Submitted by Irene Nascimento (irene.kessia@ufpe.br) on 2016-01-07T18:58:29Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação de Mestrado - Cleyton Vanut Cordeiro de Magalhães.pdf: 1644153 bytes, checksum: c2921e802bf7c060e832088600f2aac9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T18:58:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação de Mestrado - Cleyton Vanut Cordeiro de Magalhães.pdf: 1644153 bytes, checksum: c2921e802bf7c060e832088600f2aac9 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / Capes / Context: Two recent mapping studies which were intended to verify the current state of replication of empirical studies in Software engineering (SE) identified two sets of studies: empirical studies actually reporting replications (published between 1994- 2012) and a second group of studies that are concerned with definitions, classifications, processes, guidelines, and other research topics or themes about replication work in empirical software engineering research (published between 1996- 2012). Objective: The goal of this work is to analyse and discuss the contents of the second set of studies about replications to increase our understanding of the current state of the work on replication in empirical software engineering research. Method: The systematic literature review method was applied to build a systematic mapping study, in which the primary studies were collected by two previous mapping studies covering the period 1996-2012 complemented by manual and automatic search procedures that collected articles published in 2013. Results: We analysed 37 papers reporting studies about replication published in the last 17 years. These papers explore different topics related to concepts and classifications, guidelines, and discuss theoretical issues that are relevant for our understanding of replication in our field. We also investigated how these 37 papers have been cited in the 135 replication papers published between 1994 and 2012. Conclusions: Replication in SE still lacks a set of standardized concepts and terminology, which has a negative impact on the replication work in our field. To improve this situation, it is important that the SE research community engage on an effort to create and evaluate taxonomy, frameworks, guidelines, and methodologies to fully support the development of replications. / Contexto. Dois mapeamentos sistemáticos recentes que tiveram o objetivo de verificar o atual estado das pesquisas sobre replicação de estudos empíricos em Engenharia de Software (ES) identificaram dois conjuntos de estudos: o primeiro conjunto apresenta estudos empíricos que realizaram replicações (publicados entre 1994 e 2012) e o segundo conjunto apresenta pesquisas relacionadas a definições, classificações, processos, guidelines e outros tópicos de pesquisa sobre replicações de estudos empíricos em Engenharia de Software (publicados entre 1996 e 2012). Objetivo: O objetivo deste trabalho é analisar o conteúdo do segundo conjunto de estudos com o intuito de compreender melhor o atual estado das pesquisas sobre replicações de estudos empíricos em Engenharia de Software. Método: O método de revisão sistemática da literatura foi utilizado para construir um mapeamento sistemático, no qual, os estudos primários analisados foram coletados em dois mapeamentos sistemáticos realizados anteriormente, cobrindo o período de 1996 a 2012. Este período foi complementado por um processo de busca manual e automática que obteve artigos publicados em 2013. Resultados: Foram analisados 37 artigos que relatam estudos sobre replicação publicados nos últimos 17 anos. Estes artigos exploram diferentes tópicos relacionados a conceitos e classificações, apresentam guidelines e discutem questões teóricas que são relevantes para a compreensão de replicações em Engenharia de Software. Também foi investigado como estes 37 artigos foram citados em 135 replicações publicadas entre 1994 e 2012. Conclusões: Replicação em Engenharia de Software ainda necessita de um conjunto de conceitos padronizados e uma terminologia, pois isso traz um impacto negativo nos trabalhos de replicação nesta área. Para melhorar esta situação, é importante que os pesquisadores de Engenharia de Software integrem esforços para a criação de e avaliação de uma taxonomia, frameworks, guidelines e metodologias que possam apoiar o desenvolvimento de replicações.

Estágio realizado na MedMat Innovation e orientado pelo Doutora Marta Alves da Silva / Tese de mestrado integrado. Engenharia Metalúrgica e de Materiais. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

A replicação do DNA tem início nas origens de replicação que são licenciadas na transição das fases M/G1, pelo complexo de pré-replicação (CPR), e ativadas apenas na fase S. Existem diversas origens de replicação no genoma, mas apenas parte destas origens é disparada em diferentes momentos de S, havendo assim origens early (disparadas no início de S) e late (disparadas mais tardiamente). Em trypanosomas as origens de replicação são reconhecidas por um CPR formado por Orc1/Cdc6 e pelo complexo MCM2-7. Em T. cruzi observamos que existem dois mecanismos diferentes para controlar a replicação do DNA. Durante o ciclo celular da forma epimastigota, as proteínas do CPR são sempre expressas e ligadas ao DNA, mas durante o ciclo de vida Orc1/Cdc6 se liga ao DNA apenas nas formas que replicam, e Mcm7 não é expressa nas que não replicam. Também foi analisado o perfil das forquilhas de replicação em T. brucei utilizando a técnica de SMARD onde vimos que a velocidade da forquilha é semelhante a dos demais eucariontes, além de encontrarmos a primeira origem de replicação late. / The DNA replication starts at the origins of replication, which are licensed at M/G1 transition, by the pre replication complex (PRC), and are activated just at S phase. There are many origins of replication along genome, but some of them are fired at different moments of S phase. So there are early and late origins fired at the beginning or later in S phase, respectively. The PRC of trypanosomes is composed of Orc1/Cdc6 and Mcm2-7. We could observe that in T. cruzi there are two distinct ways to control DNA replication. Whereas in epimastigote cell cycle the PRC are expressed and bound to DNA in all phases, during T. cruzi life cycle Orc1/Cdc6 is bound to DNA only in replicative forms and Mcm7 is absent in the non-replicative forms. We also analyzed the fork profile in T. brucei through SMARD technique. We found that the speed of replication fork is similar from other eukaryotes and that different replication origins are fired every cell cycle. Finally, we found a new origin of replication that is the first late origin described in this organism.

Este trabalho trata da utilização de protocolos de comunicação de grupo para a disseminação de escritas em arquivos replicados. A replicação de arquivos tem como objetivo aumentar a disponibilidade dos dados mesmo mediante a ocorrência de alguma falha. Existem duas abordagens principais para a replicação de arquivos: a da cópia primária e das cópias ativas. Em ambas as abordagens é necessário que seja mantida a integridade dos dados replicados, de forma que todos cópias dos arquivos replicados estejam no mesmo estado. Essa integridade pode ser mantida pela escolha correta de uma estratégia de disseminação de escritas. Como os servidores que mantém cópias do mesmo arquivo formam um grupo de replicação, a disseminação de escritas pode ser feita através de comunicação de grupos. Neste trabalho são apresentados os sistemas de comunicação de grupo xAMp, da Universidade de Lisboa; Totem, Universidade da Califórnia; Transis da Universidade de Hebréia de Jerusalém; Horus, da Universidade de Cornell e Newtop da Universidade de Newcastle. Todos os sistemas descritos possuem características de comunicação de grupo e membership que permitem a sua utilização na disseminação de escritas para arquivos replicados. Este trabalho descreve, também, o protótipo PDERM (Protótipo para a Disseminação de Escritas em arquivos Replicados, através de Multicast), implementado para analisar o comportamento de um sistema de comunicação de grupo, o xAMp, na disseminação de escritas em arquivos replicados pela estratégia da cópia primária. Foi analisado o aspecto da manutenção da integridade das réplicas mesmo na ocorrência de falha do servidor primário.

Tese de mestrado integrado. Engenharia Informática e de Computação. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2012

Este trabalho trata da utilização de protocolos de comunicação de grupo para a disseminação de escritas em arquivos replicados. A replicação de arquivos tem como objetivo aumentar a disponibilidade dos dados mesmo mediante a ocorrência de alguma falha. Existem duas abordagens principais para a replicação de arquivos: a da cópia primária e das cópias ativas. Em ambas as abordagens é necessário que seja mantida a integridade dos dados replicados, de forma que todos cópias dos arquivos replicados estejam no mesmo estado. Essa integridade pode ser mantida pela escolha correta de uma estratégia de disseminação de escritas. Como os servidores que mantém cópias do mesmo arquivo formam um grupo de replicação, a disseminação de escritas pode ser feita através de comunicação de grupos. Neste trabalho são apresentados os sistemas de comunicação de grupo xAMp, da Universidade de Lisboa; Totem, Universidade da Califórnia; Transis da Universidade de Hebréia de Jerusalém; Horus, da Universidade de Cornell e Newtop da Universidade de Newcastle. Todos os sistemas descritos possuem características de comunicação de grupo e membership que permitem a sua utilização na disseminação de escritas para arquivos replicados. Este trabalho descreve, também, o protótipo PDERM (Protótipo para a Disseminação de Escritas em arquivos Replicados, através de Multicast), implementado para analisar o comportamento de um sistema de comunicação de grupo, o xAMp, na disseminação de escritas em arquivos replicados pela estratégia da cópia primária. Foi analisado o aspecto da manutenção da integridade das réplicas mesmo na ocorrência de falha do servidor primário.

O surgimento de novas aplicações que utilizam o protocolo HTTP nas suas transações e a crescente popularidade da World Wide Web (WWW) provocaram pesquisas pelo aumento do desempenho de servidores Web. Para tal, uma das alternativas propostas neste trabalho é utilizar um conjunto de servidores Web distribuídos que espalham a carga de requisições entre vários computadores, atuando como um só associado a uma estratégia de replicação de conteúdo. Um dos problemas centrais a ser resolvido em servidores Web distribuídos é como manter a consistência das réplicas de conteúdo entre os equipamentos envolvidos. Esta dissertação apresenta conceitos fundamentais envolvendo o tema replicação de conteúdo em servidores Web distribuídos. São mostrados detalhes sobre arquitetura de servidores Web distribuídos, manutenção da consistência em ambientes de servidores Web distribuídos, uso de replicação e formas de replicação. Além disso, são citados alguns trabalhos correlatos ao propósito de manter réplicas consistentes em ambientes de servidores Web distribuídos. Este trabalho tem por objetivo propor um modelo de manutenção da consistência de conteúdo em servidores Web distribuídos com características de transparência e autonomia. O modelo, denominado One Replication Protocol for Internet Servers (ORPIS), adota uma estratégia de propagação otimista porque não existe sincronismo no envio das atualizações para as réplicas. Este trabalho apresenta os principais componentes tecnológicos empregados na Web, além dos problemas causados pela escalabilidade e distribuição inerentes a esse ambiente. São descritas as principais técnicas de aumento de desempenho de servidores Web que atualmente vêm sendo utilizadas. O modelo ORPIS é descrito, sendo apresentados seus pressupostos, elencados seus componentes e detalhados os seus algoritmos de funcionamento. Este trabalho dá uma visão geral sobre a implementação e os testes realizados em alguns módulos do protótipo do modelo, caracterizando o ambiente de desenvolvimento do protótipo e detalhes da implementação. São enumerados os atributos e métodos das classes do protótipo e definidas as estruturas de dados utilizadas. Além disso, apresentam-se os resultados obtidos da avaliação funcional dos módulos implementados no protótipo. Um ponto a ser salientado é a compatibilidade do modelo ORPIS aos servidores Web existentes, sem a necessidade de modificação em suas configurações. O modelo ORPIS é baseado na filosofia de código aberto. Durante o desenvolvimento do protótipo, o uso de software de código aberto proporcionou um rápido acesso às ferramentas necessárias (sistema operacional, linguagens e gerenciador de banco de dados), com possibilidade de alteração nos códigos fonte como uma alternativa de customização.

O surgimento de novas aplicações que utilizam o protocolo HTTP nas suas transações e a crescente popularidade da World Wide Web (WWW) provocaram pesquisas pelo aumento do desempenho de servidores Web. Para tal, uma das alternativas propostas neste trabalho é utilizar um conjunto de servidores Web distribuídos que espalham a carga de requisições entre vários computadores, atuando como um só associado a uma estratégia de replicação de conteúdo. Um dos problemas centrais a ser resolvido em servidores Web distribuídos é como manter a consistência das réplicas de conteúdo entre os equipamentos envolvidos. Esta dissertação apresenta conceitos fundamentais envolvendo o tema replicação de conteúdo em servidores Web distribuídos. São mostrados detalhes sobre arquitetura de servidores Web distribuídos, manutenção da consistência em ambientes de servidores Web distribuídos, uso de replicação e formas de replicação. Além disso, são citados alguns trabalhos correlatos ao propósito de manter réplicas consistentes em ambientes de servidores Web distribuídos. Este trabalho tem por objetivo propor um modelo de manutenção da consistência de conteúdo em servidores Web distribuídos com características de transparência e autonomia. O modelo, denominado One Replication Protocol for Internet Servers (ORPIS), adota uma estratégia de propagação otimista porque não existe sincronismo no envio das atualizações para as réplicas. Este trabalho apresenta os principais componentes tecnológicos empregados na Web, além dos problemas causados pela escalabilidade e distribuição inerentes a esse ambiente. São descritas as principais técnicas de aumento de desempenho de servidores Web que atualmente vêm sendo utilizadas. O modelo ORPIS é descrito, sendo apresentados seus pressupostos, elencados seus componentes e detalhados os seus algoritmos de funcionamento. Este trabalho dá uma visão geral sobre a implementação e os testes realizados em alguns módulos do protótipo do modelo, caracterizando o ambiente de desenvolvimento do protótipo e detalhes da implementação. São enumerados os atributos e métodos das classes do protótipo e definidas as estruturas de dados utilizadas. Além disso, apresentam-se os resultados obtidos da avaliação funcional dos módulos implementados no protótipo. Um ponto a ser salientado é a compatibilidade do modelo ORPIS aos servidores Web existentes, sem a necessidade de modificação em suas configurações. O modelo ORPIS é baseado na filosofia de código aberto. Durante o desenvolvimento do protótipo, o uso de software de código aberto proporcionou um rápido acesso às ferramentas necessárias (sistema operacional, linguagens e gerenciador de banco de dados), com possibilidade de alteração nos códigos fonte como uma alternativa de customização.

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 viviane_andrade_ioc_mest_2014.pdf: 2228142 bytes, checksum: da0fd6680c74fa05fb6671ad6d8bfc07 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo herpes é causada pelo HSV-1, o qual representa o agente etiológico de uma das infecções mais prevalentes na população mundial. Indíviduos imunodeprimidos, como aqueles infectados pelo HIV-1, possuem maior susceptibilidade de contrair infecções oportunistas, como aquelas causadas por herpesvírus, enfatizando a necessidade de estudos mais profundos à cerca da co-infecção HIV-1/HSV-1. Estudos in vitro mostram que a infecção pelo HSV-1 pode modular a replicação do HIV-1 através de ativação transcricional. A partir do ano 2000, diversos estudos sobre fatores de restrição (FRs) à replicação do HIV-1 tem surgido. No entanto, o impacto do HSV-1 sobre os FR\2019s é desconhecido. Observamos um aumento na produção de HIV-1 na co-infecção com HSV-1. Este último vírus levou a redução nos níveis do FR IFITM3. Baseado nesse resultado, nós analisamos as mudanças na expressão de IFITM3 durante as primeiras 24 h de infecção por HSV-1. Durante as primeiras horas, os níveis de IFITM3 encontraram-se ligeiramente aumentados; no entanto, em fases tardias da infecção, seus níveis reduziram significativamente Em seguida, macrófagos infectados com HSV-1 foram tratados com Acyclovir ou IFN-2\03B1, a fim de monitorarmos o conteúdo de IFITM3. Nós observamos que a capacidade do HSV-1 de modular negativamente os níveis de IFITM3 foi prevenida em ambos os tratamentos, indicando que a replicação viral e a capacidade de induzir sinalização por IFN é crítica para produzir esse fenômeno. Diversas proteínas de fase tardia do HSV-1 prejudicam a sinalização por IFN, como a ICP34.5, Us3, Us11 e VHS. Realizamos então o knockdown desses transcritos e observamos que os dois últimos foram capazes de previnir a redução do conteúdo de IFITM3 induzida por HSV-1. Além disso, o aumentos da replicação do HIV-1 na co-infecção foi previnida pelos siRNAs para Us11 e VHS. Uma vez que a co-infecção HIV-1/HSV-1 é bastante comum e a presença desse tipo de co-infecção pode definer a progressão clínica para a AIDS, nosso trabalho fornece evidências adicionais relacionadas à imunopatogênese desses virus em co-infecções / Herpes infection is caused by HSV - 1 virus, which is one of the most prevalent infection worldwide . Immunocompromised individuals, such as those infected with HIV - 1 , have an increased susceptibility to contract opportunistic infection s , such as those caused by herpesvirus h ighlighting the necessity of more in - depth investigations on HIV - 1/HSV - 1 co - infections. In vitro studies have shown that HSV - 1 can mod ulate the replication of HIV - 1, mainly by means of transcriptional activation. S ince the 2000 ’s , several studies on restriction factors (RFs) to HIV - 1 replication have emerged . The impact of HSV - 1 on such RF is unknown . We observed an increase d HIV - 1 production during co - infection with HSV - 1. This last virus led to a reduction in the levels of the RF IFITM 3 . Based on that, we analyzed the changes in IFITM 3 levels over time, during the first 24 h of HSV - 1 infection. During the first hours , IFITM 3 levels were found slightly increased ; however, at late phase of infection, IFITM3 content decline d s ignificantly . Next , HSV - 1 - infected macrophages were treated with Acyclovir or IFN - 2α to monitor IFITM3 content. We observed that the ability of HSV - 1 to downregulate IFITM 3 was prevented by both treatments, meaning that viral replication and ability to overcome IFN signaling are critical to produce the observed phenomena. Several HSV - 1 late proteins impair IFN signaling, such as ICP34.5, Us3, US11, and VHS . W e performed knock down of th ese t ranscripts and observed that the last two prevented HSV - 1 - induced IFITM 3 reduction . Consistently, HSV - 1 - induced enhancement of HIV - 1 replication was prevented by the siRNA against US11 and VHS. Since HIV - 1/HSV - 1 co - infection is very common a nd the presence of co - infections such as this may dictate the clinical progression to AIDS, our work provides additional evidence on the immunopathogenesis of these viruses on co - infection s

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:42:38Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-24T19:10:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71854.pdf: 3870328 bytes, checksum: e6d51ee1222bd1369079ed339e270c1b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo HIV se caracteriza pela existência de um período de latência clínica (ou período assintomático) entre a infecção aguda e a fase de AIDS, cuja duração é extremamente variável, gerando distintos perfis de progressão entre os indivíduos infectados pelo HIV. Uma pequena fração de indivíduos infectados (5-10%), denominados não progressores de longo termo (LTNP), permanece clinicamente assintomática e com altos valores de TCD4+ (>500 cells/\F06Dl) durante mais de 8 anos de infecção na ausência de tratamento. Alguns desses indivíduos conseguem ainda bloquear quase totalmente a replicação e a evolução viral, gerando uma verdadeira latência evolutiva. O objetivo do presente estudo foi analisar o perfil mutacional do HIV-1 e a dinâmica de emergência e manutenção de mutantes virais de escape da resposta imune em pacientes HIV-1 positivos classificados como LTNPs com diferentes níveis de controle da replicação viral. Para tal, utilizou-se uma casuística de 12 indivíduos LTNPs, classificados como controladores virêmicos (VC) e controladores de elite com (ECB) e sem Blips (EC) de acordo com os seus níveis de controle da infecção. Para cada indivíduo, foram extraídas amostras de DNA a partir de PBMCs obtidos durante a visita mais antiga (V1) e mais recente (VX) disponíveis. O DNA extraído foi utilizado para amplificação e sequenciamento, através de uma metodologia de NGS, dos genes Gag e Nef. As sequências obtidas permitiram o mapeamento do gene nef inteiro (cobertura média de 212.674 seqs/pb) e dos primeiros 1000pbs de Gag (cobertura média de 286.463 seqs/pb) Os consensos de cada mapeamento foram utilizados para as análises de divergência entre V1 e VX e variantes com frequências maior que 0,5% em cada pb mapeado foram consideradas verdadeiras. As análises de evolução evidenciaram o baixo nível de diversidade e divergência dos genes Gag e Nef entre os indivíduos controladores. Indivíduos ECs apresentaram menor perfil mutacional em ambos os genes analisados quando comparados com indivíduos ECB e VC. Enquanto Gag apresentou maior conservação que Nef em VCs, ambos os genes apresentaram semelhante variabilidade in ECs, indicando que o maior controle da viremia limita a evolução em nas duas regiões. Em alguns indivíduos ECBs, evidências de superinfecção e hipermutação mediada por APOBEC3G foi observada. As análises das mutações em regiões de epítopos restritos por CTL demonstraram a presença de mutações indicativas de escape da resposta imune surgidas entre V1 e VX na maioria dos indivíduos. Mutações não sinônimas foram encontradas em baixas frequências para todos os indivíduos, incluindo ECs, indicando que tais variantes surgem, mas a grande maioria não obtém sucesso evolutivo / The HIV infection is characterized by the existence of a clinical latency period (os asymptomatic period) between the acute infection and the AIDS phase, whose duration is extremely variable, generating distinct progression profiles between Hiv infected individuals. A small fraction of infected individuals (5-10%), named long term non progressors (LTNP), remains clinically asymptomatic and with high TCD4+ levels (>500cells/ul) during more than 8 years of infection in absence of treatment. Some of these individuals can even block almost all the viral replication and evolution, generating an evolutionary latency. The objective of this study was to analyze the mutational profile of HIV-1 and the emergency and maintenance dynamic of immune response escape mutants in HIV-1 positive patients classified as LTNPs and with different levels of viral replication control. For this end, a group of 12 LTNP patients, classified as viremic controllers (VC) and Elite Controllers with (ECB) and without Blips (EC) according to their level of viremia control, was used. For each individual, DNA samples were extracted from PBMCs obtained during the earliest (V1) and most recent visits (VX) available. The extracted DNA was used to amplification and sequencing, through a NGS methodology, of the Gag and Nef genes. The sequences obtained allowed to map the whole Nef gene (medium coverage of 286.463 reads/pb) and the first 1000bps of Gag (medium coverage of 212.674 reads/pb) The consensus sequences of each mapping were used to divergence analyses between V1 and VX and variants with frequencies higher than 0,5% in each mapped bp were considered real. The evolution analyses showed a lower degree of diversity and divergence of Gag and Nef genes between controllers. EC individuals presented lower mutational profile in both genes when compared with ECB and VC patients. While Gag presented higher conservation than Nef in VCs, both genes had showed similar variability in ECs, indicating that a higher viremia control limit the evolution in both regions. In some ECB individuals, evidence of superinfection and APOBEC3g mediated Hypermutation was observed. The analyses of mutation along regions of CTL-restricted epitopes had showed the presence of mutations arised between V1 and VX, which were indicative of imune response escape, in most individuals. Non synonymous mutations had been found in lower frequencies in all individuals, including ECs, indicating that those escape variantes arise, but most don\2019t manage to obtain evolutionary success