Les maladies des plantes causées par les champignons sont un problème majeur en agriculture. Pour les contrôler, les gènes de résistance (R) qui permettent de développer des variétés de plantes résistantes sont des éléments clés. La majorité des gènes R codent pour des protéines NLRs caractérisées par la présence d'un domaine de liaison aux nucléotides (NB-ARC) et un domaine de répétitions riches en leucines (LRR). Ces protéines agissent comme des récepteurs immunitaires intracellulaires et reconnaissent des facteurs de virulence des agents pathogènes appelés effecteurs. Les champignons phytopathogènes possèdent de vastes répertoires d'effecteurs qui contiennent centaines de protéines sécrétés, de petites tailles et sans similarités de séquence entre elles.La première question abordée dans ma thèse concerne l’origine de l'immense diversité des effecteurs fongiques. Une analyse structurale a identifié une famille d’effecteurs de séquences différentes mais qui possèdent une structure conservée. Cette famille a été appelée MAX-effectors (Magnaporthe Avrs and ToxB like) et elle est particulièrement importante chez Magnaporthe oryzae, l'agent causal de la pyriculariose du riz. Par des analyses d'expression, j'ai confirmé que la majorité des effecteurs MAX de M. oryzae sont spécifiquement exprimés durant la phase précoce de l'infection, suggérant une fonction importante durant la colonisation de la plante. Les effecteurs MAX constituent la première famille d'effecteurs fongiques définis par leur structure. Cette étude apporte donc de nouvelles pistes pour l'identification d'effecteurs chez les champignons et contribue à une meilleure compréhension de l'évolution des effecteurs. En effet, le scénario observé chez les effecteurs MAX suggère que beaucoup d’effecteurs fongiques appartiennent à un nombre restreint de familles d'effecteurs définies par leur structure. La seconde question que j’ai abordée durant ma thèse est le mécanisme moléculaire de la reconnaissance des effecteurs par les NLRs. J'ai abordé cette question en étudiant la reconnaissance de l'effecteur AVR-Pia par le couple de NLRs RGA4/RGA5. Des travaux précédents ont montré que RGA5 agit comme récepteur et se lie directement à AVR-Pia tandis que RGA4 agit comme élément de signalisation constitutivement actif, qui, en absence de l’agent pathogène, est réprimé par RGA5. Un domaine de RGA5, normalement absent chez les protéines NLR et similaire à la chaperonne du cuivre ATX1 (domaine RATX1), interagit physiquement avec AVR-Pia. Il a été suggéré que ce domaine RATX1 puisse agir comme un leurre de la cible de virulence d’AVR-Pia. Ce leurre, intégré dans la structure de RGA5, permettrait de « piéger » l’effecteur par interaction directe et jouerait donc un rôle crucial dans sa reconnaissance spécifique. Grâce à une analyse structurale détaillée d’AVR-Pia j’ai pu confirmer le rôle central de l'interaction AVR-Pia-RATX1 dans la reconnaissance de cet effecteur ce qui conforte le modèle du « leurre intégré ». De plus, j’ai caractérisé la surface d'interaction avec laquelle AVR-Pia lie le domaine RATX1. De plus, j'ai détecté des interactions entre AVR-Pia et d'autres parties de RGA5, indépendantes du domaine RATX1, notamment les domaines NB-ARC et LRR. Ceci a permis de développer un modèle qui explique comment la liaison d’un effecteur à un récepteur NLR comportant un leurre intégré par différentes interactions indépendantes conduit à une reconnaissance très sensible et spécifique qui est peu affectée par des mutations ponctuelles de l’effecteur. En résumé, cette étude a produit des connaissances nouvelles sur la fonction des récepteurs des plantes de type NLRs et sur leur capacité à reconnaitre des effecteurs. Ceci contribue à une meilleure compréhension du système immunitaire des plantes, ce qui est un élément important pour l’obtention de cultures durablement résistantes aux maladies / Plant diseases caused by fungi constitute a worldwide threat to food security and disease resistance (R) genes that allow to breed resistant crops are key elements for efficient disease control. The vast majority of R genes code for NLR multi domain proteins characterized by nucleotide-binding and leucine-rich repeat domains and acting as intracellular immune receptors for pathogen-secreted virulence factors termed effectors. Phytopathogenic fungi possess huge effector repertoires that are dominated by hundreds of sequence-unrelated small secreted proteins. The first question I addressed in my PhD thesis is: how is the tremendous diversity of fungal effectors generated? A structural analysis had identified the family of sequence-unrelated but structurally conserved MAX-effectors (Magnaporthe Avrs and ToxB like) that has expanded specifically in Magnaporthe oryzae the causal agent of rice blast disease. By expression analysis, I confirmed that the majority of M. oryzae MAX-effectors are expressed specifically during early infection suggesting important functions during host colonization. MAX effectors are the first structurally defined family of effectors in fungi and this study gives therefore news clues for the identification of candidate effectors in fungi and constitutes a crucial step towards a better understanding of effector evolution. In fact, the scenario observed for MAX-effectors leads to the hypothesis that the enormous number of sequence-unrelated fungal effectors belong in fact to a restricted set of structurally conserved effector families.The second question I investigated in my PhD thesis is: what are the molecular mechanisms of effector recognition by NLR immune receptors? I addressed this question by studying recognition of the M. oryzae effector AVR-Pia by the rice NLR pair RGA4/RGA5. Previous work has shown that RGA5 acts as a receptor that binds directly to AVR-Pia while RGA4 acts as a constitutively active signaling protein that is, in the absence of pathogen, repressed by RGA5. This functional interaction involves formation of an RGA4/RGA5 receptor complex. By protein-protein interaction studies, I showed that complex formation involves interactions between the RA4 and RGA5 NB-ARC and LRR domains, in addition to previously identified interactions between the coiled-coil domains. AVR-Pia recognition seems not to induce dissociation of the RGA4/RGA5 complex but a ternary RGA4/RGA5/AVR-Pia complex could also not be detected consistently. How effector recognition is translated into receptor complex activation remains therefore to be elucidated in more detail in the future. Previous work has shown that a domain of RGA5 normally not present in NLRs and related to the copper chaperone ATX1 (RATX1 domain) interacts physically with AVR-Pia and may be crucial for effector recognition. The RATX1 domain was hypothesized to mimic the true host targets of AVR-Pia leading to the development of the ‘integrated decoy’ model that states that unconventional domains in NLRs act as decoys in the recognition of effector proteins. By detailed structure-informed analysis of AVR-Pia, I could confirm the pivotal role of the AVR-Pia-RATX1 interaction for effector recognition lending important support to the integrated decoy model. In addition, I could precisely characterize the interaction surface with which AVR-Pia binds to the RGA5 RATX1 domain. Finally, I detected interactions of AVR-Pia with other parts of RGA5, in particular the NB-ARC and the LRR domains. Based on these results, I developed a model that explains how such binding to several independent sites in NLRs leads to high overall affinity and robust effector recognition that is resilient to effector mutations. Taken together, this study provides important novel insight into NLR function and effector recognition and contributes by this to a better understanding of plant immunity which is crucial for generating durable disease resistance in crops.

La spécificité d'hôte est un concept fondamental pour comprendre les mécanismes évolutifs ayant abouti aux interactions étroites entre les bactéries et les plantes. Les études réalisées sur la coopération entre les bactéries rhizosphériques phytostimulatrices (PGPR) et les plantes suggèrent que la spécificité serait régie soit par une adaptation souchespécifique de la bactérie à des caractères aspécifiques de la plante, soit par une adaptation aspécifique de la bactérie à des propriétés spécifiques d'un génotype de plante. Ainsi, nous formulons l'hypothèse que ces adaptations se traduisent par la régulation de nombreux gènes indépendamment de leur implication directe dans l'effet phytobénéfique. Ces régulations pourraient dépendre de la combinaison souche bactérienne/génotype de plante considérée. L'objectif de ce travail est de mettre en évidence les gènes impliqués dans l'adaptation des partenaires l'un à l'autre et ceux impliqués dans la spécificité, au cours de la coopération PGPR-plantes. Pour cela, nous avons choisi comme modèle d'étude l'interaction entre Azospirillum lipoferum 4B et les céréales (blé, maïs, riz cultivars Cigalon et Nipponbare) avec un accent porté sur l'expression des gènes des deux partenaires de la coopération A. lipoferum 4B-riz. Les résultats de transcriptomique sur puce soulignent l'importance des mécanismes de réponse au stress oxydatif au cours de l'adaptation des partenaires l'un à l'autre ainsi que la mise en place de réseaux de régulation complexes. De nombreux gènes présentent un profil d'expression qui dépend de la combinaison souche/cultivar, suggérant que des mécanismes évolutifs ont conduit à une interaction préférentielle entre une souche et son cultivar d'origine / Host specificity is a fundamental concept in understanding evolutionary processes leading to intimate interactions between bacteria and plants. In the case of Plant Growth- Promoting Rhizobacteria (PGPR) specificity appears to be controlled either by a strainspecific bacterial adaptation to non-specific traits of the host plant or by non-specific bacterial adaptation to genotype-specific properties of the host plant. Thus, we hypothesize that these adaptations result in the regulation of a large number of genes, independently of their direct involvement in phytostimulation. These regulations may depend on the bacterial strain / plant genotype combination. This work aims at identifying genes involved in reciprocal adaptation of partners and those involved in host specificity in PGPR-plant cooperation. As a model, we studied the interaction between Azospirillum lipoferum 4B and cereals (wheat, corn, rice cultivars Nipponbare and Cigalon), with an emphasis on gene expression of both partners during A. lipoferum 4B-rice cooperation. Microarray transcriptomic results highlight the importance of mechanisms implicated in response to oxidative stress as well as a tight adjustment of regulatory networks during the adaptation of both partners to each other. Many genes display expression profile that depends on the strain/cultivar combination, suggesting that evolutionary processes have led to a preferential interaction between a strain and its original cultivar

Une des contraintes biotiques majeures de la riziculture de bas-fond au nord du Togo est l’adventice parasite Rhamphicarpa fistulosa (Hochst.) Benth. Afin d’évaluer les options stratégiques pour contrôler efficacement R. fistulosa, notre étude a été conduite avec comme principaux objectifs : 1) l’identification de la répartition de R. fistulosa et l’étude des facteurs qui favorisent son infestation, 2) l’étude de l’impact des niveaux d’infestation sur la flore adventice du riz, et 3) la caractérisation des interactions hôte-parasite et de leurs impacts sur le développement de l’hôte et les performances reproductives du parasite. A l’issu des prospections de terrain, les plus fortes infestations ont été retrouvées sur des sols majoritairement à texture sableuse et très pauvres en matière organique. Une flore adventice très diversifiée a été retrouvée en présence de R. fistulosa, certaines adventices pouvant être parasitées et constituer éventuellement un réservoir pour accroître le stock semencier du parasite. En conditions contrôlées, R. fistulosa se développe et se reproduit aussi bien sur le riz que sur la tomate, alors que le soja retarde la reproduction du parasite. La germination des graines de R. fistulosa est maximale en présence de graines de plantes cultivées ou adventices. Les graines nouvellement récoltées ont une dormance de plus de six mois, mais leur germination a été stimulée par la présence de phytohormones. En conclusion, les meilleures stratégies de lutte doivent impliquer le contrôle par les semis tardifs, les rotations culturales avec les légumineuses comme le soja, l’arachide ou le niébé, et les cultures maraîchères. / Main biotic constraints to rain-fed lowland rice cultivation in northern Togo include the parasitic weed Rhamphicarpa fistulosa (Hochst.) Benth. In order to evaluate efficient strategies to control R. fistulosa, our study was performed taking into account the following main objectives: 1) Identification of the distribution of R. fistulosa and study of the factors favouring its infestation, 2) Study of the impacts of infestation levels on rice weed communities, and 3) Characterization of the host-parasite interactions and their impacts on the host development and the parasite reproduction. Following fields investigations, highest infestations were observed on sandy soils with low levels of organic matter.In addition, weed flora found in the presence of R. fistulosa was much diversified and some weeds were found to been parasitized and could possibly constitute reservoirs to increase the seed stock of the parasite. In controlled experiments, R. fistulosa grown and reproduced better on rice and tomato crops, than on soybean which delayed the reproduction of the parasite. Germination of R. fistulosa seeds was stimulated in presence of cultivated crops or weeds. New collected seeds shown six months dormancy but their germination was stimulated in presence of phytohormones. In conclusion, the best strategies to control R. fistulosa must include delayed sowing, crop rotation with leguminous species (i.e. soybean, peanut or cowpea) and vegetable cropsKeywords: Rhamphicarpa fistulosa, rice, lowland, parasitism, host-parasite interaction, weeds.

Chacun s’accorde à reconnaître aujourd’hui que les activités humaines impactent significativement le climat de la planète. Le secteur de la construction est l’un des principaux responsables de cette situation car c’est le premier consommateur d’énergie et le deuxième émetteur de CO2 dans le monde. Il importe par conséquent de réaliser des bâtiments éco-respectueux, qui consomment peu d’énergie et émettent moins de gaz à effet de serre sur l’ensemble de leur cycle de vie. La présente étude s’intègre alors dans une problématique générale de développement de matériaux de construction innovants à impact environnemental réduit. Nous nous proposons ainsi d’utiliser la balle de riz comme granulat végétal dans une matrice cimentaire. L’objectif du travail est de proposer une méthode de formulation des bétons à bases de granulats végétaux et d’étudier le comportement mécanique et thermique du béton de balle de riz. Les essais de prise réalisés sur de la pâte de ciment pure formulée avec de l’eau issue de l’infusion de la balle de riz ont montré que ces granulats n’ont pas d’effet inhibiteur sur la prise du ciment. Pour confirmer cette hypothèse, une analyse chimique de la balle de riz a été réalisée et les résultats ont montré le taux d’extractibles des balles de riz est quasi nul contrairement à d’autres granulats végétaux tels que le chanvre et le bois. La méthode de formulation proposée consiste à déterminer la compacité du squelette végétal pour un mode de mise en œuvre déterminé, puis à formuler la pâte liante qui va occuper le volume poreux intergranulaire résiduel. La pâte est constituée du liant, de l’eau efficace, des additions et adjuvants éventuels, et de l’air piégé et/ou entrainé. Pour un volume d’air donné (et d’additions), les quantités de ciment et d’eau efficace sont alors ajustées pour atteindre les performances visées, sur la base de la loi de Féret. Cependant, pour ce type de béton, l’important volume d’air entrainé dépend (lui aussi) de la quantité de ciment et d’eau présents dans le mélange, de l’intensité du malaxage et du mode de coulage. Un modèle décrivant le volume d’air résiduel a été alors calibré à partir d’essais réalisés avec les constituants du béton que l’on souhaite fabriquer. Enfin le problème de la formulation est solutionné en recourant à un module d’optimisation numérique. Dans le but de valider le modèle, la méthode de formulation a été appliquée à cinq échantillons dont les résistances visées sont 0,5 ; 1 ; 2 ; 4 et 8 MPa. Les performances obtenues sont assez proches de celles visées. Par ailleurs il a été constaté que le mode de conservation des éprouvettes influe beaucoup sur les résistances mécaniques du matériau. En effet, une cure en condition dessiccation peut faire chuter les résistances mécaniques jusqu’à 60%. Les meilleures résistances obtenues ont été observées sur les éprouvettes conservées à 95 % de HR. Les mesures de la conductivité thermique ont montré que le béton de balle de riz constitue une très bonne alternative à des systèmes plus conventionnels en termes d’isolation thermique. La valeur moyenne de la conductivité thermique du béton de balle de riz varie en fonction du dosage en liant entre 0,070 W/(m.K) et 0,171 W/(m.K). L’évolution de la conductivité thermique en fonction de la masse volumique et du dosage en ciment est linéaire / Everyone agrees today that human activities significantly affect the climate of the planet. The construction sector is one of the main contributors to this situation as it is the largest energy consumer and the second largest CO2 emitter in the world. It is therefore important to build eco-friendly buildings, which consume little energy and emit less greenhouse gases throughout their life cycle. The present study is then integrated into a general problem of development of innovative building materials with reduced environmental impact. We propose to use the rice husk as a vegetable aggregate in a cementitious matrix. The objective of the work is to propose a method for the mix design of concretes based on plant aggregates and to study the mechanical and thermal behavior of rice husk concrete. Setting tests on pure cement paste formulated with water resulting from the infusion of the rice husk showed that these aggregates had no inhibiting effect on the setting of the cement. To confirm this hypothesis, a chemical analysis of the rice husk was carried out and the results showed that the extractable ratio of rice husks is almost zero, unlike other plant aggregates such as hemp and wood. The proposed formulation method consists in determining the packing density of the plant skeleton for a given method of implementation and then in proportioning the binder paste which will occupy the residual intergranular pore volume. The paste is consisted of the binder, the effective water, the possible additions and admixture, and trapped air and/or entrained air. For a given volume of air (and additions), the quantities of cement and effective water are then adjusted to achieve the targeted performances, based on the law of Féret. However, for this type of concrete, the large volume of entrained air also depends on the quantity of cement and water present in the mixture, the intensity of the mixing and the casting mode. A model describing the volume of residual air was then calibrated from tests carried out with the components of the concrete that it is desired to manufacture. Finally, the problem of formulation is solved by using a numerical optimization module. In order to validate the model, the method for the mix design was applied to five samples with a target resistance of 0.5; 1; 2; 4 and 8 MPa. The performances obtained are quite similar to those targeted. In addition, it has been observed that the preservation mode of the specimens has a significant influence on the mechanical strength of the material. Indeed, a cure in desiccation condition can reduce the mechanical resistances up to 60%. The best resistances obtained were observed on the specimens preserved at 95 % RH. Measurements of thermal conductivity have shown that rice husk concrete is a very good alternative to more conventional systems in terms of thermal insulation. The average value of the thermal conductivity of the rice husk concrete varies depending on the binder dosage between 0.070 W/(m.K) and 0.171 W/(m.K). The evolution of the thermal conductivity as a function of the density and the cement dosage is linear

Le riz est la principale denrée de plus de la moitié de la population mondiale et joue un rôle particulièrement important dans l'économie mondiale, la sécurité alimentaire, la consommation d'eau, et le changement climatique. L'objectif de cette thèse consistait à développer des méthodes pour le suivi du riz basées sur des données Sentinel-1 ainsi qu'a utiliser les produits de cartographie obtenus dans diverses applications portant sur la sécurité alimentaire et l'environnement mondial. Plus spécifiquement, l'étude a pour but de fournir des outils pour observer la culture du riz, en produisant la cartographie des surfaces cultivées, celle des stades phénologiques de la plante comprenant le début de la saison, celle des deux principales catégories de variétés de riz à cycle court et cycle long, la hauteur de la plante, et la carte annuelle du nombre de récoltes de riz par an. Ces informations sont nécessaires à l'estimation de la production du riz, et à la gestion des cultures à l'échelle régionale. Nous étudions aussi l'intégration des produits ainsi développés dans un modèle de processus destinés à estimer le rendement du riz, et un modèle permettant la dérivation de l'émission du méthane et le volume d'eau nécessaire à la culture. La région test est l'une des régions rizicoles majeures à l'échelle mondiale, qui est le Delta du Mékong, au Vietnam. Cette région est caractérisée par une grande diversité de pratiques agricoles, du nombre de cultures du riz par an, et dans les calendriers des récoltes. La première phase du travail est la compréhension de la variation temporelle des valeurs de rétrodiffusion radar de Sentinel-1, en polarisation VH et VV. Pour cela, des données de terrain ont été collectées sur 60 champs, sur 5 saisons de riz pendant 2 ans. Les variations temporelles des mesures radar ont été interprétées en fonction de la croissance des plantes le long des stades phénologiques. Les mêmes courbes caractéristiques observées lors des 5 saisons ont suggéré l'utilisation d'une courbe 'type' dans le développement des méthodes pour fournir les produits requis. Les résultats obtenus sur le Delta du Mékong ont été validés à l'aide des données terrain de référence, et sont très satisfaisants : 98% de précision pour la carte riz/non riz, une RMSE de 4 jours pour la date de semis, une RMSE de 0.78 cm pour la hauteur de plante, 91,7% de précision pour la distinction entre deux types de riz (cycle court et cycle long), et 98% de précision sur l'estimation du stade phénologique. Enfin, nous avons évalué l'utilisation de ces produits issus de données Sentinel-1 dans le modèle ORYZA2000 destiné à estimer le rendement du riz, et dans le modèle DNDC destiné à estimer le volume d'eau nécessaire à la culture, ainsi que l'émission de méthane par les rizières. Les résultats, préliminaires, montrent le bon potentiel de l'approche pour fournir le rendement, le bilan d'eau, et les taux d'émission de méthane sur les champs de riz considérés. Cette approche permettrait de faire des analyses de sensibilité, par exemple pour optimiser la gestion d'irrigation afin de réduire la consommation d'eau et l'émission de méthane, tout en préservant le rendement du riz. Ces travaux, qui démontrent le potentiel des données Sentinel-1 pour le suivi du riz à large échelle, seront à compléter afin de réaliser des applications effectives opérationnelles. Il s'agira de renforcer les méthodes et de les tester sur différents systèmes rizicoles, et de poursuive l'étude sur l'intégration de ces produits de télédétection dans les modèles permettant d'évaluer la productivité, les besoins en eau et les émissions des gaz à effet de serre des rizières. / Rice is the primary staple food of more than half of world’s population and plays an especially important role in global economy, food security, water use and climate change. The objective of this thesis was to develop methods for rice monitoring based on Sentinel-1 data and to effectively use the mapping products in various applications concerning food security and global environment. Specifically, the study aims at providing tools for observation of the rice cultivation systems, by generating products such as map of rice planted area, map of rice start-of-season and phenological stages, and map of rice crop intensity, together with rice crop parameters such as category of rice varieties (long or short cycle), and plant height. The information to be provided is necessary for the estimation of crop production, and for the management of rice ecosystems at the regional scale. We also investigated on how the products derived from EO Sentinel-1 data can be integrated in process-based models for rice production estimation and methane emission estimation. The test region is one of the world’s major rice regions: the Mekong River Delta, in Vietnam. This region presents a diversity in rice cultivation practices, in cropping density, from single to triple crop a year, and in crop calendar. The first step was to understand the temporal variation of the backscatter Sentinel-1 backscatter of rice fields, at VH and VV polarizations. For this purpose, in-situ data have been collected on 60 fields during 2 years, for the 5 rice seasons. It was found that backscatter time series of rice fields show very specific temporal behavior, with respect to other land use land cover types. The temporal and polarization variations of the rice backscatter have been interpreted with respect to physical interaction mechanisms to relate the backscatter dynamics to the key phenological stages, when the plants change its morphology and biomass. Because the same trend of temporal curves was observed over 5 rice seasons, it was possible to derive a mean curve to be used in the methodology developed for detecting rice phenology, and deriving information such as the date of sowing, the rice varieties of long and short duration cycle, or plant height, at each SAR acquisition date. The methods have been developed and applied to the Mekong delta. Products validation provides a good agreement with the reference data sets: 98% in rice/non-rice accuracy, the sowing dates RMSE of about 4 days, plant height RMSE of 7.8 cm, the long/short variety map has 91.7% accuracy and for phenology, only one season has been processed with good detection rate of 59/60. Finally, the use of the rice monitoring products as inputs in two process-based models was assessed. The models are ORYZA2000 for rice production estimation and DNDC for methane emission and water demand estimation. Sentinel-1 data retrieved information (sowing date, phenology, long/short variety, plant height) were used as model inputs, giving good agreement with the results making use of ground survey only. Based on the two process models with inputs from Sentinel-1 data, it was possible to have an integrated result on rice yield, water use, and methane emissions. The preliminary results show a good potential for the optimization of water management in rice fields in order to reduce water use and GHG emission, without reducing the yield. To achieve the objective which is the effective use of Sentinel-1 data for rice monitoring for food security and global environment, more works need to be done concerning the consolidation of the rice monitoring method development and the integration of Sentinel-1 derived information in models aiming at estimating and predicting rice production, methane emission and water use

Depuis la flambée des prix alimentaires en 2007-2008, l'agriculture est de nouveau sur le devant de la scène internationale. Les conséquences politiques et humaines des soubresauts des marchés internationaux ont été importantes dans beaucoup de pays et certains ont vu leur gouvernement renversé. Dans ce contexte, nous nous intéressons au riz, la céréale qui garantit un apport calorique minimal à plus de 50% de la population, et au riziculteur, le premier maillon de la chaîne de production. Dans un premier temps nous revenons sur l'histoire de la culture, sur les évolutions récentes du marché et sur la crise rizicole de 2007-2008. Dans un deuxième temps nous nous intéressons plus précisément à la transmission du prix international vers le prix au producteur, puis nous tentons d'appréhender, d'un point de vue macroéconomique et microéconomique, le comportement productif des riziculteurs à la variation du prix qu'ils obtiennent. / Since the rise in food prices in 2007-2008, agriculture is again at the front of the international scene. Political and human consequences of the turmoil in international markets have been significant in many countries and some had their government overthrown. In this context, we focus on rice, a cereal that guarantees the minimum caloric intake for more than 50% of the population, and on the rice farmer, the first link in the production chain. First we review the history of rice culture, the recent market developments and the rice crisis of 2007-2008. Secondly we are interested specifically in the transmission of international prices to producer prices, then we try to understand, from a macroeconomic and microeconomic point of view, the productive behavior of rice farmers in the variation of the price they get.

En 1859, la prise de Saïgon par le corps expéditionnaire français donne aux milieux du négoce de l’Hexagone l’espoir de concurrencer la colonie britannique de Singapour en Extrême Orient. Étienne Denis, capitaine au long cours bordelais envoie ses fils en Cochinchine pour sonder les potentialités de ce nouvel horizon commercial. Fondée en 1862 à Saïgon, la maison Denis Frères développe des activités industrielles, de négoce, de cabotage, s’intéresse au riz et devient en quelques décennies l’une des affaires les plus prospères de la colonie indochinoise, notamment par le développement de son réseau commercial dans la « Méditerranée » Est asiatique. Dans le même temps, la famille Denis s’intègre aux élites saïgonnaises et bordelaises et participe aux réseaux de sociabilités locaux. La consultation des archives privées de la maison Denis Frères d’Indochine, de la famille Denis, d’anciens employés de la Maison complétée par l’étude des archives publiques concernant l’entreprise permet d’envisager à la fois la stratégie de développement de la Maison mais aussi la gestion d’une entreprise en milieu colonial. Cette double implantation, entre Bordeaux et Extrême Orient, invite le chercheur à pratiquer les jeux d’échelles. Elle pose la question de l’adaptation de l’entreprise aux spécificités du marché asiatique, traditionnellement dominé par les Chinois, et de son rôle dans la mise en valeur de la colonie. De fait, la structure de l’entreprise reflète la société coloniale indochinoise et l’évolution de ses mentalités. En métropole, la maison Denis Frères s’inscrit dans un réseau de défense des intérêts coloniaux et permet d’apprécier l’influence du négoce ultramarin. / In 1859, the catch of Saïgon by the French gives in the circles of the trade of France the hope of competing with the British colony of Singapore in Extreme East. Étienne Denis, fully-licensed captain of Bordeaux, sends his sons to Cochinchina to poll the potentialities of this new commercial skyline. Founded in 1862 in Saïgon, the Denis Frères company develops industrial activities, trade, coastal shipping, is interested in the rice and becomes one of the most prosperous business of the Indochinese colony, notably by the development of its commercial network in the Asiatic « Mediterranean Sea ». The consultation of archives of the Denis Frères company, of the family Denis, of the ancient employees of the company, supplemented by the study of the public archives concerning the firm and his leaders in France and in Indochina allows to envisage the strategy of developpement but also the management of a firm in colonial background. This double establishment, between Bordeaux and Extreme East, invites the researcher to play the games of ladders. It asks the question of the adaptation of the firm the peculiarities of the Asiatic market, traditionally dominated by the Chineses, and of his role in the emphasizing of the colony. Indeed, the structure of the firm reflects the Indochinese colonial society and the evolution of its mentalities. In France, the Denis Frères company registers in a network of defence of colonial interests and allows to appreciate the influence of ultramarine trade.

L'épandage des boues d'épuration est un mode de valorisation à la fois écologique et économique pour autant que l'on maitrise leur qualité et notamment la concentration des métaux lourds mobilisables. Le cuivre est une molécule très répandue, naturelle dans l'environnement, largement utilisée dans l'industrie et l'agriculture. En conséquence, les quantités de cuivre dans l'environnement ont augmenté, de sorte que ce dernier a été choisi dans cette étude comme représentant de la pollution anthropique pour évaluer sa mobilité en fonction de la qualité des boues épandues et des sols. 9 boues classiques et 2 sols (Sol d’herbe (de France) et sol de riz (du Vietnam)) ont été étudiés ainsi que des boues granulaires. Une méthodologie est proposée pour évaluer l'effet de la boue et de l'origine du sol sur la capacité de lessivage du cuivre lors de l'épandage des boues pour les activités agricoles. Les essais de désorption dans les colonnes de sol amendé par des boues ont montré que: a) quelle que soit l'origine du sol amendé, les boues de lit de roseaux (LR), séchées (BCD), centrifugées (BC) ont présenté une libération de Cu inférieure à 2% tandis que les boues de filtre-presse (BFP), digérées (BD), épaissies (BE) et calcaires (BCh) ont amélioré la disponibilité de Cu dans le sol; b) La lixiviation du cuivre dans le sol d’herbe (du France) amendé par des boues granulaires était supérieure à celle mesurée pour les échantillons classiquesde boues; c) Dans le sol de riz (de Vietnam), l'épandage des boues granulaires a limité la désorption de cuivre par rapport aux échantillons de boue (BCh), de filtre-presse (BFP), digérée (BD) ou centrifugée (BC). Quatre mécanismes sont proposés pour expliquer le devenir du Cu dans les sols: 1) le contrôle; 2) le groupe de Cp1, Cp2, BC, LR and BCD; 3) le groupe de BCh, BD, BE, BFP et 4) le groupe de boue granulaire. Il est constaté que pour le sol de riz contenant une faible teneur en matière organique, l'application de boues granulaires ou d'autres types de boue tels que les boues compostées ou séchées peut non seulement augmenter la teneur en éléments nutritifs, mais aussi réduire la capacité de lixiviation du cuivre. / The spreading of sewage sludge is both ecological and economical in sofar as their quality is controlled and in particular the low level of the heavy metals available. Copper is a very common substance, naturally occurring in the environment, widely used in industry and agriculture. As a result, quantities of copper in the environment have increased, so it has been selected in this study as representing human-induced pollution to assess its mobility in relation to the quality of sludge and soil. 9 different sludges and 2 soils (grass soil from France and paddy soil from Vietnam) were studied as well as granular sludge. A methodology was developed to evaluate the effect of sludge and soil origin on copper leaching ability during sludge application for agricultural activities. Desorption tests in soil-amended sludge columns showed that: a) Whateverthe origin of soil, the centri-dried (BCD), centrifuged (BC), reed-bed (LR) sludges presented a Cu release lower than 2% while filter-pressed (BFP), digested (BD), thickened (BE) and limed (BCh) sludge amended soils increased Cu availability in soil; b) the copper leaching of granular sludge amended grass soil was higher than those measured for conventional sludge samples; c) in paddy soil, landspreading of granular sludge limited the Cu desorption compared to limed (BCh), filter-press (BFP), digested (BD) and centrifuged (BC) sludge samples. Four mechanisms groups are proposed to explain the fate of Cu in soils: 1) the control; 2) the group of Cp1, Cp2, BC, LR and BCD; 3) the group of BCh BD BE and BFP, and 4) the group of granular sludge. It is found that paddy soil containing low organic matter, application of granular sludge orother types such as composted or dried sludge can not only increase the nutrient content but also reduce the leaching capacity of copper.

L'objectif scientifique de mon travail de recherche et d'encadrement d'étudiants a principalement concerné la détermination des bases génétiques de la résistance à la sécheresse du riz. Une partie de ces travaux ont été menés à l'Institut International de Recherche sur le Riz aux Philippines, dans le cadre d'un programme de sélection du riz pluvial pour l'Asie du Sud et du Sud-Est. Le riz pluvial ne dépend que la pluviométrie pour son alimentation hydrique et souffre donc de déficits hydriques fréquents. La nature des sécheresses rencontrées dans les environnements cibles m'ont conduite à travailler plus particulièrement sur la morphologie du système racinaire et sur l'ajustement osmotique. L'approche choisie a été celle de la génétique moléculaire. Les travaux conduits ont permis des progrès dans la compréhension du déterminisme génétique de ces caractères et la localisation de QTL d'intérêt dans des populations de cartographie classique, puis des populations de back-cross avancés, plus adaptées à un programme de sélection. Des lignées quasi isogéniques introgressées avec des QTLs de profondeur racinaire ont été produites par sélection assistée par marqueurs et utilisées pour valider l'existence et l'effet des QTLs. <br /> Mon projet de recherche actuel conduit à Montpellier dans l'UMR "Développement et Amélioration des Plantes" se situe dans la continuité des travaux précédents. Il consiste à relier les nombreux QTL de morphologie racinaire identifiés à ce jour chez le riz aux gènes sous jacents, puis à analyser la variabilité allélique de ces gènes dans différents fonds génétiques. Plusieurs approches complémentaires seront utilisées pour réaliser la cartographie fine des QTLs. La large gamme de données disponibles va d'abord être utilisée pour affiner la position des QTLs par une approche statistique de méta-analyse. L'approche d'étude d'association a également été retenue ce qui suppose, en préalable, de clarifier l'étendue du déséquilibre de liaison chez le riz. Des approches au niveau du génome entier seront suivies d'approches ciblées sur des gènes candidats, en ayant largement recours aux données de séquençage total du génome de 2 variétés de riz et de séquençage partiel de 20 autres. Enfin, en utilisant les lignées quasi-isogéniques produites à l'IRRI, le clonage d'un QTL de profondeur racinaire a été entrepris.<br /> L'intégration de ces approches de génétique directe avec les approches complémentaires de génétique inverse utilisées par d'autres personne de l'équipe "Développement et adaptation du riz" se fera autour des gènes dont la fonction aura été validée. La combinaison des allèles les plus adaptés aux environnements cibles dans des variétés d'élite constituera le but ultime de mon travail.