Cette thèse consiste en trois articles qui examinent divers aspects de la relation entre le risque et la performance sociale (PS). Le premier article examine la relation entre PS et le risque des entreprises non financières durant la période 1991-2007. Nos résultats montrent que la mesure agrégée de PS, qui combine les forces et les faiblesses sociales, est négativement reliée à la volatilité des rendements et au risque idiosyncratique. Après avoir divisé la mesure agrégée de PS afin de distinguer les forces et les faiblesses sociales, nous constatons que les forces et les faiblesses sociales sont positivement reliées à la volatilité et au risque idiosyncratique. Il y a une relation asymétrique dans laquelle l'impact des faiblesses sociales sur le risque est plus élevé que l'impact des forces sociales. Nous avons examiné également la question de causalité inverse et avons trouvé que les risques total et idiosyncratique sont positivement associés aux forces et aux faiblesses sociales. Cela implique que le risque affecte à son tour PS. Enfin, nous avons examiné la direction de causalité entre le risque et PS. Les résultats montrent qu'il y a une relation bidirectionnelle entre les forces sociales et le risque, et une relation unidirectionnelle du risque vers les faiblesses sociales. Le deuxième article examine la relation entre les dimensions individuelles de PS et les risques total et idiosyncratique pour les entreprises non financières durant la période 1991-2007. Nos résultats montrent que seulement certaines dimensions de PS affectent le risque. Pour les entreprises du S&P500, les faiblesses sociales des dimensions employés, gouvernance et diversité augmentent le risque, tandis que les forces des dimensions communauté (diversité) réduisent (augmentent) le risque. Pour les entreprises non incluses au S&P500, les faiblesses (forces) sociales de la dimension employée (diversité) augmentent le risque, tandis que les forces en matière d'environnement réduisent le risque. Enfin, nous avons examiné les liens de causalités et avons trouvé que la causalité a tendance à varier selon les différentes dimensions de PS. Le troisième article examine l'impact de PS sur le risque (total, systématique, idiosyncratique, Valeur à Risque (VaR)) pour un échantillon d'entreprises financières durant la période 1991-2007. Nous avons trouvé que la mesure agrégée de PS (faiblesses sociales) est négativement (positivement) reliée à toutes les mesures de risque. L'impact négatif du PS sur le risque est donc dû principalement à des faiblesses sociales, ce qui suggère une relation asymétrique entre PS ct le risque. Nous avons trouvé aussi que les faiblesses sociales des dimensions employées, produit et gouvernance affectent positivement toutes les mesures de risque, tandis que les forces sociales en matière de produit affectent positivement la VaR. Enfin, une analyse supplémentaire montre que PS affecte le risque des banques et des firmes d'investissement (courtage), mais non pas les entreprises d'assurance. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Volatilité, risque idiosyncratique, risque systématique, valeur à risque (VaR), performance sociale, forces sociales, faiblesses sociales.

Durant le criblage à haut débit (High-throughput screening, HTS), la première étape dans la découverte de médicaments, le niveau d'activité de milliers de composés chimiques est mesuré afin d'identifier parmi eux les candidats potentiels pour devenir futurs médicaments (i.e., hits). Un grand nombre de facteurs environnementaux et procéduraux peut affecter négativement le processus de criblage en introduisant des erreurs systématiques dans les mesures obtenues. Les erreurs systématiques ont le potentiel de modifier de manière significative les résultats de la sélection des hits, produisant ainsi un grand nombre de faux positifs et de faux négatifs. Des méthodes de correction des données HTS ont été développées afin de modifier les données reçues du criblage et compenser pour l'effet négatif que les erreurs systématiques ont sur ces données (Heyse 2002, Brideau et al. 2003, Heuer et al. 2005, Kevorkov and Makarenkov 2005, Makarenkov et al. 2006, Malo et al. 2006, Makarenkov et al. 2007). Dans cette thèse, nous évaluons d'abord l'applicabilité de plusieurs méthodes statistiques servant à détecter la présence d'erreurs systématiques dans les données HTS expérimentales, incluant le x2 goodness-of-fit test, le t-test et le test de Kolmogorov-Smirnov précédé par la méthode de Transformation de Fourier. Nous montrons premièrement que la détection d'erreurs systématiques dans les données HTS brutes est réalisable, de même qu'il est également possible de déterminer l'emplacement exact (lignes, colonnes et plateau) des erreurs systématiques de l'essai. Nous recommandons d'utiliser une version spécialisée du t-test pour détecter l'erreur systématique avant la sélection de hits afin de déterminer si une correction d'erreur est nécessaire ou non. Typiquement, les erreurs systématiques affectent seulement quelques lignes ou colonnes, sur certains, mais pas sur tous les plateaux de l'essai. Toutes les méthodes de correction d'erreur existantes ont été conçues pour modifier toutes les données du plateau sur lequel elles sont appliquées et, dans certains cas, même toutes les données de l'essai. Ainsi, lorsqu'elles sont appliquées, les méthodes existantes modifient non seulement les mesures expérimentales biaisées par l'erreur systématique, mais aussi de nombreuses données correctes. Dans ce contexte, nous proposons deux nouvelles méthodes de correction d'erreur systématique performantes qui sont conçues pour modifier seulement des lignes et des colonnes sélectionnées d'un plateau donné, i.e., celles où la présence d'une erreur systématique a été confirmée. Après la correction, les mesures corrigées restent comparables avec les valeurs non modifiées du plateau donné et celles de tout l'essai. Les deux nouvelles méthodes s'appuient sur les résultats d'un test de détection d'erreur pour déterminer quelles lignes et colonnes de chaque plateau de l'essai doivent être corrigées. Une procédure générale pour la correction des données de criblage à haut débit a aussi été suggérée. Les méthodes actuelles de sélection des hits en criblage à haut débit ne permettent généralement pas d'évaluer la fiabilité des résultats obtenus. Dans cette thèse, nous décrivons une méthodologie permettant d'estimer la probabilité de chaque composé chimique d'être un hit dans le cas où l'essai contient plus qu'un seul réplicat. En utilisant la nouvelle méthodologie, nous définissons une nouvelle procédure de sélection de hits basée sur la probabilité qui permet d'estimer un niveau de confiance caractérisant chaque hit. En plus, de nouvelles mesures servant à estimer des taux de changement de faux positifs et de faux négatifs, en fonction du nombre de réplications de l'essai, ont été proposées. En outre, nous étudions la possibilité de définir des modèles statistiques précis pour la prédiction informatique des mesures HTS. Remarquons que le processus de criblage expérimental est très coûteux. Un criblage virtuel, in silico, pourrait mener à une baisse importante de coûts. Nous nous sommes concentrés sur la recherche de relations entre les mesures HTS expérimentales et un groupe de descripteurs chimiques caractérisant les composés chimiques considérés. Nous avons effectué l'analyse de redondance polynomiale (Polynomial Redundancy Analysis) pour prouver l'existence de ces relations. En même temps, nous avons appliqué deux méthodes d'apprentissage machine, réseaux de neurones et arbres de décision, pour tester leur capacité de prédiction des résultats de criblage expérimentaux. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : criblage à haut débit (HTS), modélisation statistique, modélisation prédictive, erreur systématique, méthodes de correction d'erreur, méthodes d'apprentissage automatique

Plusieurs gisements à vertébrés du Cénomanien des Charentes, pour la plupart inédits, ont été étudiés d'un point de vue systématique et taphonomique. Au total, plus de 18000 restes ont pu être identifiés, avec près de 80 taxons répartis sur une quinzaine de niveaux de faciès variés. Les assemblages les plus riches, concentrés dans la partie inférieure de l'étage, sont constitués de microrestes présentant une grande diversité taxonomique (poissons, amphibiens, reptiles, mammifères) et écologique. Bien que largement dominés par les sélaciens (trois nouveaux genres et quatre nouvelles espèces sont décrits), ces assemblages contiennent de nombreux restes de tétrapodes continentaux. Certains groupes, comme les mammifères, sont signalés pour la première fois dans le Cénomanien européen.<br />L'analyse taphonomique des différents niveaux a permis de définir plusieurs catégories d'assemblages, variant notamment par la taille (millimétrique ou centimétrique) et le degré d'abrasion de leurs éléments. Dans un contexte globalement transgressif, les modalités de formation de ces gisements paraliques sont discutées (rôle de la condensation), tout comme l'évolution paléoécologique des faunes au cours du Cénomanien (extinctions locales et remplacements fauniques). L'association dans les Charentes de taxons d'affinités laurasiatiques (ex : Solemydidae, Troodontidae, Nodosauridae) et gondwaniennes (ex : Distobatidae, Ziphosuchia, Carcharodontosauridae) constitue une particularité biogéographique, s'expliquant à la fois par des phénomènes de vicariance et de dispersion. La possibilité d'échanges fauniques trans-téthysiens au Cénomanien inférieur semble ainsi attestée. Les vertébrés du Cénomanien présentent un mélange de formes relictes et précurseurs, illustrant les changements s'opérant entre le Crétacé inférieur et le Crétacé supérieur.<br /> Par ailleurs, la faune de sélaciens du Campanien stratotypique, comprenant 20 espèces (dont deux nouvelles), est décrite en détail pour la première fois. Cela complète l'étude portée sur les vertébrés du Crétacé supérieur nord-aquitain et permet d'établir des comparaisons avec les autres faunes connues pour cet étage.

Les rudistes bivalves forment un groupe monophylétique qui s’étend dans le registre fossile de 160 à 66 millions d’années. L’objectif de cette thèse est de porter un nouveau regard sur l’histoire évolutionnaire de ce groupe dans le cadre de la théorie cladistique. Dans une première partie sont posées les bases théoriques, méthodologiques et techniques de l’analyse à trois éléments. Le concept de triplet permet de proposer des arguments sur la pertinence des arbres consensus. La méthode d’analyse à trois éléments est ensuite comparée à la méthode de parcimonie grâce à des arguments théoriques et méthodologiques, ainsi que par des simulations basées sur des modèles d’évolution. Dans une seconde partie, nous appliquons la théorie et la méthode à la reconstruction de l’histoire des rudistes. Le genre Ichthyosarcolites est révisé, et des analyses statistiques permettent de tester la pertinence des hypothèses d’homologie basée sur la forme de la coquille. Les hypothèses d’homologie sont revues et de nouveaux caractères basés sur les myophores et les canaux palléaux sont formalisés pour l’ensemble des Hippuritida. La nouvelle phylogénie qui en découle est cohérente avec l’âge géologique et permet de raffiner l’histoire évolutive des rudistes au Crétacé. L’étude de couches Cénomaniennes du Bassin Sud-Provençal (Var, France) nous permettent de faire un lien entre l’histoire de la diversification des rudistes et leur paléoécologie. / The rudist bivalves form a monophyletic group that extends in the fossil record from 160 to 66 million years. The objective of this thesis is to propose new insights at the evolutionary history of this group within the framework of cladistic theory. In the first part, we lay the theoretical, methodological and technical foundations of the three-item analysis. The concept of triplet allows us to propose arguments on the relevance of consensus trees in cladistics. The three-item analysis method is then compared to the method of parsimony using theoretical and methodological arguments, and simulations based on evolutionary models. In a second part, we apply the theory and method to the reconstruction of the rudist history. The genus Ichthyosarcolites is reviewed, and statistical analyses are used to test the relevance of homology hypotheses based on shell shape. Hypotheses of homology and new characters based on myophores and pallial canals are tested on the Hippuritida. The new, resulting phylogeny is consistent with known geological occurrences of the group and further our understanding of rudist evolutionary history during the Cretaceous. The study of Cenomanian outcrops of the South Provence Basin (Var, France) allows us to make a link between the history of the diversification of rudists and their paleoecology.

RésuméLe présent travail a été réalisé dans et autour de la forêt de montagne du Parc National de Kahuzi-Biega (PNKB), à l’Est de la RD Congo. Ce site naturel de patrimoine mondial fut créé principalement pour protéger la sous-espèce de gorille, le Gorilla beringei graueri, une espèce en danger critique d’extinction. L’objectif de cette thèse est d’analyser le double usage des espèces végétales qui sont utilisées dans la médecine traditionnelle et dans le régime alimentaire des gorilles pour une gestion durable de la biodiversité, et en particulier, des ces espèces végétales les plus sollicitées par les tradipraticiens et qui sont utiles dans l’alimentation et potentiellement l’automédication des gorilles. Pour réaliser cette étude, nous avons abordé les tradipraticiens spécialistes ;nous avons fait des observations directes de gorilles de 4 groupes et nous avons évalué la végétation de leur habitat en forêt d’altitude du parc. L’analyse des données a été réalisée grâce aux approches de l’ethnobotanique quantitative et de l’écologie numérique.Les résultats montrent que, sur la base de l’usage de 77 espèces médicinales inventoriées, la typologie des tradipraticiens n’est pas basée sur leurs origines ethniques et géographiques mais sur leurs spécialités. Ils utilisent les mêmes plantes pour soigner les mêmes maladies. La forte convergence de leurs pratiques et le degré de consensus très élevé sur les plantes qu’ils utilisent pour traiter les maladies traduisent une tradition médicinale solidement ancrée au sein des groupes ethniques vivant dans cette région du Parc. Cependant, 83% des espèces utilisées par les tradipraticiens sont forestières. Les usages des plantes médicinales comparés aux choix alimentaires des gorilles montrent que 78 % des espèces végétales consommées par ces primates sont utilisées par les tradipraticiens, avec une similarité de 80% d’usage des parties de plantes. Ce chevauchement très élevé d’usages traduit une compétition potentielle pour les plantes à double usage. Il met en danger à la fois les plantes, les gorilles et la médecine locale.Cette thèse montre ainsi la nécessité de mieux comprendre les différentes spécialités médicinales au sein des ethnies et leur recours à certaines plantes spécifiques d’une part, et d’autre part ,le besoin de mieux étudier les pratiques d’automédication du gorille de Grauer au PNKB.Ces enseignements contribueront à la conservation de ces espèces végétales à double usage à la fois utiles pour l’homme et pour les grands singes.AbstractThis work was carried out in the mountain region of Kahuzi-Biega National Park (KBNP) in eastern DR Congo. That natural site was primarily created to protect the lowland gorilla, Gorilla beringei graueri, a species in critical danger of extinction. The aim of this thesis is to analyze the dual-use of plants that are used both in traditional medecine and by gorillas in order to sustain the conservation management of plants most used by traditional healers and at the same time as food or for medication purposes by gorillas. For this study, we addressed traditional healers recognized as specialists in Batwa, Havu, Bashi and Tembo ethnic groups; we made direct observations of 4 groups of gorillas and assessed the vegetation within gorilla habitat in the mountain forest. Data analysis was conducted with two approaches: quantitative ethnobotany and numerical ecology. For 77 medicinal species identified, the results show that the typology of traditional healers relies on their specialisation than on ethnic and geographical membership. They use the same plants to treat the same diseases.The strong convergence of their practices and the high degree of consensus on plants they use to treat diseases reflect a consolidated medicinal tradition among ethnic groups living in this area of the Park. However, 83% of species used by traditional healers grow in the forest.The uses of medicinal plants compared to gorilla’s food choices show that 78% of plant species consumed by these primates are also used by traditional healers, with a similarity of 80% of use of plant parts. This high overlap of uses reflects a potential competition for dual-use plants, that endangers both plants, gorillas and local medicine.The topic thus shows the need of further studies for better understanding the different specialisation within local medicine and the use of specific plants on the one hand. The other hand, the self-medication practices of Grauer's gorilla in KBNP need to be investigated.These insights will contribute to the conservation of these dual-use plant species which are useful for both humans and great apes.Keywords: Traditional medicine – Traditional healers- Gorilla Grauer - Kahuzi-Biega- National Park- DR Congo. / Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique / info:eu-repo/semantics/nonPublished

La Nouvelle-Calédonie est un archipel du Pacifique Sud-Ouest. Sa flore est riche, unique, et dysharmonique. L’origine temporelle et géographique de cette flore constitue une des problématiques majeures des botanistes. Une étude systématique a été menée sur le genre Psychotria (Rubiaceae), et ses genres alliés (clade Psychotrieae-Palicoureeae), afin de comprendre les modes d’établissement et de diversification des plantes dans l’archipel. Les deux tribus comportent 86 espèces néo-calédoniennes réparties entre les genres Geophila (une espèce), Margaritopsis (quatre espèces) et Psychotria (81 espèces). L’étude taxonomique a permis de déterminer pour chacun d’eux les noms d’espèces valides, et d’identifier 26 espèces nouvelles de Psychotria et Margaritopsis. Neuf combinaisons et noms spécifiques nouveaux sont proposés.La Nouvelle-Calédonie a été colonisée au moins quatre fois par les Psychotrieae-Palicoureeae. Bien que leurs arrivées soient simultanées durant le Néogène, ces quatre lignées ont des histoires évolutives différentes à mettre en lien avec leurs modes propres d’établissement et de diversification. Le genre Geophila n’a pas diversifié. Les Margaritopsis ont eu une diversification modeste, à l’image des autres espèces des îles du Pacifique. Les Psychotria clade NC1 constituent une lignée relique, ayant probablement subit une extinction, et qui se serait uniquement maintenue dans les maquis miniers. Les Psychotria cladeNC2 constituent la plus large, jeune et rapide radiation de plantes de la Nouvelle-Calédonie, probablement originaire des forêts humides d’Australie.Le clade NC2 est en pleine expansion évolutive. Il est constitué de 12 lignées internes. Sa capacité à tolérer les substrats ultramafiques, acquise avant son arrivée dans l’archipel, a favorisé son établissement local. Sa large diversité a probablement différentes origines : une labilité vis-à-vis de la nature des substrats géologiques, des changements éventuels de pollinisateurs, un changement de niche écologique amorcé, lié à l’acquisition d’adaptations à la sécheresse et à l’avènement d’un climat plus aride en Nouvelle-Calédonie durant le Pliocène. / New Caledonia is an archipelago in the Southwest Pacific. Its flora is rich, unique, and disharmonic. The spatio-temporal origin of this flora is one of the major topics of botanists. A systematic study was conducted on the genus Psychotria (Rubiaceae), and its allied genera (tribes Psychotrieae-Palicoureeae) to understand the patterns of establishment and diversification of plants in the archipelago. Both tribes have 86 New Caledonian species distributed between the genera Geophila (onespecies), Margaritopsis (four species) and Psychotria (81 species). The taxonomic study determined all valid species names for each of these latter genera, and identified 26 new species of Psychotria and Margaritopsis. Nine new specific combinations and names are proposed. New Caledonia was colonized at least four times by Psychotrieae-Palicoureeae. Although their arrivals were simultaneous during the Neogene, these four lineages have different evolutionary histories,linked with their own patterns of establishment and diversification. The genus Geophila has not diversified. Margaritopsis had a moderate diversification, as the other species of Pacific islands. Psychotria clade NC1is a relictual lineage, which probably underwent an extinction, and would have only been preserved inultramafic shrubby vegetations. Psychotria clade NC2 is the largest, youngest, and fastest plants radiation of New Caledonia, probably originated from Australian rainforests. The clade NC2 is expanding evolutionary. It consists of 12 internal lineages. Its ability to tolerate ultramafic substrates, acquired before its arrival in the archipelago, has promoted its local establishment. Its large diversity has probably different origins: a lability relative to the nature of geological substrates, likely changes of pollinators, an on going change of ecological niche, related to the acquisition of drought adaptations, and the onset of a more arid climate in New Caledonia during the Pliocene.

Cette thèse porte sur la taxonomie des acariens prédateurs de la famille des Phytoseiidae, dont certaines espèces sont utilisées en lutte biologique pour contrôler des acariens ravageurs et quelques petites espèces d’insectes. La taxonomie de ces organismes de petite taille (<500 μm), i.e. identification spécifique et relations entre les taxa, est essentiellement basée sur des caractères morphologiques. Ces caractères parfois difficiles à visualiser, à interpréter (variations intra et inter-taxa, analogies) et en faible nombre rendent l’identification des espèces et la classification actuelle sujette à certaines interrogations ; aucune analyse phylogénétique ne soutient en effet la taxonomie de cette famille. De plus les marqueurs moléculaires développés jusqu’à aujourd’hui ne permettent pas de définir de façon fiable les relations entre les taxa supraspécifiques. Ce travail présente deux objectifs: (i) caractériser via des outils moléculaires l’identité spécifique de deux taxa utiles en lutte biologique et établir des règles de décision moléculaire sur la base de plusieurs concepts analytiques et (ii) déterminer via le développement de nouveaux marqueurs moléculaires les relations supraspécifiques à l’intérieur de la tribu des Euseiini puis au niveau de l’ensemble de la famille. Concernant le diagnostic spécifique, ce travail a montré à travers l’exemple d’Amblyseius swirskii et Phytoseius finitimus l’utilité d’approches intégratives comprenant plusieurs marqueurs, du fait de la forte variation des marqueurs mitochondriaux au niveau intraspécifique. Les valeurs maximales des distances génétiques entre spécimens d’une même espèce (9%, 23% et 2.8 % pour 12S ARNr, CYTB ADN mt et ITSS) ont été établies. Concernant les relations supraspécifiques, des nouveaux marqueurs moléculaires ont été développés. La combinaison de six marqueurs moléculaires (12S ARNr, CYTB ADN mt, COI ADN mt, ITSS, 28S ARNr, HSP90) permet désormais de résoudre les différents rangs taxonomiques à investiguer. L’application de ces marqueurs à la tribu des Euseiini et à l’ensemble de la famille a permis de conclure quant à la validité de certains taxa. Par exemple, ce travail a montré la monophylie des Euseiini et des représentants des sous- tribus considérés. Le genre Iphiseius ne semble en revanche pas valide et inclus dans le genre Euseius. Des analyses morphologiques, biogéographiques et écologiques (plantes-hôtes) réalisées au niveau de l’ensemble de la tribu sur la base d’une compilation bibliographique, ont permis d’émettre des scénarios quant à l’origine ouest gondwanienne de ce taxon sur des plantes de Rosidées et quant à l’évolution de certains caractères morphologiques.Ce travail de thèse ouvre des perspectives d’étude des relations entre les genres de Phytoseiidae du fait des nouveaux marqueurs développés. Les études doivent se poursuivre pour (i) étendre le panel de marqueurs disponibles et surtout (ii) augmenter l’échantillonnage des espèces à inclure dans les analyses en lien avec leurs caractéristiques bioécologiques afin de déterminer comment les relations phylogénétiques peuvent constituer un outil de prédiction de ces caractéristiques utiles à connaître pour la mise en œuvre de la lutte biologique (proies, plantes, nourriture alternative). / This thesis deals with the taxonomy of predatory mites of the family Phytoseiidae, that contains several species used in biological control of pest mites and small insects. The taxonomy of these minute organisms (<500 μm), i.e. specific identification and phylogenetic relationships, is essentially based on morphological characters. These characters, which are sometimes difficult to visualize, interpret (variations in intra and inter-taxa, analogies) and in small numbers, make the identification of species and the current classification questionable. No phylogenetic analysis supports the taxonomy of this family. Moreover, the molecular markers developed up to now are not adapted to define reliable relations between supraspecific taxa. This work aims at: (i) characterizing using molecular markers the identity of two species useful in biological control and establishing molecular decision rules based on several analytical concepts and (ii) determining via the development of new markers the supraspecific relations within the Euseiini tribe and then at the level of the whole family. For the specific diagnosis, this work has shown through the example of Amblyseius swirskii and Phytoseius finitimus the usefulness of integrative approaches including several markers, due to the strong variation in mitochondrial markers at the intraspecific level. Maximum genetic distance values between specimens of the same species (9%, 23% and 2.8% for 12S rRNA, CYTB DNA mt and ITSS) were established. Concerning supraspecific relationships, new molecular markers have been developed. The combination of six molecular markers (12S rRNA, CYTB DNA mt, COI DNA mt, ITSS, 28S rRNA, and HSP90) now allows resolving different supraspecific ranks to be investigated. The application of these markers to the tribe Euseiini and to the family shows that certain taxa were valid. For example, this work emphasizes the monophyly of the Euseiini and representatives of the sub-tribes considered. The genus Iphiseius seems to not be valid and is included in the genus Euseius. Morphological, biogeographical and ecological analyses (host plants) carried out at the level of the whole tribe on the basis of a bibliographic compilation, emphasized the West Gondwanaland origin of this taxon on plants of Rosidae and the evolution of certain morphological characters. This thesis opens new insights for studying the relationships between the genera of Phytoseiidae due to the new markers developed. Studies should continue to (i) extend the panel of available markers and (ii) increase the sampling of species to be included in analyses related to their bio-ecological characteristics in order to determine how phylogenetic relationships can predict interesting life traits for biological control implementation (prey, plants, alternative food).

L'objectif de cette thèse était d'étudier la biogéographie et l'évolution de deux groupes de plantes en Iran: Verbascum et Artemisia. Pour réaliser cet objectif, plusieurs phylogénies moléculaires ont été construits pour chacun de ces deux genres, et plusieurs caractères morphologiques ont été analysés. Les échantillons pour cette thèse ont été collectés en Iran au cours de mission de terrain et comparés aux spécimens d'herbier de plusieurs herbiers en Europe et en Iran. Cette étude a permis la collecte de presque toutes les espèces d'Iran. Pour les études moléculaires des feuilles ont été prélevées et conservées dans du silica-gel, à partir duquel l'ADN a été extrait et séquencé pour plusieurs régions. Pour Verbascum nous avons construit une phylogénie moléculaire comprenant 77 taxons représentant 38 espèces, à l'aide de la région nucléaire (ITS) et de quatre régions chloroplastiques (trnL-F, trnS-G, trnH-psbA et matK en partie). Les caractères morphologiques utilisés pour délimiter les groupes taxonomiques dans ce grand genre ont été examinées attentivement et comparées à la phylogénie moléculaire. Nous avons construit une autre phylogénie pour Artemisia avec seulement deux régions nucléaires ITS et ETS, en raison de l'insuffisance de résolution des marqueurs chloroplastiques pour ce genre. Nous avons pu inclure 48 taxa dans notre analyse, 22 en provenance d'Iran et 26 en provenance de Turquie. Comme de nombreuses études ont déjà été menées sur Artemisia, nous avons inclus nos séquences dans une grande phylogénie, incluant presque toutes les séquences publiées lors d'études précédentes en vue de construire un cadre phylogénétique robuste pour notre étude et de juger de l'apport des espèces turques et iraniennes à la phylogénie d'Artemisia. Les résultats de la phylogénie moléculaire de Verbascum montrent qu'il s'agit d'un genre monophylétique, mais n'a pas permis de proposer de classification infra-générique en accord avec la classification de Murbeck (1933) ou d'Huber-Morath (1981). Certains des caractères clés proposées par ces auteurs sont plésiomorphes et seule une combinaison de caractères peut aider à faire quelques regroupement. Au cours de cette étude deux espèces nouvelles ont été décrites: V. shahsavarensis et V. parsana et des espèces sont notées pour la première fois en Iran. L'inclusion des espèces iranienness et turques d'Artemisia a permis d'élargir les études existantes particulièrement pauvres en espèces provenant de ces deux régions. Les résultats phylogénétiques pour Artemisia ont montré que la région ETS fournit plus de sites variables et potentiellement informatifs qu'ITS. Cependant l'ajout de taxons iraniens et turcs n'a pas résolu les problèmes de délimitation des lignées majeures d'Artemisia et les résultats largement congruents avec les études précédentes. En outre, nos résultats confirment la décision d'inclure dans Artemisia certaines espèces comme Sphaeromeria capitata (A. capitata) et Sphaeromeria argentea (A. macarthuri) dans le genre Artemisia. En conclusion ce travail apporte des données nouvelles pour un genre peu étudié comme Verbascum et pour Artemisia des données sur des espèces non incluses précédemment dans les phylogénies d'Artemisia. Globalement cette étude a aussi démontré que les caractères morphologiques ne suffisent pas à définir de classification sub-générique dans ces deux genres et indiquent clairement que certains sous-genres ou des sections d'Artemisia comme Verbascum , exigent des changements dans leur délimitation. / The purpose of this doctoral thesis was to investigate the biogeography and evolution of two groups of plants in Iran: Verbascum and Artemisia. To fulfill this objective, molecular phylogenies were built for these two genera and morphological characters were analyzed. Samples were collected in Iran during field trips and compared to herbarium specimens from several herbaria in Europe and Iran. During this survey nearly all species from Iran were collected. For molecular studies they were collected in silica-gel, from which DNA was extracted and sequenced for several regions. For Verbascum we constructed a phylogeny with 77 taxa representing 38 species and sequenced them with Nuclear (ITS) and four chloroplastic regions (trnL-F, trnS-G, trnH-psbA and partial matK). Morphological characters used to delimits taxonomic groups in this large genus were closely examined and compared to the molecular phylogeny. We built another phylogeny for Artemisia with only nuclear regions ITS and ETS due to the lack of resolution of chloroplastic markers for this genus. We were able to include 48 taxa in our analysis, 22 from Iran and we added 26 from Turkey. As many studies have already been conducted on Artemisia, we also included them into a large phylogeny, with almost all the previous published sequences of Artemisia to establish a robust phylogenetic framework. The results from Verbascum's molecular phylogeny showed this is a monophyletic genus, but it cannot confirm the previous sub-genera classification provided by Murbeck (1933) and Huber-Morath (1981). Our result showed that some of the key characters proposed by those authors are plesiomorphic and probably only a combination of character states can help to do some grouping. During the survey of Verbascum species, some new records for Iran and two news species were encountered: V. shahsavarensis and V. parsana. The inclusion of Iranian and Turkish species of Artemisia widened the existing studies particularly poor in species from both regions. The phylogenetic results of Artemisia showed that partial ETS could provide more variable and potentially informative sites than the whole ITS. However the addition of Iranian and Turkish taxa did not produce topology conflicts among the major Artemisia lineages and results largely agreed with previous studies with a few exceptions. Also, our results confirm the decision to sink some species like Sphaeromeria capitata (A. capitata) and Sphaeromeria argentea (A. macarthuri) into the genus Artemisia. This work brought new data to a poorly known genus, Verbascum in that region and added species not included previously in phylogenies for Artemisia. Overal this study showed that morphological characters alone are not enough to define subgeneric classification. The result of Verbascum pave the way for future investigations, and Artemisia analysis clearly states that some subgenus or sections of Artemisia, require changes in their delimitation.

Cette thèse, qui s'inscrit dans la tradition méthodologique de l'épistémologie historique, porte sur l'histoire et la formation du concept de biais dans l'épidémiologie moderne. Elle montre que la fonction opératoire du concept de biais est essentiellement critique, au sens où ce concept, que les épidémiologistes opposent au cours de l'histoire aux concepts d'objectivité, de preuve et de causalité, joue un rôle décisif dans la constitution de l'épidémiologie comme science, mais aussi dans l'avènement d'une médecine scientifique. Un éclairage historique et critique est apporté à la définition actuelle du biais, conçu comme une erreur ou un écart systématique par rapport à la vérité, ainsi qu'aux différentes taxinomies des biais qui jalonnent l'histoire de ce concept, dont l'origine se situe chez les fondateurs de la statistique mathématique. Le biais apparait ainsi comme une menace aussi bien à la validité du plan d'expérience d'une étude épidémiologique qu'à la validité de l'inférence statistique et du raisonnement médical. En d'autres termes, ce sont les conséquences que la révolution probabiliste a eues sur l'épidémiologie et sur la médecine qui sont ici étudiées, et qui ont conduit les épidémiologistes et les médecins à une forme de scepticisme et même de criticisme envers leurs propres inférences, ce qui donnera naissance au mouvement de la médecine fondée sur des preuves. / This PhD thesis, belonging to the tradition of historical epistemology, deals with the history and the formation of the concept of bias in epidemiology. It shows that the operational function of the concept of bias is essentially critical, in the sense that this concept, used by epidemiologists throughout history as an antonym to both objectivity, causality and evidence, is central to both the construction of epidemiology as a scientific discipline and the advent of scientific medicine. An historical and critical account is given of the actual definition of bias, conceived as a systematic error or deviation from the truth, and to the various taxonomies of bias which marked the history of this concept, whose origin goes back to the founders of mathematical statistics. Bias thus appears as a threat to the validity of the design of an epidemiological study, and to the validity of statistical inference and medical reasoning. In other words, what is studied here is the consequences of the probabilistic revolution on both epidemiology and medicine, which led epidemiologists and physicians to a kind of scepticism or even criticism about their own inferences, which would ultimately give birth to the evidence-based medicine's movement.

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