Introdução: O hipotireoidismo congênito é a causa mais frequente de retardo mental evitável, cuja prevalência é de 1/3000 crianças nascidas vivas. Pode ser causado por disgenesia tireoideana (80% dos casos) ou por defeitos de síntese hormonal (20% restantes). As disormonogêneses tem sido associadas a mutações nos genes da tireoperoxidase (TPO), tireoglobulina, dual oxidase 2, pendrina, desalogenase e do simportador sódio/iodo. A tireoperoxidase (TPO) é uma glicoproteína de 105 KDa, localizada na membrana apical do tireócito, responsável pela organificação do iodeto. Até o momento 54 mutações, associadas ao hipotireoidismo congênito foram identificadas no gene TPO. Objetivos: Este estudo visou rastrear mutações no gene TPO em pacientes com hipotireoidismo congênito, com defeito total ou parcial de incorporação de iodeto, e associar o defeito genético com o fenótipo do paciente. Casuística e Métodos: Foram estudados 34 pacientes com hipotireoidismo congênito, 13 com DIIT (descarga de iodeto >50%) e 21 com DIIP (descarga de iodeto entre 25 e 50%) por possível defeito no gene TPO. Os métodos empregados foram: extração do DNA genômico de sangue periférico, amplificação por PCR do promotor e dos 17 exons do gene TPO e dos 33 exons do gene DUOX2 , eletroforese em gel de gradiente denaturante (DGGE) e seqüenciamento. Resultados: Foram identificadas 8 novas alterações de seqüências que levam a troca de aminoácidos: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; e 4 já descritas na literatura: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Dois pacientes com DTII apresentaram mutações em homozigose, e dois pacientes (um com DTII e um com DPII) eram portadores de alterações em heterozigose composta. Seis pacientes eram portadores de um único alelo da TPO afetado (três com DPII e três com DTII). Foram identificados também 33 polimorfismos (10 novos). Apenas polimorfismos foram identifiados no gene DUOX2. Conclusão: Foi verificada alta freqüência de mutações monoalélicas em pacientes com DIIT e DIIP. Em ambos os grupos as mutações se localizaram ao longo de todo o gene, tanto no domínio extracelular como no intracelular da proteína. Somente duas mutações foram identificadas em mais de um paciente, mostrando a heterogeneidade genotípica da doença nesta população / I ntroduction: Congenital Hypothyroidism affects 1/3000 birth, is caused by thyroid gland dysgenesis (80%) or inborn errors of the thyroid hormone biosynthesis (20%). Genetics defects of the genes for thyroid peroxidase, (TPO), thyroglobulin, sodium/iodine simporter, dual oxidase 2, and pendrine have been associated to dyshormonogenesis. TPO is a glycoprotein of 105 KDa situated in the apical membrane of the thyroid cell, responsible for iodide organification. At least 54 mutations have been identified in patients with dyshormonogenesis. Objectives: The aim of the study was to identify TPO gene mutations in patients with congenital hypothyroidism with total (DIIT) and partial (DIIP) iodide organification defects and to associate the genetic defect with the phenotype of the patient. Patients and Methods: Thirty four patients with congenital hypothyroidism, 13 with DIIT (iodide discharge >50%) and 21 patients with DIIP (iodide discharge between 25- 50%) due to possible TPO gene defect. Extraction of genomic DNA from peripheral blood, PCR amplification of the promoter, 17 exons of TPO gene and of the 33 exons of DUOX2 gene, denaturant gradient gel electrophoreses (DGGE) and sequencement were performed. Results: Eight new sequence alterations were identified: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; and four previously described mutations: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Homozygous mutations were identified in two patients with DTII. Ttwo patients (one with DTII and one with DPII) were carrying compound heterozygous mutations. TPO monoallelic mutations were identified in six patients (3 with DPII and 3 with DTII). Thirty three polymorphisms had also been identified (10 news). Conclusion: High frequency of TPO monoallelic mutations was detected in patients with DIIT and DIIP. In both groups of patients the mutations were located all throughout the gene, in the extracellular as well as in the intracellular domain. Only two mutations have been identified in more than one patient, indicating the genotypic heterogeneity of the illness in this population

Os cloroplastos encontrados nas folhas de plantas e algas pertencem a uma classe de organelas subcelulares denominadas de plastídios. Os plastídios possuem seu próprio genoma (plastoma), o qual contêm genes que participam de funções essenciais no metabolismo vegetal, como fotossíntese, síntese de aminoácidos e outras rotas biossintéticas. O plastoma da maioria das plantas superiores tem tamanho entre 120 a 180 kb. Em angiospermas é caracterizado pela presença de duas regiões repetidas invertidas (IRs) separadas por duas regiões de cópia única; uma longa (LSC) e outra curta (SSC). Para o sequenciamento completo da molécula do DNA (cpDNA) de Eucalyptus grandis, foram preparadas bibliotecas que geraram 9.033 seqüências de DNA. A seqüência completa foi determinada e possui o tamanho de 160.292 pb. As regiões IRs apresentam ter 26.400 pb; a SSC, 18.501 pb e; a LSC, 88.991 pb. As regiões codificadoras foram anotadas por análise de similaridade ao plastoma de Eucalyptus globulus. Todas as categorias gênicas presentes neste plastoma foram encontradas no plastoma de E. grandis. Estas duas espécies possuem 99,57% de similaridade na seqüência de nucleotídeos e apresentam total similaridade na organização dos seus genes. A disponibilidade de plastomas completos de diferentes espécies de Eucalyptus, torna possível realizar estudos comparativos para a identificação de polimorfismos espécie-específicos, importantes para serem utilizados como marcadores moleculares no melhoramento genético de Eucalyptus. / The chloroplasts found in plant leaves and algae belong to a class of subcellular organelle called plastids. The plastids has its own genome (plastome) which contain genes that participate in mainly functions on plant metabolism like photosynthesis, amino acids synthesis and other biosynthetic pathways. The plastome of most of higher plants are between 120-180 kb in size. It is characterized in angiosperms by two inverted repeat regions (IRs) separated by two regions of unique single copies; one large (LSC) and another small (SSC). For the complete sequencing of the DNA (cpDNA) molecule of chloroplast from Eucalyptus grandis, libraries were prepareted and generated 9,033 DNA sequences. The complete sequence was determined and it is 160,292 bp in size. The IRs showed to have 26,400 bp; the SSC, 18,502 bp and; the LSC, 88.991 bp in size. The gene coding regions were annotated by similarity analysis against the Eucalyptus globulus plastome. All types of gene categories present in E. globulus were found in E. grandis plastome. These two species show 99.57% of similarity on nucleotide sequence and they both present total similarity in their gene organization. The availability of complete plastomes from different Eucalyptus species make possible to perform comparative studies to identify species-specific polymorphisms, wich are important to be used as molecular markers in Eucalyptus breeding programs.

Introdução: O hipotireoidismo congênito é a causa mais frequente de retardo mental evitável, cuja prevalência é de 1/3000 crianças nascidas vivas. Pode ser causado por disgenesia tireoideana (80% dos casos) ou por defeitos de síntese hormonal (20% restantes). As disormonogêneses tem sido associadas a mutações nos genes da tireoperoxidase (TPO), tireoglobulina, dual oxidase 2, pendrina, desalogenase e do simportador sódio/iodo. A tireoperoxidase (TPO) é uma glicoproteína de 105 KDa, localizada na membrana apical do tireócito, responsável pela organificação do iodeto. Até o momento 54 mutações, associadas ao hipotireoidismo congênito foram identificadas no gene TPO. Objetivos: Este estudo visou rastrear mutações no gene TPO em pacientes com hipotireoidismo congênito, com defeito total ou parcial de incorporação de iodeto, e associar o defeito genético com o fenótipo do paciente. Casuística e Métodos: Foram estudados 34 pacientes com hipotireoidismo congênito, 13 com DIIT (descarga de iodeto >50%) e 21 com DIIP (descarga de iodeto entre 25 e 50%) por possível defeito no gene TPO. Os métodos empregados foram: extração do DNA genômico de sangue periférico, amplificação por PCR do promotor e dos 17 exons do gene TPO e dos 33 exons do gene DUOX2 , eletroforese em gel de gradiente denaturante (DGGE) e seqüenciamento. Resultados: Foram identificadas 8 novas alterações de seqüências que levam a troca de aminoácidos: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; e 4 já descritas na literatura: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Dois pacientes com DTII apresentaram mutações em homozigose, e dois pacientes (um com DTII e um com DPII) eram portadores de alterações em heterozigose composta. Seis pacientes eram portadores de um único alelo da TPO afetado (três com DPII e três com DTII). Foram identificados também 33 polimorfismos (10 novos). Apenas polimorfismos foram identifiados no gene DUOX2. Conclusão: Foi verificada alta freqüência de mutações monoalélicas em pacientes com DIIT e DIIP. Em ambos os grupos as mutações se localizaram ao longo de todo o gene, tanto no domínio extracelular como no intracelular da proteína. Somente duas mutações foram identificadas em mais de um paciente, mostrando a heterogeneidade genotípica da doença nesta população / I ntroduction: Congenital Hypothyroidism affects 1/3000 birth, is caused by thyroid gland dysgenesis (80%) or inborn errors of the thyroid hormone biosynthesis (20%). Genetics defects of the genes for thyroid peroxidase, (TPO), thyroglobulin, sodium/iodine simporter, dual oxidase 2, and pendrine have been associated to dyshormonogenesis. TPO is a glycoprotein of 105 KDa situated in the apical membrane of the thyroid cell, responsible for iodide organification. At least 54 mutations have been identified in patients with dyshormonogenesis. Objectives: The aim of the study was to identify TPO gene mutations in patients with congenital hypothyroidism with total (DIIT) and partial (DIIP) iodide organification defects and to associate the genetic defect with the phenotype of the patient. Patients and Methods: Thirty four patients with congenital hypothyroidism, 13 with DIIT (iodide discharge >50%) and 21 patients with DIIP (iodide discharge between 25- 50%) due to possible TPO gene defect. Extraction of genomic DNA from peripheral blood, PCR amplification of the promoter, 17 exons of TPO gene and of the 33 exons of DUOX2 gene, denaturant gradient gel electrophoreses (DGGE) and sequencement were performed. Results: Eight new sequence alterations were identified: Leu68Ile, Gly319Glu, Ala426Gly, Arg584Gln, Val618Met, Pro883Leu, Ala909Thr, A909fsX49; and four previously described mutations: 396fsX76, Gln660Gly, Arg665Trp, Cys838Ser. Homozygous mutations were identified in two patients with DTII. Ttwo patients (one with DTII and one with DPII) were carrying compound heterozygous mutations. TPO monoallelic mutations were identified in six patients (3 with DPII and 3 with DTII). Thirty three polymorphisms had also been identified (10 news). Conclusion: High frequency of TPO monoallelic mutations was detected in patients with DIIT and DIIP. In both groups of patients the mutations were located all throughout the gene, in the extracellular as well as in the intracellular domain. Only two mutations have been identified in more than one patient, indicating the genotypic heterogeneity of the illness in this population

Os cloroplastos encontrados nas folhas de plantas e algas pertencem a uma classe de organelas subcelulares denominadas de plastídios. Os plastídios possuem seu próprio genoma (plastoma), o qual contêm genes que participam de funções essenciais no metabolismo vegetal, como fotossíntese, síntese de aminoácidos e outras rotas biossintéticas. O plastoma da maioria das plantas superiores tem tamanho entre 120 a 180 kb. Em angiospermas é caracterizado pela presença de duas regiões repetidas invertidas (IRs) separadas por duas regiões de cópia única; uma longa (LSC) e outra curta (SSC). Para o sequenciamento completo da molécula do DNA (cpDNA) de Eucalyptus grandis, foram preparadas bibliotecas que geraram 9.033 seqüências de DNA. A seqüência completa foi determinada e possui o tamanho de 160.292 pb. As regiões IRs apresentam ter 26.400 pb; a SSC, 18.501 pb e; a LSC, 88.991 pb. As regiões codificadoras foram anotadas por análise de similaridade ao plastoma de Eucalyptus globulus. Todas as categorias gênicas presentes neste plastoma foram encontradas no plastoma de E. grandis. Estas duas espécies possuem 99,57% de similaridade na seqüência de nucleotídeos e apresentam total similaridade na organização dos seus genes. A disponibilidade de plastomas completos de diferentes espécies de Eucalyptus, torna possível realizar estudos comparativos para a identificação de polimorfismos espécie-específicos, importantes para serem utilizados como marcadores moleculares no melhoramento genético de Eucalyptus. / The chloroplasts found in plant leaves and algae belong to a class of subcellular organelle called plastids. The plastids has its own genome (plastome) which contain genes that participate in mainly functions on plant metabolism like photosynthesis, amino acids synthesis and other biosynthetic pathways. The plastome of most of higher plants are between 120-180 kb in size. It is characterized in angiosperms by two inverted repeat regions (IRs) separated by two regions of unique single copies; one large (LSC) and another small (SSC). For the complete sequencing of the DNA (cpDNA) molecule of chloroplast from Eucalyptus grandis, libraries were prepareted and generated 9,033 DNA sequences. The complete sequence was determined and it is 160,292 bp in size. The IRs showed to have 26,400 bp; the SSC, 18,502 bp and; the LSC, 88.991 bp in size. The gene coding regions were annotated by similarity analysis against the Eucalyptus globulus plastome. All types of gene categories present in E. globulus were found in E. grandis plastome. These two species show 99.57% of similarity on nucleotide sequence and they both present total similarity in their gene organization. The availability of complete plastomes from different Eucalyptus species make possible to perform comparative studies to identify species-specific polymorphisms, wich are important to be used as molecular markers in Eucalyptus breeding programs.

A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO). / Avian coccidiosis is an enteric disease caused by protozoan parasites of the genus Eimeria. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms that regulate the life cycle of the parasites, our group generated 15,000 expressed sequences (ORESTES) for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of a set of components for the automated sequence annotation through EGene, a platform for pipeline construction previously described by our group (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005). These components were used to construct pipelines for the automated annotation of assembled sequences of ORESTES of Eimeria spp. The annotation process consisted in the identification of genes and the corresponding protein function based on a set of evidences. The sequences were also mapped and quantified using a controlled vocabulary of gene ontology (GO) terms.

A coccidiose aviária é uma doença entérica causada por protozoários parasitas do gênero Eimeria. Visando uma maior compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na regulação do ciclo de vida dos parasitas, foram geradas 15.000 seqüências expressas (ORESTES) para cada uma das três espécies mais importantes: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. O presente trabalho consistiu no desenvolvimento de componentes de anotação automática de seqüências para o sistema EGene, plataforma previamente desenvolvida pelo nosso grupo (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) para a construção de processamentos encadeados (pipelines). Estes componentes foram utilizados para a construção de pipelines de anotação automática de seqüências-consenso obtidas a partir da montagem dos ORESTES de Eimeria spp. A anotação consistiu na identificação dos genes e atribuição da função dos respectivos produtos protéicos, baseando-se em um conjunto de evidências. As seqüências também foram classificadas e quantificadas utilizando-se um vocabulário controlado de termos de ontologia gênica (GO). / Avian coccidiosis is an enteric disease caused by protozoan parasites of the genus Eimeria. Aiming at obtaining a better understanding of the molecular mechanisms that regulate the life cycle of the parasites, our group generated 15,000 expressed sequences (ORESTES) for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of a set of components for the automated sequence annotation through EGene, a platform for pipeline construction previously described by our group (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005). These components were used to construct pipelines for the automated annotation of assembled sequences of ORESTES of Eimeria spp. The annotation process consisted in the identification of genes and the corresponding protein function based on a set of evidences. The sequences were also mapped and quantified using a controlled vocabulary of gene ontology (GO) terms.

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Na diarreia aguda não bacteriana, os adenovírus entéricos constituem um dos importantes agentes etiológicos da doença. Os adenovírus humanos (HAdV) pertencem à família Adenoviridae e ao gênero Mastadenovirus, cujos membros estão classificados em 7 espécies (A-G) e 54 sorotipos. Dentre estes, os sorotipos 40 e 41, ambos da espécie F, são os mais comumente associados com a DDA. Considerando-se, então, a importância da DDA em países em desenvolvimento, o grande número de casos que não são esclarecidos e o pouco conhecimento sobre a infecção e a participação dos HAdV na gênese da DDA, em Juiz de Fora, Minas Gerais, foi realizado o presente estudo. Entre janeiro de 2007 e dezembro de 2010, foram analisados 395 espécimes fecais diarréicos, provenientes de indivíduos de várias idades, atendidos em serviços ambulatoriais e hospitalizados. A presença dos HAdV foi detectada pela reação de PCR , utilizando-se os iniciadores específicos e a caracterização molecular das amostras positivas foi feita pelo seqüenciamento e análise filogenética das sequências parciais do gene do Hexon. Para as análises estatísticas, foi utilizado o programa SPSS versão 13.0, tendo se adotado um valor de significância como p<0,05. A prevalência da infecção por HAdV, no período 2007-2010, foi de 10,9% (43/395). Os resultados mostraram que não houve correlação significante entre a procedência da amostra (ambulatorial X hospitalar) e a ocorrência da infecção (p=0,152), o mesmo tendo sido observado em relação ao gênero do indivíduo infectado (p=0,393). Por outro lado, a maioria dos casos positivos foi detectada em crianças de até 24 meses de idade, mostrando uma correlação estatisticamente significante entre a idade dos indivíduos infectados e a ocorrência da infecção (p=0,007). Na maioria dos casos de infecção pelo HAdV (36/43), este foi o único agente viral detectado, no entanto, foram observados casos de coinfecção HAdV/Rotavirus (5/43) e HAdV/Norovirus (2/43). A análise filogenética das sequências parciais do gene do Hexon, de 35 amostras positivas, revelou que todas agruparam com amostras de HAdV da espécie F, sorotipo 41, confirmando assim, a associação de HAdV entéricos, nos casos estudados. Este levantamento epidemiológico revelou a presença e a circulação destes vírus na população de Juiz de Fora, no período avaliado, bem como sua importante participação na gênese da DDA, permitindo assim, esclarecer uma boa parte dos casos da doença, que normalmente ficaria sem definição etiológica. / Acute diarrheal disease (ADD) is still the major cause of child morbidity and mortality in developing countries. Among the non-bacterial diarrhea, enteric adenoviruses are one of the most important etiologic agents of disease. Human adenoviruses (HAdV) belongs to the Adenoviridae family and Mastadenovirus genus. The virus are classified into seven species (A-G) and 54 serotypes. Among them, serotypes 40 and 41, both of the species F, are the most commonly associated with ADD. Taking in consideration the importance of the DDA in developing countries, the large number of cases that don’t have the etiologic agent identified and the lack of knowledge about the participation of HAdV infection and the pathogenesis of ADD, we performed this study in Juiz de Fora, Minas Gerais. Between January of 2007 and December of 2010 395 diarrheal fecal specimens originating from individuals of various ages treated in ambulatory and hospitalized were analyzed. The presence of HAdV was detected by PCR, using specific primers, and molecular characterization of positive samples was performed by sequencing and phylogenetic analysis of partial sequences of the hexon gene. For statistical analyzes, we used SPSS version 13.0, adopting a value of p <0.05 as significant. The prevalence of infection by HAdV between 2007-2010 was 10.9% (43/395). The results showed no significant correlation between the origin of the sample (hospital X ambulatory) and the occurrence of infection (p = 0.152), and the same was observed in relation to gender of the infected person (P=0,393). Moreover, the majority of positive cases was detected in children under 24 months of age, showing a statistically significant correlation between the age of the infected individuals and the occurrence of infection (p=0,007). In most cases of infection HAdV (36/43), this was the only viral agent detected, however, cases of co-infection HAdV / Rotavirus (5/43) and HAdV /Norovirus (2/43) were identified. Phylogenetic analysis of partial sequences of the hexon gene from 35 positive samples revealed that all samples clustered with HAdV species F, serotypes 41, confirming the association of enteric HAdV in the cases of this study. This epidemiological survey revealed the presence and circulation of these viruses in the population of Juiz de Fora in the period studied, as well as its important role in the genesis of the DDA, our data identified a good number of cases of the disease, which normally remains unidentified.