Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-02T16:18:50Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 704726 bytes, checksum: 12ea6abf87e26aaed63ff994b006639e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-02T16:18:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 704726 bytes, checksum: 12ea6abf87e26aaed63ff994b006639e (MD5) Previous issue date: 2016-07-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O Brasil se destaca como um dos maiores produtores de frutas cítricas do mundo e, emprega o melhoramento genético com o intuito de aumentar a qualidade e produtividade dos produtos. O processo de seleção corresponde a uma das principais etapas de um programa de melhoramento, portanto, a adoção de procedimentos que proporcionem maior acurácia seletiva é de suma importância. A seleção pode ser realizada com base apenas em fenótipos ou com base nos efeitos de marcadores moleculares sobre os fenótipos. Este trabalho foi realizado com o objetivo de estimar parâmetros genéticos, ganhos com a seleção e diversidade genética de genótipos provenientes de uma população de Citrus utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP); aplicar a seleção genômica ampla (GWS) no melhoramento de Citrus e verificar a sua eficiência sobre a seleção baseada apenas em fenótipos. Neste estudo foi analisada uma população híbrida de Citrus composta por 180 indivíduos. Estes, foram fenotipados para 15 variáveis relacionadas à qualidade de frutos e resistência à clorose variegada dos citros (CVC), e genotipados com 5.287 marcadores moleculares DArT_seqTM. Com base nos resultados, observou-se que a população de Citrus avaliada apresenta potencial para o melhoramento genético para a maioria das variáveis avaliadas (11) e, a introdução de novos genótipos deve ser realizada para aumentar o potencial de seleção da população para as variáveis que não apresentaram variabilidade genética. A seleção genômica ampla (GWS) apresenta superioridade à seleção com base apenas em dados fenotípicos, em termos de ganho genético por unidade de tempo. Portanto, GWS é uma ferramenta promissora para o melhoramento genético do Citrus, uma vez que, proporciona acuradas predições dos fenótipos em estádios iniciais do desenvolvimento da planta. / Brazil stands out as one of the largest producers of Citrus fruits in the world, and employs breeding in order to increase the quality and productivity of products. The selection process is one of the main phases of a breeding program; therefore, the adoption of procedures that provide greater selective accuracy is very important. The selection can be performed based only on phenotypic effects or based on molecular markers effects on phenotypes. This work was carried out in order to estimate genetic parameters, gains from genetic selection and diversity of genotypes from a population of Citrus using the mixed model methodology (REML/BLUP); apply Genome Wide Selection (GWS) in the Citrus breeding and verify its effectiveness on the selection based only on phenotypes. In this study was evaluated a hybrid population of Citrus composed of 180 individuals. The individuals were phenotyped for 15 variables related to fruit quality and resistance to Citrus variegated chlorosis (CVC), and genotyped with 5,287 molecular markers DArT_seqTM. Based on the results, it was observed that the population of Citrus evaluated presents potential for genetic improvement for the majority of variables (11), and the introduction of new genotypes should be performed to increase the selection potential of the population for variables that did not present genetic variability. The GWS shows superiority to the selection based only on phenotypic data, in terms of genetic gain per unit time. Therefore, GWS is a promising tool in Citrus breeding, since it provides accurate predictions of phenotypes in the early stages of plant development.

Submitted by Pedro Barros (pedro.silvabarros@ufpe.br) on 2018-09-27T21:54:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Hipólito Marcelo Losada López.pdf: 1028281 bytes, checksum: fc3cc7d535afae439e847b83a12d81d7 (MD5) / Approved for entry into archive by Alice Araujo (alice.caraujo@ufpe.br) on 2018-11-20T18:38:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Hipólito Marcelo Losada López.pdf: 1028281 bytes, checksum: fc3cc7d535afae439e847b83a12d81d7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-20T18:38:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 811 bytes, checksum: e39d27027a6cc9cb039ad269a5db8e34 (MD5) TESE Hipólito Marcelo Losada López.pdf: 1028281 bytes, checksum: fc3cc7d535afae439e847b83a12d81d7 (MD5) Previous issue date: 2017-08-24 / Este trabalho tem por objetivo estruturar um problema de alocação de recursos voltada para um grupo de empresas do Setor Elétrico Brasileiro, sendo esta estruturação realizada pela aplicação do método Value-Focused Thinking (VFT). Em seguida foi proposta uma modelagem multicritério para seleção de portfólio de projetos utilizando o método PROMETHEE V com a respectiva aplicação numérica, com dados realísticos. Também foram propostas outras duas abordagens multicritério, sendo uma com racionalidade compensatória e outra para decisão em grupo. Estas abordagens poderão ser futuramente implementadas em caso de mudança no processo decisório. Os projetos que participaram deste processo de seleção são oriundos de propostas realizadas no ciclo de planejamento estratégico do grupo de empresas do Setor Elétrico Brasileiro, as quais têm como objetivo, materializar a estratégia definida, garantindo uma aplicação otimizada dos recursos. No momento da proposição destes projetos, ainda há escassez de informações, o que impossibilita a aplicação de critérios quantitativos amplamente utilizados na literatura. O modelo proposto passou por uma análise de sensibilidade utilizando Análise de Monte Carlo, e se mostrou robusto. Os atores do processo decisório classificaram a estruturação como satisfatória e a modelagem multicritério adequada a situação proposta. / This work aims to structure a resource allocation problem for a group of companies in the Brazilian Electrical Sector, and such structuring was done by applying the Value-Focused Thinking (VFT) method. Next, a multicriteria model was proposed for project portfolio selection using PROMETHEE V method with the respective numerical application, with realistic data. It was also proposed two other multi-criteria approaches, one with compensatory rationality and another for group decision making. These approaches may be implemented in the future in case of a change in the decision-making process. The projects that were considered in the selection process came from proposals made in the strategic planning cycle of the group of companies of the Brazilian Electric Sector, whose objective is to materialize the defined strategy, guaranteeing an optimized application of resources. At the time those projects were submitted, there was still a shortage of information, which made it impossible to apply quantitative criteria widely used in the literature. The proposed model underwent a sensitivity analysis using Monte Carlo Analysis and it was robust. The actors in the decision-making process classified the resource structuring as satisfactory and the multicriteria modeling appropriate to the proposed situation.

Nos últimos anos, houve um aumento da complexidade e variedade de serviços disponíveis na Internet, fato que tem levado à busca por técnicas eficientes de roteamento de requisições de um cliente ao melhor servidor disponível, sendo uma delas conhecida como application layer anycast (ALA). O objetivo deste mestrado é elaborar meios eficientes de prover anycast na camada de aplicação com qualidade de serviço no contexto de computação em nuvem. Para atingir esse objetivo, um novo sistema foi proposto (GALA, Global Application Layer Anycast). Ele herda características de um outro sistema existente e emprega a geolocalização como diferencial, a fim de melhorar o desempenho geral do algoritmo. Experimentos foram realizados por meio de simulação e os resultados mostraram que esse novo sistema, comparado ao algoritmo herdado, mantém a eficiência das requisições realizadas pelos clientes e diminui consideravelmente o tempo de latência dessas operações. Ainda, o sistema proposto foi desenvolvido em um ambiente real a fim de fortalecer os resultados das simulações. Com os resultados obtidos, o sistema modelado foi validado e sua eficácia confirmada. / In the past years, the complexity and variety of available services expanded in the Internet, fact that is drawing attention of many researchers that wish to find out efficient techniques of routing client requests to the closest server, being one of them known as application layer anycast (ALA). Thus, the objective of this research is to elaborate ways to offer application layer anycast that are scalable and select the closest servers with the shortest latency possible, in the context of cloud computing. To achieve this goal, a new system was proposed (GALA, Global Application Layer Anycast). It inherits features from an existing system and applies geolocation to improve its overall performance. Simulation results indicated that the new system, compared to its antecessor, has the same efficiency but decreases considerably the requests latency. Yet, the proposed system was deployed in a real environment to strengthen the simulations results. With the obtained data, the modeled system was validated and its efficiency confirmed.

O MHC é uma região genômica que contém genes de papel central na resposta imune adaptativa. Genes do MHC e, particularmente, genes HLA em humanos, estão envolvidos susceptibilidade e resistência a doenças infecciosas, na predisposição a doenças autoimunes e na rejeição de órgãos transplantados. Essas descobertas incentivaram uma série de estudos sobre padrões da variabilidade genética em genes HLA, que demonstraram possuir uma variação bastante distinta da expectativa neutra. Essa contundente evidência de seleção natural, ímpar no genoma humano, levanta uma série de perguntas a respeito das forças evolutivas específicas que agem nesses genes e as implicações genômicas para a evolução da região como um todo. O presente estudo investiga como a seleção natural afeta e é afetada pela diversidade de genes que estão ligados fisicamente a outros que constituem alvos de seleção. Nossa expectativa é que seleção balanceadora forte sobre genes HLA interfere na eficácia com que a seleção purificadora remove variantes deletérias em loci próximos. Especificamente, a partir da anotação funcional de variantes genéticas, testamos se grupos de genes ligados fisicamente aos genes HLA apresentam uma diversidade mais alta do que seria esperado na ausência de seleção balanceadora e de carona genética causada por ela, e se essa diversidade é enriquecida com variantes possivelmente deletérias. Por meio da análise de razão entre polimorfismos não-sinônimos e sinônimos (e diversas outras estatísticas relacionadas), fomos capazes de observar que loci próximos a genes HLA acumulam um excesso de variação não-sinônima (e portanto potencialmente deletéria). O grau de deleteriedade foi confirmado pelo emprego do software Polyphen 2, que utiliza como critério de classificação a conservação das sequências nucleotídicas e informação das estruturas protéicas, e pela análise de estatísticas como Pdel/Pn e Pdel/Ps. De acordo com testes de McDonald-Kreitman e o Índice de Neutralidade, entretanto, parte dessa variação deletéria se fixa em longo prazo, o que sugere que a seleção em genes HLA pode interferir tanto nos padrões de polimorfismos como de divergência / The MHC is a genomic region that contains genes with a central role in the adaptive immune response. Genes in the MHC region, in particular the HLA genes of humans, are involved in the differential susceptibility and resistance to infectious diseases, predisposition to autoimmune diseases and the rejection of transplanted organs. These findings have fueled a series of studies on patterns of genetic variation at HLA genes, which have conclusively demonstrated that their variation deviates from neutral expectations. Such strong evidence of natural selection, with few counterparts in the remainder of the human genome, raise a series of questions concerning the specific evolutionary forces acting on this region and their genomic implications for the evolution of the region as a whole. This work investigates how natural selection affects and is affected by the diversity of genes that are physically linked to those that are units of selection. Our expectation is that strong selection on HLA genes may interfere with the efficacy of selection in removing deleterious variants at closely linked loci. Specifically, by using functional annotations of genetic variants, we test whether sets of genes physically linked to the strongly selected HLA loci show a higher diversity than would be expected in the absence of balancing selection and genetic hitchhiking caused by it, and if this diversity is enriched for putatively deleterious variants. By analyzing the ratio of nonsynonymous to synonymous polymorphisms (and several related statistics) we were able to show that loci close to HLA genes are harboring an excess of nonsynonymous (and hence potentially deleterious) variation. The deleteriousness was confirmed by employing Polyphen 2 - a software that uses nucleotide sequence conservation and protein structure information to classify variants as deleterious or not - and computing statistics such as Pdel/Pn and Pdel/Ps. According to McDonald-Kreitman tests and the Neutrality Index, however, part of this putatively deleterious variation reaches fixation over long timespans, suggesting that selection at the HLA genes may be interfering with both the transient patterns of polymorphism and substitution processes

O splicing é o processo que resulta na remoção dos íntrons e união dos éxons nos genes eucarióticos. Nesse processo diversos elementos em cis e trans estão envolvidos. Além das sequências em cis canônicas (sítios de splicing, sítio de ramificação e trato de polipirimidina), os reguladores de splicing -- sequências curtas localizadas em éxons e íntrons - são considerados de grande importância, pois auxiliam na correta determinação das fronteiras éxons/introns. Através do splicing alternativo pode-se gerar grande diversidade de transcritos e atualmente sabe-se que no mínimo, 80% dos genes humanos apresentam variantes de splicing. A evolução dos Reguladores de Splicing Exônicos (ESRs) foi principalmente analisada através de abordagens filogenéticas. Embora esses estudos tenham revelado resultados consistentes (por exemplo, evidências de seleção negativa contra mudanças sinônimas que afetam ESRs) outros ainda parecem contraditórios, como a maior conservação filogenética e a maior taxa de evolução não-sinônima dos éxons alternativos em relação aos constitutivos. Nesta tese abordamos questões sobre o regime e a intensidade de seleção que atuam sobre os éxons e seus reguladores através da comparação da variação genética intra e inter-específica. Os resultados da tese demonstram que: 1. Há uma diferença na densidade e na intensidade de seleção negativa que atua sobre os ESRs de éxons constitutivos e alternativos. 2. Os inibidores de splicing tem papel principal na origem dos éxons alternativos a partir de éxons constitutivos e também nos casos de uso alternativo de sítios de splicing. 3. O nível de inclusão dos éxons está diretamente relacionado com a intensidade de seleção negativa sobre mudanças não-sinônimas / Splicing is the process by which introns are removed from a mRNA precursor and exons are ligated to form a mature mRNA. During this process several cis and trans factors are involved. Besides the canonical cis factors (e.g., splicing sites, branch point and polypyrimidine tract), Splicing Regulators - short sequences located in exons and introns - have an important role in assisting the spliceossome to correctly recognize exon/intron boundaries. Through alternative splicing, great transcript diversity is generated, and currently it is known that more than 80% of human genes present splicing variants. The evolution of Exonic Splicing Regulators (ESRs) has been mainly analyzed by interspecific comparisons. Although these studies have revealed consistent results (evidences of weak negative selection against synonymous variations that affect ESRs), other findings still appear inconsistent, for instance the reports on increased level of conservation and higher non-synonymous evolutionary rate in alternative than constitutive exons. The present thesis investigates the regime and intensity of natural selection on exons and their ESRs by comparing intra and interspecific genetic variation. We demonstrate that 1. ESRs from constitutive and alternative exons differ significantly in density and the intensity of negative selection. 2. The exonic splicing silencers have a major role in the origin of exons skipping from constitutive exons, and also on events of alternative usage of splicing sites. 3. There is a positive correlation between the exon inclusion level and the intensity of negative selection against non-synonymous variations

Os Xenarthra representam um clado de mamíferos eutérios. Pouco se sabe sobre a evolução morfológica craniana do grupo. Esta tese iniciou os estudos relativos a esta questão com base na genética quantitativa, na morfometria e na sistemática, e teve por objetivos específicos: 1) avaliar empiricamente se as matrizes de variância e covariância fenotípica (matriz-P) dos diversos gêneros de Xenarthra estudados podem ser utilizadas como substitutas das respectivas matrizes de variância e covariância genética aditiva (matriz-G), uma vez que não existem matrizes-G estimadas para os Xenarthra, e também se elas podem ser utilizadas em estudos macroevolutivos; 2) testar se a diversificação morfológica craniana no grupo ocorreu somente através de deriva genética; e 3) compreender como a relação entre os caracteres morfológicos (módulos) e a magnitude geral de integração podem influir na evolução morfológica craniana. Além destes objetivos focados na evolução do grupo, também foi escopo desta tese inferir o hábito alimentar de taxa fósseis do final do Pleistoceno/início do Holoceno para melhorar o conhecimento sobre a ecologia de alguns grupos fósseis. O banco de dados utilizado foi composto por medidas lineares de aproximadamente 1150 espécimes adultos, representando 12 dos 14 gêneros atuais e sete dos diversos gêneros extintos de Xenarthra. Com base nesses dados, matrizes-P de variância e covariância e de correlação foram estimadas para cada gênero. Essas matrizes foram posteriormente comparadas par a par para avaliar a semelhança na estrutura das diferentes matrizes. Também a partir dessas matrizes, foram obtidas as variâncias entre e intra populações para testar se a diversificação morfológica ocorreu de acordo com a expectativa teórica de diversificação sob a ação exclusiva de deriva genética. As mesmas matrizes-P foram comparadas a diferentes matrizes teóricas de hipóteses de modularidade craniana. As matrizes teóricas expressaram a relação entre os caracteres com base no desenvolvimento e/ou desempenho de função compartilhado pelas partes do crânio. Para cada matriz-P de correlação calculou-se a magnitude geral de integração. Além disto, a dieta dos grupos extintos foi inferida através de análises de funções discriminantes a partir da relação entre forma e função dos animais atuais. Os resultados obtidos indicam que as matrizes-P dos diversos gêneros são similares entre si, o que sugere que matrizes-P podem ser utilizadas tanto como substitutas das matrizes-G quanto no contexto macroevolutivo. Os resultados obtidos refutaram a hipótese nula da diversificação morfológica craniana ocorrendo somente por deriva genética, ao menos nos níveis mais inclusivos da filogenia dos Xenarthra. Consequentemente, a seleção natural provavelmente atuou neste processo de diversificação. Os resultados também sugeriram que o crânio desse grupo está organizado em módulos, sendo os módulos mais conspícuos os relacionados à face. Além disso, foi detectada grande variação na magnitude geral de integração entre gêneros. A variação no padrão modular, mas principalmente na magnitude geral de integração, faz com que os gêneros apresentem diferenças nas possíveis capacidades de responder de forma alinhada às pressões seletivas. Por último, as análises morfofuncionais indicaram elevada diversidade de hábitos alimentares entre os Xenarthra extintos / Xenarthra are an eutherian mammal clade and little is known about their cranial morphological evolution. This thesis has initiated studies related to this topic and, based on quantitative genetics, morphometrics and systematics, aimed to: 1) empirically assess if the phenotypic variance and covariance matrices (P-matrix) of several genera can be used as surrogates for their respective additive genetic variance and covariance matrices (G-matrix), since G-matrices for Xenarthra are not available, and also if P-matrices can be used in macroevolutionary studies; 2) test whether the skull morphological diversification within the group occurred only through genetic drift; and 3) understand how the relationship between the traits (modules) and overall magnitude of integration may influence cranial morphological evolution. Besides these objectives focused on the evolution of the group, it was also within the scope of this thesis to infer the feeding habits of late Pleistocene/early Holocene fossil taxa to better understand the ecology of some fossil groups. The database used consist of linear measurements of approximately 1150 adult specimens, representing 12 of the 14 extant genera and seven of the several extinct genera of Xenarthra. The data gathered were used to estimate variance/covariance and correlation P-matrices for every genus. These matrices were compared between pairs of genera to evaluate the matrices\' structural similarities. Based on these matrices, within and between population variances were obtained and it was tested whether morphological diversification was in accordance to the theoretical expectation of diversification under genetic drift alone. The same matrices were compared to theoretical matrices expressing modularity hypotheses. These theoretical matrices represent the relationship among traits in reference to the shared development and/or function of different skull\'s anatomical regions (modules). For every correlation P-matrix the overall magnitude of integration was calculated. Moreover, the extinct groups\' diet was inferred through discriminant function analysis relying on the relationship between form and function of extant animals. Results indicate that P-matrices from several genera were structurally similar. This suggests that P-matrices can be used as surrogates of their G-matrices and in the macroevolutionary context. Results refuted the null hypothesis of cranial morphological diversification occurring only due to genetic drift, at least in more inclusive levels of Xenarthran phylogeny. Consequently, natural selection probably acted on this diversification process. The results also suggested that the Xenarthran skull is organized in modules, and the most conspicuous modules are in the face region. A large variation in the overall magnitude of integration among genera was detected. The variation in the modular pattern, but especially in the overall magnitude of integration, allows genera to differ in their potential capacity to respond aligned with selective pressures. Finally, morphofunctional analyses indicate a high diversity of feeding habits among extinct Xenarthra

Orientador: Leila Trevisan Braz / Resumo: O quiabeiro é uma cultura de destacada importância socioeconômica em regiões tropicais e subtropicais. Seus usos e aplicações são variados, pois apresenta características nutracêuticas interessantes, bem como potencial para exploração industrial. A produtividade de quiabeiro não tem acompanhado a evolução que se verifica para outras culturas olerícolas. Provavelmente, pelo fato da cultura do quiabeiro ser sistematicamente negligenciada do ponto de vista da pesquisa e inovação, não havendo desenvolvimento de genótipos superiores e de técnicas de manejo mais eficientes. A exploração da heterose seria a forma mais rápida para se aumentar a produtividade, pois verifica-se, no cenário brasileiro, predominância de cultivares de polinização aberta. Assim, com o objetivo final de obter híbridos produtivos de quiabeiro, este trabalho foi dividido em: (1) caracterização morfoagronômica e divergência genética de parte do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Hortaliças; (2) análise dialélica parcial de híbridos experimentais e comparativo de desempenho agronômico com cultivares comerciais. Na primeira etapa, 47 genótipos foram caracterizados quanto a descritores nacionais e internacionais e a divergência genética foi explorada por meio da estratégia Ward-MLM (Modified Location Model). Formou-se sete grupos com número variável de genótipos. Esta informação foi utilizada na escolha dos genitores para a próxima etapa. As características comprimento e largura de folhas, tamanho do pecíolo, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

Genomic selection consists of using predicted effects of genetic markers to predict breeding values and/or genotypic values of genotyped individuals. With this approach, selection can be carried based only on those predicted breeding values, reducing the need for further phenotypic evaluations. This represents a great advance in terms of cost and effectiveness of selection in breeding programs of all kinds of crops. In the first chapter of this work, we explore one of the ways genomic selection can be used to increase efficiency when breeding clonally propagated crops for multiple traits. Using stochastic simulations, we show that an economic selection index should be preferred over independent culling. Our results show that the use of genomic selection may render the cost-efficiency benefit of independent culling obsolete when all early generation individuals are genotyped and accurate prediction of all traits becomes available simultaneously. Despite the potential benefits of selecting based on predicted breeding values, for some clonally propagated species the complexity of their genomes limits the implementation of genomic selection in breeding programs. Since including allele dosage information has been shown to improve performance of genomic selection models in autotetraploid species, our objective in the second chapter of this work was to assess the accuracy of genome-wide prediction in the highly complex polyploid sugarcane when incorporating allele dosage information. In this chapter, we expanded GBLUP genomic selection models developed for autotetraploids to include higher levels of ploidy. Two types of model were used, one with additive effects only and one with additive and digenic dominance effects. We observed a modest improvement in the performance of the prediction model when ploidy and allele dosage estimates were included, indicating that this is a possible way of improving genomic selection in sugarcane. The results obtained in both studies can assist researchers and breeders of clonally propagated crops, opening new research opportunities and indicating the most efficient ways to implement genomic selection. / A seleção genômica consiste no uso de efeitos preditos de marcadores genéticos para predizer os valores genéticos e/ou genotípicos de indivíduos genotipados. Desta forma, a seleção de genótipos superiores pode ser feita baseada apenas em valores genéticos preditos, reduzindo a necessidade de avaliações fenotípicas subsequentes. Isto representa um grande avanço em termos de custos e eficiência da seleção em programas de melhoramento de todos os tipos de culturas. No primeiro capítulo deste trabalho, nós exploramos uma das maneiras com que a seleção genômica pode ser utilizada para aumentar a eficiência no melhoramento simultâneo para múltiplos caráteres em espécies de propagação vegetativa. Utilizando simulações estocásticas, nós mostramos que um índice de seleção econômico deve ser utilizado no lugar da eliminação independente (independent culling). Os resultados mostram que o uso da seleção genômica pode tornar o custo-benefício da eliminação independente obsoleto se indivíduos em gerações iniciais forem genotipados e predições acuradas para todos os caráteres estiverem disponíveis desde o início. Apesar dos potenciais benefícios de realizar a seleção com base em valores genéticos preditos, para algumas espécies de propagação vegetativa a complexidade de seus genomas é um fator limitante para a efetiva implementação da seleção genômica em programas de melhoramento. Considerando que incluir a informação de dosagem alélica melhorou a performance de modelos de seleção genômica em espécies autotetraploides, nosso objetivo no segundo capítulo deste trabalho foi avaliar a acurácia da predição genômica com informação de dosagem alélica em cana-de-açúcar, que é uma complexa espécie poliploide. Neste capítulo, nós expandimos modelos GBLUP de seleção genômica desenvolvidos para autotetraploides para incluir níveis mais altos de ploidia. Dois modelos foram utilizados, um modelo com somente efeitos aditivos e um modelo com efeitos aditivos e efeitos de dominância digênica. Nós observamos uma modesta melhora na performance do modelo preditivo quando estimativas de ploidia e dosagem alélica foram incluídas, indicando que esta é uma possível maneira de aprimorar a seleção genômica em cana-de-açúcar. Os resultados obtidos nos dois estudos podem auxiliar pesquisadores e melhoristas de espécies de propagação vegetativa, abrindo portas para novas pesquisas e indicando as maneiras mais eficientes para implementação da seleção genômica.

Devido ao crescimento do volume de imagens e, consequentemente, da grande quantidade e complexidade das características que as representam, surge a necessidade de selecionar características mais relevantes que minimizam os problemas causados pela alta dimensionalidade e correlação e que melhoram a eficiência e a eficácia das atividades que utilizarão o conjunto de dados. Existem diversos métodos tradicionais de seleção que se baseiam em análises estatísticas dos dados ou em redes neurais artificiais. Este trabalho propõe a inclusão de técnicas de mineração visual de dados, particularmente, projeção de dados multidimensionais, para apoiar o processo de seleção. Projeção de dados busca mapear dados de um espaço m-dimensional em um espaço p-dimensional, p < m e geralmente igual a 2 ou 3, preservando ao máximo as relações de distância existentes entre os dados. Tradicionalmente, cada imagem é representada por um ponto e pontos projetados próximos uns aos outros indicam agrupamentos de imagens que compartilham as mesmas propriedades. No entanto, este trabalho propõe a projeção de características. Dessa forma, ao selecionarmos apenas algumas amostras de cada agrupamento da projeção, teremos um subconjunto de características, configurando um processo de seleção. A qualidade dos subconjuntos de características selecionados é avaliada comparando-se as projeções obtidas para estes subconjuntos com a projeção obtida com conjunto original de dados. Isto é feito quantitativamente, por meio da medida de silhueta, e qualitativamente, pela observação visual da projeção. Além da seleção apoiada por projeção, este trabalho propõe um aprimoramento no seletor de características baseado no cálculo de saliências de uma rede neural Multilayer Perceptron. Esta alteração, que visa selecionar características mais discriminantes e reduzir a quantidade de cálculos para se obter as saliências, utiliza informações provenientes dos agrupamentos de características, de forma a alterar a topologia da rede neural em que se baseia o seletor. Os resultados mostraram que a seleção de características baseada em projeção obtém subconjuntos capazes de gerar novas projeções com qualidade visual satisfatória. Em relação ao seletor por saliência proposto, este também gera subconjuntos responsáveis por altas taxas de classificação de imagens e por novas projeções com bons valores de silhueta / Due to the ever growing amount of digital images and, consequently, the quantity and complexity of your features, there has been a need to select the most relevant features so that not only problems caused by high dimensional data sets, correlated features can be minimized, and also the efficiency of the tasks that may employ such features can be enhanced. Many feature selection methods are based on statistical analysis or neural network approaches. This work proposes the addition of visual data mining techniques, particularly multidimensional data projection approaches, to aid the feature selection process. Multidimensional data projection seeks to map a m-dimensional data space onto a p-dimensional space, so that p < m, usually 2 or 3, while preserving distance relationship among data instances. Traditionally, each image is represented by a point, and points projected close to each other indicate clusters of images which share a common properties. However, this work proposes the projection of features. Hence, if we select only a few samples of each cluster of features from the projection, we will end up with a subset of features, revealing a feature selection process. The quality of the feature subset may be assessed by comparing such projections with those obtained with the original data set. This can be achieved either quantitatively, by means of silhouette measures, or qualitatively, by means of visual inspection of the projection. As well as the projection based feature selection, this work proposes an enhancement in the Multilayer Perceptron salience based feature selector. This enhancement, whose aim is to perfect the selection of more discriminant features at the expenses of less computing power, employs information from feature clusters, so as to change the topology of the neural network on which the selector is based. Results have shown that projection-based feature selection produces subsets capable of generating new data projections of satisfactory visual quality. As for the proposed salience-based selector, new subsets with high image classification rates and good silhouette measures have been reported

Métodos tradicionais de seleção de portfólio de projetos tendem a privilegiar dimensões e aspectos mais relacionados ao lucro e/ou crescimento. Além dessas dimensões e aspectos, Institutos Públicos podem se orientar por aspectos de dimensões que, a exemplo da social, são menos passíveis de avaliação objetiva. Isso justifica a conveniência de instrumentos auxiliares aos processos de seleção de projetos organizados a partir de prioridades não coincidentes com aquelas que comumente orientam empresas privadas. A proposição desta tese foi sistematizar um instrumento auxiliar aos métodos de seleção de projetos de P&D em Institutos Públicos. Trata-se da sistematização de relações em algoritmo que possibilita e valoriza as manifestações de entendimentos orientados primordialmente por diferentes dimensões que fundamentam a missão institucional. O instrumento auxiliar proposto se revelou efetivo em atender as diversas dimensões que orientam um Instituto Público, e compatível com a dinâmica operacional de modelos tradicionais de seleção de projetos e de gestão de portfólio de projetos. Essa efetividade e a compatibilidade operacional foram verificadas com base em uma simulação de seleção realizada a partir de projetos já componentes do portfólio de um Instituto Público. O ranqueamento dos projetos resultou diferente daquele produzido em procedimento comumente utilizado pelo instituto. Conclui-se que, ainda que somente auxiliar aos modelos tradicionais de seleção de projetos, o instrumento proposto pode concorrer para processos de seleção que melhor considerem as múltiplas dimensões e diferentes perspectivas presentes na gestão de Institutos Públicos. / Traditional project portfolio selection methods tend to confer greater privilege to profit and/or outgrowth than to other dimensions and aspects; however, public institutes have some different dimensions, such as social development, that go beyond the economic and financial aspects to ground the institutional mission. This context is appropriate for complementary selection methods or based on different priorities from private companies methods. This thesis proposes to systematize an auxiliary instrument for R&D projects selection processes, aiming to better meet Public Institutes needs. The systematization of relations, calculated by an algorithm, enables and valorizes the manifested understanding driven by different dimensions that underlie the institutional mission. The proposed auxiliary instrument proved to be effective to better meet the diverse dimensions that drive a Public Institute, and to be fully compatible with the operational dynamics of traditional models for project selection and project portfolio management. Such effectiveness and operational compatibility were checked using a project selection simulation of projects from a Public Institute portfolio. The ranking of the portfolio resulted differently from the procedure commonly used by the Institute. In summary, although the instrument proposed is only complementary to traditional methods of project selection, it can contribute to project selection processes that better consider different perspectives and multiple dimensions that characterize Public Institutes management.