PINTO, Olienaide Ribeiro de Oliveira. Reação de clones comerciais de cajueiro ao oídio. 2016. 117 f. Tese (Doutorado em Agronomia/Fitotecnia)-Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Aline Mendes (alinemendes.ufc@gmail.com) on 2016-08-22T22:37:05Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_oropinto.pdf: 12667163 bytes, checksum: 85633b4d490ff9feb067855feed32454 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-23T18:27:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_oropinto.pdf: 12667163 bytes, checksum: 85633b4d490ff9feb067855feed32454 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-23T18:27:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_oropinto.pdf: 12667163 bytes, checksum: 85633b4d490ff9feb067855feed32454 (MD5) Previous issue date: 2016 / Powdery mildew has become one of the main pathogens of cashew plantations, causing damage to leaves, inflorescences, maturis, nuts and stalks. Thus, it is very important research aimed at studying the development of the disease in commercial cultivars cashew in different epidemiological stages of the disease in order to identify resistant cultivars.The objective of this study was to evaluate the reaction of commercial cultivars cashew mildew based on monitoring of severity over time disease, check the morphological difference between resistant and susceptible plant tissues and develop a natural inoculation methodology as an alternative early selection of cashew cultivars. The research was divided into three experiments at Embrapa, the first of which was in the Experimental Field of Pacajus, evaluating the reaction of eleven cultivars to mildew in three production cycles (2012, 2013 and 2014). The second was in the laboratory of electronic microscopy, studying the morphology of the powdery mildew infection process six cultivars (samples of flowers and leaves). The third test was a natural inoculation of powdery mildew method for early selection of cashew cultivars, which used ten cultivars changes with a test Fortress and other Pacajus. In the first and third tests, we evaluated the disease severity scale descriptive notes (0 to 4). In the first, it identified groups of similar cultivars in reaction to powdery mildew, through cluster analysis of three production cycles. BRS 274 cultivars BRS 275, BRS 226 and CCP 1001 were the most resistant, while the BRS 189 and cultivars CCP 06 were the most susceptible. The area under the disease progress curve (AUDPC) showed that there is difference between the cashew cultivars in reaction to powdery mildew during the crop production cycle. In the study under microscopy, it was noted in the inflorescences of cultivars a lot of upright conidiophores, except BRS 253. In the leaves, has been seen mycelium covering their surfaces with appressoria well developed, penetrating the epidermis. In sepals it found that the fungus invests in the Conidiogenesis process. In the third test, the test method was effective for cashew about the reaction of cultivars to powdery mildew on the leaves, and cultivar BRS 274 was the most resistant to powdery mildew for the two sites. In this research the cashew cultivars BRS 274, BRS 226, BRS 275 and CCP in 1001 have been identified as sources of resistance to powdery mildew and can be used in the integrated management of the disease. / O oídio tornou-se um dos principais fitopatógenos dos plantios de cajueiros, causando danos em folhas, inflorescências, maturis, pedúnculos e castanhas. Assim, é de suma importância pesquisas visando estudar o desenvolvimento da doença em clones comerciais de cajueiro nas diferentes fases epidemiológicas da doença, a fim de identificar clones resistentes. O objetivo deste trabalho foi avaliar a reação de clones comerciais de cajueiro ao oídio baseado em monitoramento da severidade da doença ao longo do tempo, verificar a diferença morfológica entre os tecidos de plantas resistentes e suscetíveis e, desenvolver uma metodologia de inoculação natural como alternativa de seleção precoce de clones de cajueiro. A pesquisa foi dividida em três experimentos na Embrapa Agroindústria Tropical, sendo que o primeiro foi no Campo Experimental de Pacajus, avaliando-se a reação de onze clones ao oídio em três ciclos de produção (2012, 2013 e 2014). O segundo foi no laboratório de microscopia eletrônica de varredura, estudando-se a morfologia do processo de infecção do oídio de seis clones (amostras de flores e folhas). O terceiro foi testar uma metodologia de inoculação natural de oídio para seleção precoce de clones de cajueiro, em que se utilizou muda de dez clones, com um ensaio em Fortaleza e outro em Pacajus. No primeiro e terceiro ensaios, avaliou-se a doença por uma escala descritiva de notas de severidade (0 a 4). No primeiro, se identificou grupos de clones similares na reação ao oídio, através da análise de agrupamento dos três ciclos de produção. Os clones BRS 274, BRS 275, BRS 226 e CCP 1001 foram os mais resistentes, enquanto, os clones BRS 189 e CCP 06 foram os mais suscetíveis. A área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD) evidenciou que existe diferença entre os clones de cajueiro na reação ao oídio durante os ciclos de produção da cultura. No estudo sob microscopia, notou-se nas inflorescências dos clones uma grande quantidade de conidióforos eretos, exceto, o BRS 253. Nas folhas, foi visto micélio cobrindo suas superfícies, com apressórios bem desenvolvido, penetrando a epiderme. Nas sépalas verificou-se que o fungo investe no processo da conidiogênese. No terceiro ensaio, o método testado foi efetivo para o cajueiro quanto à reação dos clones ao oídio nas folhas, e o clone BRS 274 foi o mais resistente ao oídio para os dois locais. Nessa pesquisa, os clones de cajueiro BRS 274, BRS 226, BRS 275 e CCP 1001 foram identificados como fonte de resistência ao oídio, podendo ser usadas no manejo integrado da doença.

Esta tese de doutorado trata de reações de acoplamento C-C em termos do desenvolvimento de novos sistemas catalíticos (primeira parte), estudo do mecanismo (segunda parte) e da aplicação dessas reações na síntese de moléculas com atividade biológica (terceira parte). Foram sintetizados e caracterizados dois novos complexos de paládio. O primeiro composto organometálico de paládio sintetizado corresponde ao intermediário da etapa de adição oxidativa do haleto de arila ao paládio zerovalente das reações de acoplamento C-C em geral. O segundo complexo é um iminopaladaciclo catiônico, obtido a partir do ciclopaladato de enxofre. Estes compostos organometálicos se mostraram excelentes precursores para a reação de Suzuki, bem como o sistema Pd(OAc)2/iminofosfina, para o qual foi feito um estudo de otimização detalhado. A segunda parte do trabalho consistiu no estudo da formação da espécie cataliticamente ativa na reação de acoplamento Suzuki para diferentes sistemas catalíticos. Para o ciclopaladato contendo enxofre foi possível mostrar que o Pd(0) pode ser formado pela redução direta do precursor catalítico, ou através das reações de transmetalação-eliminação redutiva na presença de ácido arilborônico. Enquanto que na ausência de fosfina somente parte do paládio é ativa e há formação de nanopartículas (~3 nm), a adição de fosfina levou a sistemas onde todo o paládio fica ativo na solução. Finalmente, foi desenvolvido um protocolo one pot para a síntese seletiva de estilbenos não simétricos utilizando duas reações de Heck em seqüência com o mesmo catalisador. Este protocolo foi aplicado para a síntese de um precursor do resveratrol, com rendimento global de 95% e regioespecífico e estereoseletiva para o trans-estilbeno (trans/cis = 95:5). / In this thesis it was described the results on the Pd-catalyzed C-C coupling reactions. In the first part a new catalytic system based on iminophosphine ligands for the Suzuki reaction was developed. The second part was devoted to the mechanistic aspects of Suzuki reaction and in the third part Heck coupling reaction was applied for the selective synthesis of molecules with biological activity. Two new palladium organometallics containing iminophosphine ligand were synthesized, characterized and evaluated as catalyst for the Suzuki reaction. The first organomettalic corresponds to the intermediate of oxidative addition step in the general catalytic cycle for coupling reactions. The second one is a cationic sulfur-containing paladacycle. These organomettalic compounds gave similar activity compared with the system Pd(OAc)2/iminophosphine, for which we have made a detailed optimization. In the case of the free-phosphine sulfur-containing paladacycle the Pd(0) can be formed by the direct reduction of the catalytic precursor, or by the reductive transmetallation-elimination reactions in the presence of arylboronic acid. In the absence of phosphine, only part of the palladium is active. Pd nanoparticles (~3 nm) were observed and are problaby the only reservoir of active species. On the other hand, a clear homogeneous catalysis took place in the presence of iminophosphine ligand with all palladium dissolved in solution as palladium-phosphine complexes. Finally, starting from ethylene, a one-pot protocol based in two consecutive Heck reactions was developed for the selective synthesis of non symmetrical trans-stilbenes. In this protocol, the ethylene was selectively double-arylated in the presence of the same palladium catalyst, and a precursor of the resveratrol was obtained in high yield (95%) and stereoselectivity (trans:cis = 95:5).

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:35Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-30. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:19Z : No. of bitstreams: 1 Publico-141.pdf: 1535996 bytes, checksum: af74b773a6305b7327f17191a30e524c (MD5) / Pré-exposição a pequenas doses de LPS induz resistência a uma dose letal de LPS, um fenômeno conhecido como tolerância à endotoxina. A pré-exposição ao LPS modula o padrão de resposta celular, conforme ilustrado pela expressão gênica e síntese protéica alteradas de citocinas inflamatórias. No entanto, os mecanismos envolvidos neste processo ainda são parcialmente descritos. Interessante, as células tolerantes ao LPS assemelham-se àquelas obtidas de pacientes sépticos. Métodos: Tolerância ao LPS foi induzida em células mononucleares do sangue periférico humanas pela incubação destas com 1 ng/mL de LPS durante 48 horas. Após este período, as células foram desafiadas com 100 ng/mL de LPS por 2, 6 e 24 horas. Em cada um destes momentos, foi avaliada a expressão de 84 genes relacionados à via dos receptores do tipo Toll, por PCR array. Resultados: O pré-tratamento com LPS não modulou a expressão de CD14 e TLR4 na superfície de monócitos, demonstrando que a tolerância não ocorreu devido à modulações dos receptores do LPS. Um gene foi considerado tolerizável quando o pré-tratamento com LPS reverteu o efeito causado na expressão gênica pelo desafio com LPS; enquanto um gene foi considerado não tolerizável quando o pré-tratamento com LPS não reverteu o efeito do desafio com LPS. As cascatas no NF-κB, JNK, ERK e TRIF estavam bloqueadas ou atenuadas em células tolerantes, enquanto a expressão dos genes relacionados à cascata da p38 estava aumentada. Conclusão: Esses resultados demonstram uma regulação distinta entre as cascatas da via de sinalização dos TLRs durante a tolerância. Além disso, este achado pode explicar a regulação diferenciada entre alguns mediadores inflamatórios, como por exemplo a regulação positiva de IL-10 e COX2 e regulação negativa de TNF-α e IL-12, fato este também explicado pela influência de regulações epigenéticas. A tolerância pode resultar em repressão ou indução de expressão gênica, sendo tal efeito dependente de regulação positiva ou negativa induzida pelo desafio com LPS. / Pre-exposure to low doses of LPS induces resistance to a lethal challenge, a phenomenon known as endotoxin tolerance. In this study, tolerance was induced in human PBMC by culturing cells with 1 ng/mL LPS for 48 h. Cells were subsequently challenged with 100 ng/mL LPS for 2, 6 and 24 h, and the expression of 84 genes encoding proteins involved in the TLR signaling pathway was evaluated at each time point by PCR array. LPS pretreatment did not modulate the expression of TLR4 and CD14 on the surface of monocytes. A gene was defined as tolerized when LPS pretreatment reversed the effect of LPS challenge on the expression of the gene or as non-tolerized when LPS pretreatment did not reverse the effects of LPS challenge. We observed impaired or attenuated signal transduction through the NF-κB, JNK, ERK and TRIF pathways, whereas expression of p38 pathway-related genes was preserved in LPStolerant cells. These results show a distinct regulation of the TLR pathway cascades during tolerance; this may account for the differential gene expression of some inflammatory mediators, such as up-regulation of IL-10 and COX2 as well as down-regulation of TNF-α and IL-12. Depending on the effect of LPSinduced gene up-regulation or down-regulation, tolerance, as a reversion of such LPS effects, may result in repression or induction of gene expression. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

COUTO, Manuela Soares. Identificação molecular de cepas clínicas e ambientais de Burkholderia pseudomallei, oriundas do Estado do Ceará : análise baseada nas regiões 16S e 16S-23S do DNA ribossômico nuclear. 2099.0107 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2009. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-12-05T14:02:29Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2013-12-05T14:03:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-12-05T14:03:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_mscouto.pdf: 1672949 bytes, checksum: f161d01fb64b6c9b0e6980b0190093b1 (MD5) Previous issue date: 2009 / Melioidosis is a potentially fatal disease caused by the bacterium Burkholderia pseudomallei, considered emerging in Brazil since the first cases were reported in 2003, on State of Ceará. This study aimed to perform the molecular identification of 31 isolates of B. pseudomallei (26 clinical and 5 environmental) maintained in the culture collection of CEMM (Specialized Center for Medical Mycology), based on sequences 16S and 16S-23S rRNA. The DNA of these samples was extracted with the kit Wizard ® Genomic DNA Purification (Promega), quantified by spectrophotometry and stored at 4°C. The amplification of a fragment of 302 bp of 16S-23S rRNA specific to B. pseudomallei was performed by PCR reaction with primers Bp1 and Bp4. The sequencing of 16S and 16S-23S rRNA was performed by using of the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The phylogenetic tree of 16S rRNA and the sequence identity matrix and sequence difference count matrix based on the 16S-23S rRNA were generated by the program MEGA4, version 4.1. The results confirmed the identification of 15 strains of B. pseudomallei (5 clinical and 10 environmental), which represents 48.4% of the isolates analyzed in this study. The phylogenetic tree based on 16S rRNA shows that the clinical and environmental isolates of B. pseudomallei of State of Ceará are evolutionarily clustered with the strains B. pseudomallei MSHR346 (Australia), B. pseudomallei 1106a (Thailand), B. pseudomallei K96243 (Thailand), B. pseudomallei 1710b (Thailand) and B. pseudomallei 668 (Australia). Using the same extraction kit was possible to extract DNA from B. pseudomallei directly from clinical specimen (bronchoalveolar lavage), confirming a new case of melioidosis in Ubajara/CE. In this study, the use of PCR for amplification of a fragment of 302 bp of 16S-23S rRNA identified correctly B. pseudomallei, and to confirm the discrimination between B. pseudomallei and B. mallei, the sequencing of the 16S and 16S-23S rRNA genes was performed. The technique of PCR coupled with sequencing of 16S and 16S-23S rRNA resulted in a high sensitivity and specificity of detection of B. pseudomallei in this study. / A melioidose é uma doença potencialmente fatal causada pela bactéria Burkholderia pseudomallei, sendo considerada emergente no Brasil desde que os primeiros casos foram reportados em 2003, no Estado do Ceará. Este estudo pretendeu realizar a identificação molecular de 31 isolados de B. pseudomallei (cinco clínicos e 26 ambientais) mantidos na coleção de culturas do CEMM (Centro Especializado em Micologia Médica), com base nas sequências 16S e 16S-23S DNAr. O DNA destas amostras foi extraído com o kit Wizard® Genomic DNA Purification (Promega), quantificado por espectrofotometria e armazenado a 4ºC. A amplificação de um fragmento de 302 pb da região espaçadora 16S-23S DNAr específico para B. pseudomallei foi realizada por meio de reação de PCR com os primers Bp1 e Bp4. O sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S DNAr foi realizado pelo método da terminação da cadeia pelo didesoxinucleotídeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). A árvore filogenética da região 16S DNAr e as matrizes sequência identidade e contagem de diferenças baseadas na região 16S-23S DNAr foram geradas pelo programa MEGA4, versão 4.1. Os resultados confirmaram a identificação de 15 cepas de B. pseudomallei (cinco clínicas e dez ambientais), o que corresponde a 48.4% dos isolados em estudo. A árvore filogenética baseada na região 16S DNAr demonstra que os isolados clínicos e ambientais de B. pseudomallei do Estado do Ceará são evolutivamente agrupados com as cepas B. pseudomallei MSHR346 (Austrália), B. pseudomallei 1106a (Tailândia), B. pseudomallei K96243 (Tailândia), B. pseudomallei 1710b (Tailândia) e B. pseudomallei 668 (Austrália). Com a utilização do mesmo kit de extração também foi possível extrair DNA de B. pseudomallei diretamente de espécime clínico (lavado brônquico), confirmando um novo caso de melioidose no Município de Ubajara/CE. Em nosso estudo, o uso da PCR para a amplificação de um fragmento de 302 pb da região 16S-23S DNAr identificou corretamente B. pseudomallei, sendo que para confirmar a discriminação entre B. pseudomallei e B. mallei, o sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S DNAr foi realizado. A técnica de PCR aliada ao sequenciamento das regiões 16S e 16S-23S do DNA ribossômico nuclear resultaram em uma elevada sensibilidade e especificidade de detecção de B. pseudomallei neste estudo.

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000049.pdf: 5536099 bytes, checksum: a3c810e6946e7b9de437e3149078ad55 (MD5) Previous issue date: 2008 / A identificação de moluscos infectados pelo Schistosoma mansoni é de grande interesse para a saúde pública, pois representa focos de transmissão da esquistossomose. As limitações da técnica padrão-ouro para o diagnóstico de infecções pré-patentes e em larga escala faz com que os métodos moleculares sejam vistos como possíveis alternativas através da detecção de DNA do S. mansoni em lotes de moluscos vetores. A detecção de seqüências específicas de DNA por reação em cadeia da polimerase (PCR) tem confirmado ser de extremo valor para a análise genética e diagnóstico de várias doenças patogênicas infecciosas. O principal objetivo desse trabalho é desenvolver e validar a detecção molecular da infecção por S. mansoni em lotes de moluscos vetores para a identificação de focos de transmissão. Os iniciadores foram desenhados para detectar especificamente DNA de S. mansnoni e amplificam gene na subunidade pequena do rRNA. Neste trabalho foi desenvolvido PCR quantitativa em tempo real (qPCR) e validada juntamente com ensaios de PCR, nested PCR (NPCR) e nested PCR em único tubo (STNPCR). Quando comparados as duas metodologias relacionadas ao padrão-ouro e abordagens moleculares os resultados confirmaram que a NPCR, STNPCR e a qPCR são significantemente mais sensíveis (p 0.05) que a PCR e que a técnica padrão-ouro. Significante relação foi observada entre os resultados da qPCR e a liberação de cercarias. As ferramentas moleculares desenvolvidas neste trabalho, se utilizadas em lotes de moluscos, podem ser consideradas alternativas e/ou complementares à técnica convencional para identificar focos de transmissão da esquistossomose

Made available in DSpace on 2015-05-27T13:35:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 694.pdf: 3007603 bytes, checksum: 577a7771c716fd72e84b48d9e00f98f2 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A Leishmaniose Tegumentar Americana é endêmica em todos os estados do Brasil. De acordo com os registros da Secretaria de Saúde municipal, Ilhéus, localizado no sul da Bahia, é endêmico para a doença. Esse estudo objetivou caracterizar a transmissão da enfermidade nesse município. Foi realizado um estudo retrospectivo entre os anos 2000 e 2006, proporcionando a realização de busca ativa de casos humanos em áreas rural e urbana (Santo Antonio e Teotônio Vilela), com um inquérito populacional em 147 e 77 indivíduos, respectivamente. Foram capturados e identificados 6.439 flebotomíneos com armadilhas CDC, mil deles separados em pools de 20 insetos e submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase. Ademais, 1.528 fêmeas capturadas com armadilhas de Castro foram dissecadas. Foram atendidos 131 pacientes suspeitos da doença no Centro de Atenção Especializada III, entre Agosto/2007 e Setembro/2009, e avaliados clínica, epidemiológica, parasitológica, molecular e imunologicamente. Dos residentes na área urbana 79,4 por cento visitaram, ao menos uma vez, a área rural. Foram identificadas 18 espécies de flebótomos, predominando Lutzomyia whitmani (52,49 por cento) e L. fischeri (29,98 por cento) na área rural, e L. cortelezzii (05 exemplares) na urbana. Não houve infecção natural à dissecção; e nenhum pool foi positivo à PCR. Mas, dos 84 hamsters inoculados com material humano, 03 amostras de esfregaços hepáticos apresentaram amastigotas; e 02 foram detectáveis por PCR para o subgênero Viannia. Não houve evidência de transmissão urbana, sugerindo uma origem rural dos casos, onde L. whitmani e L. fischeri possivelmente são vetores, tendo L. (V) braziliensis como agente etiológico nesse ciclo de transmissão. Recomenda-se intensificação na vigilância quanto à notificação de casos e atenção às características epidemiológicas locais

LIMA, Rita Amanda Chaves de. Coccidioides posadasii de origem clínica e ambiental : um estudo da diversidade genética. 2010. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:26:44Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-18T13:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_raclima.pdf: 2032085 bytes, checksum: c3f5ac005ba0fdb42b1c01f27d117165 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coccidiodomycosis is a systemic infection, predominantly pulmonary, caused by the geophilic and dimorphic fungi, Coccidioides immitis and Coccidioides posadasii. In Brazil, coccidioidomycosis is associated with semi-arid areas in the Northeastern region of this country, which is considered one of the endemic areas of this disease in South America. These pathogens are morphologically indistinguishable species, but they exhibit molecular differences. Different molecular techniques have been described for the characterization of these species. The nuclear ribosomal DNA (rDNA) from Coccidioides spp. has been described as an important molecular marker for the identification, taxonomy and phylogeny. Currently, there are still shortages of maps for epidemiological approaches in order to direct the correlation between populations of Coccidioides spp. and the outbreaks of coccidiomycosis. Given the above, this study aimed at performing the molecular identification of 18 clinical and environmental isolates of C. posadasii, from Northeastern Brazil, maintained in the fungal collection of the Specialized Medical Mycology Center (CEMM), through PCR, as well as, to analyze the genetic diversity of these isolates by sequencing of 18S-28S regions of nuclear rDNA. The identification of the isolates was performed through PCR, using specific primers Coi9-1F and Coi9-R. The sequencing of the 18S-28S rDNA regions was performed through the method of chain termination by dideoxynucleotides, using the kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). The results confirmed the identification of all strains included in this study as belonging to the species C. posadasii. The phylogenetic tree based on 18S-28S rDNA region of C. posadasii from CEMM and Coccidioides spp. from Genbank. reveals the formation of a unique cluster encompassing the following strains CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-066 and CEMM 05-2-065, in a properly sustained branch, which apparently seems to group these isolates according to their geographical origin. The strains of C. posadasii showed lower genetic divergence in the ITS1 and ITS2 regions, when compared to strains of C. immitis. Analyses did not detect differences between strains of clinical origin and those of environmental origin. Further studies involving the analysis of fast evolving markers, such as microsatellites, can provide evidences to determine whether the groups found in this study are derived from a lineage of clonal reproduction. / A coccidioidomicose é uma infecção sistêmica, predominantemente pulmonar, causada pelos fungos dimórficos e geofílicos, Coccidioides immitis e Coccidioides posadasii. No Brasil, a coccidioidomicose está associada a locais situados na zona semi-árida da região Nordeste, considerada uma das áreas endêmicas da doença na América do Sul. Estes patógenos consistem em espécies morfologicamente indistinguíveis, mas que exibem diferenças moleculares peculiares. O DNA ribossômico nuclear (rDNA) de Coccidioides spp. tem sido apontado como importante marcador molecular utilizado na identificação, taxonomia e filogenia. Atualmente, ainda há escassez de mapas de abordagens epidemiológicas para direcionar a correlação entre as populações de Coccidioides spp. com os surtos de coccidioidomicose. Diante do exposto, este estudo teve por objetivo, realizar a identificação molecular de 18 isolados clínicos e ambientais de C. posadasii, oriundos do Nordeste brasileiro, mantidos na Micoteca do Centro Especializado em Micologia Médica (CEMM), através da técnica de PCR, bem como, analisar a diversidade genética destes isolados por meio do seqüenciamento das regiões 18S-28S do rDNA nuclear. A identificação dos isolados foi realizada por PCR utilizando os primers específicos Coi9-1F e Coi9-R. O sequenciamento das regiões 18S-28S rDNA foi realizado pelo método da terminação da cadeia pelo didesoxinucleotídeo, usando-se o kit DYEnamicTM ET terminators cycle sequencing (GE Healthcare). Os resultados confirmaram a identificação de todas as cepas incluídas neste estudo, como pertencentes à espécie C. posadasii. A árvore filogenética, baseada na região 18S-28S rDNA de C. posadasii do CEMM, juntamente com sequências de Coccidioides spp. depositadas no Genbank. revela a formação de um cluster exclusivo englobando as cepas CEMM 05-2-063, CEMM 05-2-064, CEMM 05-2-065 e CEMM 05-2-066, em um ramo adequadamente sustentado, que aparentemente parece agrupar estes isolados segundo sua origem geográfica. As cepas de C. posadasii apresentaram menor índice de divergência genética nas regiões ITS1 e ITS2, quando comparadas às cepas de C. immitis A análise não detectou diferenças entre as cepas de origem clínica e as de origem ambiental. Estudos posteriores envolvendo a análise de marcadores de evolução mais rápida, os microssatélites, podem fornecer evidências para determinar se os agrupamentos encontrados neste estudo são resultantes de uma linhagem de reprodução clonal.

LIMA, Luana Nepomuceno Gondim Costa. Estudo Epidemiológico Molecular da Hanseníase em Fortaleza, Ceará. 2014. 95 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:15:20Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) Previous issue date: 2014 / The study of detection of M. leprae DNA in nasal secretions from patients and healthy subjects in addition to the methodologies for genotyping of M. leprae has complemented the leprosy’s epidemiology. This study evaluated the positivity of M. leprae DNA in nasal secretion (NS) of leprosy patients and healthy individuals; and genetic variability among strains of M. leprae, studying the relationship with clinical and epidemiological factors. NS samples were collected from 185 patients (group C), 136 individuals without leprosy (Co) attending the National Reference Center for Sanitary Dermatology Dona Libânia in Fortaleza, Ceará and 121 students from the Faculty Christus in Fortaleza (GE group). Skin biopsies (SB) were collected from 38 individuals in group C. All samples NS were subjected to DNA extraction and amplification of RLEP region by nested PCR. To assess the genetic diversity of M. leprae among individuals, 48 strains of SN positive patients RLEP system were analyzed using the four loci of variable number tandem repeats (VNTRs): AC8b, AC9, and AC8a GT9. To study the variability of the strain in the same individual were compared BP and SN samples of 38 positive patients RLEP system using the fifteen loci VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. 69.2% of the cases, 66.9% of Co and 28.1% of group GE were positive RLEP. The fact that the individual is male, belonging to socioeconomic class D/E and every year-old age increases the chance in 6,266, 3,083 and 1,046, respectively, be it positive PCR. In the analysis of geographical distribution of individuals positive RLEP, the Co was the group of intersection between C and GE groups and the group C, the smear-positive and positive RLEP were more clustered than smear-positive and negative RLEP. The AC8b, AC9, and AC8a GTA9 loci showed allelic diversity considered moderately discriminating. There was a formation of four groups with strains of identical genotypes. The most common genotypes were AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 and AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. Strains of unique genotypes were detected in patients aged greater and in patients in whom there was more time between symptoms and diagnosis. The existence of different strains circulating in the city under study and different subpopulations of bacilli between BP and SN samples of the same individual was observed. / O estudo da detecção de DNA do M. leprae em secreção nasal de indivíduos e as metodologias de genotipagem do M. leprae têm complementado a epidemiologia da hanseníase. Este estudo avaliou a positividade de DNA de M. leprae na secreção nasal (SN) de pacientes com hanseníase e de indivíduos sadios; e a variabilidade genética entre cepas de M. leprae, estudando a relação com fatores clínico-epidemiológicos. Foram coletadas amostras de SN de 185 pacientes (grupo C), de 136 indivíduos sem hanseníase (grupo Co) que frequentavam o Centro de Referência Nacional em Dermatologia Sanitária Dona Libânia em Fortaleza, Ceará e 121 alunos da Faculdade Christus em Fortaleza (grupo GE). Foram coletadas biópsias de pele (BP) de 38 indivíduos do grupo C. Todas as amostras de SN foram submetidas à amplificação da região RLEP por meio de PCR NESTED. Para avaliação da diversidade genética do M. leprae entre indivíduos, foram analisadas cepas de SN de 48 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quatro loci de repetições em tandem de número variável (VNTRs): AC8b, AC9, AC8a e GT9. Para o estudo da variabilidade da cepa no mesmo indivíduo foram comparadas amostras de BP e SN de 38 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quinze loci de VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. Foram RLEP positivo 69,2% dos casos, 66,9% do grupo Co e 28,1% do grupo GE. O fato de o indivíduo ser homem, pertencer à classe socioeconômica D/E e a cada ano de idade que envelhece, aumenta a chance em 6,266, 3,083 e 1,046, respectivamente, dele ser PCR positivo. Na análise de distribuição geográfica dos indivíduos RLEP positivos, o grupo Co foi o grupo de interseção entre os grupos C e GE e em relação ao grupo C, os com baciloscopia positiva e RLEP positivo estiveram mais agrupados do que os com baciloscopia positiva e RLEP negativo. Os loci AC8b, AC9, AC8a e GTA9 apresentaram uma diversidade alélica considerada moderadamente discriminante. Houve a formação de quatro grupos com cepas de genótipos idênticos. Os genótipos mais frequentes foram o AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 e o AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. As cepas de genótipos únicos foram detectadas em pacientes com idade menor e em pacientes nos quais ocorreu maior tempo entre sintomas e diagnóstico. Foi constatada a existência de diferentes cepas circulando no Município em estudo e diferenças de subpopulações do bacilo entre as amostras de BP e SN de um mesmo indivíduo.

FIÉVEZ, Aline Mireille da Cunha. Avaliação da reação em cadeia da polimerase (PCR) e métodos convencionais no diagnóstico de micobacteriose extrapulmonar exceto renal. 2006. 100 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará, Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2005. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-20T12:48:33Z No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) Previous issue date: 2005 / In order to focus on the importance of laboratorial diagnosis of extrapulmonary mycobacteria, except renal, we employed the polymerase chain reaction (PCR). Clinical samples (body fluids) were tested by PCR for the presence of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) and nontuberculous mycobacteria (MNTB). We compared the results obtained through the PCR with the ones obtained through conventional microbiological methods. The 114 clinical samples were obtained from internal patients or from or in ambulatorial attendance with clinical suspicion of extrapulmonary tuberculosis, except renal. The samples were collected from 2001 to 2003, and ceded to this research by the Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC), and by the Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). The direct microscopy and culture were negative in all the samples. The molecular research, for the Mycobacterium genus was positive in 10 samples, and for the Mycobacterium tuberculosis complex was negative in all the samples. / Com o objetivo de enfatizar a importância do diagnóstico laboratorial de micobactérias em sítios extrapulmonares, exceto renal, utilizou-se neste trabalho a reação em cadeia da polimerase (PCR). Na PCR foram empregados iniciadores específicos para a detecção de micobactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) e não pertencentes ao complexo Mycobacterium tuberculosis (MNTB). Foram comparados os resultados obtidos na PCR com os métodos microbiológicos convencionais. Foram analisadas 114 amostras clínicas (líquidos corporais) provenientes de pacientes internados ou em atendimento ambulatorial, com suspeita clínica de tuberculose extrapulmonar, exceto renal. As amostras foram coletadas no período de 2001 a 2003 e cedidas pelo Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC) e pelo Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). A baciloscopia e a cultura foram negativas em todas as amostras. A pesquisa molecular para o gênero Mycobacterium foi positiva em dez amostras e, para o complexo Mycobacterium tuberculosis, foi negativa em todas as amostras.

CARNEIRO, Teiliane Rodrigues. Avaliação da reação em cadeia da polimerase (PCR) em amostras de fezes para diagnóstico da esquistossomose em região de baixa endemicidade no Estado do Ceará. 2011. 93 f. Dissertaçao (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2011. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2012-01-03T13:52:47Z No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-02T16:32:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-02T16:32:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_dis_trcarneiro.pdf: 4385109 bytes, checksum: c39e82aaa5b6180628484047cdc7c5a8 (MD5) Previous issue date: 2011 / Schistosomiasis is still a public health problem in Brazil. The infection is widespread in southeast and northeast. The laboratorial diagnosis of schistosome infection has been based on direct coproscopic examination and by indirect methods for detection of antigen, antibodies and specific DNA fragments that are associated with Schistosoma mansoni infection. The aim of the present study was to evaluate polymerase chain reaction (PCR) designed for detection of Schistosoma mansoni DNA in individuals from a low endemic area in Ceará state. The study was conducted in the Planalto do Cajueiro, Maranguape, Ceará, Brazil. In the laboratory performed the ELISA for detection of IgG antibodies against adult worms antigen of S. mansoni, and stool examinations (Kato-Katz, Lutz, Saline gradient and Helmintex® methods), considering the results obtained, for distribution of 56 stool samples selected among the 125 examined, in the following groups: Group I - ELISA reactive / Others parasites (+ ), Group II- ELISA reactive / Others parasites (-), Group III- ELISA non reactive / Others parasites (+), Group IV- ELISA non reactive / Others parasites (-), Group V- ELISA reactive / Coproscopic examination S. mansoni (+).The PCR was carried out according to a protocol described by Pontes et al.(2002) . Group I, 02 of 10 samples were positive in PCR; Group II, 04 of 10 samples were positive by PCR and in Group III, 01 of 07 samples were positive in PCR. Among the 10 samples of Group IV, 01 was positive in PCR and Group V, 13 of 19 samples were positive in PCR. Among the 39 individuals who showed reactivity by ELISA, 06 samples were positive in coproscopic examination and PCR was reactive in 19 samples. Comparing the results in Group V, with the Kato-Katz, this method detected 06 individuals, while PCR detected 13 individuals were positive. By comparing the PCR of Saline gradient, it is observed that the Saline gradient detected 09 individuals, while PCR detected 11. When comparing PCR to Helmintex®, we found that the Helmintex® detected 10, while PCR detected 08 samples. We conclude that PCR is an important tool to improve the sensitivity in detecting S. mansoni infection in low endemic areas. We emphasize that is very important associate the exams in order to achieve the real diagnosis of the disease. / A esquistossomose ainda é um problema de saúde pública no Brasil, amplamente disseminada nas regiões sudeste e nordeste. O diagnóstico laboratorial dessa doença é realizado principalmente através de métodos diretos que detectam os ovos nas fezes, através da microscopia e por métodos indiretos, que se baseiam na determinação e identificação de antígenos, anticorpos e fragmentos específicos de DNA que estão associados à infecção por Schistosoma mansoni. Nesse estudo, objetivamos avaliar a reação em cadeia da polimerase (PCR) para diagnóstico da esquistossomose mansoni, em indivíduos da localidade de Planalto do Cajueiro, uma área de baixa endemicidade, em Maranguape- Ceará. Realizamos o método de ELISA, para detecção de anticorpos IgG contra antígenos de verme adulto de S. mansoni, e a coproscopia, pelos métodos de Kato-Katz e de Lutz, para detecção de ovos de S. mansoni e de outros parasitos. Diante dos resultados obtidos nesses métodos, selecionamos 56 amostras de fezes, dentre as 125 analisadas, que compuseram os seguintes grupos: Grupo I - ELISA reativo/Outros parasitos (+) ; Grupo II- ELISA reativo/Outros parasitos (-); Grupo III- ELISA não reativo/ Outros parasitos (+) ; Grupo IV-ELISA não reativo/Outros parasitos (-); Grupo V- ELISA Reativo/Coproscopia para S. mansoni (+). Os parâmetros da PCR seguiram o protocolo de Pontes et al., 2002. Do Grupo I, 02 das 10 amostras foram positivas na PCR; do Grupo II, 04 das 10 amostras foram positivas na PCR e no Grupo III, 01 das 07 amostras foi positiva no PCR. Dentre as 10 amostras do Grupo IV, 01 amostra foi positiva no PCR e no Grupo V, 13 das 19 amostras foram positivas no PCR. Dos 39 indivíduos que apresentavam reatividade pelo ELISA, o exame parasitológico, realizado pela técnica de rotina, método de Kato-Katz, foi positivo em 06 amostras e a PCR em 19 amostras. Ao comparar os resultados obtidos no Grupo V, com o método de Kato-Katz, observa-se que este detectou 06 indivíduos, enquanto PCR detectou 13. Ao compararmos PCR ao método do Gradiente Salínico, observa-se que o Gradiente Salínico detectou 09 indivíduos, enquanto PCR detectou 11. Ao compararmos PCR ao Helmintex®, verificamos que o Helmintex® detectou 10, enquanto PCR detectou 08 amostras. Diante disso, concluímos que a PCR é mais uma ferramenta importante para melhorar a sensibilidade na detecção do parasito nas fezes, sendo indispensável à associação dos vários métodos disponíveis, com intuito de alcançar o diagnóstico real da doença.