Ce travail est constitue de deux parties indépendantes. Par mutagenese dirigée et expression dans des fibroblastes en culture, il a ete possible d'étudier 30 mutants du produit de classe ii du mhc murin, a#k. Ces mutants ont ete testes par reconnaissance par des anticorps monoclonaux, par présentation d'antigènes peptidiques et par présentation du superantigenes. L'allure générale du site de fixation de l'antigène correspond a celle observée dans la structure cristalline d'une molécule de classe i. Les résultats ont aussi permis de déterminer les résidus ayant une influence critique sur la fixation de l'antigène. Enfin, l'étude de la présentation des superantigenes montre que ceux-ci ne sont pas fixes de manières analogues aux antigènes peptidiques. Le faible nombre de molécules de certaines espèces moléculaires impliquées dans les mécanismes réglant l'expression génétique pose le probleme du modèlé cinétique pertinent dans ce type de conditions. Il faut renoncer a la notion de concentration et munir le modèle d'un espace d'états discret. Le déterminisme des réactions doit aussi être abandonne au profit d'une évolution stochastique. La deuxième partie du travail s'attache a la définition mathématique des processus de saut représentant un système de réactions chimiques entre espèces présentes en très faibles quantités. Une équivalence avec les systèmes différentiels de la cinétique déterministe est établie. Un modèle de transport avec saut est aussi défini. Il permet de traduire les situations dans lesquelles des évolutions aléatoires et déterministes de déroulent conjointement. Enfin, ces constructions ont nécessité un travail préalable de nature algébrique. Une analyse stoechiometrique détaillée de l'operon lactose, des étapes précoces du développement du phase ainsi que de la réplication des plasmides de la famille cole1 est conduite. Sa généralisation est envisagée

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Computational chemists are concerned about two aspects when choosing between the myriad of theoretical methodologies: the accuracy (the "truth") and the computational cost (the tractability). Among the least expensive methods are the Hartree-Fock (HF), density functional theory (DFT), and second-order Moller-Plesset perturbation theory (MP2) methods. While each of these methods yield excellent results in many cases, the inadequate inclusion of certain types of electron correlation (either high-orders or nondynamical) can produce erroneous results. The compromise for the computation of noncovalent interactions often comes from empirically scaling DFT and/or MP2 methods to fit benchmark data sets. The DFT method with an empirically fit dispersion term (DFT-D) often yields semi-quantitative results. The spin-component scaled MP2 (SCS-MP2) method parameterizes the same- and opposite-spin correlation energies and often yields less than 20% error for prototype noncovalent systems compared to chemically accurate CCSD(T) results. There is no simple fix for cases with a large degree of nondynamical correlation (such as transition metal-salen complexes). While testing standard and new DFT functionals on the spin-state energy gaps of transition metal-salen complexes, no DFT method produced reliable results compared to very robust CASPT3 results. Therefore each metal-salen complex must be evaluated on a case-by-case basis to determine which methods are the most reliable. Utilizing a combination of DFT-D and SCS-MP2 methods, the reaction mechanism for the addition of cyanide to unsaturated imides catalyzed by the Al(Cl)-salen complex was performed. Various experimental observations are rationalized through this mechanism.

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Dans ce mémoire, les contes de trois conteurs contemporains du Québec – Jos Gallant d’André Lemelin, Ti Pinge de Joujou Turenne et L’entrain à vapeur, de Fred Pellerin – font avant tout l’objet d’une lecture pragmatique afin de mieux comprendre comment le conteur, qui emploie le canevas en spectacle, transmet une fiction à un auditoire ou à un lectorat. L’étude présente d’abord une analyse comparative de chacune des prestations avec la version publiée d’un même récit et met ainsi en relief leurs points de convergence et de divergence. Selon l’hypothèse avancée, l’analyse de la prestation des conteurs qui suivent un canevas révèlerait comment s’y manifestent les dimensions performatives et les articulations du discours fictionnel. Corrélativement, l’examen des rapports entre le conteur et son public permet ensuite de s’interroger sur le statut du narrateur et de voir en quoi et comment, durant la performance, la fiction est partagée avec l’auditoire. L’analyse des énoncés performatifs, inspirés des travaux de Kerbrat-Orechionni et la dynamique de vectorisation proposée par Pavis pour l’étude de la gestuelle, des mimiques et de la voix, sont mises à contribution et visent également à dégager les outils pouvant servir à l’analyse des spectacles de contes. Au terme de cette recherche, l’auteure démontre les avantages liés au canevas, notamment en ce qui concerne les interactions qu’il favorise avec le public et dans la liberté qu’il procure, en permettant de modifier ou d’adapter le discours et les ressources expressives du conteur à chacune de ses représentations. / In this thesis, the three tales written by contemporary Quebec storytellers – Jos Gallant by Andre Lemelin, Ti Pinge by Joujou Turenne and L’entrain à vapeur by Fred Pellerin – are for the most part subjected to a pragmatic reading, where the objective is to develop a better understanding of how these storytellers employ structure in storytelling to transmit fiction to their audiences or readers. The study begins with an analysis of each story, a comparison of the storytelling and published versions, and finally their various points of convergence and divergence are highlighted. In accordance with this hypothesis, the analysis of each storyteller’s performance structure will reveal how the performative and fictional discourse dimensions are expressed. Correspondingly, through examining the relationships between the storyteller and the audience, we question the narrator’s status and discover by what means and how the fiction is shared with the audience during the performance. The analysis of performative statements, inspired by the work of Kerbrat-Orechionni and by dynamic vectorization put forward by Pavis for the study of gestures, facial expressions and voice, which are all made to contribution, also targets the identification of any tools useful for storytelling analysis. Once having completed this research, the author demonstrates how structure, especially that used to encourage audience interaction and the overall freedom generally procured can be beneficial in modifying or adapting expressive speech and other resources available to storytellers in each of their performances.

<p>The glutathione transferases (GSTs) represent a superfamily of dimeric proteins involved in cellular detoxication by catalyzing the nucleophilic addition of the reduced glutathione (GSH) to the hydrophobic electrophiles. The present work focuses on the functional role of the conserved structures of GSTP1-1. The lock-and-key motif is a highly conserved hydrophobic interaction in the subunit interface of Pi, Mu, and Alpha class GSTs. The key residue (Tyr⁵⁰ in hGSTP1-1) of one subunit is wedged into a hydrophobic pocket of the neighboring subunit. The heterodimer GSTP1/Y50A was constructed from the fully active wild-type GSTP1-1 and the nearly inactive Y50A in order to study how an essentially inactive subunit influences the activity of the neighboring subunit. The results illuminate the vital role of the lock-and-key motif in modulating the GSH binding and the rate of catalysis. Additionally, the two active sites of the dimeric enzyme work synergistically. An observed water network, in hGSTP1-1 structures, connects the two active sites, thereby offering a mechanism for communication between the two active sites.</p><p>Cys⁴⁸ and Tyr⁵⁰ were targeted by mutations and chemical modifications for understanding how the α2 loop residues modulate GSH binding and catalysis. The replacement of Tyr⁵⁰ with different unnatural amino acids showed that the nature of the key residue side-chain influences the interaction with the lock structure and, consequently, the catalytic activity. The K_M^GSH, GSH affinity and protein stability can be modulated by fitting key residue into the lock cavity of the neighbor subunit and, consequently, restriction of the flexibility of the α2 loop. Optimization of the interaction between the key residue and the lock-cavity increases k_cat. Also, the crystal structure of the Cys-free variant was determined. The result indicated that Cys⁴⁸ restricts the flexibility of the α2 loop by interacting with surrounding residues and, consequently, contributes to GSH binding and protein stability.</p>

The glutathione transferases (GSTs) represent a superfamily of dimeric proteins involved in cellular detoxication by catalyzing the nucleophilic addition of the reduced glutathione (GSH) to the hydrophobic electrophiles. The present work focuses on the functional role of the conserved structures of GSTP1-1. The lock-and-key motif is a highly conserved hydrophobic interaction in the subunit interface of Pi, Mu, and Alpha class GSTs. The key residue (Tyr50 in hGSTP1-1) of one subunit is wedged into a hydrophobic pocket of the neighboring subunit. The heterodimer GSTP1/Y50A was constructed from the fully active wild-type GSTP1-1 and the nearly inactive Y50A in order to study how an essentially inactive subunit influences the activity of the neighboring subunit. The results illuminate the vital role of the lock-and-key motif in modulating the GSH binding and the rate of catalysis. Additionally, the two active sites of the dimeric enzyme work synergistically. An observed water network, in hGSTP1-1 structures, connects the two active sites, thereby offering a mechanism for communication between the two active sites. Cys48 and Tyr50 were targeted by mutations and chemical modifications for understanding how the α2 loop residues modulate GSH binding and catalysis. The replacement of Tyr50 with different unnatural amino acids showed that the nature of the key residue side-chain influences the interaction with the lock structure and, consequently, the catalytic activity. The KMGSH, GSH affinity and protein stability can be modulated by fitting key residue into the lock cavity of the neighbor subunit and, consequently, restriction of the flexibility of the α2 loop. Optimization of the interaction between the key residue and the lock-cavity increases kcat. Also, the crystal structure of the Cys-free variant was determined. The result indicated that Cys48 restricts the flexibility of the α2 loop by interacting with surrounding residues and, consequently, contributes to GSH binding and protein stability.

Dans ce mémoire, les contes de trois conteurs contemporains du Québec – Jos Gallant d’André Lemelin, Ti Pinge de Joujou Turenne et L’entrain à vapeur, de Fred Pellerin – font avant tout l’objet d’une lecture pragmatique afin de mieux comprendre comment le conteur, qui emploie le canevas en spectacle, transmet une fiction à un auditoire ou à un lectorat. L’étude présente d’abord une analyse comparative de chacune des prestations avec la version publiée d’un même récit et met ainsi en relief leurs points de convergence et de divergence. Selon l’hypothèse avancée, l’analyse de la prestation des conteurs qui suivent un canevas révèlerait comment s’y manifestent les dimensions performatives et les articulations du discours fictionnel. Corrélativement, l’examen des rapports entre le conteur et son public permet ensuite de s’interroger sur le statut du narrateur et de voir en quoi et comment, durant la performance, la fiction est partagée avec l’auditoire. L’analyse des énoncés performatifs, inspirés des travaux de Kerbrat-Orechionni et la dynamique de vectorisation proposée par Pavis pour l’étude de la gestuelle, des mimiques et de la voix, sont mises à contribution et visent également à dégager les outils pouvant servir à l’analyse des spectacles de contes. Au terme de cette recherche, l’auteure démontre les avantages liés au canevas, notamment en ce qui concerne les interactions qu’il favorise avec le public et dans la liberté qu’il procure, en permettant de modifier ou d’adapter le discours et les ressources expressives du conteur à chacune de ses représentations. / In this thesis, the three tales written by contemporary Quebec storytellers – Jos Gallant by Andre Lemelin, Ti Pinge by Joujou Turenne and L’entrain à vapeur by Fred Pellerin – are for the most part subjected to a pragmatic reading, where the objective is to develop a better understanding of how these storytellers employ structure in storytelling to transmit fiction to their audiences or readers. The study begins with an analysis of each story, a comparison of the storytelling and published versions, and finally their various points of convergence and divergence are highlighted. In accordance with this hypothesis, the analysis of each storyteller’s performance structure will reveal how the performative and fictional discourse dimensions are expressed. Correspondingly, through examining the relationships between the storyteller and the audience, we question the narrator’s status and discover by what means and how the fiction is shared with the audience during the performance. The analysis of performative statements, inspired by the work of Kerbrat-Orechionni and by dynamic vectorization put forward by Pavis for the study of gestures, facial expressions and voice, which are all made to contribution, also targets the identification of any tools useful for storytelling analysis. Once having completed this research, the author demonstrates how structure, especially that used to encourage audience interaction and the overall freedom generally procured can be beneficial in modifying or adapting expressive speech and other resources available to storytellers in each of their performances.

Le poly(3-hexylthiophène) régiorégulier (rr-P3HT) est l’un des matériaux phare pour les applications en électronique plastique. Afin d’améliorer les performances des dispositifs, il est important de comprendre et de contrôler la structure et la morphologie de la couche active. Des films minces de rr-P3HT cristallins et orientés peuvent être obtenus par epitaxie directionnelle par cristallisation (DEC) de 1,3,5-trichlorobenzène (TCB). Dans ce travail de thèse, nous présentons les avantages de la méthode DEC pour (i) déterminer la structure cristalline du rr-P3HT et pour (ii) étudier les fibres « shish-kebab », une morphologie alternative du rr-P3HT. La première partie de ce manuscrit consiste en l’analyse structurale par diffraction électronique de la forme I du P3HT obtenue dans les films epitaxiés. Afin d’affiner le modèle structural, nous avons fait varier la conformation des chaînes latérales. Dans un deuxième temps, nous avons appliqué ce même protocole afin de résoudre la structure du second polymorphe du P3HT (forme II) grâce à l’obtention de monocristaux parself-seeding. La deuxième partie du manuscrit est consacrée à l’élaboration de fibres orientées dites en « shish-kebab » par épitaxie dans un mélange TCB/Pyridine. La cinétique de croissance ainsi que l’orientation des chaînes de P3HT sont étudiés afin d’optimiser la méthode de préparation des fibres. L’effet de la masse moléculaire sur leur formation a également été évalué. Finalement les propriétés de transport de charges au sein de ces fibres ont été étudiées grâce à l’élaboration de transistors à effet de champ. / Regioregular poly(3-hexylthiophene) (rr-P3HT) is one of the promising materials for plastic electronic applications. Understanding as well as controlling the structure and morphology of the active layer is essential to improve the device efficiency. Highly crystalline and highly oriented rr-P3HT thin films can be obtained via directional epitaxial crystallization (DEC) in 1,3,5-trichlorobenzene (TCB). In this dissertation, we present the benefits of DEC method to (i) determine the crystal structure of rr-P3HT and (ii) to study shish-kebab fibers, an alternative morphology of rr-P3HT. The first part of this dissertation is related to the structural analysis of rr-P3HT form-I by using electron diffraction analysis on the epitaxied film. Furthermore, the modification of side chain conformation is used to improve the structural model. Finally, the determination protocol is also applied to resolve the preliminary crystal structure of rr-P3HT form II prepared by self-seeding method. The second part of thisdissertation is related to highly oriented shish-kebab fibers of rr-P3HT prepared by epitaxial crystallization in a mixture of TCB and pyridine. The investigations of growth kinetics and orientation of P3HT chains in the fiber are performed in order to determine the optimization of preparation conditions and growth mechanism of the fibers. In addition, the effect of molecular weight on the formation of the fibers is investigated. Finally, the charge transport properties of the fibers are measured by using the field effect transistor configuration.

La quantité croissante de données générées est à l’origine de nombreuses problématiques en bioinformatique telles que le développement de nouvelles méthodes de traitement et d’analyse efficaces de ces données. Plus particulièrement, les réseaux de régulation des fonctions cellulaires sont au coeur de nombreux projets aujourd’hui. Il est donc nécessaire, afin d’appréhender correctement ces systèmes de régulation, de comprendre l’origine et de caractériser les acteurs de ces systèmes tels que les ARN et les pseudogènes.Nous avons établi une nouvelle méthode de comparaison d’une séquence ARN requête avec un jeu de séquences ARN cibles. Notre méthode se base sur (i) l’indexation préalable des graines en séquence/structure des ARN du jeu cible, (ii) la recherche des ARN cibles par détection des graines de la séquence requête présentes également dans le jeu de données cible et le chainage de ces graines, puis (iii) la complétion de l’alignement obtenu à l’aide d’un algorithme d’alignement exact incorporant des contraintes d’alignement. Cette méthode a été appliquée sur le jeu de données de BraliBase2.1. L’exactitude des résultats obtenus et l’efficacité de la méthode ont alors été comparés à la méthode d’alignement exact LocARNA et à son filtre basé sur un algorithme de chainage de graines récemment développé, ExpLocP. Notre méthode RNA-unchained permet d’améliorer significativement les temps de calcul de LocARNA et présente des temps de calcul similaires à ExpLocP, tout en améliorant l’exactitude des alignements finaux.De plus, nous avons développé une méthode, PseudOE, de détection et de caractérisation du pseudome au sein d’un génome et d’analyse comparative de ce pseudome entre plusieurs génomes. Cette méthode a ainsi permis de réaliser l’analyse du panpseudome de deux souches relativement distantes de l’espèce Oenococcus oeni et qui présentent des propriétés oenologiques opposées. On observe dans ces génomes compacts, de 1,8Mb, 8,5% de pseudogènes. Par comparaison aux autres génomes bactériens, les génomes d’O. oeni semblent sensibles à la pseudogénisation. La majorité des pseudogènes détectés ont pour origine des mutations de leur séquence et sont présents uniquement dans l’un des génomes, ce qui soutient l’hypothèse d’une origine récente de ces séquences et qui illustre la tendance des O. oeni à l’hypermutabilité. De plus, l’analyse des données fournies par PseudOE a permis la mise en évidence d’une organisation spatiale des pseudogènes au sein de territoires spécifiques du chromosome. L’ensemble de ces analyses illustre les particularités des pseudogènes chez O. oeni et apporte des informations supplémentaires concernant l’évolution des gènes/génomes dont les annotations de génomes pourraient retirer des bénéfices. / The increasing amount of available data is a source of many issues in bioinformatics such that the development of new methods of treatments and efficient analysis of data. Especially, regulatory networks are at the heart of many projects. Also, in order to understand regulatory systems, it appears to be necessary to characterize and to understand actors of these systems such as RNA and pseudogenes. We develop a new method to compare a query RNA with a static set of target RNAs. Our method is based on (i) a preliminary indexing of the sequence/structure seeds of the target RNAs, (ii) searching the potentially homolog RNAs by detecting seeds of the query present in targets, chaining these seeds, then (iii) completing the alignment using an anchor-based exact alignment algorithm. We apply our method on the benchmark Bralibase2.1. We compare our method accuracy and efficiency with the exact method LocARNA and its recent seeds-based speed-up ExpLocP. Our pipeline RNA-unchained greatly improves computation time of LocARNA and is comparable to the one of ExpLocP, while improving the overall accuracy of the final alignments.Moreover, we develop a new method, PseudOE, to detect and to characterize the pseudome of one genome, and to analyse by comparison two genomes at least. This method allows to analyse the pan-pseudome of two distantly related Oenococcus oeni strains with opposite oenological properties. Quite interestingly, with 8.5% of pseudogenes for a compact 1.8Mb genome, O. oeni appeared to be prone to pseudogenization compared to other bacteria. A great proportion of pseudogenes were found to come from mutational degradation suggesting a relatively recent origin that could illustrate the natural propensity of O. oeni for hypermutability. In addition, we identify a spatial organization of pseudogenes into dedicated chromosomal territories. These analysis illustrate peculiar properties of O. oeni pseudogenes, providing additional insights of gene/genome evolution from which future genome annotation will benefit.