O estudo objetivou avaliar a atividade antibacteriana, in vitro, dos óleos essenciais de erva cidreira (Lippia alba (Mill) NEBr), hortelã-pimenta (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), açafrão (Curcuma longa L.) e gengibre (Zingiber officinale Roscoe) cultivados nas condições de Manaus/AM frente a 20 amostras de Salmonella enterica isoladas de frango resfriado, carne mecanicamente separada de frango, farinha de vísceras e farinha de carne e ossos. A concentração inibitória mínima (CIM) e concentração bactericida mínima (CBM) foram determinadas empregando-se o método de microdiluição. Os óleos foram analisados quanto a composição química através de cromatógrafo à gás acoplado ao espectrômetro de massa (CG-EM). Além da atividade dos óleos essenciais a resistência a antimicrobianos fármacos também foi avaliada através da técnica de disco-difusão. Os compostos majoritários foram: para o óleo de Lippia alba (Mill) NEBr) (carvona 61,7% e limoneno 17,5%), Mentha x piperita L. (mentol 27,5%, mentofurano 22,5%, pulegona 12,8%, acetato de metila 12,5% e mentona 11%), Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% e 1,8-cineol 28,2%), Curcuma longa L. (ar-tumerona 17,9%, alfa-tumerona 14,6% e 1,8- cineol 14,2%) e para Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8- cineol 16,0% e canfeno 11,4%). Os resultados deste estudo permitiram evidenciar a superioridade da atividade dos óleos de Lippia alba (Mill) NEBr, Ocimum gratissimum L. e Zingiber officinale Roscoe (média das CIM´s de 4821 a 5750 μg/mL e média das CBM´s de 6190,5 a 6500,1 μg/mL) frente às salmonelas isoladas, em comparação aos óleos de Mentha x piperita L. e Curcuma longa L., demonstrando o potencial como agente antibacteriano natural destas três espécies frente a diferentes sorovares do patógeno avaliado. Todos os isolados apresentaram resistência a pelo menos dois agentes antimicrobianos. Os isolados foram frequentemente resistentes à estreptomicina (95%), ácido nalidixico (75%) e gentamicina (70%) e sensíveis à norfloxacina (45%), ciprofloxacina (20%) e cloranfenicol (20%). Entre as 20 amostras de Salmonella enterica foram identificados oito sorovares diferentes com predomínio da Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona e Salmonella Schwarzengrund, sendo que os sorovares Mbandaka e Enteritidis foram os que apresentaram maior resistência aos fármacos antimicrobianos. A resistência antimicrobiana significativa verificada em diferentes sorovares de Salmonella enterica indica que estratégias de prevenção devem ser adotadas, como estudos epidemiológicos e uso consciente de antimicrobianos tanto na alimentação animal, quanto no tratamento de pacientes, visando minimizar o aparecimento de sorovares ainda mais resistentes ou resistentes a princípios ativos atualmente eficazes. Neste sentido, os óleos essenciais de Ocimum gratissimum L., Lippia alba (Mill) NEBr e Zingiber officinale Roscoe, representam uma alternativa para o controle de Salmonella enterica, entretanto, demais estudos abordando o sinergismo com carne de frango e farinhas de origem animal são indicados. / The study aimed to evaluate the antibacterial activity in vitro of the essential oils of cidreira (Lippia alba (Mil) NEBr), peppermint (Mentha x piperita L.), alfavaca-cravo (Ocimum gratissimum L.), turmeric (Curcuma longa L.) and ginger (Zingiber officinale Roscoe) grown under conditions of Manaus / AM front of 20 samples of Salmonella enterica isolates from chilled poultry, mechanically separated chicken meat, meat and bone meal and poultry viscera meal. Minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) were determined employing a microdilution method. The oils were analyzed for chemical composition by gas chromatography coupled with mass spectrometry (GC-MS). Besides the activity of essential oils, the resistance to antimicrobial drugs was also assessed by disk diffusion technique. The major compounds were: for Lippia alba (Mil) NEBr oil (carvone 61,7% and limonene 17,5%), Mentha x piperita L. (menthol 27,5%, menthofuran 22,5 %, pulegone 12,8 %, methyl acetate 12,5% and menthone 11%) Ocimum gratissimum L. (eugenol 43,3% and 1,8-cineole 28,2%), Curcuma longa L. (ar tumerona 17,9%, alphatumerona 14,6% and 1,8-cineole 14,2%) and Zingiber officinale Roscoe (geranial 23,9%, neral 17,2%, 1,8-cineole 16,0% and camphene 11,4%). The results of this study showed the superiority activity of Lippia alba (Mil) NEBr, Ocimum gratissimum L. and Zingiber officinale Roscoe oil (CIM's average from 4821 to 5750 and CBM's average from 6190.5 to 6500.1 μg/mL) against Salmonella isolated compared to Mentha x piperita L. and Curcuma longa L. oils, demonstrating the potential as natural antibacterial agent of these three species against different serovars of the pathogen evaluated. All isolates were resistant to at least two antimicrobial agents. The isolates were often resistant to streptomycin (95%), nalidixic acid (75%) and gentamicin (70%) and sensitive to norfloxacin (45%), ciprofloxacin (20%) and chloramphenicol (20%). Among the 20 strains of Salmonella enterica serovars were identified eight different with a predominance of Salmonella Mbandaka, Salmonella Enteritidis, Salmonella Agona and Salmonella Schwarzengrund, and the Enteritidis and Mbandaka serovars showed the highest antimicrobial resistance. The significant antimicrobial resistance occurs in different serovars of Salmonella enterica indicates that prevention strategies should be adopted, such as epidemiological studies and conscious use of antimicrobials both in animal feed, as in the treatment of patients in order to minimize the emergence of even more resistant serovars or resistant tho currently effective active principles. In this sense, the essential oil of Ocimum gratissimum L., Lippia Alba (Mill) NEBr and Zingiber officinale Roscoe represent an alternative for the control of Salmonella enterica, however, other studies addressing the synergism with chicken meat and animal meal are indicated.

Esse estudo comparou diferentes métodos fenotípicos e biomoleculares para avaliação da resistência antimicrobiana de 107 cepas de Salmonella spp. Isoladas de carcaças e couro de bovinos e de produtos cárneos. Os antimicrobianos testados foram ampicilina, cefotaxima, cloranfenicol, ciprofloxacina, gentamicina, imipenem, tetraciclina e trimetoprima. Os testes fenotípicos empregados foram: difusão do disco em ágar, utilizando discos produzidos por duas empresas diferentes e determinação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), realizada em placas de microtitulação e empregando tiras comerciais de antibióticos. O método biomolecular (PCR) objetivou a pesquisa de genes de resistência a antimicrobianos (blaTEM, blaOXA-1, blaPSE-1, cat1, cat2, floR, cmlA, cmlB, aac(3)IVa, aadB, aadD, aphA1, tetA, tetB, tetC, tetD, tetE, tetG e dhfrI) , localizados no cromossomo, plasmídeos e integrons classe 1, e foi aplicado para as cepas que apresentaram resistência a pelo menos um dos antibióticos testados por algum dos testes fenotípicos e para as cepas que apresentaram resultados contraditórios nos testes fenotípicos. Todos os métodos foram executados de acordo com as normas do ClinicaI and Laboratory Standards Institute. Foi detectada resistência a pelo menos um antibiótico em 26 cepas (24%), sendo que 20 (77%) dessas foram multirresistentes. A correlação de resultados obtidos pelo método de difusão de discos empregando os discos de duas marcas diferentes foi de 99,7%, enquanto a correlação dos resultados obtidos pelos dois métodos de determinação da CIM foi de 98,6%. Para os resultados obtidos pelos métodos de difusão de discos e determinação da CIM a correlação foi de 98,4%. Não foi observada uma boa correlação entre a presença dos genes detectados e o resultado apresentado pelos métodos fenotípicos. / This study compared different phenotypic and molecular methods for the evaluation of antimicrobial resistance of 107 strains of Salmonella spp. isolated from hides and carcasses of cattle and meat products. The antimicrobials tested were ampicillin, cefotaxime, chloramphenicol, ciprofloxacin, gentamicin, imipenem, tetracycline and trimethoprim. Phenotypic tests included agar disk diffusion, using disks produced by two different companies and determination of the Minimum Inhibitory Concentration (MIC) conducted in microtiter plates and commercial antibiotic strips. The biomolecular method (PCR) focused antimicrobial resistance genes (blaTEM, blaOXA-1, blaPSE-1, cat1, cat2, floR, cmlA, cmlB, aac(3)IVa, aadB, aadD, aphA1, tetA, tetB, tetC, tetD, tetE, tetG e dhfrI) located on chromosomes, plasmids and class 1 integrons, and was applied to the strains that were resistant to at least one of the antibiotics tested as detected by the phenotypic tests and to strains that showed contradictory results in the phenotypic tests. All methods were performed according to the standards of the Clinical and Laboratory Standards Institute. Resistance to at least one antibiotic was detected in 26 strains (24%), and 20 (77%) of these were multidrug-resistant. The correlation between results obtained by disk diffusion method using discs of two different brands was 99.7%, while the correlation of the results obtained by the two methods of determining the MIC was 98.6 %. For the results of the methods of disc diffusion and MIC determination the correlation was 98.4%. There was no good correlation between the presence of genes detected and the result presented by phenotypic methods.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:07:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao greyciele.pdf: 888336 bytes, checksum: 01c4c81ad67f9086695cf5933094cc38 (MD5) Previous issue date: 2011-03-01 / Muitas terapias antimicrobianas são usadas para o tratamento das piodermites, inflamação cutânea piogênica associada à infecção bacteriana, sendo o Staphylococcus pseudintermedius a principal espécie envolvida. As infecções estafilocócicas se tornam mais graves quando a cepa envolvida na doença é multirresistente, acarretando dificuldade adicional para o controle de infecções causadas por esse agente. O presente estudo pesquisou a presença de Staphylococcus spp. multirresistentes e verificou o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos de isolados de cães sadios e com piodermite. As amostras foram colhidas com suabes estéreis da pele de 50 cães sadios e de 40 cães apresentando quadro clínico de piodermite (não importando a etiologia). Foram realizados cultura bacteriológica do material colhido e isolamento das cepas de Staphylococcus spp. para identificação das espécies de acordo com suas características fenotípicas. Posteriormente, os isolados foram testados quanto ao perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos por meio de antibiograma. Realizou-se ainda, teste fenotípico de resistência à oxacilina e técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) para detecção de cepas de Staphylococcus spp. multirresistentes, portadoras do gene mecA. A resistência à oxacilina (prova fenotípica e identificação do gene mecA) foi apresentada por 23,6% (17/72) dos isolados e a multirresistência por 29,7% (21/72). As maiores suscetibilidades foram verificadas para os seguintes antimicrobianos: Cefalexina (84,7%); Amoxacilina (75%); Oxacilina (72,2%); Cefoxitina (79,2%). As maiores resistências: Tetraciclina (40,3%); Eritromicina (34,7%); Clindamicina (33,3%); Ciprofloxacina (26,4%); Oxacilina (23,6%); Sulfametazol-trimetoprim (22,2%). Apesar do isolamento de cepas multirresistentes, os resultados indicaram um alto nível de suscetibilidade das mesmas aos antimicrobianos normalmente utilizados no tratamento de infecções estafilocócicas. O isolamento de Staphylococcus spp. resistentes à meticilina (MRS), em espécimes clínicos e sadios, demonstrou que os cães podem atuar como reservatórios e posteriormente disseminarem esses patógenos na comunidade

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-06-21T17:57:41Z No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-07T19:18:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-07T19:18:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 michelecristineribeirodefreitas.pdf: 1495355 bytes, checksum: 2dcd69bdf9054b1d66175c1f6955b8bd (MD5) Previous issue date: 2010-05-14 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A espécie Bacteroides fragilis é um anaeróbio Gram negativo membro da microbiota indígena do trato gastrintestinal, e é comumente isolado de infecções clínicas. À medida que as drogas antimicrobianas são introduzidas no ambiente, os microrganismos respondem, tornando-se resistentes, podendo gerar alterações na fisiologia celular, e que podem interferir na relação bactéria-hospedeiro. Nosso objetivo foi investigar alterações em B . fragilis após exposição a concentrações subinibitórias de ampicilina (AMP), ampicilina/sulbactam (AMS), clindamicina (CLI) e cloranfenicol (CLO); e investigar aspectos da relação droga-bactéria-hospedeiro, após desafio experimental em camundongos. Foram obtidas 4 linhagens bacterianas: BfAMP, BfAMS, BFCLI e BfCLO. Alterações na morfologia, padrões de crescimento, habilidades bioquímicas e fisiológicas, perfis de expressão protéica e semelhança genética foram avaliadas comparativamente entre as linhagens obtidas e a linhagem Bf parental ATCC 25285. Infecção experimental foi realizada em camundongos convencionais, desafiados intraperitonealmente. Histologia de baço e fígado, além de dosagem das citocinas TNF-α, IL-6, IL-10, IL-17 e IFN-γ no intestino, foram realizadas. Ampicilina e ampicilina/sulbactam induziram alterações morfológicas significativas nas células bacterianas na primeira exposição. Foi verificada diminuição da sensibilidade aos antimicrobianos em todas as linhagens selecionadas. Além disso, a exposição aos antimicrobianos foi capaz de induzir alterações nos padrões bioquímico-fisiológicos bacterianos, se comparado com a amostra parental. Em relação à capacidade de formação de biofilme, observou-se alteração em todas as linhagens, quando comparadas à parental, sendo que as linhagens selecionadas pela exposição aos antimicrobianos tiveram capacidade de aderência diminuída. A identidade genética das linhagens bacterianas obtidas foi confirmada e não foram detectados fragmentos de DNA polimórfico. Variações nos perfis de citocinas foram verificadas nos animais desafiados com a linhagem BfAMS. Alterações histopatológicas também foram observadas no baço e fígado dos animais desafiados com as linhagens de B . fragilis selecionadas por exposição aos antimicrobianos. Nossos resultados permitem sugerir fenômenos relacionados à regulação da expressão gênica como uma resposta momentânea ou evolutiva dos microrganismos. Estes resultados podem ainda sugerir que essas drogas tem diferentes interações com a célula bacteriana, que podem ser prejudiciais para a interação bactéria-hospedeiro. Assim, nossos resultados chamam a atenção para o risco de terapia antimicrobiana inadequada, mesmo com baixas concentrações de fármacos, que poderiam alterar os níveis de expressão gênica de uma bactéria e modular sua patogenicidade. / Bacteroides fragilis is an anaerobic Gram negative rod member of resident gut microbiota, isolated from clinical infections due in part to its potent virulence factors. As antimicrobial drugs are introduced into the environment, microorganisms respond by becoming resistant and may cause changes in cell physiology. These changes can interfere with the bacterium-host relationship. The aim of this study was to investigate changes in B . fragilis after exposure to ampicillin (AMP), ampicillin/sulbactam (AMS), clindamycin (CLI) and chloramphenicol (CLO); and to investigate changes in host-bacteria relationships after experimental challenge in mice. Four bacterial strains were obtained: BfAMP, BfAMS, BFCLI e BfCLO. Morphological changes, growth patterns, biochemical and physiological abilities, protein expression profile and genetic relationships were comparatively evaluated among the drug-selected strains and Bf parent ATCC 25285. Experimental infection was performed intraperitoneally in conventional mice. Liver and spleen histology, besides cytokines determinations were performed in the intestines. Ampicillin and ampicillin/sulbactam induced the highest significant morphological alterations in the bacterial cells after the initial drug exposure. Decreased sensitivity to all antimicrobials was observed for all drug-selected bacteria strains. Furthermore, drug-exposure was able to induce changes in biochemical pathways and bacterial physiology, if compared with the Bf parent strain. Regarding the ability of biofilm formation, alterations in adherence properties were observed for all drug-selected bacteria, being this characteristic down regulated. The genetic identities were confirmed for the selected strains and no DNA polymorphisms were detected. The cytokine patterns in the intestines from mice challenged with drug-selected bacteria were highly altered, mainly considering the BfAMS strain, as well as the histological aspect concerning the liver and the spleen excised from the experimentally challenged animals. Our results may suggest phenomena related to the gene expression regulation, as a microbial momentary or evolutionary response to the selective pressure of the antimicrobial drugs. These results may also suggest that these drugs have different interactions with the bacterial cell which can be harmful to the host-bacteria relationships. In this way, the data ask for attention regarding the risks of inappropriate chemotherapy, even with low concentrations of the antimicrobial drugs, which might the bacteria genetic expression levels and modulate their pathogenicity

Introdução: As enzimas do grupo AmpC degradam cefalosporinas e cefamicinas e não são inibidas pelo ácido clavulânico, sulbactam ou tazobactam. Podem ser codificadas por genes de localização plasmidial ou cromossômica. A sua detecção tem importância epidemiológica, pois a expressão concomitante à perda de porinas em Enterobactérias pode levar à resistência aos carbapenêmicos, fármacos amplamente utilizados no tratamento de infecções graves. Os relatos de detecção de AmpC plasmidial no Brasil são escassos, mas a análise do perfil de sensibilidade de Escherichia coli isoladas de casos de infecções urinárias de pacientes atendidos em um laboratório privado da cidade de São Paulo, no período de 2006 à 2010, evidenciou um aumento considerável de resistência à cefoxitina, um marcador para expressão de AmpC plasmidial. Em 2006 a frequência era de 0,03% e em 2011 foi de 0,65%. Uma das hipóteses para esse aumento é a disseminação de clones ou de genes que codificam AmpC, transferidos em plasmídeos. Objetivo: Caracterizar os determinantes genéticos em E. coli com fenótipo compatível com produção de AmpC plasmidial. Material e métodos: Foram estudadas todas as E. coli isoladas de cultura de urina, não sensíveis à cefoxitina, detectadas no Fleury Medicina e Saúde em São Paulo, no período de 02 de janeiro a 01 de fevereiro de 2012. Os isolados foram avaliados fenotipicamente quanto à pureza, identificação da espécie e bloqueio enzimático com discos de cefoxitina e ceftazidima adicionados de ácido fenilborônico. A presença de genes que codificam AmpCs plasmidiais foi avaliada utilizando-se dois métodos distintos de PCR. Foi realizado o sequenciamento dos genes detectados. O desempenho do bloqueio enzimático com ácido fenilborônico foi determinado utilizando-se a PCR como padrão ouro. O perfil plasmidial e a clonalidade foram avaliados respectivamente por lise alcalina e ERIC-PCR. Resultados e conclusões: De um total de 2.494 E. coli 12 albergavam genes de AmpC plasmidial; a frequência de AmpC plasmidial foi portanto de 1,8% em pacientes hospitalizados 0,46% em pacientes ambulatoriais. O sequenciamento dos genes que codificam AmpCs plasmidiais evidenciou tratarem-se de 11 blaCMY-2 e uma blaCMY-4. O melhor desempenho do teste fenotípico com cefoxitina, ceftazidima e ácido fenilborônico foi obtido quando utilizados um mínimo de 5 mm de diferença entre o halo de inibição com o disco adicionado de ácido fenilborônico e puro para cefoxitina e ceftazidima. Com esses parâmetros a sensibilidade foi de 100,0%, a especificidade de 100%, o valor preditivo positivo 100 % e valor preditivo negativo 100%. Foi observada a presença e disseminação de três grupos clonais de E. coli produtoras de CMY entre hospitais na cidade de São Paulo. / Introduction: AmpC enzymes can degrade cephalosporins and cephamycins and are not inhibited by clavulanic acid, sulbactam or tazobactam. They can be encoded by genes of plasmid or chromosomal location. Detecting these enzymes is epidemiologically important because their expression and concomitant porins loss in Enterobacteriaceae can lead to resistance to carbapenems, antimicrobials widely used to treat serious infections. Reports of detection of plasmidial AmpCs in Brazil are scarce, but the analysis of the susceptibility profile of Escherichia coli isolated from cases of urinary tract infection in patients attended in a private laboratory, located at the city of São Paulo, from 2006 to 2010 indicated a considerable increase in cefoxitin resistance, a marker for plasmidial AmpC expression. In 2006 the rate was 0.03% and in 2011 it was 0.65%. One hypothesis for this increase was the spread of clones or genes encoding AmpC transferred into plasmids. Objective: To characterize the genetic determinants in E. coli presenting a phenotype consistent with plasmidial AmpC production. Material and Methods: We studied all E. coli not susceptible to cefoxitin isolated in urine cultures at Fleury Medicine and Health, in São Paulo, during the period from January 2nd to February 1st 2012. The isolates were phenotypically evaluated for purity, species identification and enzymatic blockage with cefoxitin and ceftazidime disks with added phenylboronic acid. The presence of genes encoding plasmidial AmpCs was evaluated using two different PCR methods. Sequencing of the genes detected was obtained. The performance of the enzymatic blockage with phenylboronic acid was determined using PCR as a gold standard. The plasmid profile and clonality were evaluated respectively by alkaline lysis and ERIC-PCR. Results and conclusions: Among 2,494 E. coli isolates, 12 had genes encoding for plasmidial AmpC; consequently the frequency of plasmidial AmpC in E. coli was 1.8% in inpatients and 0.46% in outpatients. Sequencing of the genes encoding plasmidial AmpCs showed them to be blaCMY-2 and just one blaCMY-4. The better performance of the phenotypic test was obtained when at least 5 mm inhibition zone difference was observed between the disc of cefoxitin and ceftazidime with added phenylboronic acid. With these parameters the sensitivity was 100%, specificity 100%, positive predictive value 100% and negative predictive value 100%. The presence and the dissemination of three clonal groups of CMY producing E. coli was observed among hospitals located at the city of São Paulo

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2016-01-21T17:43:23Z No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2016-01-25T18:47:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-25T18:47:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thiagocesarnascimento.pdf: 3494952 bytes, checksum: 3356415ad599be16280e8e70cee1950d (MD5) Previous issue date: 2014-04-24 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Staphylococcus aureus é uma das principais causas de infecções associadas à saúde em todo o mundo. O objetivo deste trabalho foi avaliar as características epidemiológicas, fisiológicas e moleculares de S. aureus resistente à oxacilina (ORSA), isolados de infecções em um hospital terciário universitário e avaliar sua susceptibilidade a novas moléculas síntéticas. Foram avaliadas um total de 103 amostras de ORSA quanto a dados clínicos e epidemiológicos relacionados aos pacientes, perfil de susceptibilidade a drogas antimicrobianas, avaliação da produção de biofilme e da capacidade hemolítica e confirmação da identidade genética, detecção do gene mecA e caracterização do SCCmec, por PCR. Para 45 amostras oriundas do CTI, também foram realizadas a análise do perfil de fragmentação do DNA cromossômico por PFGE e caracterização do CC, por PCR. Para 21 amostras foi avaliada a susceptibilidade a aminas aromáticas alquiladas (aminoálcoois). Considerando-se as amostras clínicas, a maioria das amostras foi isolada no sexo masculino (71%) a partir de secreção traqueal (26,2%) e sangue (23,3%) seguido de swab de sítio cirúrgico e ponta do cateter (15,5%), exsudados (14,6%) e urina (4,9%), associados à infecção do sistema respiratório (34%) e bacteremia (20,4%), em unidade de terapia intensiva (43,7%). No geral, uma alta frequência de resistência foi observada contra clindamicina (100%), eritromicina (100%), azitromicina (99%), levofloxacina (93,2%), gentamicina (84,5%), sulfametoxazol-trimetoprim (75,7%), tetraciclina (77,6%), cloranfenicol (59,3%) e rifampicina (50,5%). Os aminoálcoois também apresentaram atividade antibacteriana contra a maioria dos isolados de ORSA. Tipos de SCCmec III (66,7%) , II (17,8%) , IV (4,4% ), I (2,2%) foram encontrados. A maioria (66,7%) dos isolados foram relacionados ao clone epidemico brasileiro (CEB)/CC8/SCCmec III , que prevaleceu entre 2005 e 2008 , enquanto que a linhagem USA100/CC5/SCCmec II surgiu em 2007 e foi mais frequente em 2009 e 2010, na UTI. Os isolados que transportam o tipo de SCCmec IV (USA400/CC1 e USA800/CC5 linhagens) e I (USA500/CC5) também foram detectadas. Nossos dados são altamente relevantes para os sistemas de vigilância permitiu mapear em maior escala a circulação dinâmica de ORSA e levantar discussões sobre estratégias de contenção e uso racional da quimioterapia empírica. / Staphylococcus aureus is a major cause of health care associated infections worldwide. The aim of this work was to evaluate epidemiological, physiological and molecular characteristics of aureus oxacillin resistant S. aureus (ORSA) isolated from infections in a tertiary university hospital and evaluated their susceptibility to new synthetic molecules. A total of 103 samples of ORSA for clinical and epidemiological data related to patients susceptibility profile to antimicrobial drugs, assessment of biofilm production and hemolytic capacity and confirmation of genetic identity, detection of the mecA gene and characterization of SCCmec were evaluated, PCR. For 45 samples from CTI, also the profile of DNA analysis by PFGE and characterization of the CC, PCR were performed. For 21 samples susceptibility to alkylated aromatic amines was evaluated. Considering the clinical samples, most samples contained in males (71%) from tracheal secretion (26.2%) and blood (23.3%) followed by surgical site and swab tip of the catheter (15.5%), exudates (14.6 %) and urine (4.9%), associated with infection of the respiratory system (34%) and bacteremia (20.4%) in the intensive care unit (43.7%). Overall, a high frequency of resistance was observed against clindamycin and erythromycin (100%), azithromycin (99%), levofloxacin (93.2%), gentamicin (84.5%), trimethoprim-sulfamethoxazole (75.7%), tetracycline (77.6%), chloramphenicol (59.3%) and rifampicin (50.5%). The amino alcohols also showed antibacterial activity against most isolates of ORSA. SCCmec type III (66.7%), II (17.8%), IV (4.4%) and I (2.2%) were found. The majority (66.7%) isolates were related to the brazilian epidemic clone (CEB)/CC8/SCCmec III, which prevailed between 2005 and 2008, while the USA100/CC5/SCCmec lineage II emerged in 2007 and was more frequent in 2009 and 2010 in the ICU. The strains carrying the SCCmec type IV (USA400/CC1 and USA800/CC5 lineages) and I (USA500/CC5) were also detected. Our data are highly relevant to surveillance systems enabled map on a larger scale the dynamic movement of ORSA and raise discussions on containment strategies and rational use of empirical chemotherapy.

Listeria monocytogenes é um importante patógeno de origem alimentar que causa listeriose, infecção severa que acomete, principalmente, gestantes, idosos, crianças e imunocomprometidos, e que apresenta elevada taxa de mortalidade. A bactéria está amplamente distribuída no ambiente e é comumente encontrada em produtos cárneos. O presente estudo teve como objetivos caracterizar 439 isolados de L. monocytogenes obtidos de salsicha bovina e produtos cárneos crus (carne moída, linguiça suína e coxa de frango) refrigerados, adquiridos no comércio do município de São Paulo, e previamente submetidos à sorotipagem molecular. Os isolados foram caracterizados quanto ao perfil de susceptibilidade antimicrobiana; presença dos genes de virulência actA, inlA, inlC, inlJ, prfA, iap, hly, plcA, plcB e mpl; perfil genético por eletroforese em campo pulsado (PFGE) e sequenciamento parcial dos genes actA e lmo0737. Baixa frequência de resistência antimicrobiana (0,5%) foi observada entre os 416 isolados avaliados. Um isolado pertencente ao sorogrupo 1 apresentou resistência à penicilina e à clindamicina e outro identificado como 4a ou 4c apresentou resistência à tetraciclina. Todos os isolados foram positivos para os genes de virulência testados. O sequenciamento parcial do gene actA mostrou a ocorrência de 14 sequências de nucleotídeos distintas nos 97 isolados avaliados. Além disso, verificou-se a ocorrência de uma deleção de 35 aminoácidos no gene actA em 36 isolados, além de substituições de nucleotídeos que resultaram em mutações nas sequências de aminoácidos da grande maioria dos isolados. A análise filogenética do gene actA possibilitou o agrupamento dos isolados em duas linhagens distintas (I e II). Os resultados do PFGE indicaram grande variabilidade nos perfis genéticos dos isolados analisados, principalmente naqueles pertencentes aos grupos 2 (1/2c e 3c), 3 (1/2b e 3b) e 4 (4b, 4d e 4e). Os resultados deste estudo mostram que os isolados de L. monocytogenes provenientes de salsicha bovina e produtos cárneos crus comercializados no município de São Paulo, apresentam grande diversidade genética, importante potencial de virulência e baixa frequência de resistência antimicrobiana. A diversidade observada deve-se, provavelmente, à característica ubíqua deste micro-organismo, tornando-o mais susceptível a grande pressão seletiva do ambiente. / Listeria monocytogenes is an important foodborne pathogen that causes listeriosis, a severe infection that affects primarily pregnant women, elderly, children and imunocompromised individuals, and has a high mortality rate. The bacteria is widely distributed in the environment and commonly found in meat products. The present study aimed to characterize 439 isolates of L. monocytogenes obtained from pork sausage and raw chilled meat products (ground beef, beef sausage, and chicken thigh) purchased in supermarkets in the city of São Paulo, and previously submitted to molecular serotyping. The isolates were characterized for antimicrobial susceptibility profile; presence of virulence genes actA, inlA, inlC, inlJ, prfA, iap, hly, plcA, plcB and mpl; genetic profile by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and partial sequencing of genes actA and lmo0737. A low frequency of antimicrobial resistance (0.5%) was observed among the 416 evaluated isolates. One isolate belonging to serogroup 1 presented resistance to clindamycin and penicillin and another one identified as 4a or 4c was resistant to tetracycline. All isolates were positive for the tested virulence genes. The partial sequencing of the gene actA indicated the occurrence of 14 distinct nucleotide sequences in the 97 isolates tested. Furthermore, a deletion of 35 amino acids in the actA gene was detected in 36 isolates, and nucleotide substitutions that resulted in amino acid changes in the sequences of most isolates. Phylogenetic analysis of the actA gene clustered the isolates in two distinct lineages (I and II). Results of PFGE indicated a great genetic variability among isolates, especially among those belonging to groups 2 (1/2c and 3c), 3 (1/2b and 3b) and 4 (4b, 4d and 4e). The results of this study show that isolates of L. monocytogenes from pork sausage and raw meat products marketed in the city of São Paulo present a great genetic diversity, significant virulence potential and low frequency of antimicrobial resistance. The detected diversity is probably due the ubiquitous nature of these microorganisms, making them more susceptible to selective pressure of the environment.

Orientador: Pasqual Barretti / Resumo: Peritonite por bacilos Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) é complicação importante da diálise peritoneal (DP), com curso clínico grave e elevada taxa de falência do método. Fatores associados à virulência, resistência antimicrobiana, formação de biofilme, entre outros, têm sido relatados, mas o limitado conjunto de evidências não permite concluir sobre os fatores responsáveis pelo pior curso clínico dessas infecções. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência das características microbiológicas, das condições clínicas do paciente e do tratamento na evolução de peritonites por BGNNF, ocorridas num único centro, em período de 18 anos. A sensibilidade in vitro aos antimicrobianos, produção de biofilme, além da análise do perfil clonal das bactérias pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado foram realizadas em todos os isolados bacterianos. Foram pesquisados genotipicamente, em isolados de Pseudomonas aeruginosa, a presença de marcadores de virulência (alginato, exoenzima S, fosfolipases C, exotoxina A, protesase alcalina, elastase e ramnolipídeos). Associações entre as características microbiológicas do paciente e tratamento com a taxa de resolução da peritonite foram estudadas. A espécie mais frequente foi Pseudomonas aeruginosa (45,59%), seguida por isolados do complexo Acinetobacter baumannii (17,65%). O estudo dos fatores de virulência da Pseudomonas aeruginosa revelou a presença de fatores de virulência em 100% dos casos, exceto exoenzima S (58,33%)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Peritonitis due to non-fermentative Gram-negative bacilli (NFGNB) is a serious complication of peritoneal dialysis (PD), with a severe clinical course and high technique failure rate. Factors as bacterial virulence, antimicrobial resistance, biofilm formation, among others, have been reported, but the limited amount of evidence does not allow to conclude on the factors responsible for the worst clinical course of these infections. The objective of this study was to evaluate the influence of the microbiological characteristics, patients conditions, and treatment on evolution of peritonitis episodes at a single center in an 18 - year period. In vitro susceptibility, biofilm production, and clonal profile analysis of bacteria by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) were performed in all isolates. The presence of virulence markers (alginate, exoenzyme S, phospholipases C, exotoxin A, alkaline protease, elastase, and ramnolipids) was genotyped in bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa. From the data referring to the patient and causal agent, associations between the microbiological, patient characteristics, and treatment on the resolution rate of peritonitis were analyzed. The most frequent species was Pseudomonas aeruginosa (45.59%), followed by Acinetobacter baumannii complex (17.65%). The study of the virulence factors of Pseudomonas aeruginosa revealed the presence of virulence factors in 100% of the cases, except for exonzyme S (58.33%) and hemolytic phospholipase C ... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Listeria monocytogenes é um importante patógeno de origem alimentar que causa listeriose, infecção severa que acomete, principalmente, gestantes, idosos, crianças e imunocomprometidos, e que apresenta elevada taxa de mortalidade. A bactéria está amplamente distribuída no ambiente e é comumente encontrada em produtos cárneos. O presente estudo teve como objetivos caracterizar 439 isolados de L. monocytogenes obtidos de salsicha bovina e produtos cárneos crus (carne moída, linguiça suína e coxa de frango) refrigerados, adquiridos no comércio do município de São Paulo, e previamente submetidos à sorotipagem molecular. Os isolados foram caracterizados quanto ao perfil de susceptibilidade antimicrobiana; presença dos genes de virulência actA, inlA, inlC, inlJ, prfA, iap, hly, plcA, plcB e mpl; perfil genético por eletroforese em campo pulsado (PFGE) e sequenciamento parcial dos genes actA e lmo0737. Baixa frequência de resistência antimicrobiana (0,5%) foi observada entre os 416 isolados avaliados. Um isolado pertencente ao sorogrupo 1 apresentou resistência à penicilina e à clindamicina e outro identificado como 4a ou 4c apresentou resistência à tetraciclina. Todos os isolados foram positivos para os genes de virulência testados. O sequenciamento parcial do gene actA mostrou a ocorrência de 14 sequências de nucleotídeos distintas nos 97 isolados avaliados. Além disso, verificou-se a ocorrência de uma deleção de 35 aminoácidos no gene actA em 36 isolados, além de substituições de nucleotídeos que resultaram em mutações nas sequências de aminoácidos da grande maioria dos isolados. A análise filogenética do gene actA possibilitou o agrupamento dos isolados em duas linhagens distintas (I e II). Os resultados do PFGE indicaram grande variabilidade nos perfis genéticos dos isolados analisados, principalmente naqueles pertencentes aos grupos 2 (1/2c e 3c), 3 (1/2b e 3b) e 4 (4b, 4d e 4e). Os resultados deste estudo mostram que os isolados de L. monocytogenes provenientes de salsicha bovina e produtos cárneos crus comercializados no município de São Paulo, apresentam grande diversidade genética, importante potencial de virulência e baixa frequência de resistência antimicrobiana. A diversidade observada deve-se, provavelmente, à característica ubíqua deste micro-organismo, tornando-o mais susceptível a grande pressão seletiva do ambiente. / Listeria monocytogenes is an important foodborne pathogen that causes listeriosis, a severe infection that affects primarily pregnant women, elderly, children and imunocompromised individuals, and has a high mortality rate. The bacteria is widely distributed in the environment and commonly found in meat products. The present study aimed to characterize 439 isolates of L. monocytogenes obtained from pork sausage and raw chilled meat products (ground beef, beef sausage, and chicken thigh) purchased in supermarkets in the city of São Paulo, and previously submitted to molecular serotyping. The isolates were characterized for antimicrobial susceptibility profile; presence of virulence genes actA, inlA, inlC, inlJ, prfA, iap, hly, plcA, plcB and mpl; genetic profile by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) and partial sequencing of genes actA and lmo0737. A low frequency of antimicrobial resistance (0.5%) was observed among the 416 evaluated isolates. One isolate belonging to serogroup 1 presented resistance to clindamycin and penicillin and another one identified as 4a or 4c was resistant to tetracycline. All isolates were positive for the tested virulence genes. The partial sequencing of the gene actA indicated the occurrence of 14 distinct nucleotide sequences in the 97 isolates tested. Furthermore, a deletion of 35 amino acids in the actA gene was detected in 36 isolates, and nucleotide substitutions that resulted in amino acid changes in the sequences of most isolates. Phylogenetic analysis of the actA gene clustered the isolates in two distinct lineages (I and II). Results of PFGE indicated a great genetic variability among isolates, especially among those belonging to groups 2 (1/2c and 3c), 3 (1/2b and 3b) and 4 (4b, 4d and 4e). The results of this study show that isolates of L. monocytogenes from pork sausage and raw meat products marketed in the city of São Paulo present a great genetic diversity, significant virulence potential and low frequency of antimicrobial resistance. The detected diversity is probably due the ubiquitous nature of these microorganisms, making them more susceptible to selective pressure of the environment.

Além de micro-organismos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos, a presença de bactérias resistentes a antimicrobianos deve ser monitorada para garantir a inocuidade da carne suína. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de Salmonella enterica e Listeria monocytogenes em amostras de fezes e carcaças suínas, e avaliar a resistência a antimicrobianos entre isolados de Escherichia coli provenientes das mesmas origens. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos localizados no Estado de Santa Catarina. Em cada ciclo, fezes colhidas a partir do piso da pocilga de espera, e suabes de superfície de 14 carcaças no pré-resfriamento foram amostrados em três lotes abatidos. As amostras foram analisadas quanto à presença dos gêneros Salmonella e Listeria e foi determinada a média de coliformes totais nas carcaças em cada ciclo de amostragem. Isolados de E. coli foram avaliados quanto à frequência de resistência a antimicrobianos pelo método de difusão em ágar. Das fezes colhidas 83,33% (15/18) apresentaram Salmonella sp., e 5,5% (1/18) L. monocytogenes. Do total de 252 carcaças, 27,38% (69/252) foram positivas para Salmonella sp. e 19,84% (50/252) para L. monocytogenes. Em 3,17% (8/252) carcaças houve o isolamento concomitante dos dois patógenos. Os isolados de Salmonella foram classificados em dez sorovares distintos, predominando S. Typhimurium nas fezes e S. Derby nas carcaças. A média de coliformes totais nas carcaças variou de 5,27x101 a 9,73x103. Em relação ao teste de resistência frente a antimicrobianos realizado em isolados de E. coli, observou-se maior frequência de resistência em isolados de fezes do que nos originados de carcaças, com diferença significativa para tetraciclina (P<0,001), ampicilina (P<0,001) e sulfonamida (P=0,022). Entre os matadouros-frigoríficos, houve diferença na frequência de isolados resistentes para florfenicol e gentamicina (P<0,05) em isolados de fezes, e para ácido nalidíxico, sulfonamida e tetraciclina (P<0,05) em isolados de carcaça. A elevada frequência de resistência a princípios ativos utilizados na suinocultura indicam pressão de seleção exercida pelo uso indiscriminado de antimicrobianos e podem resultar na co-seleção de genes de resistência localizados em cassetes gênicos. Os isolados multi-resistentes foram mais presentes nas fezes quando comparados com carcaças (P<0,001), sugerindo que há diminuição da frequência de isolados resistentes ao longo do processo de abate. Com os resultados obtidos no presente estudo, conclui-se que maior atenção deve ser dispensada ao monitoramento das etapas do abate para identificar possíveis falhas que estão determinando a presença de carcaças contaminadas na fase de pré-resfriamento, além da necessidade do uso mais prudente dos antimicrobianos na suinocultura. / Besides the contamination of pig carcasses with food borne pathogens, the presence of bacteria resistant to antimicrobials represent a new hazard that should be monitored in order to ensure the safety of pork. This study aimed at determining the frequency of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes in samples of swine feces and carcasses, and at evaluating antimicrobial resistance among isolates of Escherichia coli from the same origin. Two cycles of sampling were carried out in three slaughterhouses located in the State of Santa Catarina. For each cycle, feces collected from the floor of the pen, and surface swabs of 14 carcasses at the pre-chill were sampled in three slaughtered batches. The samples were analyzed for the presence of Salmonella and Listeria, and the average of total coliforms on carcasses in each sampling cycle was determined. Isolates of E. coli were evaluated for the frequency of antimicrobial resistance by the agar diffusion method. Out of the feces collected 83.33% (15/18) had Salmonella sp., and 5.5% (1/18) L. monocytogenes. Out of the total of 252 carcasses, 19.84% (50/252) were positive for Salmonella sp. and 27.38% (69/252) for L. monocytogenes. In 3.96% (10/252) carcasses both pathogens were isolated. Salmonella isolates were classified in ten serovars, predominantly S. Typhimurium in the feces and S. Derby on the carcasses. The average of total coliforms on carcasses varied between 5.27x101 to 9.73x103. Regarding the antimicrobial resistance tests carried out in isolates of E. coli, we observed a higher frequency of resistance in isolates from feces than from carcasses, with a significant difference for tetracycline (P<0.001), ampicillin (P<0.001) and sulfonamide (P=0.022). Among the slaughterhouses, there were differences in the frequency of resistance against florfenicol and gentamicin (P<0.05) in isolates from feces, and against nalidixic acid, sulfonamide and tetracycline (P<0.05) in isolated from carcasses. The high frequencies of resistance to drugs used in swine production indicate selection pressure exerted by the indiscriminate use of antibiotics and may result from co-selection of resistance genes located in gene cassettes. Multi-resistant isolates were more frequent in the feces compared to carcasses (P<0.001), suggesting that there is a decrease in the frequency of resistant isolates during the slaughter process. From the results obtained in this study, it is concluded that more attention should be paid to monitoring the stages of the slaughter in order to identify possible flaws that are causing the presence of contaminated carcasses at the pre-chill, as well as the need for more prudent use of antimicrobials in swine production.