Introdução. O ácido hialurônico é um glicosaminoglicano não sulfatado presente na matriz extracelular. Vários estudos têm demonstrado que uma produção ou degradação aberrante dessa molécula tem influência no comportamento do câncer de mama, próstata, bexiga e pulmão. Desta forma, a dosagem do ácido hialurônico em tecidos e fluidos corporais como sangue, urina e escarro tem despertado grande interesse como rastreador de indivíduos de alto risco e marcador diagnóstico e/ou prognóstico da doença estabelecida. Objetivos. Verificar se há diferenças nos níveis de ácido hialurônico entre espécimes tumorais e não tumorais de câncer de pulmão, bem como seu impacto na sobrevida dos pacientes; verificar se diferenças encontradas nos tecidos estão também presentes no escarro; verificar se a dosagem do ácido hialurônico no escarro permite rastrear pacientes com câncer de pulmão entre pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e voluntários saudáveis. Resultados. Houve uma elevação significativa nos níveis de ácido hialurônico nos espécimes tumorais em relação aos espécimes não tumorais, mesmo quando histologicamente categorizados. Não houve associação entre as concentrações do ácido hialurônico com características clínicas dos pacientes, porém houve impacto na sobrevida dos pacientes: pacientes com tumores contendo ácido hialurônico > 364,36 g/g apresentaram menor sobrevida global que pacientes cujos tumores evidenciaram ácido hialurônico < 364,36 ug/g. Demonstramos que pacientes com câncer de pulmão apresentam elevações altamente significativas da produção de ácido hialurônico no escarro independente das características clínicas dos pacientes, porém dependente do tipo histológico. Valores de ácido hialurônico >11,13ng/mg no escarro tem sensibilidade de 87% para rastreamento de pacientes com câncer de pulmão e voluntários saudáveis. Nesse grupo valores > 31,44ng/mg tem especificidade de 100% e sensibilidade de 51%. Houve exclusão com sensibilidade de 33% e especificidade de 100% de pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica em relação aos pacientes com câncer de pulmão para valores > 48,36ng/mg. Conclusão. Diferentes níveis de ácido hialurônico forma observados nos tumores e tecidos normais com impacto na sobrevida dos pacientes, tornando a dosagem do ácido hialurônico como promissor marcador prognóstico no câncer de pulmão. Diferenças observadas nos tecidos foram também constatadas no escarro, despontando a dosagem do ácido hialurônico como promissora no rastreamento de indivíduos com risco para câncer de pulmão / Introduction. Hyaluronan is an extracellular matrix non-sulfated glycosaminoglycan. Some have reported that its abnormal production and degradation can influence the behaviour of different types of tumours like breast, prostate, bladder and lung cancer. Therefore, hyaluronan quantitative analysis in tissues and body fluids like blood, urine and sputum has shown promise on the high risk patients screening and as diagnostic/prognostic marker of some diseases. Objectives. Verify if there are differences in the levels of hyaluronan in tumoral and non-tumoral lung cancer specimens, as well as its impact on the patients survival; verify if sputum samples present the same differences; verify the role of hyaluronan quantitative analysis in the screening of lung cancer patients between patients with chronic obstructive pulmonary disease and healthy volunteers. Results. Lung cancer tumoral specimens showed higher levels of hyaluronan when compared to non-tumoral specimens even when the specimens were histologically categorized. There was no correlation between hyaluronan levels and the patients clinical features, however, an impact in the patients survival was observed: patients with tumoral hyaluronan levels > 364,36 g/g had a lower survival rate than patients with < 364,36 ug/g. We have shown that lung cancer patients show an elevated production of hyaluronan in the sputum. This characteristic was independent of the clinical features but dependent of the histologic type. The hyaluronan quantitative analysis for the screening of lung cancer patients between healthy volunteers showed a sensitivity of 87% for hyaluronan levels >11,13ng/mg in the sputum. In this group levels > 31,44ng/mg showed 100% specificity and 51% sensibility. On a second group (lung cancer patients vs chronic obstructive pulmonary disease patients) levels of sputum hyaluronan > 48,36ng/mg showed 100% specificity to exclude chronic obstructive pulmonary disease patients from lung cancer patients. The sensibility for this cut-off point was 33%. Conclusion. Hyaluronan quantitative analysis in the tissues is a promising lung cancer prognostic marker considering the differences between hyaluronan levels on tumoral and nontumoral tissues. Not only this, but, the differences observed in the tissues were observed in the sputum as well. Hence, the hyaluronan quantitative analysis is a promising strategy in the screening of high risk individuals that might develop lung cancer

Introdução: A tuberculose (TB) é uma das infecções mais prevalentes na humanidade, sendo o comprometimento pulmonar a principal causa de morbimortalidade. A cultura é o padrão de referência para diagnóstico, porém apresenta baixa sensibilidade. Das formas extrapulmonares, a TB pleural é a mais comum e apresenta diagnóstico confirmatório difícil por ser paucibacilar e conter interferentes intrínsecos na amostra. A reação em cadeia da polimerase (PCR), por amplificar o DNA da micobactéria, apresenta-se como teste mais sensível que a cultura, sendo positivo em amostras que apresentam a partir de 102 UFC/mL (unidades formadoras de colônia por mL) de M. tuberculosis (MTB). Entretanto, quando utilizada em amostras de escarro, lavado broncoalveolar e/ou líquido pleural pode ter seu desempenho comprometido pela presença de inibidores intrínsecos da amostra (variáveis pré-analíticas) e pelas técnicas de amplificação e detecção (variáveis analíticas) utilizadas na reação. Objetivo: Avaliar a influência de variáveis pré-analíticas (concentração de células, hemácias e proteínas) na detecção do DNA do M. tuberculosis em amostras de escarro, lavado broncoalveolar (LBA) e líquido pleural (LP), utilizando combinações de métodos de extração/detecção. Métodos: Amostras de escarro, lavado broncoalveolar e líquido pleural de pacientes não infectados pelo M. tuberculosis foram obtidas através de indução à expectoração, broncoscopia respiratória e/ou toracocentese, respectivamente, em volumes suficientes para o estudo. Para testar o limiar de detecção do M. tuberculosis, as amostras foram preparadas \"in vitro\" de maneira a conter concentrações variadas dos interferentes pré-analíticos e de UFC/mL da micobactéria. Para a técnica de PCR, o DNA foi extraído pelo método de extração QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) e pelo AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) e amplificado e detectado por três métodos: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) e 3) \"in-house\" ou caseiro. Desta maneira, foram testadas as seguintes combinações: Extração Roche/detecção Roche (R/R); Extração Roche/detecção Nanogen (R/N); Extração Roche/detecção \"in house\" (R/IH); Extração Qiagen/detecção Roche (Q/R); Extração Qiagen/detecção Nanogen (Q/N) e Extração Qiagen/detecção \"in house\" (Q/IH). Resultados: Em amostras de escarro, a quantidade de células e de hemácias não interferiu na detecção do M. tuberculosis, com exceção do método de extração/detecção Roche. Nas amostras de LBA, médias e altas concentrações de células e altas concentrações de hemácias contribuíram para menor detecção do MTB quando utilizado o método de detecção Roche, enquanto que no líquido pleural, a concentração de hemácias foi a variável que mais interferiu na detecção do agente. Em ambas as situações a menor detecção foi obtida com a combinação Q/N. Conclusão: A qualidade pré-analítica das amostras biológicas recebidas no laboratório clínico pode interferir no desempenho diagnóstico dos testes moleculares. A escolha dos métodos de extração e detecção é de fundamental importância na sensibilidade analítica do teste, para garantia de melhores resultados, especialmente quando trabalhamos com amostras paucibacilares que contém potenciais inibidores da reação / Introduction: Tuberculosis (TB) is one of the most prevalent infections in humanity, and pulmonary compromise is the leading cause of morbidity and mortality. Culture is the reference standard for diagnosis, but has low sensitivity. Of the extrapulmonary forms, pleural TB is the most common and presents difficult confirmatory diagnosis due to be paucibacillary and to contain intrinsic interfering in the sample. The polymerase chain reaction (PCR), for amplifying DNA of the mycobacterium, appears as more sensitive test than the culture, with positive results from 102 CFU/ml (colony forming units per ml) of M. tuberculosis (MTB). However, when used in sputum samples, bronchoalveolar lavage and/or pleural fluid, this test can also have its performance compromised by the presence of intrinsic sample inhibitors (pre-analytical variables) and by the amplification and detection techniques (analytical variables) used in the reaction. Objective: To evaluate the influence of pre-analytical variables (concentration of cells, red blood cells and proteins) in DNA detection of M. tuberculosis from sputum, bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluid (PF) samples by using combinations of extraction/detection methods. Methods: Samples of sputum, bronchoalveolar lavage and pleural fluid of patients not infected with M. tuberculosis were obtained by inducing sputum, respiratory bronchoscopy and/or thoracentesis, respectively, in sufficient volumes for the study. To test the detection threshold of M. tuberculosis, samples were prepared \"in vitro\" to contain variable concentrations of pre-analytical interfering and CFU/mL of mycobacteria. For PCR, DNA was extracted by two methods: the QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) and Respiratory Specimen Preparation Amplicor (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) and amplified and detected by three methods: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) and 3) \"in-house\". Thus, the following combinations were tested: Roche extraction and detection (R/R); Roche extraction and Nanogen detection (R/N); Roche extraction and \"in house\" detection (R/IH); Qiagen extraction and Roche detection (Q/R); Qiagen extraction and Nanogen detection (Q/N) and Qiagen extraction and \"in house\" detection (Q/IH). Results: In sputum samples, the amount of cells and red blood cells did not interfere with M. tuberculosis detection, an exception for Roche extraction/detection method. In BAL samples, medium and high cell concentrations and high concentrations of red blood cells contributed to lower detection of MTB when using the Roche detection method, while in the pleural fluid, the concentration of red blood cells was the variable that most interfered with the MTB detection. In both situations, the smallest detection was obtained with the combination Q/N. Conclusion: The pre-analytical quality of biological samples received in the clinical laboratory can interfere with the performance of molecular diagnostic tests. The choice for the extraction/detection methods is of fundamental importance in the analytical sensitivity of PCR, in order to guarantee better results, especially when working with paucibacillary samples containing potential reaction inhibitors

Introdução: A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa causada pelo Mycobacterium tuberculosis (MTb) que apresenta cerca de 80% predileção pelo acometimento pulmonar. Amostras de escarro são necessárias para identificar este microrganismo e o escarro induzido (EI) tem sido um método alternativo de obtenção destas amostras, porém tem apresentado, frequentemente, resultados negativos. A cultura, considerada padrão áureo, é mais morosa em seus resultados, portanto menos útil para guiar o diagnóstico. A reação em cadeia da polimerase (PCR) é a metodologia mais comum para o diagnóstico rápido da TB e poucos estudos avaliaram seu papel nas amostras de EI. Objetivo: Determinar acurácia diagnóstica do PCR para microbactéria no EI de pacientes com suspeita de TB pulmonar e descrever características sócio demográficas, dados clínicos, radiológicos, comorbidades e hábitos comportamentais. Métodos: Estudo prospectivo. Pacientes internados e ambulatoriais maiores de 18 anos com sintomas respiratórios sugestivos de tuberculose pulmonar (PTB) foram convidados a participar. Os sujeitos foram entrevistados utilizando-se um questionário padronizado e o EI foi coletado. Foram obtidas três amostras para baciloscopia direta e cultura. Obteve-se uma quarta amostra para o teste de PCR. Resultados: Foram avaliadas 116 amostras de escarro induzido. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da PCR foram de 95,2%, 48,4%, 29,0% e 97,9%, respectivamente. A área sob a curva ROC foi de 0,72 para o teste de PCR (P <0,0001). Conclusões: Embora a especificidade da PCR possa ser subestimada, se considerarmos a PCR mais sensível do que os métodos de cultura utilizados pensaram que esses testes positivos para PCR significam falsos positivos. Os resultados de PCR devem ser sempre interpretados cuidadosamente em conjunto com informações clínicas. / Introduction: Induced sputum (IS) is an alternative method of obtaining sputum, but IS smears are frequently negative. Culture is more time-consuming in its results, and less useful to guide the diagnosis. Polymerase chain reaction (PCR) is the most common methodology for rapid diagnosis of tuberculosis and few studies evaluated its role in IS samples. Objective: The objective of this study is to determine the diagnostic yield of PCR for TB compared with culture in IS samples. Methods: Prospective study. Inpatients and outpatients > 18 years with respiratory symptoms suggestive of PTB were invited to participate. Subjects were interviewed using a standardized questionnaire, and collected IS. Three samples were obtained for AFB smear and culture. A fourth sample was obtained for PCR test. Results: A total of 116 induced sputum samples were evaluated. The sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of PCR were 95.2%, 48.4%, 29.0%, and 97.9%, respectively. The area under the ROC curve was 0.72 for the PCR test (P<0.0001). Conclusions: Although the PCR specificity could be underestimated, if we consider PCR to be more sensitive than the culture method used, we thought that these PCR positive tests means false-positives. PCR results should always be interpreted carefully in conjunction with clinical information.

Introdução. Os glicosaminoglicanos e os proteoglicanos são moléculas abundantes na matriz extracelular. Vários estudos têm demonstrado que uma produção ou degradação aberrante dessas moléculas tem influência no comportamento do câncer de mama, cólon e pâncreas. Outras proteínas como o solCD44 e a cofilina-1 também tem demonstrado influência direta na progressão dos tumores. Desta forma, a análise da expressão destas moléculas em tecidos e fluidos corporais tem despertado grande interesse como rastreador de indivíduos de alto risco e marcador diagnóstico e/ou prognóstico da doença. Objetivos. Conhecer o impacto do ácido hialurônico e dos proteoglicanos (biglicam, glipicam, perlecam, sindecam e versicam) na carcinogênese bem como seu impacto na sobrevida dos pacientes; verificar se a concentração de solCD44 e cofilina-1 presente no escarro de pacientes com câncer de pulmão permite rastreá-los entre pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e voluntários saudáveis. Resultados. Uma associação significativa direta foi encontrada entre os tumores com alto percentual de expressão de AH e de microvasos no estroma tumoral. As concentrações de heparam e condroitim sulfato nas amostras tumorais foram mais elevadas quando comparadas às amostras não tumorais. Com exceção do sindecam, todos os outros proteoglicanos apresentaram uma expressão gênica significativamente menor nos tecidos tumorais e biglicam e versicam apresentaram associações com as características clinico patológicas. A expressão proteica de biglicam, perlecam e versicam foi significativamente maior no tecido normal do que nas áreas de estroma tumoral e de células tumorais. Pela análise de regressão de COX controlada para idade, tipo histológico e expressão gênica de biglicam, sindecam e glipicam obtiveram alta taxa de sobrevida os pacientes do sexo feminino com elevada expressão gênica de perlecam e menor risco de óbito em estadio T1, ausência de metástases nodais e expressão gênica de versicam. A Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP concentração de cofilina demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. A concentração de solCD44 também demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. Através da curva ROC, a cofilina-1 presente no escarro foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão com área abaixo da curva de 0.69 e com um ponto de corte de 802.5 pg/mL a curva apresentou 60% de sensibilidade e 54% de especificidade. O solCD44 presente no escarro também foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão através da curva ROC com área abaixo da curva de 0.67 e com um ponto de corte de 65.8 pg/mL a curva apresentou 50% de sensibilidade e 84% de especificidade. Conclusão. A expressão do ácido hialurônico demonstrou ter correlação no processo de crescimento tumoral através da angiogênese. A análise biomolecular apontou a diminuição dos proteoglicanos no tecido tumoral e, portanto, estes podem ser potenciais biomarcadores prognósticos de câncer de pulmão. As análises feitas em escarro demonstraram que a elevada expressão proteica de solCD44 e da cofilina-1 no escarro nos pacientes com câncer de pulmão mostram-se como promissores alvos de detecção do CP / Introduction. The relationship between the extracellular matrix (ECM) components and cancer cells have an important role on cancer development and progression. Between the most important molecules present on the ECM are the glycosaminoglycans and their respective proteoglycans. Studies have reported that they have different behaviours when in the presence of malignant tissues and influence the development of breast, pancreas and colon cancers. Likewise, proteins as solCD44 and cofilin-1 also have shown direct influence in tumor progression. Regarding that, there is growing interest among scientists in analyzing the expression of these molecules in body fluids as a screening tool of high risk patients and as a diagnostic and prognostic lung cancer biomarker. Objectives. The aims of this study were to recognize the impact of hyaluronan and the proteoglycans (biglycan, glypican, perlecan, syndecan e versican) on lung cancer carcinogenesis as well as its impact on patient\'s survival; verify if the solCD44 e cofilina-1 concentrations in the sputum of lung cancer patients could distinguish them from patients with COPD and healthy volunteers. Results. A direct association was found between tumors expressing high amounts of hyaluronan and CD34 in tumoral stroma. Heparan and chondroitin sulphate concentrations were higher in tumor specimens when compared to normal lung tissue. All proteoglycans, in exception of syndecan, showed a lower expression in tumoral tissue and biglycan and versican showed association with the clinical pathological features. Protein expression of biglycan, perlecan and versican was higher in the normal tissue when compared to stroma and tumoral cells. COX regression controlled by age, histological types and gene expression of biglycan, syndecan e glypican demonstrated that female patients had higher survival rates with high gene expression of perlecan and the patients with T1 stage, lack of linfonode Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP metastasis and gene expression of versican had lower risk of death. Cofilin-1 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. Also, the solCD44 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. ROC cruve analysis demonstrated that sputum cofilin-1 was capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.69 and with a cut off at 802.5 pg/mL the curve presented 60% de sensitivity and 54% specificity. Sputum solCD44 was also capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.67 and with a cut off at 65.8 pg/mL the curve presented 50% de sensitivity and 84% specificity. Conclusions. Hyaluronan expression showed a correlation with tumoral growth through angiogenesis processes. The biomolecular analysis demonstrated that matrix proteoglycans are potencial lung cancer prognostic biomarkers. Sputum analyses showed that solCD44 and cofilin-1 are potencial molecules in lung cancer detection

Introdução: A tuberculose (TB) é uma das infecções mais prevalentes na humanidade, sendo o comprometimento pulmonar a principal causa de morbimortalidade. A cultura é o padrão de referência para diagnóstico, porém apresenta baixa sensibilidade. Das formas extrapulmonares, a TB pleural é a mais comum e apresenta diagnóstico confirmatório difícil por ser paucibacilar e conter interferentes intrínsecos na amostra. A reação em cadeia da polimerase (PCR), por amplificar o DNA da micobactéria, apresenta-se como teste mais sensível que a cultura, sendo positivo em amostras que apresentam a partir de 102 UFC/mL (unidades formadoras de colônia por mL) de M. tuberculosis (MTB). Entretanto, quando utilizada em amostras de escarro, lavado broncoalveolar e/ou líquido pleural pode ter seu desempenho comprometido pela presença de inibidores intrínsecos da amostra (variáveis pré-analíticas) e pelas técnicas de amplificação e detecção (variáveis analíticas) utilizadas na reação. Objetivo: Avaliar a influência de variáveis pré-analíticas (concentração de células, hemácias e proteínas) na detecção do DNA do M. tuberculosis em amostras de escarro, lavado broncoalveolar (LBA) e líquido pleural (LP), utilizando combinações de métodos de extração/detecção. Métodos: Amostras de escarro, lavado broncoalveolar e líquido pleural de pacientes não infectados pelo M. tuberculosis foram obtidas através de indução à expectoração, broncoscopia respiratória e/ou toracocentese, respectivamente, em volumes suficientes para o estudo. Para testar o limiar de detecção do M. tuberculosis, as amostras foram preparadas \"in vitro\" de maneira a conter concentrações variadas dos interferentes pré-analíticos e de UFC/mL da micobactéria. Para a técnica de PCR, o DNA foi extraído pelo método de extração QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) e pelo AMPLICOR® Respiratory Specimen Preparation (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) e amplificado e detectado por três métodos: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) e 3) \"in-house\" ou caseiro. Desta maneira, foram testadas as seguintes combinações: Extração Roche/detecção Roche (R/R); Extração Roche/detecção Nanogen (R/N); Extração Roche/detecção \"in house\" (R/IH); Extração Qiagen/detecção Roche (Q/R); Extração Qiagen/detecção Nanogen (Q/N) e Extração Qiagen/detecção \"in house\" (Q/IH). Resultados: Em amostras de escarro, a quantidade de células e de hemácias não interferiu na detecção do M. tuberculosis, com exceção do método de extração/detecção Roche. Nas amostras de LBA, médias e altas concentrações de células e altas concentrações de hemácias contribuíram para menor detecção do MTB quando utilizado o método de detecção Roche, enquanto que no líquido pleural, a concentração de hemácias foi a variável que mais interferiu na detecção do agente. Em ambas as situações a menor detecção foi obtida com a combinação Q/N. Conclusão: A qualidade pré-analítica das amostras biológicas recebidas no laboratório clínico pode interferir no desempenho diagnóstico dos testes moleculares. A escolha dos métodos de extração e detecção é de fundamental importância na sensibilidade analítica do teste, para garantia de melhores resultados, especialmente quando trabalhamos com amostras paucibacilares que contém potenciais inibidores da reação / Introduction: Tuberculosis (TB) is one of the most prevalent infections in humanity, and pulmonary compromise is the leading cause of morbidity and mortality. Culture is the reference standard for diagnosis, but has low sensitivity. Of the extrapulmonary forms, pleural TB is the most common and presents difficult confirmatory diagnosis due to be paucibacillary and to contain intrinsic interfering in the sample. The polymerase chain reaction (PCR), for amplifying DNA of the mycobacterium, appears as more sensitive test than the culture, with positive results from 102 CFU/ml (colony forming units per ml) of M. tuberculosis (MTB). However, when used in sputum samples, bronchoalveolar lavage and/or pleural fluid, this test can also have its performance compromised by the presence of intrinsic sample inhibitors (pre-analytical variables) and by the amplification and detection techniques (analytical variables) used in the reaction. Objective: To evaluate the influence of pre-analytical variables (concentration of cells, red blood cells and proteins) in DNA detection of M. tuberculosis from sputum, bronchoalveolar lavage (BAL) and pleural fluid (PF) samples by using combinations of extraction/detection methods. Methods: Samples of sputum, bronchoalveolar lavage and pleural fluid of patients not infected with M. tuberculosis were obtained by inducing sputum, respiratory bronchoscopy and/or thoracentesis, respectively, in sufficient volumes for the study. To test the detection threshold of M. tuberculosis, samples were prepared \"in vitro\" to contain variable concentrations of pre-analytical interfering and CFU/mL of mycobacteria. For PCR, DNA was extracted by two methods: the QIAamp® DNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) and Respiratory Specimen Preparation Amplicor (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA) and amplified and detected by three methods: 1) COBAS® TaqMan® MTB Test (Roche Molecular Systems, Inc., Branchburg, NJ, USA); 2) MTB Q - PCR Alert Kit (Nanogen Advanced Diagnosis, Trezzano, Italy) and 3) \"in-house\". Thus, the following combinations were tested: Roche extraction and detection (R/R); Roche extraction and Nanogen detection (R/N); Roche extraction and \"in house\" detection (R/IH); Qiagen extraction and Roche detection (Q/R); Qiagen extraction and Nanogen detection (Q/N) and Qiagen extraction and \"in house\" detection (Q/IH). Results: In sputum samples, the amount of cells and red blood cells did not interfere with M. tuberculosis detection, an exception for Roche extraction/detection method. In BAL samples, medium and high cell concentrations and high concentrations of red blood cells contributed to lower detection of MTB when using the Roche detection method, while in the pleural fluid, the concentration of red blood cells was the variable that most interfered with the MTB detection. In both situations, the smallest detection was obtained with the combination Q/N. Conclusion: The pre-analytical quality of biological samples received in the clinical laboratory can interfere with the performance of molecular diagnostic tests. The choice for the extraction/detection methods is of fundamental importance in the analytical sensitivity of PCR, in order to guarantee better results, especially when working with paucibacillary samples containing potential reaction inhibitors

Introdução. Os glicosaminoglicanos e os proteoglicanos são moléculas abundantes na matriz extracelular. Vários estudos têm demonstrado que uma produção ou degradação aberrante dessas moléculas tem influência no comportamento do câncer de mama, cólon e pâncreas. Outras proteínas como o solCD44 e a cofilina-1 também tem demonstrado influência direta na progressão dos tumores. Desta forma, a análise da expressão destas moléculas em tecidos e fluidos corporais tem despertado grande interesse como rastreador de indivíduos de alto risco e marcador diagnóstico e/ou prognóstico da doença. Objetivos. Conhecer o impacto do ácido hialurônico e dos proteoglicanos (biglicam, glipicam, perlecam, sindecam e versicam) na carcinogênese bem como seu impacto na sobrevida dos pacientes; verificar se a concentração de solCD44 e cofilina-1 presente no escarro de pacientes com câncer de pulmão permite rastreá-los entre pacientes com doença pulmonar obstrutiva crônica e voluntários saudáveis. Resultados. Uma associação significativa direta foi encontrada entre os tumores com alto percentual de expressão de AH e de microvasos no estroma tumoral. As concentrações de heparam e condroitim sulfato nas amostras tumorais foram mais elevadas quando comparadas às amostras não tumorais. Com exceção do sindecam, todos os outros proteoglicanos apresentaram uma expressão gênica significativamente menor nos tecidos tumorais e biglicam e versicam apresentaram associações com as características clinico patológicas. A expressão proteica de biglicam, perlecam e versicam foi significativamente maior no tecido normal do que nas áreas de estroma tumoral e de células tumorais. Pela análise de regressão de COX controlada para idade, tipo histológico e expressão gênica de biglicam, sindecam e glipicam obtiveram alta taxa de sobrevida os pacientes do sexo feminino com elevada expressão gênica de perlecam e menor risco de óbito em estadio T1, ausência de metástases nodais e expressão gênica de versicam. A Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP concentração de cofilina demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. A concentração de solCD44 também demonstrou-se mais elevada no escarro de pacientes com câncer de pulmão quando comparado ao escarro de pacientes de alto risco e de voluntários saudáveis. Através da curva ROC, a cofilina-1 presente no escarro foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão com área abaixo da curva de 0.69 e com um ponto de corte de 802.5 pg/mL a curva apresentou 60% de sensibilidade e 54% de especificidade. O solCD44 presente no escarro também foi capaz de distinguir os pacientes de alto risco dos pacientes com câncer de pulmão através da curva ROC com área abaixo da curva de 0.67 e com um ponto de corte de 65.8 pg/mL a curva apresentou 50% de sensibilidade e 84% de especificidade. Conclusão. A expressão do ácido hialurônico demonstrou ter correlação no processo de crescimento tumoral através da angiogênese. A análise biomolecular apontou a diminuição dos proteoglicanos no tecido tumoral e, portanto, estes podem ser potenciais biomarcadores prognósticos de câncer de pulmão. As análises feitas em escarro demonstraram que a elevada expressão proteica de solCD44 e da cofilina-1 no escarro nos pacientes com câncer de pulmão mostram-se como promissores alvos de detecção do CP / Introduction. The relationship between the extracellular matrix (ECM) components and cancer cells have an important role on cancer development and progression. Between the most important molecules present on the ECM are the glycosaminoglycans and their respective proteoglycans. Studies have reported that they have different behaviours when in the presence of malignant tissues and influence the development of breast, pancreas and colon cancers. Likewise, proteins as solCD44 and cofilin-1 also have shown direct influence in tumor progression. Regarding that, there is growing interest among scientists in analyzing the expression of these molecules in body fluids as a screening tool of high risk patients and as a diagnostic and prognostic lung cancer biomarker. Objectives. The aims of this study were to recognize the impact of hyaluronan and the proteoglycans (biglycan, glypican, perlecan, syndecan e versican) on lung cancer carcinogenesis as well as its impact on patient\'s survival; verify if the solCD44 e cofilina-1 concentrations in the sputum of lung cancer patients could distinguish them from patients with COPD and healthy volunteers. Results. A direct association was found between tumors expressing high amounts of hyaluronan and CD34 in tumoral stroma. Heparan and chondroitin sulphate concentrations were higher in tumor specimens when compared to normal lung tissue. All proteoglycans, in exception of syndecan, showed a lower expression in tumoral tissue and biglycan and versican showed association with the clinical pathological features. Protein expression of biglycan, perlecan and versican was higher in the normal tissue when compared to stroma and tumoral cells. COX regression controlled by age, histological types and gene expression of biglycan, syndecan e glypican demonstrated that female patients had higher survival rates with high gene expression of perlecan and the patients with T1 stage, lack of linfonode Maristela Peres Rangel Tese de doutorado - USP metastasis and gene expression of versican had lower risk of death. Cofilin-1 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. Also, the solCD44 concentration was higher in the sputum of lung cancer patients when compared to a high risk group and healthy volunteers. ROC cruve analysis demonstrated that sputum cofilin-1 was capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.69 and with a cut off at 802.5 pg/mL the curve presented 60% de sensitivity and 54% specificity. Sputum solCD44 was also capable to distinguish high risk patients from lung cancer patients with na area under the curve of 0.67 and with a cut off at 65.8 pg/mL the curve presented 50% de sensitivity and 84% specificity. Conclusions. Hyaluronan expression showed a correlation with tumoral growth through angiogenesis processes. The biomolecular analysis demonstrated that matrix proteoglycans are potencial lung cancer prognostic biomarkers. Sputum analyses showed that solCD44 and cofilin-1 are potencial molecules in lung cancer detection

Introdução: A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa causada pelo Mycobacterium tuberculosis (MTb) que apresenta cerca de 80% predileção pelo acometimento pulmonar. Amostras de escarro são necessárias para identificar este microrganismo e o escarro induzido (EI) tem sido um método alternativo de obtenção destas amostras, porém tem apresentado, frequentemente, resultados negativos. A cultura, considerada padrão áureo, é mais morosa em seus resultados, portanto menos útil para guiar o diagnóstico. A reação em cadeia da polimerase (PCR) é a metodologia mais comum para o diagnóstico rápido da TB e poucos estudos avaliaram seu papel nas amostras de EI. Objetivo: Determinar acurácia diagnóstica do PCR para microbactéria no EI de pacientes com suspeita de TB pulmonar e descrever características sócio demográficas, dados clínicos, radiológicos, comorbidades e hábitos comportamentais. Métodos: Estudo prospectivo. Pacientes internados e ambulatoriais maiores de 18 anos com sintomas respiratórios sugestivos de tuberculose pulmonar (PTB) foram convidados a participar. Os sujeitos foram entrevistados utilizando-se um questionário padronizado e o EI foi coletado. Foram obtidas três amostras para baciloscopia direta e cultura. Obteve-se uma quarta amostra para o teste de PCR. Resultados: Foram avaliadas 116 amostras de escarro induzido. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da PCR foram de 95,2%, 48,4%, 29,0% e 97,9%, respectivamente. A área sob a curva ROC foi de 0,72 para o teste de PCR (P <0,0001). Conclusões: Embora a especificidade da PCR possa ser subestimada, se considerarmos a PCR mais sensível do que os métodos de cultura utilizados pensaram que esses testes positivos para PCR significam falsos positivos. Os resultados de PCR devem ser sempre interpretados cuidadosamente em conjunto com informações clínicas. / Introduction: Induced sputum (IS) is an alternative method of obtaining sputum, but IS smears are frequently negative. Culture is more time-consuming in its results, and less useful to guide the diagnosis. Polymerase chain reaction (PCR) is the most common methodology for rapid diagnosis of tuberculosis and few studies evaluated its role in IS samples. Objective: The objective of this study is to determine the diagnostic yield of PCR for TB compared with culture in IS samples. Methods: Prospective study. Inpatients and outpatients > 18 years with respiratory symptoms suggestive of PTB were invited to participate. Subjects were interviewed using a standardized questionnaire, and collected IS. Three samples were obtained for AFB smear and culture. A fourth sample was obtained for PCR test. Results: A total of 116 induced sputum samples were evaluated. The sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of PCR were 95.2%, 48.4%, 29.0%, and 97.9%, respectively. The area under the ROC curve was 0.72 for the PCR test (P<0.0001). Conclusions: Although the PCR specificity could be underestimated, if we consider PCR to be more sensitive than the culture method used, we thought that these PCR positive tests means false-positives. PCR results should always be interpreted carefully in conjunction with clinical information.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:10Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de Cristina Paula do Nascimento.pdf: 967221 bytes, checksum: 66ef634f97ef2bec6f402d2a4a644c7f (MD5) Previous issue date: 2011-04-26 / Em ensaios clínicos para avaliação de novos fármacos contra a tuberculose a principal metodologia utilizada é a avaliação da atividade bactericida precoce (ABP), que consiste em quantificar a queda da carga bacilar presente na amostra de escarro de pacientes com tuberculose (TB), por meio de coletas noturnas com duração de 12 a 16 horas, durante os dois primeiros dias de tratamento. Contudo, o procedimento de coleta de escarro por um período de 12 a 16 horas apresenta vários inconvenientes. Em virtude desses, nos propusemos a desenvolver e avaliar um procedimento de coleta de escarro mais simples, com menor tempo, que não requeira a internação do paciente e que apresente a mesma eficiência de um procedimento por 12 horas. Para esse propósito foram realizadas culturas quantitativas de escarro, para mensurar a carga bacilar de diferentes procedimentos de coletas: 5 horas e 12 horas. Assim este trabalho foi dividido em duas etapas. Na primeira etapa ao comparar-se as cargas bacilares de escarro provenientes de coletas de 5 (6,17 log10UFC/mL) ou 12 horas (6,23 log10UFC/mL), não houve diferença estatística significante (p=0,27). Para a segunda etapa os pacientes foram submetidos a 4 procedimentos de coletas em dias consecutivos: 2 coletas por 5 horas e 2 coletas por um período de 12 horas para se analisar a variação de carga bacilar intra e interpaciente. A variação de carga bacilar intra-paciente dos procedimentos de 5 horas (0,037 Log10UFC/mL) e 12 horas (- 0,022 Log10UFC/mL), não apresentou diferença estatística significante entre os procedimentos (p=0,56). Além disso, a coleta matinal permitiu reduzir a variação inter-paciente e melhorar a precisão de estimativa da média de variação de carga bacilar de um dia de coleta para o outro (EP 5 horas =0,019 e EP 12 horas =0,028). Dessa forma, demonstrou-se que uma coleta de escarro por 5 horas apresenta uma população de Mycobacterium tuberculosis tão representativa quanto à proporcionada pela coleta com duração de 12 horas. Portanto, o procedimento de escarro por 5 horas pode ser utilizado em ensaios clínicos de avaliação de ABP em substituição a coleta de 12 horas / In clinical trials studies on new drugs against tuberculosis, the main methodology used is the evaluation of the early bactericidal activity (EBA), which quantifies the decrease of CFU of Mycobacterium tuberculosis in sputum samples during the first 2 days of treatment, through 12 to 16 hours of nocturnal sputum collections. However, the sputum collection for a period of 12 to 16 hours has several shortcomings. In this context, we proposed to develop and evaluate a simple, less time-consuming procedure for sputum collection that does not require hospitalization and presents the same efficiency as a 12-hour collection procedure. We performed quantitative cultures of sputum to measure the bacterial load after three different procedures: 5-hour and 12-hour sputum collections. So this study was divided into two stages. In the first step, the bacillary loads observed in sputum were compared to those obtained after a 5-hour (6,17 log10CFU/mL) and 12 hour (6,23 log10CFU/mL) collection, and there was no statistically significant difference (p =0,27). For the second stage, the patients underwent 4 procedures for sputum collection on consecutive days - two 5-hour collections and two 12-hour collections, in order to analyze the bacterial load variation intra and inter-patients. When the intra-patient variation in the bacillary load was compared between the procedures lasting 5 hours (0,037 Log10CFU/mL) and 12 hours (- 0,022 Log10CFU/mL), no statistically significant difference was observed (p = 0,56). Moreover, the morning collection has reduced the inter-patient variation and improved the accuracy for estimation of the average change in bacterial load from a collection of one day to the other (standard error for 5-hour =0,019 and standard error for 12-hour =0,028). These results show that a 5-hour morning sputum collection is as representative as that provided by a 12-hour overnight collection. In conclusion, the simplified procedure of sputum collection for a period of 5 hours proposed by this study could be used in clinical assessment of EBA as an alternative to 12-hour collections, with no impairment to the EBA evaluation of the study drug

Magister Public Health - MPH (Public Health) / Over the past two decades, despite a growing tuberculosis (TB) epidemic, the South African health system and National TB Programme (NTP) have taken significant steps to ensure improved clinical awareness, early diagnosis, prompt treatment initiation and follow-up of treatment outcomes in cases of TB. The effects of these programmatic measures over time on changes in the severity of disease and presenting clinical profile of patients with pulmonary TB have not been studied. Doing so may provide another window on the impact of TB control initiatives in South Africa.

Introdução: A tuberculose (TB) é uma doença infectocontagiosa causada pelo Mycobacterium tuberculosis (MTb) que apresenta cerca de 80% predileção pelo acometimento pulmonar. Amostras de escarro são necessárias para identificar este microrganismo e o escarro induzido (EI) tem sido um método alternativo de obtenção destas amostras, porém tem apresentado, frequentemente, resultados negativos. A cultura, considerada padrão áureo, é mais morosa em seus resultados, portanto menos útil para guiar o diagnóstico. A reação em cadeia da polimerase (PCR) é a metodologia mais comum para o diagnóstico rápido da TB e poucos estudos avaliaram seu papel nas amostras de EI. Objetivo: Determinar acurácia diagnóstica do PCR para microbactéria no EI de pacientes com suspeita de TB pulmonar e descrever características sócio demográficas, dados clínicos, radiológicos, comorbidades e hábitos comportamentais. Métodos: Estudo prospectivo. Pacientes internados e ambulatoriais maiores de 18 anos com sintomas respiratórios sugestivos de tuberculose pulmonar (PTB) foram convidados a participar. Os sujeitos foram entrevistados utilizando-se um questionário padronizado e o EI foi coletado. Foram obtidas três amostras para baciloscopia direta e cultura. Obteve-se uma quarta amostra para o teste de PCR. Resultados: Foram avaliadas 116 amostras de escarro induzido. A sensibilidade, especificidade, valor preditivo positivo e valor preditivo negativo da PCR foram de 95,2%, 48,4%, 29,0% e 97,9%, respectivamente. A área sob a curva ROC foi de 0,72 para o teste de PCR (P <0,0001). Conclusões: Embora a especificidade da PCR possa ser subestimada, se considerarmos a PCR mais sensível do que os métodos de cultura utilizados pensaram que esses testes positivos para PCR significam falsos positivos. Os resultados de PCR devem ser sempre interpretados cuidadosamente em conjunto com informações clínicas. / Introduction: Induced sputum (IS) is an alternative method of obtaining sputum, but IS smears are frequently negative. Culture is more time-consuming in its results, and less useful to guide the diagnosis. Polymerase chain reaction (PCR) is the most common methodology for rapid diagnosis of tuberculosis and few studies evaluated its role in IS samples. Objective: The objective of this study is to determine the diagnostic yield of PCR for TB compared with culture in IS samples. Methods: Prospective study. Inpatients and outpatients > 18 years with respiratory symptoms suggestive of PTB were invited to participate. Subjects were interviewed using a standardized questionnaire, and collected IS. Three samples were obtained for AFB smear and culture. A fourth sample was obtained for PCR test. Results: A total of 116 induced sputum samples were evaluated. The sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of PCR were 95.2%, 48.4%, 29.0%, and 97.9%, respectively. The area under the ROC curve was 0.72 for the PCR test (P<0.0001). Conclusions: Although the PCR specificity could be underestimated, if we consider PCR to be more sensitive than the culture method used, we thought that these PCR positive tests means false-positives. PCR results should always be interpreted carefully in conjunction with clinical information.