Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado. / Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.

Orientadores: Ricardo Lima Isaac, Marli de Fatima Fiore / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo / Made available in DSpace on 2018-08-10T01:46:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Agujaro_LiviaFernanda_D.pdf: 8426074 bytes, checksum: 8e36c9f4c6c51501d00f8d43de2d0d37 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Florações de cianobactérias potencialmente tóxicas têm sido detectadas em vários reservatórios no Estado de São Paulo, muitos deles com intenso uso recreacional, como o reservatório Salto Grande (Americana, SP). Poucos estudos no Brasil enfocam aspectos de balneabilidade e saúde pública por exposição a estes organismos em corpos d'água interiores. Planos de monitoramento para a avaliação dos riscos associados são inexistentes. Diante dos potenciais problemas de saúde pública, foi desenvolvido um estudo com o objetivo de: efetuar um levantamento qualitativo e quantitativo das cianobactérias, associar os fatores ambientais condicionantes de sua ocorrência, avaliar o potencial toxicológico destas águas e utilizar abordagens moleculares inéditas para o local estudado e ainda pouco empregadas no País. As coletas foram mensais, no período de abril de 2005 a fevereiro de 2006, nas margens e sempre aos domingos. Realizaram-se a contagem e a identificação de organismos e células de cianobactérias, contagem das principais classes fitoplanctônicas, determinação de clorofila a, avaliação de microcistinas pelo método ELISA e microcistina-LR por CLAE e determinação de parâmetros fisicos e químicos. Paralelamente isolaram-se treze linhagens em culturas uniespecíficas para o aprofundamento dos estudos taxonômicos por meio do seqüenciamento do gene rDNA 16S. Linhagens de cianobactérias e amostras ambientais foram submetidas à detecção do gene mycA por PCR e foi verificada a distribuição dos genes NRPS e PKS nos isolados...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Potentially toxic cyanobacteria blooms have been detected in several water reservoirs' with intense recreational use such as in Salto Grande Reservoir, Sao Paulo State, Brazil. Very few studies in this country focus on the related public health aspects. There are no monitoring plans developed by public authorities to evaluate the associated risks. A qualitative and quantitative cyanobacteria research was carried out at the recreational area of the reservoir, connected to the environmental factors which regulate its occurrence in order to evaluate the toxicological potential of these waters, using molecular approaches that have just recently been used in Brazil. The results obtained led to a Cyanobacteria Monitoring Plan for freshwater ecosystems in Sao Paulo State aiming to allow the safe recreational use of these water bodies. It was taken eleven monthly samples during the wet and dry seasons from April 2005 to February 2006 at Namorados Beach and at Iate Clube de Americana, on Sundays, when intense recreational use occurs. The following environmental variables were analyzed: water temperature, precipitation, water flow into the reservoir, Secchi depth, pH, total phosphorus and nitrogen levels, in addition to 'numbering and identifying organisms and cyanobacteria cells, main phytoplankton Classes, chlorophyll-a, besides microcystins assessment by ELISA method and microcystin-LR by HPLC-MS. Simultaneously, thirteen strains were isolated in uni-specific cultures in order to deepen the taxonomic studies through sequencing of rDNA 16S gene. To evaluate the toxigenic potential, the strains of cyanobacterias and the environmental samples were tested to detect mycA by PCR and it was investigated the distribution of NRPS and PKS genes in the isolated strains ...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Saneamento e Ambiente / Doutor em Engenharia Civil

Wolbachia é uma alfaproteobactéria que apresenta simbiose com uma variedade de artrópodos e nematoides, estando entre os mais abundantes gêneros de bactérias intracelulares já descobertos. Na região Neotropical, os estudos sobre tais bactérias e seus hospedeiros, em especial isópodos terrestres, ainda são incipientes. O presente trabalho teve como objetivos: investigar as espécies de isópodos terrestres neotropicais infectados por Wolbachia; analisar a prevalência de infecção, variação genética e relações filogenéticas das linhagens presentes nessas espécies; investigar a simbiose de Wolbachia em nematoides parasitos de tatuzinhos-de-jardim e inferir sobre as possíveis rotas de transmissão horizontal da bactéria entre os isópodos terrestres e os invertebrados que possuam associações ecológicas com os mesmos. A detecção da bactéria foi realizada através de PCRs diagnósticas, utilizando-se o gene 16S rDNA. A infecção pelo simbionte foi registrada pela primeira vez em Atlantoscia floridana e Burmoniscus meeusei. As linhagens de Wolbachia que infectam as espécies nativas de isópodos terrestres, ao contrário das introduzidas, são muito diversas e não se agrupam dentro do Oniclado. Já as sequências presentes em B. meeusei não são relacionadas a nenhuma outra linhagem presente em crustáceos, e nem mesmo fazem parte de qualquer supergrupo conhecido de Wolbachia. Pela primeira vez foi evidenciada a presença da bactéria em um nematoide da família Mermithidae, Agamermis sp., endoparasito do tatu-bola Armadillidium vulgare. Uma vez que as sequências do parasito e do hospedeiro são idênticas, é possível que um evento de transmissão horizontal tenha ocorrido entre ambos. Por fim, a presença de Wolbachia foi examinada em espécies que possuiam relações ecológicas com os isópodos terrestres (predadores, parasitos, foréticos e animais que vivem sob as mesmas condições ecológicas). Entre as espécies associadas, a infecção foi registrada apenas no nematoide parasito e nos ácaros foréticos. Enquanto as linhagens do isópodo hospedeiro e do nematoide se mostraram muito similares, àquelas dos ácaros foréticos não apresentaram relação filogenética com as de seus forontes Balloniscus glaber. Interessantemente, as sequências presentes nos ácaros são proximamente relacionadas com aquelas de B. meeusei, embora mais estudos sejam necessários para esclarecer tal achado. / Wolbachia is a genus of alfaproteobacteria whose members live in symbiosis with a variety of arthropods and nematodes. It is among the richest genera of intracellular bacteria discovered to date. In the Neotropical region, studies on these bacteria and their hosts, especially terrestrial isopods, are still in the initial stages. The objectives of the present study were: to investigate the species of Neotropical terrestrial isopods infected by Wolbachia; to analyze the prevalence of infection, genetic variation, and phylogenetic relationships of the lineages present in these isopod species; to investigate the symbiosis of Wolbachia in parasitic nematodes of pillbugs; and to provide information to support inferences about the possible routes of horizontal transmission of the bacteria between the terrestrial isopods and the invertebrates that are ecologically associated with them. The bacteria were detected by means of diagnostic PCR’s, using the 16S rDNA gene. Infection by this symbiont was recorded for the first time in Atlantoscia floridana and Burmoniscus meeusei. The lineages of Wolbachia that infect the native species of terrestrial isopods, in contrast to the introduced species, are very diverse and do not group within the Oniclade. The sequences present in B. meeusei are not related to any other lineage present in crustaceans, nor to any other known supergroup of Wolbachia. This study is the first to demonstrate the presence of these bacteria in a nematode of the family Mermithidae, Agamermis sp., an endoparasite of Armadillidium vulgare. Since the sequences from the parasite and the host are identical, it is possible that a horizontal transmission event occurred between the two. Finally, the presence of Wolbachia was examined in species that are ecologically associated with terrestrial isopods (predators, parasites, phoretic species, and animals that live under the same ecological conditions). Among the associated species, the infection was recorded only in the parasitic nematode and in the phoretic mites. Whereas the lineages of the isopod host and of the nematode proved to be very similar, those of the phoretic mites showed no phylogenetic relationship with those of their phoront Balloniscus glaber. Interestingly, the sequences present in the mites are closely related to those of B. meeusei, although further studies are necessary to clarify this finding.

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:05:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4602_1.pdf: 941507 bytes, checksum: c0ae7f823963e2cbd711e367c4dd1d23 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2006 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram analisadas as linhagens Metahizium anisopliae var. acridum e Metarhizium anisopliae var. anisopliae quanto à patogênicidade sobre Zaprinus indianus, utilizando as concentrações 104, 105, 106, 107, 108 conídios/mL considerando o percentual de emergência de adultos. De acordo com a metodologia empregada verificou-se que as duas linhagens apresentaram ação contra Z. indianus. Os marcadores moleculares ITS (Internal Trancride Spacer) do rDNA, Intron Splice Site Primer e Microssatélite (SSR- Simple Sequence Repeats), foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens antes e após a passagem pela mosca. A análise de agrupamento usando o método de UPGMA baseada nas distâncias genéticas dos marcadores moleculares confirmou a diversidade genética reconhecida no gênero Metarhizium. O microssatélite (GTG)5 e o intron do grupo mRNA nuclear tiveram a mesma sensibilidade em detectar a variabilidade genética entre as linhagens de Metarhizium . Os produtos de amplificação dos loci ITS1-5.8-ITS2 do rDNA com os iniciadores ITS4 e ITS5 foram eficientes em demonstrar que as linhagens estudadas pertence à espécie Metarhizium anisopliae, apesar da diversidade genética demonstrada pelos marcadores (GTG)5 e EI1. Os perfis de amplificações da região microssatélite, intron e ITS após a passagem por Z. indianus comprovaram que as linhagens reisoladas foram às mesmas que foram utilizadas para infectar

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1210_1.pdf: 3294326 bytes, checksum: 9fc990b48e1446999fb6ce37e99cda14 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Nematoda é um dos táxons mais abundantes e diversos dentre os metazoários, contudo, grande parte desta diversidade permanece desconhecida. A taxonomia do grupo muitas vezes tem uma história controversa, não somente em conseqüência do desenvolvimento dos procedimentos em sistemática, mas também por que relativamente poucos nematologistas produzem classificações detalhadas. Além disso, Nematoda é considerado um grupo de difícil identificação, devido ao seu tamanho corporal, o que reforça a necessidade da utilização de outros subsídios para acelerar a descoberta e classificação de sua biodiversidade. A fim de pôr em prática a taxonomia integrativa , onde vários tipos de dados são utilizados no estudo das espécies, este trabalho destinase a descrever uma nova espécie de Daptonema, revelar as suas relações filogenéticas, além de descrever e correlacionar sua estratégia reprodutiva com os parâmetros ambientais. As coletas de material biológico e dados abiótico foram realizadas na Bacia do Pina, quinzenalmente, na estação seca (setembro, outubro e novembro/2006) e na estação chuvosa (maio, junho e julho/2007), sempre na baixa-mar. Em dezembro, coletou-se uma amostra para extração de DNA e sequenciamento do gene 18S (rDNA). As seqüências foram analisadas pelos métodos de máxima parcimônia, neighbor-joining e inferência bayesiana. As correlações com os fatores ambientais foram realizadas utilizando a Correlação de Spearman. A espécie de Daptonema é nova por apresentar uma acentuada redução das setas cefálicas e a espícula em linha reta, característica esta que requer uma emenda na descrição do gênero. Em algumas fêmeas também se pode observar a incubação intra-uterina da prole, sendo tal característica considerada uma das autapomorfias da espécie. As análises apoiaram Daptonema sp. nov. como uma linhagem genética e evolutivamente distinta. Os dados também indicaram uma sinonímia e uma parafilia envolvendo Daptonema. Em Daptonema sp. nov. foi observado a ovoviviparidade, entretanto, o que torna o fenômeno peculiar é a presença de ovos e juvenis em vários estágios de desenvolvimento. Os resultados ecológicos mostraram que nenhum fator ambiental apresentou uma correlação significativa com o fenômeno reprodutivo em Daptonema sp. nov

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:44Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4555_1.pdf: 1910369 bytes, checksum: 5a0109c9538c737e8440a1c2af5b2757 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2005 / Foram analisadas 15 linhagens de Metarhizium isoladas de diferentes regiões e hospedeiros quanto às características genéticas e 7 linhagens quanto a patogenicidade sobre Diatraea saccharalis. Os marcadores moleculares ITS (Internal Transcrided Spacer) do rDNA, Intron splice site primer, RAPD e Microssatélites (SSR-Simple Sequence Repeats) foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens. A análise de agrupamento usando o método UPGMA baseada nas distâncias genéticas dos quatro marcadores moleculares confirmou a diversidade genética reconhecida no gênero Metarhizium. As enzimas de restrição, HaeIII e MspI, evidenciaram a diversidade genética entre as linhagens ao digerirem os produtos de amplificação do locus ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com os iniciadores ITS4 e ITS5, a enzima DraI não apresentou sítios de restrição. Os introns do grupo mRNA nuclear discriminaram as linhagens de Metarhizium apenas com a utilização do iniciador EI1. As técnicas de RAPD e regiões de Microssatélite foram eficientes em demonstrar a diversidade entre as linhagens. Porém o microssatélite (GACA)4 foi mais sensível em detectar a variabilidade intra e interespecífica entre as diferentes linhagens de Metarhizium. Não houve correlação entre grupos e regiões geográficas. As linhagens 4415, 4400 e 4897 causaram maior percentual de mortalidade das larvas de Diatraea saccharalis. Também não houve correlação entre os agrupamentos gerados pelas técnicas moleculares e percentual de mortalidade de larvas de D. saccharalis

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:04:33Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4458_1.pdf: 786506 bytes, checksum: 30ccb6ed2c83e0fa52dedbb745159fb1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Foram analisadas 20 linhagens de C. gloeosporioides quanto às características genéticas e citomorfológicas. Os marcadores moleculares, RAPD, microssatélites, Intron Spice Site Primer e região ITS do DNA ribossomal, foram utilizados para avaliar a diversidade genética entre as linhagens. A análise de agrupamento através do método UPGMA confirmou a diversidade genética intraespecífica reconhecida em C. gloeosporioides. Com a técnica de RAPD foi detectada uma maior similaridade genética entre as linhagens. As regiões de microssatélites investigadas, demonstraram alto polimorfismo genético e os introns discriminaram todos as linhagens apenas com o primer (EI-1), e revelaram maior diversidade genética em relação aos outros marcadores moleculares utilizados. As três enzimas de restrição testadas, HaeIII, DraI e MspI evidenciaram a diversidade genética entre as linhagens nos produtos de amplificação dos loci ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA com os primers ITS1 e ITS4. Todos os marcadores empregados, foram eficientes em demonstrar o alto grau de polimorfismo genético, constatado pela formação de grupos altamente diversificados, sem apresentar correlação entre os hospedeiros. Os aspectos macroscópicos exibiram uma variação na coloração, textura e segregação de setores nas colônias, e as observações microscópicas demonstraram a formação de estruturas vegetativas e reprodutivas peculiares da espécie. A condição nuclear investigada através da técnica de HCl-Giemsa, evidenciou conídios 100% uninucleados

Estudos sobre a diversidade de Bacteria em solos de mangue (Brasil) e marisma (Espanha) são escassos. A vegetação de mangue, composta por espécies como Spartina alterniflora, Rhizophora mangle, Avicennia schaueriana e Laguncularia racemosa, pode ser um dos fatores que determinam a estruturação das comunidades de procariotos. Determinações das estruturas das comunidades e de diversidade de Bacteria podem ocorrer em função das diferentes condições físico-químicas dos solos, refletindo na configuração dos processos biogeoquímicos. O objetivo deste trabalho foi avaliar a variação das estruturas das comunidades de Bacteria e Archaea, bem como a diversidade, em solos de mangue e marisma utilizando DGGE e sequenciamento parcial do rDNA 16S. As estruturas das comunidades de procariotos apresentaram variações em função de condições de vegetação. Proteobacteria e Bacteroidetes estão presentes em todos os solos estudados. A comunidade de Bacteria destes ambientes é dominada por Proteobacteria. Vários dos táxons detectados estão relacionados com ciclos biogeoquímicos importantes para os ambientes estudados. As estimativas não-paramétricas de riqueza de espécies (ACE e Chao1) mostram que solos de mangue e marisma podem conter milhares de espécies de bactérias. As comunidades de Bacteria dos solos de mangue e marisma são significativamene diferentes. Na camada mais superficial do sedimento de mangue predomina Euryarchaeota metanogênicas enquanto que na camada mais profunda predomina Crenarchaeota. Bactérias das ordens Desulfobacterales, Desulfovibrionales e Desulfuromonales podem estar relacionadas com a atividade de sulfato-redução e formação de pirita na camada anaeróbia do perfil de solo de marisma. De uma maneira geral, pode-se concluir que a diversidade e estrutura das comunidades de procariotos de ambientes estuarinos pode variar em função da vegetação estabelecida e do tipo de ambiente. Adicionalmente, solos de mangue e marisma possuem grande diversidade de procariotos, grande parte da qual é desconhecida, podendo representar elevado potencial genético para utilização biotecnológica. / The bacterial diversity in mangrove (Brazil) and marisma (Espanha) soils are largely unknown. Bacterial communities participate in biogeochemicals processes that occurs in soils of estuarine ecosystems. Determinations of the bacterial communities structures and diversity can occur in function of different physico-chemical conditions, reflecting in the biogeochemical processes. The aim of this work was to evaluate the variation of bacterial an archaeal communities structures utilizing DGGE and partial sequencing of 16S rDNA. Bacterial community structures showed more similarity between repetitions samples than the areas under different vegetation. Phylogenetic afiliation shows that several sequences were not clamped into known phyla. Proteobacteria prevails in bacterial communities of mangrove and marisma soils. Several taxa detected are associated to important biogeochemical cycles that occur in estuarine ecosystems. Analysis of species richness showed that mangrove and marisma soils can contain 200 to 6000 species of bacteria. Methanogenic Euryarchaeota was found specially in the upper sample of mangrove sediment analysed whereas the Crenarchaeota was found specially in the lower. Based on the data obtained, it can be concluded that the vegetation is one of the factors affecting the structure of bacterial and archaeal communities in mangrove soils. Additionaly, the effects of edafic factors and seasonal variations have to be considered as determining the prokaryotic community sctuctures, and bacterial and archaeal communities can respond independently to the factors that determine their community structures. Bacterial diversity can vary with the studied estuarine ecosystem. Studies are necessary concerning to diversity of Bacteria, it variation and correlation with biogeochemical process in the mangrove and marisma soils. These soils show a great diversity of bacteria, much of than unknown, which represent a great genetic potential to the biotechnology.

ABSTRACT Nontypable Haemophilus influenzae is a common cause of otitis, sinusitis and conjunctivitis. It is the most common bacterial pathogen associated with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Studies have shown that nonpathogenic Haemophilus haemolyticus are often mistaken for Haemophilus influenzae due to an absent hemolytic reaction on blood agar. Distinguishing H. haemolyticus from H. influenzae is important to prevent unnecessary antibiotic use, and to understand the role of H. influenzae in clinical infections. In this study, PCR-primers for amplifying 16S rDNA sequences were used to set up a method for distinguishing H. haemolyticus from H. influenzae. The aim was to use the method for analyzing apparent H. influenzae strains, to investigate if some strains were in fact H. haemolyticus. However, because of problems with unspecific primerannealing,no conclusions could be drawn regarding misclassification of H. haemolyticus. Moraxella catarrhalis is the second most common bacterial pathogen associated with COPD. It also causes otitis and sinusitis. An important virulence factor of M. catarrhalis is the outer membrane protein Moraxella catarrhalis IgD-binding protein (MID). One part of the protein; MID764-913 , has been shown to function as an adhesin, and this part has been fragmented to further investigate its adhesive properties. The aim of this second, independent study, was to express some of these proteinfragments by cloning in E. coli. The time spent on this project was too short, and no proteins could be expressed duing this period.

The principal goal of my study was to find if ecologically and chemically different populations of lichens in the Physconia muscigena (Ach.) Poelt group belong to several species or a single one. This study focused on the molecular and chemical investigations of mostly European and Canadian populations. I use sequence data from three genes (ITS rDNA, mtSSU rDNA and TEF1) for the reconstruction of phylogenetic trees. I investigate phylogenetic relationships among the closely related species P. muscigena, P. bayeri, P. rossica, and P. isidiomuscigena. Also, I wanted to detect any possible geographical or ecological trends among chemotypes and haplotypes. As an additional goal I checked the recent localities of P. muscigena in the Czech Republic for valorising its conservation status. Results show that: (1) sequenced data of ITS rDNA and TEF1 show high intraspecific variability in P. muscigena samples. This genetic variability does not correlate neither with geographical distribution nor thallus chemistry; (2) P. bayeri is synonymous with P. muscigena; (3) some samples P. muscigena contain new undetermined secondary metabolite, (4) Physconia muscigena has only three recent localities in Czech Republic. Key words: Physconia muscigena, Physconia bayeri, infraspecific variability, taxonomy, TEF1, ITS...