L’immunoprécipitation de la chromatine suivie du séquençage haut débit (ChIP-seq) est une technique permettant de visualiser les interactions entre l’ADN et les protéines. Toutefois, en pratique, la résolution de cette technique laisse à désirer. En étudiant les gènes de l’ARN ribosomique (ADNr), nous avons observé que le facteur majeur limitant la résolution découle du recouvrement inégal des séquences de chaque locus. Cette inégalité est superposée à la distribution réelle de la séquence d’ADN immunoprécipitée entrainant un profil de liaison protéique aberrant. Un logiciel de déconvolution a été développé afin de corriger la couverture inégale des données ChIP-seq en les normalisant par rapport aux données de l’input (Whole Cell Extract). Lorsqu’appliqué sur les données de l’ADNr, cet outil s’est avéré très utile en fournissant un profil de liaison détaillé de la chromatine et des facteurs de transcription le long de ce gène. D’autre part, des études de localisation des sites d’interactions protéiques d’UBF, un facteur de transcription associé à l’ADNr, à la grandeur du génome couplé à des expériences de DNase-seq et de microarray ont permis de mettre en lumière les rôles potentiels d’UBF dans les régions non ribosomiques. En conclusion, nous avons développé un outil permettant la normalisation par déconvolution de données de séquençage haut-débit qui permet d’augmenter la résolution du profil de liaison protéique sur l’ADNr en plus d’identifier les rôles potentiels d’UBF à l’échelle du génome. / Chromatin immunoprecipitation followed by massively parallel sequencing (ChIP-seq) is a technique that allows to visualize interactions between DNA and proteins. However in practice, the resolution of this technique leaves much to be desired. During our studies of the ribosomal RNA genes (rDNA), we observed that one major factor limiting resolution results from the unequal recovery of sequence data across any given locus. This inequality is superimposed on the actual distribution of immunoprecipitated DNA sequences resulting in aberrant protein binding profiles. A software was developed to correct the unequal coverage of ChIP-seq data by normalizing to the input (Whole Cell Extract) with a deconvolution protocol. When applied on the rDNA, this approach has been especially useful in providing a detailed map of chromatin and transcription factor distribution across the gene. On the other hand, genome-wide localization of protein interaction sites for UBF, a transcription factor associated to rDNA, coupled with DNase-seq and microarray experiments shed light on the potential roles of UBF in non-ribosomal regions. In conclusion, we developed a tool allowing the normalization by deconvolution of high-throughput sequencing data that allows to increase the resolution of protein binding profiles on the rDNA. In addition we identified the potential roles of UBF at genome scale.

La politique de ce travail de thèse est la démonstration d'une conception structurale (Autre dans l'Un) et borroméenne (Un dans l'Autre) des psychoses selon deux axes : La barrière épistémo-somatique de la psychiatrie : abstraction psychologique de la pensée consciente et manifestation naturaliste du corps propre. Le sujet cartésien est appréhendé en fonction d'un manque-à-être et d'un manque-à-avoir. Cette dichotomie Imaginaire, cette méconnaissance narcissique a été exploitée afin de distinguer les psychoses selon la signification (paranoïa classique et schizophrénie) et celles selon l'incorporation (sadomasochisme et paraphrénie). Considérer la continuité de la jouissance, de l'Un, et mesurer comment la discontinuité de l'Autre opère pour en réguler le flot. Cette régulation est spécifique à la psychose, la névrose ou la perversion. Les éléments structuraux distingués des éléments Imaginaires permettent d'accéder à une clinique orientée par les formules de la sexuation.Le matériel clinique classique des paranoïas et des mélancolies, selon la signification et l'incorporation, a donc été exploité selon ces deux axes et envisagé à la lumière du matériel psychanalytique de Freud et Lacan. Les concepts cruciaux de forclusion du Nom-du-Père, celle du sens, et surtout l'objet a. Il se présente comme extrait mais non-séparé (a) pour les psychoses schizoparaphréniques ou non-extrait (ao) pour les psychoses paranoïaques.La thèse débouchera sur la pertinence de la clinique borroméenne et du sinthome plus engagé vers l'Un. C'est toute une clinique du nouage et de la contingence qui reste à envisager. Une appréhension de la singularité clinique et pratique du sujet psychotique en dépend. / The policy of this thesis work is demonstrating a structural design and borromeenne of the psychoses according to two dimensions : The epistemo-somatic barrier of psychiatry : psychological abstraction of conscious thought and naturalistic expression of the own body. The Cartesian subject is apprehended as a function of a lack-to-be and a lack-to-have. This imaginary dichotomy, this narcissistic ignorance has been exploited in order to distinguish the psychosis according the meaning (classic paranoia and schizophrenia) and those according to the incorporation (sadomasochism and paraphrenia). Consider the continuity of the enjoyment of the One, and measure how the discontinuity of the other operates to regulate the flow. This regulation is specific to psychosis, neurosis or perversion. The structural elements distinguished from imaginary elements allow you to access to a clinic guided by the formulas of sexuation. The classic clinical material of paranoias and melancholies, depending on the meaning and incorporation, has therefore developed according to these two issues and considered in the light of the psychoanalytic material of Freud and Lacan. The crucial concepts of foreclosure du Nom-du-Père, that of the meaning, and especially the object has. It looks like extracted but non-separated for psychosis schizoparaphreniques or unextracted for paranoid psychosis. This thesis work will lead to the relevance of the borromeenne clinic and the sinthome more committed towards the One. It is a clinic of the knot and the contingency which remains to consider. Apprehension of the singularity clinical and practical of the psychotic subject depends on it.

Chez les organismes multicellulaires la diversité protéique dans chaque cellule et chaque tissu est obtenue initialement en régulant l’expression d’une partie des gènes d’un génome. Ces gènes sélectionnés peuvent ensuite être soumis à un épissage alternatif de sorte que certains exons sont retenus ou exclus dans l’ARNm final. Nous étudions les détails moléculaires de la protéine MEC-8, un facteur d’épissage tissu spécifique chez Caenorhabditis elegans. Les mutants MEC-8 sont responsables d’un phénotype insensible au touché chez Caenorhabditis elegans. Plus précisément, MEC-8 lie le pré-ARNm de mec-2 un composant des récepteurs mécanosensoriels afin de réguler la production d’un isoforme particulier nécessaire pour la transduction du signal mécanosensoriel. Des études portant sur le motif conservé de reconnaissance à l’ARN (RRM) chez des orthologues des vertébrés (RBPMS) et des insectes (couch potato, CPO) ont démontré la présence d’un motif d’homodimérisation dans le domaine RRM1 de MEC-8. Cependant MEC-8 contient aussi un second domaine RRM dans sa partie C-terminale, domaine qui n’est pas retrouvé dans les protéines RBPMS et CPO. Nous avons donc exprimé chaque domaine RRM de MEC-8 indépendamment ainsi que la protéine entière et ces constructions ont été utilisées pour diverses expériences biophysiques. Nous avons ainsi identifié la séquence de liaison optimale pour les deux domaines RRM1 et RRM2. Ces analyses ont aussi été menées sur les domaines homologues issus des protéines RBPMS et CPO qui présentent une forte affinité pour la même séquence d’ARN. Nous avons donc découvert que malgré des différences de fonction et de localisation les membres de la famille RBPMS lient tous le même motif d’ARN. Les détails atomiques des deux RRM en complexe avec leur motif de liaison ont été obtenus en utilisant de la spectroscopie RMN et de la cristallographique des rayons X. Les deux complexes RRM-ligand de MEC-8 présentent de surprenantes similarités dans leur architecture. / In multicellular organisms, proteomic diversity in each cell and tissue is provided initially by selective expression of gene subsets from the total genome, which are further subjected to alternative splicing, such that a different pattern of exons can be retained or excluded in the final protein coding mRNA. We are investigating the molecular details of the tissue-specific splicing factor protein MEC-8 from the worm Caenorhabditis elegans. The MEC-8 mutant protein is responsible for a touch insensitive phenotype in Caenorhabditis elegans, relating to its role as an alternative splicing factor. More precisely, MEC-8 can bind to the mec-2 pre-mRNA, a component of mechanosensory receptor, to regulate the production of a certain isoform required for transducing the touch signal. Previous studies of the conserved RNA Recognition Motif (RRM) domain in orthologues from vertebrate (RBPMS) and insect (couch potato; CPO) have demonstrated a homodimerization motif in MEC-8 RRM1. However, MEC-8 also contains a second RRM domain in the C-terminus that is not found in the characterized RBPMS and CPO proteins. We have therefore expressed the independent RNA-binding domains of MEC-8 as well as the full-length protein and have used these constructs in a variety of biophysical assays. We identified the optimal RNA binding sequence for both the RRM1 and RRM2, and quantified the penalty of sequence variations. The investigation has also been extended to the homologous domains from human RBPMS and Drosophila CPO, which show a high affinity to the same RNA sequence. We therefore find that despite differences in function and localization, the members of the RBPMS protein family all bind to the same RNA motif. Atomic details of binding have also been obtained by using a combination of NMR spectroscopy and X-ray crystallography. The ligand-bound complexes reveal a surprising similarity in the architecture of the bound ligand for the first and second RRM domains from MEC-8.

Tout organisme vivant est le produit d'interactions complexes entre son génome et son environnement, interactions caractérisées par des échanges de matière et d'énergie indispensables à la survie de l'organisme et la transmission de son génome. Depuis la découverte dans les années 1910 que le chromosome est le support de l'information génétique, les biologistes étudient les génomes afin de décrypter les mécanismes et processus à l'oeuvre dans le développement des organismes et l'évolution des populations. Grâce aux améliorations technologiques des dernières décennies, plusieurs génomes ont été entièrement séquencés, leur nombre s'accroissant rapidement, mais ils sont loin d'être décryptés pour autant. En effet, certains de leurs composants, les éléments transposables, sont encore mal compris, bien qu'ils aient été détectés chez quasiment toutes les espèces étudiées, et qu'ils puissent représenter jusqu'à 90% du contenu total de leurs génomes. Les éléments transposables sont des fragments du génome possédant la particularité d'être mobiles. Ils ont donc un impact majeur sur la structure des génomes mais également sur l'expression des gènes avoisinants, notamment via des mécanismes épigénétiques. Leur évolution est aussi particulière étant donné qu'ils ont une transmission verticale non-mendélienne et que de nombreux cas de transferts horizontaux ont été mis en évidence. Mais, à part dans le cas de certains organismes modèles pour lesquels nous disposons de séquences de référence, l'annotation des éléments transposables représente souvent un goulot d'étranglement dans l'analyse des séquences génomiques. A cela s'ajoute le fait que les études de génomique comparée montrent que les génomes sont bien plus dynamiques qu'on ne le croyait, en particulier ceux des plantes, ce qui complique d'autant l'annotation précise des éléments transposables. Pendant mes travaux de thèse, j'ai commencé par comparer les programmes informatiques existants utilisés dans les approches d'annotation de novo des éléments transposables. Pour cela, j'ai mis au point un protocole de test sur les génomes de Drosophila melanogaster et Arabidopsis thaliana. Ceci m'a permis de proposer une approche de novo combinant plusieurs outils, capable ainsi de reconstruire automatiquement un grand nombre de séquences de référence. De plus, j'ai pu montrer que notre approche mettait en évidence les variations structurales au sein de familles bien connues, notamment en distinguant des variants structuraux appartenant à une même famille d'éléments transposables, reflétant ainsi la diversification de ces familles au cours de leur évolution. Cette approche a été implémentée dans une suite d'outils (REPET) rendant possible l'analyse des éléments transposables de nombreux génomes de plantes, insectes, champignons et autres. Ces travaux ont abouti à une feuille de route décrivant de manière pratique comment annoter le contenu en éléments transposables de tout génome nouvellement séquencé. Par conséquent, de nombreuses questions concernant l'impact de ces éléments sur l'évolution de la structure des génomes peuvent maintenant être abordées chez différents génomes plus ou moins proches. Je propose également plusieurs pistes de recherche, notamment la simulation des données nécessaires à l'amélioration des algorithmes de détection, démarche complémentaire de la modélisation de la dynamique des éléments transposables.

Cette thèse s'intéresse au système des pratiques enseignantes dans un contexte de changement paradigmatique sur le plan épistémologique. Au Québec, ce changement est formalisé par le renouvèlement des injonctions curriculaires et des finalités normatives qui les sous-tendent. Or, la recherche sur les changements curriculaires témoigne des relations complexes entre la nature du changement et les réactions des acteurs (Perrenoud, 1999). Elle démontre notamment que les curricula restent des prescriptions vides de sens et inopérantes si elles ne tiennent pas compte des logiques de fonctionnement des pratiques enseignantes. Ces dernières, en tant qu'actions sociales structurées et structurantes, impliquent que les enseignants, tant par leur conscience pratique (dont font partie les savoirs expérientiels et les normes intériorisées telles les croyances épistémologiques) que par leurs propres finalités et en fonction des conditions de leur action, évaluent la légitimité et la validité des énoncés curriculaires (Habermas, 1987). Chez les enseignants québécois du domaine Histoire et éducation à la citoyenneté, les changements au curriculum global ont été conjugués à un changement paradigmatique qui a engendré un débat sur la légitimité et la validité des finalités explicites de la discipline et de son apprentissage, particulièrement en ce qui concerne l'histoire nationale (Dagenais et Laville, 2007). C'est dans ce contexte que les enseignants d'histoire nationale doivent se construire une représentation de leur travail, donner un sens au programme de formation et interpréter les finalités qui s'y trouvent (Lessard et Tardif, 2002; Schutz, 1987). Il est toutefois difficile de savoir comment se joue cette dynamique dans la pratique enseignante au quotidien et de façon concrète. Dans le cadre de cette recherche, nous avons fait du système des pratiques enseignantes notre objet d'étude afin de comprendre par quels moyens les enseignants d'Histoire et éducation à la citoyenneté (HEC) au deuxième cycle secondaire concilient les finalités du programme avec la forme scolaire, les attentes sociales qui balisent leurs pratiques enseignantes et leurs schèmes subjectifs. La question de la dynamique entre les finalités curriculaires du programme d'HEC et le système des pratiques enseignantes a été abordée sous l'angle des pratiques sociales, plus particulièrement par le biais de la théorie de la structuration de Giddens (1979), qui s'inscrit dans une perspective culturaliste praxéologique. Le recours à cette perspective théorique a permis d'appréhender les pratiques enseignantes selon la double herméneutique qui caractérise la négociation entre le singulier (l'enseignant comme agent social) et le générique (la structure curriculaire, scolaire et culturelle). Afin de rendre compte de la complexité du système de la pratique sociale qu'est l'enseignement de l'histoire, nous avons privilégié une étude multicas d'orientation interprétative. Les croyances épistémologiques de 26 enseignants d'HEC du deuxième cycle secondaire ont été identifiées à l'aide d'un questionnaire portant sur les croyances relatives à l'enseignement et à l'apprentissage de l'histoire (Maggioni, VanSledright et Alexander, 2009). L'analyse des résultats issus de ce questionnaire a permis d'identifier quatre cas typiques et trois cas atypiques. Des entrevues semi-dirigées réalisées auprès de chacun de ces sept enseignants, portant sur leurs finalités subjectives et soumises à une analyse thématique (Paillé et Mucchielli, 2003), suivies de l'observation par vidéoscopie de deux séances de cours par enseignant, également soumises à l'analyse thématique, ont permis de générer un portrait de chaque système des pratiques de ces enseignants. Ces systèmes ont été comparés les uns aux autres (Yin, 2003) afin de dégager les patterns communs aux pratiques, ainsi que leurs dimensions singulières, puis une analyse situationnelle phénoménologique et structurale (Paillé et Muccchielli, 2003) de ces patterns a permis de saisir des logiques culturelles globales des pratiques. Ces résultats ont mis en lumière certains facteurs culturels structuraux et contextuels qui agissent sur l'évaluation par les enseignants de la non-légitimité du curriculum et de ses fondements, ainsi que sur la persistance de pratiques transmissives et magistrocentrées. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : pratiques enseignantes, épistémologie, analyse structurale, enseignement de l'histoire, histoire nationale

Les objectifs de ce travail de thèse concernent l'étude du comportement structurale et magnétique de poudres constituées de nanoparticules de maghémite (γ-Fe2O3) de taille et de morphologie contrôlées (4 ± 1 nm), obtenues par coprécipitation de sels métalliques puis dispersées avec différentes concentrations dans une matrice de silice par voie sol-gel. La première partie de nos travaux a consisté à étudier la stabilité structurale des nanoparticules par irradiation laser puis en fonction de la température de traitement afin de contrôler les transitions de phase maghémite γ-Fe2O3 vers l'hématite α-Fe2O3 et/ou vers la phase Epsilon. La deuxième partie du travail a concerné l'étude des propriétés magnétiques des nanocomposites en fonction de la concentration massique en nanoparticules. L'objectif a été de caractériser la nature des interactions magnétiques entre les nanoparticules.

Thèse de doctorat (D.R.M.)--Université du Québec à Chicoutimi, 1998. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Th. Univ.--Tectonique-pétrologie--Montpellier 2, 1990. / Résumé en anglais. Bibliogr. p. 325-351.

Texte remanié du 1er chapitre de: Thèse--Lettres--Paris. / Bibliogr. p. 345-354. Thèse soutenue sous le titre : Pour un schématisme de la structure, de quelques implications sémiotiques de la théorie des catastrophes"

Au cours de la dernière décennie, les chalcogénures (Q=S, Se et Te) d'élément de transition ont fait l'objet d’un fort regain d’intérêt, notamment en raison de la découverte de supraconductivité à haute température critique dans les composés à base de fer et de sélénium. Dans ce contexte, l'objectif de ce travail de thèse est de découvrir et d'étudier de nouveaux composés chalcogénures à base de fer et de nickel dans l'espoir de révéler des propriétés électroniques nonconventionnelles. Pour cela, nous avons utilisé plusieurs approches de conception rationnelle de nouveaux composés, comme la prédiction structurale par des calculs ab initio (USPEX), le concept d'assemblage de sous-unités structurales 2D ou des méthodes de chimie douce. Plusieurs nouveaux composés lamellaires ont été ainsi découverts. Par exemple, nous avons réussi à obtenir de nouveaux composés dont les structures résultent d'un assemblage de blocs fluorines, associés soit avec un plan de fer et de sélénium comme dans Ba2F2Fe1.5Se3, soit avec un plan de chalcogène contenant des chaines de sélénium (Ba3F4Se1.66) ou des paires de soufre (Ba2F2S2). Nous avons ensuite montré que de tels composés, utilisés comme précurseurs, permettent l’intercalation topotactique d’éléments de transition M, qui réagissent avec la paire (S2)2- pour former de nouvelles entités MxSy. Ce résultat ouvre donc une nouvelle voie de synthèse générale jouant sur la chimie des paires de chalcogène. En utilisant ce concept, nous avons pu découvrir de nouveaux composés lamellaires possédant des plans MxSy originaux. / During the last decade, an upsurge of interest was dedicated to chalcogenides (Q = S, Se and Te) of transition elements, particularly because of the discovery of superconductivity at high critical temperature in compounds based on iron and selenium. In this context, the aim of this thesis work is to discover and explore new chalcogenide compounds based on iron and nickel in the hope of revealing unconventional electronic properties. We used several approaches of rational design of new compounds, such as structural prediction based on ab initio calculations (USPEX), the concept of assembly of two-dimensional Secondary Building Units or soft chemistry methods. Several new lamellar compounds were thus discovered. For example, we succeeded to obtain new compounds which structures result from an assembly of fluorite blocks associated with either an iron selenide layer, such as in Ba2F2Fe1.5Se3, or with a chalcogen layer containing selenium chains (Ba3F4Se1.66) or sulfur pairs (Ba2F2S2). We then showed that such compounds, used as precursors, allow the topotactic intercalation of transition elements M, which react with (S2)2- pairs to form new MxSy layers. This result paves the way for a new general synthetic route playing on the chemistry of chalcogen pairs. Using this concept, we have discovered several new lamellar compounds exhibiting original MxSy layers.