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Dinâmica da vegetação arbórea na borda de remanescentes florestais e sua relação com características da paisagem no norte do Estado do Paraná / Arboreal vegetation dynamics at forest edges and its relations with landscape features in the northern Paraná State

Ginciene, Bruno Rodrigues 20 October 2014 (has links)
Os efeitos de borda e a alteração da estrutura das paisagens constituem consequências negativas da fragmentação florestal responsáveis por transformações nos processos ecológicos. Decorrentes da expansão desordenada de atividades antrópicas, estas alterações podem comprometer o futuro dos remanescentes florestais e a manutenção dos recursos naturais na superfície terrestre. Nesta dissertação a dinâmica da vegetação arbórea foi analisada em oito transectos perpendiculares às bordas de seis remanescentes florestais entre 1996 e 2012. As paisagens do entorno destes transectos foram caracterizadas a partir de imagens orbitais de 1995 e 2011 para a verificação das mudanças ocorridas no uso do solo e para a investigação da influência de seus parâmetros físicos e estruturais sobre as taxas de mortalidade e recrutamento de espécies. Os resultados indicaram que, ao longo do tempo, a influência das bordas se pronunciou em direção ao interior dos remanescentes florestais, enquanto que o contraste entre a borda e o interior se atenuou. A distância média da borda das espécies: pioneiras/iniciais, anemocóricas e de dossel foi significativamente maior em 2012 do que em 1996. A comunidade arbórea apresentou menor similaridade em sua composição ao longo do tempo a menores distâncias da borda. Apesar da dinâmica verificada no uso do solo, a proporcionalidade dos parâmetros físicos e estruturais das paisagens se manteve entre 1995 e 2011. De maneira geral, estes parâmetros apresentaram pouca influência sobre a dinâmica da comunidade arbórea. Apenas as taxas de mortalidade das espécies exóticas e as taxas de recrutamento das espécies pioneiras/inicias apresentam forte relação com o tamanho e o número dos fragmentos florestais nas paisagens. Estes resultados indicam que os efeitos de borda precisam ser atenuados e que o contexto das paisagens deve ser incorporado às estratégias conservacionistas para que estas sejam efetivas e o futuro dos remanescentes florestais não seja comprometido. / Edge effects and landscape structure alterations are among the negative consequences of forest fragmentation responsible for ecological process alterations on the earths surface. Originated from the disordered expansion of anthropogenic activities these alterations may endanger the remaining forest patches future and the maintenance of natural resources. This dissertation was pledged to analyze the vegetation dynamics at forest edges and its relations with landscape features. The vegetation dynamics was examined through eight perpendicular-to-edge transects within six forest patches and the alterations on the arboreal community distribution and composition were assessed between 1996 and 2012. The surrounding landscapes of the analyzed transects were characterized from 1995 and 2011 orbital images and its land use changes were evaluated. Landscape structure and physical parameters influence were analyzed over species recruitment and mortality. The results indicated that the distance of edge influence increased over time while its magnitude was attenuated. The average distance from the edge of pioneer/earlysuccessional species, wind-dispersed and canopy species in 2012 became significantly larger than in 1996. Over time lower similarities in species composition were found to be closer to the edges. Although the observed land use changes in the surrounding landscapes of the edge transects landscape structure and physical parameters proportionality was maintained between 1995 and 2011. Overall the arboreal community dynamics were poorly associated with landscape features. A strong relation of the variables was only found between the exotic and pioneer/early-successional species mortality and recruitment and the size and the amount of forest patches within the landscapes. These results indicate that to be effective conservation planning must tackled edge effects and incorporate the landscape context otherwise they will fail for the maintenance of the future of forest patches.
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Model selection for discrete Markov random fields on graphs / Seleção de modelos para campos aleatórios Markovianos discretos sobre grafos

Frondana, Iara Moreira 28 June 2016 (has links)
In this thesis we propose to use a penalized maximum conditional likelihood criterion to estimate the graph of a general discrete Markov random field. We prove the almost sure convergence of the estimator of the graph in the case of a finite or countable infinite set of variables. Our method requires minimal assumptions on the probability distribution and contrary to other approaches in the literature, the usual positivity condition is not needed. We present several examples with a finite set of vertices and study the performance of the estimator on simulated data from theses examples. We also introduce an empirical procedure based on k-fold cross validation to select the best value of the constant in the estimators definition and show the application of this method in two real datasets. / Nesta tese propomos um critério de máxima verossimilhança penalizada para estimar o grafo de dependência condicional de um campo aleatório Markoviano discreto. Provamos a convergência quase certa do estimador do grafo no caso de um conjunto finito ou infinito enumerável de variáveis. Nosso método requer condições mínimas na distribuição de probabilidade e contrariamente a outras abordagens da literatura, a condição usual de positividade não é necessária. Introduzimos alguns exemplos com um conjunto finito de vértices e estudamos o desempenho do estimador em dados simulados desses exemplos. Também propomos um procedimento empírico baseado no método de validação cruzada para selecionar o melhor valor da constante na definição do estimador, e mostramos a aplicação deste procedimento em dois conjuntos de dados reais.
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Critérios robustos de seleção de modelos de regressão e identificação de pontos aberrantes / Robust model selection criteria in regression and outliers identification

Guirado, Alia Garrudo 08 March 2019 (has links)
A Regressão Robusta surge como uma alternativa ao ajuste por mínimos quadrados quando os erros são contaminados por pontos aberrantes ou existe alguma evidência de violação das suposições do modelo. Na regressão clássica existem critérios de seleção de modelos e medidas de diagnóstico que são muito conhecidos. O objetivo deste trabalho é apresentar os principais critérios robustos de seleção de modelos e medidas de detecção de pontos aberrantes, assim como analisar e comparar o desempenho destes de acordo com diferentes cenários para determinar quais deles se ajustam melhor a determinadas situações. Os critérios de validação cruzada usando simulações de Monte Carlo e o Critério de Informação Bayesiano são conhecidos por desenvolver-se de forma adequada na identificação de modelos. Na dissertação confirmou-se este fato e além disso, suas alternativas robustas também destacam-se neste aspecto. A análise de resíduos constitui uma forte ferramenta da análise diagnóstico de um modelo, no trabalho detectou-se que a análise clássica de resíduos sobre o ajuste do modelo de regressão linear robusta, assim como a análise das ponderações das observações, são medidas de detecção de pontos aberrantes eficientes. Foram aplicados os critérios e medidas analisados ao conjunto de dados obtido da Estação Meteorológica do Instituto de Astronomia, Geofísica e Ciências Atmosféricas da Universidade de São Paulo para detectar quais variáveis meteorológicas influem na temperatura mínima diária durante o ano completo, e ajustou-se um modelo que permite identificar os dias associados à entrada de sistemas frontais. / Robust Regression arises as an alternative to least squares method when errors are contaminated by outliers points or there are some evidence of violation of model assumptions. In classical regression there are several criteria for model selection and diagnostic measures that are well known. The objective of this work is to present the main robust criteria of model selection and outliers detection measures, as well as to analyze and compare their performance according to different stages to determine which of them fit better in certain situations. The cross-validation criteria using Monte Carlo simulations and Beyesian Information Criterion are known to be adequately developed in model identification. This fact was confirmed, and in addition, its robust alternatives also stand out in this aspect. The residual analysis is a strong tool for model diagnostic analysis, in this work it was detected that the classic residual analysis on the robust linear model regression fit, as well as the analysis of the observations weights, are efficient measures of outliers detection points. The analyzed criteria and measures were applied to the data set obtained from the Meteorological Station of the Astronomy, Geophysics and Atmospheric Sciences Institute of São Paulo University to detect which meteorological variables influence the daily minimum temperature during the whole year, and was fitted a model that allows identify the days associated with the entry of frontal systems.
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Chuva de sementes zoocóricas em uma floresta de Mata Atlântica em processo de restauração: caracterização e fatores de influência / Animal-dispersed seed rain in the Atlantic Forest area undergoing a restoration process: characterization and influence factors

Nobre, Andrezza Bellotto 31 January 2013 (has links)
Pela necessidade de reverter o atual quadro de degradação da Mata Atlântica, ações de restauração se fazem urgentes e devem ser pensadas a fim de restabelecer a biodiversidade nessas áreas, envolvendo as diversas formas de vida vegetal, animal e suas interações. O restabelecimento da relação planta-frugívoro e consequente dispersão de sementes certamente são essenciais não só para a conservação de uma floresta existente, mas também na aceleração do processo de restauração florestal. Portanto, a atração dos agentes dispersores de sementes deve fazer parte dos esforços empregados em ações restauradoras. Uma forma de avaliar a contribuição destes animais em áreas restauradas é através do estudo da chuva de sementes, mais especificamente aquela que é resultado dos eventos de dispersão pela fauna (zoocoria). Este estudo buscou caracterizar e comparar a composição da chuva de sementes zoocóricas em uma área em processo de restauração florestal na Mata Atlântica, submetidas a duas técnicas de manejo distintas, uma por meio de plantio de restauração em área total e outra, através da indução e condução da regeneração natural, originando uma área de capoeira. Ainda, utilizando a ferramenta de seleção de modelos pelo critério de Akaike, foram avaliadas se variáveis de estrutura e composição da vegetação arbustivo-arbórea influenciaram a riqueza e abundância da chuva de sementes zoocóricas total e imigrantes. O estudo foi conduzido em uma área em processo de restauração florestal, com seis anos de idade, que abrange 28,86 ha da Fazenda Intermontes (24°11\'17\" S, 42°24\'49\" O; 24°12\'47\" S, 42° 26\'15\" O), próximo ao município de Ribeirão Grande, SP. Propágulos depositados nos coletores foram retirados mensalmente pelo período de 1 ano. Utilizou-se um total de 100 coletores de sementes, de 1 m x 1 m. Para a caracterização da vegetação presente, foi realizado um levantamento dos indivíduos arbustivo-arbóreos, num raio de 5 metros no entorno de cada coletor de semente. Os resultados mostraram que a composição da comunidade da chuva de sementes zoocóricas diferiu entre os ambientes de capoeira e plantio, porém a riqueza e abundância médias das sementes não diferiram significativamente entre os ambientes. Apesar da composição da comunidade ter sido diferente, as categorias funcionais das sementes presentes na chuva, em ambas as áreas, foram semelhantes entre si. Avaliando se houve influência de variáveis relacionadas à estrutura e composição da vegetação arbustivo-arbórea na chuva de sementes zoocóricas, os modelos gerados e selecionados indicaram que as variáveis estudadas não influenciaram a riqueza e abundância da chuva de sementes zoocóricas total e imigrantes. O estudo concluiu também que o processo de chegada de propágulos alóctones a área já se iniciou, demonstrando um grande potencial de incremento de novas espécies, pertencentes a outras formas de vida e a diferentes funções ecológicas. Isto possibilita a aceleração do processo de restauração florestal, aumento da complexidade estrutural da vegetação e uma contribuição para a heterogeneidade da floresta implantada, fator este importante para o processo de retorno e incremento da fauna dispersora. / The need to reverse the current degradation of the Atlantic Forest requires urgent restoration actions aimed at reestablishing biodiversity in these areas, involving various plant and animal life forms and their interactions. The reestablishment of plant-frugivore interactions and subsequent seed dispersal are essential not only for the conservation of an existing forest, but also for the acceleration of forest restoration processes. Therefore, seed dispersal agents should be employed in restoration actions. One way to assess animals\' contribution in seed dispersion is through the study of seed rain, more specifically through results of dispersal events by fauna (zoochory). This study aimed to characterize and compare the composition of animal-dispersed seed rain in an area of the Atlantic Forest undergoing a restoration process using two different management techniques. One area comprised of tree planting and another comprising a \"capoeira\" through assisted natural regeneration. We also used an Akaike information criterion of model selection tool to evaluate whether structure and composition variables of arbustive-arboreal vegetation influenced the richness and abundance of total and immigrant animal-dispersed seed rain. The study was conducted in an area undergoing a forest restoration process with six years of age, covering 28.86 ha of the Intermontes Farm (24°11\'17\"S, 42°24\'49\"W; 24°12\'47\"S, 42°26\'15\"W), near Ribeirão Grande city, São Paulo State, Brazil. Propagules deposited in traps were removed monthly for a period of one year. We used 100 seed collectors 1 m x 1 m. To characterize the vegetation in the region, we surveyed the arbustive-arboreal species in a 5-meter radius around each seed collector. The results showed that the community composition of the animal-dispersed seed rain differed between tree planting and \"capoeira\" environments; however, the richness and abundance averages of seeds did not differ significantly between the environments. Although the community composition was different, functional categories of seeds in the rain in both areas were similar. Assessing whether there was influence of variables related to structure and composition of arbustive-arboreal species on animal-dispersed seed rain, generated and selected models indicated that these variables did not influence the richness and abundance of total and immigrant animal-dispersed seed rain. The results also showed the presence of alien propagules in the region, demonstrating great potential for the growth of new species belonging to other life forms with different ecological functions. This allows the acceleration of forest restoration processes, increased structural complexity of vegetation and contribution to heterogeneity of deployed forest, which is important for the return and increase of animal dispersers.
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Descobrindo modelos de previsão para a inflação brasileira: uma análise a partir do algoritmo Autometrics

Silva, Anderson Moriya 29 January 2016 (has links)
Submitted by anderson silva (amoriya@hotmail.com) on 2016-02-19T19:41:50Z No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) / Approved for entry into archive by Renata de Souza Nascimento (renata.souza@fgv.br) on 2016-02-23T16:25:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-23T20:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Anderson_Moriya_Silva_final_revisao_4.pdf: 1752260 bytes, checksum: 966f44742fa7cdef87d699b314fca4f0 (MD5) Previous issue date: 2016-01-29 / O presente trabalho tem como objetivo avaliar a capacidade preditiva de modelos econométricos de séries de tempo baseados em indicadores macroeconômicos na previsão da inflação brasileira (IPCA). Os modelos serão ajustados utilizando dados dentro da amostra e suas projeções ex-post serão acumuladas de um a doze meses à frente. As previsões serão comparadas a de modelos univariados como autoregressivo de primeira ordem - AR(1) - que nesse estudo será o benchmark escolhido. O período da amostra vai de janeiro de 2000 até agosto de 2015 para ajuste dos modelos e posterior avaliação. Ao todo foram avaliadas 1170 diferentes variáveis econômicas a cada período a ser projetado, procurando o melhor conjunto preditores para cada ponto no tempo. Utilizou-se o algoritmo Autometrics para a seleção de modelos. A comparação dos modelos foi feita através do Model Confidence Set desenvolvido por Hansen, Lunde e Nason (2010). Os resultados obtidos nesse ensaio apontam evidências de ganhos de desempenho dos modelos multivariados para períodos posteriores a 1 passo à frente. / The present work has aim to evaluate the superior predictions capabilities of econometrics time series models based on macroeconomics indicators for Brazilian inflation (IPCA). The models were adjusted in sample and the ex-post prediction are accumulating in one to twelve steps ahead. The forecasts will be compared with univariate models like first order autoregressive - AR (1) that is the chosen benchmark. The period of the sample goes through January 2000 to August 2015 for model adjustment and evaluation. It was evaluate over 1170 different economic variable for each forecast period, searching for the best predictor set for each point in time. It was used Autometrics to model selection. The models were compared the Model Confident Set, developed by Hansen, Lunde and Nason (2010). The results founded in this essay evidences gain of accuracy for one-step ahead.
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Métodos estatísticos aplicados à análise da expressão gênica.

Saraiva, Erlandson Ferreira 23 February 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:06:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEFS.pdf: 1135537 bytes, checksum: b92ac0d09924bd51723ad77018da04de (MD5) Previous issue date: 2006-02-23 / Financiadora de Estudos e Projetos / The technology of the DNA-Arrays is a tool used to identify and to compare levels of expression of a great number of genes or fragments of genes, in di¤erent conditions. With this comparison, it is possible to identify genes possibly causing illnesses of genetic origin (cancer for example). Great amounts of numerical data (related the measures of levels of expression of the genes) are generated and statistical methods are important for analysis of this data with objective to identify the genes that present evidences for di¤erent levels of expression. The objective of our research is to develop and to describe methods statistical, capable of identifing genes that present evidences for di¤erent levels of expression. We describe the test t, considered for Baldi and Long (2001) and consider three others methods. The first method considered is based on the use of parametric Bayes inference and the methods for selection of models, Bayes factor and DIC; the second method is based an semi-parametric bayesian inference, model of mixtures of Dirichlet processes. The third method is based on the use of a model with infinite mixtures of distributions that applied the analysis of the genica expression determines groups of similar levels of expression. / A tecnologia dos arranjos de DNA (DNA-array) é uma ferramenta utilizada para identificar e comparar níveis de expressão de um grande número de genes ou fragmentos de genes simultaneamente, em condições diferentes. Com esta comparação, é possível determinar possíveis genes causadores de doenças de origem genética (por exemplo, o câncer). Nestes experimentos, grandes quantidades de dados numéricos (relacionados às medidas de níveis de expressão dos genes) são gerados e métodos estatísticos são im- portantes para análise dos dados, com objetivo de identificar os genes que apresentam evidências para níveis de expressão diferentes. O objetivo de nossa pesquisa é comparar o desempenho e desenvolver métodos estatísticos, capazes de identificar genes que apresentam evidências para níveis de expressão diferentes, quando comparamos situações de interesse (tratamentos) com uma situação de controle. Para isto, descrevemos o teste t, proposto por Baldi e Long (2001) e propomos três métodos para identificar genes com evidências para níveis de expressão diferentes. O primeiro método proposto é baseado na utilização da inferência bayesiana paramétrica e dos métodos de seleção de modelos, fator de Bayes e DIC; o segundo método é baseado na inferência bayesiana semi-paramétrica conhecida como modelo de misturas de processos Dirichlet; e o terceiro método é baseado na utilização de um modelo com mistura infinita de distribuições, que aplicado à análise da expressão gênica determina grupos de níveis de expressão gênica similares, baseados nos efeitos de tratamento.
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Modelos HMM com dependência de segunda ordem: aplicação em genética.

Zuanetti, Daiane Aparecida 20 February 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T20:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissDAZ.pdf: 2962567 bytes, checksum: 5c6271a67fae12d6b0160ac8ed9351a2 (MD5) Previous issue date: 2006-02-20 / Universidade Federal de Minas Gerais / (See full text for download) / A crescente necessidade do desenvolvimento de eficientes técnicas computacionais e estatísticas para analisar a profusão de dados biológicos transformaram o modelo Markoviano oculto (HMM), caso particular das redes bayesianas ou probabilísticas, em uma alternativa interessante para analisar sequências de DNA. Uma razão do interesse no HMM é a sua flexibilidade em descrever segmentos heterogêneos da sequência através de uma mesma estrutura de dependência entre as variáveis, supostamente conhecida. No entanto, na maioria dos problemas práticos, a estrutura de dependência não é conhecida e precisa ser também estimada. A maneira mais comum para estimação de estrutra de um HMM é o uso de métodos de seleção de modelos. Outra solução é a utilização de metodologias para estimação da estrutura de uma rede probabilística. Neste trabalho, propomos o HMM de segunda ordem e seus estimadores bayesianos, definimos o fator de Bayes e o DIC para seleção do HMM mais adequado a uma sequência específica, verificamos seus desempenhos e a performance da metodologia proposta por Friedman e Koller (2003) em conjunto de dados simulados e aplicamos estas metodologias em duas sequências de DNA: o intron 7 do gene a - fetoprotein dos cimpanzés e o genoma do parasita Bacteriophage lambda, para o qual o modelo de segunda ordem é mais adequado.
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Aplicação de modelos teóricos de distribuição de abundância das espécies na avaliação de efeitos de fragmentação sobre as comunidades de aves da Mata Atlântica / Use of the species abundance distributions to evaluate the effects os fragmentation on the bird communities of Atlantic Forest

Camila Yumi Mandai 26 October 2010 (has links)
As distribuições de abundância relativa das espécies tiveram um papel importante no desenvolvimento da ecologia de comunidades, revelando um dos padrões mais bem estabelecidos da ecologia, que é a alta dominância de algumas espécies nas comunidades biológicas. Este padrão provocou a criação de dezenas de modelos teóricos na tentativa de explicar quais mecanismos ecológicos poderiam gerá-lo. Os modelos teóricos de abundância relativa das espécies podem ser vistos como descritores das comunidades, e seus parâmetros, medidas sintéticas de dimensões da diversidade. Esses parâmetros podem ser utilizados não só como descritores biologicamente interpretáveis das comunidades, mas também como variáveis respostas a possíveis fatores ambientais que afetam as comunidades. Adotando então esta aplicação descritiva dos modelos, nosso objetivo foi comparar as comunidades de aves de áreas em um gradiente de fragmentação, utilizando como variável resposta os valores estimados do parâmetro do modelo série logarítmica, o α de Fisher. Como todos os modelos teóricos de abundância relativa propostos têm como premissa, a igualdade de probabilidade de captura entre as espécies, o que para comunidades de espécies de organismos móveis, como aves, parece pouco realista, neste trabalho investigamos também o grau de sensibilidade dos modelos quanto à quebra dessa premissa. Assim, por meio de simulações de comunidades, analisamos o viés de seleção e estimação, e revelamos que o aumento do grau de heterogeneidade entre as probabilidades de captura das espécies acarreta no incremento do viés de seleção do modelo real e também de estimação dos parâmetros. Porém, como o objetivo do estudo era identificar os fatores que influenciam a diversidade das comunidades, mesmo com o viés de estimação, talvez ainda fosse possível revelar o grau de influência sobre os valores dos parâmetros, quando ele existir. Assim, prosseguimos com mais uma etapa de simulações, em que geramos comunidades cujos valores de parâmetros tinham uma relação linear com a área dos fragmentos. O que encontramos é que independente da igualdade ou desigualdade de capturabilidade das espécies, quando o efeito existe, ele é sempre detectado, porém dependendo do grau de diferença de probabilidade de captura das espécies, o efeito pode ser subestimado. E, na ausência de efeito, ele pode ser falsamente detectado, dependendo do grau de heterogeneidade de probabilidades de captura entre as espécies, mas sempre com estimativas bem baixas para o efeito inexistente. Com esses resultados então, pudemos quantificar os tipos de efeitos da heterogeneidade de probabilidades de captura e prosseguir com as análises dos efeitos de fragmentação. O que nossos resultados mostraram é que na paisagem com 10% de cobertura vegetal, a área parece influenciar a diversidade dos fragmentos mais que o isolamento, e que na paisagem de 50% de cobertura vegetal, a variável de isolamento se torna mais importante que a área para explicar os dados. Porém, em uma interpretação mais parcimoniosa, consideramos as estimativas dos efeitos muito baixas para considerar que ele de fato existia. Com isso, concluímos que o processo de fragmentação provavelmente não tem efeito sobre a hierarquia de abundância das espécies, e é independente da porcentagem de cobertura vegetal da paisagem. Contudo, em uma descrição do número de capturas de cada espécie nos fragmentos, ponderada pelo número de capturas amostrado em áreas contínuas adjacentes, revelaram que o tamanho do fragmento pode ser importante na determinação de quais espécies serão extintas ou beneficiadas e que talvez a qualidade da matriz seja decisiva para a manutenção de espécies altamente sensíveis em fragmentos pequenos. Assim, demonstramos que, embora as SADs sejam pouco afetadas pela fragmentação, a posição das espécies na hierarquia de abundâncias pode mudar muito, o que reflete as diferenças de sensibilidade das espécies a área e isolamento dos fragmentos. / Species abundance distribution (SADs) had an important role in community ecology, revealing one of the most well established pattern in ecology, which is the high dominance by just a few species. This pattern stimulated the proposal of innumerous theoretical models in an attempt to explain the ecological mechanism which could generate it. However these models can also be a descriptor of the communities and their parameters synthetic measures of diversity. Such parameters can be used as response variables to environmental impact affecting communities. Adopting this approach our objective was to compare bird communities through areas of different levels of fragmentation, using as response variable the estimates of α, the parameter of Fishers logseries. Considering the implicit assumption of equal capture probabilities among species in SAD models we also investigated the degree of sensibility of the models when this assumption is disrespected, once it seems so unrealistic. Thus simulating communities in which species had equal and different capture probabilities among them we found that increases in the degrees of heterogeneity in species catchability lead to a gain in biases on the model selection and parameters estimations. Additionally, since our goal in this study was identify some factors that may influence the diversity in communities, even with the biases, if they were constant, maybe it was still possible to test the relation. In this context we proceed to another stage of simulations, where we generate communities whose parameter values had a linear relationship with remnant area. What we find is that regardless of equal or unequal in catchability of species, when the effect exists, it is always detected, but depending on the degree of difference in probability of catching the species, the effect may be underestimated. Further, in the absence of effect, it can be falsely detected, depending on the degree of heterogeneity of capture probabilities among species, but always with very low estimates for the effect non-existent. With these results, we could quantify the types of effects of heterogeneity on capture probabilities and proceed with the analysis of the effects of fragmentation. What we showed is that the landscape with 10% vegetation cover, the fragment area appears to influence the diversity of the fragments rather than isolation, and landscape in 50% of plant cover, the isolation variable becomes more important than area to explain the data. But in a more parsimonious interpretation, we consider the estimated of the effects too low to consider that they actually exist. Therefore, we conclude that the fragmentation process probably has no effect on the hierarchy of species abundance. However, in a description of the number of captures of each species in the fragments, weighted by the number of catches sampled in continuous adjacent areas revealed that the fragment size may be important in determining which species will be extinct or benefit and that perhaps the quality of matrix is decisive for the maintenance of highly sensitive species in small fragments. Thus, we demonstrated that while the SAD are not significantly affected by fragmentation, the position in the hierarchy of species abundances can change a lot, which reflects the different sensitivity of species to area and isolation in the fragments.
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Dinâmica da vegetação arbórea na borda de remanescentes florestais e sua relação com características da paisagem no norte do Estado do Paraná / Arboreal vegetation dynamics at forest edges and its relations with landscape features in the northern Paraná State

Bruno Rodrigues Ginciene 20 October 2014 (has links)
Os efeitos de borda e a alteração da estrutura das paisagens constituem consequências negativas da fragmentação florestal responsáveis por transformações nos processos ecológicos. Decorrentes da expansão desordenada de atividades antrópicas, estas alterações podem comprometer o futuro dos remanescentes florestais e a manutenção dos recursos naturais na superfície terrestre. Nesta dissertação a dinâmica da vegetação arbórea foi analisada em oito transectos perpendiculares às bordas de seis remanescentes florestais entre 1996 e 2012. As paisagens do entorno destes transectos foram caracterizadas a partir de imagens orbitais de 1995 e 2011 para a verificação das mudanças ocorridas no uso do solo e para a investigação da influência de seus parâmetros físicos e estruturais sobre as taxas de mortalidade e recrutamento de espécies. Os resultados indicaram que, ao longo do tempo, a influência das bordas se pronunciou em direção ao interior dos remanescentes florestais, enquanto que o contraste entre a borda e o interior se atenuou. A distância média da borda das espécies: pioneiras/iniciais, anemocóricas e de dossel foi significativamente maior em 2012 do que em 1996. A comunidade arbórea apresentou menor similaridade em sua composição ao longo do tempo a menores distâncias da borda. Apesar da dinâmica verificada no uso do solo, a proporcionalidade dos parâmetros físicos e estruturais das paisagens se manteve entre 1995 e 2011. De maneira geral, estes parâmetros apresentaram pouca influência sobre a dinâmica da comunidade arbórea. Apenas as taxas de mortalidade das espécies exóticas e as taxas de recrutamento das espécies pioneiras/inicias apresentam forte relação com o tamanho e o número dos fragmentos florestais nas paisagens. Estes resultados indicam que os efeitos de borda precisam ser atenuados e que o contexto das paisagens deve ser incorporado às estratégias conservacionistas para que estas sejam efetivas e o futuro dos remanescentes florestais não seja comprometido. / Edge effects and landscape structure alterations are among the negative consequences of forest fragmentation responsible for ecological process alterations on the earths surface. Originated from the disordered expansion of anthropogenic activities these alterations may endanger the remaining forest patches future and the maintenance of natural resources. This dissertation was pledged to analyze the vegetation dynamics at forest edges and its relations with landscape features. The vegetation dynamics was examined through eight perpendicular-to-edge transects within six forest patches and the alterations on the arboreal community distribution and composition were assessed between 1996 and 2012. The surrounding landscapes of the analyzed transects were characterized from 1995 and 2011 orbital images and its land use changes were evaluated. Landscape structure and physical parameters influence were analyzed over species recruitment and mortality. The results indicated that the distance of edge influence increased over time while its magnitude was attenuated. The average distance from the edge of pioneer/earlysuccessional species, wind-dispersed and canopy species in 2012 became significantly larger than in 1996. Over time lower similarities in species composition were found to be closer to the edges. Although the observed land use changes in the surrounding landscapes of the edge transects landscape structure and physical parameters proportionality was maintained between 1995 and 2011. Overall the arboreal community dynamics were poorly associated with landscape features. A strong relation of the variables was only found between the exotic and pioneer/early-successional species mortality and recruitment and the size and the amount of forest patches within the landscapes. These results indicate that to be effective conservation planning must tackled edge effects and incorporate the landscape context otherwise they will fail for the maintenance of the future of forest patches.
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Model selection for discrete Markov random fields on graphs / Seleção de modelos para campos aleatórios Markovianos discretos sobre grafos

Iara Moreira Frondana 28 June 2016 (has links)
In this thesis we propose to use a penalized maximum conditional likelihood criterion to estimate the graph of a general discrete Markov random field. We prove the almost sure convergence of the estimator of the graph in the case of a finite or countable infinite set of variables. Our method requires minimal assumptions on the probability distribution and contrary to other approaches in the literature, the usual positivity condition is not needed. We present several examples with a finite set of vertices and study the performance of the estimator on simulated data from theses examples. We also introduce an empirical procedure based on k-fold cross validation to select the best value of the constant in the estimators definition and show the application of this method in two real datasets. / Nesta tese propomos um critério de máxima verossimilhança penalizada para estimar o grafo de dependência condicional de um campo aleatório Markoviano discreto. Provamos a convergência quase certa do estimador do grafo no caso de um conjunto finito ou infinito enumerável de variáveis. Nosso método requer condições mínimas na distribuição de probabilidade e contrariamente a outras abordagens da literatura, a condição usual de positividade não é necessária. Introduzimos alguns exemplos com um conjunto finito de vértices e estudamos o desempenho do estimador em dados simulados desses exemplos. Também propomos um procedimento empírico baseado no método de validação cruzada para selecionar o melhor valor da constante na definição do estimador, e mostramos a aplicação deste procedimento em dois conjuntos de dados reais.

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