouvoir l’activation rapide des voies de signalisation nécessaires à la consolidation de cette interaction. L’infection des cellules endothéliales par le méningocoque s’accompagne de la désorganisation des jonctions intercellulaires et l’ouverture d’une voie paracellulaire favorisant la dissémination tissulaire des bactéries. Ces évènements dépendent de l’activation de la petite GTPase Cdc42 et, en aval, de la relocalisation du complexe de polarité Par3/Par6/aPKC au site d’adhérence bactérien. Ce complexe moléculaire très conservé est impliqué dans la mise en place de la polarité baso-apicale des cellules endothéliales. La perte de la polarité cellulaire constituant un élément déterminant de la perte de l’intégrité vasculaire, dans une seconde partie de ma thèse, j’ai donc entrepris une analyse des événements de signalisation précoces conduisant au remodelage de l’organisation apico-basale des cellules endothéliales par N. meningitidis. Mes travaux montrent que rapidement après adhésion aux cellules endothéliales, le méningocoque induit la ré-orientation de l’axe de polarité noyau-centrosome des cellules en direction des bactéries et mettant en jeu un mécanisme original indépendant de l’activation de Cdc42 par le β2AR. Le recrutement des ERM (Ezrine et Moesin) et la polymérisation d’actine corticale au site d’infection semblent constituer des facteurs clé de cette étape précoce de modification de la polarité endothéliale induite par le méningocoque. Ainsi, ces études ont permis une avancée majeure dans notre compréhension du mécanisme d’adhésion du méningocoque aux cellules endothéliales et des événements moléculaires précoces conduisant à l’altération de l’intégrité vasculaire, deux étapes clés au cœur de la pathogénèse des infections invasives à méningocoque. / Neisseria meningitidis or meningococcus is a commensal bacterium of the human nasopharynx responsible for septicemia and meningitis. Establishment of a close interaction between meningococcus and endothelial cells is an important step in meningococcal pathogenesis as it promotes bacterial resistance to blood flow and vascular colonization, leading to major endothelial dysfunctions and bacterial dissemination into perivascular tissues. This process depends on the interaction of meningococcal type IV pili with the endothelial receptor CD147 and the activation of the β2 adrenergic receptor (β2AR). Activation of a cellular response downstream of β2AR activation is important to allow the efficient adhesion of meningococci at the endothelial cell surface. However, how CD147 and the β2AR cooperate to promote a rapid and efficient initial adhesion remained to be explored. During my thesis, I have analyzed the interaction and the functional link between these two receptors and, using super resolution microscopy, I have investigated their molecular organization at sites of bacterial adhesion. My work revealed a functional interaction in cis between CD147 and the β2AR and binding of these receptors complexes to the molecular scaffold protein α-actinin 4 (Actn4). Actn4 expression is required for the organized assembly of these receptors in highly-ordered complexes at bacterial adhesion sites. This specific organization is decisive to provide a sufficient binding strength of meningococcal type IV pili with endothelial receptors and to promote a rapid activation of downstream signaling events in a short time frame. Endothelial cell infection by N. meningitidis is associated with the disruption of intercellular junctions and the opening of a paracellular route favoring bacterial dissemination into tissues. These events are dependent on Cdc42 activation and on the relocalization of the Par3/Par6/aPKC polarity complex at bacterial adhesion sites. This molecular complex is conserved and involved in baso-apical polarity establishment in endothelial cells. Since endothelial polarity is essential in maintaining junction integrity, in a second part of my thesis work I have analyzed the early signaling events triggered by meningococcal infection with a particular emphasis on endothelial cell polarity modifications. I observed that bacterial adhesion rapidly induced a re-orientation of the nucleus-centrosome axis toward bacterial adhesion sites. Unexpectedly, this re-orientation was independent of Cdc42 activation downstream of the β2AR. In place, the ERM proteins (Ezrin and Moesin), along with cortical actin polymerization seem to be key factors in this process. This work contributes to the understanding of the meningococcal adhesion mechanism to endothelial cells and the early molecular events leading to the loss of vascular integrity. These two key steps are very important in the meningococcal pathogenesis.

Ce travail de thèse porte sur la résolution collective de problèmes lors de la supervision d’un processus dynamique à risques (production d’énergie nucléaire) en fonctionnement dégradé sur simulateur. Dans les situations étudiées, les équipes de conduite doivent élaborer des diagnostics complexes, ajuster les prescriptions aux spécificités de la situation et résoudre des incompréhensions relatives au comportement du système technique. La thèse défendue est que l’activité argumentative développée au cours de la résolution de problèmes et l’implication des membres d’équipe participeraient à la fiabilisation du processus de décision. Les modalités organisationnelles ainsi que le niveau de connaissances spécifiques au process détenu par chaque membre d’équipe auraient une incidence sur ces processus argumentatifs. Quatre études ont été menées sur simulateurpleine échelle de la salle de commande d’un futur réacteur nucléaire dans lequel des équipes de 4 ou 5 membres réalisent des scénarios de conduite incidentelle/accidentelle. Ces études se basent sur des observations ouvertes et systématiques de l’activité, sur une analyse approfondie des communications verbales entre les membres d’équipe et sur une évaluation pluridisciplinaire des diagnostics et des décisions prises. Les résultats montrent une communication plus distribuée dans les équipes à 5 membres où les opérateurs en charge des actions de conduite font davantage part de leur vision critique sur la situation. Si l’argumentation ne semble pas influencer la performance des équipes dans les situations observées, les résultats permettent de caractériser l’activité argumentative des équipes. Cela est réalisé au travers d’un modèle théorique construit pour articuler les modèles de la supervision en situation dynamique et de l’argumentation. / This work examines the team problem solving during the supervision of a dynamic and high risk process (nuclear power plant) in simulated degraded mode operation. In the studied situations, operating crews must develop complex diagnoses, adjust the requirements to the specifics of the situation and solve issues associated with the technical system’s behavior. The defended position is that argumentation developed during the problem solving and involvement of crew members contribute to the reliability of the decision process. The organizational arrangements and the level of the process-specific knowledge held by each crew member would affect the argumentative process. Four studies have been conducted on a full scale simulator of a controlroom of a future nuclear reactor where operating crews of 4 or 5 members are training on emergency operation simulations. These studies are based on open and systematic observations of the activity, on a thorough analysis of verbal communication between crew members and on a multidisciplinary assessment of diagnoses and decisions. Results show a more evenly distributed communication in crews of 5 members, where operators responsible for operating actions provide more critical feedback on the situation. If the argumentation does not seem to influence the performance of the team in observed situations, the results allow characterizing the argumentative activity of the crews. This is performed using a theoretical model developed to articulate argumentation and supervision in dynamic situations models.

Les neutrophiles sont les leucocytes les plus nombreux et les premières cellules à arriver au site de l’infection où elles internalisent les pathogènes par phagocytose. Dès le début du processus, la NADPH oxydase s’assemble au phagosome où elle permet la production de formes réactives de l’oxygène contribuant ainsi à la destruction du pathogène. La sous-unité catalytique membranaire de la NADPH oxydase, Nox2, est donc présente à la coupe phagocytaire puis au phagosome. Le dessein de cette étude était de déterminer quelles sont les sources subcellulaires de la protéine Nox2, de savoir si la protéine s’accumule au phagosome et le cas échéant selon quelle cinétique. Dans le but de comprendre la dynamique de la protéine Nox2, la protéine d’échafaudage IQGAP1 qui est associée au cytosquelette a également été étudiée. Enfin l’étude de l’organisation spatiale de la protéine Nox2 à la synapse phagocytaire a également été abordé.En utilisant des cellules neutrophil-like (PLB-985) ainsi que des neutrophiles humains, notre étude a montré par immunofluorescence la présence de la protéine Nox2 dans des endosomes de recyclage ou dans des endosomes précoces. Lors de la phagocytose ils avoisinent le phagosome suggérant leur implication dans l’apport de la protéine Nox2 à la membrane de ce dernier. L’utilisation de cellules PLB-985 pour lesquelles l’expression de Nox2 a été supprimée puis réintroduite avec un transgène codant pour la protéine GFP-Nox2 montre que la sous-unité Nox2 s’accumule au phagosome pendant les vingt minutes suivant sa fermeture. Dans notre étude, la protéine IQGAP1 ne semble pas avoir d’effet sur la phagocytose ou sur la production de FRO par la NADPH oxydase. Enfin, grâce à une technique de microscopie super-résolution (le dSTORM) l’évolution du pattern de Nox2 dans la membrane a été évalué au cours du temps en phagocytose frustrée. En dix minutes, le nombre de clusters de protéine Nox2 augmente mais leur taille reste inchangée. / Neutrophils are the most numerous leukocytes and the first cells to arrive at the site of infection where they internalize pathogens by phagocytosis. From the beginning of the process, the NADPH oxidase is assembled at the phagosome, where it allows the production of reactive oxygen species (ROS), thus contributing to the destruction of the pathogen. The membrane bound catalytic subunit of the NADPH oxidase, Nox2, is therefore recruited at the phagocytic cup and then at the phagosome. The purpose of this study was to determine, which are the subcellular sources of the Nox2 protein, whether the protein accumulates at the phagosome and if so, according to which kinetics. In order to modify the dynamics of the Nox2 protein, the scaffold protein IQGAP1 that is associated with the cytoskeleton was also studied. Finally, the spatial organization of the Nox2 protein in the phagocytic synapse was also investigated.Using neutrophil-like cells (PLB-985) as well as human neutrophils, our study showed by immunofluorescence the presence of the Nox2 protein in recycled or early endosomes. During phagocytosis, they are close to the phagosome, suggesting their involvement in the contribution of the Nox2 protein to the phagosome membrane. The use of PLB-985 for which Nox2 expression has been suppressed and then reintroduced with a transgene encoding the GFP-Nox2 protein shows that the Nox2 subunit accumulates at the phagosome during the first twenty minutes after its closure. In our study, the protein IQGAP1 does not appear to have any effect on phagocytosis or on the production of ROS by NADPH oxidase. Finally, using super resolution microscopy (dSTORM) the evolution of the Nox2 pattern in the membrane has been evaluated over time in frustrated phagocytosis. Within ten minutes, the number of Nox2 protein clusters increases but their size remains unchanged.

Ce travail de thèse propose d’étudier les propriétés photophysiques de systèmes moléculaires à la fois photochromes et fluorescents. Sous l’effet de la lumière, ces molécules peuvent subir une désexcitation radiative, non radiative ou une photo-isomérisation. Dans la première partie de ce travail, la compétition entre ces différentes voies a été étudiée en détail grâce à deux photochromes proches sur le plan structurel et présentant une émission de fluorescence de couleur différente pour chaque forme du photochrome. Les efficacités relatives et les mécanismes de désexcitation ont été étudiés à l’échelle macroscopique. Cette comparaison a été accompagnée d’une étude sous microscope pour laquelle des nano-bâtonnets d’or ont été intégrés au système photochrome-fluorescent de manière à étudier l’influence d’un champ plasmon de surface localisé sur les différents phénomènes de désexcitation à une échelle proche de celle de la nanoparticule individuelle. Une deuxième partie de ce travail consiste en la préparation et l’étude des propriétés photophysiques de nanoparticules organiques constituées de dyades fluorescentes et photochromes. La fluorescence de ce type de nano-objets peut être efficacement contrôlée par la lumière : la conversion de quelques unités photochromes peut permettre, par transfert d’énergie intermoléculaire, d’éteindre la totalité de la fluorescence d’une nanoparticule. L’observation de cet effet pour des nanoparticules individuelles a été mise en application pour le développement d’une méthode de microscopie optique super-résolution. / The main purpose of this PhD work is the study of fluorescent and photochromic molecular systems. Under light illumination, such molecules may undergo radiative and non-radiative deactivation or photoisomerization. In the first part of this work, this competition has been investigated for structurally related photochromic compounds with different fluorescence colors corresponding to both isomers. Efficiency and mechanisms of the deactivation pathways were unraveled at the macroscopic scale. This competition was further studied under microscope with gold nanorods included in the sample, in order to study the effect of localized surface plasmon resonance on the different deactivation processes.The second part of this work consists in the preparation and the photophysical study of organic nanoparticles composed of fluorescent-photochromic dyads. Fluorescence of such nano-objects can be efficiently driven by light : the switching of a few photochromic units is enough to turn off the entire fluorescence of a nanoparticle by intermolecular energy transfer. Observation of this effect at the level of individual nanoparticles allowed the developement of a super-resolution method for optical microscopy.

Avec des motivations venant du domaine de la Vérification, nous définissons une notion de WQO effectifs pour lesquels il est possible de représenter les ensembles clos et de calculer les principales opérations ensemblistes sur ces représentations. Dans une première partie, nous montrons que de nombreuses constructions naturelles sur les WQO préservent notre notion d'effectivité, prouvant ainsi que la plupart des WQOs utilisés en pratique sont effectifs. Cette partie est basée sur un article non publié dont Jean Goubault-Larrecq, Narayan Kumar, Prateek Karandikar et Philippe Schnoebelen sont co-auteurs.Dans une seconde partie, nous étudions les conséquences qu'a notre notion sur la logique du première ordre interprété sur un WQO. Bien que le fragment existentiel positif soit décidable pour tous les WQOs effectif, les perspectives de généralisation sont limitées par le résultat suivant: le fragment existentiel de la logique du première ordre sur les mots finis, ordonnés par plongement, est déjà indécidable. Ce résultat a été publié à LICS 2017 avec Philippe Schnoebelen et Georg Zetzsche. / With motivations coming from Verification, we define a notionof effective WQO for which it is possible to represent closed subsetsand to compute basic set-operations on these representations. In a firstpart, we show that many of the natural constructions that preserve WQOsalso preserve our notion of effectiveness, proving that a large class ofcommonly used WQOs are effective. This part is based on an unpublishedarticle with Jean Goubault-Larrecq, Narayan Kumar, Prateek Karandikarand Philippe Schnoebelen.In a second part, we investigate the consequences of our notion onfirst-order logics over WQOs. Although the positive existential fragmentis decidable for any effective WQO, the perspective of extension tolarger fragments is hopeless since the existential fragment is alreadyundecidable for the first-order logic over words with the subwordordering. This last result has been published in LICS 2017 with PhilippeSchnoebelen and Georg Zetzsche.