Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-18T18:53:21Z No. of bitstreams: 1 Vivian Galvão. Caracterizaçao de cepas...2012.pdf: 1132531 bytes, checksum: c5a7374a74f6f74d8bd7cc7573c224f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-18T18:53:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vivian Galvão. Caracterizaçao de cepas...2012.pdf: 1132531 bytes, checksum: c5a7374a74f6f74d8bd7cc7573c224f5 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / A doença pneumocócica invasiva (DPI) continua sendo uma das principais causas de morbidade e mortalidade no mundo, mesmo com a disponibilidade atual de terapias antimicrobianas e vacinas conjugadas. O objetivo desse estudo foi caracterizar o perfil fenotípico e genotípico das cepas invasivas de Streptococcus pneumoniae isoladas de diferentes sítos de infecção que circulam em hospitais públicos e privados da cidade de Salvador-Brasil no período de janeiro de 2008 a julho de 2011. Os isolados de S. pneumoniae de doença invasiva foram identificados por métodos microbiológicos clássicos e submetidos à determinação capsular através da técnica de Multiplex-PCR. A sensibilidade aos antimicrobianos foi determinada pela técnica de microdiluição em caldo. A caracterização genotípica foi realizada por PFGE e MLST. No período do estudo foram identificados 75 casos de DPI com cultura positiva, sendo 82,7% provenientes de hemocultura, 9,3% de líquido pleural e 8,0% de líquor. As crianças representaram 37,9% e os idosos 24,0% da população em estudo. Os sorotipos mais prevalentes foram o 14 (14,7%), 19F (13,3%), 6B (10,7%), 23F (9,3%), 3 (9,3%) e 19A (6,7%). Um total de 57,3% dos sorotipos identificados estão representados na vacina PCV10. Não-susceptibilidade à penicilina (CIM ≥ 4μg/mL) foi observada em 5,3% dos isolados. Para o SMX-TMP, tetraciclina e eritromicina, os índices de não-susceptibilidade foram de 55%, 15% e 11%, respectivamente. A tipagem por PFGE classificou 61,3% dos isolados de DPI como não-clonais e 29 (38,7%) em 10 perfis clonais. Quando comparados aos isolados de meningite isolados no Hospital Couto Maia, 22,7% apresentaram perfis semelhantes, que foram distribuídos em seis grupos clonais (quatro grupos clonais com isolados não-susceptíveis à penicilina e dois sensíveis). Foram encontrados 22 STs diferentes entre as 26 amostras caracterizadas por MLST. Quando comparado aos clones já caracterizados pelo PMEN, verificou-se que na cidade de Salvador circulam clones já identificados em outros países, a exemplo dos clones: Colombia23F-26 (SLV 338), Portugal19F-21 (ST 177), Spain9V-3 (SLV 156) e Netherlands3-31 (ST 180). Os isolados de pneumococos deste estudo apresentam maior taxa de resistência, incluindo resistência a múltiplas drogas quando comparados aos dos casos de meningite identificados em casos de meningite, com exceção da penicilina. Embora os clones mais frequentemente associados aos casos de meningite pneumocócia em Salvador tenham sido identificados nesta casuistica, os isolados de pneumococos provenientes de outras formas de doença invasiva apresentaram uma maior diversidade fenotípica e genotípica, ressaltando a importância do monitoramento contínuo das cepas invasivas nas diferentes manifestações da doença pneumocócica no tempo das vacinas conjugadas. / Invasive pneumococcal disease (IPD) remains one of the major causes of morbidity and mortality worldwide, even with the current availability of antimicrobial therapies and conjugate vaccines. The objective of the present study was to characterize the phenotypic and genotypic profiles of invasive pneumococcal isolates obtained from patients admitted to public and private hospitals in Salvador, from the period of Jan/2008 to Jul/2011. The pneumococcal isolates from invasive disease were identified by classical microbiological methods and submitted to capsular deduction by multiplex-PCR. The antimicrobial susceptibility was performed by broth microdilution method. The genotypic profile was accessing by PFGE and MLST. During the study period, 75 consecutive culture-positive cases of IPD were characterized, being 82.7% from blood, 9.3% from pleural fluid and 8.0% from CSF. The study population comprised of 37.9% of children (under 5 years old) and 24.0% of elderly (upper 64 years old). The most prevalent serotypes were: 14 (14.7%), 19F (13.3%), 6B (10.7%), 23F (9.3%), 3 (9.3%) and 19A (6.7%). A total of 57.3% of the serotypes identified are represented in the vaccine PCV10. Non-susceptibility to penicillin (MIC ≥ 4μg/mL) was observed in 5.3% of the isolates. The non-susceptibility rate for SMX-TMP, tetracycline and erythromycin was found in 55%, 15% and 11% of the isolates, respectively. The PFGE pattern analysis classified 61.3% of IPD isolates as non-clonal and 29 (38.7%) isolates were clustered in ten PFGE profiles. When the clonal strains were compared with pneumococcal meningitis isolates from Hospital Couto Maia, 22.7% showed similar profiles by PFGE, being distributed into six clonal groups (four clonal groups of penicillin non-susceptible and two of penicillin susceptible). Twenty-two STs were observed among the 26 samples characterized by MLST. When compared to already characterized PMEN clones, it was found that some circulating clones in the city of Salvador have been identified in other countries, such as: Colombia23F-26 (SLV 338), Portugal19F-21 (ST 177), Spain9V-3 (SLV 156) and Netherlands3-31 (ST 180). The pneumococcal strains in the study have a higher rate of resistance, including multidrug resistance when compared to cases of meningitis identified in the HCM, except for penicillin. Although the clones most frequently associated with cases of meningitis in Salvador have been identified in this study, isolates of pneumococci from other forms of IPD had a higher phenotypic and genotypic diversity, highlighting the importance of continuous monitoring of invasive strains in different manifestations of pneumococcal infection in the time of conjugate vaccines.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-25Bitstream added on 2014-06-13T20:56:24Z : No. of bitstreams: 1 caliman_mcw_me_jabo.pdf: 1793732 bytes, checksum: 2e6b8864381cb4eeeb7aba6bc8d4c882 (MD5) / A resistência antimicrobiana em bactérias de origem animal tem se caracterizado como importante problema de saúde pública. No Brasil, muitos trabalhos têm verificado a presença de fatores de virulência e resistência em cepas de Escherichia coli isoladas de animais de produção, porém há poucos estudos avaliando estes aspectos em animais de companhia. O presente trabalho verificou o perfil de sensibilidade microbiana e a presença dos genes codificadores de adesinas (pap, sfa, afa), de intimina (eae) e de Shiga toxina (stx1, stx2) em cepas fecais de E. coli obtidas através de swabs retais de gatos diarréicos e de saudáveis, e em cepas urinárias de gatos com sintomas de infecção do trato urinário (ITU) apresentados para consultas e vacinação em clínicas veterinárias da região de Ribeirão Preto. Entre Janeiro e dezembro de 2009 foram isoladas 205 cepas de E. coli que foram caracterizadas quanto à presença de genes codificadores de fatores de virulência por PCR e sensibilidade microbiana pelo método de difusão em discos. O gene sfa ocorreu em maior abundância (35,6%) sendo mais freqüente entre animais com diarréia e ITU que entre os saudáveis. O gene eae foi verificado apenas entre os diarréicos (2,4%) e sempre associado ao sfa. O gene pap ocorreu em todos os grupos (22,43%). Genes stx1,stx2 e afa não foram encontrados. As resistências predominantemente observadas foram para cefalotina (42,1%), tetraciclina (20%) e ampicilina (15,8%) entre os isolados dos gatos diarréicos enquanto nos dos saudáveis as resistências mais freqüentes foram tetraciclina (30,5%), cotrimoxazol (17,9%) e ampicilina (20,0%). Gatos com ITU apresentaram maiores resistências para ampicilina (46,7%), cefalotina (13,3%) e ácido nalidíxico (13,3%). Multiresistência foi encontrada... / Antimicrobial resistance in animal origin bacteria has been characterized as an important public health problem. In Brazil, many studies have verified the presence of antimicrobial virulence factors and resistance in strains of Escherichia coli isolated from livestock, however there are few studies evaluating these aspects in pets. The current work verified the sensibility profile and the presence of genes encoding adhesins (pap, sfa, afa) intimin (eae) and Shiga toxin (stx1, stx2) in E. coli fecal strains obtained from rectal swabs from diarrheic and healthy cats and urinary strains from cats with symptoms of urinary tract infection (UTI) presented to be consulted and get vaccination in veterinary clinics in the region of Ribeirão Preto. Between January and December 2009 were isolated 205 strains of E. coli that have been characterized for the presence of genes encoding virulence factors by PCR and microbial sensitibility by disc diffusion method. The sfa gene occurred in greatest abundance (35.6%) was more common among animals with diarrhea and UTI than among the healthy. The eae gene was found only among diarrheic (2.4%) and always associated with sfa. The pap gene occurred in all groups (22.43%). Genes stx1, stx2 and afa were not found. The predominantly observed resistance was to cephalothin (42.1%), tetracycline (20%) and ampicillin (15.8%) among the isolates from diarrheic cats while in the healthy the tetracycline resistance was most frequent (30.5%), allowed by cotrimoxazol (17.9%) and ampicillin (20.0%). Cats with UTI showed greater resistance to ampicillin (46.7%), cephalothin (13.3%) and nalidixic acid (13.3%). Multidrug resistance was found in 8.4%, 17.9% and 33.3% of strains isolated from diarrheic healthy and with symptoms of UTI cats, respectively. The phenotype of resistance extended to beta-lactams (ESBL) was not... (Summary complete electronic access click below)

Submitted by Ana Cláudia Moro Lima dos Santos (anna.moro@hotmail.com) on 2018-05-07T20:15:18Z No. of bitstreams: 1 Dissertaçãofinal.pdf: 1989003 bytes, checksum: c02493762a88023038e4fc08eea12f1c (MD5) / Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-05-09T16:37:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 santos_acml_me_bot.pdf: 1989003 bytes, checksum: c02493762a88023038e4fc08eea12f1c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-09T16:37:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 santos_acml_me_bot.pdf: 1989003 bytes, checksum: c02493762a88023038e4fc08eea12f1c (MD5) Previous issue date: 2018-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Peritonite por bacilos Gram-negativos não fermentadores (BGNNF) é complicação importante da diálise peritoneal (DP), com curso clínico grave e elevada taxa de falência do método. Fatores associados à virulência, resistência antimicrobiana, formação de biofilme, entre outros, têm sido relatados, mas o limitado conjunto de evidências não permite concluir sobre os fatores responsáveis pelo pior curso clínico dessas infecções. O objetivo deste trabalho foi avaliar a influência das características microbiológicas, das condições clínicas do paciente e do tratamento na evolução de peritonites por BGNNF, ocorridas num único centro, em período de 18 anos. A sensibilidade in vitro aos antimicrobianos, produção de biofilme, além da análise do perfil clonal das bactérias pela técnica de eletroforese em gel de campo pulsado foram realizadas em todos os isolados bacterianos. Foram pesquisados genotipicamente, em isolados de Pseudomonas aeruginosa, a presença de marcadores de virulência (alginato, exoenzima S, fosfolipases C, exotoxina A, protesase alcalina, elastase e ramnolipídeos). Associações entre as características microbiológicas do paciente e tratamento com a taxa de resolução da peritonite foram estudadas. A espécie mais frequente foi Pseudomonas aeruginosa (45,59%), seguida por isolados do complexo Acinetobacter baumannii (17,65%). O estudo dos fatores de virulência da Pseudomonas aeruginosa revelou a presença de fatores de virulência em 100% dos casos, exceto exoenzima S (58,33%) e fosfolipase C não hemolítica (87,5%). Houve elevada proporção de BGNNF resistentes aos antimicrobianos testados, em particular à amicacina (36,73%) e à ciprofloxacina (44,9%), sendo que a sensibilidade aos betalactâmicos esteve acima de 70%. Observou-se elevada proporção de isolados produtores de biofilme (73,08%). Os resultados da tipagem por PFGE revelaram um perfil policlonal para a maioria dos isolados, entretanto para isolados do complexo Acinetobacter baumannii a análise revelou um cluster, entre 2000-2008, com perfil de multiresistência aos antimicrobianos, sugerindo fonte hospitalar. A evolução dos episódios mostrou reduzida taxa de cura (35,29%). A sensibilidade à amicacina e cefepime, se associaram de modo independente à maior chance de cura, enquanto a presença concomitante de infecção do óstio de saída do cateter de DP foi preditor independente de não resolução do episódio. Não se observaram associações entre fatores de virulência, produção de biofilme e características do paciente e tratamento com o desfecho dos episódios. Em conclusão, peritonites em DP, por BGNNF, são infecções com reduzida taxa de cura; a resistência bacteriana é fator associado à menor chance de resolução e peritonite por bactérias do gênero Acinetobacter spp. podem representar infecção grave, potencialmente de origem hospitalar, o que deve fazer redobrar os cuidados quanto ao seu manejo clínico. / Peritonitis due to non-fermentative Gram-negative bacilli (NFGNB) is a serious complication of peritoneal dialysis (PD), with a severe clinical course and high technique failure rate. Factors as bacterial virulence, antimicrobial resistance, biofilm formation, among others, have been reported, but the limited amount of evidence does not allow to conclude on the factors responsible for the worst clinical course of these infections. The objective of this study was to evaluate the influence of the microbiological characteristics, patients conditions, and treatment on evolution of peritonitis episodes at a single center in an 18 - year period. In vitro susceptibility, biofilm production, and clonal profile analysis of bacteria by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) were performed in all isolates. The presence of virulence markers (alginate, exoenzyme S, phospholipases C, exotoxin A, alkaline protease, elastase, and ramnolipids) was genotyped in bacterial isolates of Pseudomonas aeruginosa. From the data referring to the patient and causal agent, associations between the microbiological, patient characteristics, and treatment on the resolution rate of peritonitis were analyzed. The most frequent species was Pseudomonas aeruginosa (45.59%), followed by Acinetobacter baumannii complex (17.65%). The study of the virulence factors of Pseudomonas aeruginosa revealed the presence of virulence factors in 100% of the cases, except for exonzyme S (58.33%) and hemolytic phospholipase C (87.5%). There was a high proportion of antimicrobial resistant, in particular to amikacin (36.73%) and ciprofloxacin (44.9%), with sensitivity to betalactam above 70%. A high (73.08%) proportion of biofilm producing isolates was observed. The results of the PFGE typing revealed a polyclonal profile for most of the isolates; however, for the Acinetobacter baumannii complex species the analysis revealed a cluster at interval from 2000 to 2008, with antimicrobial multi resistance profile, suggest that peritonitis by this agent had a hospital source. The evolution of the episodes showed a reduced resolution rate (35.29%). The susceptibility to amikacin and to cefepime were independently associated with a higher odds of resolution, while the concomitant presence of PD catheter exit site infection was an independent predictor of non-resolution. In conclusion, peritonitis due to NFGNB in PD are infections with reduced resolution rate; bacterial resistance is an independent predictor of lower odds of resolution. Peritonitis by Acinetobacter spp. can represent serious / 64736017.2.0000.5411

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objective was to determine the antimicrobial resistance and to identify the ribotypes of 96 Salmonella strains isolated from poultry plants with complete production cycle to establish their profile dissemination. The highest percentages of resistance were to sulfonamide (56.25%), tetracycline (53.12%) and amoxicillin (31.25%), while 28.13% of the isolates were sensitive to all antibiotics tested. The profiles of multidrug resistance were observed in 28 strains (29.17%) of serovar Minnesota. In MIC were found strains at concentrations above the maximum (tetracycline >256 μg/mL - 7; sulfamethoxazole >1024 μg/mL - 45; amoxicillin >256μg/mL - 16). The ribotyping identified 63/96 strains. Of the samples tested, 21 were identified as Minnesota and grouped into six ribotypes, and the 208-S-8 was the most prevalent with 11 identifications (52.38%). Fourteen samples of S. Infantis were grouped into seven ribogroups, and the 337-S-2 was the most prevalent, 8/14 (57.14%). Two samples of S. Schwarzengrund and two S. Newport were grouped in the ribogroups 208-S-4 and 204-S-7, respectively. The multidrug resistance of S. Minnesota alert to the needing of implements systematic monitoring of antimicrobial resistance in zoonotic bacteria. The MIC above the maximum concentration suggests that these bacteria may have changed with the emergence of acquired resistance. The results emphasize the needing for responsible use of antibiotics in animal production, especially those used in human medicine. The high prevalence of ribogroup 208-S-8 (S. Minnesota) and 337-S-2 (S. Infantis) characterizes the clonal spread of these serovars, isolated from the farm until slaughter. These results indicate that positive birds at the farm contribute to contamination of carcasses at the slaughterhouse. The identification of clonal strains may establish the epidemiological link between isolates of Salmonella, thereby determining the stage of the chain of industrial production of broiler chickens that contributes to the contamination of the final product. / Objetivou-se determinar a resistência antimicrobiana e identificar os ribotipos de 96 cepas de Salmonella isoladas em plantéis avícolas com ciclo completo de produção para estabelecer seu perfil de disseminação. Os maiores percentuais de resistência foram para sulfonamida (56,25%), tetraciclina (53,12%) e amoxacilina (31,25%), enquanto 28,13% dos isolados foram sensíveis a todos antibióticos. Perfis de multiresistência foram observados para 28 cepas (29,17%) do sorovar Minnesota. Na CIM encontraram-se cepas com concentração acima da máxima (tetraciclina >256 μg/mL - 7; sulfametoxazol >1024 μg/mL - 45; amoxacilina >256 μg/mL - 16). A ribotipagem identificou 63/96 cepas. Das amostras testadas, 21 foram identificadas como Minnesota e agrupadas em seis ribotipos, sendo o 208-S-8 o mais prevalente com 11 identificações (52,38%). Quatorze amostras de S. Infantis foram agrupadas em sete ribogrupos, sendo o 337-S-2 o mais prevalente, 8/14 (57,14%). Duas amostras de S. Schwarzengrund e duas de S. Newport foram agrupadas nos ribogrupos 208-S-4 e 204-S-7, respectivamente. A multirresistência de S. Minnesota alerta para a necessidade de uma monitoria sistemática da resistência antimicrobiana em bactérias zoonóticas. A CIM acima da concentração máxima sugere que essas bactérias podem ter sofrido alterações com o surgimento de resistência adquirida. Os resultados reforçam a necessidade do uso responsável de antibióticos na produção animal, principalmente daqueles usados na medicina humana. A alta prevalência do ribogrupo 208-S-8 (S. Minnesota) e 337-S-2 (S. Infantis) caracteriza a disseminação clonal destes sorovares, isolados desde o ambiente de criação até o abate. Estes resultados indicam que aves positivas na granja contribuem para a contaminação das carcaças no abatedouro. A identificação de cepas clonais permite estabelecer o elo epidemiológico existente entre isolados de Salmonella, determinando assim a etapa da cadeia de produção industrial do frango de corte que contribui para a contaminação do produto final. / Mestre em Ciências Veterinárias

Além de micro-organismos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos, a presença de bactérias resistentes a antimicrobianos deve ser monitorada para garantir a inocuidade da carne suína. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de Salmonella enterica e Listeria monocytogenes em amostras de fezes e carcaças suínas, e avaliar a resistência a antimicrobianos entre isolados de Escherichia coli provenientes das mesmas origens. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos localizados no Estado de Santa Catarina. Em cada ciclo, fezes colhidas a partir do piso da pocilga de espera, e suabes de superfície de 14 carcaças no pré-resfriamento foram amostrados em três lotes abatidos. As amostras foram analisadas quanto à presença dos gêneros Salmonella e Listeria e foi determinada a média de coliformes totais nas carcaças em cada ciclo de amostragem. Isolados de E. coli foram avaliados quanto à frequência de resistência a antimicrobianos pelo método de difusão em ágar. Das fezes colhidas 83,33% (15/18) apresentaram Salmonella sp., e 5,5% (1/18) L. monocytogenes. Do total de 252 carcaças, 27,38% (69/252) foram positivas para Salmonella sp. e 19,84% (50/252) para L. monocytogenes. Em 3,17% (8/252) carcaças houve o isolamento concomitante dos dois patógenos. Os isolados de Salmonella foram classificados em dez sorovares distintos, predominando S. Typhimurium nas fezes e S. Derby nas carcaças. A média de coliformes totais nas carcaças variou de 5,27x101 a 9,73x103. Em relação ao teste de resistência frente a antimicrobianos realizado em isolados de E. coli, observou-se maior frequência de resistência em isolados de fezes do que nos originados de carcaças, com diferença significativa para tetraciclina (P<0,001), ampicilina (P<0,001) e sulfonamida (P=0,022). Entre os matadouros-frigoríficos, houve diferença na frequência de isolados resistentes para florfenicol e gentamicina (P<0,05) em isolados de fezes, e para ácido nalidíxico, sulfonamida e tetraciclina (P<0,05) em isolados de carcaça. A elevada frequência de resistência a princípios ativos utilizados na suinocultura indicam pressão de seleção exercida pelo uso indiscriminado de antimicrobianos e podem resultar na co-seleção de genes de resistência localizados em cassetes gênicos. Os isolados multi-resistentes foram mais presentes nas fezes quando comparados com carcaças (P<0,001), sugerindo que há diminuição da frequência de isolados resistentes ao longo do processo de abate. Com os resultados obtidos no presente estudo, conclui-se que maior atenção deve ser dispensada ao monitoramento das etapas do abate para identificar possíveis falhas que estão determinando a presença de carcaças contaminadas na fase de pré-resfriamento, além da necessidade do uso mais prudente dos antimicrobianos na suinocultura. / Besides the contamination of pig carcasses with food borne pathogens, the presence of bacteria resistant to antimicrobials represent a new hazard that should be monitored in order to ensure the safety of pork. This study aimed at determining the frequency of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes in samples of swine feces and carcasses, and at evaluating antimicrobial resistance among isolates of Escherichia coli from the same origin. Two cycles of sampling were carried out in three slaughterhouses located in the State of Santa Catarina. For each cycle, feces collected from the floor of the pen, and surface swabs of 14 carcasses at the pre-chill were sampled in three slaughtered batches. The samples were analyzed for the presence of Salmonella and Listeria, and the average of total coliforms on carcasses in each sampling cycle was determined. Isolates of E. coli were evaluated for the frequency of antimicrobial resistance by the agar diffusion method. Out of the feces collected 83.33% (15/18) had Salmonella sp., and 5.5% (1/18) L. monocytogenes. Out of the total of 252 carcasses, 19.84% (50/252) were positive for Salmonella sp. and 27.38% (69/252) for L. monocytogenes. In 3.96% (10/252) carcasses both pathogens were isolated. Salmonella isolates were classified in ten serovars, predominantly S. Typhimurium in the feces and S. Derby on the carcasses. The average of total coliforms on carcasses varied between 5.27x101 to 9.73x103. Regarding the antimicrobial resistance tests carried out in isolates of E. coli, we observed a higher frequency of resistance in isolates from feces than from carcasses, with a significant difference for tetracycline (P<0.001), ampicillin (P<0.001) and sulfonamide (P=0.022). Among the slaughterhouses, there were differences in the frequency of resistance against florfenicol and gentamicin (P<0.05) in isolates from feces, and against nalidixic acid, sulfonamide and tetracycline (P<0.05) in isolated from carcasses. The high frequencies of resistance to drugs used in swine production indicate selection pressure exerted by the indiscriminate use of antibiotics and may result from co-selection of resistance genes located in gene cassettes. Multi-resistant isolates were more frequent in the feces compared to carcasses (P<0.001), suggesting that there is a decrease in the frequency of resistant isolates during the slaughter process. From the results obtained in this study, it is concluded that more attention should be paid to monitoring the stages of the slaughter in order to identify possible flaws that are causing the presence of contaminated carcasses at the pre-chill, as well as the need for more prudent use of antimicrobials in swine production.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-07-16T11:25:09Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T13:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Adailton Pereira dos Santos - 2018.pdf: 2470326 bytes, checksum: b19858377cb05cc2abd767e4560cd12a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-06-29 / β-lactamases are enzymes that hydrolyze the β-lactam ring, inactivating the action of β-lactam antibiotics. The objective of this work was to diagnose phenotypically and molecularly 14 β- lactamase resistance genes expressed in Pseudomonas aeruginosa and to correlate the results found. A total of 99 samples of Pseudomonas aeruginosa were selected and the antibiogram was performed. Real-time PCR is being performed using the Sybr Green system to amplify the genes corresponding to the resistances found in phenotyping. Three/14 (21.4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM were found simultaneously in three samples. According to the statistical test, when evaluating the amplification results obtained for PPT, the molecular method was more sensitive for the detection of the gene coding for multidrug resistance, presenting values of (p <0.05). This information suggests that gene research is more sensitive and specific compared to the antibiogram. / As β-lactamases são enzimas que hidrolisam o anel β-lactâmico, inativando a ação de antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste trabalho foi diagnosticar fenotipicamente e molecularmente 14 genes de resistência à β-lactamases expressos em Pseudomonas aeruginosa e correlacionar os resultados encontrados. Um total de 99 amostras de Pseudomonas aeruginosa foi selecionado e o antibiograma foi realizado. A PCR em tempo real foi realizada usando o sistema Sybr Green para amplificar os genes correspondentes às resistências encontradas na fenotipagem. Das 99 amostras, 14 foram identificadas como fenotipicamente resistentes ao ATM antimicrobiano. Três/14 (21,4%) genes blaSME, blaOXA, blaGIM foram encontrados simultaneamente em três amostras. De acordo com o teste estatístico, ao avaliar os resultados de amplificação obtidos para o PPT, o método molecular foi ma s sensível para a detecção do gene que codifica a resistência a múltiplos fármacos, apresentando valores de (p <0,05). Esta informação sugere que a pesquisa genética é mais sensível e específica em comparação com o antibiograma.

Além de micro-organismos causadores de Doenças Transmitidas por Alimentos, a presença de bactérias resistentes a antimicrobianos deve ser monitorada para garantir a inocuidade da carne suína. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de Salmonella enterica e Listeria monocytogenes em amostras de fezes e carcaças suínas, e avaliar a resistência a antimicrobianos entre isolados de Escherichia coli provenientes das mesmas origens. Dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos localizados no Estado de Santa Catarina. Em cada ciclo, fezes colhidas a partir do piso da pocilga de espera, e suabes de superfície de 14 carcaças no pré-resfriamento foram amostrados em três lotes abatidos. As amostras foram analisadas quanto à presença dos gêneros Salmonella e Listeria e foi determinada a média de coliformes totais nas carcaças em cada ciclo de amostragem. Isolados de E. coli foram avaliados quanto à frequência de resistência a antimicrobianos pelo método de difusão em ágar. Das fezes colhidas 83,33% (15/18) apresentaram Salmonella sp., e 5,5% (1/18) L. monocytogenes. Do total de 252 carcaças, 27,38% (69/252) foram positivas para Salmonella sp. e 19,84% (50/252) para L. monocytogenes. Em 3,17% (8/252) carcaças houve o isolamento concomitante dos dois patógenos. Os isolados de Salmonella foram classificados em dez sorovares distintos, predominando S. Typhimurium nas fezes e S. Derby nas carcaças. A média de coliformes totais nas carcaças variou de 5,27x101 a 9,73x103. Em relação ao teste de resistência frente a antimicrobianos realizado em isolados de E. coli, observou-se maior frequência de resistência em isolados de fezes do que nos originados de carcaças, com diferença significativa para tetraciclina (P<0,001), ampicilina (P<0,001) e sulfonamida (P=0,022). Entre os matadouros-frigoríficos, houve diferença na frequência de isolados resistentes para florfenicol e gentamicina (P<0,05) em isolados de fezes, e para ácido nalidíxico, sulfonamida e tetraciclina (P<0,05) em isolados de carcaça. A elevada frequência de resistência a princípios ativos utilizados na suinocultura indicam pressão de seleção exercida pelo uso indiscriminado de antimicrobianos e podem resultar na co-seleção de genes de resistência localizados em cassetes gênicos. Os isolados multi-resistentes foram mais presentes nas fezes quando comparados com carcaças (P<0,001), sugerindo que há diminuição da frequência de isolados resistentes ao longo do processo de abate. Com os resultados obtidos no presente estudo, conclui-se que maior atenção deve ser dispensada ao monitoramento das etapas do abate para identificar possíveis falhas que estão determinando a presença de carcaças contaminadas na fase de pré-resfriamento, além da necessidade do uso mais prudente dos antimicrobianos na suinocultura. / Besides the contamination of pig carcasses with food borne pathogens, the presence of bacteria resistant to antimicrobials represent a new hazard that should be monitored in order to ensure the safety of pork. This study aimed at determining the frequency of Salmonella enterica and Listeria monocytogenes in samples of swine feces and carcasses, and at evaluating antimicrobial resistance among isolates of Escherichia coli from the same origin. Two cycles of sampling were carried out in three slaughterhouses located in the State of Santa Catarina. For each cycle, feces collected from the floor of the pen, and surface swabs of 14 carcasses at the pre-chill were sampled in three slaughtered batches. The samples were analyzed for the presence of Salmonella and Listeria, and the average of total coliforms on carcasses in each sampling cycle was determined. Isolates of E. coli were evaluated for the frequency of antimicrobial resistance by the agar diffusion method. Out of the feces collected 83.33% (15/18) had Salmonella sp., and 5.5% (1/18) L. monocytogenes. Out of the total of 252 carcasses, 19.84% (50/252) were positive for Salmonella sp. and 27.38% (69/252) for L. monocytogenes. In 3.96% (10/252) carcasses both pathogens were isolated. Salmonella isolates were classified in ten serovars, predominantly S. Typhimurium in the feces and S. Derby on the carcasses. The average of total coliforms on carcasses varied between 5.27x101 to 9.73x103. Regarding the antimicrobial resistance tests carried out in isolates of E. coli, we observed a higher frequency of resistance in isolates from feces than from carcasses, with a significant difference for tetracycline (P<0.001), ampicillin (P<0.001) and sulfonamide (P=0.022). Among the slaughterhouses, there were differences in the frequency of resistance against florfenicol and gentamicin (P<0.05) in isolates from feces, and against nalidixic acid, sulfonamide and tetracycline (P<0.05) in isolated from carcasses. The high frequencies of resistance to drugs used in swine production indicate selection pressure exerted by the indiscriminate use of antibiotics and may result from co-selection of resistance genes located in gene cassettes. Multi-resistant isolates were more frequent in the feces compared to carcasses (P<0.001), suggesting that there is a decrease in the frequency of resistant isolates during the slaughter process. From the results obtained in this study, it is concluded that more attention should be paid to monitoring the stages of the slaughter in order to identify possible flaws that are causing the presence of contaminated carcasses at the pre-chill, as well as the need for more prudent use of antimicrobials in swine production.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-10-13T11:49:58Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2016-10-14T19:56:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-14T19:56:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Ana Maria de Souza Almeida - 2014.pdf: 1577589 bytes, checksum: e516be5588e40ed18ce2aa223a3be386 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-08-07 / Duck is the most important species of waterfowl reared in Brazil, however, there are no studies about the risk of duck eggs in the food chain. The main objective of this study was to outline the main characteristics of waterfowl farms, integrating the risk factors associated with E. coli infection in birds and humans, verify the presence of E.coli in 38 and 25 dozen of duck eggs from markets and subsistence farms in Federal District and Goiás State, determining the pathogenic profile and the antimicrobial resistance profile. Each dozen eggs accounted for three samples: a sample pool of eggshell, pool of albumen and a pool of yolk, totaling samples.The information obtained by questionnaires applied during the visit to the farms revealed no vaccination program, or supply of balanced feed for ducks were employed. Duck were reared with chicken and the contact between the animals occurred since incubation. Through bacteriology, we isolated and identified E.coli in 17.10% (97/567) of samples of duck eggs. In PCR for the detection of the virulence genes papC, tsh, and eae and of the resistance gene iss, of 97 positives samples to E. coli, 35 samples were positive for virulence genes, 31.8% (14/44) came from farms and 39.6% (21/53) from markets. The search of genes in E.coli isolates revealed 15.4% positive to papaC, (15/97) , 21.6% (21/97) positive to tsh, 17.5% (17/97) positive to iss, and 2% (2/97) positive to eae .It conclusion, there are pathogenic strains for both birds and humans, circulating in anseriformes eggs. The investigation of antimicrobial resistance combined with the research of virulence and resistance genes in E. coli isolates obtained from eggs of ducks is an important tool to determine the risk these birds may bring to both poultry health and of public health. / O pato é a espécie de aves aquáticas mais criada no Brasil, porém não existem estudos aprofundados a respeito do risco dos ovos de patas na cadeia alimentar. O objetivo deste trabalho foi delinear as principais características das criações integrando os fatores de risco associados a infecção de Escherichia coli em aves e humanos, investigar a presença dessa bactéria em 38 e 25 dúzias de ovos de patas procedentes de feiras livres e propriedades de subsistência no Distrito Federal e estado de Goiás, determinando seu perfil patogênico e perfil de resistência aos antimicrobianos. Cada dúzia de ovos correspondeu a três amostras: uma amostra de pool casca, uma de pool de albúmen e uma de pool gema, totalizando 567 amostras. Mediante as informações obtidas pelos questionários aplicados durante a visita nas propriedades de subsistência, observou-se que não existem programas de vacinação, nem fornecimento de ração balanceada para os patos, a criação geralmente é consorciada com galinhas e o contato entre os mesmos ocorria desde a incubação. Obteve-se, pela bacteriologia o isolamento e identificação de E.coli em 17,10% (97/567) de amostras de ovos de patas. Na PCR para detecção dos genes de virulência papC, tsh e eae, e de resistência o gene iss, das 97 amostras positivas para E.coli, 35 amostras possuiam genes de virulência, 31,8% (14/44) delas eram de propriedades de subsistência e 39,6% (21/53) de feiras livres. Em meio aos genes pesquisados nos isolados de E.coli foram positivos 15,46% (15/97) para papC, 21,65% para tsh, 17,52% para iss, 2,06% para eae. Conclui-se que existem cepas patogênicas tanto para aves quanto para humanos, circulantes em ovos de anseriformes. A investigação de resistência aos antimicrobianos aliada à pesquisa dos genes de virulência e de resistência em isolados de E.coli obtidos de ovos de patos é importante ferramenta para determinação de risco, tanto para sanidade avícola quanto para saúde pública, que essas aves podem exercer.

Introdução: Bactérias do gênero Aeromonas estão presentes em ambientes de água doce, salgada e salobra. O isolamento destes microrganismos já foi relatado em água de abastecimento público e alimentos. Algumas espécies podem ser patogênicas ao homem, causando gastrenterites e outras infecções. Isolados de Aeromonas de fontes diversas expressam resistência a antimicrobianos, especialmente a -lactâmicos, devido à presença de enzimas -lactamases. A patogenicidade das espécies se deve à virulência multifatorial, que compreende a produção de enterotoxinas (Act, Alt e Ast), de elastase, presença de flagelo, entre outros. Objetivo: Isolar, identificar e quantificar Aeromonas hydrophila isoladas de esgoto e lodo tratado; pesquisar a ocorrência dos genes de virulência e resistência a -lactâmicos. Material e Métodos: A detecção e quantificação de Aeromonas hydrophila foram realizadas por meio da técnica de membrana filtrante e meio de cultura específico; a identificação foi realizada por meio da PCR utilizando um par de primers específicos para a espécie. Após a confirmação da espécie foi realizado o antibiograma para conhecer o perfil de resistência aos antibióticos; a pesquisa dos genes de virulência act, alt, ast, ela, lip e fla e genes de resistência a -lactâmicos foi realizada por meio da PCR e seqüenciamento. Resultados: Foram analisadas 15 amostras (seis de esgoto tratado e nove de lodo tratado). Destas, somente nove foram positivas para A. hydrophila, obtendo-se 441 colônias típicas, das quais 348 foram positivas, por PCR para identificação do gênero e 209 para identificação da espécie. Os 209 isolados, sendo 92 do esgoto tratado e 117 do lodo tratado, apresentaram os seguintes valores na pesquisa dos genes de virulência: 36 por cento (act), 40 por cento (ast), 78 por cento (alt), 82 por cento (fla), 86 por cento (lip) e 87 por cento (ela) e 100 por cento dos isolados apresentaram pelo menos um dos genes. Para os testes de sensibilidade aos antibióticos todos os isolados foram resistentes a pelo menos um dos antibióticos. A produção de enzimas MBL, ESBL e AmpC foi detectada em isolados. Também foram encontrados genes de resistência cphA, bla TEM e bla MOX, enquanto que os genes bla VIM, bla IMP, bla e bla não foram detectados. Conclusão: Os resultados sugerem que A. hydrophila pode resistir ao processo de tratamento de esgoto e lodo, além disso, pode apresentar diversos genes de virulência e resistência a antibióticos, motivos pelos quais A. hydrophila pode ser uma ameaça a Saúde Pública, uma vez que estas amostras são reutilizadas para fins urbanos ou agrícolas / Introduction: Bacteria of the genus Aeromonas are present in fresh, brackish and salty waters. The isolation of these microorganisms has been reported in public water supplies and foods. Some species can be pathogenic to humans, causing gastroenteritis and other infections. Aeromonas isolates from different sources express resistance to antimicrobials, especially -lactams, due to the presence of lactamase enzymes. The pathogenicity of the species is due to the multifactorial virulence, wich includes the production of enterotoxins (Act, Alt and Ast) of Elastase and presense of flagello, among others. Objectives: Identify and quantify Aeromonas hydrophila isolated from treated wastewater and sludge, to investigate the occurrence of virulence genes and resistance to -lactams. Material and methods: The detection and quantification of A. hydrophila were made through the membrane filter technique and specific culture medium, the identification was performed by PCR using a pair of primers specific for the species. After confirming the species sensitivity was performed to know the profile of antibiotic resistance, the survey of virulence genes act, alt, ast, ela, lip, fla and resistance to -lactams gene was performed by PCR and sequencing. Results: We analyzed 15 samples (six of nine treated wastewater and sludge). Of these only nine were positive for A. hydrophila, resulting in 441 typical colonies, of wich 348 were positive by PCR to identify the genus and 209 for species identification. The 209 isolates, being 92 and 117 of treated wastewater and treated sludge showed the following values in the study of the virulence genes: 36 per cent (act), 78 per cent (alt), 82 per cent (fla), 86 per cent (lip), 87 per cent (ela) and 100 per cent of the isolates had at least one of the genes. For antibiotic susceptibility testing all isolates were resistant to at least one antibiotic. The production of MBL, ESBL and AmpC enzyme was detected in isolates. It was also found resistance genes cphA, bla TEM and bla MOX, while genes bla VIM , bla IMP , bla and bla FOX CTX-M were not detected. Conclusion: The results suggest that A. hydrophila can resist the process of treating of wastewater and sludge, moreover, may have different virulence genes and antibiotic resistance, which is why A. hydrophila can be a threat to public health, since these samples are reused for agricultural or urban purposes. , bla SHV

Introdução. A resistência bacteriana é facilitada pela pressão seletiva do uso de antimicrobianos na clínica e em outras atividades, como a agricultura e pecuária, além de poder ser disseminada para a natureza por meio do lançamento inadequado do esgoto ou pela aplicação do lodo de esgoto na agricultura. As -lactamases de espectro estendido (ESBL) são uma das formas mais prevalentes de resistência em Gram negativos no mundo, e seus genes codificadores são disseminados por meio de diversos elementos genéticos, principalmente transposons e integrons mobilizados para plasmídios. Objetivo. Identificar e caracterizar genes codificadores de ESBL, bem como suas prováveis formas de mobilização, em enterobactérias isoladas de fontes ambientais e clínicas. Material e Métodos. Quarenta e cinco cepas isoladas de um hospital público em 2004 e 2005, responsáveis por infecções hospitalares (14), infecções comunitárias (7) e colonizações (24), e 7 isoladas de estações de tratamento de esgoto (ETE) em 2009, em São Paulo, geneticamente distintas e produtoras de ESBL da família Enterobacteriaceae, foram estudadas. A técnica de PCR seguida de sequenciamento foi utilizada para a identificação dos genes blaESBL, triagem de elementos móveis e mapeamento do ambiente genético de blaESBL. A identificação dos grupos de incompatibilidade plasmidial (Inc) foi realizada pela técnica de PBRT, e a determinação dos tamanhos dos plasmídios pela técnica de S1-PFGE. Resultados. Os genes blaESBL identificados foram: amostras clínicas - blaTEM-15, blaTEM-197, blaSHV-5, blaSHV-12, blaSHV-27, blaSHV-28, blaSHV-45, blaSHV-55, blaSHV-110, blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 e blaCTX-M-131; amostras ambientais blaSHV-28, blaCTX-M-15 e blaCTX-M-8. Os genes blaTEM- 15 e blaTEM-197 estavam associados aos elementos Tn2* e Tn3, respectivamente. Os genes blaSHV-5 e blaSHV-12 estavam associados à IS26, e não foi possível determinar o ambiente genético dos demais genes blaSHV. Os genes blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 e blaCTXM- 131 estavam inseridos em integrons de classe 1 complexos, blaCTX-M-15 estava associado à ISEcp1 interrompida pela IS26, e blaCTX-M-8 estava associado à IS10, também interrompida pela IS26. Os principais grupos Inc detectados foram IncA/C (37 por cento ) e IncF (30,4 por cento ). Exceto por 7 cepas clínicas, todas apresentavam plasmídios de alto peso molecular, entre 48,5kb e 388kb. Conclusões. Este estudo detectou 15 genes blaESBL diferentes, dos quais dois são genes novos (blaTEM-197 e blaCTX-M-131) e três são inéditos no Brasil (blaTEM-15, blaSHV-55 e blaSHV-110). A maioria das cepas deste estudo possuía genes blaESBL associados a elementos mobilizáveis, bem como continham plasmídios de grupos Inc envolvidos na disseminação da resistência antimicrobiana. Além disso, carreavam plasmídios provavelmente conjugativos. Os resultados deste estudo mostram genes de resistência associados a elementos mobilizáveis em cepas contendo elementos transferíveis. As cepas foram isoladas tanto em uma instituição de saúde como nas ETEs da Grande São Paulo, mostrando o potencial de disseminação da resistência da clínica para o ambiente em nossa região. / Introduction. Bacterial resistance is facilitated by selective pressure of antimicrobial use in clinical and other activities, as agriculture and livestock, and can be spread to nature through the inadequate discharge of sewage or by the use of sludge in agriculture. Extended-spectrum -lactamases (ESBL) are the most prevalente forms of resistance in Gram-negative bacteria in the world, and their encoding genes are disseminated through several genetic elements, especially transposons and integrons mobilized to plasmids. Objective. To identify and characterize ESBL-encoding genes, as well as their probable mobilization pathways, in enterobacteria isolated from clinical and environmental sources. Material and Methods. Forty-five strains isolated from a public hospital in 2004 and 2005, responsible for hospital infections (14), community-acquired infections (7) and colonizations (24), and 7 isolated from sewage treatment plants (ETE) in 2009, in São Paulo, genetically distinct and ESBL producers from Enterobacteriaceae family, were studied. PCR technique followed by sequencing was used for blaESBL genes identification, mobile elements screening and blaESBL genetic environment mapping. Plasmid incompatibility groups (Inc) were identified by PBRT technique, and plasmid sizes were determined by S1-PFGE technique. Results. The blaESBL genes identified were: clinical samples - blaTEM-15, blaTEM-197, blaSHV-5, blaSHV-12, blaSHV-27, blaSHV-28, blaSHV-45, blaSHV-55, blaSHV-110, blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 and blaCTX-M-131; environmental samples blaSHV-28, blaCTX-M-15 and blaCTX-M-8. Genes blaTEM-15 and blaTEM-197 were associated to the elements Tn2* and Tn3, respectivelly. Genes blaSHV-5 and blaSHV-12 were associated to IS26, and it was not possible to detect the genetic environment of the other blaSHV genes. Genes blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 and blaCTX-M-131 were inserted in complex class 1 integrons, blaCTX-M-15 was associated to ISEcp1 interrupted by IS26, and blaCTX-M-8 was associated to IS10, also interrupted by IS26. The most common Inc grups detected were IncA/C (37 per cent ) and IncF (30,4 per cent ). Except for 7 clinical strains, all isolates showed high molecular weight plasmids, rangng from 48,5kb to 388kb. Conclusions. This study detected 15 different blaESBL genes, from which 2 are new genes (blaTEM-197 e blaCTX-M-131) and 3 are still unpublished in Brazil (blaTEM-15, blaSHV-55 and blaSHV-110). Most of the strains from this study had blaESBL genes associated to mobile elements, as well as they had plasmids from Inc groups involved in the spread of antimicrobial resistance. Moreover, the strains probably carried conjugative plasmids. Results from the present work show resistance genes associated to mobile elements in strains carrying transferable elements. The strains were isolated either from a healthcare institution or from ETEs in São Paulo, which shows the spread potential of resistance from the clinic to the environment in our region.