Orientador: Ricardo de Oliveira Orsi / Resumo: Os objetivos deste trabalho foram selecionar Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) associados à produção de mel e genes candidatos para esta característica. Foram selecionadas oito colmeias mais (APM) e dez menos (BPM) produtivas de um total de 50 colmeias, e avaliados seu comportamento higiênico e defensivo. Após sequenciado o DNA extraído das rainhas das colônias, SNPs foram associados à produção de mel e genes candidatos selecionados. Sondas Taqman foram testadas nas amostras, sendo selecionados dois SNPs e quatro genes candidatos para produção de mel. Foi calculada a probabilidade conjunta para a associação do genótipo e produção de mel, apresentando 0,9844 para genótipos em colônias com alta produção de mel quando presentes os dois SNPs descritos. Deste modo, a utilização dos dois SNPs para alta produção de mel poderá ser utilizada como ferramenta rápida e precisa em programas de melhoramento. / Doutor

Orientador: Luiz Eduardo de Ângelo Sanchez / Banca: Eduardo Carlos Bianchi / Banca: Amauri Hassui / Resumo: A operação de roleteamento é realizada com o intuito de diminuir a rugosidade e melhorar as propriedades mecânicas da peça, como o aumento da dureza e da resistência à fadiga. O processo se dá sem remoção de material, por meio de trabalho a frio, no qual a ferramenta promove o escoamento do material dos picos para o preenchimento dos vales na superfície da peça de trabalho. Esta operação envolve deformação plástica com consequente introdução de tensão residual de compressão nas camadas subsuperficiais da peça. No entanto, as forças de contato envolvidas no processo podem ser excessivamente altas ao ponto de produzir desvios de forma afetando a qualidade superficial da peça acabada. Para minimizar estes problemas, encontram-se pesquisas que utilizam um feixe de laser para o aquecimento localizado da peça na região imediatamente anterior ao contato da ferramenta. Porém, por questões de custo e espaço físico em torno da máquina, este método tem seu uso restrito. A fim de tornar o roleteamento a quente mais viável, neste trabalho é proposto o uso de resistência elétrica em cerâmica, de baixo custo, a qual emite radiação infravermelha como fonte de calor. Para medir a eficiência da técnica proposta foram realizadas operações de roleteamento convencional e comparadas com a condição a quente empregando uma liga aeronáutica inconel 718. Foram analisadas importantes variáveis de saída do processo relacionadas com a qualidade superficial, como a rugosidade, microdureza, tensão residual... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The burnishing operation is performed in order to reduce roughness and improve the mechanical properties of the part, such as increased hardness and fatigue resistance. The process takes place without material removal by means of cold working, in which the tool promotes the flow of the material from the peaks to fill the valleys on the surface of the workpiece. This operation involves plastic deformation with consequent introduction of residual compressive stress in the subsurface layers of the part. However, the forces involved in the process may be excessively high to the extent of producing shape deviations affecting the surface quality of the finished workpiece. To minimize these problems, there are researches that use a laser beam for localized heating of the part in the region immediately prior to the tool contact. However, for reasons of cost and physical space around the machine, this method has its restricted use. In order to make hot rolling more feasible, in this work the use of low cost electric ceramic resistance is proposed, which emits infrared radiation as a source of heat. To measure the efficiency of the proposed technique, conventional burnishing operations will be performed and compared to the hot condition using an aeronautical alloy 718 Inconel. Important process output variables related to surface quality, such as roughness, micro hardness, residual stress and circularity, when using different input parameters, such as force, part rotation and number of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:39:17Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-07-28T16:45:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T16:45:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O vírus dengue infecta um número estimado de 50-100 milhões de pessoas 100 milhões de pessoas anualmente em todo o mundo e no Brasil, dengue foi relatada pela primeira vez em 1981, desde então, a infecção tornou-se hiper-endêmica. As práticas atuais de diagnóstico não detectam o vírus em cerca de 50% dos casos suspeitos. Metagenômica é uma estratégia que pode ser aplicada na identificação de qualquer organismo em uma amostra, uma vez que recupera sequências de ácidos nucléicos que são analisadas contra bases de dados. Neste estudo, o nosso objetivo foi aplicar abordagens de metagenômica para analisar casos fatais de pacientes que apresentaram sintomas similares a dengue, mas com teste negativo para este vírus e também amostras de pacientes com suspeita febre amarela. e também amostras de pacientes com suspeita febre amarela. e também amostras de pacientes com suspeita de febre amarela. DNA e RNA genômico foram extraídos, amplificados com iniciadores randômicos e processados no sequenciador Illumina HiSeq2500. Em seguida, aplicamos um pipeline de bioinformática para filtragem de sequências de baixa qualidade e remoção de sequências humanas. Vários programas foram utilizados para classificar as reads metagenômicas: Kraken, GOTTCHA, SURPI, Metaphlan2, Taxoner e Blastn. As análises in silico identificaram patógenos que foram posteriormente confirmados por ensaios in vitro aplicando reagentes específicos Deste modo, identificamos vírus e bactérias em 13% das amostras. Quatro desses vírus, com potencial de patogenicidade estavam em amostras distintas: Parvovírus B19, vírus da Hepatite A, vírus da Hepatite G e vírus Torque-teno. Todos eles, com exceção do vírus da Hepatite A estavam nos casos fatais. As bactérias identificadas foram N. meningitidis do serogrupo C em duas amostras e S. pneumoniae em duas outras amostras. Esses são patógenos que causam surtos e epidemias no Brasil e têm alta taxa de mortalidade. Particularmente, N. meningiditis sorogrupo C é o determinante de surtos atuais de N. meningiditis no Brasil. Além disso, dois genomas completos foram recuperados, o do Parvovírus B19 de um dos casos fatais (5,6 kb) e o do vírus Chikungunya (12 kb) que estava presente na amostra utilizada como controle positivo para as análises de metagenômica. Aqui, podemos demonstrar a aplicabilidade da metagenômica tanto na identificação quanto recuperação de genomas completos de patógenos a partir de amostras clínicas humanas / Dengue virus infects an estimated 50-100 million people annually worldwide and in Brazil, dengue was first reported in 1981, since then the infection became hyper-endemic. The current diagnostic practices cannot detect the virus around 50% of suspected cases. Metagenomic is a strategy that can be applied to recover any organism in a sample. In this study, our aim was to apply metagenomics approaches to analyse fatal cases of patients presenting dengue-like symptoms, but testing negative for this virus and samples of patients with suspect yellow fever. Genomic DNA and RNA were extracted, amplified with random primers and sequenced in the Illumina HiSeq2500 sequencer. We then followed a bioinformatics filtering pipeline to remove both low-quality sequences and human sequences. Several tools were used to classify the metagenome reads: Kraken, GOTTCHA, SURPI, Metaphlan2, Taxoner and Blastn. The in silico analysis identified pathogens that were further confirmed by in vitro assays applying specific reagents. In this way, we were able to detect viruses and bacteria in 13% of the samples Four viruses, with pathogenicity potential were identified in distinct samples: Parvovirus B19, Hepatitis A virus, Hepatitis G virus and Torque-teno virus. All of them, except Hepatitis A virus were present in fatal cases. The Parvovirus B19 is in fact a pathogen that has been eventually associated to fatal cases. The bacteria identified were N. meningitides serogroup C in two samples and S. pneumoniae in two other samples. Those are pathogens that cause outbreaks and epidemics in Brazil and have high mortality rate. Particularly, N. meningiditis outbreaks in Brazil. Moreover, two complete genomes were recovered, the B19V from one of the fatal cases (5.6 kb) and the Chikungunya virus (12 kb) that was in the sample used as a positive control to the metagenomics approach. Here, we demonstrated th applicability of metagenomics in both the identification and recovery of complete genomes of pathogens from human clinical samples

Orientador: Prof. Dr. Cassius Carvalho Torres-Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Odontologia. Defesa: Curitiba, 2016 / Inclui referências : f. 69-79 / Área de concentração / Resumo: A anemia de Fanconi (AF) é uma síndrome genética rara caracterizada por instabilidade cromossômica e dificuldade de reparo do DNA. Pacientes com AF desenvolvem o carcinoma de células escamosas (CCE) na boca mais cedo e com maior frequência que a população em geral, especialmente após o transplante de células tronco hematopoéticas (TCTH). Embora tenha aumentado a evidência de um papel etiológico da microbiota local e o processo de carcinogênese; não existem informações sobre a microbiota bucal de pacientes com AF. O objetivo desse estudo foi explorar a microbiota salivar de 61 pacientes com AF e comparar os resultados com a condição de saúde bucal e fatores de riscos associados ao desenvolvimento do CCE. Depois de responder a um questionário e ser submetido a um exame clínico intrabucal, todos os pacientes passaram por um etapa de coleta de saliva e as amostras foram analisadas utilizando o sequenciamento do gene 16S rRNA (Região Hipervariável :V3-V4 Miseq, Illumina). O perfil microbiano associado aos parâmetros clínicos e dados retirados de prontuário médico foram analisados utilizando modelos lineares. A mediana de idade da amostra estudada foi de 22 anos e a maioria deles haviam sido submetidos ao TCTH (n=53). Os filos bacterianos mais abundantes foram Firmicutes (média da abundância relativa ± desvio padrão(DP)) (42,1% ± 10,1%) e Bacteroidetes (25,4% ± 11,4%). O histórico de doença do enxerto contra o hospedeiro (DECH) bucal (n=27) estava associada com maiores proporções de Firmicutes (43,8% x 38,5%, p = 0,05) quando comparados com os que não apresentaram DECH. Altos níveis de sangramento gengival foram associados com os genêros Prevotella (22,25% x 20%), Streptococcus (19,83% x 17,61%), Porphyromonas (3,63% x 1,42%, p = 0,03), Treponema (1,02% x 0,28%, p = 0,009), Parvimonas (0,28% x 0,07%, p = 0,02) e Dialister (0,27% x 0,10%, p = 0,04). Por fim, pacientes transplantados à mais de 11 anos mostraram níveis mais elevados de Streptococcus (18,4%), Haemophilus (12,7%) e Neisseria (6,8%). Em conclusão, pacientes com AF que apresentavam piores condições de higiene bucal abrigavam maiores proporções de gêneros de bactérias compatíveis com doença periodontal. Foram observadas diferenças microbianas específicas, na presença de longo tempo de transplante, histórico de GVHD e mucosite, bem como, na presença de lesões com potencial de malignidade. Palavras-chave: Anemia de Fanconi. Câncer bucal. Microbiota. Saliva. Bactéria. Sequenciamento de Nucleotídeos de Alto Rendimento. / Abstract: Fanconi anemia (FA) is a rare genetic disease characterized by chromosomal instability and impaired DNA damage repair. FA patients develop oral squamous cell carcinoma (OSCC) earlier and more frequently than the general population, especially after hematopoeitic stem cell transplantation (HSCT). Although evidence of an etiological role of the local microbiome and carcinogenesis has grown, no information exists regarding the oral microbiome of FA patients. The aim of this study was to explore the salivary microbiome of 61 FA patients regarding their oral health status and OSCC risk factors. After answering a questionnaire and receiving oral clinical examination, saliva samples were collected and analyzed using 16rRNA sequencing (V3-V4 hypervariable region, MiSeq, Illumina). The microbial profiles associated with medical and clinical parameters were analyzed using general linear models. Patients were young (mean age = 22 yrs old) and most of them had received HSCT (n=53). The most abundant phyla were Firmicutes (mean relative abundance ± SD) (42.1%±10.1%) and Bacteroidetes (25.4%±11.4%). A history of graft-versus-host disease (GVHD) (n=27) was associated with higher proportions of Firmicutes (43.8% x 38.5%, p=0.05). High levels of gingival bleeding were associated with the genera Prevotella (22.25% x 20%), Streptococcus (19.83% x 17.61%), Porphyromonas (3.63% x 1.42%, p=0.03), Treponema (1.02% x 0.28%, p=0.009), Parvimonas (0.28% x 0.07%, p=0.02) and Dialister (0.27% x 0.10%, p=0.04). Finally, participants transplanted longer than 11 years showed highest levels of Streptococcus (18.4%), Haemophilus (12.7%) and Neisseria (6.8%). In conclusion, FA patients with poor oral hygiene harbored higher proportions of genera of bacteria compatible with gingival disease. Specific microbial differences were observed in the presence of a history of long time since HSCT, history of oral GVHD and mucositis as well when potential malignant oral lesion was present. Keywords: Fanconi anemia. Oral cancer. Microbiome. Saliva. Bacteria. Massively-Parallel Sequencing.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:23Z : No. of bitstreams: 1 000828384.pdf: 1799745 bytes, checksum: 62d94c169b45d13aee9881b05c12e0d6 (MD5) / O estudo da microbiota bucal de bebês e como ela se altera com o tempo é de grande importância para a prevenção, diagnóstico e tratamento de doenças bucais num estágio precoce. O objetivo desse estudo foi avaliar longitudinalmente, nos períodos de 6, 12, 18 e 24 meses de idade, o microbioma oral de bebês saudáveis e suas respectivas mães por análise de pirosequenciamento. Setenta e quatro pares de mães e bebês acompanhados em um programa de saúde bucal foram incluídos no estudo. Um total de cinquenta e oito participaram em todo o período experimental. A população de bebês foi acompanhada durante todo o período, recebendo orientações e procedimentos previstos no protocolo do programa. Dados sobre dieta, higiene bucal, presença de dentes, prevalência de cárie e condições periodontais de bebês e suas respectivas mães foram coletados. Para a análise de pirosequenciamento, foram selecionados 5 pares de bebês e mães seguindo rigorosos critérios de inclusão para obtenção de amostra homogênea de bebês que se mantiveram sem a ocorrência de doenças bucais durante todo o período de avaliação. Também foram analisadas amostras do único bebê que desenvolveu cárie ao longo do estudo. Foram coletadas amostras de saliva e biofilme dentário do bebê e suas respectivas mães para análise da diversidade microbiana por pirosequenciamento 454 dos produtos de PCR do gene 16S ribossomal. A eficácia do programa de promoção de saúde bucal para este estudo foi reiterada com a ocorrência de cárie em apenas 1 dos bebês (1,51%) acompanhados durante 24 meses. A diversidade microbiana da saliva e biofilme dentário dos bebês manteve-se estável em relação ao número de Filos ao longo dos períodos. Observou-se aumento considerável de gêneros na saliva dos bebês dos 6 meses aos 12 meses de idade do bebê, sendo que esta distribuição se manteve nos demais períodos. Aos ... / Data on infants' oral microflora and how it changes in time is of utmost importance for the prevention, diagnosis and treatment of oral diseases in early stages. The goal of this study was evaluate, longitudinally, in the periods of 6, 12, 18 and 24 months of age, the oral microbiome of healthy babies and their mothers by pyrosequencing analysis. Seventy-four pairs of mothers/babies followed in a Program of Oral Healthy were included in the study. A total of fifty-eight participated in all the experimental period. The population of babies was followed during all the period, receiving orientation on oral health and procedures foreseen in the protocol of the referred program. Data on diet, oral hygiene, presence of teeth, prevalence of caries, and periodontal conditions of babies and their mothers were collected. For pyrosequencing analysis, 5 pairs of babies and mothers were selected following rigorous criteria of inclusion, in order to obtain a homogeneous sample of babies who did not develop caries during all the evaluation period. Also, samples from of the only baby who developed caries along the study were analyzed. Samples of saliva and dental biofilm from the babies and mothers were analyzed for the microbial diversity by pyrosequencing 454 of products of PCR of 16S ribosomal gene. The effectiveness of the Oral Health Program in this study was confirmed with the occurrence of caries in only 1 of the babies (1.51%) followed during 24 months. Salivary and biofilm microbial diversities of babies were stable in relation to the number of Phyla during the evaluation periods. A considerable increasing in the number of genus in babies' saliva was observed in the period of 6 to 12 months of age. After this period, the distribution was stable. At the age of 12 months, 77 different genus were found in the microbioma of infants' dental biofilm and this value was higher when compared to ...

Orientador: Cristiane Yumi Koga-Ito / Co-orientador: Fernanda Lourenção Brighenti / Banca: Janete Dias Almeida / Banca: Ana Cláudia Okamoto / Banca: Elizabete Brasil dos Santos / Banca: Rebeca Di Nicolo / Resumo: O estudo da microbiota bucal de bebês e como ela se altera com o tempo é de grande importância para a prevenção, diagnóstico e tratamento de doenças bucais num estágio precoce. O objetivo desse estudo foi avaliar longitudinalmente, nos períodos de 6, 12, 18 e 24 meses de idade, o microbioma oral de bebês saudáveis e suas respectivas mães por análise de pirosequenciamento. Setenta e quatro pares de mães e bebês acompanhados em um programa de saúde bucal foram incluídos no estudo. Um total de cinquenta e oito participaram em todo o período experimental. A população de bebês foi acompanhada durante todo o período, recebendo orientações e procedimentos previstos no protocolo do programa. Dados sobre dieta, higiene bucal, presença de dentes, prevalência de cárie e condições periodontais de bebês e suas respectivas mães foram coletados. Para a análise de pirosequenciamento, foram selecionados 5 pares de bebês e mães seguindo rigorosos critérios de inclusão para obtenção de amostra homogênea de bebês que se mantiveram sem a ocorrência de doenças bucais durante todo o período de avaliação. Também foram analisadas amostras do único bebê que desenvolveu cárie ao longo do estudo. Foram coletadas amostras de saliva e biofilme dentário do bebê e suas respectivas mães para análise da diversidade microbiana por pirosequenciamento 454 dos produtos de PCR do gene 16S ribossomal. A eficácia do programa de promoção de saúde bucal para este estudo foi reiterada com a ocorrência de cárie em apenas 1 dos bebês (1,51%) acompanhados durante 24 meses. A diversidade microbiana da saliva e biofilme dentário dos bebês manteve-se estável em relação ao número de Filos ao longo dos períodos. Observou-se aumento considerável de gêneros na saliva dos bebês dos 6 meses aos 12 meses de idade do bebê, sendo que esta distribuição se manteve nos demais períodos. Aos ... / Abstract: Data on infants' oral microflora and how it changes in time is of utmost importance for the prevention, diagnosis and treatment of oral diseases in early stages. The goal of this study was evaluate, longitudinally, in the periods of 6, 12, 18 and 24 months of age, the oral microbiome of healthy babies and their mothers by pyrosequencing analysis. Seventy-four pairs of mothers/babies followed in a Program of Oral Healthy were included in the study. A total of fifty-eight participated in all the experimental period. The population of babies was followed during all the period, receiving orientation on oral health and procedures foreseen in the protocol of the referred program. Data on diet, oral hygiene, presence of teeth, prevalence of caries, and periodontal conditions of babies and their mothers were collected. For pyrosequencing analysis, 5 pairs of babies and mothers were selected following rigorous criteria of inclusion, in order to obtain a homogeneous sample of babies who did not develop caries during all the evaluation period. Also, samples from of the only baby who developed caries along the study were analyzed. Samples of saliva and dental biofilm from the babies and mothers were analyzed for the microbial diversity by pyrosequencing 454 of products of PCR of 16S ribosomal gene. The effectiveness of the Oral Health Program in this study was confirmed with the occurrence of caries in only 1 of the babies (1.51%) followed during 24 months. Salivary and biofilm microbial diversities of babies were stable in relation to the number of Phyla during the evaluation periods. A considerable increasing in the number of genus in babies' saliva was observed in the period of 6 to 12 months of age. After this period, the distribution was stable. At the age of 12 months, 77 different genus were found in the microbioma of infants' dental biofilm and this value was higher when compared to ... / Doutor

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-23T14:38:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1031008 bytes, checksum: 25f79f39509b18315e8a91383a38a258 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-23T14:38:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1031008 bytes, checksum: 25f79f39509b18315e8a91383a38a258 (MD5) Previous issue date: 2015-04-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Um dos principais desafios da biologia molecular é medir e avaliar os perfis de expressão gênica em diferentes condições com o objetivo de entender os mecanismos de transformação molecular. Para tanto, o método RNA-Seq usa o transcriptoma obtido a partir de tecnologias de sequenciamentos de nova geração (NGS), as quais são utilizadas para converter RNA em uma biblioteca de fragmentos de cDNA, e, assim, produzir milhões reads. Após a mensuração dos níveis de expressão dos genes, por meio de técnicas de mapeamento, surge a necessidade de verificar hipóteses a respeito da existência de expressão diferencial (ED) entre as condições avaliadas. Assim, faz-se necessária à descoberta e o aprimoramento de metodologias estatísticas para aperfeiçoar as análises de dados gerados em plataformas de sequenciamento de genomas. O objetivo geral desse estudo consistiu em avaliar o comportamento de três metodologias (DEGSeq, bayseq e DESeq) para verificação da expressão diferencial em longissimus dorsi (LD) do músculo de suínos da raça Piau e Comercial, em 21e 90 dias depois do coito, por meio de dados provenientes de RNA-Seq, em cenários sem repetição . De acordo com os resultados gerados nas análises e sob as condições utilizadas no desenvolver do experimento concluiu-se que, na comparação dos métodos bayseq com DEGSeq e baySeq com DESeq, respectivamente, observou-se, a partir da relação do nível de expressão (fold-change) entre as duas raças suínas (comercial e piau), que os métodos apresentaram desempenho diferentes entre si, pois apresentaram um nível de expressão desigual em ambos os métodos. No entanto, na comparação entre os métodos DESeq e DEGSeq, houve um desempenho comparável, deste modo, houve concordância entre os métodos. Como um todo, a maioria dos genes DE identificados, se deu na fase pós- natal tardia, ou seja, 90 dpc. Além disso, a maioria deles foram down na fase pré-natal inicial (21 dpc) e foram up na fase pré-natal tardia (90 dpc) relacionando as raças, comercial e piau e comparando os métodos. / One of the main challenges of molecular biology is to measure and assess the gene expression profiles in different biological tissues in order to understand the molecular mechanisms of transformation. The RNA-Seq method uses transcriptome from young generation sequencing technologies (NGS), used to convert RNA into a cDNA fragment library, and thus produce millions reads. After the measurement of levels of gene expression, the need arises to test hypotheses about the existence of differential expression (DE) between the evaluated conditions. Thus, it is necessary to the discovery and improvement of efficient statistical methods to improve data analysis generated by genome sequencing platforms. The overall objective of this study was to evaluate the behavior of three methodologies (DEGSeq, bayseq and DESeq) to verify the differential expression in longissimus dorsi (LD) muscle of the pig Piau and Commercial race in 21 and 90 days after intercourse, by using data from RNA Seq in scenarios without repetition. According to the results generated by the analysis and under the conditions used to develop the experiment it was concluded that, in comparison with the methods bayseq DEGSeq and baySeq with DESeq respectively, was observed from the relation of expression level (fold-change) between the two pig breeds (commercial and piau), the methods showed different performance between them, they showed an uneven level of expression in both methods. However, when comparing the DESeq and DEGSeq methods, there was a comparable performance thus there was agreement between the methods. As a whole, the majority of the identified genes occurred in the late post-natal period, namely 90 dpc. Moreover, most of them were down in early postnatal stage (21 dpc) were up in late postnatal period (90 dpc) relating races, commercial and piau and comparing the methods.

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Resumo: O pacu Piaractus mesopotamicus é considerado uma das mais importantes espécies de peixe cultivadas no Brasil. Apesar desta representatividade, esta espécie possui poucas informações genéticas disponíveis, principalmente em relação à resistência às enfermidades. A infecção por Aeromonas hydrophila é responsável por grandes prejuízos econômicos na produção de pacu. Experimentos de desafio, baseados em testes de sobrevivência por exposição dos organismos a patógenos específicos, têm sido realizados para buscar estimativas confiáveis para seleção de famílias geneticamente resistentes às enfermidades. Portanto, os principais objetivos deste estudo foram: 1) avaliar a herdabilidade de resistência do pacu à infecção por A. hydrophila; 2) caracterizar a arquitetura genética com a identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci) relacionados com resistência à A. hydrophila, por meio de sequenciamento/genotipagem de SNPs (RAD-Seq, restriction site associated DNA sequencing); 3) caracterizar genes do sistema imune, por meio de sequenciamento RNA-Seq, de indivíduos de pacu submetidos ao desafio de resistência à A. hydrophila. Moderados valores de herdabilidade foram encontrados para sobrevivência e tempo de morte, indicando que a resistência contra A. hydrophila em pacu pode ser melhorada por programas de melhoramento genético. 17.453 SNPs foram identificados pela técnica RAD-Seq, para investigar a arquitetura genética da resistência à infecção por A. hydrophila pelo estudo de associação ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Pacu Piaractus mesopotamicus is considered one of the most important cultivated fish species from Brazil. Despite this representativeness, few genetic information is available for P. mesopotamicus, especially regarding disease resistance. Aeromonas hydrophila infection is responsible for major economic losses in P. mesopotamicus production. Challenge experiments have been performed to evaluate reliable estimates on selection of families genetically resistant to diseases. Therefore, the main objectives of this study were: 1) evaluate the resistance heritability in 36 P. mesopotamicus families subjected to A. hydrophila challenge; 2) characterize the genetic architecture identifying QTLs (Quantitative Trait Loci) related to A. hydrophila resistance by SNP sequencing / genotyping; 3) characterize genes belonging to immune system of individuals submitted to the disease resistance challenge, by transcriptome analysis (RNA-Seq). Moderate heritability values were found for survival rate and time of death, indicating that resistance against A. hydrophila in P. mesopotamicus can be improved by breeding programs. 17,453 SNPs were identified by RAD-Seq technique to investigate the genetic architecture of resistance to A. hydrophila. When a linkage map was constructed, the length of linkage groups (27 linkage groups) varied from 79.95 (LG 14) to 137.01 (LG 1) cM, with a total integrated map length of 2,755.60 cM. 22 QTLs in 17 LGs associated with A. hydrophila resistance suggested a poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Ivan de Godoy Maia / Banca: Jiri Boreck / Banca: Carolina Munari Rodrogues / Banca: Douglas Silva Domingues / Banca: Edvaldo Amaral Aparecido da Silva / Resumo: As proteínas desacopladoras (UCPs) são proteínas especializadas no transporte mitocondrial que dissipam o gradiente eletroquímico de prótons gerados na respiração. Essas proteínas desempenham um papel na manutenção da função mitocondrial e sua importância como componente da tolerância celular ao estresse oxidativo tem sido demonstrada em diversos estudos realizados tanto in vitro com em in vivo. No presente estudo, foram realizados dois estudos empregando UCPs de plantas. Numa primeira abordagem foi realizada uma análise do transcriptoma de plantas transgênicas de tabaco que superexpressam o gene AtUCP1 de Arabidopsis thaliana utilizando a técnica de RNA-Seq. Para o RNA-Seq foi gerado de mais de um milhão de reads com 150 pb em média para cada biblioteca testada. A partir desses reads, um conjunto de aproximadamente 34.000 contigs foi obtido. Após as análises foi possível identificar um total de 816 genes diferencialmente expressos entre as linhagens transgênicas e o controle selvagem, sendo 239 genes induzidos (p≤0,001) e 577 reprimidos (p≤0,001). Em paralelo, uma análise de expressão gênica foi empreendida utilizando mutantes de inserção de arabidopsis para os genes AtUCP1-3, dois deles caracterizados no presente estudo (atucp2 e atucp3), com o objetivo de verificar a funcionalidade e redundância entre essas isoformas. Segundo os resultados obtidos, uma possível compensação só foi observada no mutante atucp3 no qual os genes AtUCP1 e AtUCP2 foram induzidos tanto em condições fisiológicas normais como em condições de estresse salino e osmótico / Abstract: Mitochondrial inner membrane uncoupling proteins (UCP) dissipate the proton electrochemical gradient established by the respiratory chain, thus affecting the yield of ATP synthesis. These proteins play a role in maintaining mitochondrial function and their importance as cellular oxidative stress tolerance component has been demonstrated in several studies performed in vitro and in vivo. In this study, the functional role of plant UCPs was investigated. In a first approach, a transcriptomic analysis of tobacco plants overexpressing the AtUCP1 gene of Arabidopsis thaliana was performed using RNA-seq analysis. The RNA-sequencing generated over a million of reads with 150 base pair on average for each library. From these reads, a set of approximately 34,000 contigs was obtained. A total of 816 differentially expressed genes between transgenic lines and wild-type control was identified. Amongst them, 239 were up-regulated (p≤0,001) and 577 were down-regulated (p≤0,001). In parallel, a gene expression analysis was performed using Arabidopsis insertion mutants for the AtUCP1-3 genes, two of them (atucp2 and atucp3) being characterized in this study. The main purpose was to verify the functionality and the existence of redundancy between the target genes. According to the obtained results, a compensatory expression was observed only in the atucp3 background, in which the AtUCP1 and AtUCP2 genes were induced both in normal physiological conditions and under salt and osmotic stresses / Doutor

A fibrilação atrial (FA) é a arritmia cardíaca sustentada mais comum, de origem supraventricular, em que ocorre uma completa desorganização na atividade elétrica atrial, fazendo com que os átrios percam sua capacidade de contração, não gerando sístole atrial. É uma arritmia que acomete 1-2% da população mundial, sendo mais frequente em indivíduos idosos. Geralmente, está associada a algum tipo de doença cardíaca estrutural, podendo acarretar em complicações como o acidente vascular cerebral, internações e gastos com saúde. Algumas vezes a fibrilação atrial surge de forma precoce, em indivíduos jovens, saudáveis, e sem qualquer evidência de doença cardíaca estrutural ou de fatores desencadeantes, o que leva a hipótese da doença ter um componente genético. Trata-se de um estudo observacional, transversal, para identificação de possíveis variantes genéticas em pacientes portadores de fibrilação atrial isolada, a partir do sequenciamento de nova geração de um painel genético customizado para cardiomiopatias e canalopatias hereditárias. Foram incluídos 101 pacientes encaminhados pelo ambulatório de arritmias cardíacas do Instituto do Coração, que foram avaliados quanto às características clínicas principais antes de serem submetidos ao teste genético. A classificação das variantes em genes causais foi baseada nos critérios do American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Foram sequenciadas e analisadas amostras de 101 pacientes, onde foram encontradas 144 variantes raras; 14/144 foram classificadas como patogênicas em relação à fibrilação atrial, 130/144 foram classificadas como de significado incerto, e em 28 dos 101 pacientes não foram encontradas variantes raras. Dos 101 pacientes 77,2% eram do sexo masculino, 87,1 % de raça branca, 75,2 % tinham fibrilação atrial paroxística, 52,4 % eram sintomáticos, 65,3% realizaram procedimento de ablação por cateter e 62,4% tinham história familiar de FA precoce, morte súbita, marcapasso e/ou insuficiência cardíaca. A presença dos achados genéticos esteve associada nos pacientes com FA que tinham história familiar de marcapasso e/ou morte súbita. A análise genética desta população permitiu um diagnóstico precoce de miocardiopatias hereditárias que se apresentaram inicialmente como FA isolada / Atrial fibrillation (AF) is the most common sustained cardiac arrhythmia of supraventricular origin, with a complete disorganization in the electrical activity of the atria, losing their capacity of contraction, not generating atrial systole. It is an arrhythmia that affects up to 2% of the world population, appearing more often in elderly individuals. It is usually associated with some types of structural heart disease, which can lead to complications such as stroke, hospitalizations and health costs. In some times atrial fibrillation emerges early, in younger healthy people, with no apparent evidence of structural heart disease or triggering factors, leading to the hypothesis that the disease has a genetic component. This is a cross-sectional, observational study to identify possible genetic variants in patients with isolated atrial fibrillation from new generation sequencing and a customized genetic panel for inherited cardiomyopathies and channelopathies. A total of 101 patients were referred and evaluated by the Cardiac Arrhythmias Outpatient Unit of the Heart Institute for the main clinical characteristics before being submitted to the genetic test. The classification of variants into causal genes was based on the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) criteria. Samples were sequenced and analyzed from 101 patients, were found 144 rare variants; 14/144 were classified as pathogenic in relation to atrial fibrillation and 130/144 were classified as uncertain significance, and in 28 of 101 patients no rare variants were found. Of the 101 patients, 77.2% were males, 87.1% were white, 75.2% had paroxysmal atrial fibrillation, 52.4% were symptomatic, 65.3% had a catheter ablation procedure, and 62.4% had a family history of early AF, sudden death, pacemaker and/or heart failure. The presence of genetic findings was associated in patients with AF who had a family history of pacemaker and / or sudden death. The genetic analysis of this population allowed an early diagnosis of hereditary cardiomyopathies that initially presented as isolated AF