L'élevage de petits ruminants est majoritairement représenté dans les pays tropicaux et subtropicaux. Le parasitisme par des nématodes gastro-intestinaux (NGI), transmis via le pâturage, est une des principales causes de pertes de production en ovins comme en caprins. Depuis le milieu du XXème siècle, la généralisation de l'emploi des anthelminthiques s'est accompagnée d'une augmentation marquée de la productivité. Cependant, la sélection et la diffusion progressive de souches parasitaires résistant aux anthelminthiques rendent cette méthode de contrôle de moins en moins efficace. Ainsi, une enquête récente en Guadeloupe montre que 100% des populations de NGI sont résistantes aux benzimidazoles et que la majorité l'est à plusieurs familles d'anthelminthiques. Nous développons, à partir des connaissances acquises sur l'épidémiologie des NGI et sur les relations entre hôtes et parasites, des systèmes de contrôle intégré des parasites. Le premier élément en est l'utilisation de méthodes de traitement ciblé, à l'échelle de l'élevage entier. Ainsi, la méthode Famacha nous a permis, en constituant un refuge estimé à 50 à 80% des NGI, de réduire le risque de sélection de NGI résistants sans pénaliser la production. Les autres éléments ont pour objectif de diminuer le niveau global d'infestation du troupeau, en combinant des méthodes visant à renforcer les capacités de défense des animaux (alimentation adaptée, amélioration génétique…) et à diminuer le risque de rencontre hôte – parasite (gestion du pâturage, association d'espèces d'herbivores, utilisation des métabolites secondaires des plantes…). Le choix des différents éléments de contrôle intégré des NGI devra se baser sur leur faisabilité, en termes d'investissements matériels et humains, sur leur compatibilité avec le système d'élevage, et sur leur efficacité. Les développements futurs devront permettre d'évaluer les interactions entre ces éléments afin de pouvoir optimiser les choix des éleveurs / Most of the sheep and goats are reared in tropical and subtropical countries. Gastrointestinal nematode parasites (GIN), which are transmitted through the pastures, are among the main causes of production losses for small ruminant farmers. Since the 1940's the pharmaceutical industry has provided very efficient anthelmintics which allowed easy to run and profitable worm control. Unfortunately the systematic use of anthelmintics has resulted, within few years, in an increasing number of anthelmintic resistant (AR) nematode strains. As example, a survey in Guadeloupe (F. W. I.) revealed that all goat farms have to face at least resistances to benzimidazoles, and most of them must deal with resistances to 2 or 3 drug families. We are building up integrated systems to manage GIN infection, by seeking to slow down the spreading of AR strains of GIN and to reduce anthelmintic dependency. Firstly we propose targeted selective treatment methods (or any method allowing the survival of untreated GIN in refugia) and secondly a panel of methods to reinforce host defences (mainly through nutrition and genetic improvement) and to decrease the probability of host-parasite encounter through grazing man-agement, association of herbivore species with different specific parasites, use of plant secondary metabolites with anthelmintic properties... The choice of methods to be combined must be based on their feasibility in terms of human and material resources, compatibility with the farming system and effi-ciency. Future developments would address the evaluation of interactions between components of GIN integrated systems of management, in order to optimize the farmer choices

En élevage bovin, la détection précoce des femelles non gravides grâce au diagnostic de gestation permet une réinsémination rapide des animaux. Idéalement, ce diagnostic devrait être réalisé avant la fin du cycle sexuel, pendant la période péri-implantatoire, ce qui n’est pas possible actuellement. Pendant cette étape de la gestation précoce, le conceptus produit un facteur de reconnaissance maternelle de la gestation, l’interféron tau (IFNt), qui occupe un rôle important dans le dialogue entre le conceptus et l’organisme maternel. Plusieurs études ont montré que l’expression de gènes régulés par l’IFNt était augmentée dans l’endomètre et dans les leucocytes sanguins des ruminants, pendant la période péri-implantatoire.Les récentes avancées technologiques permettant l’analyse fonctionnelle du génome ont ouvert de nouvelles perspectives pour l’utilisation de ces marqueurs biologiques à des fins diagnostiques. L'objectif de ce travail a donc été l'identification de marqueurs diagnostiques fiables et précoces de la gestation, dans les cellules immunitaires circulantes des ruminants, ainsi que la caractérisation de la réponse locale (endomètre) et systémique (leucocytes sanguins) de l'organisme maternel à la gestation.Pour identifier de nouveaux candidats, nous avons réalisé un transcriptome des leucocytes d’animaux gravides et non gravides, que nous avons combiné à une analyse transcriptomique de l’endomètre caronculaire et des nœuds lymphatiques drainant spécifiquement l'utérus. Pour des raisons pratiques, ces prélèvements ont été réalisés chez l’ovin. A partir de ces résultats, nous avons sélectionné, parmi les gènes différentiellement exprimés (DEG), des candidats pour mettre au point un test de diagnostic précoce de gestation chez la brebis dans un premier temps, puis chez la vache dans un second temps. L’expression de ces gènes a été évaluée par RT-qPCR et des tests de diagnostic de gestation basés sur les niveaux d‘expression de ces gènes ont été conduits sur 2 lots expérimentaux de brebis et de vaches puis, sur un lot de brebis provenant d’élevages commerciaux. Cinq candidats ont été identifiés et évalués : CXCL10, STAT1, MX1, MX2, ISG15. Les tests, performants dans les lots expérimentaux, n’ont pas permis de discriminer efficacement la gestation dans le lot d’animaux d’élevage commerciaux. Chez ces animaux, une grande variabilité de l’expression des gènes candidats a été observée et suggère un défaut de spécificité de ces gènes dans le cadre du diagnostic de gestation en élevage.Pour comprendre ce défaut de spécificité, une analyse conjointe des transcriptomes des leucocytes sanguins, des nœuds lymphatiques et de l’endomètre caronculaire a montré un différentiel d’expression pour respectivement 118, 17 et 2823 gènes dans les 3 tissus explorés. Peu de DEG ont été trouvés dans les nœuds lymphatiques. Mais, si 78 % des DEG dans les leucocytes sanguins l’étaient aussi dans l’endomètre, les DEG communs à l’endomètre et aux leucocytes ne représentent que 3 % des DEG de l’endomètre. Les analyses de data mining ont mis en évidence dans les leucocytes et dans l’endomètre une réponse forte associée à la gestation, une réponse de type interféron liée à l’IFNt. Cependant, cette signature transcriptomique commune aux deux tissus n’est pas spécifique de la gestation et peut être associée à la présence d’agents infectieux.Ce travail a ainsi permis de mettre en évidence une certaine concordance entre la réaction locale et la réponse périphérique de l’organisme maternel à la gestation. Mais il a également montré que la signature transcriptomique de type interféron observée n’est pas spécifique de la gestation. Ce défaut de spécificité est à l’origine du manque de fiabilité du test de diagnostic de gestation basés sur les niveaux d’expression des gènes régulés par l’interféron que nous avons tenté de mettre au point. D’autres études sont nécessaires pour identifier des marqueurs alternatifs de la gestation, indépendants de l’IFNt / In cattle farming, reproductive performance is closely linked to farm profitability. The early identification of non-pregnant females, using pregnancy diagnosis tests, would allow rapid re-insemination of the animals, thus shortening the interbreeding interval. Ideally, pregnancy detection would be performed prior to the return to oestrous, namely at the time of implantation, which is not possible using current state-of-the-art pregnancy diagnosis techniques. At this early stage of pregnancy, the conceptus produces a ruminant-specific antiluteolytic signal, the interferon tau, which is responsible for the maternal pregnancy recognition. This interferon is critical in the communication between conceptus and maternal organism. The expression of numerous genes has been reported to be regulated by the interferons, in the endometrium and in blood leucocytes of ruminants, at the time of implantation.Recent technical advances for functional analysis of the genome have provided new opportunities for the use of these biological markers in pregnancy diagnosis. The main purpose of this work was to identify non-invasive, reliable and early pregnancy diagnostic markers in immune circulating cells, along with the characterisation of the local and systemic responses of the maternal organism to pregnancy.In order to identify new candidate genes, we performed a transcriptome analysis of pregnant and non-pregnant peripheral blood mononuclear cells, which we combined to a transcriptome analysis of the caroncular endometrium and the lymph nodes that specifically drain the uterus. For practical and cost-effectiveness reasons, these samples were collected in sheep. Based on the results of the transcriptome analysis, we selected, among the differentially expressed genes (DEG), a set of candidate genes in order to develop an early pregnancy diagnosis test initially in ewes and in cows in a second step. Expression of these genes was assessed using real time qPCR. Based on the expression levels of these candidate genes, pregnancy diagnosis tests were performed on different sets of animals: an experimental set of ewes, an experimental set of cows and finally, on a set of ewes from commercial herds. Five candidate genes were identified and evaluated: CXCL10, STAT1, MX1, MX2 and ISG15. Diagnosis tests displayed reliable results in the experimental sets of animals but failed to discriminate pregnancy in the set of farm animals. In this group, we observed high variations in interferon stimulated genes (ISG) expression levels highlighting the low specificity of ISG based pregnancy diagnosis tests performed in farm on heterogeneous batch of animals.To understand this lack of specificity, a simultaneous transcriptome analysis of blood leucocytes, lymph nodes and caroncular endometrium revealed respectively 118, 17 and 2823 DEG. Very few DEG were noticed in the lymph nodes. But if 78% of the DEG in blood leucocytes were found in the endometrium as well, only 3% of the DEG in the endometrium were shared with blood cells. Data mining analysis of the lists of DEG showed a strong pregnancy associated response in both blood leucocytes and the endometrium, an interferon response type, related to the implication of the interferon tau. However, this transcriptomic signature, identified in both biological tissues, is not pregnancy specific as it is frequently associated with pathogen agents.Finally, this work has enabled to highlight the slight correlation between the local (endometrium) and the peripheral (blood leucocytes) response during early pregnancy. But this work has also pointed out that the transcriptomic signature related to pregnancy, an interferon response type, is not pregnancy-specific. This lack of specificity is due to the unreliability of ISG based pregnancy diagnosis tests. Further investigations are needed to identify alternative pregnancy markers, independent of the interferon tau

The effect of untreated roughages on digestibility and rumen fill of the gut was reviewed as physical mechanism influencing the regulation of roughage intake. The review of literature also focused on identifying factors that affect the way in which urea-ammoniation alters the roughage intake, digestibility and performance of ruminant animals. Trials were carried out with fistulated cows to address to what extent concentrate proportion and urea-ammoniation affected microbial colonization and degradation of roughage diets in the rumen. One interest of this study was to develop a model that would help to predict the benefit associated with urea-treatment of roughages. The first trial (Chapter 3) investigated the effect of urea-ammoniation of roughage and concentrate proportion of the diet on degradation of roughages, and the benefit associated with the treatment of roughages. Four rumen-fistulated Jersey cows were fed on a basal diet composed of either urea treated (3 kg of urea per 100 kg of straw) or untreated Eragrostis curvula hay. These basal diets were supplemented with concentrate composed of maize meal (78%) and cotton seed cake (22%). The concentrate contributed 0, 25, 50 and 75% of the total ration and hay the rest. The experiment consisted of 6 periods. Each period lasted 19 days, comprising 12 days of adaptation to the experimental diet followed by 6 days degradability measurements and 1-day rumen fluid collection. During each period the 4 Jersey cows were randomly allocated to 4 of the 8 dietary treatments, ensuring that each diet was fed to 3 animals during the entire experimental period. The experimental roughages used in this trial were wheat (Triticum sativum) straw, barley (Hordeum Vulgare) straw, coastcross (k11) (Cynodon hybrid) hay, veld hay (natural grass), oat (Avena sativa) straw, oat (Avena sativa) hay, maize (Zea mays) stover, kikuyu (Pennisetum clandestinum) grass, weeping love grass (Eragrostsis curvula) and Italian rye (Lolium multiflorum) grass. Each roughage (sample) was subdivided into two equal portions, one of which was then treated with urea. The urea solution was prepared by dissolving 30 g of urea in 0.4 liter of water. The solution was fully distributed over I kg of roughage. Treated roughages were sealed tightly and stored at room temperature for 5 weeks in plastic bags. Immediately after opening, the different roughages, including the untreated ones, were sun dried, chopped fine by hand and ground through a 2-mm screen in a laboratory mill. About 3 g of each sample was weighed into labeled nylon bags. The bags were tied to a stainless steel disc with 10 evenly spaced small holes drilled through the periphery of the disc serving as anchor points. The bags were incubated (in duplicate per time interval) in the rumen for 120, 96, 72, 48, 24, 12, 6 and 3 h, sequentially. The treated samples were incubated in animals fed treated hay, while untreated samples were incubated in animals given untreated hay. Immediately after removal from the rumen, the bags, including the 0 hour ones, which had not been incubated but soaked in warm water for I hour, were washed in 6 cycles (each lasting 4 minutes) in a semi-automatic washing machine. The washed bags were then dried in a forced draught oven at 60 degrees C for 48 hours, cooled in a desicator and weighed. The pH of the rumen fluid ranged between 6.5 and 6.8 for all diets. Rumen ammonia concentration was higher (P<0.002) when the basal diet consisted of urea treated hay. Increasing the concentrate proportion in the diet had the desired effect of increasing rumen ammonia concentration without severely affecting pH. Urea-ammoniation increased (P<O.OOO1) the slowly degradable fraction (B), potential degradability (PD), effective degradability (ED) of dry matter and neutral detergent fiber (NDF), decreased (P>0.05) lag time (LT) but had no effect on the rate of degradation (c) of dry matter. Concentrate proportions affected (P<0.05) the slowly degradable fraction, potential degradability, lag time and effective degradability but had no effect (P>0.05) on the rate of degradation of dry matter (DM). Maximum and minimum values of the slowly degradable fraction, potential degradability and effective degradability of DM and NDF were obtained at the 25 and 75% concentrate levels, respectively. Within urea-ammoniation, roughage type affected (P<O.OO1) the B-fraction, PO and EO of OM and NDF degradation. Rate of degradation of DM of untreated roughages varied from 0.022 h(-1) in wheat straw to 0.087 h(-1) in rye grass, while for urea treated roughages it varied from 0.022 h(-1) in oat straw to 0.082 h(-1) in rye grass. Rye grass degraded almost three to four times faster than urea treated oat or untreated wheat straw. Urea-ammoniation was less effective in increasing DM and cell wall degradation rates (c) of rye grass compared to wheat straw. The results showed that low quality roughages such as wheat straw benefited relatively the most from urea-ammoniation. The effect of urea-ammoniation and dietary manipulation on microbial colonization (Chapter 4) of fiber particles in the rumen of animals was also investigated in two experiments. In Experiment 1, the cows were fed on rations comprising either urea-ammoniated or untreated Eragrostis curvula hay supplemented with concentrate at hay to concentrate ratio of 100:0, 75:25, 50:50, 25:75, resulting in eight different rumen environments. The experiment consisted of two periods. Each period lasted 12 days of adaptation to the experimental diet followed by one-day incubation of urea-ammoniated and untreated barley straw. Experiment 2 consisted of two urea-ammoniated (7.5 kg of urea per 100 kg of hay) hay levels (20 and 40% of the total ration) and concentrate levels (60 and 80%). Fistulated Jersey cows were adapted for 12 days after assigning to the dietary treatment. Feed was given at the rate of 9.0 kg day(-1) per animal portioned into equal meals of 4.50 kg each and offered at 08:00 and 16:00 every day. About 3 g of urea-ammoniated or untreated barley (Hordeum vulgare) straw, ground through a 2-mm screen, was weighed into a labelled nylon bag and incubated for 3, 6 or 12 h in the rumen of the fistulated cows. Microbes adhering to incubated fiber particles were examined under the Environmental Scanning Electron Microscopy (ESEM) and analysed on the image analyser. Depending on morphology , the microbes were divided into three groups: bacilli (rod), cocci (round) and others (spiral, fimbrea and cluster ; not specifically defined or undefined microbes). Urea-ammoniation of dietary roughage decreased (P<O.OO1) bacilli counts and total bacteria count but had no effect on count of the undefined group of microbes on fiber particles in the rumen of cows (Experiment 1). Concentrate proportions had no effect (P>0.05) on bacilli, cocci and total bacterial count on fiber particles. However, the results from electron micrograph observations revealed that the total bacterial count tended to decrease as the concentrate level increased in the diet of cows. Bacilli, cocci, undefined group of microbes and total count of microbes increased (P<0.05) as length of incubation increased. In Experiment 2, incubated feed, concentrate proportion and time of incubation had no effect (P>O.05) on bacilli , others (undefined group of microbes) and total count of fiber-adhering microbes in the rumen of cows. However, increasing concentrate in the diet of cows tended to decrease (P<O.07) the count of fiber-adhering cocci. The total count of microbes on fiber particles was higher in animals fed 80% concentrate as compared to 60% concentrate. The benefit derived from urea treatment in terms of B-fraction, effective degradability and potential degradability of DM and fiber of roughages increased with increasing the NDF content. Therefore, the important conclusions drawn from the results of the present study is that urea-ammoniation of roughages should be done strategically and that high quality roughages may give little return per unit of cost of ammoniation. This means that the benefit associated with urea-ammoniation would be justified for poor quality roughages only. / Thesis (M.Sc.)-University of Natal, Pietermaritzburg, 2003.

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Le méthane (CH4) est un des principaux gaz à effet de serre. L’élevage est à l’origine d’un tiers du CH4 produit par l’activité humaine en Europe. En plus, la production de CH4 représente une perte de 2% à 12 % de l’énergie consommée par l’animal. La méthanogenèse est le résultat de l’activité d’un groupe de microorganismes particuliers - les Archaea méthanogènes. La production de CH4 permet de d’éliminer du milieu ruminal l’hydrogène produit au cours de la fermentation des aliments par les autres microorganismes (bactéries, protozoaires, champignons). En effet, l’accumulation d’hydrogène affecte le fonctionnement optimal du rumen. La réduction des émissions de CH4 par les ruminants présente donc un intérêt économique et environnemental non négligeable et passe inévitablement par une modification de l’écosystème microbien du rumen. L’objectif de ce travail de thèse était de relier la production de CH4 avec la structure et l’activité de la communauté méthanogène du rumen. Différents modèles de manipulation de l’écosystème microbien ruminal comme la défaunation (élimination des protozoaires) et l’utilisation d’aliments connus pour modifier la méthanogenèse ont été utilisés. Le rumen étant un écosystème complexe, les interactions fonctionnelles entre les Archaea méthanogènes et les autres microorganismes présents (bactéries et protozoaires) ont également été étudiées. Dans cette optique, des outils de biologie moléculaire, permettant de cibler les principales communautés microbiennes, ont été optimisés. Nos travaux permettent de conclure sur l’absence de relation claire entre le nombre (et/ou la concentration) des Archaea méthanogènes et la méthanogenèse dans le rumen. Cependant les réductions des émissions de CH4 ont été attribuées aux changements dans la diversité de la communauté méthanogène et la disponibilité en hydrogène. Ce travail de thèse a mis en évidence que les modifications de la composition et/ou de l’activité métabolique de la communauté des Archaea méthanogènes seraient à l’origine des réductions des émissions de CH4 par les ruminants. Une meilleure connaissance des mécanismes microbiens impliqués dans la production de méthane permettra d’envisager de nouvelles pistes pour diminuer les émissions chez les ruminants. / Methane (CH4) is a major greenhouse gas. Livestock contributes to one third of CH4 produced by human activity in Europe. Methanogenesis is the result of the activity of a specific group of microorganisms, the methanogenic Archaea. This natural process prevents hydrogen accumulation in the rumen, which may affect the optimal feed degradation, but it represents a loss of 2% to 12% of energy consumed by the animal. Reduction of CH4 emissions from ruminants presents therefore economic and environmental benefits and inevitably involves a change in rumen microbial ecosystem. However microbial mechanisms of CH4 production in the rumen are still poorly understood. The objective of this thesis was to relate the production of CH4 with the structure and/or the activity of the methanogenic rumen community. Different models of manipulation of the rumen microbiota such as defaunation (removal of protozoa) and the use of feed known to affect methanogenesis were used. Interactions between methanogenic Archaea and other microorganisms (bacteria and protozoa) were also studied in the complex rumen ecosystem. In this context, tools of molecular biology, to identify key microbial communities, were optimized. Our work allows to conclude that there is no clear relationship between the number of methanogenic Archaea and methanogenesis rate in the rumen. However, reduction in CH4 emissions could be attributed to changes in the diversity of the methanogenic community and the availability of hydrogen. This thesis has shown that changes in the composition and / or metabolic activity of methanogenic Archaea community were associated to the reductions in CH4 emissions observed in our animal trials. A better understanding of microbial mechanisms involved in the production of methane will consider new ways to reduce emissions in ruminants.

La cryptosporidiose est une infection du tube digestif, causée par un protozoaire du genre Cryptosporidium, à l'origine de diarrhées néonatales chez les jeunes ruminants. Cette affection revêt une importance en santé publique et en santé animale, ces deux aspects étant liés par l’existence d'espèces zoonotiques, la principale étant C. parvum. Les données sur l'épidémiologie moléculaire de Cryptosporidium spp chez les ruminants abondent au niveau international mais sont limitées pour la France. Ce travail a confirmé la forte prévalence et les forts niveaux d'excrétion en oocystes de Cryptosporidium chez les jeunes ruminants. L'espèce C. parvum a été identifiée aussi bien chez les veaux, les chevreaux que chez les agneaux. A l'inverse, les espèces C. xiaoi (chez le jeune) et C. ubiquitum (adultes en gestation) n'ont été retrouvées que chez les caprins et les espèces C. bovis et C. ryanae uniquement chez les veaux.Deux espèces zoonotiques ont été identifiées, C. ubiquitum et C. parvum. Tous les sous-types de C. parvum identifiés appartiennent à la famille zoonotique IIa. Le sous-type IIaA15G2R1 a été majoritairement retrouvé quelle que soit l'espèce hôte. Cette observation confirme ce qui a été observé dans d'autres pays à savoir le rôle de réservoir des jeunes ruminants dans la transmission d'isolats de C. parvum à l'homme. Enfin, ce travail a mis en évidence la complexité de l'épidémiologie de l'infection par Cryptosporidium spp avec une évolution de la prévalence et du niveau d'excrétion ainsi que de la distribution des espèces et sous-types de C. parvum d'une année sur l'autre au sein d'un même élevage. / Cryptosporidiosis is an infection of the digestive tract due to protozoa of the genus Cryptosporidium, which cause neonatal diarrhoea in young ruminants. This infection has a real significance in public and animal health; in fact, both of these aspects are bound by the existence of zoonotic species including C. parvum, the predominant species. Molecular epidemiology data on Cryptosporidium spp are very numerous over the world; however, little information has been published in France.This work confirmed the high prevalence and high level of excretion of Cryptosporidium oocysts in young ruminants. C. parvum species was identified in calves, goat kids and also in lambs. By contrast, the two species, C. xiaoi (goat kids) and C. ubiquitum (pregnant goats) were only found in goats whereas C. bovis and C. ryanae were observed only in calves.Two zoonotic species have been identified: C. ubiquitum and C. parvum. All C. parvum subtypes belongs to the IIa zoonotic family. IIaA15G2R1 subtype was mainly found in all ruminants' species. This observation confirms the potential role of young ruminants in transmission of zoonotic isolates of C. parvum to humans which has already been observed in previous studies over the world. Finally, this work highlighted the complexity of the epidemiology of Cryptosporidium spp infection, in particular the evolution in the prevalence and level of excretion and in the distribution of Cryptosporidium spp species or C. parvum subtypes according to the year of sampling in the same livestock.

L’objectif de l’étude est d’évaluer la durabilité de la filière laitière de petits ruminants au Liban et d’identifier ses faiblesses afin de proposer des solutions garantissant sa pérennité. Les résultats d’une enquête englobant 129 éleveurs (Srour, 2006) ainsi que de trois enquêtes portant sur 15 transformateurs, 83 distributeurs et 250 consommateurs ont été agrégés en 12 paramètres représentant les trois volets de la durabilité (environnementale, sociale et économique). Les résultats ont été utilisés pour concevoir un cahier des charges englobant des solutions aux problèmes de la durabilité ; celui-ci a été validé auprès de 16 producteurs, 15 transformateurs, 17 distributeurs et 20 consommateurs. Les producteurs sont responsables de l’impact environnemental le plus important de la filière et souffrent d’une fragilité économique élevée. Les transformateurs sont caractérisés par un manque d’investissement et de politique de traitement des déchets, mais présentent les meilleures conditions sociales à leurs employés et sont les plus performants au niveau de la valeur ajoutée malgré un taux faible de croissance. Chez les distributeurs, les épiceries sont en régression face à des grandes surfaces en pleine expansion et offrant de meilleures conditions sociales à leurs employés. Les consommateurs ignorent le concept de la durabilité et basent leur confiance sur les vendeurs pour l’achat des produits traditionnels. La mise en place de cahier des charges est soutenue par son originalité, l’absence de produits similaires et la situation géographique, mais elle doit prendre en considération la réceptivité du marché (local et extérieur) et l’absence d’infrastructure spécialisée / The aim of this study is to evaluate the sustainability of dairy small ruminant supply chain in Lebanon and to identify its weaknesses in order to suggest solutions guaranteeing its durability. The results relevant to a survey covering 129 breeders (Srour, 2006) and to three other surveys covering 15 processors, 83 distributors and 250 consumers were combined in 12 parameters representing the three facets of sustainability (environmental, social and economical). The results were used to design a labelling scheme containing solutions to sustainability problems; the latter was then validated with 16 breeders, 15 processors, 17 distributors, and 20 consumers. The breeders are responsible for the most important environmental impact of the supply chain and suffer from a high economical fragility. The processors are characterized with a shortage of investment and waste treatment policy but present the best social conditions to their employees and hold the best added value performance despite a weak growth rate. At the distributors’ level, groceries are in regression, facing large retailers in full expansion and offering better social conditions to their employees. The consumers ignore the sustainability concept and base their trust on the salesmen in buying traditional products. The application of the labelling scheme is supported by its originality, the absence of similar products and the geographical situation, but it has to take into consideration the receptiveness of the market (local and foreign) and the absence of specialized infrastructure

La réduction des émissions de méthane (CH 4) des ruminants permet de limiter les impacts environnementaux négatifs de leur élevage et d’améliorer leur efficacité digestive. Dans le rumen, le CH 4 est majoritairement produit par les méthanogènes à partir de l’hydrogène (H 2). La disponibilité de l’H 2 pour ces micro-organismes est réduite en limitant sa production par les protozoaires (via un apport de lipides ou extraits de plantes dans la ration) ou en stimulant des voies utilisatrices d’H 2 compétitives à la méthanogenèse (via un apport alimentaire de nitrate). Aucune étude n’a porté sur l’association de stratégies alimentaires jouant à la fois sur la production et l’utilisation d’H 2 pour diminuer les émissions de CH 4 . Notre objectif était de comprendre l’importance des différentes voies métaboliques de l’H 2 dans le rumen. Nous avons émis l’hypothèse que manipuler simultanément la production et l’utilisation de l’H 2 permet une diminution plus importante des émissions de CH 4 plutôt que d’agir sur un seul niveau. Nos résultats expérimentaux ont montré l’additivité de l’association lipides du lin-nitrate sur la méthanogenèse des bovins. Cet effet était persistant mais non bénéfique pour les performances digestives et laitières des animaux. L’association saponine de thé-nitrate n’a pas été efficace pour réduire les émissions de CH 4 car l’effet dépressif de la saponine sur les protozoaires n’a pas été observé. Cette thèse ouvre la possibilité d’étudier le potentiel anti-méthanogène de nouvelles associations de stratégies alimentaires ayant des mécanismes d’action différents dans le rumen. Les conditions d’utilisation de ces stratégies en élevage devront être délimitées, et leur rentabilité prouvée, pour être acceptées par l’éleveur. / Reduction of methane (CH 4) emissions from ruminants may limit the negative environmental impacts of their breeding and may improve their digestive efficiency. In the rumen, CH 4 is mainly produced by methanogens from hydrogen (H 2). Hydrogen availability for these micro-organisms is reduced by limiting its production by protozoa (via lipids or plants extracts supplementation in diets) or by stimulating pathways competing with methanogenesis for H 2 consumption (via nitrate supplementation in diets). No study tested association of dietary strategies acting on both H 2 production and consumption to reduce CH 4 emissions. Our objective was to understand the importance of the different H 2 metabolic pathways in the rumen. We assumed that simultaneous manipulation of H 2 production and consumption reduces CH 4 emissions to a higher extent than acting on a single pathway. Our experimental results showed the additive CH 4 -mitigating effect of the association lipids from linseed-nitrate supplemented to bovine. This effect was persistent but not beneficial for digestive and lactating performances of animals. The association tea saponin-nitrate was not efficient to reduce CH 4 emissions, as the depressive effect of saponin towards protozoa has not been observed. This PhD thesis opens the possibility to study the anti-methanogenic potential of new association of dietary strategies having different mechanisms of action in the rumen. Conditions of use of these strategies at the breeding scale will have to be delineated, and their cost effectiveness proved to be accepted by farmers.

La composition du lait en acides gras (AG) chez la vache laitière est la résultante du métabolisme lipidique au niveau du rumen et au niveau de la glande mammaire. Dans le cadre du renouvellement des systèmes d’unités d’alimentation INRA, l’objectif de ce travail est de prédire par une approche quantitative utilisant la méta-analyse de bases de données, les flux duodénaux d’AG chez les ruminants, le transfert des AG de l’intestin à la glande mammaire, et les flux d’AG sécrétés dans le lait.Des équations de prédiction des flux duodénaux et absorbés des AG saturés, des AG impairs et ramifiés, et d’un grand nombre d’isomères des AG insaturés ont été obtenues en intégrant les effets de facteurs expérimentaux tels que la nature du fourrage, le pourcentage de concentré, la supplémentation en huiles, graines végétales, et en produits marins, et leurs interactions. Ces équations sont fonction des AG ingérés et des facteurs interférents (mode de conservation et familles botaniques des fourrages, composition du régime alimentaire, caractéristiques des animaux).Pour le transfert des AG du duodénum à la glande mammaire, les équations privilégient comme prédicteur leur flux duodénal respectif, mais utilisent aussi des paramètres digestifs ruminaux (pH, acétate, butyrate) ou des caractéristiques des rations pour les AG impairs et ramifiés, ou les AG synthétisés de novo (C4:0 à C14:0).La validation de ces modèles a été faite à partir d’une base de données externe qui a permis de coupler les deux modèles et d’évaluer leur précision. Finalement, nous proposons des équations de prédiction des AG spécifiques ainsi que des groupes d’AG présentant un intérêt nutritionnel et qui peuvent fournir une approche aux systèmes d'unités d'alimentation pour prédire leurs réponses à différents types de rations. / Milk fatty acids (FA) composition in dairy cows results from lipid metabolism in rumen and mammary gland. In the context of renewing the INRA feed unit system, the objective of this work is to predict, by a quantitative approach using metaanalysis, duodenal flows of FA in ruminants, FA transfer from the intestine to the mammary gland, and the secreted FA flows in the milk. Predictive equations for duodenal and absorbed saturated FA, odd and branched FA, and a large number of unsaturated FA isomers were obtained by integrating the effects of experimental factors such as the nature of the forage, the concentrate percentage, supplementation with oleaginous oils and seeds, and marine products, and their interactions.These equations are function of ingested FA and their interfering factors (forage conservation mode and botanical family, diet composition, animal factors).For the transfer of FA from duodenum to the mammary gland, the equations favor the prediction of their respective duodenal flows, but they also use ruminal digestive parameters (pH, acetate, butyrate) or dietary characteristics for odd and branched FA, or de novo synthesized FA (C4 :0 to C14 :0).Models validation was done with an external database, which allowed coupling the two models and evaluate their accuracy. Finally, we propose predictive equations for specific FA as well as FA groups of nutritional interest that can provide an approach to the INRA feed unit system to predict their milk yield responses according to different types of rations.

Master of Science / Department of Clinical Sciences / David S. Hodgson / Peste des petits ruminants (PPR) is an economically important and highly contagious disease of sheep and goats. It is characterized by enteritis, stomatitis, pneumonia, and discharge from the nose and eyes. This report contains a review of PPR and its epidemiology in Afghanistan and other PPR- endemic countries followed by recommendations for dealing disease in Afghanistan. Studies showed that PPR is still endemic in Afghanistan’s neighboring countries including Pakistan, Iran, Tajikistan, and China. From January of 2009 to January of 2010, 852 outbreaks of PPR were reported to the OIE from 24 different countries. However, this study focuses on Afghanistan and some neighboring countries (Iran, Tajikistan). Animal clinics and Veterinary Field Units (VFUs) reported 7,741 cases of PPR from 2008 to 2009 in different parts of Afghanistan. A study by the Food and Agriculture Organization (FAO) in 2009 showed that PPR is endemic in various parts of Afghanistan. Seroprevalence of PPR varied from 0% in Kapisa to 48% in Herat province of Afghanistan. The last chapter of this report includes recommendations and guidelines regarding prevention and eradication of PPR from Afghanistan. These recommendations could help improve animal health and the economy of Afghanistan in the future.