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Identificação da espécie e análise fenotípica da expressão de proteínas de membrana externa em isolados clínicos e de efluente hospitalar de Acinetobacter sp. / Species identification and phenotypic analysis of the expression of outer membrane proteins in clinical and hospital wastewater isolates of Acinetobacter spMeneghetti, Karine Lena January 2014 (has links)
Acinetobacter sp. apresenta altos níveis de resistência intrínseca a muitos antimicrobianos que pode estar relacionada à perda ou à diminuição da expressão de proteínas de membrana externa (OMPs). O presente trabalho teve como objetivos: identificar as espécies e analisar o perfil fenotípico de OMPs de 19 isolados multirresistentes de Acinetobacter sp. (16 de origem clínica e 3 de efluente hospitalar) e seus revertentes cultivados na presença e ausência de imipenem (IMP) e ceftazidima (CAZ), para verificar possível alteração no perfil das OMPs diante destas condições; detectar fenotipicamente sistema de efluxo e avaliar os dados de outros mecanismos de resistência encontrados em trabalhos anteriores com os isolados em estudo. Os isolados foram identificados através da amplificação por reação em cadeia da polimerase (PCR) e sequenciamento dos genes 16S rRNA e rpoB, para verificar qual é mais discriminatório. Para a detecção de bomba de efluxo foi comparada a concentração inibitória mínima (CIM) de IMP e CAZ na presença e ausência de carbonil-cianeto-m-clorofenilhidrazona (CCCP). A extração de OMPs foi realizada conforme Laemmli (1970), com padronização e posterior análise por eletroforese em gel de poliacrilamida dodecil sulfato de sódio (SDS-PAGE). O gene rpoB demonstrou ser mais discriminatório que o gene 16S rRNA, identificando os isolados com 99 a 100% de similaridade com Acinetobacter baumanni. Foi observada alteração no perfil de OMPs em quatro isolados sendo que em três destes, a perda da expressão de proteínas de 34-35-kDa e 53-kDa pôde ser associada à resistência ao IMP. Maioria dos isolados apresentaram mais de um mecanismo de resistência antimicrobiana. / Acinetobacter sp. shows high levels of intrinsic resistance to many antimicrobials which can be associated with the loss or reduced expression of outer membrane proteins (OMPs). This study aimed to: identify the species and analyze the OMPs profile of 19 multirresistant strains of Acinetobacter sp. (16 of clinical origin and 3 of hospital wastewater) and its revertants grown in the presence and absence of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) to verify possible changes in the profile of OMPs on these conditions; phenotypically detect efflux system and evaluate data from other resistance mechanisms found in previous studies with the isolates under study. The isolates were identified through amplification by polymerase chain reaction (PCR) and sequencing of 16S rRNA and rpoB genes to verify which is more discriminatory. For detection of efflux pump was compared the minimal inhibitory concentration (MIC) of IMP and CAZ in the presence and absence of carbonyl-cyanide-m-chlorophenylhydrazone (CCCP). The extraction of OMPs was performed according to Laemmli (1970), with standardization and subsequent analysis by sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The rpoB gene proved to be more discriminating than the 16S rRNA gene, identifying the isolates with 99 to 100% similarity to Acinetobacter baumannii. It was observed changes in OMPs profile in four strains and in three of these, the loss of expression of proteins of 34-35 kDa and 53 kDa, could be associated with resistance to IMP. Most isolates showed more than one mechanism of antimicrobial resistance.
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Análise da resistência a antimicrobianos e determinação dos grupos filogenéticos em isolados de Escherichia coli de origem ambiental, humana e animal / Analysis of antimicrobial resistance and identification of phylogenetic groups in Escherichia coli isolates of environmental, human and animal originPastore, Ana Paula Winter January 2015 (has links)
Por sua ubiquidade na matéria fecal, a Escherichia coli é amplamente utilizada como um indicador sanitário, entretanto, a E.coli pode apresentar a capacidade de persistir e se multiplicar em ambientes distintos, fora de seu hábitat primário. A determinação filogenética é ferramenta auxiliar na melhor caracterização destas cepas cosmopolitas. Membros da microbiota comensal, como a E. coli, sofrem pressão seletiva pela exposição a antimicrobianos, resultando no aumento da resistência nestas populações. Pela importância da utilização da E. coli como um indicador sanitário, somada a disseminação de cepas resistentes desta espécie nos diversos ambientes, este estudo visou realizar a determinação filogenética de isolados de E.coli multirresistentes provenientes de amostras ambientais, animais e humanas. A susceptibilidade foi avaliada frente a 15 antimicrobianos, em 157 isolados de E. coli (32 de humanos, 44 de suínos, 34 de aves e 47 do ambiente). A resistência foi maior a ampicilina e tetraciclina (96%), ao sulfametoxazol – trimetoprim (70%) e ao clorafenicol (67,5%), entre todos os isolados. Os isolados de origem animal e humana foram os mais associados a um perfil de multirresistência mais amplo e a produção de ESBL. Na determinação filogenética, baseada no método de Clermont et. al. (2000), os filogrupos B1 (49%) e A (34%) foram os mais prevalentes, tendo D (11%) e B2 (6%) menor representatividade. Os filogrupos A e B1 também foram os mais relacionados a multirresistência. Os resultados indicaram que os isolados deste estudo são associados a microbiota comensal de humanos e animais e que estas populações sofreram exposição a antimicrobianos de amplo espectro. Tal fato pode implicar em alterações destas comunidades microbianas, possibilitando a disseminação de microrganismos potencialmente virulentos em hábitats secundários. / Due to its ubiquity in fecal matter, Escherichia coli is widely used as a microbiological indicator of fecal contamination. However, E. coli may develop the capacity to persist and multiply in distinct environments, outside of its primary habitat. Phylogenetic identification is an auxiliary tool in the characterization of these cosmopolitan strains. Members of the commensal microbiota, like E. coli suffer selective pressure from exposition to antimicrobials, resulting in resistance increases in these populations. Due to the importance of E. coli as a bioindicator of fecal contamination and to the dissemination of resistant strains of this species in the environment, this work aimed to identify phylogenetic groups in multiresistant isolates of E. coli, from environmental, animal and human samples. The susceptibility was assessed against 15 antimicrobials, in 157 isolates of E. coli (32 from humans, 44 from swines, 34 from birds and 47 from the environment). The resistance was higher to ampicillin and tetracycline (96%), sulfamethoxazole - trimethoprim (70%) and chloramphenicol (67.5%). Isolates of animal and human origin were associated to a wider multiresistance profile and higher ESBLs production. In the phylogenetic identification, based on the method proposed by Clermont et al. (2000), phylogroups B1 (49%) and A (34%) were the majority, while D (11%) and B2 (6%) had less representation. Phylogroups A and B1 had also more significant relation to multiresistance. Results indicated that the isolates in this study were associated to the commensal microbiota of humans and animals and that these populations were exposed to broad-spectrum antimicrobials. This can cause changes in these microbial communities, which may result in the dissemination of potentially virulent organisms in secondary habitats.
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Verificação dos índices de resistência do Streptococcus pneumoniae e caracterização genotípica das cepas resistentes a eritromicina / Verification of streptococcus pneumoniae resistance indices and genotypical characterization of the erythromycin resistant strainsWeber, Fabio Tito January 2008 (has links)
O Streptococcus pneumoniae é responsável por altos índices de morbidade e mortalidade pelo mundo. No início do século XX os percentuais de morte causados por essa bactéria atingiram mais de 80%. Com o surgimento da antibioticoterapia, principalmente com o uso da penicilina, o combate ao pneumococo tornou-se mais efetivo. A partir da década de 1980, o combate a essa bactéria começou a ser mais difícil, devido ao aumento da resistência pneumocócica aos antimicrobianos. No Brasil e, de forma geral, no mundo todo são verificados percentuais crescentes de resistência pneumocócica. Tais percentuais variam de um país para outro e, até mesmo, dentro de um mesmo país significativamente. Dessa forma, faz-se necessário o monitoramento desses índices de resistência para se ter conhecimento da efetividade dos antimicrobianos comumente usados contra o pneumococo. A resistência do pneumococo tem origem cromossomal. No caso da eritromicina, os genes de resistência são denominados erm(B) e mef(A/E). Como ocorre com os percentuais de resistência, a prevalência dos genes citados também muda de acordo com a região pesquisada. Assim como a verificação da resistência, é importante a pesquisa da origem da resistência antimicrobiana, no caso dos genes erm(B) e mef(A/E). O presente trabalho verificou a resistência pneumocócica em 64 cepas obtidas de diferentes hospitais de Porto Alegre. Os resultados obtidos foram de 28% de resistência para a penicilina (8% de resistência plena e 20% de resistência intermediária), 15% de resistência plena para a eritromicina, 18% para a tetraciclina (14% intermediárias), 3% plenamente resistentes para o cloranfenicol, 68% de resistência para a associação trimetropima/sulfametoxazol (64% plenamente resistentes), 1% plenamente resistente à ceftriaxona e 0% de resistência à vancomicina. Pôde-se relacionar a presença dos genes com a resistência à eritromicina. O erm(B) mostrou uma predominância maior nessas cepas. Foram 6 cepas com o gene erm(B), 2 com o mef(A/E), uma amostra apresentou os dois genes e apenas uma não apresentou nenhum. Os resultados obtidos nesse trabalho estão relacionados ao período de 2004 e 2005, situando Porto Alegre em relação ao nível de resistência do pneumococo e seus genes de resistência à eritromicina. Cabe salientar que pesquisas subseqüentes devem ser feitas para o monitoramento da resistência do S. pneumoniae e dos determinantes dessa resistência. / The Streptococcus pneumoniae is responsible for high indices of morbility and mortality around the world. In the beginning of century XX the percentages of death caused by these bacteria had reached more than 80%. With the appearance of the antibiotical therapy, mainly with the use of penicillin, the combat to pneumococcus has became more effective. From the decade of 1980, the combat against these bacteria started to be more difficult due to the increase of the pneumococcal resistance to antimicrobials. In Brazil and, of general form, in the entire world has been verified the increase of pneumococcal resistance. Such percentages vary significantly from a country to another one and even inside of the same country. In this way, it’s necessary to have knowledge of the effectiveness of common antibiotics used against pneumococcus through the monitoriment of these resistance’s indices. The resistance of pneumococcus originates from the chromosome. In the case of the erythromycin, the resistance genes are called erm(B) and mef(A/E). As it occurs with the percentages of resistance, the prevalence of these genes also change in accordance with the searched region. As well as the verification of the resistance, the research of the origin of the antimicrobial resistance is important, in the case of the genes erm(B) and mef(A/E). The present work verified the pneumococcal resistance in 64 strains from different hospitals of Porto Alegre. The results were 28% of resistance for penicillin, 14% of resistance for erythromycin, 18% of resistance for tetracyclin, 3% of resistance for chloranphenicol, 68% of resistance for resistance trimetropim/ sulfametoxazole association, 1% of resistance ceftriaxone and 0% of resistance to the vancomycin. The presence of the genes with the erythromycin resistance could be related. The erm(B) showed a high preponderance in these strains. There were 6 erm(B) gene strains, 2 mef(A/E), a sample with the two genes and only one with none gene. It’s important to point out that the values found in this work hasn’t been constant and subsequent research must be made to monitor the S. pneumoniae resistance.
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Análise da distribuição das espécies, da prevalência de genes de enterotoxinas e do perfil de resistência a antibióticos de estafilococos coagulase positivos isolados de carne de frango resfriada e congelada / Analysis of species distribution, enterotoxin genes prevalence and antibiotic resistance profile of coagulase positive staphylococci isolated from frozen and chilled chicken meatMartins, Paula Dalcin January 2012 (has links)
Estafilococos Coagulase Positivos são os agentes etiológicos da Intoxicação Alimentar Estafilocócica, uma das Doenças Transmitidas por Alimentos de maior ocorrência no mundo, que está frequentemente associada a alimentos de origem animal. Essa intoxicação ocorre devido à ingestão de Enterotoxinas Estafilocócicas, as quais são proteínas termorresistentes que apresentam atividade superantigênica, causando vômito, dor abdominal e disenteria. Estas bactérias também causam uma vasta gama de outras doenças, incluindo infecções hospitalares. Sua resistência a muitos antimicrobianos é motivo de preocupação, especialmente quanto aos Staphylococcus aureus Resistentes à Meticilina. Este estudo objetivou identificar os isolados em nível de espécie e avaliar a prevalência de genes de enterotoxinas e o perfil de resistência a antimicrobianos de estafilococos coagulase positivos isolados de carne de frango congelada e resfriada. Trinta carcaças de frango foram amostradas e, os estafilococos, quantificados. Os isolados foram identificados através de testes bioquímicos e submetidos à Reação em Cadeia da Polimerase para a identificação de genes de enterotoxinas clássicas (sea, seb, sec, sed e see). O perfil de resistência frente a onze antimicrobianos foi avaliado. Ao todo, 50 isolados foram identificados. S. aureus foi a espécie mais prevalente (62%), seguida de S. hyicus, S. intermedius, S. delphini e S. schleiferi subsp. coagulans. Genes de enterotoxinas foram encontrados em 70% dos isolados, e sea (68%) e sed (26%) mostraram-se os mais prevalentes. Oitenta por cento dos isolados apresentaram resistência a pelo menos um dos antimicrobianos testados e 40% demonstraram multirresistência. Os índices mais elevados de resistência foram aqueles à penicilina, teicoplanina, oxacilina e clindamicina. S. aureus Resistentes à Vancomicina e S. intermedius Resistentes à Vancomicina foram isolados e apresentaram Concentrações Inibitórias Mínimas de 512 e 54 μg/mL, respectivamente. Conclui-se que tais isolados de carne de frango podem representar riscos à segurança alimentar em nível de saúde pública, uma vez que genes de enterotoxinas e resistência a antimicrobianos foram amplamente encontrados. Além disso, estes achados, somados à detecção de estafilococos resistentes à vancomicina, podem indicar a disseminação de micro-organismos potencialmente patogênicos e de genes de resistência à vancomicina fora das barreiras clínicas. / Coagulase-Positive Staphylococci are the causative agents of Staphylococcal Food Poisoning, one of the most common foodborne diseases, which are frequently related to foods of animal origin. This food poisoning occurs due to the ingestion of Staphylococcal Enterotoxins, which are thermo-resistant proteins that display superantigen activity, causing vomit, abdominal pain and diarrhea. These bacteria also cause a wide range of other diseases, including nosocomial infections. Their resistance to innumerous antimicrobials has been reason of concern, especially regarding Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus. This study aimed to identify the isolates at species level and to evaluate enterotoxin genes prevalence and antimicrobials resistance profile of Coagulase-Positive Staphylococci isolated from chilled and frozen raw chicken meat. Thirty chicken carcasses were sampled and staphylococci were quantified. The isolates were identified by biochemical tests and submitted to Polymerase Chain Reaction identification of classical enterotoxin genes (sea, seb, sec, sed and see). The resistance to 11 antimicrobials was assessed. Fifty isolates were identified. S. aureus was the most prevalent species (62%), followed by S. hyicus, S. intermedius, S. delphini and S. schleiferi coagulans. Enterotoxin genes were found in 70% of isolates, and sea (68%) sed (26%) were most encountered genes. Eighty percent of the isolates were resistant at least to one antimicrobial and 40% were multiresistant. The highest resistance rates were those to penicillin, teicoplanin, oxacillin and clindamycin. Vancomycin-Resistant S. aureus and Vancomycin-Resistant S. intermedius were isolated and they presented Minimum Inhibitory Concentrations of 512 and 54 μg/mL, respectively. In conclusion, such isolates from raw chicken meat may represent food safety hazards regarding public health, since staphylococcal enterotoxin genes and antibiotic resistance were abundantly encountered. Moreover, these findings, summed to vancomycin-resistant staphylococci detection, may point out the dissemination of potentially pathogenic microorganisms and vancomycin resistance genes outside clinical boundaries.
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[Beta]-lactamases na família enterobacteriaceae : métodos de detecção e prevalênciaOliveira, Kátia Ruschel Pilger de January 2008 (has links)
Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.
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Determinação da relação clonal e fatores de virulência em enterococos isolados de imaturos de Heliconius erato phyllis (Lepidoptera – Nymphalidae) / Determination of clonal relationship and virulence factors in enterococci isolated from immatures of Heliconius erato phyllis (Lepidoptera – Nymphalidae)Huff, Rosana January 2018 (has links)
Enterococcus estão presentes no trato gastrointestinal (TGI) de animais vertebrados e invertebrados, os quais podem adquirir estas bactérias através de mecanismos de transferência horizontal e vertical de micro-organismos. Pesquisas recentes descreveram a presença de Enterococcus em lepidópteros, porém estudos com borboletas do gênero Heliconius são escassos. Este trabalho teve como objetivo, a partir de uma bacterioteca de 178 Enterococcus sp. previamente isolados de fezes de imaturos de Heliconius erato phyllis detectar a presença de genes de resistência e virulência por PCR; avaliar fenotipicamente os fatores de virulência e a produção de compostos com atividade antimicrobiana; e avaliar o perfil clonal das cepas pela técnica de PFGE. Dos 178 enterococos, 55 apresentavam resistência a eritromicina e 11 a norfloxacina e/ou ciprofloxacina, porém não foi detectado nenhum gene relacionado a estes fenótipos de resistência. Quanto aos fatores de virulência testados nos 178 enterococos, 63 isolados amplificaram para o gene esp, 12 para ace e 2 para gelE. Os genes agg e cylA não foram detectados. Na análise fenotípica dos fatores de virulência, os dois E. faecalis positivos para gelE também foram positivos para a degradação da gelatinase e 130 enterococos apresentaram capacidade de hidrolisar hemácias. Para investigar a produção de substância antagonista, foram selecionados 26 enterococos; destes, 15 apresentaram atividade contra a bactéria indicadora Listeria monocytogenes. Oitenta e seis isolados foram selecionados para avaliar a relação clonal por PFGE, e foi possível observar a partir do dendrograma que os enterococos no TGI dos imaturos têm origem alimentar e materna. Conclui-se que os enterococos provenientes de amostras fecais de imaturos de H. erato phyllis possuem poucos genes relacionados a mecanismos de virulência comuns na área clínica. É possível que os Enterococcus produtores de substância antagonista desempenhem um papel importante no equilíbrio das comunidades microbianas do TGI deste inseto, e que ocorra a transferência vertical de micro-organismos das fêmeas para a prole para a espécie H. erato phyllis. / Enterococcus is present in the gastrointestinal (GI) tract of vertebrates and invertebrates, which can acquire these bacteria through mechanisms of horizontal and vertical transfer of microrganisms. Recent research has described the presence of Enterococcus in Lepidoptera, but studies with butterflies of the genus Heliconius are scarce. This study had as objective, from a bacterioteca of 178 Enterococcus sp. previously isolated from fecal samples of immature Heliconius erato phyllis detect the presence of resistance and virulence genes by PCR; phenotypically assess the virulence factors and the production of compounds with antimicrobial activity; and to evaluate the clonal profile of the strains by PFGE. Of the 178 enterococci, 55 were resistant to erythromycin and 11 resistant to norfloxacin and/or ciprofloxacin, however was not detected any gene related to these resistance phenotypes. The virulence factors were tested in 178 enterococci, and 63 isolated amplified for the esp gene, 12 for ace and 2 for gelE. The agg and cylA genes were not detected. In the phenotypic analyzes, both E. faecalis positive to gelE gene were also positive for the degradation of gelatinase, and 130 enterococci showed ability to hydrolyze red blood cells. To investigate the production of antagonistic substance, 26 enterococci were selected and of these, 15 showed activity against the indicator bacteria Listeria monocytogenes. Eighty-six isolates were selected to evaluate the clonal profile by PFGE, and it was possible to observe in the dendrogram that the origin of the enterococci in GIT of immatures was the herbivory and maternal origin. It is concluded that the enterococci from fecal samples of immature H. erato phyllis possess few mechanisms of virulence-related genes, common in the clinical area. It is possible that the antagonistic substance-producing enterococci could play an important role in the equilibrium of the microbial communities of the GIT of this insect, and there is vertical transmission of enterococci from females to their offspring to the specie H. erato phyllis.
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Caracterização de carbapenemases e proteínas de membrana externa de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos isolados de sangue / Characterization of carbapenemase and outer membrane proteins of carbapenem-resistant Acinetobacter spp. isolates from bloodMostachio, Anna Karina Queiroz 05 November 2010 (has links)
Acinetobacter spp é um dos mais freqüentes agentes de infecções nosocomiais nos hospitais brasileiros. Vários surtos hospitalares causados por Acinetobacter resistente aos carbapenêmicos já foram descritos no Brasil. O presente estudo verificou a presença de alteração de proteínas da membrana externa e produção de carbapenemases em cepas de Acinetobacter spp. resistentes aos carbapenêmicos isoladas de corrente sanguínea de pacientes internados no HC-FMUSP. Os isolados foram identificados pelo método miniaturizado API20NE. As concentrações inibitórias mínimas dos carbapenêmicos foram realizadas através da técnica de microdiluição em caldo. As carbapenemases foram estudas através de testes fenotípicos, detecção dos genes foi realizada pela reação de amplificação em cadeia da polimerase (PCR), sequenciamento e hidrólise de imipenem. As proteínas de membrana externa foram caracterizadas através da técnica de SDS-Page e PCR. A tipagem molecular foi realizada usando a técnica de eletroforese em campo pulsado. Noventa e oito por cento dos isolados apresentaram genes codificadores da enzima Oxa-51-like, sendo que a única amostra que não apresentou essa enzima, após seqüenciamento do gene codificador da porção 16S do RNA ribossomal, foi considerada da espécie A. calcoaceticus. A presença do gene blaoxa-51-like não foi encontrada adjacente a seqüência ISAba1. Em dezoito por cento do total das amostras foi detectada pela reação de PCR o gene blaoxa-51-like/oxa-23- like, sendo que sete desses isolados pertenciam ao mesmo clone. Somente em um isolado não foi detectada a presença do grupamento ISAba-1 adjacente ao gene codificador da enzima Oxa-23. Dessas amostras apenas uma hidrolisou o antimicrobiano imipenem. Cinco isolados apresentaram o gene blaimp (IMP-1 pelo seqüenciamento). Apenas dois desses isolados se mostraram capazes de hidrolisar imipenem e através da inibição com o EDTA confirmou-se a presença da produção de enzimas Metalo-- lactamase. Vários testes fenotípicos foram utilizados para a detecção de carbapenemase como DDST, CD e Etest. Quando comparados com a PCR (metodologia padrão-ouro), os melhores resultados foram observados com a aproximação de disco de imipenem (10g) com um disco contendo 3L do ácido -mercaptoetanol não diluído (sensibilidade de 100% e especificidade de 71%). Observou-se que na maioria dos isolados, as proteínas de membrana externa analisadas estavam diminuídas ou ausentes. Três isolados apresentaram ausência dessas proteínas, suas CIM variaram de 32 a 128g/mL e de 64 a 256g/mL para o imipenem e meropenem respectivamente. O presente estudo verificou que a resistência aos carbapenêmicos está relacionada à presença de carbapenemases e alterações de membrana externa. Além disso, a importância das carbapenemases como principal mecanismo de resistência em isolados de Acinetobacter deve ser melhor investigada, já que esses genes podem não estar sendo expressos / Acinetobacter spp is an important etiologic agent causing nasocomial infection in Brazilian hospitals. Carbapenem resistance among this agent has been increasing in the last decade, and several outbreaks due to resistant Acinetobacter had been identified in Brazil. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in carbapenem-resistant Acinetobacter spp. strains isolated from bloodstream infections of patients hospitalized in the HC-FMUSP. This study verified the presence of altered outer membrane proteins and production of carbapenemase in Acinetobacter spp. carbapenem-resistant strains isolated from bloodstream of patients hospitalized in the HC-FMUSP. The isolates were identified by miniatured method API20NE and the miminal inhibitory concentration of carbepenem was performed by broth microdilution. Carbapenemases were studied by phenotypic screnning tests, detection of its genes coder by amplification polymerase chain reaction (PCR), sequence and imipenem hydrolise. The proteins of external membrane were studied by SDS-PAGE and PCR. Molecular typing was performed using the technique of pulsed field gel electrophoresis. About 98% of these isolates were positives for genes encoding the enzyme Oxa-51-like, only one strain did not exhibit this enzyme. After sequencing of the gene encoding portion 16S ribosomal RNA this strain was considered the species A. calcoaceticus. The presence of the sequence adjacent ISAba1 was not found in none of these isolates with the gene blaOXA-51-like. Eighteen percent of the total of strains demonstrated by PCR the gene blaoxa-51-like/oxa-23-like. Seven of these strains belonged to the same clone. Only one isolate did not show the presence of ISAba1 adjacent to the gene encoding Oxa-23. Only one of this strain hydrolyzed imipenem. Five isolates had the gene blaimp, (IMP-1 by sequencing). Two of these isolates had proved capable of hydrolyzing the antibiotic imipenem and the inhibition with EDTA confirmed the presence of MBL-producing enzymes. Several phenotypic tests were used to screnning of carbapenemase as DDST, CD and Etest. When compared with PCR, the gold standard, the best results were seen with the next disk of imipenem (10 mg) with another disk containing 3L acid -mercaptoethanol pure (100% sensitivity and specificity 71%). In most isolates the outer membrane proteins were decreased or absent. Three isolate showed total absence of these proteins, their MIC ranged from 32 to 64 to 128g/mL and 256g/mL to imipenem and meropenem respectively. This study has shown that carbapenem resistance was linked to the presence of carbapemenases and alteration of the outer membrane. Moreover, the significance of carbapenemase as the main mechanism of resistance in isolates of Acinetobacter should be better investigated, since these genes might not be cast
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Enterococcus sp. isolados de fezes de macaco-prego (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) coletadas em remanescentes de mata atlântica e cativeiro, no estado do Rio Grande do Sul, Brasil / Enterococcus sp. isolates of fezes of black monkey capuchin (Sapajus nigritus) (Goldfuss, 1809) collected in remanescents of atlantic forest and captivity, in the state of Rio Grande do Sul, BrasilGrassotti, Tiela Trapp January 2018 (has links)
Enterococcus são associados à microbiota intestinal de mamíferos e aves. Além dos primatas apresentarem estreita relação evolutiva com seres humanos, é pouco conhecido o impacto da resistência antimicrobiana associada às bactérias comensais, como os enterococos. O trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar enterococos isolados de amostras fecais de macacos-prego (Sapajus nigritus) em relação a determinantes de resistência e virulência. As amostras foram coletadas de animais vivendo em cativeiro no Zoológico de Sapucaia do Sul (ZOO) e selvagens, nas cidades de São Sebastião do Caí (SSC) e Santa Cruz do Sul (SCS). As espécies isoladas foram identificadas utilizando a técnica de MALDI-TOF. Estas foram testadas frente a 12 antimicrobianos através do método disco difusão. Genes que conferem resistência à tetraciclina (tetM, tetL e tetS), fluoroquinolonas (gyrA), eritromicina (msrC e ermB) e virulência (agg, esp, cylA, ace e gelE) foram detectados por PCR. Foram identificados 296 isolados de Enterococcus sp. oriundos de 24 amostras fecais de macacos-prego. Destes, 137 eram oriundos de amostras de SSC, 86 de SCS e 73 do ZOO. A espécie mais encontrada foi E. faecalis (42,6 %), seguida de E. hirae (29,4 %) e E. faecium (15,5 %). Cento e noventa e nove amostras (67,2 %) apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos. As amostras apresentaram menos suscetíveis para rifampicina (46,3 %), tetraciclina (26,0 %) e eritromicina (22,3 %). Entre os isolados, E. faecalis (69,0 %) apresentou as maiores frequências de suscetibilidade reduzida. Em relação ao local de coleta, 69,3 % dos isolados das amostras SSC apresentaram suscetibilidade reduzida a antimicrobianos, 69,7 % dos isolados das amostras SCS e 60,2 % dos isolados das amostras do ZOO, sendo atribuído perfil de múltipla resistência a 29 isolados de SSC, 6 isolados SCS e 8 de ZOO. As amostras ZOO apresentaram maiores índices para os genes de resistência msrC (81,8 %), gyrA (60,7 %) e tetL (44,4 %). Para o gene tetM os isolados de SCS apresentaram maior frequência (100 %). As amostras SSC e SCS apresentaram as maiores porcentagens para o gene gelE (100 %). Para esp (3,5 %), ace (93,0 %) e agg (10,5 %), as amostras SCS apresentaram as maiores porcentagens. As presenças de determinantes de resistência e virulência nas amostras foram atribuídas tanto à ação antropogênica encontrada no habitat dos macacos como através do próprio resistoma ambiental. Ainda, a proximidade dos animais com o ser humano demonstrou ser uma das principais fontes de disseminação de resistência bacteriana. / Enterococcus is associated with the intestinal microbiota of mammals and birds. In addition to primates having a close evolutionary relationship with humans, the impact of antimicrobial resistance associated with commensal bacteria, such as enterococci, is little known. The objective of this work was to identify and characterize isolates of enterococci from faecal samples of black capuchin monkey (Sapajus nigritus) in relation to determinants of resistance and virulence. The samples were collected from animals living in the Sapucaia do Sul Zoo (ZOO) and wild, in the cities São Sebastião do Caí (SSC) and Santa Cruz do Sul (SCS). The isolated species were identified using the MALDI-TOF technique. These were tested against 12 antimicrobials using the disc diffusion method. Genes that confer resistance to tetracycline (tetM, tetL and tetS), fluoroquinolones (gyrA), erythromycin (mrsC and ermB) and virulence (agg, esp, cylA, ace and gelE) were detected by PCR. It were identified 296 isolates of Enterococcus sp. from 24 faecal samples of S. nigritus. Of these, 137 were from SSC samples, 86 from SCS and 73 from ZOO. The most common species was E. faecalis (42.6 %), followed by E. hirae (29.4 %) and E. faecium (15.5 %). One hundred and ninety-nine samples (67.2%) presented reduced antimicrobial susceptibility. The samples were less susceptible to rifampicin (46.3%), tetracycline (26.0%) and erythromycin (22.0%). Among the isolates, E. faecalis (69.0%) had the highest frequencies of reduced susceptibility. Regarding the collection site, 69.3% of the SSC isolates presented reduced susceptibility to antimicrobials, 69.7% of the isolates from the SCS samples and 60.2% from the isolates from the ZOO samples, with a multiple resistance profile 29 SSC isolates, 6 SCS isolates and 8 ZOO isolates. The ZOO samples presented higher indices for the resistance genes msrC (81.8%), gyrA (60.7%) and tetL (44.4%). For the tetM gene the SCS isolates showed a higher frequency (100%). The SSC and SCS samples showed the highest percentages for the gelE gene (100%). For esp (3.5%), ace (93.0%) and agg (10.5%), the SCS samples presented the highest percentages. The presences of resistance and virulence determinants in the samples were attributed both to the anthropogenic action found in the monkey habitat and through the environmental resistance itself. Furthermore, the proximity of animals to humans has been shown to be one of the main sources of dissemination of bacterial resistance.
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Detecção de metalo-lactamases em cepas de Pseudomonas aeruginosa isoladas de infecções sistêmicas no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo / Metallo-b-lactamases detection among Pseudomonas aeruginosa isolated from bloodstream infections at Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São PauloFranco, Maria Renata Gomes 07 April 2009 (has links)
INTRODUÇÃO: Cepas de Pseudomonas aeruginosa (PA) produtoras de Metalo-b- lactamase (MBL) tem sido reportadas como sendo uma importante causa de infecções nosocomiais assim como um grande problema terapêutico mundial. No complexo HC-FMUSP, o maior hospital universitário do Brasil, a prevalência de PA resistente aos carbapenêmicos também se apresenta de forma crítica. No entanto, a prevalência de MBL em nossa instituição e a padronização para detecção fenotípica deste mecanismo de resistência ainda não foram estabelecidos. OBJETIVOS: Determinar a prevalência de MBL em cepas de PA resistentes ao imipenem; comparar métodos fenotípicos e moleculares na detecção de MBL; avaliar a clonalidade dos isolados produtores de MBL e determinar o perfil de suscetibilidade de todos os isolados incluídos no estudo. MÉTODOS: Foi realizado um estudo retrospectivo com 69 cepas de PA resistentes ao imipenem isoladas de hemoculturas de pacientes do HC-FMUSP no ano de 2005. Os isolados foram submetidos ao teste de suscetibilidade pelo método de microdiluição e Etest® para colistina. Estes foram testados para a produção de MBL pelos métodos fenotípicos de Disco Aproximação (DA), Etest® MBL e Teste de Hodge Modificado (THM). A Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) foi realizada para detecção dos seguintes genes: (blaSPM-1, blaIMP-1, blaIMP-2, blaVIM-1 e blaVIM-2). A clonalidade dos isolados produtores de MBL foi avaliada por Eletroforese em Campo Pulsado (PFGE). RESULTADOS: Cinqüenta e três cepas (76.8%) foram positivas pelos métodos de DA e Etest® MBL, e 19 cepas (27.5%) foram positivas pelo THM. Vinte e um isolados (30.4%) demonstraram o gene blaMBL por PCR, sendo que 17 (81%) foram positivos para o gene blaSPM-1 e 4 (19%) para o gene blaVIM-2. Os genes blaIMP-1, blaIMP-2 e blaVIM-1 não foram detectados. O inibidor ácido 2-mercaptoacético (MAA) e o THM mostram a melhor concordância com a PCR, com índices de kappa variando de 0.81 a 0.86 e 0.79, respectivamente O ácido etilenodiaminotetracético (EDTA), demonstrou alta sensibilidade (100%), baixa especificidade (33.3%), e pobre concordância com a PCR. Entre os isolados positivos para o gene blaSPM-1, 5 foram indistinguíveis, 11 foram estreitamente relacionados e 1 possivelmente relacionado. Entre os isolados positivos para o gene blaVIM-2, 2 foram indistinguíveis, 1 foi estreitamente relacionado e 1 diferente. Entre os isolados produtores de MBL, a colistina e o aztreonam foram as drogas mais ativas com 90.5% e 85.7% de sensibilidade, respectivamente. CONCLUSÃO: Este é o primeiro relato de PA produtora de MBL no HC-FMUSP, reforçando a epidemiologia brasileira onde a enzima SPM-1 é a mais prevalente entre isolados de PA. Os métodos de DA com o inibidor MAA e o THM mostraram-se boas opções para detecção fenotípica de MBL em laboratórios de microbiologia. Os produtores de MBL demonstraram fenótipo multiresistente com um padrão clonal, enfatizando a necessidade de práticas de controle de infecções em nossa instituição / INTRODUCTION: Pseudomonas aeruginosa (PA) strains Metallo-b-lactamase (MBL) producing have been reported as an important cause of nosocomial infection, also becoming a critical therapeutic problem worldwide. At HC-FMUSP complex, the largest teaching hospital in Brazil, the prevalence of PA resistant to carbapenems is also presented as a critical problem. However, MBL prevalence and the standardization for phenotypical detection of this resistance mechanism still had not been established. PURPOSE: To determine MBL prevalence in PA resistant to imipenem; to compare phenotypic and molecular methods to detect MBL; to evaluate the clonality of the MBL producers strains and to determine the susceptibility profile of all isolates included in this study. METHODS: A retrospective study was carried analyzing 69 PA strains resistant to imipenem isolated from blood cultures of patients at HC-FMUSP during 2005. They were submitted to the susceptibility profile test by microdilution method and Etest® to colistin. The isolates were also tested for MBL production by phenotypic methods like Double Disk Synergy (DDS), Etest® MBL, Modified Hodge Test (MHT). The Polimerase Chain Reaction (PCR) was used to detect the following genes: (blaSPM-1, blaIMP-1, blaIMP-2, blaVIM-1 and blaVIM-2). The clonality of the MBL producers was evaluated by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). RESULTS: Fifty-three isolates (76.8%) had positive results with DDS and Etest® MBL, and 19 isolates (27.5%) were positive by MHT. Twenty-one isolates (30.4%) had a blaMBL gene by PCR, being 17 (81%) positive for blaSPM-1 and 4 (19%) for blaVIM-2. The blaIMP-1, blaIMP-2 and blaVIM-1 genes had not been detected. Mercaptoacetic acid (MAA) inhibitor and MHT showed the best agreement with PCR, with kappa value ranging from 0.81 to 0.86 and 0.79, respectively. Etilenodiaminotetracetic acid (EDTA) inhibitor showed high sensibility (100%), low specificity (33.3%), and poor agreement with PCR. Among isolates producing blaSPM-1 gene, 5 were indistinguishable, 11 were closely related and 1 was possibly related. Among isolates producing blaVIM-2 gene, 2 were indistinguishable, 1 closely related and 1 was different. Among MBL-producing strains, colistin and aztreonam were the most active drugs with 90.5% and 85.7% of sensitivity, respectively. CONCLUSION: This is the first report of PA MBL producers at HCFMUSP, reinforcing the Brazilian epidemiology where SPM-1 enzyme is the most prevalent among PA isolates. The DDS method with MAA inhibitor and MHT had the best agreement with PCR, showing themselves as good options for MBL phenotypical detection in microbiology laboratories. The MBL producers had shown multiresistant phenotype with a clonal standard, reinforcing the necessity of infection control practices in our institution
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Seguimento retrospectivo da sensibilidade de isolados clínicos aos antibióticos utilizados em um hospital terciário brasileiro de 2007 a 2012 / Retrospective follow-up of the sensitivity of clinical isolates to antibiotics used in a Brazilian tertiary hospital in the period from 2007 to 2012Paula, Milena Cristina de 03 October 2014 (has links)
A resistência bacteriana emergiu como importante problema de saúde pública no mundo. Nesta pesquisa, a distribuição das espécies e a evolução da sensibilidade aos antibióticos entre isolados clínicos obtidos em um hospital terciário foram analisadas no período de 2007 a 2012. As bactérias isoladas foram identificadas por análises bioquímicas convencionais. Segundo as recomendações do Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) compatíveis ao ano do processamento microbiológico, o perfil de sensibilidade foi determinado pelo método de disco difusão, entretanto para a sensibilidade a vancomicina utilizou-se a concentração inibitória mínima (CIM). Durante o período da pesquisa totalizou-se 4.464 resultados de culturas distribuídos em 2007 (865), 2008 (981), 2009 (485), 2010 (539), 2011 (704) e 2012 (890). Com relação aos cocos Gram-positivos e as enterobactérias, Staphylococcus aureus e Eschericia coli foram as bactérias mais frequentemente isoladas, respectivamente. Dos antibióticos da classe dos beta-lactâmicos, piperacilina + tazobactam e aztreonam mostraram os melhores resultados de atividade antibacteriana. Todas as cepas isoladas de enterobactérias foram sensíveis aos carbapenêmicos. As cepas de Pseudomonas aeruginosa foram mais sensíveis ao imipenem do que ao meropenen, no entanto a redução dos perfis de sensibilidade foi evidenciada para ambos os antibióticos: imipenem (69,6% para 41,7%) e meropenem (63,3% para 25,0%). Todas Burkloderoderia cepacea e Acinetobacter baumanii demonstraram resistência ao meropenem, entretanto as cepas de Acinetobacter iuwoffi foram sensíveis aos carbapenêmicos. Aumentos semelhantes nos perfis de sensibilidade das cepas de Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Klebsiella oxytoca (70% para 86,7%) foram observados para ciprofloxacina e levofloxacina. Da classe dos aminoglicosídeos, a amicacina mostrou melhor atividade antibacteriana do que a gentamicina. Nas amostras analisadas deste hospital não houve ocorrência de Enterococcus spp. resistente a vancomicina (VRE). Ainda, todas as cepas de cocos Gram-positivos foram sensíveis a vancomicina e teicoplamina. No geral os antibióticos apresentaram resultados preocupantes, uma vez que para as bactérias reconhecidas nos cenários das infecções hospitalares nenhuma foi sensível 100% a todas as classes de antibióticos. A situação da sensibilidade microbiana aos antibióticos é caótica tendo cada vez mais limitada a sua utilização na terapêutica / Bacterial resistance has emerged as an important public health problem in the world. In this study, the distribution of species and the evolution of antibiotic susceptibility among clinical isolates in a tertiary hospital were analyzed in the period from 2007 to 2012. Bacterial isolates were identified by conventional biochemical analyzes. According to the recommendations of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) supported a year of microbiological processing, the sensitivity was determined by the disk diffusion method, however for sensitivity to vancomycin was used the minimum inhibitory concentration (MIC). During the research period, 4,464 culture results were obtained and distributed in 2007 (865), 2008 (981), 2009 (485), 2010 (539), 2011 (704) and 2012 (890). With respect to Gram-positive cocci and Enterobacteriaceae, Staphylococcus aureus and Escherichia coli were the most frequently isolated bacteria, respectively. From beta-lactams class, piperacillin + tazobactam and aztreonam showed the best results of antibacterial activity. All isolated strains of Enterobacteriaceae were susceptible to carbapenems. Pseudomonas aeruginosa strains were more sensitive to imipenem than the meropenen, however reducing the sensitivity profile was observed for both antibiotics imipenem (69.6% to 41.7%) and meropenem (63.3% for 25.0%). All Burkloderoderia cepacia and Acinetobacter baumannii were resistant to meropenem, however Acinetobacter iuwoffi strains were susceptible to carbapenems. Similar increases in the susceptibility of Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca strains (70% to 86.7%) were observed for ciprofloxacin and levofloxacin. From aminoglycosides class, amikacin showed better antibacterial activity than gentamicin. In the samples analyzed in this hospital there was no occurrence of Enterococcus spp. resistant to vancomycin (VRE). Furthermore, all strains of Gram-positive cocci were susceptible to vancomycin and teicoplanin. Overall antibiotics showed worrying results, since none was recognized for bacteria in the nosocomial infection scenarios 100% sensitive to all classes of antibiotics. The situation of microbial sensitivity to antibiotics is becoming chaotic having limited their use in therapy
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