Le lac insulaire constitue un objet géographique tout à fait original par sa structure d'isolat. Il est unevéritable réserve d'eau douce plus ou moins vaste, au sein d'espaces insulaires étroits dominés par unenvironnement maritime. D'origine naturelle ou anthropique, ces lacs s'inscrivent dans la problématiquecomplexe de la ressource en eau de ces territoires étroits soumis à des contraintes grandissantes(démographie, urbanisation, pollutions...). Le sud-ouest de l'océan Indien, composé d'îles trèsdifférentes, constitue un territoire privilégié pour une analyse comparative de ces lacs et de leur place ausein des sociétés insulaires. Ce travail a permis dans un premier temps de recenser et de classifier lesprincipales masses d'eau de la zone. A partir d'un échantillon de lacs, leurs spécificités ont étéobservées pour caractériser leur morphologie (cuvette lacustre et bassins d'alimentation), leurcomportement hydrologique et leurs écosystèmes. Cette analyse a permis de souligner la dimensionmontagneuse, tropicale et le poids de l'endémisme pour ces plans d'eau. La typicité de ces lacs apparaîtpar le croisement de ces composantes qui s'ajoutent au contexte insulaire où le stress hydrique imposedes valorisations spécifiques. L'étude des acteurs, des politiques de gestion et des contextes insulaires apermis de mieux appréhender la place du lac dans les sociétés du sud-ouest de l'océan Indien. En effet,ces plans d'eau, longtemps marginalisés par rapport au littoral, deviennent progressivement un atout etun véritable support au développement de ces territoires. Les contrastes de valorisation d'un lac à l'autreimposent une réflexion à long terme pour que les potentialités de ces masses d'eau soient adaptéesavec les besoins durables des populations insulaires. / The island lake constitutes an absolutely original geographical subject with its isolate system. It is a truefresh water reserve, that is more or less wide, inside narrow island areas dominated by a seaenvironment. Those lakes, which are from natural or anthropological origin, are inscribed in the complexproblem of the water resources of those narrow territories, that are subject to growing constraints –demography, urbanization, pollutions... Composed of very different islands, the South West of the IndianOcean makes up a privileged territory for a comparative analysis of those lakes and their place insideisland societies. First of all this work has allowed to list and classify the main bodies of water in the area.From a sample of lakes, their specificities have been examined to characterize their morphologies –lakeside depression and supply basin – their water performances and their ecosystem. This analysis hasallowed to highlight the mountainous and tropical dimensions and the weight of those lakes' endemism.Their typicality appears thanks to the intersecting of the components that can be added to the islandcontext in which the hydric stress imposes specific exploitation. The study of the actors, the managementpolicies and the island situation has allowed to better comprehend the place of the lake in the societies inthe South West of the Indian Ocean. Indeed those lakes, which have long been marginalized compared tothe coast, have progressively become an asset and a true medium to the development of those territories.The contrast of exploitations from a lake to another imposes a long-term reflection so that thepotentialities of those water bodies fit the sustainable needs of island populations.

L’abeille mellifère (Apis mellifera) est une espèce clé dans son aire d’origine tant pour les services écosystémiques rendus que pour les productions apicoles. Toutefois, ses populations sont soumises à différents facteurs de stress biotiques responsables de mortalités importantes. Dans les îles du Sud- Ouest de l’Océan Indien (SOOI) la sous-espèce d’abeille endémique est A. m. unicolor. Toutefois, aucune étude n’avait été réalisée sur sa pathosphère et ce n’est que depuis 2010 où l’ectoparasite Varroa destructor a envahi certaines de ces îles, menaçant cette sous-espèce, que de premières études ont été conduites. Dans ce travail de thèse, nous avons réalisé un état des lieux général de la santé des cheptels d’abeilles grâce à des enquêtes épidémiologiques descriptives dans la majorité des îles : La Réunion, Maurice, Rodrigues, Madagascar et les Seychelles. Nous avons pu montrer des faciès épidémiologiques assez similaires entre les îles, marqués par une dominance de Nosema ceranae particulièrement dans les petites îles (80-100%) et la présence de 3 virus : BQCV (4-89%), CBPV (2-51% excepté à Rodrigues) et DWV (4-40% excepté à La Réunion). D’autres agents pathogènes n’ont été retrouvés que sur certains territoires comme Aethina tumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. ou Melissococcus plutonius. L’analyse de la diversité génétique réalisée sur les 3 virus a montré une proximité des souches virales au sein du SOOI. Les enquêtes réalisées dans un contexte sans varroa ont montré une bonne santé des colonies avec une absence de signes cliniques. Les mortalités constatées n’ont concernées que les territoires envahis par varroa : Madagascar, Maurice, La Réunion. Varroa semble donc être le principal responsable des mortalités aiguës de colonies dans la zone bien avant les autres agents pathogènes ou les causes environnementales. Son impact sur les populations d’abeilles et in fine sur les écosystèmes indigènes sera à évaluer dans les années futures. / The honeybee (Apis mellifera) is a key species in its native range for both ecosystem services offerred and for bee products. However, its populations are subject to various biotic stressors responsible for significant mortalities. In the South-West Indian Ocean region the endemic bee subspecies is A. m.unicolor. However, no studies had been carried out on its pathosphere and it is only since 2010 where the ectoparasite Varroa destructor invaded some of these islands, threatening this subspecies, that first studies were conducted. In this thesis work, we carried out a general inventory of the health of honeybee herds through descriptive epidemiological surveys in the majority of islands: Réunion, Mauritius, Rodrigues, Madagascar and Seychelles. We were able to show quite similar epidemiological facies between islands, characterized by a dominance of Nosema ceranae especially in small islands (80-100%) and the presence of 3 viruses: BQCV (4-89%), CBPV (2- 51% except in Rodrigues) and DWV (4-40% except in Reunion). Other pathogens have only been found in certain territories such as Aethinatumida, Braula pretoriensis, Acarapis sp. or Melissococcus plutonius. The analysis of the genetic diversity carried out on the 3 viruses showed a proximity of viral strains within the SOOI. Surveys conducted in a context without varroa showed good colony health with no clinical signs. The observed mortalities concerned only the territories invaded by varroa: Madagascar, Mauritius, Reunion. Varroa therefore appears to be the main cause of acute colony mortality in the area long before other pathogens or environmental causes. Its impact on bee populations and ultimately on native ecosystems will be evaluated in future years.

L'objectif de cette thèse est l'étude du régime alimentaire de poissons côtiers commerciaux et la compréhension de l'utilité des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l'azote (δ15N) dans l'étude des niches trophiques et de l'occupation des habitats côtiers par les poissons dans le sud-ouest de l'océan Indien. Dans la Baie de La Possession, les espèces représentatives des récifs artificiels immergés en 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur et Selar crumenophthalmus) ingèrent surtout des proies pélagiques et partitionnent leurs niches trophiques afin de limiter la compétition. Les valeurs de δ15N sont positivement corrélées avec la taille des poissons, traduisant une contribution croissante des larves de poissons au régime alimentaire. Les isotopes stables de la matière organique particulaire (MOP) ont été analysés à microéchelle (< 10 km) dans la Baie de La Possession, à mésoéchelle (10aines de km) autour de La Réunion et, pour les muscles de poissons à macroéchelle (l00aines de km) le long,du plateau .des Mascareignes.et du cana1 du Mozambique. À microéchelle, le δ15N de la MOP ne varie pas; à mésoechelle, Il existe un enrichissement significatif en 15N dans le sud-ouest de l'île; à macroéchelle, les muscles des poissons s'enrichissent progressivement en 15N vers le nord. À microéchelle, la MOP est enrichie en 13C à faible profondeur; à mésoéchelle, les stations de l'est sont enrichies en 13C ; à macroéchelle, aucune tendance n'est observée. Ainsi, l'utilité des isotopes stables du carbone pour l'étude de l'utilisation des habitats côtiers est limitée à méso- et macroéchelle et les isotopes stables de l'azote constituent un outil plus pertinent à macroéchelle / The aim of this thesis was to study the feeding habits of coastal fish species of commercial interest andto use stable isotopes of carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) to investigate the trophic niches of fish and their use of coastal habitats in the south-west Indian Ocean. In the Bay of La Possession, the species among the most abundant around the artificial reefs immersed in 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur and Selar crumenophthalmus) feed essentially on pelagic prey and partition their trophic niche to limit interspecific competition. There was also a positive correlation between fish size and muscle δ15N values due to fish larvae contributing more to the diet of fish with age. The stable isotopie composition of the particulate organic matter (POM) was measured at the microscale (< 10 km) in the Bay of La Possession, the mesoscale (10's of km) around Reunion Island and, for the fish muscles, at the macroscale 100’s of km) along the Mascarene plateau and the Mozambique channel. At microscale, POM δ15N values do not show any spatial variability; at mesoscale, POM is 15N-enriched in the south-west of Reunion Island; at macroscale, fish muscles are gradually 15N-enriched towards the north. At microscale, POM shows a 13C-enrichment on the shallowest station; at mesoscale, stations on the east coast of the island are 13C-enriched compared to the west; at macroscale, POMδ13C values are not significantly correlated with latitude. Thus, the stable isotopes of carbon do not seem to be appropriate for the study of fish coastal habitat use at the meso- and macroscale, and the stable isotopes of nitrogen represent a better indicator of fish habitat use at the macroscale.