Pour obtenir des listes de mots de fréquences exceptionnelles par rapport à un modèle aléatoire, par exemple dans un contexte de biologie moléculaire, il faut quantifier la qualité de la prédiction des fréquences d'une famille de mots. Nous étudions les probabilités de grandes déviations du processus vectoriel de comptage d'une famille de mots dans des modèles de Markov et des modèles de Markov cachés. Pour démontrer ces résultats, nous établissont un développement du type Edgeworth sur les fonctionnelles additives d'une chaîne de Markov finie. Nous utilisons les théorèmes obtenus pour produire des listes de mots exceptionnels dans les génomes d'Escherichia Coli et de Bacillus Subtilis par conditionnements successifs d'un modèle statistique initial.

L'acquisition récente de 3000 km de données de sismique sparker haute résolution et morphobathymétriques EM 1000 dans le domaine côtier sud armoricain apporte des éléments qui éclairent l'histoire cénozoïque du Sud Bretagne et notre compréhension de la genèse des vallées et estuaires quaternaires. L'étude est basée sur la cartographie des éléments morphologiques, stratigraphiques et structuraux de la prolongation en mer des principaux fleuves de l'Odet, du Blavet, d'Etel et de la Vilaine. Elle a permis la reconnaissance de cinq paléo-réseaux hydrographiques. L'étude de l'évolution des profils longitudinaux et transversaux de ces réseaux, des surfaces d'abrasion marines qui les recoupent, de l'architecture interne de leur remplissage, et leur comparaison avec les réseaux contemporains préservés le long de la marge atlantique ont permis de discuter l'impact de la lithologie, de la tectonique et du climat sur la dynamique des paléo-réseaux hydrographiques.

A partir des années quatre vingt plusieurs études ont commencé à poser la question de la différenciation des parcours professionnels. Cette différenciation s'est manifestée dans un contexte historique caractérisé par une transformation profonde du monde productif et des normes d'emploi. Ce monde productif d'aujourd'hui est un modèle plus flexible, plus instable et plus précaire pour les nouvelles générations que pour les précédentes. Les transformations dans la sphère productive se sont de plus associées à des processus d'affaiblissement des principales institutions de socialisation comme la famille et l'école. Parallèlement, quelques auteurs ont mis en évidence des mutations qui touchent les temporalités sociales et individuelles. Cette thèse propose d'analyser le processus de construction des parcours professionnels des jeunes, en observant leurs premiers pas dans le monde du travail à un moment clé : celui de la fin de la formation secondaire ou professionnelle. Nous cherchons à comprendre la manière dont les parcours professionnels de jeunes résidant dans la Région Nord du Grand Buenos Aires en Argentine se construisent dans un contexte de transformations profondes ; à dégager de nouvelles clés de lecture à partir de ces mutations du contexte ; et à identifier les nouveaux facteurs qui complètent les analyses classiques sur les parcours professionnels. Ces objectifs sont atteints par la mise en place d'une recherche qualitative et longitudinale qui suit pendant deux ans les parcours professionnels d'un panel de jeunes hommes et femmes qui sortent au même moment, en 2006, de formations différenciées (secondaire et professionnelle dans des institutions du secteur public et privé). L'analyse des pratiques professionnelles des jeunes du panel permet d'identifier cinq profils de parcours professionnels objectifs. Les différences dans la distribution de ces profils montrent que la structure du marché professionnel ou l'origine sociale et éducative ne suffîsent pas à expliquer les ressemblances et dissemblances entre les parcours de ces jeunes. D'autres facteurs sont en conséquence nécessaires pour expliquer la différenciation des parcours. Nous abordons dans un premier temps la place des facteurs symboliques à partir de la description des rapports à la vie professionnelle des jeunes. Nous insistons ensuite sur la recherche des explications complémentaires qui dépassent la sphère professionnelle : les temporalités et les rapports aux temps de ces jeunes apparaissent ainsi comme un autre facteur pertinent pour la compréhension de la façon dont leurs parcours se construisent. L'ajout de ces nouveaux facteurs à ceux dont l'effet est plus connu est important. Cependant, les variables d'origine sociale, les pratiques,les rapports symboliques et les temporalités jouent un rôle différent selon la manière dont ils sont articulés entre eux. Le même facteur n'opère pas de manière linéaire et univoque dans tous les parcours. Nous soutenons enfin que c'est la manière dont les facteurs s'imbriquent entre eux qui est une clé de lecture fondamentale pour analyser la construction actuelle des parcours professionnels des jeunes. Ces imbrications sont abordées sous la dénomination de " séquences professionnelles ". Neuf séquences professionnelles typiques sont ainsi identifiées au sein des jeunes du panel. La récurrence des séquences permet de dépasser les histoires individuelles pour atteindre des généralisations plausibles sur les modes de construction des parcours. Enfin, la forme qu'adopte l'imbrication de facteurs au sein d'une séquence permet de mettre en lumière les parts d'hétérogénéité, de singularisation et d'inégalité qui différencient les parcours professionnels des jeunes.

Cette thèse s'est déroulée dans les laboratoires de FTR&D des sites de Belfort et d'Issy les Moulineaux, dans le cadre de l'école doctorale de l'ENST. Les travaux ont porté sur des aspects bande étroite et bande large du canal de propagation radiomobile dans le contexte particulier de la macrodiversité. Ils se sont répartis entre des expérimentations et des études plus théoriques visant justement à préparer ces expérimentations ou à en exploiter les résultats. Lors des phases de communications les plus critiques d'une transmission radiomobile, par exemple lorsque le mobile se trouve en bordure de cellule , on a tout intérêt à relier le mobile simultanément à plusieurs stations. Cela s'appelle la macrodiversité. Cette technique est inhérente au fonctionnement des systèmes radiomobiles de nouvelle génération. On parle ainsi de plus de 40% de mobiles en situation de macrodiversité dans le système CDMA. La mise en œuvre de l'algorithme de handover qui gère la macrodiversité, et les performances même de la macrodiversité, peuvent dépendre de l'affaiblissements moyens sur les différentes voies, voire des affaiblissements rapides ou des profils de réponses impulsionnelles instantanées. D'où l'importance de bien savoir caractériser les phénomènes de propagation dans ce contexte, ce qui constitua l'objectif prioritaire de cette thèse, même si certains résultats ont pu aussi être utilisés à d'autres fins. Nous avons d'abord entrepris des études bande étroite, qui se sont articulées autour de simulations et de mesures. Elles nous ont aidé à élaborer un modèle informatique très complet des masques, intégrant à la fois leurs propriétés d'inter et d'autocorrélation. Ce modèle a ensuite été porté sur différents environnements de calcul. Il permet de restituer avec plus de réalisme les masques lors de simulations systèmes. Nous avons complété ces études par des études large bande, qui nous ont amené à proposer des améliorations sur le sondeur et à définir de nouveaux protocoles de mesure. Nous avons ainsi breveté une méthode de mesure large bande en macrodiversité, méthode dont on pourrait s'inspirer pour effectuer, de façon plus générale, de l'identification de canal. Nous avons également mené une réflexion sur les séquences utilisées dans les sondeurs à compression d'impulsion et sur les moyens de les optimiser.

Les recherches menées dans le cadre de mon doctorat concernent le domaine de la Traduction Automatique (TA), ou comment traduire d'une langue source vers une langue cible sans aucune intervention humaine. Mes travaux se sont plus particulièrement concentrés sur l'approche statistique de la TA qui consiste à utiliser différents modèles probabilistes appris sur des quantités importantes de corpus parallèles alignés afin de trouver la traduction la plus vraisemblable d'une phrase source. Deux problèmes étroitement liés à l'approche statistique de la TA sont abordés dans ce manuscrit : la collecte de corpus parallèles et l'estimation de modèles de traduction à partir de ces corpus. Un système de TA statistique extrait la connaissance dont il a besoin pour produire des traductions à partir de corpus parallèles dans lesquels chaque phrase source est associée à sa traduction dans la langue cible. De nombreux travaux utilisent comme corpus parallèle les actes du Parlement Européen disponibles gratuitement en différentes langues. De tels corpus ne sont pas adéquats pour la traduction de parole spontanée, c'est pourquoi j'ai décidé de construire des corpus parallèles à partir de sous-titres de films afin de construire un système de traduction plus réaliste. Les sous-titres sont des données complexes, ils ne peuvent constituer un corpus parallèle aligné dans leur état brut. Ils nécessitent une phase de pré-traitement et d'alignement. J'ai pour cela proposé une méthode originale basée sur la Programmation Dynamique qui aligne automatiquement les sous-titres. J'ai ainsi constitué une ressource importante et riche pour l'apprentissage des systèmes de TA statistique. La TA statistique repose sur l'utilisation de plusieurs modèles statistiques comme le modèle d'alignement, la table de traduction ou encore le modèle de distortion. La table de traduction est le modèle le plus indispensable à un système de TA statisque pour calculer la traduction la plus vraisemblable d'une phrase source. En effet, celle-ci donne les probabilités de traduction entre les couples de mots sources et cibles. Il existe différentes méthodes permettant l'estimation de ces tables de traduction. Elles ont habituellement recours à un alignement des mots obtenu automatiquement sur les corpus parallèles. Cette tâche d'alignement est une étape longue et fastidieuse qui fait appel à des algorithmes complexes. Le coeur de mon travail a été de repenser le problème et d'explorer de nouvelles pistes pour estimer les tables de traduction de mots et de séquences de mots, totalement différentes des méthodes état-de-l'art. J'ai proposé une approche originale basée sur le concept de triggers inter-langues qui ne nécessite aucun alignement des mots au sein des corpus parallèles. Les triggers inter-langues permettent de mettre en évidence des unités fortement corrélés en se basant sur l'Information Mutuelle. Dans notre cas les unités sont des séquences de mots sources et cibles. L'idée derrière ce concept est que si une séquence de mots sources est fortement corrélée à une séquence de mots cibles en termes d'IM, alors nous pouvons supposer que la présence de la première dans une phrase source déclenchera la présence de la seconde dans sa traduction et vice versa. J'ai proposé d'utiliser les triggers inter-langues sur les corpus parallèles dans le but de trouver les traductions possibles de séquences de mots et ainsi constituer une table de traduction. L'Information Mutuelle est une mesure de co-occurence qui se calcule simplement en un seul passage sur le corpus parallèle. Pour sélectionner les triggers interlangues, nous supposons que deux séquences sources et cibles co-occurent si elles apparaissent dans une même paire de phrases du corpus parallèle. De ce fait, ma méthode ne requiert qu'un alignement au niveau des phrases et non au niveau des mots au sein du corpus parallèle. L'utilisation des triggers inter-langues pour estimer une table de traduction rend mon approche moins complexe mais tout aussi efficace que les approches existantes. Dans un contexte de traduction mot-à-mot, la table de traduction obtenue grâce aux triggers inter-langues conduit à des traductions automatiques de meilleur qualité, en termes de score BLEU, que celles produites avec une table de traduction de mots estimée selon le modèle 3 d'IBM. Dans un contexte de traduction par groupe de mots, la table de traduction basée sur les triggers inter-langues amènent à des traductions automatiques dont le score BLEU est supérieur à 34 et proche de celui des traductions automatiques produites par une table de traduction de séquences estimées à partir de l'alignement des mots suivant les approches état-de-l'art. Mots-clés: Traduction Automatique Statistique, Triggers Inter-langues, Traduction Automatique à base de séquences

Dans le contexte concurrentiel actuel, les entreprises issues des secteurs automobile et aéronautique doivent impérativement mettre en place, de manière efficace, des stratégies d'ingénierie intégrée et de gestion de cycle de vie des produits, ceci afin de maintenir leurs facteurs de compétitivité, tels que la productivité, l'efficacité et la flexibilité, en particulier en phase de début de cycle de vie des produits (développement et industrialisation). Dans ce contexte, une condition industrielle nécessaire est requit pour l'intégration des contraintes liées aux différentes phases du cycle de vie du produit au sein du processus de développement avec le support de systèmes permettant la gestion des données-informations-connaissances. Dès lors, il est important d'apporter, le plus tôt possible, une aide à la décision en ingénierie, afin de fournir un produit se prêtant aux problématiques liées aux phases de son cycle de vie. Ce travail de thèse s'inscrit dans les domaines de la conception intégrée et de la gestion des informations techniques, plus particulièrement centrée sur le produit et sa séquence d'assemblage. Celui-ci a consisté à la mise en place d'un modèle multi-vues baptisé MUlti-Vues Orienté Assemblage (MUVOA) visant à cartographier les concepts dans les domaines du produit et du processus d'assemblage pour la définition, la propagation et la traçabilité des informations du couple produit-process. Un ensemble de vues interdépendantes (fonctionnelle, comportementale, structurelle, géométrique, technologique et contextuelle) a été défini en fonction des profils (rôle, préoccupation, termes métier, processus métier, etc.) des acteurs métier impliqués dans les questions de conception orientée assemblage, à savoir l'architecte produit, le gammiste, le concepteur et l'expert process. Sur la base de ce modèle MUVOA, un cadre méthodologique baptisé Proactive ASsembly Oriented DEsign (PASODE) a été proposé, ceci afin de définir une séquence d'assemblage optimale dans les phases préliminaires du processus de développement, et de l'utiliser pour définir un contexte d'assemblage à base de squelettes dans la vue géométrique produit. De ce fait, le cadre méthodologique PASODE proposé regroupe trois approches, telles que : l'approche basée sur l'algorithme ASDA (Assembly Sequence Definition Algorithm) dédiée à la définition/planification de séquences d'assemblage en phases préliminaires du processus de développement des produits, l'approche SKL-ACD (SKeLeton-based Assembly Context Definition) dédiée la définition d'un contexte d'assemblage à base de squelettes géométriques, et l'approche PRM (Product Relationships Management) dédiée à la gestion des relations du produit à différents niveaux d'abstraction en contexte PLM. Le modèle MUVOA ainsi que le cadre méthodologique PASODE ont été mis œuvre dans un outil informatique appelé PEGASUS, situé à l'interface des systèmes PLM (Product Lifecycle Management) associés à la gestion des informations techniques du couple produit-process, tels que les systèmes PDM (Product Data Management), MPM (Manufacturing Process Management) et CAO (Conception Assistée par Ordinateur). Cette implémentation informatique, basée sur la méthode Modèle Vue - VueModèle et le langage C#, nous a permis de réaliser trois expérimentations industrielles, afin d'illustrer et de valider les trois approches du cadre méthodologique. Parmi les cas d'applications, nous avons introduit un cas de conception d'un combiné Catalyseur – Filtre à Particules en collaboration avec l'entreprise Faurecia Technologies de Contrôle des Emissions (ECT), la conception de la partie structurelle d'un avion de type A320 en collaboration avec l'entreprise EADS Innovation Works, et un dernier cas avec l'entreprise MABI sur la conception d'un marteau burineur pneumatique.

En imagerie d'émission, la médecine nucléaire fournit une information fonctionnelle sur l'organe étudié. En imagerie de transmission, elle fournit une information anatomique, destinée par exemple à corriger certains facteurs de dégradation des images d'émission. Qu'il s'agisse d'une image d'émission ou de transmission, il est utile de savoir extraire de façon automatique ou semi-automatique les éléments pertinents : le ou les organes d'intérêt et le pourtour du patient lorsque le champ d'acquisition est large. Voilà le but des méthodes de segmentation. Nous avons développé deux méthodes de segmentation par contours actifs, le point crucial étant la définition de leur vitesse d'évolution. Elles ont été mises en œuvre par les ensembles de niveaux. En premier lieu, nous nous sommes intéressés à l'imagerie statique de transmission de la région thoracique. La vitesse d'évolution, définie heuristiquement, fait directement intervenir les projections acquises. La carte de transmission segmentée, obtenue ainsi sans reconstruction, doit servir à améliorer la correction de l'atténuation photonique subie par les images cardiaques d'émission. Puis nous avons étudié la segmentation des séquences cardiaques -- d'émission -- synchronisées par électrocardiogramme. La méthode de segmentation spatio-temporelle développée résulte de la minimisation d'un critère variationnel exploitant d'un bloc l'ensemble de la séquence. La segmentation obtenue doit servir au calcul de paramètres physiologiques. Nous l'avons illustré en calculant la fraction d'éjection. Pour terminer, nous avons exploité les propriétés des ensembles de niveaux afin de développer une méthode géométrique de recalage, non rigide et non paramétrique. Nous l'avons appliquée à la compensation cinétique des images des séquences cardiaques synchronisées. Les images recalées ont alors été ajoutées de sorte à produire une image dont le niveau de bruit est comparable à celui d'une image cardiaque statique sans toutefois souffrir de flou cinétique.

L'alignement de séquences biologiques est une technique fondamentale en bioinformatique, et consiste à identifier des séries de caractères similaires (conservés) qui apparaissent dans le même ordre dans les deux séquences, et à inférer un ensemble de modifications (substitutions, insertions et suppressions) impliquées dans la transformation d'une séquence en l'autre. Cette technique permet de déduire, sur la base de la similarité de séquence, si deux ou plusieurs séquences biologiques sont potentiellement homologues, donc si elles partagent un ancêtre commun, permettant ainsi de mieux comprendre l'évolution des séquences. Cette thèse aborde les problèmes de comparaison de séquences dans deux cadres différents: la détection d'homologies et le séquençage à haut débit. L'objectif de ce travail est de développer des méthodes d'alignement qui peuvent apporter des solutions aux deux problèmes suivants: i) la détection d'homologies cachées entre des protéines par comparaison de séquences protéiques, lorsque la source de leur divergence sont les mutations qui changent le cadre de lecture, et ii) le mapping de reads SOLiD (séquences de di-nucléotides chevauchantes codés par des couleurs) sur un génome de référence. Dans les deux cas, la même idée générale est appliquée: comparer implicitement les séquences d'ADN pour la détection de changements qui se produisent à ce niveau, en manipulant, en pratique, d'autres représentations (séquences de protéines, séquences de codes di-nucléotides) qui fournissent des informations supplémentaires et qui aident à améliorer la recherche de similarités. Le but est de concevoir et d'appliquer des méthodes exactes et heuristiques d'alignement, ainsi que des systemes de scores, adaptés à ces scénarios.

Le complexe Burkholderia cepacia (Bcc) englobe 17 espèces retrouvées dans les infections pulmonaires d'individus atteints de mucoviscidose. Les bactéries de ce complexe sont présentes dans les sols, la rhizosphère de grandes cultures, les eaux usées et peuvent également être rencontrées dans le cadre d'infections nosocomiales. En France, les espèces B. multivorans et B. cenocepacia (Bcen) sont les espèces majoritaires au niveau des infections de patients atteints de mucoviscidose. Divers clones épidémiques ont été décrits au sein de l'espèce Bcen dont le clone ET12 associé au "syndrome cepacia". En 2004, une épidémie nosocomiale impliquant un clone du Bcc est survenue dans un hôpital de l'Ain. Durant ce travail, l'origine de ce clone (B&B), sa classification au sein du Bcc et certains phénomènes génétiques liés à son émergence ont été étudiés. Cela a permis d'identifier ce clone comme appartenant à l'espèce Bcen et une forte proximité de celui-ci avec la lignée ET12. L'étude des facteurs transcriptionnels de la famille σ70 au sein du Bcc a mis en évidence une structure génétique similaire entre la lignée ET12 et ce clone, mais différente de celle observée chez les autres espèces du Bcc. L'analyse d'éléments génétiques répétés de la famille des séquences d'insertion (IS) a cependant permis d'observer une organisation génomique distincte de la lignée ET12. Celle-ci a été reliée à des phénomènes d'instabilité génétique notamment à des phénomènes d'acquisition d'éléments génétiques mobiles de type îlot génomique. L'ensemble de ce travail a permis de caractériser un ensemble de phénomènes génétiques pouvant expliquer l'émergence de clones épidémiques tels que le clone B&B.

La modélisation statistique de séquences homologues par HMM profils laisse de côté l'information phylogénétique reliant les séquences. Nous proposons ici des modèles combinant efficacement analyse longitudinale (séquences protéiques vues comme des enchaînements d'acides aminés) et verticale (séquences vues comme étant le produit d'une évolution le long des branches d'un arbre phylogénétique). De tels modèles appartiennent à la famille des phylo-HMM, introduite dans le courant des années 1990 (Mitchison& Durbin). Notre objectif étant la détection d'homologues distants dans les bases de données, nous décrivons une méthodologie de dérivation complète des paramètres des phylo-HMM profils basée sur la phylogénie: les modèles que nous proposons sont des HMM de reconstruction ancestrale,issus d'un processus d'inférence phylogénétique des positions conservées, des probabilités d'émission de caractères sur les états Match et Insertion, ainsi que des probabilités de transition entre états du HMM. Nous suggérons notamment une nouvelle modélisation pour l'évolution des transitions entre états du HMM, ainsi qu'un modèle de type Ornstein-Uhlenbeck pour l'évolution des longueurs des insertions. Contraintes évolutives et contraintes longitudinales sont ainsi simultanément prises en compte. Le processus d'apprentissage développé a été implémenté et testé sur une base de données de familles de séquences homologues,mettant en évidence des gains à la fois en termes de vraisemblance accrue des homologues distants et en termes de performance lorsqu'il s'agit de détecter ceux-ci dans les grandes bases de données protéiques